mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/helpers/ClusterTableViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * ClusterTableViewer.java
2 26 Feb 07 jari 3  *
2 26 Feb 07 jari 4  * Created on March 9, 2004, 11:47 AM
2 26 Feb 07 jari 5  */
2 26 Feb 07 jari 6
2 26 Feb 07 jari 7 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers;
2 26 Feb 07 jari 8
2 26 Feb 07 jari 9 import java.awt.*;
2 26 Feb 07 jari 10 import java.awt.event.*;
2 26 Feb 07 jari 11 import java.awt.image.BufferedImage;
2 26 Feb 07 jari 12 import java.beans.Expression;
2 26 Feb 07 jari 13 import java.util.Arrays;
2 26 Feb 07 jari 14
2 26 Feb 07 jari 15 import javax.swing.*;
2 26 Feb 07 jari 16 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 17 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 18 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 19 import javax.swing.JTable;
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.border.Border;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.table.*;
2 26 Feb 07 jari 23
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer;
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDisplayMenu;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.GUIFactory;
2 26 Feb 07 jari 30
2 26 Feb 07 jari 31 import org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.*;
2 26 Feb 07 jari 32 import org.tigr.util.QSort;
2 26 Feb 07 jari 33
2 26 Feb 07 jari 34 /**
2 26 Feb 07 jari 35  *
2 26 Feb 07 jari 36  * @author  nbhagaba
2 26 Feb 07 jari 37  */
2 26 Feb 07 jari 38 public class ClusterTableViewer implements IViewer {
2 26 Feb 07 jari 39     
2 26 Feb 07 jari 40     private static final String NO_GENES_STR = "No Genes in Cluster!";
2 26 Feb 07 jari 41     private static final Font ERROR_FONT = new Font("monospaced", Font.BOLD, 20);
2 26 Feb 07 jari 42     protected static final String STORE_CLUSTER_CMD = "store-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 43     protected static final String STORE_SELECTED_ROWS_CMD = "store-selected-rows-cmd";
2 26 Feb 07 jari 44     protected static final String SET_DEF_COLOR_CMD = "set-def-color-cmd";
2 26 Feb 07 jari 45     protected static final String SAVE_CLUSTER_CMD = "save-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 46     protected static final String SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD = "save-all-clusters-cmd";
2 26 Feb 07 jari 47     protected static final String LAUNCH_NEW_SESSION_CMD = "launch-new-session-cmd";    
2 26 Feb 07 jari 48     protected static final String LAUNCH_NEW_SESSION_WITH_SEL_ROWS_CMD = "launch-new-session-with-sel-rows-cmd"; 
2 26 Feb 07 jari 49     protected static final String SEARCH_CMD = "search-cmd";
2 26 Feb 07 jari 50     protected static final String CLEAR_ALL_CMD = "clear-all-cmd";
2 26 Feb 07 jari 51     protected static final String SELECT_ALL_CMD = "select-all-cmd";
2 26 Feb 07 jari 52     protected static final String SORT_ORIG_ORDER_CMD = "sort-orig-order-cmd";
2 26 Feb 07 jari 53     protected static final String LINK_TO_URL_CMD = "link-to-url-cmd";    
2 26 Feb 07 jari 54     
2 26 Feb 07 jari 55     public static final int INTEGER_TYPE = 10;
2 26 Feb 07 jari 56     public static final int FLOAT_TYPE = 11;
2 26 Feb 07 jari 57     public static final int DOUBLE_TYPE = 12;
2 26 Feb 07 jari 58     public static final int STRING_TYPE = 13;
2 26 Feb 07 jari 59     public static final int BOOLEAN_TYPE = 14;    
2 26 Feb 07 jari 60     
2 26 Feb 07 jari 61     private JComponent header;
2 26 Feb 07 jari 62     private JPopupMenu popup;    
2 26 Feb 07 jari 63     private Experiment experiment;
2 26 Feb 07 jari 64     private IFramework framework;
2 26 Feb 07 jari 65     private IData data;
2 26 Feb 07 jari 66     private int clusterIndex, xColumn;
2 26 Feb 07 jari 67     //private int xRow;
2 26 Feb 07 jari 68     private int[][] clusters;
2 26 Feb 07 jari 69     private int[][] sortedClusters;
2 26 Feb 07 jari 70     private int[] samplesOrder;
2 26 Feb 07 jari 71     private int[] lastSelectedAnnotationIndices;
2 26 Feb 07 jari 72     private String[] auxTitles, fieldNames;
2 26 Feb 07 jari 73     private Object[][] auxData;
2 26 Feb 07 jari 74     //private Object[][] origData;
2 26 Feb 07 jari 75     private boolean[][] sortedAscending;  
2 26 Feb 07 jari 76     private JTable clusterTable;
2 26 Feb 07 jari 77     private ClusterTableModel clusterModel;  
2 26 Feb 07 jari 78     private ClusterTableSearchDialog searchDialog;
2 26 Feb 07 jari 79     private JMenuItem urlMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 80     private int exptID = 0;
2 26 Feb 07 jari 81     
2 26 Feb 07 jari 82
2 26 Feb 07 jari 83
2 26 Feb 07 jari 84     public ClusterTableViewer(Experiment experiment, int[][] clusters, IData data) {
2 26 Feb 07 jari 85         this(experiment, clusters, data, new String[0], new Object[0][0]);
2 26 Feb 07 jari 86     }
2 26 Feb 07 jari 87     
2 26 Feb 07 jari 88     
2 26 Feb 07 jari 89     public ClusterTableViewer(Experiment experiment, int[][] clusters, IData data, String[] auxTitles, Object[][] auxData) {
2 26 Feb 07 jari 90         if (experiment == null) {
2 26 Feb 07 jari 91             throw new IllegalArgumentException("experiment == null");
2 26 Feb 07 jari 92         }
2 26 Feb 07 jari 93         this.data = data;
2 26 Feb 07 jari 94         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 95         this.exptID = experiment.getId();
2 26 Feb 07 jari 96         this.clusters = clusters;  
2 26 Feb 07 jari 97         this.fieldNames = data.getFieldNames();
2 26 Feb 07 jari 98         this.auxTitles = auxTitles;
2 26 Feb 07 jari 99         if(this.auxTitles == null) {
2 26 Feb 07 jari 100           this.auxTitles = new String[0];
2 26 Feb 07 jari 101         }
2 26 Feb 07 jari 102         this.auxData = auxData;
2 26 Feb 07 jari 103         this.lastSelectedAnnotationIndices = new int[2];
2 26 Feb 07 jari 104         //this.xRow = -1;
2 26 Feb 07 jari 105         this.xColumn = -1;
2 26 Feb 07 jari 106         for (int i = 0; i < lastSelectedAnnotationIndices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 107             lastSelectedAnnotationIndices[1] = 0;
2 26 Feb 07 jari 108         }
2 26 Feb 07 jari 109         
2 26 Feb 07 jari 110         this.sortedClusters = new int[clusters.length][];
2 26 Feb 07 jari 111         
2 26 Feb 07 jari 112         for (int i = 0; i < sortedClusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 113             sortedClusters[i] = new int[clusters[i].length];
2 26 Feb 07 jari 114         }
2 26 Feb 07 jari 115         
2 26 Feb 07 jari 116         for (int i = 0; i < sortedClusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 117             for (int j = 0; j < sortedClusters[i].length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 118                 sortedClusters[i][j] = clusters[i][j];
2 26 Feb 07 jari 119             }
2 26 Feb 07 jari 120         }
2 26 Feb 07 jari 121         
2 26 Feb 07 jari 122         this.clusterModel = new ClusterTableModel();
2 26 Feb 07 jari 123         this.clusterTable = new JTable(clusterModel);
2 26 Feb 07 jari 124         clusterTable.setCellSelectionEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 125         clusterTable.setDefaultRenderer(Color.class, new ColorRenderer(true));
2 26 Feb 07 jari 126         TableColumn column = null;
2 26 Feb 07 jari 127         for (int i = 0; i < clusterModel.getColumnCount(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 128             column = clusterTable.getColumnModel().getColumn(i);
2 26 Feb 07 jari 129             column.setMinWidth(30);
2 26 Feb 07 jari 130         } 
2 26 Feb 07 jari 131         
2 26 Feb 07 jari 132         this.sortedAscending = new boolean[clusters.length][clusterModel.getColumnCount()];
