mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/helpers/ExperimentClusterCentroidViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: ExperimentClusterCentroidViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.8 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/02 16:56:57 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Font;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.FontMetrics;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.Graphics;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.Graphics2D;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.Rectangle;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.RenderingHints;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.image.BufferedImage;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.beans.Expression;
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 26 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 27 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 28 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 29
2 26 Feb 07 jari 30 import org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.Cluster;
2 26 Feb 07 jari 31 import org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.ClusterRepository;
2 26 Feb 07 jari 32 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 33 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 34 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDisplayMenu;
2 26 Feb 07 jari 35 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 36 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer;
2 26 Feb 07 jari 37 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.GUIFactory;
2 26 Feb 07 jari 38
2 26 Feb 07 jari 39
2 26 Feb 07 jari 40
2 26 Feb 07 jari 41 public class ExperimentClusterCentroidViewer extends JPanel implements IViewer {
2 26 Feb 07 jari 42     
2 26 Feb 07 jari 43     public static final Color DEF_CLUSTER_COLOR = Color.lightGray;
2 26 Feb 07 jari 44     protected static final Color bColor = new Color(0, 0, 128);
2 26 Feb 07 jari 45
2 26 Feb 07 jari 46     protected JMenuItem setOverallMaxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 47     protected JMenuItem setClusterMaxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 48     protected static final String STORE_CLUSTER_CMD = "store-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 49     protected static final String SET_DEF_COLOR_CMD = "set-def-color-cmd";
2 26 Feb 07 jari 50     protected static final String SAVE_CLUSTER_CMD = "save-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 51     protected static final String SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD = "save-all-clusters-cmd";
2 26 Feb 07 jari 52     protected static final String SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD = "set-y-to-exp-max-cmd";
2 26 Feb 07 jari 53     protected static final String SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD = "set-y-to-cluster-max-cmd";
2 26 Feb 07 jari 54     protected static final String LAUNCH_NEW_SESSION_CMD = "launch-new-session-cmd";   
2 26 Feb 07 jari 55  
2 26 Feb 07 jari 56     protected Experiment experiment;
2 26 Feb 07 jari 57     protected IData data;
2 26 Feb 07 jari 58     protected IFramework framework;
2 26 Feb 07 jari 59     protected int clusterIndex = 0;
2 26 Feb 07 jari 60     protected int[][] clusters;
2 26 Feb 07 jari 61     protected float maxYValue;           //current max y range set for graph, from y = 0
2 26 Feb 07 jari 62     protected float maxClusterValue;     //max abs. value in current cluster
2 26 Feb 07 jari 63     protected float maxExperimentValue;  //max abs. value in all clusters
2 26 Feb 07 jari 64     protected float minValue, maxValue, midValue = 0.0f;
2 26 Feb 07 jari 65     
2 26 Feb 07 jari 66     
2 26 Feb 07 jari 67     protected int yRangeOption;
2 26 Feb 07 jari 68     public static int USE_EXPERIMENT_MAX = 0;
2 26 Feb 07 jari 69     public static int USE_CLUSTER_MAX = 1;
2 26 Feb 07 jari 70     
2 26 Feb 07 jari 71     protected boolean drawValues = true;
2 26 Feb 07 jari 72     protected boolean drawVariances = true;
2 26 Feb 07 jari 73     protected boolean drawCodes = true;
2 26 Feb 07 jari 74     public static Color missingColor = new Color(128, 128, 128);
2 26 Feb 07 jari 75     private boolean drawMarks = false;
2 26 Feb 07 jari 76     protected boolean gradientColors;
2 26 Feb 07 jari 77     protected boolean isAntiAliasing = false;
2 26 Feb 07 jari 78     protected float[][] means;
2 26 Feb 07 jari 79     protected float[][] variances;
2 26 Feb 07 jari 80     protected float[][] codes;
2 26 Feb 07 jari 81     
2 26 Feb 07 jari 82     protected int numberOfGenes;
2 26 Feb 07 jari 83     public static BufferedImage posColorImage; // = createGradientImage(Color.black, Color.red);
2 26 Feb 07 jari 84     public static BufferedImage negColorImage; // = createGradientImage(Color.green, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 85     protected boolean showRefLine = false;
2 26 Feb 07 jari 86     
2 26 Feb 07 jari 87     private boolean useDoubleGradient = true;
2 26 Feb 07 jari 88     private int exptID = 0;
2 26 Feb 07 jari 89     
2 26 Feb 07 jari 90     /**
2 26 Feb 07 jari 91      * This constructor is used by XMLEncoder/Decoder and IViewerPersistenceDelegate
2 26 Feb 07 jari 92      * to re-create an ExperimentClusterCentroidViewer from a saved xml file
2 26 Feb 07 jari 93      * @param e 
2 26 Feb 07 jari 94      */
2 26 Feb 07 jari 95     public ExperimentClusterCentroidViewer(Experiment e, int[][] clusters, Integer clusterIndex, float[][] means, float[][] variances, float[][] codes){
2 26 Feb 07 jari 96       this.clusters = clusters;
2 26 Feb 07 jari 97       this.clusterIndex = clusterIndex.intValue();
2 26 Feb 07 jari 98       this.experiment = e;
2 26 Feb 07 jari 99         numberOfGenes = experiment.getNumberOfGenes();
2 26 Feb 07 jari 100         setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 101         setFont(new Font("monospaced", Font.BOLD, 10));
2 26 Feb 07 jari 102         this.means = means;
2 26 Feb 07 jari 103         this.variances = variances;
2 26 Feb 07 jari 104         this.codes = codes;
2 26 Feb 07 jari 105         this.maxExperimentValue = experiment.getMaxAbsValue();
2 26 Feb 07 jari 106         this.yRangeOption = ExperimentClusterCentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX;
2 26 Feb 07 jari 107     }
2 26 Feb 07 jari 108     public Expression getExpression(){
2 26 Feb 07 jari 109       return new Expression(this, this.getClass(), "new",
2 26 Feb 07 jari 110           new Object[]{this.experiment, this.clusters, new Integer(this.clusterIndex), this.means, this.variances, this.codes});  
2 26 Feb 07 jari 111     }
2 26 Feb 07 jari 112
2 26 Feb 07 jari 113     
2 26 Feb 07 jari 114     /**
2 26 Feb 07 jari 115      * Constructs a <code>ExperimentClusterCentroidViewer</code> for specified
2 26 Feb 07 jari 116      * experiment and clusters.
