mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/clusterUtil/submit/lola/LOLADialog.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: LOLADialog.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.3 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2005/03/10 15:52:21 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: braistedj $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.submit.lola;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.BorderLayout;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.Font;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.GridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.Toolkit;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.awt.event.KeyEvent;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.awt.event.KeyListener;
2 26 Feb 07 jari 25 import java.awt.event.WindowAdapter;
2 26 Feb 07 jari 26 import java.awt.event.WindowEvent;
2 26 Feb 07 jari 27
2 26 Feb 07 jari 28 import javax.swing.BorderFactory;
2 26 Feb 07 jari 29 import javax.swing.ButtonGroup;
2 26 Feb 07 jari 30 import javax.swing.JButton;
2 26 Feb 07 jari 31 import javax.swing.JFrame;
2 26 Feb 07 jari 32 import javax.swing.JLabel;
2 26 Feb 07 jari 33 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 34 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 35 import javax.swing.JRadioButton;
2 26 Feb 07 jari 36 import javax.swing.JScrollPane;
2 26 Feb 07 jari 37 import javax.swing.border.EtchedBorder;
2 26 Feb 07 jari 38 import javax.swing.border.TitledBorder;
2 26 Feb 07 jari 39
2 26 Feb 07 jari 40 import org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.Cluster;
2 26 Feb 07 jari 41 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.AlgorithmDialog;
2 26 Feb 07 jari 42
2 26 Feb 07 jari 43 public class LOLADialog extends AlgorithmDialog {
2 26 Feb 07 jari 44     private GroupExperimentsPanel gPanel;
2 26 Feb 07 jari 45     private JButton lola_it, cancel;
2 26 Feb 07 jari 46     int result = JOptionPane.CANCEL_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 47     //   private Cluster cluster;
2 26 Feb 07 jari 48     
2 26 Feb 07 jari 49     //jcb mod
2 26 Feb 07 jari 50     String [] sample_names;
2 26 Feb 07 jari 51     int [] sample_groupings;
2 26 Feb 07 jari 52     
2 26 Feb 07 jari 53     public LOLADialog(String frameTitle, String[] sample_names, Cluster cluster) {
2 26 Feb 07 jari 54         super(new JFrame(), frameTitle, true);
2 26 Feb 07 jari 55         this.sample_names = sample_names;
2 26 Feb 07 jari 56         this.sample_groupings = new int[sample_names.length];
2 26 Feb 07 jari 57         // this.cluster = cluster;
2 26 Feb 07 jari 58         
2 26 Feb 07 jari 59         setBounds(0, 0, 800, 500);
2 26 Feb 07 jari 60         setDefaultCloseOperation(JFrame.DISPOSE_ON_CLOSE);
2 26 Feb 07 jari 61         
2 26 Feb 07 jari 62         JPanel pane = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 63         pane.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 64         pane.setBorder(BorderFactory.createLineBorder(Color.black));
2 26 Feb 07 jari 65         pane.setLayout(new BorderLayout(1,2));
2 26 Feb 07 jari 66         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 67         
2 26 Feb 07 jari 68         gPanel = new GroupExperimentsPanel(sample_names);
2 26 Feb 07 jari 69         
2 26 Feb 07 jari 70         int count;
2 26 Feb 07 jari 71         for (count = 0; count < gPanel.groupARadioButtons.length; count++) {
2 26 Feb 07 jari 72             gPanel.groupARadioButtons[count].addActionListener(new GroupListener(0, count));
2 26 Feb 07 jari 73         }
2 26 Feb 07 jari 74         
2 26 Feb 07 jari 75         for (count = 0; count < gPanel.groupBRadioButtons.length; count++) {
2 26 Feb 07 jari 76             gPanel.groupBRadioButtons[count].addActionListener(new GroupListener(1, count));
2 26 Feb 07 jari 77         }
2 26 Feb 07 jari 78         
2 26 Feb 07 jari 79         // should add another column of buttons for neither group
2 26 Feb 07 jari 80         
2 26 Feb 07 jari 81         pane.add(gPanel, BorderLayout.CENTER);
2 26 Feb 07 jari 82         
2 26 Feb 07 jari 83         addContent(pane);
2 26 Feb 07 jari 84         setActionListeners(listener);
2 26 Feb 07 jari 85         
2 26 Feb 07 jari 86         addWindowListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 87     }
2 26 Feb 07 jari 88     
2 26 Feb 07 jari 89     //jcb mod to remove group assignment information from the cluster
2 26 Feb 07 jari 90     public int [] getGroupAssignments() {
2 26 Feb 07 jari 91         return sample_groupings;
2 26 Feb 07 jari 92     }
2 26 Feb 07 jari 93     
2 26 Feb 07 jari 94     public int showModal() {