2 26 Feb 07 jari 133         for (int i = 0; i < sortedAscending.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 134             for (int j = 0; j < sortedAscending[i].length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 135                 sortedAscending[i][j] = false;
2 26 Feb 07 jari 136             }
2 26 Feb 07 jari 137         }
2 26 Feb 07 jari 138         /*
2 26 Feb 07 jari 139         clusterTable.addMouseListener(new MouseAdapter() {
2 26 Feb 07 jari 140             public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 141                 if (!event.isPopupTrigger()){
2 26 Feb 07 jari 142                     xRow = clusterTable.rowAtPoint(event.getPoint());
2 26 Feb 07 jari 143                     xColumn = clusterTable.columnAtPoint(event.getPoint()); 
2 26 Feb 07 jari 144                     System.out.println("xRow = " + xRow + ", xCol = " + xColumn);
2 26 Feb 07 jari 145                 }
2 26 Feb 07 jari 146             }
2 26 Feb 07 jari 147         });  
2 26 Feb 07 jari 148          */      
2 26 Feb 07 jari 149         addMouseListenerToHeaderInTable(clusterTable);
2 26 Feb 07 jari 150         header  = clusterTable.getTableHeader();        
2 26 Feb 07 jari 151         
2 26 Feb 07 jari 152         searchDialog = new ClusterTableSearchDialog(JOptionPane.getFrameForComponent(clusterTable), clusterTable, false);  
2 26 Feb 07 jari 153         setMaxWidth(getContentComponent(), getHeaderComponent());  
2 26 Feb 07 jari 154         
2 26 Feb 07 jari 155   Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 156   this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 157         clusterTable.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 158     }    
2 26 Feb 07 jari 159     
2 26 Feb 07 jari 160     public Expression getExpression(){
2 26 Feb 07 jari 161       return new Expression(this, this.getClass(), "new",
2 26 Feb 07 jari 162         new Object[]{this.experiment, this.clusters, this.data, this.auxTitles, this.auxData});
2 26 Feb 07 jari 163
2 26 Feb 07 jari 164     }
2 26 Feb 07 jari 165   
2 26 Feb 07 jari 166   public void setExperiment(Experiment e) {
2 26 Feb 07 jari 167     this.experiment = e;
2 26 Feb 07 jari 168     this.exptID = e.getId();
2 26 Feb 07 jari 169   }
2 26 Feb 07 jari 170   
2 26 Feb 07 jari 171   public int getExperimentID() {
2 26 Feb 07 jari 172     return this.exptID;
2 26 Feb 07 jari 173   }
2 26 Feb 07 jari 174   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 175    * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#setExperimentID(int)
2 26 Feb 07 jari 176    */
2 26 Feb 07 jari 177   public void setExperimentID(int id) {
2 26 Feb 07 jari 178     this.exptID = id;
2 26 Feb 07 jari 179   }    
2 26 Feb 07 jari 180     //EH end state-saving additions
2 26 Feb 07 jari 181
2 26 Feb 07 jari 182     
2 26 Feb 07 jari 183     /**
2 26 Feb 07 jari 184      * Returns a component to be inserted into scroll pane view port.
2 26 Feb 07 jari 185      *
2 26 Feb 07 jari 186      */
2 26 Feb 07 jari 187     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 188         
2 26 Feb 07 jari 189         JPanel panel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 190         panel.setBackground(Color.gray);
2 26 Feb 07 jari 191         GridBagConstraints constraints = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 192         GridBagLayout gridbag = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 193         panel.setLayout(gridbag);
2 26 Feb 07 jari 194         constraints.fill = GridBagConstraints.HORIZONTAL;
2 26 Feb 07 jari 195         constraints.anchor = GridBagConstraints.NORTH;
2 26 Feb 07 jari 196         
2 26 Feb 07 jari 197         
2 26 Feb 07 jari 198         buildConstraints(constraints, 0, 0, 1, 1, 100, 100);
2 26 Feb 07 jari 199         gridbag.setConstraints(clusterTable, constraints);
2 26 Feb 07 jari 200         
2 26 Feb 07 jari 201         panel.add(clusterTable);
2 26 Feb 07 jari 202         //panel.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 203         return panel;
2 26 Feb 07 jari 204     }
2 26 Feb 07 jari 205     
2 26 Feb 07 jari 206     /**
2 26 Feb 07 jari 207      * Returns the corner component corresponding to the indicated corner,
2 26 Feb 07 jari 208      *
2 26 Feb 07 jari 209      * posibly null
2 26 Feb 07 jari 210      *
2 26 Feb 07 jari 211      */
2 26 Feb 07 jari 212     public JComponent getCornerComponent(int cornerIndex) {
2 26 Feb 07 jari 213         return null;
2 26 Feb 07 jari 214     }
2 26 Feb 07 jari 215     
2 26 Feb 07 jari 216   
2 26 Feb 07 jari 217   
2 26 Feb 07 jari 218     
2 26 Feb 07 jari 219     /**
2 26 Feb 07 jari 220      * Returns a component to be inserted into scroll pane header.
2 26 Feb 07 jari 221      *
2 26 Feb 07 jari 222      */
2 26 Feb 07 jari 223     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 224         
2 26 Feb 07 jari 225         JPanel panel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 226         panel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 227         GridBagConstraints constraints = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 228         GridBagLayout gridbag = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 229         panel.setLayout(gridbag);
2 26 Feb 07 jari 230         constraints.fill = GridBagConstraints.HORIZONTAL;
2 26 Feb 07 jari 231         buildConstraints(constraints, 0, 0, 1, 1, 100, 100);
2 26 Feb 07 jari 232         gridbag.setConstraints(header, constraints);
2 26 Feb 07 jari 233         panel.add(header);
2 26 Feb 07 jari 234
2 26 Feb 07 jari 235         return panel; 
2 26 Feb 07 jari 236           
2 26 Feb 07 jari 237         //return header;
2 26 Feb 07 jari 238     }
2 26 Feb 07 jari 239     
2 26 Feb 07 jari 240     void buildConstraints(GridBagConstraints gbc, int gx, int gy,
2 26 Feb 07 jari 241     int gw, int gh, int wx, int wy) {
2 26 Feb 07 jari 242         
2 26 Feb 07 jari 243         gbc.gridx = gx;
2 26 Feb 07 jari 244         gbc.gridy = gy;
2 26 Feb 07 jari 245         gbc.gridwidth = gw;
2 26 Feb 07 jari 246         gbc.gridheight = gh;
2 26 Feb 07 jari 247         gbc.weightx = wx;
2 26 Feb 07 jari 248         gbc.weighty = wy;
2 26 Feb 07 jari 249     }     
2 26 Feb 07 jari 250     /**
2 26 Feb 07 jari 251      * Invoked by the framework to save or to print viewer image.
2 26 Feb 07 jari 252      *
2 26 Feb 07 jari 253      */
2 26 Feb 07 jari 254     public BufferedImage getImage() {
2 26 Feb 07 jari 255         return null;
2 26 Feb 07 jari 256     }
2 26 Feb 07 jari 257     
2 26 Feb 07 jari 258     /**
2 26 Feb 07 jari 259      * Returns a component to be inserted into the scroll pane row header
2 26 Feb 07 jari 260      *
2 26 Feb 07 jari 261      */
2 26 Feb 07 jari 262     public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 263         return null;
2 26 Feb 07 jari 264     }
2 26 Feb 07 jari 265     
2 26 Feb 07 jari 266     /**
2 26 Feb 07 jari 267      * Invoked when the framework is going to be closed.
2 26 Feb 07 jari 268      *
2 26 Feb 07 jari 269      */
2 26 Feb 07 jari 270     public void onClosed() {
2 26 Feb 07 jari 271     }
2 26 Feb 07 jari 272     
2 26 Feb 07 jari 273     /**
2 26 Feb 07 jari 274      * Invoked by the framework when data is changed,
2 26 Feb 07 jari 275      *
2 26 Feb 07 jari 276      * if this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 277      *
2 26 Feb 07 jari 278      * @see IData
2 26 Feb 07 jari 279      *
2 26 Feb 07 jari 280      */
2 26 Feb 07 jari 281     public void onDataChanged(IData data) {
2 26 Feb 07 jari 282         this.data = data;
2 26 Feb 07 jari 283         //clusterTable.repaint();        
2 26 Feb 07 jari 284     }
2 26 Feb 07 jari 285     
2 26 Feb 07 jari 286     /**
2 26 Feb 07 jari 287      * Invoked by the framework when this viewer was deselected.
