mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/helpers/ClusterBrowser.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: ClusterBrowser.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.8 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/02/23 20:59:48 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: caliente $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 /*
2 26 Feb 07 jari 13  * ClusterBrowser.java
2 26 Feb 07 jari 14  *
2 26 Feb 07 jari 15  * Created on August 25, 2003, 11:51 AM
2 26 Feb 07 jari 16  */
2 26 Feb 07 jari 17 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers;
2 26 Feb 07 jari 18
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.Font;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.GridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 25 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 26 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 27 import java.util.Arrays;
2 26 Feb 07 jari 28 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 29
2 26 Feb 07 jari 30 import javax.swing.BorderFactory;
2 26 Feb 07 jari 31 import javax.swing.JLabel;
2 26 Feb 07 jari 32 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 33 import javax.swing.JScrollPane;
2 26 Feb 07 jari 34 import javax.swing.JTable;
2 26 Feb 07 jari 35 import javax.swing.JTextArea;
2 26 Feb 07 jari 36 import javax.swing.ListSelectionModel;
2 26 Feb 07 jari 37 import javax.swing.border.BevelBorder;
2 26 Feb 07 jari 38 import javax.swing.border.EtchedBorder;
2 26 Feb 07 jari 39 import javax.swing.border.TitledBorder;
2 26 Feb 07 jari 40 import javax.swing.event.TableModelEvent;
2 26 Feb 07 jari 41 import javax.swing.event.TableModelListener;
2 26 Feb 07 jari 42 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
2 26 Feb 07 jari 43 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
2 26 Feb 07 jari 44 import javax.swing.table.TableColumn;
2 26 Feb 07 jari 45
2 26 Feb 07 jari 46 import org.tigr.graph.GraphCanvas;
2 26 Feb 07 jari 47 import org.tigr.graph.GraphLine;
2 26 Feb 07 jari 48 import org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.Cluster;
2 26 Feb 07 jari 49 import org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.ClusterList;
2 26 Feb 07 jari 50 import org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.ClusterRepository;
2 26 Feb 07 jari 51 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 52
2 26 Feb 07 jari 53 /**
2 26 Feb 07 jari 54  * @author  braisted
2 26 Feb 07 jari 55  */
2 26 Feb 07 jari 56 public class ClusterBrowser extends JPanel {
2 26 Feb 07 jari 57     
2 26 Feb 07 jari 58     JTable table;
2 26 Feb 07 jari 59     ClusterRepository repository;
2 26 Feb 07 jari 60     JScrollPane pane;
2 26 Feb 07 jari 61     String clusterTypeStr = "Gene";
2 26 Feb 07 jari 62     ClusterTableModel model;
2 26 Feb 07 jari 63     GraphCanvas profileDisplayPanel;
2 26 Feb 07 jari 64     FloatMatrix matrix;
2 26 Feb 07 jari 65     
2 26 Feb 07 jari 66     /** Creates a new instance of ClusterBrowser */
2 26 Feb 07 jari 67     public ClusterBrowser(ClusterRepository repository) {
2 26 Feb 07 jari 68         this.repository = repository;
2 26 Feb 07 jari 69         
2 26 Feb 07 jari 70         if(repository == null){
2 26 Feb 07 jari 71             add(new JLabel("Empty Cluster Repository"), java.awt.BorderLayout.CENTER);
2 26 Feb 07 jari 72             return;
2 26 Feb 07 jari 73         }
2 26 Feb 07 jari 74         
2 26 Feb 07 jari 75         if(!repository.isGeneClusterRepository()){
2 26 Feb 07 jari 76             clusterTypeStr = "Sample";
2 26 Feb 07 jari 77         }
2 26 Feb 07 jari 78         
2 26 Feb 07 jari 79         Font font = new Font("Dialog", Font.BOLD, 12);
2 26 Feb 07 jari 80         JPanel tablePanel = new JPanel(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 81         tablePanel.setBorder(BorderFactory.createTitledBorder(BorderFactory.createEtchedBorder(EtchedBorder.LOWERED), clusterTypeStr+" Clusters", TitledBorder.DEFAULT_JUSTIFICATION, TitledBorder.DEFAULT_POSITION, font, Color.black));
2 26 Feb 07 jari 82         tablePanel.add(initializeTable(), new GridBagConstraints(0,0,1,1,1.0,1.0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 83
2 26 Feb 07 jari 84         if(table.getRowCount() > 0)
2 26 Feb 07 jari 85             table.addRowSelectionInterval(0,0); //select first cluster
2 26 Feb 07 jari 86         
