mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/helpers/ExperimentClusterHeader.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2005, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: ExperimentClusterHeader.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.7 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/02 16:56:57 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Font;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.Graphics;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.Graphics2D;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.FontMetrics;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.RenderingHints;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.image.BufferedImage;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.io.IOException;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.io.ObjectInputStream;
2 26 Feb 07 jari 25 import java.io.ObjectOutputStream;
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 28 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 29
2 26 Feb 07 jari 30 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 31 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 32
2 26 Feb 07 jari 33
2 26 Feb 07 jari 34 public class ExperimentClusterHeader extends JPanel implements IExperimentHeader{
2 26 Feb 07 jari 35     
2 26 Feb 07 jari 36     private static final int RECT_HEIGHT = 15;
2 26 Feb 07 jari 37     private static final int COLOR_BAR_HEIGHT = 10;
2 26 Feb 07 jari 38     private Experiment experiment;
2 26 Feb 07 jari 39     private IData data;
2 26 Feb 07 jari 40     private int[][] samplesOrder;
2 26 Feb 07 jari 41     private int elementWidth;
2 26 Feb 07 jari 42     private boolean isAntiAliasing = true;
2 26 Feb 07 jari 43     private float maxValue = 3f;
2 26 Feb 07 jari 44     private float minValue = -3f;
2 26 Feb 07 jari 45     private float midValue = 0.0f;    
2 26 Feb 07 jari 46     int clusterIndex = 0;
2 26 Feb 07 jari 47     private String centroidName;
2 26 Feb 07 jari 48     private boolean hasCentroid;
2 26 Feb 07 jari 49     
2 26 Feb 07 jari 50     private BufferedImage negColorImage;
2 26 Feb 07 jari 51     private BufferedImage posColorImage;
2 26 Feb 07 jari 52     
2 26 Feb 07 jari 53     private Insets insets = new Insets(0, 10, 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 54     
2 26 Feb 07 jari 55     private boolean useDoubleGradient = true;
2 26 Feb 07 jari 56     
2 26 Feb 07 jari 57     public static String[] getPersistenceDelegateArgs(){
2 26 Feb 07 jari 58 //      return new String[]{"samplesOrder", "centroidName", "elementWidth", "hasCentroid", "insets"};
2 26 Feb 07 jari 59       return new String[]{"experiment", "samplesOrder"};
2 26 Feb 07 jari 60     }
2 26 Feb 07 jari 61     public String getCentroidName() {return centroidName;}
2 26 Feb 07 jari 62     public int[][] getSamplesOrder() {return samplesOrder;}
2 26 Feb 07 jari 63     public int getElementWidth() {return elementWidth;}
2 26 Feb 07 jari 64     public boolean getHasCentroid() {return hasCentroid;}
2 26 Feb 07 jari 65     public Insets getInsets() {return insets;}
2 26 Feb 07 jari 66     public void setExperiment(Experiment e) {
2 26 Feb 07 jari 67       this.experiment = e;
2 26 Feb 07 jari 68     }
2 26 Feb 07 jari 69     public ExperimentClusterHeader(int[][] samplesOrder, String centroidName, int elementWidth, boolean hasCentroid, Insets insets){
2 26 Feb 07 jari 70       this(null, samplesOrder, centroidName);
2 26 Feb 07 jari 71       this.elementWidth = elementWidth;
2 26 Feb 07 jari 72       this.hasCentroid = hasCentroid;
2 26 Feb 07 jari 73       this.insets = insets;
2 26 Feb 07 jari 74     }
2 26 Feb 07 jari 75     /**
2 26 Feb 07 jari 76      * Construct an <code>ExperimentClusterHeader</code> with specified experiment
2 26 Feb 07 jari 77      * and samples order.
2 26 Feb 07 jari 78      */
2 26 Feb 07 jari 79     public ExperimentClusterHeader(Experiment experiment, int[] samplesOrder) {
2 26 Feb 07 jari 80         this.experiment = experiment;        
2 26 Feb 07 jari 81         this.samplesOrder = new int[1][];
2 26 Feb 07 jari 82         this.samplesOrder[0] = samplesOrder;
2 26 Feb 07 jari 83         this.hasCentroid = false;
2 26 Feb 07 jari 84         setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 85     }
2 26 Feb 07 jari 86     
2 26 Feb 07 jari 87     /**
2 26 Feb 07 jari 88      * Construct an <code>ExperimentClusterHeader</code> with specified experiment
2 26 Feb 07 jari 89      * and samples order.