2 26 Feb 07 jari 117      *
2 26 Feb 07 jari 118      * @param experiment the data of an experiment.
2 26 Feb 07 jari 119      * @param clusters the array of clusters.
2 26 Feb 07 jari 120      */
2 26 Feb 07 jari 121     public ExperimentClusterCentroidViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 122       if (experiment == null) {
2 26 Feb 07 jari 123             throw new IllegalArgumentException("experiment == null");
2 26 Feb 07 jari 124         }
2 26 Feb 07 jari 125         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 126         numberOfGenes = experiment.getNumberOfGenes();
2 26 Feb 07 jari 127         this.clusters = clusters;
2 26 Feb 07 jari 128         setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 129         setFont(new Font("monospaced", Font.BOLD, 10));
2 26 Feb 07 jari 130         this.maxExperimentValue = experiment.getMaxAbsValue();
2 26 Feb 07 jari 131         this.yRangeOption = ExperimentClusterCentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX;
2 26 Feb 07 jari 132     }
2 26 Feb 07 jari 133
2 26 Feb 07 jari 134     /**
2 26 Feb 07 jari 135      * Determines whether any clusters are set
2 26 Feb 07 jari 136      */
2 26 Feb 07 jari 137     public boolean checkGradient() {
2 26 Feb 07 jari 138         boolean temp = true;
2 26 Feb 07 jari 139         for (int i = 0; i<clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 140             for (int j = 0; j<clusters[i].length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 141                 try {
2 26 Feb 07 jari 142                     if (this.data.getExperimentColor(clusters[i][j]) != null) {
2 26 Feb 07 jari 143                         temp = false;
2 26 Feb 07 jari 144                     }
2 26 Feb 07 jari 145                 } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 146                 }
2 26 Feb 07 jari 147             }
2 26 Feb 07 jari 148         }
2 26 Feb 07 jari 149         return temp;
2 26 Feb 07 jari 150     }
2 26 Feb 07 jari 151     
2 26 Feb 07 jari 152     /**
2 26 Feb 07 jari 153      * Calculates color for passed expression value.
2 26 Feb 07 jari 154      */
2 26 Feb 07 jari 155     private Color getColor(float value) {
2 26 Feb 07 jari 156         if (Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 157             return missingColor;
2 26 Feb 07 jari 158         }
2 26 Feb 07 jari 159         
2 26 Feb 07 jari 160         float maximum;
2 26 Feb 07 jari 161         int colorIndex, rgb;
2 26 Feb 07 jari 162         
2 26 Feb 07 jari 163         if(useDoubleGradient) {
2 26 Feb 07 jari 164           maximum = value < midValue ? this.minValue : this.maxValue;
2 26 Feb 07 jari 165       colorIndex = (int) (255 * (value-midValue) / (maximum - midValue));
2 26 Feb 07 jari 166       colorIndex = colorIndex > 255 ? 255 : colorIndex;
2 26 Feb 07 jari 167       rgb = value < midValue ? negColorImage.getRGB(255 - colorIndex, 0)
2 26 Feb 07 jari 168           : posColorImage.getRGB(colorIndex, 0);
2 26 Feb 07 jari 169         } else {
2 26 Feb 07 jari 170           float span = this.maxValue - this.minValue;
2 26 Feb 07 jari 171           if(value <= minValue)
2 26 Feb 07 jari 172             colorIndex = 0;
2 26 Feb 07 jari 173           else if(value >= maxValue)
2 26 Feb 07 jari 174             colorIndex = 255;
2 26 Feb 07 jari 175           else
2 26 Feb 07 jari 176             colorIndex = (int)(((value - this.minValue)/span) * 255);
2 26 Feb 07 jari 177            
2 26 Feb 07 jari 178           rgb = posColorImage.getRGB(colorIndex,0);
2 26 Feb 07 jari 179         }
2 26 Feb 07 jari 180         return new Color(rgb);
2 26 Feb 07 jari 181     }
2 26 Feb 07 jari 182     
2 26 Feb 07 jari 183     public void setGradient(boolean g) {
2 26 Feb 07 jari 184         this.gradientColors = g;
2 26 Feb 07 jari 185     }
2 26 Feb 07 jari 186     
2 26 Feb 07 jari 187     /**
2 26 Feb 07 jari 188      * Sets means values.
2 26 Feb 07 jari 189      */
2 26 Feb 07 jari 190     public void setMeans(float[][] means) {
2 26 Feb 07 jari 191         this.means = means;
2 26 Feb 07 jari 192     }
2 26 Feb 07 jari 193     
2 26 Feb 07 jari 194     /**
2 26 Feb 07 jari 195      * Sets variances values.
2 26 Feb 07 jari 196      */
2 26 Feb 07 jari 197     public void setVariances(float[][] variances) {
2 26 Feb 07 jari 198         this.variances = variances;
2 26 Feb 07 jari 199     }
2 26 Feb 07 jari 200     
2 26 Feb 07 jari 201     /**
2 26 Feb 07 jari 202      * Sets codes.
2 26 Feb 07 jari 203      */
2 26 Feb 07 jari 204     public void setCodes(float[][] codes) {
2 26 Feb 07 jari 205         this.codes = codes;
2 26 Feb 07 jari 206     }
2 26 Feb 07 jari 207     
2 26 Feb 07 jari 208     /**
2 26 Feb 07 jari 209      * Sets the draw marks attribute.
2 26 Feb 07 jari 210      */
2 26 Feb 07 jari 211     public void setDrawMarks(boolean draw) {
2 26 Feb 07 jari 212         this.drawMarks = draw;
2 26 Feb 07 jari 213     }
2 26 Feb 07 jari 214     
2 26 Feb 07 jari 215     /**
2 26 Feb 07 jari 216      * Sets the draw variances attribute.