2 26 Feb 07 jari 87         JPanel insetPanel = new JPanel(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 88         insetPanel.setBorder(BorderFactory.createBevelBorder(BevelBorder.LOWERED));
2 26 Feb 07 jari 89         
2 26 Feb 07 jari 90         JPanel graphPanel = new JPanel(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 91         graphPanel.setBorder(BorderFactory.createTitledBorder(BorderFactory.createEtchedBorder(EtchedBorder.LOWERED), "Cluster Graph", TitledBorder.DEFAULT_JUSTIFICATION, TitledBorder.DEFAULT_POSITION, font, Color.black));
2 26 Feb 07 jari 92         insetPanel.add(initializeGraph(), new GridBagConstraints(0,0,1,1,1.0,1.0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 93         graphPanel.add(insetPanel, new GridBagConstraints(0,0,1,1,1.0,1.0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 94         
2 26 Feb 07 jari 95         graphPanel.setPreferredSize(new Dimension(100, 175));
2 26 Feb 07 jari 96         graphPanel.setMinimumSize(new Dimension(100, 175));
2 26 Feb 07 jari 97         
2 26 Feb 07 jari 98         this.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 99         this.add(graphPanel, new GridBagConstraints(0,0,1,1,1.0,0.0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 100         this.add(tablePanel, new GridBagConstraints(0,1,1,1,1.0,1.0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 101     }
2 26 Feb 07 jari 102    
2 26 Feb 07 jari 103     public Cluster getSelectedCluster(){
2 26 Feb 07 jari 104        int serialNumber = ((ClusterTableModel)(this.table.getModel())).getClusterSerialNumber(this.table.getSelectedRow());
2 26 Feb 07 jari 105        return this.repository.getCluster(serialNumber);
2 26 Feb 07 jari 106     }
2 26 Feb 07 jari 107     
2 26 Feb 07 jari 108     private void setInitialColumnWidths(){
2 26 Feb 07 jari 109         String [] columnNames = model.getColumnNames();
2 26 Feb 07 jari 110         for(int i = 0; i < columnNames.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 111             setColumnWidth(columnNames[i]);
2 26 Feb 07 jari 112         }
2 26 Feb 07 jari 113     }
2 26 Feb 07 jari 114     
2 26 Feb 07 jari 115    
2 26 Feb 07 jari 116     private void setColumnWidth(String headerName){
2 26 Feb 07 jari 117         TableColumn column;
2 26 Feb 07 jari 118         int width = 10;
2 26 Feb 07 jari 119         if(headerName.equals("Serial #")){
2 26 Feb 07 jari 120             column = table.getColumn(headerName);
2 26 Feb 07 jari 121             width = 50;
2 26 Feb 07 jari 122             column.setWidth(width);
2 26 Feb 07 jari 123             column.setMaxWidth(width);
2 26 Feb 07 jari 124             column.setMinWidth(width);
2 26 Feb 07 jari 125             column.setPreferredWidth(width);
2 26 Feb 07 jari 126         } else if(headerName.equals("Source")){
2 26 Feb 07 jari 127             column = table.getColumn(headerName);
2 26 Feb 07 jari 128             width = 100;
2 26 Feb 07 jari 129             column.setWidth(width);
2 26 Feb 07 jari 130             column.setPreferredWidth(width);
2 26 Feb 07 jari 131         } else if(headerName.equals("Color")){
2 26 Feb 07 jari 132             column = table.getColumn(headerName);
2 26 Feb 07 jari 133             width = 60;
2 26 Feb 07 jari 134             column.setWidth(width);
2 26 Feb 07 jari 135             column.setPreferredWidth(width);
2 26 Feb 07 jari 136         } else if(headerName.equals("Size")){
2 26 Feb 07 jari 137             column = table.getColumn(headerName);
2 26 Feb 07 jari 138             width = 50;
2 26 Feb 07 jari 139             column.setWidth(width);
2 26 Feb 07 jari 140             column.setMaxWidth(width);
2 26 Feb 07 jari 141             column.setMinWidth(width);
2 26 Feb 07 jari 142             column.setPreferredWidth(width);
2 26 Feb 07 jari 143         }
2 26 Feb 07 jari 144     }
2 26 Feb 07 jari 145     
2 26 Feb 07 jari 146     private GraphCanvas initializeGraph(){
2 26 Feb 07 jari 147         profileDisplayPanel = new GraphCanvas();
2 26 Feb 07 jari 148         profileDisplayPanel.setGraphBounds(0, 10, -3, 3);  //xRange == 10, until refreshGraph sets to proper size
2 26 Feb 07 jari 149         profileDisplayPanel.setGraphSpacing(20, 20, 20, 20);
2 26 Feb 07 jari 150         profileDisplayPanel.setXAxisValue(0);
2 26 Feb 07 jari 151         profileDisplayPanel.setYAxisValue(0);
2 26 Feb 07 jari 152         
2 26 Feb 07 jari 153         refreshGraph();
2 26 Feb 07 jari 154         return profileDisplayPanel;
2 26 Feb 07 jari 155     }
2 26 Feb 07 jari 156     
2 26 Feb 07 jari 157     