2 26 Feb 07 jari 90      */
2 26 Feb 07 jari 91     public ExperimentClusterHeader(Experiment experiment, int[][] samplesOrder) {
2 26 Feb 07 jari 92         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 93         this.samplesOrder = samplesOrder;
2 26 Feb 07 jari 94         this.hasCentroid = false;
2 26 Feb 07 jari 95         setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 96     }
2 26 Feb 07 jari 97     
2 26 Feb 07 jari 98     
2 26 Feb 07 jari 99     /**
2 26 Feb 07 jari 100      * Construct an <code>ExperimentClusterHeader</code> with specified experiment
2 26 Feb 07 jari 101      * and samples order.
2 26 Feb 07 jari 102      */
2 26 Feb 07 jari 103     public ExperimentClusterHeader(Experiment experiment, int[][] samplesOrder, String centroidName) {
2 26 Feb 07 jari 104         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 105         this.samplesOrder = samplesOrder;
2 26 Feb 07 jari 106         this.centroidName = centroidName;
2 26 Feb 07 jari 107         this.hasCentroid = true;
2 26 Feb 07 jari 108         setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 109     }
2 26 Feb 07 jari 110         /**
2 26 Feb 07 jari 111      * Returns a component to be inserted into scroll pane view port.
2 26 Feb 07 jari 112      */
2 26 Feb 07 jari 113     public JComponent getContentComponent(){
2 26 Feb 07 jari 114         return this;
2 26 Feb 07 jari 115     }
2 26 Feb 07 jari 116     
2 26 Feb 07 jari 117     /**
2 26 Feb 07 jari 118      * Sets data.
2 26 Feb 07 jari 119      */
2 26 Feb 07 jari 120     public void setData(IData data) {
2 26 Feb 07 jari 121         this.data = data;
2 26 Feb 07 jari 122     }
2 26 Feb 07 jari 123     
2 26 Feb 07 jari 124     public void setClusterIndex(int index){
2 26 Feb 07 jari 125         this.clusterIndex = index;
2 26 Feb 07 jari 126     }
2 26 Feb 07 jari 127     
2 26 Feb 07 jari 128     public void setUseDoubleGradient(boolean useDouble) {
2 26 Feb 07 jari 129         useDoubleGradient = useDouble;
2 26 Feb 07 jari 130     }
2 26 Feb 07 jari 131     
2 26 Feb 07 jari 132     /**
2 26 Feb 07 jari 133      * Sets max and min experiment values.
2 26 Feb 07 jari 134      */
2 26 Feb 07 jari 135     public void setValues(float minValue, float midValue, float maxValue) {
2 26 Feb 07 jari 136         this.maxValue = maxValue;
2 26 Feb 07 jari 137         this.minValue = minValue;
2 26 Feb 07 jari 138         this.midValue = midValue;
2 26 Feb 07 jari 139     }
2 26 Feb 07 jari 140     
2 26 Feb 07 jari 141     /**
2 26 Feb 07 jari 142      * Sets max and min experiment values.
2 26 Feb 07 jari 143      */
2 26 Feb 07 jari 144     public void setValues(float minValue, float maxValue) {
2 26 Feb 07 jari 145         this.maxValue = maxValue;
2 26 Feb 07 jari 146         this.minValue = minValue;
2 26 Feb 07 jari 147     }
2 26 Feb 07 jari 148     
2 26 Feb 07 jari 149     /**
2 26 Feb 07 jari 150      * Sets positive and negative images
2 26 Feb 07 jari 151      */
2 26 Feb 07 jari 152     public void setNegAndPosColorImages(BufferedImage neg, BufferedImage pos){
2 26 Feb 07 jari 153         this.negColorImage = neg;
2 26 Feb 07 jari 154         this.posColorImage = pos;
2 26 Feb 07 jari 155     }
2 26 Feb 07 jari 156     
2 26 Feb 07 jari 157     /**
2 26 Feb 07 jari 158      * Sets anti-aliasing property.