2 26 Feb 07 jari 217      */
2 26 Feb 07 jari 218     public void setDrawVariances(boolean draw) {
2 26 Feb 07 jari 219         this.drawVariances = draw;
2 26 Feb 07 jari 220     }
2 26 Feb 07 jari 221     
2 26 Feb 07 jari 222     /**
2 26 Feb 07 jari 223      * Sets the draw values attribute.
2 26 Feb 07 jari 224      */
2 26 Feb 07 jari 225     public void setDrawValues(boolean draw) {
2 26 Feb 07 jari 226         this.drawValues = draw;
2 26 Feb 07 jari 227     }
2 26 Feb 07 jari 228     
2 26 Feb 07 jari 229     /**
2 26 Feb 07 jari 230      * Sets the draw codes attribute.
2 26 Feb 07 jari 231      */
2 26 Feb 07 jari 232     public void setDrawCodes(boolean draw) {
2 26 Feb 07 jari 233         this.drawCodes = draw;
2 26 Feb 07 jari 234     }
2 26 Feb 07 jari 235     
2 26 Feb 07 jari 236     /**
2 26 Feb 07 jari 237      * Sets the anti-aliasing attribute.
2 26 Feb 07 jari 238      */
2 26 Feb 07 jari 239     public void setAntiAliasing(boolean value) {
2 26 Feb 07 jari 240         this.isAntiAliasing = value;
2 26 Feb 07 jari 241     }
2 26 Feb 07 jari 242     
2 26 Feb 07 jari 243     /**
2 26 Feb 07 jari 244      * Updates data, mode and some the viewer attributes.
2 26 Feb 07 jari 245      */
2 26 Feb 07 jari 246     public void onSelected(IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 247         this.framework = framework;
2 26 Feb 07 jari 248         setData(framework.getData());
2 26 Feb 07 jari 249         setAntiAliasing(framework.getDisplayMenu().isAntiAliasing());
2 26 Feb 07 jari 250         Object userObject = framework.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 251         if (userObject instanceof CentroidUserObject) {
2 26 Feb 07 jari 252             setClusterIndex(((CentroidUserObject)userObject).getClusterIndex());
2 26 Feb 07 jari 253             setMode(((CentroidUserObject)userObject).getMode());
2 26 Feb 07 jari 254         } else {
2 26 Feb 07 jari 255             setClusterIndex(((Integer)userObject).intValue());
2 26 Feb 07 jari 256         }
2 26 Feb 07 jari 257         updateValues(getCluster());
2 26 Feb 07 jari 258         this.maxValue = framework.getDisplayMenu().getMaxRatioScale();
2 26 Feb 07 jari 259         this.minValue = framework.getDisplayMenu().getMinRatioScale();
2 26 Feb 07 jari 260         this.midValue = framework.getDisplayMenu().getMidRatioValue();
2 26 Feb 07 jari 261         ExperimentClusterCentroidViewer.posColorImage = framework.getDisplayMenu().getPositiveGradientImage();
2 26 Feb 07 jari 262         ExperimentClusterCentroidViewer.negColorImage = framework.getDisplayMenu().getNegativeGradientImage();
2 26 Feb 07 jari 263         this.gradientColors = framework.getDisplayMenu().getColorGradientState();
2 26 Feb 07 jari 264     }
2 26 Feb 07 jari 265     
2 26 Feb 07 jari 266     /**
2 26 Feb 07 jari 267      * Sets data.
2 26 Feb 07 jari 268      */
2 26 Feb 07 jari 269     public void setData(IData data) {
2 26 Feb 07 jari 270         this.data = data;
2 26 Feb 07 jari 271     }
2 26 Feb 07 jari 272     
2 26 Feb 07 jari 273     /**
2 26 Feb 07 jari 274      * Sets a cluster index.
2 26 Feb 07 jari 275      */
2 26 Feb 07 jari 276     public void setClusterIndex(int clusterIndex) {
2 26 Feb 07 jari 277         this.clusterIndex = clusterIndex;
2 26 Feb 07 jari 278         updateValues(getCluster());
2 26 Feb 07 jari 279     }
2 26 Feb 07 jari 280     
2 26 Feb 07 jari 281     /**
2 26 Feb 07 jari 282      * Returns a current cluster.
2 26 Feb 07 jari 283      */
2 26 Feb 07 jari 284     public int[] getCluster() {
2 26 Feb 07 jari 285         return this.clusters[this.clusterIndex];
2 26 Feb 07 jari 286     }
2 26 Feb 07 jari 287     
2 26 Feb 07 jari 288     /**
2 26 Feb 07 jari 289      * Returns all clusters.
2 26 Feb 07 jari 290      */
2 26 Feb 07 jari 291     public int[][] getClusters() {
2 26 Feb 07 jari 292         return clusters;
2 26 Feb 07 jari 293     }
2 26 Feb 07 jari 294     
2 26 Feb 07 jari 295     /**
2 26 Feb 07 jari 296      * Returns index of a gene in the current cluster.
2 26 Feb 07 jari 297      */
2 26 Feb 07 jari 298     protected int getProbe(int row) {
2 26 Feb 07 jari 299         return this.experiment.getGeneIndexMappedToData(row);
2 26 Feb 07 jari 300     }
2 26 Feb 07 jari 301     
2 26 Feb 07 jari 302     /**
2 26 Feb 07 jari 303      * Sets the viewer mode.
2 26 Feb 07 jari 304      */
2 26 Feb 07 jari 305     public void setMode(int mode) {
2 26 Feb 07 jari 306         switch (mode) {
2 26 Feb 07 jari 307             case CentroidUserObject.VARIANCES_MODE:
2 26 Feb 07 jari 308                 setDrawVariances(true);
2 26 Feb 07 jari 309                 setDrawValues(false);
2 26 Feb 07 jari 310                 break;
2 26 Feb 07 jari 311             case CentroidUserObject.VALUES_MODE:
2 26 Feb 07 jari 312                 setDrawVariances(false);
2 26 Feb 07 jari 313                 setDrawValues(true);
2 26 Feb 07 jari 314                 break;
2 26 Feb 07 jari 315         }
2 26 Feb 07 jari 316     }
2 26 Feb 07 jari 317     
2 26 Feb 07 jari 318     /**
2 26 Feb 07 jari 319      * Updates max value.
