mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/clusterUtil/ClusterWorker.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: ClusterWorker.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.2 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/02/23 20:59:46 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: caliente $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.util.HashSet;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.util.Iterator;
2 26 Feb 07 jari 17
2 26 Feb 07 jari 18 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 public class ClusterWorker {  
2 26 Feb 07 jari 23     
2 26 Feb 07 jari 24     /** The repository which contains the cluster operators
2 26 Feb 07 jari 25      *
2 26 Feb 07 jari 26      */
2 26 Feb 07 jari 27     ClusterRepository repository;
2 26 Feb 07 jari 28     /** Creates new ClusterWorker */
2 26 Feb 07 jari 29     public ClusterWorker( ClusterRepository repository ) {
2 26 Feb 07 jari 30         this.repository = repository;
2 26 Feb 07 jari 31     }
2 26 Feb 07 jari 32     
2 26 Feb 07 jari 33     /** Returns a Cluster containing the intersection
2 26 Feb 07 jari 34      * of member indices from the passed Cluster array.
2 26 Feb 07 jari 35      */
2 26 Feb 07 jari 36     public Cluster intersection(Cluster [] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 37         Integer index;
2 26 Feb 07 jari 38         HashSet [] sets = new HashSet[clusters.length];
2 26 Feb 07 jari 39         
2 26 Feb 07 jari 40         int minSize = 0;
2 26 Feb 07 jari 41         
2 26 Feb 07 jari 42         for(int i = 0; i < sets.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 43             sets[i] = clusters[i].getHashSet();
2 26 Feb 07 jari 44             minSize = Math.min(minSize, clusters[i].getSize());
2 26 Feb 07 jari 45         }
2 26 Feb 07 jari 46         
2 26 Feb 07 jari 47         HashSet resultSet = new HashSet(); //new HashSet(minSize);
2 26 Feb 07 jari 48
2 26 Feb 07 jari 49         resultSet.addAll(intersect(sets));
2 26 Feb 07 jari 50      
2 26 Feb 07 jari 51         Iterator iterator = resultSet.iterator();
2 26 Feb 07 jari 52         int size = resultSet.size();
2 26 Feb 07 jari 53         int [] result = new int[size];
2 26 Feb 07 jari 54         for(int i = 0; i < size; i++){
2 26 Feb 07 jari 55             result[i] = ((Integer)(iterator.next())).intValue();
2 26 Feb 07 jari 56         }
2 26 Feb 07 jari 57         return buildResultCluster("Intersection", clusters, result);       
2 26 Feb 07 jari 58     }
2 26 Feb 07 jari 59     
2 26 Feb 07 jari 60     /** Accumulates cluster operation results and returns a cluster.
2 26 Feb 07 jari 61      */
2 26 Feb 07 jari 62     private Cluster buildResultCluster(String operation, Cluster [] clusters, int [] indices){
2 26 Feb 07 jari 63         String clusterNumbers = "";
2 26 Feb 07 jari 64         int i = 0;
2 26 Feb 07 jari 65         for(; i < clusters.length-1; i++)
2 26 Feb 07 jari 66             clusterNumbers += clusters[i].getSerialNumber()+":";
2 26 Feb 07 jari 67         if(clusters.length-1 > -1)
2 26 Feb 07 jari 68             clusterNumbers += clusters[clusters.length-1].getSerialNumber();
2 26 Feb 07 jari 69         
2 26 Feb 07 jari 70         //in the case that experiment clusters are being intersected with possibly
2 26 Feb 07 jari 71         //different gene members, the most restrictive gene set is preserved.
2 26 Feb 07 jari 72         Experiment experiment = getMinExperiment(clusters);
2 26 Feb 07 jari 73
2 26 Feb 07 jari 74        ClusterAttributesDialog dialog = new ClusterAttributesDialog("Cluster Operation: "+operation+"( "+clusterNumbers+" )", "Cluster Op", operation+"( "+clusterNumbers+" )", null, null, Color.lightGray);
2 26 Feb 07 jari 75         if(dialog.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION)        
2 26 Feb 07 jari 76             return new Cluster(indices, "Cluster Op.", dialog.getLabel(), operation+"( "+clusterNumbers+" )", "", dialog.getDescription(), -1, repository.takeNextClusterSerialNumber(), dialog.getColor(), experiment);            
2 26 Feb 07 jari 77         else
2 26 Feb 07 jari 78             return null;
2 26 Feb 07 jari 79     }
2 26 Feb 07 jari 80     
2 26 Feb 07 jari 81     /** Accumulates cluster operation results and returns a cluster.