2 26 Feb 07 jari 159      */
2 26 Feb 07 jari 160     public void setAntiAliasing(boolean isAntiAliasing) {
2 26 Feb 07 jari 161         this.isAntiAliasing = isAntiAliasing;
2 26 Feb 07 jari 162     }
2 26 Feb 07 jari 163     
2 26 Feb 07 jari 164     /**
2 26 Feb 07 jari 165      * Sets an element width.
2 26 Feb 07 jari 166      */
2 26 Feb 07 jari 167     private void setElementWidth(int width) {
2 26 Feb 07 jari 168         this.elementWidth = width;
2 26 Feb 07 jari 169         if (width > 12) {
2 26 Feb 07 jari 170             width = 12;
2 26 Feb 07 jari 171         }
2 26 Feb 07 jari 172         setFont(new Font("monospaced", Font.PLAIN, width));
2 26 Feb 07 jari 173     }
2 26 Feb 07 jari 174     
2 26 Feb 07 jari 175     /**
2 26 Feb 07 jari 176      * Sets the left margin for the header
2 26 Feb 07 jari 177      */
2 26 Feb 07 jari 178     public void setLeftInset(int leftMargin){
2 26 Feb 07 jari 179         insets.left = leftMargin;
2 26 Feb 07 jari 180     }
2 26 Feb 07 jari 181     
2 26 Feb 07 jari 182     /**
2 26 Feb 07 jari 183      * Updates size of this header.
2 26 Feb 07 jari 184      */
2 26 Feb 07 jari 185     public void updateSizes(int contentWidth, int elementWidth) {
2 26 Feb 07 jari 186         setElementWidth(elementWidth);
2 26 Feb 07 jari 187         Graphics2D g = (Graphics2D)getGraphics();
2 26 Feb 07 jari 188         if (g == null) {
2 26 Feb 07 jari 189             return;
2 26 Feb 07 jari 190         }
2 26 Feb 07 jari 191         if (isAntiAliasing) {
2 26 Feb 07 jari 192             g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF);
2 26 Feb 07 jari 193             g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING,RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON);
2 26 Feb 07 jari 194         }
2 26 Feb 07 jari 195         FontMetrics hfm = g.getFontMetrics();
2 26 Feb 07 jari 196         int maxHeight = 0;
2 26 Feb 07 jari 197         String name;
2 26 Feb 07 jari 198         
2 26 Feb 07 jari 199         final int size = this.samplesOrder[clusterIndex].length;
2 26 Feb 07 jari 200         
2 26 Feb 07 jari 201         for (int feature = 0; feature < size; feature++) {
2 26 Feb 07 jari 202             name = data.getSampleName(experiment.getSampleIndex(samplesOrder[clusterIndex][feature]));
2 26 Feb 07 jari 203             maxHeight = Math.max(maxHeight, hfm.stringWidth(name));
2 26 Feb 07 jari 204         }
2 26 Feb 07 jari 205         if(hasCentroid)
2 26 Feb 07 jari 206             maxHeight = Math.max(maxHeight, hfm.stringWidth(this.centroidName));
2 26 Feb 07 jari 207         
2 26 Feb 07 jari 208         maxHeight += RECT_HEIGHT + hfm.getHeight() + 10;
2 26 Feb 07 jari 209         maxHeight += getColorBarHeight();
2 26 Feb 07 jari 210         if(!hasCentroid){
2 26 Feb 07 jari 211             setSize(contentWidth, maxHeight);
2 26 Feb 07 jari 212             setPreferredSize(new Dimension(contentWidth, maxHeight));
2 26 Feb 07 jari 213        }
2 26 Feb 07 jari 214         else{
2 26 Feb 07 jari 215             setSize(contentWidth, maxHeight);
2 26 Feb 07 jari 216             setPreferredSize(new Dimension(contentWidth, maxHeight));
2 26 Feb 07 jari 217         }
2 26 Feb 07 jari 218
2 26 Feb 07 jari 219     }
2 26 Feb 07 jari 220     
2 26 Feb 07 jari 221     /**
2 26 Feb 07 jari 222      * Returns height of color bar for experiment clustering
2 26 Feb 07 jari 223      */
2 26 Feb 07 jari 224     private int getColorBarHeight(){
2 26 Feb 07 jari 225         for( int sample = 0; sample < samplesOrder[clusterIndex].length ; sample++){
2 26 Feb 07 jari 226             if(data.getExperimentColor(experiment.getSampleIndex(this.samplesOrder[clusterIndex][sample])) != null)
2 26 Feb 07 jari 227                 return COLOR_BAR_HEIGHT;
2 26 Feb 07 jari 228         }
2 26 Feb 07 jari 229         return 0;
2 26 Feb 07 jari 230     }
2 26 Feb 07 jari 231     
2 26 Feb 07 jari 232     /**
2 26 Feb 07 jari 233      * Paints the header into specified graphics.