2 26 Feb 07 jari 158     private void refreshGraph(){
2 26 Feb 07 jari 159         
2 26 Feb 07 jari 160         int index = table.getSelectedRow();
2 26 Feb 07 jari 161         if(index < 0)
2 26 Feb 07 jari 162             return;
2 26 Feb 07 jari 163         if (table.getRowCount() <= 0) return;
2 26 Feb 07 jari 164         int serialNumber = model.getClusterSerialNumber(index);
2 26 Feb 07 jari 165         Cluster cluster = repository.getCluster(serialNumber);
2 26 Feb 07 jari 166         this.matrix = cluster.getExperiment().getMatrix();
2 26 Feb 07 jari 167         if(this.clusterTypeStr.equals("Sample"))
2 26 Feb 07 jari 168             this.matrix = this.matrix.transpose();
2 26 Feb 07 jari 169         
2 26 Feb 07 jari 170         int [] indices = cluster.getExperimentIndices();  //get the indices that map to the experiment
2 26 Feb 07 jari 171         Color clusterColor = cluster.getClusterColor();
2 26 Feb 07 jari 172         int xRange = matrix.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 173         
2 26 Feb 07 jari 174         
2 26 Feb 07 jari 175         
2 26 Feb 07 jari 176         //debug
2 26 Feb 07 jari 177        /*System.out.println("cluster indices");
2 26 Feb 07 jari 178         for(int i = 0; i < indices.length; i++)
2 26 Feb 07 jari 179             System.out.println("cluster index = "+indices[i]);
2 26 Feb 07 jari 180         
2 26 Feb 07 jari 181         int [] expindices = cluster.getExperiment().getRowMappingArrayCopy();
2 26 Feb 07 jari 182         System.out.println("\nExp indices indices");
2 26 Feb 07 jari 183         for(int i = 0; i < expindices.length; i++)
2 26 Feb 07 jari 184             System.out.println("exp index = "+expindices[i]);
2 26 Feb 07 jari 185         */
2 26 Feb 07 jari 186         
2 26 Feb 07 jari 187         float min = Float.POSITIVE_INFINITY;
2 26 Feb 07 jari 188         float max = Float.NEGATIVE_INFINITY;
2 26 Feb 07 jari 189         float maxRange;
2 26 Feb 07 jari 190         profileDisplayPanel.removeAllGraphElements();
2 26 Feb 07 jari 191         int currIndex;
2 26 Feb 07 jari 192         GraphLine gL;
2 26 Feb 07 jari 193         
2 26 Feb 07 jari 194         for (int j = 0; j < indices.length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 195             currIndex = indices[j];
2 26 Feb 07 jari 196             
2 26 Feb 07 jari 197             max = Math.max(max, getMax(currIndex));
2 26 Feb 07 jari 198             min = Math.min(min, getMin(currIndex));
2 26 Feb 07 jari 199             maxRange = Math.max(max, Math.abs(min));
2 26 Feb 07 jari 200             profileDisplayPanel.setGraphBounds(0, xRange-1, -maxRange, maxRange);
2 26 Feb 07 jari 201             
2 26 Feb 07 jari 202             for (int i = 0; i < xRange - 1; i++) {
2 26 Feb 07 jari 203                 if ((Float.isNaN((matrix.get(currIndex,i))))||(Float.isNaN(matrix.get(currIndex, i +1)))) {
2 26 Feb 07 jari 204                     continue;
2 26 Feb 07 jari 205                 }
2 26 Feb 07 jari 206                 gL = new GraphLine(i /*+ 1*/, matrix.get(currIndex,i),
2 26 Feb 07 jari 207                 i + 1, matrix.get(currIndex, i+1), clusterColor);
2 26 Feb 07 jari 208                 profileDisplayPanel.addGraphElement(gL);
2 26 Feb 07 jari 209             }
2 26 Feb 07 jari 210         }
2 26 Feb 07 jari 211             /*
2 26 Feb 07 jari 212             for (int i = 0; i < meanProfile.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 213                 if (!Float.isNaN(((Float) meanProfile.elementAt(i)).floatValue())) {
2 26 Feb 07 jari 214                     GraphPoint gp = new GraphPoint(i, ((Float) meanProfile.elementAt(i)).floatValue(), Color.red, 5);
2 26 Feb 07 jari 215                     profileDisplayPanel.addGraphElement(gp);
2 26 Feb 07 jari 216                 }
2 26 Feb 07 jari 217             }
2 26 Feb 07 jari 218              
2 26 Feb 07 jari 219             for (int i = 0; i < meanProfile.size() - 1; i++) {
2 26 Feb 07 jari 220                 gL = new GraphLine(i , ((Float) meanProfile.elementAt(i)).floatValue(),
2 26 Feb 07 jari 221                 i + 1, ((Float) meanProfile.elementAt(i + 1)).floatValue(), Color.blue);
2 26 Feb 07 jari 222                 profileDisplayPanel.addGraphElement(gL);
2 26 Feb 07 jari 223             }
2 26 Feb 07 jari 224              */
2 26 Feb 07 jari 225             /*
2 26 Feb 07 jari 226             if(setTemplate){
2 26 Feb 07 jari 227              