2 26 Feb 07 jari 95         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
2 26 Feb 07 jari 96         setLocation((screenSize.width - getSize().width)/2, (screenSize.height - getSize().height)/2);
2 26 Feb 07 jari 97         show();
2 26 Feb 07 jari 98         return result;
2 26 Feb 07 jari 99     }
2 26 Feb 07 jari 100     
2 26 Feb 07 jari 101     private class Listener extends WindowAdapter implements ActionListener, KeyListener {
2 26 Feb 07 jari 102         public void actionPerformed(ActionEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 103             String command = event.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 104             if (command.equals("ok-command")) {
2 26 Feb 07 jari 105                 onOk();
2 26 Feb 07 jari 106             } else if (command.equals("cancel-command")) {
2 26 Feb 07 jari 107                 result = JOptionPane.CANCEL_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 108                 dispose();
2 26 Feb 07 jari 109             }
2 26 Feb 07 jari 110         }
2 26 Feb 07 jari 111         
2 26 Feb 07 jari 112         public void keyPressed(KeyEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 113             if (event.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER) {
2 26 Feb 07 jari 114                 onOk();
2 26 Feb 07 jari 115             }
2 26 Feb 07 jari 116         }
2 26 Feb 07 jari 117         
2 26 Feb 07 jari 118         public void windowClosing(WindowEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 119             result = JOptionPane.CLOSED_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 120             dispose();
2 26 Feb 07 jari 121         }
2 26 Feb 07 jari 122         
2 26 Feb 07 jari 123         public void keyReleased(KeyEvent event) {;}
2 26 Feb 07 jari 124         public void keyTyped(KeyEvent event) {;}
2 26 Feb 07 jari 125         
2 26 Feb 07 jari 126         
2 26 Feb 07 jari 127         
2 26 Feb 07 jari 128         private void onOk() {
2 26 Feb 07 jari 129             try {
2 26 Feb 07 jari 130                 //getFoldFilter();//etectionCheckbox.getState();
2 26 Feb 07 jari 131                 //String[] sn = cluster.getSampleNames();
2 26 Feb 07 jari 132                 //for (int i = 0; i < sn.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 133                 //    System.out.println("Sample: "+sn[i]+" in group: " + cluster.get_grouping(i));
2 26 Feb 07 jari 134                 //}
2 26 Feb 07 jari 135                 result = JOptionPane.OK_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 136             } catch (Exception exception) {
2 26 Feb 07 jari 137                 result = JOptionPane.CANCEL_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 138             }
2 26 Feb 07 jari 139             dispose();
2 26 Feb 07 jari 140         }
2 26 Feb 07 jari 141     }
2 26 Feb 07 jari 142     
2 26 Feb 07 jari 143     class GroupListener implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 144         int file_index;
2 26 Feb 07 jari 145         int group;
2 26 Feb 07 jari 146         GroupListener(int group, int file_index){
2 26 Feb 07 jari 147             this.group = group;
2 26 Feb 07 jari 148             this.file_index = file_index;
2 26 Feb 07 jari 149         }
2 26 Feb 07 jari 150         public void actionPerformed(ActionEvent evt) {
2 26 Feb 07 jari 151             // original
2 26 Feb 07 jari 152             //  if (!(cluster.get_grouping(file_index) == group) ){
2 26 Feb 07 jari 153             //       cluster.set_grouping(file_index, group);
2 26 Feb 07 jari 154             //   }
2 26 Feb 07 jari 155             sample_groupings[file_index] = group;
2 26 Feb 07 jari 156         }
2 26 Feb 07 jari 157     }
2 26 Feb 07 jari 158     
2 26 Feb 07 jari 159     class GroupExperimentsPanel extends JPanel {
2 26 Feb 07 jari 160         
2 26 Feb 07 jari 161         JRadioButton[] groupARadioButtons, groupBRadioButtons, neitherGroupRadioButtons;
2 26 Feb 07 jari 162         GroupExperimentsPanel(String[] exptNames) {
2 26 Feb 07 jari 163             this.setBorder(new TitledBorder(new EtchedBorder(), "Group Assignments", TitledBorder.DEFAULT_JUSTIFICATION, TitledBorder.DEFAULT_POSITION, new Font("Dialog", Font.BOLD, 12), Color.black));
2 26 Feb 07 jari 164             JPanel panel1 = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 165             JLabel[] expLabels = new JLabel[exptNames.length];
2 26 Feb 07 jari 166             groupARadioButtons = new JRadioButton[exptNames.length];
2 26 Feb 07 jari 167             groupBRadioButtons = new JRadioButton[exptNames.length];
2 26 Feb 07 jari 168             neitherGroupRadioButtons = new JRadioButton[exptNames.length];
2 26 Feb 07 jari 169             