2 26 Feb 07 jari 234      */
2 26 Feb 07 jari 235     public void paint(Graphics g1D) {
2 26 Feb 07 jari 236         super.paint(g1D);
2 26 Feb 07 jari 237         if (data == null) {
2 26 Feb 07 jari 238             return;
2 26 Feb 07 jari 239         }
2 26 Feb 07 jari 240         Graphics2D g = (Graphics2D)g1D;
2 26 Feb 07 jari 241         if (isAntiAliasing) {
2 26 Feb 07 jari 242             g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF);
2 26 Feb 07 jari 243             g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING,RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON);
2 26 Feb 07 jari 244         }
2 26 Feb 07 jari 245         drawHeader(g);
2 26 Feb 07 jari 246     }
2 26 Feb 07 jari 247     
2 26 Feb 07 jari 248     /**
2 26 Feb 07 jari 249      * Draws the header into specified graphics.
2 26 Feb 07 jari 250      */
2 26 Feb 07 jari 251     private void drawHeader(Graphics2D g) {
2 26 Feb 07 jari 252         final int samples = this.samplesOrder[clusterIndex].length;
2 26 Feb 07 jari 253         if (samples == 0) {
2 26 Feb 07 jari 254             return;
2 26 Feb 07 jari 255         }
2 26 Feb 07 jari 256         
2 26 Feb 07 jari 257         int width = samples*elementWidth;
2 26 Feb 07 jari 258         if(this.hasCentroid)
2 26 Feb 07 jari 259             width += this.elementWidth + 5;
2 26 Feb 07 jari 260         if(useDoubleGradient) {
2 26 Feb 07 jari 261           g.drawImage(this.negColorImage, insets.left, 0, (int)(width/2f), RECT_HEIGHT, null);
2 26 Feb 07 jari 262           g.drawImage(this.posColorImage, (int)((width/2f)+insets.left), 0, (int)(width/2f), RECT_HEIGHT, null);
2 26 Feb 07 jari 263         } else {
2 26 Feb 07 jari 264           g.drawImage(this.posColorImage, insets.left, 0, width, RECT_HEIGHT, null);                  
2 26 Feb 07 jari 265         }
2 26 Feb 07 jari 266         
2 26 Feb 07 jari 267         FontMetrics hfm = g.getFontMetrics();
2 26 Feb 07 jari 268         int descent = hfm.getDescent();
2 26 Feb 07 jari 269         int fHeight = hfm.getHeight();
2 26 Feb 07 jari 270         g.setColor(Color.black);
2 26 Feb 07 jari 271
2 26 Feb 07 jari 272         int textWidth;
2 26 Feb 07 jari 273         g.drawString(String.valueOf(this.minValue), insets.left, RECT_HEIGHT+fHeight);
2 26 Feb 07 jari 274         textWidth = hfm.stringWidth(String.valueOf(midValue));
2 26 Feb 07 jari 275         if(useDoubleGradient)
2 26 Feb 07 jari 276           g.drawString(String.valueOf(midValue), (int)((width+insets.left)/2f)-textWidth/2, RECT_HEIGHT+fHeight);
2 26 Feb 07 jari 277         textWidth = hfm.stringWidth(String.valueOf(this.maxValue));
2 26 Feb 07 jari 278         g.drawString(String.valueOf(this.maxValue), (width-textWidth)+insets.left, RECT_HEIGHT+fHeight);
2 26 Feb 07 jari 279
2 26 Feb 07 jari 280         // draw feature names
2 26 Feb 07 jari 281         g.rotate(-Math.PI/2);
2 26 Feb 07 jari 282         String name;
2 26 Feb 07 jari 283         int h = -getSize().height + 5;
2 26 Feb 07 jari 284         boolean hasColorBar = false;
2 26 Feb 07 jari 285         int centroidNameOffset = 0;
2 26 Feb 07 jari 286         
2 26 Feb 07 jari 287         if(this.getColorBarHeight() > 0){
2 26 Feb 07 jari 288             h += COLOR_BAR_HEIGHT;