2 26 Feb 07 jari 82      *
2 26 Feb 07 jari 83      */
2 26 Feb 07 jari 84     private Cluster buildBasicCluster(String operation, Cluster [] clusters, int [] indices){
2 26 Feb 07 jari 85         String clusterNumbers = "";
2 26 Feb 07 jari 86         int i = 0;
2 26 Feb 07 jari 87         for(; i < clusters.length-1; i++)
2 26 Feb 07 jari 88             clusterNumbers += clusters[i].getSerialNumber()+":";
2 26 Feb 07 jari 89         if(clusters.length-1 > -1)
2 26 Feb 07 jari 90             clusterNumbers += clusters[clusters.length-1].getSerialNumber();
2 26 Feb 07 jari 91         
2 26 Feb 07 jari 92         //in the case that experiment clusters are being intersected with possibly
2 26 Feb 07 jari 93         //different gene members, the most restrictive gene set is preserved.
2 26 Feb 07 jari 94         Experiment experiment = getMinExperiment(clusters);
2 26 Feb 07 jari 95
2 26 Feb 07 jari 96         return new Cluster(indices, "Cluster Op.", "", operation+"( "+clusterNumbers+" )", "", "", -1, -1, Color.lightGray, experiment);
2 26 Feb 07 jari 97     }
2 26 Feb 07 jari 98     
2 26 Feb 07 jari 99     public Experiment getMinExperiment(Cluster [] clusters){
2 26 Feb 07 jari 100         Experiment smallestExp = clusters[0].getExperiment();
2 26 Feb 07 jari 101         Experiment currentExp = smallestExp;
2 26 Feb 07 jari 102         for(int i = 0; i < clusters.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 103             currentExp = clusters[i].getExperiment();
2 26 Feb 07 jari 104             if(currentExp.getNumberOfGenes() < smallestExp.getNumberOfGenes())
2 26 Feb 07 jari 105                 smallestExp = currentExp;
2 26 Feb 07 jari 106         }
2 26 Feb 07 jari 107         return smallestExp;
2 26 Feb 07 jari 108     }
2 26 Feb 07 jari 109     
2 26 Feb 07 jari 110     
2 26 Feb 07 jari 111     /** Helper method to perform cluster intersections
2 26 Feb 07 jari 112      */
2 26 Feb 07 jari 113     private HashSet intersect(HashSet [] sets){
2 26 Feb 07 jari 114         HashSet result = intersect(sets[0], sets[1]);
2 26 Feb 07 jari 115         
2 26 Feb 07 jari 116         if(sets.length == 2)
2 26 Feb 07 jari 117             return result;
2 26 Feb 07 jari 118         else{
2 26 Feb 07 jari 119             for(int i = 2; i < sets.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 120                 result = intersect(result, sets[i]);
2 26 Feb 07 jari 121             }
2 26 Feb 07 jari 122         }
2 26 Feb 07 jari 123         return result;
2 26 Feb 07 jari 124     }
2 26 Feb 07 jari 125     
2 26 Feb 07 jari 126     private HashSet intersect(HashSet setOne, HashSet setTwo){
2 26 Feb 07 jari 127         HashSet result = new HashSet();
2 26 Feb 07 jari 128         Iterator iterator = setOne.iterator();
2 26 Feb 07 jari 129         Integer currVal;
2 26 Feb 07 jari 130         while(iterator.hasNext()){
2 26 Feb 07 jari 131             currVal = (Integer)(iterator.next());
2 26 Feb 07 jari 132             if(setTwo.contains(currVal))
2 26 Feb 07 jari 133                 result.add(currVal);
2 26 Feb 07 jari 134         }
2 26 Feb 07 jari 135         return result;
2 26 Feb 07 jari 136     }
2 26 Feb 07 jari 137     
2 26 Feb 07 jari 138     /** Returns a Cluster representing the union of the members of the
2 26 Feb 07 jari 139      * clusters argument
2 26 Feb 07 jari 140      */
2 26 Feb 07 jari 141     public Cluster union(Cluster [] clusters){
2 26 Feb 07 jari 142         int [] result = getUniqueIndices(clusters);
2 26 Feb 07 jari 143         return buildResultCluster("Union", clusters, result);
2 26 Feb 07 jari 144     }
2 26 Feb 07 jari 145     
2 26 Feb 07 jari 146     
2 26 Feb 07 jari 147     /** returns the unique indices among the indices of a group of clustes.