2 26 Feb 07 jari 288      *
2 26 Feb 07 jari 289      */
2 26 Feb 07 jari 290     public void onDeselected() {
2 26 Feb 07 jari 291         //clusterTable.repaint();
2 26 Feb 07 jari 292     }
2 26 Feb 07 jari 293     
2 26 Feb 07 jari 294     /**
2 26 Feb 07 jari 295      * Invoked by the framework when display menu is changed,
2 26 Feb 07 jari 296      *
2 26 Feb 07 jari 297      * if this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 298      *
2 26 Feb 07 jari 299      * @see IDisplayMenu
2 26 Feb 07 jari 300      *
2 26 Feb 07 jari 301      */
2 26 Feb 07 jari 302     public void onMenuChanged(IDisplayMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 303     }
2 26 Feb 07 jari 304     
2 26 Feb 07 jari 305     /**
2 26 Feb 07 jari 306      * Invoked by the framework when this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 307      *
2 26 Feb 07 jari 308      */
2 26 Feb 07 jari 309     public void onSelected(IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 310         this.framework = framework;
2 26 Feb 07 jari 311         this.data = framework.getData();        
2 26 Feb 07 jari 312         IDisplayMenu menu = framework.getDisplayMenu();
2 26 Feb 07 jari 313         Integer userObject = (Integer)framework.getUserObject();        
2 26 Feb 07 jari 314         setClusterIndex(userObject == null ? 0 : userObject.intValue());  
2 26 Feb 07 jari 315         clusterTable.clearSelection();
2 26 Feb 07 jari 316     }
2 26 Feb 07 jari 317     
2 26 Feb 07 jari 318     /**
2 26 Feb 07 jari 319      * Sets cluster index to be displayed.
2 26 Feb 07 jari 320      */
2 26 Feb 07 jari 321
2 26 Feb 07 jari 322     public void setClusterIndex(int clusterIndex) {
2 26 Feb 07 jari 323         this.clusterIndex = clusterIndex;
2 26 Feb 07 jari 324     }
2 26 Feb 07 jari 325
2 26 Feb 07 jari 326     /**
2 26 Feb 07 jari 327      * Returns index of current cluster.
2 26 Feb 07 jari 328      */
2 26 Feb 07 jari 329
2 26 Feb 07 jari 330     public int getClusterIndex() {
2 26 Feb 07 jari 331         return clusterIndex;
2 26 Feb 07 jari 332     }    
2 26 Feb 07 jari 333
2 26 Feb 07 jari 334     /**
2 26 Feb 07 jari 335      * Returns indices of current cluster.
2 26 Feb 07 jari 336      */
2 26 Feb 07 jari 337     public int[] getCluster() {
2 26 Feb 07 jari 338         return clusters[this.clusterIndex];
2 26 Feb 07 jari 339     }
2 26 Feb 07 jari 340     
2 26 Feb 07 jari 341     /**
2 26 Feb 07 jari 342      * Returns all the clusters.
2 26 Feb 07 jari 343      */
2 26 Feb 07 jari 344     public int[][] getClusters() {
2 26 Feb 07 jari 345         return clusters;
2 26 Feb 07 jari 346     }
2 26 Feb 07 jari 347     
2 26 Feb 07 jari 348     public int[] getSortedCluster() {
2 26 Feb 07 jari 349         return sortedClusters[this.clusterIndex];
2 26 Feb 07 jari 350     }
2 26 Feb 07 jari 351     
2 26 Feb 07 jari 352     /**
2 26 Feb 07 jari 353
2 26 Feb 07 jari 354      *  Returns the row index in the experiment's <code>FloatMatrix<\code>
2 26 Feb 07 jari 355
2 26 Feb 07 jari 356      *  corresponding to the passed index to the clusters array
2 26 Feb 07 jari 357
2 26 Feb 07 jari 358      */
2 26 Feb 07 jari 359
2 26 Feb 07 jari 360     private int getExperimentRow(int row){
2 26 Feb 07 jari 361         return this.clusters[this.clusterIndex][row];
2 26 Feb 07 jari 362     }  
2 26 Feb 07 jari 363     
2 26 Feb 07 jari 364     /**
2 26 Feb 07 jari 365      * Returns index of a gene in the current cluster.
2 26 Feb 07 jari 366      */
2 26 Feb 07 jari 367
2 26 Feb 07 jari 368     protected int getProbe(int row) {
2 26 Feb 07 jari 369         return this.clusters[this.clusterIndex][row];
2 26 Feb 07 jari 370     }    
2 26 Feb 07 jari 371    
2 26 Feb 07 jari 372     
2 26 Feb 07 jari 373     private int getColumn(int column) {
2 26 Feb 07 jari 374         return samplesOrder[column];
2 26 Feb 07 jari 375     }
2 26 Feb 07 jari 376     
2 26 Feb 07 jari 377     /**
2 26 Feb 07 jari 378      * Returns wrapped experiment.
2 26 Feb 07 jari 379      */
2 26 Feb 07 jari 380
2 26 Feb 07 jari 381     public Experiment getExperiment() {
2 26 Feb 07 jari 382         return experiment;
2 26 Feb 07 jari 383     }
2 26 Feb 07 jari 384     
2 26 Feb 07 jari 385     /**
2 26 Feb 07 jari 386      * Returns the data.
2 26 Feb 07 jari 387      */
2 26 Feb 07 jari 388     public IData getData() {
2 26 Feb 07 jari 389         return data;
2 26 Feb 07 jari 390     }  
2 26 Feb 07 jari 391     
2 26 Feb 07 jari 392     /**
2 26 Feb 07 jari 393      * Converts cluster indicies from the experiment to IData rows which could be different
2 26 Feb 07 jari 394      */
2 26 Feb 07 jari 395
2 26 Feb 07 jari 396     private int [] getIDataRowIndices(int [] expIndices){
2 26 Feb 07 jari 397         int [] dataIndices = new int[expIndices.length];
2 26 Feb 07 jari 398         for(int i = 0; i < expIndices.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 399             dataIndices[i] = this.getMultipleArrayDataRow(i);
2 26 Feb 07 jari 400         }
2 26 Feb 07 jari 401         return dataIndices;
2 26 Feb 07 jari 402     }    
2 26 Feb 07 jari 403     
2 26 Feb 07 jari 404     /**
2 26 Feb 07 jari 405      *  Returns the row (index) within the main iData which corresponds to
2 26 Feb 07 jari 406      *  the passed index to the clusters array
2 26 Feb 07 jari 407      */
2 26 Feb 07 jari 408     private int getMultipleArrayDataRow(int clusterArrayRow) {
2 26 Feb 07 jari 409         return experiment.getGeneIndexMappedToData(this.clusters[this.clusterIndex][clusterArrayRow]);
2 26 Feb 07 jari 410     }    
2 26 Feb 07 jari 411     
2 26 Feb 07 jari 412     class ClusterTableModel extends AbstractTableModel {
2 26 Feb 07 jari 413         String[] columnNames;
2 26 Feb 07 jari 414         private String NO_ANNOTATION = "No Annotation Loaded";
2 26 Feb 07 jari 415         boolean hasAnnotation = true;
2 26 Feb 07 jari 416         
2 26 Feb 07 jari 417         public ClusterTableModel() {
2 26 Feb 07 jari 418           if(fieldNames.length + auxTitles.length == 0){ //No annotation loaded
2 26 Feb 07 jari 419             columnNames = new String[2];
2 26 Feb 07 jari 420             columnNames[1] = NO_ANNOTATION;
2 26 Feb 07 jari 421             hasAnnotation = false;
2 26 Feb 07 jari 422           } else {
2 26 Feb 07 jari 423            columnNames = new String[1 + fieldNames.length + auxTitles.length];  
2 26 Feb 07 jari 424            int counter;
2 26 Feb 07 jari 425             for (counter = 1; counter < fieldNames.length + 1; counter++) {
2 26 Feb 07 jari 426                 columnNames[counter] = fieldNames[counter - 1];
2 26 Feb 07 jari 427             }
2 26 Feb 07 jari 428             for (int i = counter; i < columnNames.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 429                 columnNames[i] = auxTitles[i - counter];
2 26 Feb 07 jari 430             }
2 26 Feb 07 jari 431         }
2 26 Feb 07 jari 432           columnNames[0] = "Stored Color";
2 26 Feb 07 jari 433         }
2 26 Feb 07 jari 434
2 26 Feb 07 jari 435         public int getColumnCount() {
2 26 Feb 07 jari 436             return columnNames.length;
2 26 Feb 07 jari 437         }
2 26 Feb 07 jari 438         
2 26 Feb 07 jari 439         public int getRowCount() {
2 26 Feb 07 jari 440             return getCluster().length;
2 26 Feb 07 jari 441         }
2 26 Feb 07 jari 442         
2 26 Feb 07 jari 443         public String getColumnName(int col) {