2 26 Feb 07 jari 320      */
2 26 Feb 07 jari 321     private void updateValues(int[] cluster) {
2 26 Feb 07 jari 322         this.maxClusterValue = calculateMaxValue(cluster);
2 26 Feb 07 jari 323     }
2 26 Feb 07 jari 324     
2 26 Feb 07 jari 325     /**
2 26 Feb 07 jari 326      * Sets public color for the current cluster.
2 26 Feb 07 jari 327      */
2 26 Feb 07 jari 328     public void setClusterColor(Color color) {
2 26 Feb 07 jari 329         if(color ==null){  //indicates removal of cluster
2 26 Feb 07 jari 330             framework.removeCluster(getCluster(), experiment, ClusterRepository.EXPERIMENT_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 331         }
2 26 Feb 07 jari 332     }
2 26 Feb 07 jari 333     
2 26 Feb 07 jari 334     /**
2 26 Feb 07 jari 335      *  Sets cluster color
2 26 Feb 07 jari 336      */
2 26 Feb 07 jari 337     public void storeCluster(){
2 26 Feb 07 jari 338         framework.storeCluster(getCluster(), experiment, ClusterRepository.EXPERIMENT_CLUSTER);       
2 26 Feb 07 jari 339         onDataChanged(this.data);
2 26 Feb 07 jari 340     }
2 26 Feb 07 jari 341     
2 26 Feb 07 jari 342     /**
2 26 Feb 07 jari 343      * Launches a new <code>MultipleExperimentViewer</code> containing the current cluster
2 26 Feb 07 jari 344      */
2 26 Feb 07 jari 345     public void launchNewSession(){
2 26 Feb 07 jari 346         framework.launchNewMAV(getCluster(), this.experiment, "Multiple Experiment Viewer - Cluster Viewer", Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 347     }
2 26 Feb 07 jari 348     
2 26 Feb 07 jari 349     private int [] getArrayMappedToData(){
2 26 Feb 07 jari 350         int [] clusterIndices = getCluster();
2 26 Feb 07 jari 351         if( clusterIndices == null || clusterIndices.length < 1)
2 26 Feb 07 jari 352             return clusterIndices;
2 26 Feb 07 jari 353         
2 26 Feb 07 jari 354         int [] dataIndices = new int [clusterIndices.length];
2 26 Feb 07 jari 355         for(int i = 0; i < clusterIndices.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 356             dataIndices[i] = this.experiment.getGeneIndexMappedToData(clusterIndices[i]);
2 26 Feb 07 jari 357         }
2 26 Feb 07 jari 358         return dataIndices;
2 26 Feb 07 jari 359     }
2 26 Feb 07 jari 360     
2 26 Feb 07 jari 361     
2 26 Feb 07 jari 362     /**
2 26 Feb 07 jari 363      * Sets Y range scaling option
2 26 Feb 07 jari 364      */
2 26 Feb 07 jari 365     public void setYRangeOption(int option){
2 26 Feb 07 jari 366         if(option != ExperimentClusterCentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX && option != ExperimentClusterCentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX)
2 26 Feb 07 jari 367             this.yRangeOption = USE_EXPERIMENT_MAX;
2 26 Feb 07 jari 368         else
2 26 Feb 07 jari 369             yRangeOption = option;
2 26 Feb 07 jari 370     }
2 26 Feb 07 jari 371     
2 26 Feb 07 jari 372     
2 26 Feb 07 jari 373     /**
2 26 Feb 07 jari 374      * Returns the experiment data (ratio values).
2 26 Feb 07 jari 375      */
2 26 Feb 07 jari 376     public Experiment getExperiment() {
2 26 Feb 07 jari 377         return experiment;
2 26 Feb 07 jari 378     }
2 26 Feb 07 jari 379     
2 26 Feb 07 jari 380     /**
2 26 Feb 07 jari 381      * Returns data values.
2 26 Feb 07 jari 382      */
2 26 Feb 07 jari 383     public IData getData() {
2 26 Feb 07 jari 384         return data;
2 26 Feb 07 jari 385     }
2 26 Feb 07 jari 386     
2 26 Feb 07 jari 387     /**
2 26 Feb 07 jari 388      * Returns component to be displayed in the framework scroll pane.
2 26 Feb 07 jari 389      */
2 26 Feb 07 jari 390     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 391         return this;
2 26 Feb 07 jari 392     }
2 26 Feb 07 jari 393     
2 26 Feb 07 jari 394     /**
2 26 Feb 07 jari 395      * Paints chart into specified graphics.
2 26 Feb 07 jari 396      */
2 26 Feb 07 jari 397     public void paint(Graphics g) {
2 26 Feb 07 jari 398         FontMetrics metrics = g.getFontMetrics();
2 26 Feb 07 jari 399         Rectangle rect = new Rectangle(40, 20, getWidth()-80, getHeight() - 40 - getNamesWidth(metrics));
2 26 Feb 07 jari 400         paint((Graphics2D)g, rect, true);
2 26 Feb 07 jari 401     }
2 26 Feb 07 jari 402     
2 26 Feb 07 jari 403     public void subPaint(Graphics2D g, Rectangle rect, boolean drawMarks) {
2 26 Feb 07 jari 404         super.paint(g);
2 26 Feb 07 jari 405     }
2 26 Feb 07 jari 406     
2 26 Feb 07 jari 407     /**
2 26 Feb 07 jari 408      * Paints chart into specified graphics and with specified bounds.