2 26 Feb 07 jari 148      */
2 26 Feb 07 jari 149     public int [] getUniqueIndices(Cluster [] clusters){
2 26 Feb 07 jari 150         
2 26 Feb 07 jari 151         int [][] indices = new int[clusters.length][];
2 26 Feb 07 jari 152         
2 26 Feb 07 jari 153         int count = 0;
2 26 Feb 07 jari 154         Cluster cluster;
2 26 Feb 07 jari 155         for(int i = 0; i < clusters.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 156             cluster = clusters[i];
2 26 Feb 07 jari 157             indices[i] = cluster.getIndices();
2 26 Feb 07 jari 158             count += indices[i].length;
2 26 Feb 07 jari 159         }
2 26 Feb 07 jari 160         int [] resultIndices = new int[count];
2 26 Feb 07 jari 161         
2 26 Feb 07 jari 162         int cnt = 0;
2 26 Feb 07 jari 163         for(int i = 0; i < indices.length;i++){
2 26 Feb 07 jari 164             for(int j = 0; j < indices[i].length; j++){
2 26 Feb 07 jari 165                 resultIndices[cnt] = indices[i][j];
2 26 Feb 07 jari 166                 cnt++;
2 26 Feb 07 jari 167             }
2 26 Feb 07 jari 168         }
2 26 Feb 07 jari 169         resultIndices = makeIndicesUnique(resultIndices);
2 26 Feb 07 jari 170         return resultIndices;
2 26 Feb 07 jari 171         
2 26 Feb 07 jari 172     }
2 26 Feb 07 jari 173     
2 26 Feb 07 jari 174     /** Helper method to eliminate redundant indices.
2 26 Feb 07 jari 175      */
2 26 Feb 07 jari 176     private int [] makeIndicesUnique(int [] indices){
2 26 Feb 07 jari 177         
2 26 Feb 07 jari 178         int numberOfElements = repository.getDataElementCount();
2 26 Feb 07 jari 179         
2 26 Feb 07 jari 180         boolean [] indexCheck = new boolean[numberOfElements];
2 26 Feb 07 jari 181         
2 26 Feb 07 jari 182         int uniqueCount = 0;
2 26 Feb 07 jari 183         for(int i = 0; i < indices.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 184             if(!indexCheck[indices[i]]){
2 26 Feb 07 jari 185                 indexCheck[indices[i]] = true;
2 26 Feb 07 jari 186                 uniqueCount++;
2 26 Feb 07 jari 187             }
2 26 Feb 07 jari 188         }
2 26 Feb 07 jari 189         int [] newIndices = new int[uniqueCount];
2 26 Feb 07 jari 190         int cnt = 0;
2 26 Feb 07 jari 191         for(int i = 0; i < indexCheck.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 192             if(indexCheck[i]){
2 26 Feb 07 jari 193                 newIndices[cnt] = i;
2 26 Feb 07 jari 194                 cnt++;
2 26 Feb 07 jari 195             }
2 26 Feb 07 jari 196         }
2 26 Feb 07 jari 197         return newIndices;
2 26 Feb 07 jari 198     }
2 26 Feb 07 jari 199     
2 26 Feb 07 jari 200     /** Returns an array of cluster labels.
