mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/helpers/ExperimentClusterTableViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2005, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * ExperimentClusterTableViewer.java
2 26 Feb 07 jari 7  *
2 26 Feb 07 jari 8  * Created on April 26, 2004, 1:59 PM
2 26 Feb 07 jari 9  */
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers;
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 import java.awt.*;
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.event.*;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.image.BufferedImage;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.beans.Expression;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.util.Arrays;
2 26 Feb 07 jari 18
2 26 Feb 07 jari 19 import javax.swing.*;
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JTable;
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 25 import javax.swing.border.Border;
2 26 Feb 07 jari 26 import javax.swing.table.*;
2 26 Feb 07 jari 27
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer;
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 30 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDisplayMenu;
2 26 Feb 07 jari 31 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 32 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 33 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.GUIFactory;
2 26 Feb 07 jari 34
2 26 Feb 07 jari 35 import org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.*;
2 26 Feb 07 jari 36 import org.tigr.util.QSort;
2 26 Feb 07 jari 37
2 26 Feb 07 jari 38 /**
2 26 Feb 07 jari 39  *
2 26 Feb 07 jari 40  * @author  nbhagaba
2 26 Feb 07 jari 41  */
2 26 Feb 07 jari 42 public class ExperimentClusterTableViewer implements IViewer {
2 26 Feb 07 jari 43     
2 26 Feb 07 jari 44     private static final String NO_GENES_STR = "No Genes in Cluster!";
2 26 Feb 07 jari 45     private static final Font ERROR_FONT = new Font("monospaced", Font.BOLD, 20);
2 26 Feb 07 jari 46     protected static final String STORE_CLUSTER_CMD = "store-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 47     protected static final String STORE_SELECTED_ROWS_CMD = "store-selected-rows-cmd";
2 26 Feb 07 jari 48     protected static final String SET_DEF_COLOR_CMD = "set-def-color-cmd";
2 26 Feb 07 jari 49     protected static final String SAVE_CLUSTER_CMD = "save-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 50     protected static final String SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD = "save-all-clusters-cmd";
2 26 Feb 07 jari 51     protected static final String LAUNCH_NEW_SESSION_CMD = "launch-new-session-cmd";    
2 26 Feb 07 jari 52     protected static final String LAUNCH_NEW_SESSION_WITH_SEL_ROWS_CMD = "launch-new-session-with-sel-rows-cmd"; 
2 26 Feb 07 jari 53     protected static final String SEARCH_CMD = "search-cmd";
2 26 Feb 07 jari 54     protected static final String CLEAR_ALL_CMD = "clear-all-cmd";
2 26 Feb 07 jari 55     protected static final String SELECT_ALL_CMD = "select-all-cmd";
2 26 Feb 07 jari 56     protected static final String SORT_ORIG_ORDER_CMD = "sort-orig-order-cmd";
2 26 Feb 07 jari 57     
2 26 Feb 07 jari 58     public static final int INTEGER_TYPE = 10;
2 26 Feb 07 jari 59     public static final int FLOAT_TYPE = 11;
2 26 Feb 07 jari 60     public static final int DOUBLE_TYPE = 12;
2 26 Feb 07 jari 61     public static final int STRING_TYPE = 13;
2 26 Feb 07 jari 62     public static final int BOOLEAN_TYPE = 14;    
2 26 Feb 07 jari 63     
2 26 Feb 07 jari 64     private JComponent header;
2 26 Feb 07 jari 65     private JPopupMenu popup;    
2 26 Feb 07 jari 66     private Experiment experiment;
2 26 Feb 07 jari 67     private IFramework framework;
2 26 Feb 07 jari 68     private IData data;
2 26 Feb 07 jari 69     private int clusterIndex;
2 26 Feb 07 jari 70     private int[][] clusters;
2 26 Feb 07 jari 71     private int[][] sortedClusters;
2 26 Feb 07 jari 72     //private int[] samplesOrder;
2 26 Feb 07 jari 73     private String[] auxTitles;//, fieldNames;
2 26 Feb 07 jari 74     private Object[][] auxData;
2 26 Feb 07 jari 75     //private Object[][] origData;
2 26 Feb 07 jari 76     private boolean[][] sortedAscending;  