2 26 Feb 07 jari 409      */
2 26 Feb 07 jari 410     public void paint(Graphics2D g, Rectangle rect, boolean drawMarks) {
2 26 Feb 07 jari 411         super.paint(g);
2 26 Feb 07 jari 412         
2 26 Feb 07 jari 413         if (isAntiAliasing) {
2 26 Feb 07 jari 414             g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF);
2 26 Feb 07 jari 415             g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON);
2 26 Feb 07 jari 416         }
2 26 Feb 07 jari 417         
2 26 Feb 07 jari 418         final int left = rect.x;
2 26 Feb 07 jari 419         final int top = rect.y;
2 26 Feb 07 jari 420         final int width  = rect.width;
2 26 Feb 07 jari 421         final int height = rect.height;
2 26 Feb 07 jari 422         
2 26 Feb 07 jari 423         if (width < 5 || height < 5) {
2 26 Feb 07 jari 424             return;
2 26 Feb 07 jari 425         }
2 26 Feb 07 jari 426         
2 26 Feb 07 jari 427         final int zeroValue = top + (int)Math.round(height/2f);
2 26 Feb 07 jari 428         final int numberOfSamples  = this.getCluster().length;
2 26 Feb 07 jari 429         
2 26 Feb 07 jari 430         //do this outside paint once menu is set up
2 26 Feb 07 jari 431         if(this.yRangeOption == ExperimentClusterCentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX)
2 26 Feb 07 jari 432             maxYValue = this.maxExperimentValue;
2 26 Feb 07 jari 433         else if(this.yRangeOption == ExperimentClusterCentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX)
2 26 Feb 07 jari 434             maxYValue = this.maxClusterValue;
2 26 Feb 07 jari 435         
2 26 Feb 07 jari 436         if (maxYValue == 0.0f) {
2 26 Feb 07 jari 437             maxYValue = 1.0f;
2 26 Feb 07 jari 438         }
2 26 Feb 07 jari 439   //      this.setGradient(this.checkGradient());
2 26 Feb 07 jari 440         final float factor = height/(2f*maxYValue);
2 26 Feb 07 jari 441         final float stepX  = width/(float)(numberOfGenes-1);
2 26 Feb 07 jari 442         final int   stepsY = (int)maxYValue+1;
2 26 Feb 07 jari 443         
2 26 Feb 07 jari 444         if (this.drawVariances) {
2 26 Feb 07 jari 445             // draw variances
2 26 Feb 07 jari 446             g.setColor(bColor);
2 26 Feb 07 jari 447             for (int i=0; i<numberOfGenes; i++) {
2 26 Feb 07 jari 448                 if(Float.isNaN(this.means[this.clusterIndex][i]) || Float.isNaN(this.variances[this.clusterIndex][i]) || (this.variances[this.clusterIndex][i] < 0.0f)) {
2 26 Feb 07 jari 449                     continue;
2 26 Feb 07 jari 450                 }
2 26 Feb 07 jari 451                 g.drawLine(left+(int)Math.round(i*stepX)  , zeroValue - (int)Math.round((this.means[this.clusterIndex][i]-this.variances[this.clusterIndex][i])*factor),
2 26 Feb 07 jari 452                 left+(int)Math.round(i*stepX)  , zeroValue - (int)Math.round((this.means[this.clusterIndex][i]+this.variances[this.clusterIndex][i])*factor));
2 26 Feb 07 jari 453                 g.drawLine(left+(int)Math.round(i*stepX)-3, zeroValue - (int)Math.round((this.means[this.clusterIndex][i]-this.variances[this.clusterIndex][i])*factor),
2 26 Feb 07 jari 454                 left+(int)Math.round(i*stepX)+3, zeroValue - (int)Math.round((this.means[this.clusterIndex][i]-this.variances[this.clusterIndex][i])*factor));
2 26 Feb 07 jari 455                 g.drawLine(left+(int)Math.round(i*stepX)-3, zeroValue - (int)Math.round((this.means[this.clusterIndex][i]+this.variances[this.clusterIndex][i])*factor),
2 26 Feb 07 jari 456                 left+(int)Math.round(i*stepX)+3, zeroValue - (int)Math.round((this.means[this.clusterIndex][i]+this.variances[this.clusterIndex][i])*factor));
2 26 Feb 07 jari 457             }
2 26 Feb 07 jari 458         }
2 26 Feb 07 jari 459         if (this.drawValues) {
2 26 Feb 07 jari 460             // draw values
2 26 Feb 07 jari 461             boolean coloredClusters = false;
2 26 Feb 07 jari 462             float fValue, sValue, yInterval, lineHeight;
2 26 Feb 07 jari 463             Color color = null;
2 26 Feb 07 jari 464             float maxLineHeight = (maxExperimentValue*factor) / 20;  //maxExperimentValue is an expression value - not a coordinate length
2 26 Feb 07 jari 465             int R=0, G=0, B = 0, intervalNumber;
2 26 Feb 07 jari 466             
2 26 Feb 07 jari 467             for (int sample=0; sample<getCluster().length; sample++) {
2 26 Feb 07 jari 468                 for (int probe=0; probe<numberOfGenes-1; probe++) {
2 26 Feb 07 jari 469                     fValue = this.experiment.get(probe, getCluster()[sample]);
2 26 Feb 07 jari 470                     sValue = this.experiment.get(probe+1, getCluster()[sample]);
2 26 Feb 07 jari 471                     if (Float.isNaN(fValue) || Float.isNaN(sValue)) {
2 26 Feb 07 jari 472                         continue;
2 26 Feb 07 jari 473                     }
2 26 Feb 07 jari 474                     if(!gradientColors) {
2 26 Feb 07 jari 475                         color = this.data.getExperimentColor(getCluster()[sample]);
2 26 Feb 07 jari 476                         color = color == null ? DEF_CLUSTER_COLOR : color;
2 26 Feb 07 jari 477                         g.setColor(color);
2 26 Feb 07 jari 478                         g.drawLine(left+(int)Math.round(probe*stepX), zeroValue - (int)Math.round(fValue*factor),
2 26 Feb 07 jari 479                         left+(int)Math.round((probe+1)*stepX), zeroValue - (int)Math.round(sValue*factor));