2 26 Feb 07 jari 444             return columnNames[col];            
2 26 Feb 07 jari 445         }
2 26 Feb 07 jari 446         
2 26 Feb 07 jari 447         public Object getValueAt(int row, int col) {
2 26 Feb 07 jari 448             if (col == 0) {
2 26 Feb 07 jari 449                 return data.getProbeColor(experiment.getGeneIndexMappedToData(getSortedCluster()[row])) == null? Color.white : data.getProbeColor(experiment.getGeneIndexMappedToData(getSortedCluster()[row]));
2 26 Feb 07 jari 450             } else if(!hasAnnotation){
2 26 Feb 07 jari 451               return new Integer(row+1);
2 26 Feb 07 jari 452             } else if (col < fieldNames.length + 1) {
2 26 Feb 07 jari 453                 return data.getElementAttribute(experiment.getGeneIndexMappedToData(getSortedCluster()[row]), col - 1);
2 26 Feb 07 jari 454             } else {
2 26 Feb 07 jari 455                 return String.valueOf(auxData[getSortedCluster()[row]][col - (fieldNames.length + 1)]);
2 26 Feb 07 jari 456             }
2 26 Feb 07 jari 457         }
2 26 Feb 07 jari 458         
2 26 Feb 07 jari 459        public Class getColumnClass(int c) {
2 26 Feb 07 jari 460             return getValueAt(0, c).getClass();
2 26 Feb 07 jari 461         }
2 26 Feb 07 jari 462         /*
2 26 Feb 07 jari 463         public void setValueAt(Object value, int row, int col) {
2 26 Feb 07 jari 464             //tableData[row][col] = value;
2 26 Feb 07 jari 465             fireTableCellUpdated(row, col);
2 26 Feb 07 jari 466         }
2 26 Feb 07 jari 467          */
2 26 Feb 07 jari 468        
2 26 Feb 07 jari 469         
2 26 Feb 07 jari 470     }
2 26 Feb 07 jari 471     
2 26 Feb 07 jari 472     
2 26 Feb 07 jari 473     
2 26 Feb 07 jari 474     private int[] reverse(int[] arr) {
2 26 Feb 07 jari 475         int[] revArr = new int[arr.length];
2 26 Feb 07 jari 476         int  revCount = 0;
2 26 Feb 07 jari 477         int count = arr.length - 1;
2 26 Feb 07 jari 478         for (int i=0; i < arr.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 479             revArr[revCount] = arr[count];
2 26 Feb 07 jari 480             revCount++;
2 26 Feb 07 jari 481             count--;
2 26 Feb 07 jari 482         }
2 26 Feb 07 jari 483         return revArr;
2 26 Feb 07 jari 484     }    
2 26 Feb 07 jari 485     
2 26 Feb 07 jari 486     public void addMouseListenerToHeaderInTable(JTable table) {
2 26 Feb 07 jari 487         //final TableSorter sorter = this;
2 26 Feb 07 jari 488         final JTable tableView = table;
2 26 Feb 07 jari 489         tableView.setColumnSelectionAllowed(false);
2 26 Feb 07 jari 490         MouseAdapter listMouseListener = new MouseAdapter() {
2 26 Feb 07 jari 491             public void mouseClicked(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 492                 TableColumnModel columnModel = tableView.getColumnModel();
2 26 Feb 07 jari 493                 int viewColumn = columnModel.getColumnIndexAtX(e.getX());
2 26 Feb 07 jari 494                 int column = tableView.convertColumnIndexToModel(viewColumn);
2 26 Feb 07 jari 495                 if (e.getClickCount() == 1 && column != -1) {
2 26 Feb 07 jari 496                     int shiftPressed = e.getModifiers()&InputEvent.SHIFT_MASK;
2 26 Feb 07 jari 497                     int controlPressed = e.getModifiers()&InputEvent.CTRL_MASK;
2 26 Feb 07 jari 498                     boolean originalOrder = (controlPressed != 0);
2 26 Feb 07 jari 499                     sortByColumn(column, !(sortedAscending[getClusterIndex()][column]), originalOrder);
2 26 Feb 07 jari 500                     sortedAscending[getClusterIndex()][column] = !(sortedAscending[getClusterIndex()][column]);
2 26 Feb 07 jari 501                     if (originalOrder) {
2 26 Feb 07 jari 502                         for (int i = 0; i < clusterModel.getColumnCount(); i++)
2 26 Feb 07 jari 503                         sortedAscending[getClusterIndex()][i] = false;
2 26 Feb 07 jari 504                     }               
2 26 Feb 07 jari 505                 }
2 26 Feb 07 jari 506                 //tableView.repaint();
2 26 Feb 07 jari 507             }
2 26 Feb 07 jari 508         };
2 26 Feb 07 jari 509         JTableHeader th = tableView.getTableHeader();
2 26 Feb 07 jari 510         //tableView.repaint();
2 26 Feb 07 jari 511         th.addMouseListener(listMouseListener);
2 26 Feb 07 jari 512     }    
2 26 Feb 07 jari 513     
2 26 Feb 07 jari 514     public void sortByColumn(int column, boolean ascending, boolean originalOrder) {
2 26 Feb 07 jari 515         //if (column == 0) return;
2 26 Feb 07 jari 516         if (originalOrder) {
2 26 Feb 07 jari 517             for (int i = 0; i < getSortedCluster().length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 518                 sortedClusters[this.clusterIndex][i] = getCluster()[i];
2 26 Feb 07 jari 519             }
2 26 Feb 07 jari 520             
2 26 Feb 07 jari 521             clusterTable.repaint();
2 26 Feb 07 jari 522             clusterTable.clearSelection();
2 26 Feb 07 jari 523             return;            
2 26 Feb 07 jari 524         }
2 26 Feb 07 jari 525         
2 26 Feb 07 jari 526         int[] sortedIndices = new int[getCluster().length];
2 26 Feb 07 jari 527         if (column == 0) {
2 26 Feb 07 jari 528             double[] origArray = new double[getCluster().length];
2 26 Feb 07 jari 529             for (int i = 0; i < origArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 530                 Color currColor = data.getProbeColor(experiment.getGeneIndexMappedToData(getCluster()[i])) == null? Color.white : data.getProbeColor(experiment.getGeneIndexMappedToData(getCluster()[i]));
2 26 Feb 07 jari 531                 origArray[i] = (double)(currColor.getRGB());
2 26 Feb 07 jari 532             }
2 26 Feb 07 jari 533             QSort sortArray = new QSort(origArray);
2 26 Feb 07 jari 534             int[] sortedPrimaryIndices = sortArray.getOrigIndx();
2 26 Feb 07 jari 535             for (int i = 0; i < sortedPrimaryIndices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 536                 sortedIndices[i] = getCluster()[sortedPrimaryIndices[i]];
2 26 Feb 07 jari 537             }            
2 26 Feb 07 jari 538             
2 26 Feb 07 jari 539         } else if (column < fieldNames.length +1) {
2 26 Feb 07 jari 540             SortableField[] sortFields = new SortableField[getCluster().length];
2 26 Feb 07 jari 541             for (int i = 0; i < sortFields.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 542                 int currIndex = getCluster()[i];
2 26 Feb 07 jari 543                 String currField = data.getElementAttribute(experiment.getGeneIndexMappedToData(getCluster()[i]), column - 1);
2 26 Feb 07 jari 544                 sortFields[i] = new SortableField(currIndex, currField);
2 26 Feb 07 jari 545             }
2 26 Feb 07 jari 546             
2 26 Feb 07 jari 547             Arrays.sort(sortFields);            
2 26 Feb 07 jari 548             for (int i = 0; i < sortFields.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 549                 sortedIndices[i] = sortFields[i].getIndex();
2 26 Feb 07 jari 550             }
2 26 Feb 07 jari 551         } else {
2 26 Feb 07 jari 552             int obType = getObjectType(auxData[0][column - (fieldNames.length +1)]);