2 26 Feb 07 jari 228                 for (int i = 0; i < meanProfile.size() - 1; i++) {
2 26 Feb 07 jari 229                     if ((Float.isNaN(((Float) meanProfile.elementAt(i)).floatValue())) || (Float.isNaN(((Float) meanProfile.elementAt(i+1)).floatValue()))) {
2 26 Feb 07 jari 230                         continue;
2 26 Feb 07 jari 231                     }
2 26 Feb 07 jari 232                     gL = new GraphLine(i, ((Float) meanProfile.elementAt(i)).floatValue(),
2 26 Feb 07 jari 233                     i + 1, ((Float) meanProfile.elementAt(i + 1)).floatValue(), Color.green);
2 26 Feb 07 jari 234                     profileDisplayPanel.addGraphElement(gL);
2 26 Feb 07 jari 235                 }
2 26 Feb 07 jari 236             }
2 26 Feb 07 jari 237              */
2 26 Feb 07 jari 238         profileDisplayPanel.repaint();
2 26 Feb 07 jari 239     }
2 26 Feb 07 jari 240     
2 26 Feb 07 jari 241     private float getMax(int index){
2 26 Feb 07 jari 242         float max = Float.NEGATIVE_INFINITY;
2 26 Feb 07 jari 243         int cols = matrix.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 244         float val;
2 26 Feb 07 jari 245         for(int i = 0; i < cols; i++){
2 26 Feb 07 jari 246             val = matrix.get(index, i);
2 26 Feb 07 jari 247             if(!Float.isNaN(val))
2 26 Feb 07 jari 248                 if(max < val)
2 26 Feb 07 jari 249                     max = val;
2 26 Feb 07 jari 250         }
2 26 Feb 07 jari 251         return max;
2 26 Feb 07 jari 252     }
2 26 Feb 07 jari 253     
2 26 Feb 07 jari 254     private float getMin(int index){
2 26 Feb 07 jari 255         float min = Float.POSITIVE_INFINITY;
2 26 Feb 07 jari 256         int cols = matrix.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 257         float val;
2 26 Feb 07 jari 258         for(int i = 0; i < cols; i++){
2 26 Feb 07 jari 259             val = matrix.get(index, i);
2 26 Feb 07 jari 260             if(!Float.isNaN(val))
2 26 Feb 07 jari 261                 if(min > val)
2 26 Feb 07 jari 262                     min = val;
2 26 Feb 07 jari 263         }
2 26 Feb 07 jari 264         return min;
2 26 Feb 07 jari 265     }
2 26 Feb 07 jari 266     
2 26 Feb 07 jari 267     private JScrollPane initializeTable(){
2 26 Feb 07 jari 268         
2 26 Feb 07 jari 269         Cluster cluster;
2 26 Feb 07 jari 270         ClusterList list;
2 26 Feb 07 jari 271         JLabel colorLabel;
2 26 Feb 07 jari 272         JTextArea remarksTextArea;
2 26 Feb 07 jari 273         
2 26 Feb 07 jari 274         Vector headerVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 275         headerVector.add("Serial #");
2 26 Feb 07 jari 276         headerVector.add("Source");
2 26 Feb 07 jari 277         headerVector.add("Algorithm Node");
2 26 Feb 07 jari 278         headerVector.add("Cluster Node");
2 26 Feb 07 jari 279         headerVector.add("Cluster Label");
2 26 Feb 07 jari 280         headerVector.add("Remarks");
2 26 Feb 07 jari 281         headerVector.add("Size");
2 26 Feb 07 jari 282         headerVector.add("Color");
2 26 Feb 07 jari 283         
2 26 Feb 07 jari 284         Vector dataVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 285         
2 26 Feb 07 jari 286         int row = 0;
2 26 Feb 07 jari 287         for(int i = 0; i < repository.size(); i++){
2 26 Feb 07 jari 288             list = repository.getClusterList(i);
2 26 Feb 07 jari 289             for(int j = 0; j < list.size(); j++){
2 26 Feb 07 jari 290                 cluster = list.getClusterAt(j);
2 26 Feb 07 jari 291                 dataVector.add(new JLabel(String.valueOf(cluster.getSerialNumber())));
2 26 Feb 07 jari 292                 dataVector.add(new JLabel(String.valueOf(cluster.getSource())));
2 26 Feb 07 jari 293                 dataVector.add(new JLabel(String.valueOf(cluster.getAlgorithmName())));
2 26 Feb 07 jari 294                 dataVector.add(new JLabel(String.valueOf(cluster.getClusterID())));
2 26 Feb 07 jari 295                 dataVector.add(cluster.getClusterLabel());
2 26 Feb 07 jari 296                 dataVector.add(cluster.getClusterDescription());
2 26 Feb 07 jari 297                 dataVector.add(new JLabel(String.valueOf(cluster.getSize())));
2 26 Feb 07 jari 298                 dataVector.add(cluster.getClusterColor());
2 26 Feb 07 jari 299                 row++;
2 26 Feb 07 jari 300             }
2 26 Feb 07 jari 301         }
2 26 Feb 07 jari 302         model = new ClusterTableModel(headerVector, dataVector);