2 26 Feb 07 jari 480                     } else {
2 26 Feb 07 jari 481                         lineHeight = (sValue - fValue)*factor;
2 26 Feb 07 jari 482                         if (Math.abs(lineHeight) > maxLineHeight) {
2 26 Feb 07 jari 483                             intervalNumber = Math.abs((int)(lineHeight / maxLineHeight));
2 26 Feb 07 jari 484                         } else {
2 26 Feb 07 jari 485                             intervalNumber = 1;
2 26 Feb 07 jari 486                         }
2 26 Feb 07 jari 487                         yInterval = lineHeight/intervalNumber;
2 26 Feb 07 jari 488                         for(int i=0; i<intervalNumber; i++) {
2 26 Feb 07 jari 489                             g.setColor(getColor(fValue + (float)(i)*yInterval/factor));
2 26 Feb 07 jari 490                             g.drawLine(left+(int)Math.round(probe*stepX + ((float)i/intervalNumber)*stepX), zeroValue - (int)Math.round(fValue*factor + (float)i*yInterval),
2 26 Feb 07 jari 491                             left+(int)Math.round((probe)*stepX + (((float)i+1)/intervalNumber)*stepX), zeroValue - (int)Math.round(fValue*factor + ((float)i+1)*yInterval));
2 26 Feb 07 jari 492                         }
2 26 Feb 07 jari 493                     }
2 26 Feb 07 jari 494                 }
2 26 Feb 07 jari 495             }
2 26 Feb 07 jari 496         }
2 26 Feb 07 jari 497  /*       if (this.drawValues) {
2 26 Feb 07 jari 498             // draw values
2 26 Feb 07 jari 499             float fValue, sValue;
2 26 Feb 07 jari 500             Color color;
2 26 Feb 07 jari 501             for (int sample=0; sample<getCluster().length; sample++) {
2 26 Feb 07 jari 502                 for (int probe=0; probe<numberOfGenes-1; probe++) {
2 26 Feb 07 jari 503                     fValue = this.experiment.get(probe, getCluster()[sample]);
2 26 Feb 07 jari 504                     sValue = this.experiment.get(probe+1, getCluster()[sample]);
2 26 Feb 07 jari 505                     if (Float.isNaN(fValue) || Float.isNaN(sValue)) {
2 26 Feb 07 jari 506                         continue;
2 26 Feb 07 jari 507                     }
2 26 Feb 07 jari 508                     color = this.data.getExperimentColor(getCluster()[sample]);
2 26 Feb 07 jari 509                     color = color == null ? DEF_CLUSTER_COLOR : color;
2 26 Feb 07 jari 510                     g.setColor(color);
2 26 Feb 07 jari 511                     g.drawLine(left+(int)Math.round(probe*stepX)    , zeroValue - (int)Math.round(fValue*factor),
2 26 Feb 07 jari 512                     left+(int)Math.round((probe+1)*stepX), zeroValue - (int)Math.round(sValue*factor));
2 26 Feb 07 jari 513                 }
2 26 Feb 07 jari 514             }
2 26 Feb 07 jari 515         }
2 26 Feb 07 jari 516   */
2 26 Feb 07 jari 517         if (this.drawCodes && this.codes != null && clusters[clusterIndex].length > 0) {
2 26 Feb 07 jari 518             g.setColor(Color.gray);
2 26 Feb 07 jari 519             for (int i=0; i<numberOfGenes-1; i++) {
2 26 Feb 07 jari 520                 g.drawLine(left+(int)Math.round(i*stepX), zeroValue-(int)Math.round(this.codes[this.clusterIndex][i]*factor), left+(int)Math.round((i+1)*stepX), zeroValue-(int)Math.round(this.codes[this.clusterIndex][i+1]*factor));
2 26 Feb 07 jari 521             }
2 26 Feb 07 jari 522         }
2 26 Feb 07 jari 523         
2 26 Feb 07 jari 524         // draw zero line
2 26 Feb 07 jari 525         g.setColor(Color.black);
2 26 Feb 07 jari 526         g.drawLine(left, zeroValue, left+width, zeroValue);
2 26 Feb 07 jari 527         // draw magenta line
2 26 Feb 07 jari 528         if (getCluster() != null && getCluster().length > 0) {
2 26 Feb 07 jari 529             g.setColor(Color.magenta);
2 26 Feb 07 jari 530             for (int i=0; i<numberOfGenes-1; i++) {
2 26 Feb 07 jari 531                 if (Float.isNaN(this.means[this.clusterIndex][i]) || Float.isNaN(this.means[this.clusterIndex][i+1])) {
2 26 Feb 07 jari 532                     continue;
2 26 Feb 07 jari 533                 }
2 26 Feb 07 jari 534                 g.drawLine(left+(int)Math.round(i*stepX), zeroValue-(int)Math.round(this.means[this.clusterIndex][i]*factor), left+(int)Math.round((i+1)*stepX), zeroValue-(int)Math.round(this.means[this.clusterIndex][i+1]*factor));
2 26 Feb 07 jari 535             }
2 26 Feb 07 jari 536         }
2 26 Feb 07 jari 537         // draw rectangle
2 26 Feb 07 jari 538         g.setColor(Color.black);
2 26 Feb 07 jari 539         g.drawRect(left, top, width, height);
2 26 Feb 07 jari 540         // draw X items
2 26 Feb 07 jari 541         for (int i=1; i<numberOfGenes-1; i++) {
2 26 Feb 07 jari 542             g.drawLine(left+(int)Math.round(i*stepX), top+height-5, left+(int)Math.round(i*stepX), top+height);
2 26 Feb 07 jari 543         }
2 26 Feb 07 jari 544         //draw Y items
2 26 Feb 07 jari 545         for (int i=1; i<stepsY; i++) {
2 26 Feb 07 jari 546             g.drawLine(left, zeroValue-(int)Math.round(i*factor), left+5, zeroValue-(int)Math.round(i*factor));
2 26 Feb 07 jari 547             g.drawLine(left, zeroValue+(int)Math.round(i*factor), left+5, zeroValue+(int)Math.round(i*factor));
2 26 Feb 07 jari 548         }
2 26 Feb 07 jari 549         // draw genes info
2 26 Feb 07 jari 550         g.setColor(bColor);
2 26 Feb 07 jari 551  /*      if (drawMarks) {
2 26 Feb 07 jari 552             FontMetrics metrics = g.getFontMetrics();