2 26 Feb 07 jari 553             if ((obType == ExperimentUtil.DOUBLE_TYPE) || (obType == ExperimentUtil.FLOAT_TYPE) || (obType == ExperimentUtil.INTEGER_TYPE)) {
2 26 Feb 07 jari 554                 double[] origArray = new double[getCluster().length];
2 26 Feb 07 jari 555                 for (int i = 0; i < origArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 556                     if (obType == ExperimentUtil.DOUBLE_TYPE) {
2 26 Feb 07 jari 557                         origArray[i] = ((Double)(auxData[getCluster()[i]][column - (fieldNames.length + 1)])).doubleValue();
2 26 Feb 07 jari 558                     } else if (obType == ExperimentUtil.FLOAT_TYPE) {
2 26 Feb 07 jari 559                         origArray[i] = ((Float)(auxData[getCluster()[i]][column - (fieldNames.length + 1)])).doubleValue();
2 26 Feb 07 jari 560                     } else if (obType == ExperimentUtil.INTEGER_TYPE) {
2 26 Feb 07 jari 561                         origArray[i] = ((Integer)(auxData[getCluster()[i]][column - (fieldNames.length + 1)])).doubleValue();
2 26 Feb 07 jari 562                     }
2 26 Feb 07 jari 563                 }
2 26 Feb 07 jari 564                 QSort sortArray = new QSort(origArray);
2 26 Feb 07 jari 565                 int[] sortedPrimaryIndices = sortArray.getOrigIndx();
2 26 Feb 07 jari 566                 for (int i = 0; i < sortedPrimaryIndices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 567                     sortedIndices[i] = getCluster()[sortedPrimaryIndices[i]];
2 26 Feb 07 jari 568                 }
2 26 Feb 07 jari 569             } else if (obType == ExperimentUtil.BOOLEAN_TYPE) {
2 26 Feb 07 jari 570                 SortableField[] sortFields = new SortableField[getCluster().length];
2 26 Feb 07 jari 571                 for (int i = 0; i < sortFields.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 572                     int currIndex = getCluster()[i];
2 26 Feb 07 jari 573                     String currField = ((Boolean)(auxData[getCluster()[i]][column - (fieldNames.length + 1)])).toString();
2 26 Feb 07 jari 574                     sortFields[i] = new SortableField(currIndex, currField);
2 26 Feb 07 jari 575                 }
2 26 Feb 07 jari 576                 
2 26 Feb 07 jari 577                 Arrays.sort(sortFields);
2 26 Feb 07 jari 578                 for (int i = 0; i < sortFields.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 579                     sortedIndices[i] = sortFields[i].getIndex();
2 26 Feb 07 jari 580                 }                
2 26 Feb 07 jari 581             } else if (obType == ExperimentUtil.STRING_TYPE) {
2 26 Feb 07 jari 582                 SortableField[] sortFields = new SortableField[getCluster().length];
2 26 Feb 07 jari 583                 for (int i = 0; i < sortFields.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 584                     int currIndex = getCluster()[i];
2 26 Feb 07 jari 585                     String currField = (String)(auxData[getCluster()[i]][column - (fieldNames.length + 1)]);
2 26 Feb 07 jari 586                     sortFields[i] = new SortableField(currIndex, currField);
2 26 Feb 07 jari 587                 }
2 26 Feb 07 jari 588                 
2 26 Feb 07 jari 589                 Arrays.sort(sortFields);
2 26 Feb 07 jari 590                 for (int i = 0; i < sortFields.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 591                     sortedIndices[i] = sortFields[i].getIndex();
2 26 Feb 07 jari 592                 }                 
2 26 Feb 07 jari 593             }
2 26 Feb 07 jari 594         }
2 26 Feb 07 jari 595         
2 26 Feb 07 jari 596         if (!ascending) {
2 26 Feb 07 jari 597             sortedIndices = reverse(sortedIndices);
2 26 Feb 07 jari 598         }
2 26 Feb 07 jari 599         
2 26 Feb 07 jari 600         for (int i = 0; i < getSortedCluster().length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 601             sortedClusters[this.clusterIndex][i] = sortedIndices[i];
2 26 Feb 07 jari 602         }
2 26 Feb 07 jari 603         clusterTable.repaint();
2 26 Feb 07 jari 604         clusterTable.removeRowSelectionInterval(0, clusterTable.getRowCount() - 1);
2 26 Feb 07 jari 605     }
2 26 Feb 07 jari 606     
2 26 Feb 07 jari 607     private class SortableField implements Comparable {
2 26 Feb 07 jari 608         private String field;
2 26 Feb 07 jari 609         private int index;
2 26 Feb 07 jari 610         
2 26 Feb 07 jari 611         SortableField(int index, String field) {
2 26 Feb 07 jari 612             this.index = index;
2 26 Feb 07 jari 613             this.field = field;
2 26 Feb 07 jari 614             //System.out.println("SortableField[" + index + "][" + column + "]: index = " + index + ", field = " + field);
2 26 Feb 07 jari 615         }
2 26 Feb 07 jari 616         
2 26 Feb 07 jari 617         public int compareTo(Object other) {
2 26 Feb 07 jari 618             SortableField otherField = (SortableField)other;
2 26 Feb 07 jari 619             return this.field.compareTo(otherField.getField());
2 26 Feb 07 jari 620         }
2 26 Feb 07 jari 621         
2 26 Feb 07 jari 622         public int getIndex() {
2 26 Feb 07 jari 623             return this.index;
2 26 Feb 07 jari 624         }
2 26 Feb 07 jari 625         public String getField() {
2 26 Feb 07 jari 626             return this.field;
2 26 Feb 07 jari 627         }
2 26 Feb 07 jari 628     }    
2 26 Feb 07 jari 629     
2 26 Feb 07 jari 630     
2 26 Feb 07 jari 631     private static int[] getTypes (Object[][] objData) {
2 26 Feb 07 jari 632         int[] types = new int[objData[0].length];
2 26 Feb 07 jari 633         for (int i = 0; i < types.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 634             types[i] = getObjectType(objData[0][i]);
2 26 Feb 07 jari 635             //Object 
2 26 Feb 07 jari 636         }
2 26 Feb 07 jari 637         return types;
2 26 Feb 07 jari 638     }
2 26 Feb 07 jari 639     
2 26 Feb 07 jari 640     private static int getObjectType(Object obj) {
2 26 Feb 07 jari 641         int obType = -1;
2 26 Feb 07 jari 642         if (obj instanceof Boolean) {
2 26 Feb 07 jari 643             return ExperimentUtil.BOOLEAN_TYPE;
2 26 Feb 07 jari 644         } else if (obj instanceof Double) {
2 26 Feb 07 jari 645             return ExperimentUtil.DOUBLE_TYPE;
2 26 Feb 07 jari 646         } else if (obj instanceof Float) {
2 26 Feb 07 jari 647             return ExperimentUtil.FLOAT_TYPE;
2 26 Feb 07 jari 648         } else if (obj instanceof Integer) {
2 26 Feb 07 jari 649             return ExperimentUtil.INTEGER_TYPE;
2 26 Feb 07 jari 650         } else if (obj instanceof String) {
2 26 Feb 07 jari 651             return ExperimentUtil.STRING_TYPE;
2 26 Feb 07 jari 652         } else {
2 26 Feb 07 jari 653             return obType;
2 26 Feb 07 jari 654         }
2 26 Feb 07 jari 655     }  
2 26 Feb 07 jari 656     
2 26 Feb 07 jari 657     private void searchTable(){
2 26 Feb 07 jari 658         
2 26 Feb 07 jari 659         searchDialog.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 660         searchDialog.toFront();
2 26 Feb 07 jari 661         //searchDialog.requestFocus();
2 26 Feb 07 jari 662         searchDialog.setLocation(clusterTable.getLocation().x + 100, clusterTable.getLocation().y +100);
2 26 Feb 07 jari 663         
2 26 Feb 07 jari 664     }    
2 26 Feb 07 jari 665
2 26 Feb 07 jari 666     /**
2 26 Feb 07 jari 667      * Synchronize content and header sizes.