2 26 Feb 07 jari 303         table = new JTable(model);
2 26 Feb 07 jari 304         ClusterCellRenderer renderer = new ClusterCellRenderer();
2 26 Feb 07 jari 305         table.setDefaultRenderer(Color.class, renderer);
2 26 Feb 07 jari 306         table.setDefaultRenderer(JLabel.class, renderer);
2 26 Feb 07 jari 307         table.setPreferredScrollableViewportSize(new Dimension(450, 175));
2 26 Feb 07 jari 308         table.addMouseListener(new TableListener());
2 26 Feb 07 jari 309         table.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 310         table.setRowHeight(table.getRowHeight() + 10);
2 26 Feb 07 jari 311         
2 26 Feb 07 jari 312         table.setRowSelectionAllowed(true);
2 26 Feb 07 jari 313         table.getSelectionModel().setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
2 26 Feb 07 jari 314         
2 26 Feb 07 jari 315         setInitialColumnWidths();
2 26 Feb 07 jari 316         
2 26 Feb 07 jari 317         model.addTableModelListener(new TableListener());
2 26 Feb 07 jari 318         table.setRowHeight(30);
2 26 Feb 07 jari 319         pane = new JScrollPane(table);
2 26 Feb 07 jari 320         pane.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 321         
2 26 Feb 07 jari 322         validate();
2 26 Feb 07 jari 323         return pane;
2 26 Feb 07 jari 324     }
2 26 Feb 07 jari 325     
2 26 Feb 07 jari 326     
2 26 Feb 07 jari 327     public class ClusterTableModel extends AbstractTableModel{
2 26 Feb 07 jari 328         
2 26 Feb 07 jari 329         private String [] columnNames;
2 26 Feb 07 jari 330         private Object [][] rowData;
2 26 Feb 07 jari 331         private Row [] rows;
2 26 Feb 07 jari 332         private int colToSort = 0;
2 26 Feb 07 jari 333         
2 26 Feb 07 jari 334         
2 26 Feb 07 jari 335         public ClusterTableModel(Vector columnNames, Vector rowData){
2 26 Feb 07 jari 336             initializeHeader(columnNames);
2 26 Feb 07 jari 337             initializeData(rowData);
2 26 Feb 07 jari 338             rows = new Row[this.rowData.length];
2 26 Feb 07 jari 339             for(int i = 0; i < rows.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 340                 rows[i] = new Row();
2 26 Feb 07 jari 341                 rows[i].index = i;
2 26 Feb 07 jari 342             }
2 26 Feb 07 jari 343         }
2 26 Feb 07 jari 344         
2 26 Feb 07 jari 345         private void initializeHeader(Vector headerNames){
2 26 Feb 07 jari 346             columnNames = new String[headerNames.size()];
2 26 Feb 07 jari 347             for(int i = 0; i < headerNames.size(); i++){
2 26 Feb 07 jari 348                 columnNames[i] = (String)headerNames.elementAt(i);
2 26 Feb 07 jari 349             }
2 26 Feb 07 jari 350         }
2 26 Feb 07 jari 351         
2 26 Feb 07 jari 352         private void initializeData(Vector data){
2 26 Feb 07 jari 353             int cnt = 0;
2 26 Feb 07 jari 354             rowData = new Object[(int)(data.size()/columnNames.length)][columnNames.length];
2 26 Feb 07 jari 355             while(cnt < data.size()){
2 26 Feb 07 jari 356                 for(int j = 0; j < columnNames.length; j++){
2 26 Feb 07 jari 357                     rowData[(int)(cnt/columnNames.length)][j] = data.elementAt(cnt);
2 26 Feb 07 jari 358                     cnt++;
2 26 Feb 07 jari 359                 }
2 26 Feb 07 jari 360             }
2 26 Feb 07 jari 361         }
2 26 Feb 07 jari 362         
2 26 Feb 07 jari 363         
2 26 Feb 07 jari 364         public String getColumnName(int col) {
2 26 Feb 07 jari 365             return columnNames[col];
2 26 Feb 07 jari 366         }
2 26 Feb 07 jari 367         
2 26 Feb 07 jari 368         public int getRowCount() { return rowData.length; }
2 26 Feb 07 jari 369         
2 26 Feb 07 jari 370         public int getColumnCount() { return columnNames.length; }
2 26 Feb 07 jari 371         
2 26 Feb 07 jari 372         public Object getValueAt(int row, int col) {
2 26 Feb 07 jari 373             return rowData[rows[row].index][col];
2 26 Feb 07 jari 374         }
2 26 Feb 07 jari 375         
2 26 Feb 07 jari 376         public boolean isCellEditable(int row, int col) {
2 26 Feb 07 jari 377             return (col == 7);
2 26 Feb 07 jari 378         }
2 26 Feb 07 jari 379         
2 26 Feb 07 jari 380         public void setValueAt(Object value, int row, int col) {
2 26 Feb 07 jari 381             rowData[rows[row].index][col] = value;
2 26 Feb 07 jari 382             this.fireTableChanged(new TableModelEvent(this, row, row, col));