2 26 Feb 07 jari 553             String str;
2 26 Feb 07 jari 554             int strWidth;
2 26 Feb 07 jari 555             //draw Y digits
2 26 Feb 07 jari 556             for (int i=1; i<stepsY; i++) {
2 26 Feb 07 jari 557                 str = String.valueOf(i);
2 26 Feb 07 jari 558                 strWidth = metrics.stringWidth(str);
2 26 Feb 07 jari 559                 g.drawString(str, left-10-strWidth, zeroValue+5-(int)Math.round(i*factor));
2 26 Feb 07 jari 560                 str = String.valueOf(-i);
2 26 Feb 07 jari 561                 strWidth = metrics.stringWidth(str);
2 26 Feb 07 jari 562                 g.drawString(str, left-10-strWidth, zeroValue+5+(int)Math.round(i*factor));
2 26 Feb 07 jari 563             }
2 26 Feb 07 jari 564             // draw X samples names
2 26 Feb 07 jari 565             g.rotate(-Math.PI/2.0);
2 26 Feb 07 jari 566             final int max_name_width = getNamesWidth(metrics);
2 26 Feb 07 jari 567             for (int i=0; i<numberOfSamples; i++) {
2 26 Feb 07 jari 568                 g.drawString(data.getSampleName(experiment.getSampleIndex(getCluster()[i])), -height-top-10-max_name_width, left+(int)Math.round(i*stepX)+3);
2 26 Feb 07 jari 569             }
2 26 Feb 07 jari 570             g.rotate(Math.PI/2.0);
2 26 Feb 07 jari 571         }
2 26 Feb 07 jari 572   */
2 26 Feb 07 jari 573         if (getCluster() != null && getCluster().length > 0 && this.drawVariances) {
2 26 Feb 07 jari 574             // draw points
2 26 Feb 07 jari 575             g.setColor(bColor);
2 26 Feb 07 jari 576             for (int i=0; i<numberOfGenes; i++) {
2 26 Feb 07 jari 577                 if (Float.isNaN(this.means[this.clusterIndex][i])) {
2 26 Feb 07 jari 578                     continue;
2 26 Feb 07 jari 579                 }
2 26 Feb 07 jari 580                 g.fillOval(left+(int)Math.round(i*stepX)-3, zeroValue-(int)Math.round(this.means[this.clusterIndex][i]*factor)-3, 6, 6);
2 26 Feb 07 jari 581             }
2 26 Feb 07 jari 582         }
2 26 Feb 07 jari 583         g.setColor(bColor);
2 26 Feb 07 jari 584         if (getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 585             g.drawString("No Experiments In Cluster", left+10, top+20);
2 26 Feb 07 jari 586         } else {
2 26 Feb 07 jari 587             if(getCluster().length == 1)
2 26 Feb 07 jari 588                 g.drawString(1 + " Experiment", left+10, top+20);
2 26 Feb 07 jari 589             else
2 26 Feb 07 jari 590                 g.drawString(getCluster().length+" Experiments", left+10, top+20);
2 26 Feb 07 jari 591         }
2 26 Feb 07 jari 592     }
2 26 Feb 07 jari 593     
2 26 Feb 07 jari 594     /**
2 26 Feb 07 jari 595      * @return null
2 26 Feb 07 jari 596      */
2 26 Feb 07 jari 597     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 598         return null;
2 26 Feb 07 jari 599     }
2 26 Feb 07 jari 600     
2 26 Feb 07 jari 601     /**
2 26 Feb 07 jari 602      * Updates the viewer data.
2 26 Feb 07 jari 603      */
2 26 Feb 07 jari 604     public void onDataChanged(IData data) {
2 26 Feb 07 jari 605         setData(data);
2 26 Feb 07 jari 606     }
2 26 Feb 07 jari 607     
2 26 Feb 07 jari 608     /**
2 26 Feb 07 jari 609      * Updates some viewer attributes.
2 26 Feb 07 jari 610      */
2 26 Feb 07 jari 611     public void onMenuChanged(IDisplayMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 612         setAntiAliasing(menu.isAntiAliasing());
2 26 Feb 07 jari 613         this.maxValue = menu.getMaxRatioScale();
2 26 Feb 07 jari 614         this.minValue = menu.getMinRatioScale();
2 26 Feb 07 jari 615         this.midValue = menu.getMidRatioValue();
2 26 Feb 07 jari 616         ExperimentClusterCentroidViewer.posColorImage = menu.getPositiveGradientImage();
2 26 Feb 07 jari 617         ExperimentClusterCentroidViewer.negColorImage = menu.getNegativeGradientImage();
2 26 Feb 07 jari 618         this.gradientColors = menu.getColorGradientState();
2 26 Feb 07 jari 619     }
2 26 Feb 07 jari 620     
2 26 Feb 07 jari 621     public void onDeselected() {}
2 26 Feb 07 jari 622     public void onClosed() {}
2 26 Feb 07 jari 623     
2 26 Feb 07 jari 624     /**
2 26 Feb 07 jari 625      * @return null
2 26 Feb 07 jari 626      */
2 26 Feb 07 jari 627     public BufferedImage getImage() {
2 26 Feb 07 jari 628         return null;
2 26 Feb 07 jari 629     }
2 26 Feb 07 jari 630     
2 26 Feb 07 jari 631     /**
2 26 Feb 07 jari 632      * Calculate experiment max value for scale purpose.
2 26 Feb 07 jari 633      */
2 26 Feb 07 jari 634     private float calculateMaxValue(int[] samples) {
2 26 Feb 07 jari 635         float max = 0f;
2 26 Feb 07 jari 636         float value;
2 26 Feb 07 jari 637         final int numGenes = experiment.getNumberOfGenes();
2 26 Feb 07 jari 638         for (int gene=0; gene<numGenes; gene++) {
2 26 Feb 07 jari 639             for (int sample=0; sample<samples.length; sample++) {
2 26 Feb 07 jari 640                 value = experiment.get(gene, samples[sample]);
2 26 Feb 07 jari 641                 if (!Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 642                     max = Math.max(max, Math.abs(value));
2 26 Feb 07 jari 643                 }
2 26 Feb 07 jari 644             }
2 26 Feb 07 jari 645         }
2 26 Feb 07 jari 646         return max;
2 26 Feb 07 jari 647     }
2 26 Feb 07 jari 648     
2 26 Feb 07 jari 649     /**
2 26 Feb 07 jari 650      * Returns max width of experiment names.