2 26 Feb 07 jari 289             hasColorBar = true;
2 26 Feb 07 jari 290         }
2 26 Feb 07 jari 291         
2 26 Feb 07 jari 292         if(this.hasCentroid){
2 26 Feb 07 jari 293             centroidNameOffset = elementWidth + 5;
2 26 Feb 07 jari 294             g.drawString(this.centroidName, h, descent + elementWidth/2 + insets.left);
2 26 Feb 07 jari 295         }
2 26 Feb 07 jari 296         
2 26 Feb 07 jari 297         for (int sample = 0; sample < samples; sample++) {
2 26 Feb 07 jari 298             name = data.getSampleName(experiment.getSampleIndex(this.samplesOrder[clusterIndex][sample]));
2 26 Feb 07 jari 299             g.drawString(name, h, descent + elementWidth*sample + elementWidth/2 + insets.left + centroidNameOffset);
2 26 Feb 07 jari 300         }
2 26 Feb 07 jari 301         g.rotate(Math.PI/2);
2 26 Feb 07 jari 302         if(hasColorBar){
2 26 Feb 07 jari 303             Color color;
2 26 Feb 07 jari 304             for(int sample = 0; sample < samples; sample++){
2 26 Feb 07 jari 305                 color = data.getExperimentColor(experiment.getSampleIndex(this.samplesOrder[clusterIndex][sample]));
2 26 Feb 07 jari 306                 if(color != null)
2 26 Feb 07 jari 307                     g.setColor(color);
2 26 Feb 07 jari 308                 else
2 26 Feb 07 jari 309                     g.setColor(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 310                 g.fillRect(sample*elementWidth + insets.left + centroidNameOffset, getSize().height - COLOR_BAR_HEIGHT - 2, elementWidth, COLOR_BAR_HEIGHT);
2 26 Feb 07 jari 311             }
2 26 Feb 07 jari 312         }
2 26 Feb 07 jari 313     }
2 26 Feb 07 jari 314       /*
2 26 Feb 07 jari 315     private void writeObject(ObjectOutputStream oos) throws IOException {       
2 26 Feb 07 jari 316         oos.writeObject(experiment);            
2 26 Feb 07 jari 317         oos.writeObject(samplesOrder);
2 26 Feb 07 jari 318         oos.writeInt(elementWidth);
2 26 Feb 07 jari 319         oos.writeObject(insets);
2 26 Feb 07 jari 320         oos.writeBoolean(this.hasCentroid);
2 26 Feb 07 jari 321         if(this.hasCentroid){
2 26 Feb 07 jari 322             oos.writeObject(this.centroidName);
2 26 Feb 07 jari 323         }            
2 26 Feb 07 jari 324     }
2 26 Feb 07 jari 325     
2 26 Feb 07 jari 326     
2 26 Feb 07 jari 327     private void readObject(ObjectInputStream ois) throws IOException, ClassNotFoundException {     
2 26 Feb 07 jari 328         experiment = (Experiment)ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 329         samplesOrder = (int[][])ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 330         elementWidth = ois.readInt();
2 26 Feb 07 jari 331         insets = (Insets)ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 332         if(ois.readBoolean()){
2 26 Feb 07 jari 333             this.hasCentroid = true;
2 26 Feb 07 jari 334             this.centroidName = (String)ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 335         }
2 26 Feb 07 jari 336     }
2 26 Feb 07 jari 337     */
2 26 Feb 07 jari 338 }
2 26 Feb 07 jari 339

Generated on Thu Jul 20 09:26:00 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)