2 26 Feb 07 jari 383         }
2 26 Feb 07 jari 384         
2 26 Feb 07 jari 385         public Class getColumnClass(int col){
2 26 Feb 07 jari 386             if(col == 7) return Color.class;
2 26 Feb 07 jari 387             if(col == 4 || col == 5) return String.class;
2 26 Feb 07 jari 388             else return JLabel.class;
2 26 Feb 07 jari 389         }
2 26 Feb 07 jari 390         
2 26 Feb 07 jari 391         public int getClusterSerialNumber( int row ){
2 26 Feb 07 jari 392             if(isLegalRow(row)){
2 26 Feb 07 jari 393                 return (Integer.parseInt(((JLabel)(getValueAt(row, 0))).getText()));
2 26 Feb 07 jari 394             }
2 26 Feb 07 jari 395             return -1;
2 26 Feb 07 jari 396         }
2 26 Feb 07 jari 397         
2 26 Feb 07 jari 398         public boolean isLegalRow(int row){
2 26 Feb 07 jari 399             return (row > -1 && row < getRowCount());
2 26 Feb 07 jari 400         }
2 26 Feb 07 jari 401         
2 26 Feb 07 jari 402         public boolean isLegalColumn(int col){
2 26 Feb 07 jari 403             return (col > -1 && col < getColumnCount());
2 26 Feb 07 jari 404         }
2 26 Feb 07 jari 405         
2 26 Feb 07 jari 406         /** Sorts table rows based on column index.
2 26 Feb 07 jari 407          * @param c Column to use as sort key when sorting columns
2 26 Feb 07 jari 408          */
2 26 Feb 07 jari 409         public void sort(int c){
2 26 Feb 07 jari 410             colToSort = c;
2 26 Feb 07 jari 411             Arrays.sort(rows);
2 26 Feb 07 jari 412             table.repaint();
2 26 Feb 07 jari 413         }
2 26 Feb 07 jari 414         
2 26 Feb 07 jari 415         /** Sorts table rows by column header key.
2 26 Feb 07 jari 416          * @param key <CODE>String</CODE> key to identify sort column.
2 26 Feb 07 jari 417          */
2 26 Feb 07 jari 418         public void sortBy(String key){
2 26 Feb 07 jari 419             int col = getColumnIndex(key);
2 26 Feb 07 jari 420             
2 26 Feb 07 jari 421             if(col >= 0){
2 26 Feb 07 jari 422                 sort(col);
2 26 Feb 07 jari 423                 colToSort = col;
2 26 Feb 07 jari 424             }
2 26 Feb 07 jari 425         }
2 26 Feb 07 jari 426         
2 26 Feb 07 jari 427         private int getColumnIndex(String key){
2 26 Feb 07 jari 428             for(int i = 0; i < columnNames.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 429                 if(columnNames[i] == key)
2 26 Feb 07 jari 430                     return i;
2 26 Feb 07 jari 431             }
2 26 Feb 07 jari 432             return 0;
2 26 Feb 07 jari 433         }
2 26 Feb 07 jari 434         
2 26 Feb 07 jari 435         public String [] getColumnNames(){ return this.columnNames; }
2 26 Feb 07 jari 436         
2 26 Feb 07 jari 437         public void hide(String columnName){
2 26 Feb 07 jari 438             table.removeColumn(table.getColumn(columnName));
2 26 Feb 07 jari 439         }
2 26 Feb 07 jari 440         
2 26 Feb 07 jari 441         public void addColumn(String columnName){
2 26 Feb 07 jari 442             table.addColumn( new TableColumn(getColumnIndex(columnName)));
2 26 Feb 07 jari 443             moveColumnFromEnd(getColumnIndex(columnName));
2 26 Feb 07 jari 444         }
2 26 Feb 07 jari 445         
2 26 Feb 07 jari 446         public void addRow(Vector data){
2 26 Feb 07 jari 447             Object [][] newData = new Object[rowData.length+1][rowData[0].length];
2 26 Feb 07 jari 448             for(int i = 0; i < rowData.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 449                 for(int j = 0; j < rowData[i].length; j++){
2 26 Feb 07 jari 450                     newData[i][j] = rowData[i][j];
2 26 Feb 07 jari 451                 }
2 26 Feb 07 jari 452             }
2 26 Feb 07 jari 453             for(int i = 0; i < this.columnNames.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 454                 newData[newData.length -1][i] = data.elementAt(i);
2 26 Feb 07 jari 455             }
2 26 Feb 07 jari 456             rowData = newData;
2 26 Feb 07 jari 457             
2 26 Feb 07 jari 458             Row [] newRows = new Row[this.rowData.length];
2 26 Feb 07 jari 459             
2 26 Feb 07 jari 460             for(int i = 0; i < rows.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 461                 newRows[i] = rows[i];
2 26 Feb 07 jari 462             }
2 26 Feb 07 jari 463             newRows[newRows.length-1] = new Row();