2 26 Feb 07 jari 668      */
2 26 Feb 07 jari 669     private void setMaxWidth(JComponent content, JComponent header) {
2 26 Feb 07 jari 670         int c_width = content.getPreferredSize().width;
2 26 Feb 07 jari 671         int h_width = header.getPreferredSize().width;
2 26 Feb 07 jari 672         if (c_width > h_width) {
2 26 Feb 07 jari 673             header.setPreferredSize(new Dimension(c_width, header.getPreferredSize().height));
2 26 Feb 07 jari 674         } else {
2 26 Feb 07 jari 675             content.setPreferredSize(new Dimension(h_width, content.getPreferredSize().height));
2 26 Feb 07 jari 676         }
2 26 Feb 07 jari 677     }    
2 26 Feb 07 jari 678     
2 26 Feb 07 jari 679     /**
2 26 Feb 07 jari 680      * Sets public color for the current cluster.
2 26 Feb 07 jari 681      */
2 26 Feb 07 jari 682
2 26 Feb 07 jari 683     public void setClusterColor(Color color) {
2 26 Feb 07 jari 684         if(color ==null){  //indicates removal of cluster
2 26 Feb 07 jari 685             //framework.removeCluster(getArrayMappedToData(), experiment, ClusterRepository.GENE_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 686             boolean success = framework.removeSubCluster(getArrayMappedToSelectedIndices(), experiment, ClusterRepository.GENE_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 687             if (!success) {
2 26 Feb 07 jari 688                 JOptionPane.showMessageDialog(null, "Cluster not deleted! Selected rows must exactly correspond to a cluster created in the current algorithm run", "Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 689             }
2 26 Feb 07 jari 690         }
2 26 Feb 07 jari 691     }    
2 26 Feb 07 jari 692
2 26 Feb 07 jari 693     /**
2 26 Feb 07 jari 694      *  Sets cluster color
2 26 Feb 07 jari 695      */
2 26 Feb 07 jari 696     public void storeCluster(){
2 26 Feb 07 jari 697         framework.storeSubCluster(getArrayMappedToData(), experiment, ClusterRepository.GENE_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 698         onDataChanged(this.data);
2 26 Feb 07 jari 699     }    
2 26 Feb 07 jari 700
2 26 Feb 07 jari 701     public void storeSelectedRowsAsCluster() {
2 26 Feb 07 jari 702         if (getArrayMappedToSelectedIndices().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 703             JOptionPane.showMessageDialog(null, "No rows selected! Cluster will not be saved", "Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 704         } else {
2 26 Feb 07 jari 705             framework.storeSubCluster(getArrayMappedToSelectedIndices(), experiment, ClusterRepository.GENE_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 706             onDataChanged(this.data);
2 26 Feb 07 jari 707         }
2 26 Feb 07 jari 708     }
2 26 Feb 07 jari 709     /**
2 26 Feb 07 jari 710      * Launches a new <code>MultipleExperimentViewer</code> containing the current cluster
2 26 Feb 07 jari 711      */
2 26 Feb 07 jari 712     public void launchNewSession(){
2 26 Feb 07 jari 713         framework.launchNewMAV(getArrayMappedToData(), this.experiment, "Multiple Experiment Viewer - Cluster Viewer", Cluster.GENE_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 714     }    
2 26 Feb 07 jari 715     
2 26 Feb 07 jari 716     public void launchNewSessionWithSelectedRows() {
2 26 Feb 07 jari 717         framework.launchNewMAV(getArrayMappedToSelectedIndices(), this.experiment, "Multiple Experiment Viewer - Cluster Viewer", Cluster.GENE_CLUSTER);        
2 26 Feb 07 jari 718     }
2 26 Feb 07 jari 719     
2 26 Feb 07 jari 720     public void sortInOrigOrder() {
2 26 Feb 07 jari 721         for (int i = 0; i < getSortedCluster().length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 722             sortedClusters[this.clusterIndex][i] = getCluster()[i];
2 26 Feb 07 jari 723         }
2 26 Feb 07 jari 724         
2 26 Feb 07 jari 725         clusterTable.repaint();  
2 26 Feb 07 jari 726         clusterTable.clearSelection();
2 26 Feb 07 jari 727         for (int i = 0; i < clusterModel.getColumnCount(); i++)
2 26 Feb 07 jari 728             sortedAscending[getClusterIndex()][i] = false;        
2 26 Feb 07 jari 729     }
2 26 Feb 07 jari 730
2 26 Feb 07 jari 731     
2 26 Feb 07 jari 732     private int [] getArrayMappedToData(){
2 26 Feb 07 jari 733         int [] clusterIndices = getCluster();
2 26 Feb 07 jari 734         if(clusterIndices == null || clusterIndices.length < 1)
2 26 Feb 07 jari 735             return clusterIndices;       
2 26 Feb 07 jari 736
2 26 Feb 07 jari 737         int [] dataIndices = new int [clusterIndices.length];
2 26 Feb 07 jari 738         for(int i = 0; i < clusterIndices.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 739             dataIndices[i] = this.experiment.getGeneIndexMappedToData(clusterIndices[i]);
2 26 Feb 07 jari 740         }
2 26 Feb 07 jari 741         return dataIndices;
2 26 Feb 07 jari 742     }   
2 26 Feb 07 jari 743     
2 26 Feb 07 jari 744     private int[] getArrayMappedToSelectedIndices() {
2 26 Feb 07 jari 745         int[] selectedRows = clusterTable.getSelectedRows();
2 26 Feb 07 jari 746         if ((selectedRows == null) || (selectedRows.length == 0)) {
2 26 Feb 07 jari 747             return new int[0];
2 26 Feb 07 jari 748         }
2 26 Feb 07 jari 749         
2 26 Feb 07 jari 750         int[] dataIndices = new int[selectedRows.length];        
2 26 Feb 07 jari 751         for (int i = 0; i < dataIndices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 752             dataIndices[i] = this.experiment.getGeneIndexMappedToData(getSortedCluster()[selectedRows[i]]);
2 26 Feb 07 jari 753         }
2 26 Feb 07 jari 754         return dataIndices;
2 26 Feb 07 jari 755     }
2 26 Feb 07 jari 756
2 26 Feb 07 jari 757     /**
2 26 Feb 07 jari 758      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 759      */
2 26 Feb 07 jari 760     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 761   JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 762   addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 763   return popup;
2 26 Feb 07 jari 764     }
2 26 Feb 07 jari 765     
2 26 Feb 07 jari 766     protected void addMenuItems(JPopupMenu menu, ActionListener listener) {
2 26 Feb 07 jari 767         JMenuItem menuItem;
2 26 Feb 07 jari 768         menuItem = new JMenuItem("Store entire cluster", GUIFactory.getIcon("new16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 769         menuItem.setActionCommand(STORE_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 770         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 771         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 772         
2 26 Feb 07 jari 773         //menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 774         
2 26 Feb 07 jari 775         menuItem = new JMenuItem("Store selected rows as cluster", GUIFactory.getIcon("new16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 776         menuItem.setActionCommand(STORE_SELECTED_ROWS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 777         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 778         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 779         
2 26 Feb 07 jari 780         menuItem = new JMenuItem("Delete cluster composed of selected rows", GUIFactory.getIcon("delete16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 781         menuItem.setActionCommand(SET_DEF_COLOR_CMD);
2 26 Feb 07 jari 782         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 783         menu.add(menuItem);        
2 26 Feb 07 jari 784         
2 26 Feb 07 jari 785         menu.addSeparator();        
2 26 Feb 07 jari 786         
2 26 Feb 07 jari 787         menuItem = new JMenuItem("Launch new session with entire cluster", GUIFactory.getIcon("launch_new_mav.gif"));
2 26 Feb 07 jari 788         menuItem.setActionCommand(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD);
2 26 Feb 07 jari 789         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 790         menu.add(menuItem);       
2 26 Feb 07 jari 791         
2 26 Feb 07 jari 792         //menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 793         
2 26 Feb 07 jari 794         menuItem = new JMenuItem("Launch new session with selected rows", GUIFactory.getIcon("launch_new_mav.gif"));
2 26 Feb 07 jari 795         menuItem.setActionCommand(LAUNCH_NEW_SESSION_WITH_SEL_ROWS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 796         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 797         menu.add(menuItem);       
2 26 Feb 07 jari 798         
2 26 Feb 07 jari 799         //menu.addSeparator();        
2 26 Feb 07 jari 800         
2 26 Feb 07 jari 801         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 802         
2 26 Feb 07 jari 803         
2 26 Feb 07 jari 804         menuItem = new JMenuItem("Save cluster...", GUIFactory.getIcon("save16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 805         menuItem.setActionCommand(SAVE_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 806         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 807         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 808         
2 26 Feb 07 jari 809         menuItem = new JMenuItem("Save all clusters...", GUIFactory.getIcon("save16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 810         menuItem.setActionCommand(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 811         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 812         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 813         
2 26 Feb 07 jari 814         //menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 815         //menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 816         
2 26 Feb 07 jari 817         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 818         
2 26 Feb 07 jari 819         menuItem = new JMenuItem("Search...", GUIFactory.getIcon("ClusterInformationResult.gif"));
2 26 Feb 07 jari 820         menuItem.setActionCommand(SEARCH_CMD);
2 26 Feb 07 jari 821         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 822         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 823         
2 26 Feb 07 jari 824         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 825         menu.add(menuItem);  
2 26 Feb 07 jari 826         
2 26 Feb 07 jari 827         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 828         
2 26 Feb 07 jari 829         menuItem = new JMenuItem("Select all rows...", GUIFactory.getIcon("TableViewerResult.gif"));
2 26 Feb 07 jari 830         menuItem.setActionCommand(SELECT_ALL_CMD);