2 26 Feb 07 jari 201      */
2 26 Feb 07 jari 202     public String [] getClusterLabels(Cluster [] clusters){
2 26 Feb 07 jari 203         String [] labels = new String[clusters.length];
2 26 Feb 07 jari 204         for(int i = 0; i < labels.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 205             labels[i] = clusters[i].getClusterLabel();
2 26 Feb 07 jari 206         }
2 26 Feb 07 jari 207         return labels;
2 26 Feb 07 jari 208     }
2 26 Feb 07 jari 209     
2 26 Feb 07 jari 210     public Cluster xor(Cluster [] clusters){
2 26 Feb 07 jari 211        // int serialNumber = this.repository.getMaxClusterSerialNumber();
2 26 Feb 07 jari 212         Cluster union = this.utilityUnion(clusters);
2 26 Feb 07 jari 213         Cluster inter = this.utilityIntersection(clusters);
2 26 Feb 07 jari 214        // this.repository.setClusterSerialCounter(serialNumber);  //roll back cluster serial numbers
2 26 Feb 07 jari 215                                                         //following cluster creation for union and intersections
2 26 Feb 07 jari 216         HashSet unionSet = union.getHashSet();
2 26 Feb 07 jari 217         HashSet interSet = inter.getHashSet();
2 26 Feb 07 jari 218         
2 26 Feb 07 jari 219         Iterator iterator = interSet.iterator();
2 26 Feb 07 jari 220         while(iterator.hasNext()){
2 26 Feb 07 jari 221             unionSet.remove(iterator.next());
2 26 Feb 07 jari 222         }
2 26 Feb 07 jari 223         return this.buildResultCluster("XOR", clusters, getIndices(unionSet));
2 26 Feb 07 jari 224     }
2 26 Feb 07 jari 225     
2 26 Feb 07 jari 226     
2 26 Feb 07 jari 227     /** Returns a Cluster representing the union of the members of the
2 26 Feb 07 jari 228      * clusters argument
2 26 Feb 07 jari 229      */
2 26 Feb 07 jari 230     public Cluster utilityUnion(Cluster [] clusters){
2 26 Feb 07 jari 231         int [] result = getUniqueIndices(clusters);
2 26 Feb 07 jari 232         return buildBasicCluster("Union", clusters, result);
2 26 Feb 07 jari 233     }
2 26 Feb 07 jari 234     
2 26 Feb 07 jari 235         /** Returns a Cluster containing the intersection
2 26 Feb 07 jari 236      * of member indices from the passed Cluster array.
2 26 Feb 07 jari 237      */
2 26 Feb 07 jari 238     public Cluster utilityIntersection(Cluster [] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 239         Integer index;
2 26 Feb 07 jari 240         HashSet [] sets = new HashSet[clusters.length];
2 26 Feb 07 jari 241         
2 26 Feb 07 jari 242         int minSize = 0;
2 26 Feb 07 jari 243         
2 26 Feb 07 jari 244         for(int i = 0; i < sets.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 245             sets[i] = clusters[i].getHashSet();
2 26 Feb 07 jari 246             minSize = Math.min(minSize, clusters[i].getSize());
2 26 Feb 07 jari 247         }
2 26 Feb 07 jari 248         
2 26 Feb 07 jari 249         HashSet resultSet = new HashSet(); //new HashSet(minSize);
2 26 Feb 07 jari 250
2 26 Feb 07 jari 251         resultSet.addAll(intersect(sets));
2 26 Feb 07 jari 252      
2 26 Feb 07 jari 253         Iterator iterator = resultSet.iterator();
2 26 Feb 07 jari 254         int size = resultSet.size();
2 26 Feb 07 jari 255         int [] result = new int[size];
2 26 Feb 07 jari 256         for(int i = 0; i < size; i++){
2 26 Feb 07 jari 257             result[i] = ((Integer)(iterator.next())).intValue();
2 26 Feb 07 jari 258         }
2 26 Feb 07 jari 259         return buildBasicCluster("Intersection", clusters, result);       
2 26 Feb 07 jari 260     }
2 26 Feb 07 jari 261     
2 26 Feb 07 jari 262     private int [] getIndices(HashSet set){
2 26 Feb 07 jari 263         Object [] a = set.toArray();
2 26 Feb 07 jari 264         int [] indices = new int[a.length];
2 26 Feb 07 jari 265         for(int i = 0; i < a.length; i++)
2 26 Feb 07 jari 266             indices[i] = ((Integer)a[i]).intValue();
2 26 Feb 07 jari 267         return indices;      
2 26 Feb 07 jari 268     }   
2 26 Feb 07 jari 269 }
2 26 Feb 07 jari 270

Generated on Thu Jul 20 09:25:53 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)