2 26 Feb 07 jari 464             newRows[newRows.length-1].index = newRows.length-1;
2 26 Feb 07 jari 465             rows = newRows;
2 26 Feb 07 jari 466             this.fireTableRowsInserted(rows.length-1, rows.length-1);
2 26 Feb 07 jari 467         }
2 26 Feb 07 jari 468         
2 26 Feb 07 jari 469         public void removeRow(int tableRow){
2 26 Feb 07 jari 470             int row = rows[tableRow].index;
2 26 Feb 07 jari 471             Object [][] newData = new Object[rowData.length-1][rowData[0].length];
2 26 Feb 07 jari 472             int currRow = -1;
2 26 Feb 07 jari 473             for(int i = 0; i < rowData.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 474                 if(i != row){
2 26 Feb 07 jari 475                     currRow++;
2 26 Feb 07 jari 476                     for(int j = 0; j < rowData[i].length; j++){
2 26 Feb 07 jari 477                         newData[currRow][j] = rowData[i][j];
2 26 Feb 07 jari 478                     }
2 26 Feb 07 jari 479                 }
2 26 Feb 07 jari 480             }
2 26 Feb 07 jari 481             rowData = newData;
2 26 Feb 07 jari 482             Row [] newRows = new Row[this.rowData.length];
2 26 Feb 07 jari 483             currRow = -1;
2 26 Feb 07 jari 484             for(int i = 0; i < rows.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 485                 if(i != row){
2 26 Feb 07 jari 486                     currRow++;
2 26 Feb 07 jari 487                     newRows[currRow] = rows[i];
2 26 Feb 07 jari 488                     newRows[currRow].index = currRow;
2 26 Feb 07 jari 489                 }
2 26 Feb 07 jari 490             }
2 26 Feb 07 jari 491             rows = newRows;
2 26 Feb 07 jari 492             this.fireTableRowsDeleted(row,row);
2 26 Feb 07 jari 493         }
2 26 Feb 07 jari 494         
2 26 Feb 07 jari 495         public void removeAllRows(){
2 26 Feb 07 jari 496             int numRows = rows.length;
2 26 Feb 07 jari 497             rowData = new Object[0][0];
2 26 Feb 07 jari 498             rows = new Row[0];
2 26 Feb 07 jari 499             this.fireTableRowsDeleted(0, numRows);
2 26 Feb 07 jari 500         }
2 26 Feb 07 jari 501         
2 26 Feb 07 jari 502         private void moveColumnFromEnd(int finalLocation){
2 26 Feb 07 jari 503             for(int i = table.getColumnCount()-1; i > finalLocation; i--)
2 26 Feb 07 jari 504                 table.moveColumn(i-1,i);
2 26 Feb 07 jari 505         }
2 26 Feb 07 jari 506         
2 26 Feb 07 jari 507         public int getSerialNumber(int row){
2 26 Feb 07 jari 508             JLabel serialLabel = (JLabel)(rowData[row][0]);
2 26 Feb 07 jari 509             return Integer.parseInt(serialLabel.getText());
2 26 Feb 07 jari 510         }
2 26 Feb 07 jari 511         
2 26 Feb 07 jari 512         public void setClusterColor(int tableRow, Color clusterColor){
2 26 Feb 07 jari 513             int row = rows[tableRow].index;
2 26 Feb 07 jari 514             int col = this.getColumnIndex("Color");
2 26 Feb 07 jari 515             setValueAt(clusterColor, row, col);
2 26 Feb 07 jari 516             this.fireTableCellUpdated(tableRow, col);
2 26 Feb 07 jari 517         }
2 26 Feb 07 jari 518         
2 26 Feb 07 jari 519         public void setClusterLabel(int tableRow, String clusterLabel){
2 26 Feb 07 jari 520             int row = rows[tableRow].index;
2 26 Feb 07 jari 521             int col = this.getColumnIndex("Cluster Label");
2 26 Feb 07 jari 522             setValueAt(clusterLabel, row, col);
2 26 Feb 07 jari 523             this.fireTableCellUpdated(tableRow, col);
2 26 Feb 07 jari 524         }
2 26 Feb 07 jari 525         
2 26 Feb 07 jari 526         public void setClusterDescription(int tableRow, String clusterDescription){
2 26 Feb 07 jari 527             int row = rows[tableRow].index;
2 26 Feb 07 jari 528             int col = this.getColumnIndex("Remarks");
2 26 Feb 07 jari 529             setValueAt(clusterDescription, row, col);
2 26 Feb 07 jari 530             this.fireTableCellUpdated(tableRow, col);
2 26 Feb 07 jari 531         }
2 26 Feb 07 jari 532         
2 26 Feb 07 jari 533         
2 26 Feb 07 jari 534         private class Row implements Comparable{
2 26 Feb 07 jari 535             public int index;
2 26 Feb 07 jari 536             private String myString, otherString;
2 26 Feb 07 jari 537             
2 26 Feb 07 jari 538             public int compareTo(Object other){