2 26 Feb 07 jari 170             ButtonGroup chooseGroup[] = new ButtonGroup[exptNames.length];
2 26 Feb 07 jari 171             
2 26 Feb 07 jari 172             GridBagLayout gridbag = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 173             GridBagLayout gridbag2 = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 174             GridBagConstraints constraints = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 175             this.setLayout(gridbag2);
2 26 Feb 07 jari 176             panel1.setLayout(gridbag);
2 26 Feb 07 jari 177             
2 26 Feb 07 jari 178             for (int i = 0; i < exptNames.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 179                 String s1 = (String)(exptNames[i]);
2 26 Feb 07 jari 180                 expLabels[i] = new JLabel(s1);
2 26 Feb 07 jari 181                 chooseGroup[i] = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 182                 groupARadioButtons[i] = new JRadioButton("Group A", true);
2 26 Feb 07 jari 183                 chooseGroup[i].add(groupARadioButtons[i]);
2 26 Feb 07 jari 184                 groupBRadioButtons[i] = new JRadioButton("Group B", false);
2 26 Feb 07 jari 185                 chooseGroup[i].add(groupBRadioButtons[i]);
2 26 Feb 07 jari 186                 
2 26 Feb 07 jari 187                 neitherGroupRadioButtons[i] = new JRadioButton("Neither", false);
2 26 Feb 07 jari 188                 chooseGroup[i].add(neitherGroupRadioButtons[i]);
2 26 Feb 07 jari 189                 
2 26 Feb 07 jari 190                 buildConstraints(constraints, 0, i, 1, 1, 25, 100);
2 26 Feb 07 jari 191                 //constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 192                 gridbag.setConstraints(expLabels[i], constraints);
2 26 Feb 07 jari 193                 panel1.add(expLabels[i]);
2 26 Feb 07 jari 194                 
2 26 Feb 07 jari 195                 buildConstraints(constraints, 1, i, 1, 1, 25, 100);
2 26 Feb 07 jari 196                 //constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 197                 gridbag.setConstraints(groupARadioButtons[i], constraints);
2 26 Feb 07 jari 198                 panel1.add(groupARadioButtons[i]);
2 26 Feb 07 jari 199                 
2 26 Feb 07 jari 200                 buildConstraints(constraints, 2, i, 1, 1, 25, 100);
2 26 Feb 07 jari 201                 //constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 202                 gridbag.setConstraints(groupBRadioButtons[i], constraints);
2 26 Feb 07 jari 203                 panel1.add(groupBRadioButtons[i]);
2 26 Feb 07 jari 204                 
2 26 Feb 07 jari 205                 buildConstraints(constraints, 3, i, 1, 1, 25, 100);
2 26 Feb 07 jari 206                 //constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 207                 gridbag.setConstraints(neitherGroupRadioButtons[i], constraints);
2 26 Feb 07 jari 208                 panel1.add(neitherGroupRadioButtons[i]);
2 26 Feb 07 jari 209                 
2 26 Feb 07 jari 210             }
2 26 Feb 07 jari 211             
2 26 Feb 07 jari 212             JScrollPane scroll = new JScrollPane(panel1);
2 26 Feb 07 jari 213             // scroll.setHorizontalScrollBarPolicy(ScrollPaneConstants.HORIZONTAL_SCROLLBAR_ALWAYS);
2 26 Feb 07 jari 214             //scroll.setVerticalScrollBarPolicy(ScrollPaneConstants.VERTICAL_SCROLLBAR_ALWAYS);
2 26 Feb 07 jari 215             scroll.setPreferredSize(new Dimension(400, 450));
2 26 Feb 07 jari 216             buildConstraints(constraints, 0, 0, 1, 1, 100, 90);
2 26 Feb 07 jari 217             constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 218             gridbag2.setConstraints(scroll, constraints);
2 26 Feb 07 jari 219             this.add(scroll);
2 26 Feb 07 jari 220             
2 26 Feb 07 jari 221         }
2 26 Feb 07 jari 222         
2 26 Feb 07 jari 223         
2 26 Feb 07 jari 224         
2 26 Feb 07 jari 225         void buildConstraints(GridBagConstraints gbc, int gx, int gy,
2 26 Feb 07 jari 226         int gw, int gh, int wx, int wy) {
2 26 Feb 07 jari 227             
2 26 Feb 07 jari 228             gbc.gridx = gx;
2 26 Feb 07 jari 229             gbc.gridy = gy;
2 26 Feb 07 jari 230             gbc.gridwidth = gw;
2 26 Feb 07 jari 231             gbc.gridheight = gh;
2 26 Feb 07 jari 232             gbc.weightx = wx;
2 26 Feb 07 jari 233             gbc.weighty = wy;
2 26 Feb 07 jari 234         }
2 26 Feb 07 jari 235         
2 26 Feb 07 jari 236     }
2 26 Feb 07 jari 237 }
2 26 Feb 07 jari 238
2 26 Feb 07 jari 239
2 26 Feb 07 jari 240
2 26 Feb 07 jari 241
2 26 Feb 07 jari 242

Generated on Thu Jul 20 09:25:45 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)