2 26 Feb 07 jari 831         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 832         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 833         
2 26 Feb 07 jari 834         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 835         menu.add(menuItem);        
2 26 Feb 07 jari 836         
2 26 Feb 07 jari 837         menuItem = new JMenuItem("Clear all selections...", GUIFactory.getIcon("TableViewerResult.gif"));
2 26 Feb 07 jari 838         menuItem.setActionCommand(CLEAR_ALL_CMD);
2 26 Feb 07 jari 839         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 840         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 841         
2 26 Feb 07 jari 842         //menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 843         //menu.add(menuItem);      
2 26 Feb 07 jari 844         
2 26 Feb 07 jari 845         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 846         
2 26 Feb 07 jari 847         menuItem = new JMenuItem("Sort table in original gene order...", GUIFactory.getIcon("TableViewerResult.gif"));
2 26 Feb 07 jari 848         menuItem.setActionCommand(SORT_ORIG_ORDER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 849         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 850         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 851         
2 26 Feb 07 jari 852         //menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 853         //menu.add(menuItem);   
2 26 Feb 07 jari 854      
2 26 Feb 07 jari 855         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 856         
2 26 Feb 07 jari 857         urlMenuItem = new JMenuItem("Link to URL ...", GUIFactory.getIcon("ClusterInformationResult.gif"));
2 26 Feb 07 jari 858         urlMenuItem.setActionCommand(LINK_TO_URL_CMD);
2 26 Feb 07 jari 859         urlMenuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 860         //if (clusterTable.getSelectedRows().length != 1) 
2 26 Feb 07 jari 861         menu.add(urlMenuItem);        
2 26 Feb 07 jari 862     }    
2 26 Feb 07 jari 863     
2 26 Feb 07 jari 864     /**
2 26 Feb 07 jari 865      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 866      */
2 26 Feb 07 jari 867     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 868   //Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 869         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(clusterTable);
2 26 Feb 07 jari 870         try {
2 26 Feb 07 jari 871             if (auxTitles.length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 872                 ExperimentUtil.saveExperiment(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 873             } else {
2 26 Feb 07 jari 874                 ExperimentUtil.saveAllGeneClustersWithAux(frame, this.getExperiment(), this.getData(), this.getClusters(), auxTitles, auxData);  
2 26 Feb 07 jari 875             }
2 26 Feb 07 jari 876             //getContentComponent().repaint();
2 26 Feb 07 jari 877   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 878       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 879       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 880   }
2 26 Feb 07 jari 881         //clusterTable.repaint();
2 26 Feb 07 jari 882     }    
2 26 Feb 07 jari 883
2 26 Feb 07 jari 884     /**
2 26 Feb 07 jari 885      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 886      */
2 26 Feb 07 jari 887     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 888   //Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 889         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(clusterTable);
2 26 Feb 07 jari 890   try {
2 26 Feb 07 jari 891             if (auxTitles.length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 892                 ExperimentUtil.saveExperiment(frame, getExperiment(), getData(), getCluster());
2 26 Feb 07 jari 893             } else {
2 26 Feb 07 jari 894                 ExperimentUtil.saveGeneClusterWithAux(frame, this.getExperiment(), this.getData(), this.getCluster(), auxTitles, auxData); 
2 26 Feb 07 jari 895             }
2 26 Feb 07 jari 896             //getContentComponent().repaint();
2 26 Feb 07 jari 897   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 898       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 899       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 900   }
2 26 Feb 07 jari 901         //clusterTable.repaint();
2 26 Feb 07 jari 902     }   
2 26 Feb 07 jari 903     
2 26 Feb 07 jari 904     private void linkToURL() {
2 26 Feb 07 jari 905         JFrame frame = (JFrame)(JOptionPane.getFrameForComponent(clusterTable));
2 26 Feb 07 jari 906         //System.out.println("Before linkToURL: ClusterTablerViewer.lastSelectedAnnotationIndices = " + lastSelectedAnnotationIndices[0] + " " + lastSelectedAnnotationIndices[1]);        
2 26 Feb 07 jari 907         ExperimentUtil.linkToURL(frame, getExperiment(), getData(), getArrayMappedToSelectedIndices()[0], ExperimentUtil.lastSelectedAnnotationIndices);
2 26 Feb 07 jari 908         //System.out.println("After linkToURL: ClusterTablerViewer.lastSelectedAnnotationIndices = " + lastSelectedAnnotationIndices[0] + " " + lastSelectedAnnotationIndices[1]);
2 26 Feb 07 jari 909         //lastSelectedAnnotationIndices = ExperimentUtil.getLastSelectedAnnotationIndices();
2 26 Feb 07 jari 910     }
2 26 Feb 07 jari 911     
2 26 Feb 07 jari 912     private void linkToURL2() {
2 26 Feb 07 jari 913         JFrame frame = (JFrame)(JOptionPane.getFrameForComponent(clusterTable));        
2 26 Feb 07 jari 914         String colName = clusterTable.getColumnName(xColumn);
2 26 Feb 07 jari 915         ExperimentUtil.linkToURL(frame, getExperiment(), getData(), getArrayMappedToSelectedIndices()[0], colName, ExperimentUtil.lastSelectedAnnotationIndices);      
2 26 Feb 07 jari 916     }
2 26 Feb 07 jari 917     
2 26 Feb 07 jari 918     /**
2 26 Feb 07 jari 919      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 920      */
2 26 Feb 07 jari 921     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 922   setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 923     }  
2 26 Feb 07 jari 924     
2 26 Feb 07 jari 925     /**
2 26 Feb 07 jari 926      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 927      */
2 26 Feb 07 jari 928     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 929   
2 26 Feb 07 jari 930   public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 931       String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 932       if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 933     onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 934                 //getContentComponent().validate();
2 26 Feb 07 jari 935       } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 936     onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 937                 //getContentComponent().validate();
2 26 Feb 07 jari 938       } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 939     storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 940       } else if (command.equals(STORE_SELECTED_ROWS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 941                 storeSelectedRowsAsCluster();
2 26 Feb 07 jari 942             } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 943     onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 944       }  else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 945                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 946             }  else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_WITH_SEL_ROWS_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 947                 launchNewSessionWithSelectedRows();
2 26 Feb 07 jari 948             }  else if (command.equals(SEARCH_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 949                 searchTable();
2 26 Feb 07 jari 950             } else if (command.equals(CLEAR_ALL_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 951                 clusterTable.clearSelection();
2 26 Feb 07 jari 952             } else if (command.equals(SELECT_ALL_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 953                 clusterTable.selectAll();
2 26 Feb 07 jari 954             } else if (command.equals(SORT_ORIG_ORDER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 955                 sortInOrigOrder();
2 26 Feb 07 jari 956             } else if (command.equals(LINK_TO_URL_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 957                 linkToURL2();
2 26 Feb 07 jari 958             }
2 26 Feb 07 jari 959   }
2 26 Feb 07 jari 960      
2 26 Feb 07 jari 961   public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 962             //System.out.println("Mouse released");
2 26 Feb 07 jari 963       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 964   }
2 26 Feb 07 jari 965   
2 26 Feb 07 jari 966   public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 967             //System.out.println("Mouse pressed");
2 26 Feb 07 jari 968       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 969   }
2 26 Feb 07 jari 970   
2 26 Feb 07 jari 971   private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 972       if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 973                 //xRow = clusterTable.rowAtPoint(e.getPoint());
2 26 Feb 07 jari 974                 //xColumn = clusterTable.columnAtPoint(e.getPoint());
2 26 Feb 07 jari 975                 xColumn = clusterTable.getSelectedColumn();
2 26 Feb 07 jari 976                 //System.out.println("xRow = " + xRow + ", xCol = " + xColumn);               
2 26 Feb 07 jari 977     return;
2 26 Feb 07 jari 978       }
2 26 Feb 07 jari 979             
2 26 Feb 07 jari 980             if (clusterTable.getSelectedRowCount() != 1) {
2 26 Feb 07 jari 981                 urlMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 982             } else {
2 26 Feb 07 jari 983                 urlMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 984             }
2 26 Feb 07 jari 985       popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 986              
2 26 Feb 07 jari 987   }
2 26 Feb 07 jari 988     }
2 26 Feb 07 jari 989     
2 26 Feb 07 jari 990     public class ColorRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer {
2 26 Feb 07 jari 991         Border unselectedBorder = null;
2 26 Feb 07 jari 992         Border selectedBorder = null;
2 26 Feb 07 jari 993         boolean isBordered = true;
2 26 Feb 07 jari 994         
2 26 Feb 07 jari 995         public ColorRenderer(boolean isBordered) {
2 26 Feb 07 jari 996             this.isBordered = isBordered;
2 26 Feb 07 jari 997             setOpaque(true); //MUST do this for background to show up.