2 26 Feb 07 jari 539                 Row otherRow = (Row)other;
2 26 Feb 07 jari 540                 Object myObject = rowData[index][colToSort];
2 26 Feb 07 jari 541                 Object otherObject = rowData[otherRow.index][colToSort];
2 26 Feb 07 jari 542                 if(model.getColumnName(colToSort).equals("Serial #") ||
2 26 Feb 07 jari 543                 model.getColumnName(colToSort).equals("Size")){
2 26 Feb 07 jari 544                     Integer i;
2 26 Feb 07 jari 545                     i = new Integer(((JLabel)rowData[index][colToSort]).getText());
2 26 Feb 07 jari 546                     return i.compareTo(new Integer(((JLabel)(otherObject)).getText()));
2 26 Feb 07 jari 547                 }
2 26 Feb 07 jari 548                 if( myObject instanceof Comparable )
2 26 Feb 07 jari 549                     return ((Comparable)myObject).compareTo(otherObject);
2 26 Feb 07 jari 550                 if(myObject instanceof JLabel){
2 26 Feb 07 jari 551                     myString = ((JLabel)(myObject)).getText();
2 26 Feb 07 jari 552                     otherString = ((JLabel)(otherObject)).getText();
2 26 Feb 07 jari 553                     return myString.compareTo(otherString);
2 26 Feb 07 jari 554                 }
2 26 Feb 07 jari 555                 else return index - otherRow.index;
2 26 Feb 07 jari 556             }
2 26 Feb 07 jari 557         }
2 26 Feb 07 jari 558     }
2 26 Feb 07 jari 559     
2 26 Feb 07 jari 560     
2 26 Feb 07 jari 561     public class ClusterCellRenderer implements TableCellRenderer{
2 26 Feb 07 jari 562         
2 26 Feb 07 jari 563         private JPanel colorPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 564         private JLabel label;
2 26 Feb 07 jari 565         private JTextArea textArea;
2 26 Feb 07 jari 566         
2 26 Feb 07 jari 567         public ClusterCellRenderer(){
2 26 Feb 07 jari 568             
2 26 Feb 07 jari 569         }
2 26 Feb 07 jari 570         
2 26 Feb 07 jari 571         public java.awt.Component getTableCellRendererComponent(JTable jTable, Object obj, boolean param, boolean param3, int row, int col) {
2 26 Feb 07 jari 572             if(obj instanceof Color){
2 26 Feb 07 jari 573                 colorPanel.setBackground((Color)obj);
2 26 Feb 07 jari 574                 return colorPanel;
2 26 Feb 07 jari 575             } else if(obj instanceof JLabel){
2 26 Feb 07 jari 576                 label = (JLabel)obj;
2 26 Feb 07 jari 577                 label.setOpaque(true);
2 26 Feb 07 jari 578                 label.setFont(new Font("Arial", Font.PLAIN, 12));
2 26 Feb 07 jari 579                 label.setBackground(new Color(225, 225, 225));
2 26 Feb 07 jari 580                 label.setForeground(Color.black);
2 26 Feb 07 jari 581                 label.setHorizontalAlignment(JLabel.CENTER);
2 26 Feb 07 jari 582                 if(table.isRowSelected(row))
2 26 Feb 07 jari 583                     label.setBackground(table.getSelectionBackground());
2 26 Feb 07 jari 584                 return label;
2 26 Feb 07 jari 585             } else if(obj instanceof JTextArea){
2 26 Feb 07 jari 586                 textArea = (JTextArea)obj;
2 26 Feb 07 jari 587                 if(table.isRowSelected(row))
2 26 Feb 07 jari 588                     textArea.setBackground(table.getSelectionBackground());
2 26 Feb 07 jari 589                 return textArea;
2 26 Feb 07 jari 590             }
2 26 Feb 07 jari 591             colorPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 592             return colorPanel;
2 26 Feb 07 jari 593         }
2 26 Feb 07 jari 594     }
2 26 Feb 07 jari 595     
2 26 Feb 07 jari 596     public class TableListener extends MouseAdapter implements TableModelListener {
2 26 Feb 07 jari 597         
2 26 Feb 07 jari 598         public void tableChanged(javax.swing.event.TableModelEvent tableModelEvent) {
2 26 Feb 07 jari 599             refreshGraph();
2 26 Feb 07 jari 600         }
2 26 Feb 07 jari 601         
2 26 Feb 07 jari 602         public void mousePressed(MouseEvent evt){
2 26 Feb 07 jari 603             refreshGraph();
2 26 Feb 07 jari 604         }
2 26 Feb 07 jari 605         
2 26 Feb 07 jari 606         public void mouseReleased(MouseEvent evt){
2 26 Feb 07 jari 607             refreshGraph();
2 26 Feb 07 jari 608         }
2 26 Feb 07 jari 609         
2 26 Feb 07 jari 610     }
2 26 Feb 07 jari 611     
2 26 Feb 07 jari 612 }

Generated on Thu Jul 20 09:25:58 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)