2 26 Feb 07 jari 651      */
2 26 Feb 07 jari 652     protected int getNamesWidth(FontMetrics metrics) {
2 26 Feb 07 jari 653         int maxWidth = 0;
2 26 Feb 07 jari 654         for (int i=0; i<experiment.getNumberOfSamples(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 655             maxWidth = Math.max(maxWidth, metrics.stringWidth(data.getSampleName(experiment.getSampleIndex(i))));
2 26 Feb 07 jari 656         }
2 26 Feb 07 jari 657         return maxWidth;
2 26 Feb 07 jari 658     }
2 26 Feb 07 jari 659     
2 26 Feb 07 jari 660     /**
2 26 Feb 07 jari 661      * Adds viewer specific menu items.
2 26 Feb 07 jari 662      */
2 26 Feb 07 jari 663     protected void addMenuItems(JPopupMenu menu, ActionListener listener) {
2 26 Feb 07 jari 664         JMenuItem menuItem;
2 26 Feb 07 jari 665         menuItem = new JMenuItem("Store cluster", GUIFactory.getIcon("new16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 666         menuItem.setActionCommand(STORE_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 667         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 668         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 669         
2 26 Feb 07 jari 670         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 671         
2 26 Feb 07 jari 672         menuItem = new JMenuItem("Launch new session", GUIFactory.getIcon("lanuch_new_mav.gif"));
2 26 Feb 07 jari 673         menuItem.setActionCommand(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD);
2 26 Feb 07 jari 674         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 675         menu.add(menuItem);       
2 26 Feb 07 jari 676         
2 26 Feb 07 jari 677         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 678         
2 26 Feb 07 jari 679         menuItem = new JMenuItem("Delete public cluster", GUIFactory.getIcon("delete16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 680         menuItem.setActionCommand(SET_DEF_COLOR_CMD);
2 26 Feb 07 jari 681         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 682         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 683         
2 26 Feb 07 jari 684         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 685         
2 26 Feb 07 jari 686         menuItem = new JMenuItem("Save cluster...", GUIFactory.getIcon("save16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 687         menuItem.setActionCommand(SAVE_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 688         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 689         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 690         
2 26 Feb 07 jari 691         menuItem = new JMenuItem("Save all clusters...", GUIFactory.getIcon("save16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 692         menuItem.setActionCommand(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 693         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 694         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 695         
2 26 Feb 07 jari 696         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 697         
2 26 Feb 07 jari 698         setOverallMaxMenuItem = new JMenuItem("Set Y to overall max...", GUIFactory.getIcon("Y_range_expand.gif"));
2 26 Feb 07 jari 699         setOverallMaxMenuItem.setActionCommand(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD);
2 26 Feb 07 jari 700         setOverallMaxMenuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 701         setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 702         menu.add(setOverallMaxMenuItem);
2 26 Feb 07 jari 703         
2 26 Feb 07 jari 704         setClusterMaxMenuItem = new JMenuItem("Set Y to cluster max...", GUIFactory.getIcon("Y_range_expand.gif"));
2 26 Feb 07 jari 705         setClusterMaxMenuItem.setActionCommand(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD);
2 26 Feb 07 jari 706         setClusterMaxMenuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 707         menu.add(setClusterMaxMenuItem);
2 26 Feb 07 jari 708         
2 26 Feb 07 jari 709     //    menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 710
2 26 Feb 07 jari 711     //    menuItem = new JMenuItem("Toggle reference line...");
2 26 Feb 07 jari 712     //    menuItem.setActionCommand(TOGGLE_REF_LINE_CMD);
2 26 Feb 07 jari 713     //    menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 714     //    menu.add(menuItem);        
2 26 Feb 07 jari 715     }
2 26 Feb 07 jari 716     
2 26 Feb 07 jari 717     /** Returns a component to be inserted into the scroll pane row header
2 26 Feb 07 jari 718      */
2 26 Feb 07 jari 719     public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 720         return null;
2 26 Feb 07 jari 721     }
2 26 Feb 07 jari 722     
2 26 Feb 07 jari 723     /** Returns the corner component corresponding to the indicated corner,
2 26 Feb 07 jari 724      * posibly null
2 26 Feb 07 jari 725      */
2 26 Feb 07 jari 726     public JComponent getCornerComponent(int cornerIndex) {
2 26 Feb 07 jari 727         return null;
2 26 Feb 07 jari 728     }
2 26 Feb 07 jari 729     
2 26 Feb 07 jari 730     /** Returns int value indicating viewer type
2 26 Feb 07 jari 731      * Cluster.GENE_CLUSTER, Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER, or -1 for both or unspecified
2 26 Feb 07 jari 732      */
2 26 Feb 07 jari 733     public int getViewerType() {
2 26 Feb 07 jari 734         return Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER;
2 26 Feb 07 jari 735     }
2 26 Feb 07 jari 736     
2 26 Feb 07 jari 737   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 738    * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#setExperiment(org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment)
2 26 Feb 07 jari 739    */
2 26 Feb 07 jari 740   public void setExperiment(Experiment e) {
2 26 Feb 07 jari 741         this.experiment = e;
2 26 Feb 07 jari 742         this.exptID = e.getId();
2 26 Feb 07 jari 743         numberOfGenes = experiment.getNumberOfGenes();
2 26 Feb 07 jari 744         this.maxExperimentValue = experiment.getMaxAbsValue();
2 26 Feb 07 jari 745   }
2 26 Feb 07 jari 746
2 26 Feb 07 jari 747   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 748    * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#getExperimentID()
2 26 Feb 07 jari 749    */
2 26 Feb 07 jari 750   public int getExperimentID() {
2 26 Feb 07 jari 751     return exptID;
2 26 Feb 07 jari 752   }
2 26 Feb 07 jari 753
2 26 Feb 07 jari 754   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 755    * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#setExperimentID(int)
2 26 Feb 07 jari 756    */
2 26 Feb 07 jari 757   public void setExperimentID(int id) {
2 26 Feb 07 jari 758     this.exptID = id;
2 26 Feb 07 jari 759   }
2 26 Feb 07 jari 760     
2 26 Feb 07 jari 761 }
2 26 Feb 07 jari 762

Generated on Thu Jul 20 09:26:00 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)