2 26 Feb 07 jari 998         }
2 26 Feb 07 jari 999         
2 26 Feb 07 jari 1000         public Component getTableCellRendererComponent(JTable table, Object color, boolean isSelected, boolean hasFocus, int row, int column) {
2 26 Feb 07 jari 1001             Color newColor = (Color)color;
2 26 Feb 07 jari 1002             setBackground(newColor);
2 26 Feb 07 jari 1003             if (isBordered) {
2 26 Feb 07 jari 1004                 if (isSelected) {
2 26 Feb 07 jari 1005                     if (selectedBorder == null) {
2 26 Feb 07 jari 1006                         selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2,5,2,5,
2 26 Feb 07 jari 1007                         table.getSelectionBackground());
2 26 Feb 07 jari 1008                     }
2 26 Feb 07 jari 1009                     setBorder(selectedBorder);
2 26 Feb 07 jari 1010                 } else {
2 26 Feb 07 jari 1011                     if (unselectedBorder == null) {
2 26 Feb 07 jari 1012                         unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2,5,2,5,
2 26 Feb 07 jari 1013                         table.getBackground());
2 26 Feb 07 jari 1014                     }
2 26 Feb 07 jari 1015                     setBorder(unselectedBorder);
2 26 Feb 07 jari 1016                 }
2 26 Feb 07 jari 1017             }          
2 26 Feb 07 jari 1018             //setToolTipText(...); //Discussed in the following section
2 26 Feb 07 jari 1019             return this;
2 26 Feb 07 jari 1020         }
2 26 Feb 07 jari 1021     }
2 26 Feb 07 jari 1022
2 26 Feb 07 jari 1023     private void writeObject(java.io.ObjectOutputStream oos) throws java.io.IOException {
2 26 Feb 07 jari 1024         oos.writeObject(experiment);
2 26 Feb 07 jari 1025         oos.writeObject(clusters);
2 26 Feb 07 jari 1026         oos.writeObject(header);
2 26 Feb 07 jari 1027         oos.writeObject(popup);
2 26 Feb 07 jari 1028         
2 26 Feb 07 jari 1029         //oos.writeObject(framework);
2 26 Feb 07 jari 1030         //oos.writeObject(data);
2 26 Feb 07 jari 1031         oos.writeInt(clusterIndex);
2 26 Feb 07 jari 1032         oos.writeObject(sortedClusters);
2 26 Feb 07 jari 1033         oos.writeObject(samplesOrder);
2 26 Feb 07 jari 1034         oos.writeObject(auxTitles);
2 26 Feb 07 jari 1035         oos.writeObject(fieldNames);
2 26 Feb 07 jari 1036         oos.writeObject(auxData);
2 26 Feb 07 jari 1037         //oos.writeObject(origData);
2 26 Feb 07 jari 1038         oos.writeObject(sortedAscending);
2 26 Feb 07 jari 1039         oos.writeObject(clusterTable);
2 26 Feb 07 jari 1040         oos.writeObject(clusterModel);
2 26 Feb 07 jari 1041         oos.writeObject(searchDialog);
2 26 Feb 07 jari 1042     }
2 26 Feb 07 jari 1043     
2 26 Feb 07 jari 1044     private void readObject(java.io.ObjectInputStream ois) throws java.io.IOException, ClassNotFoundException {
2 26 Feb 07 jari 1045         this.experiment = (Experiment)ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 1046         this.clusters = (int [][])ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 1047         this.header = (JComponent)ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 1048         this.popup = (JPopupMenu)ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 1049         
2 26 Feb 07 jari 1050         //this.framework = (IFramework)ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 1051         //this.data = (IData)ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 1052         this.clusterIndex = ois.readInt();
2 26 Feb 07 jari 1053         this.sortedClusters = (int[][])ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 1054         this.samplesOrder = (int[])ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 1055         this.auxTitles = (String[])ois.readObject();        
2 26 Feb 07 jari 1056         this.fieldNames = (String[])ois.readObject(); // need to serilaize this?
2 26 Feb 07 jari 1057         this.auxData = (Object[][])ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 1058         //this.origData = 
2 26 Feb 07 jari 1059         this.sortedAscending = (boolean[][])ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 1060         this.clusterTable = (JTable)ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 1061         this.clusterModel = (ClusterTableModel)ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 1062         this.searchDialog = (ClusterTableSearchDialog)ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 1063         
2 26 Feb 07 jari 1064         //this.fieldNames = data.getFieldNames();
2 26 Feb 07 jari 1065         
2 26 Feb 07 jari 1066         clusterTable.setDefaultRenderer(Color.class, new ColorRenderer(true));
2 26 Feb 07 jari 1067         TableColumn column = null;
2 26 Feb 07 jari 1068         for (int i = 0; i < clusterModel.getColumnCount(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1069             column = clusterTable.getColumnModel().getColumn(i);
2 26 Feb 07 jari 1070             column.setMinWidth(30);
2 26 Feb 07 jari 1071         } 
2 26 Feb 07 jari 1072         
2 26 Feb 07 jari 1073         this.sortedAscending = new boolean[clusters.length][clusterModel.getColumnCount()];
2 26 Feb 07 jari 1074         for (int i = 0; i < sortedAscending.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1075             for (int j = 0; j < sortedAscending[i].length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 1076                 sortedAscending[i][j] = false;
2 26 Feb 07 jari 1077             }
2 26 Feb 07 jari 1078         }
2 26 Feb 07 jari 1079         addMouseListenerToHeaderInTable(clusterTable);
2 26 Feb 07 jari 1080         header  = clusterTable.getTableHeader();        
2 26 Feb 07 jari 1081         
2 26 Feb 07 jari 1082         searchDialog = new ClusterTableSearchDialog(JOptionPane.getFrameForComponent(clusterTable), clusterTable, false);  
2 26 Feb 07 jari 1083         setMaxWidth(getContentComponent(), getHeaderComponent());  
2 26 Feb 07 jari 1084         
2 26 Feb 07 jari 1085   Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 1086   this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 1087   //getContentComponent().addMouseListener(listener);  
2 26 Feb 07 jari 1088         clusterTable.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 1089     }
2 26 Feb 07 jari 1090     
2 26 Feb 07 jari 1091     /** Returns int value indicating viewer type
2 26 Feb 07 jari 1092      * Cluster.GENE_CLUSTER, Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER, or -1 for both or unspecified
2 26 Feb 07 jari 1093      */
2 26 Feb 07 jari 1094     public int getViewerType() {
2 26 Feb 07 jari 1095         return Cluster.GENE_CLUSTER;
2 26 Feb 07 jari 1096     }    
2 26 Feb 07 jari 1097     
2 26 Feb 07 jari 1098 }

Generated on Thu Jul 20 09:25:59 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)