2 26 Feb 07 jari 77     private JTable clusterTable;
2 26 Feb 07 jari 78     private ExperimentClusterTableModel clusterModel;  
2 26 Feb 07 jari 79     private ClusterTableSearchDialog searchDialog;    
2 26 Feb 07 jari 80     private int exptID = 0;
2 26 Feb 07 jari 81
2 26 Feb 07 jari 82 //    public String[] getAuxTitles() {return auxTitles;}
2 26 Feb 07 jari 83 //    public Object[][] getAuxData() {return auxData;}
2 26 Feb 07 jari 84 //    public int[][] getSortedClusters() {return sortedClusters;}
2 26 Feb 07 jari 85     public int getExptID() {return exptID;}
2 26 Feb 07 jari 86     /**
2 26 Feb 07 jari 87      * This constructor creates a new object identical to the one saved to the
2 26 Feb 07 jari 88      * xml file by XMLEncoder and IViewerPersistenceDelegate
2 26 Feb 07 jari 89      * 
2 26 Feb 07 jari 90      * @param clusters
2 26 Feb 07 jari 91      * @param auxTitles
2 26 Feb 07 jari 92      * @param auxData
2 26 Feb 07 jari 93      * @param sortedClusters
2 26 Feb 07 jari 94      * @param exptID
2 26 Feb 07 jari 95      
2 26 Feb 07 jari 96     public ExperimentClusterTableViewer(int[][] clusters, String[] auxTitles, 
2 26 Feb 07 jari 97         Object[][] auxData, int[][] sortedClusters, Integer exptID) {
2 26 Feb 07 jari 98       this.clusters = clusters;
2 26 Feb 07 jari 99       this.auxTitles = auxTitles;
2 26 Feb 07 jari 100       this.auxData = auxData;
2 26 Feb 07 jari 101       this.sortedClusters = sortedClusters;
2 26 Feb 07 jari 102       this.exptID = exptID.intValue();
2 26 Feb 07 jari 103         
2 26 Feb 07 jari 104         this.clusterModel = new ExperimentClusterTableModel();
2 26 Feb 07 jari 105         this.clusterTable = new JTable(clusterModel);
2 26 Feb 07 jari 106         clusterTable.setDefaultRenderer(Color.class, new ColorRenderer(true));
2 26 Feb 07 jari 107         TableColumn column = null;
2 26 Feb 07 jari 108         for (int i = 0; i < clusterModel.getColumnCount(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 109             column = clusterTable.getColumnModel().getColumn(i);
2 26 Feb 07 jari 110             column.setMinWidth(30);
2 26 Feb 07 jari 111         } 
2 26 Feb 07 jari 112         
2 26 Feb 07 jari 113         this.sortedAscending = new boolean[clusters.length][clusterModel.getColumnCount()];
2 26 Feb 07 jari 114         for (int i = 0; i < sortedAscending.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 115             for (int j = 0; j < sortedAscending[i].length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 116                 sortedAscending[i][j] = false;
2 26 Feb 07 jari 117             }
2 26 Feb 07 jari 118         }
2 26 Feb 07 jari 119         addMouseListenerToHeaderInTable(clusterTable);
2 26 Feb 07 jari 120         header  = clusterTable.getTableHeader();        
2 26 Feb 07 jari 121         
2 26 Feb 07 jari 122         searchDialog = new ClusterTableSearchDialog(JOptionPane.getFrameForComponent(clusterTable), clusterTable, false);  
2 26 Feb 07 jari 123         setMaxWidth(getContentComponent(), getHeaderComponent());  
2 26 Feb 07 jari 124         
2 26 Feb 07 jari 125     Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 126     this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 127     //getContentComponent().addMouseListener(listener);  
2 26 Feb 07 jari 128         clusterTable.addMouseListener(listener);   
2 26 Feb 07 jari 129         
2 26 Feb 07 jari 130     }*/
2 26 Feb 07 jari 131     //EH testing
2 26 Feb 07 jari 132     /**
2 26 Feb 07 jari 133      * @inheritdoc 
2 26 Feb 07 jari 134      */
2 26 Feb 07 jari 135     public Expression getExpression(){
2 26 Feb 07 jari 136       return new Expression(this, this.getClass(), "new",
2 26 Feb 07 jari 137 //      new Object[]{clusters, auxTitles, auxData, this.sortedClusters, new Integer(this.exptID)});  
2 26 Feb 07 jari 138         new Object[]{experiment, clusters, data, auxTitles, auxData});
2 26 Feb 07 jari 139     }
2 26 Feb 07 jari 140     
2 26 Feb 07 jari 141     /** Creates a new instance of ExperimentClusterTableViewer */
2 26 Feb 07 jari 142     public ExperimentClusterTableViewer(Experiment experiment, int[][] clusters, IData data, String[] auxTitles, Object[][] auxData) {
2 26 Feb 07 jari 143         if (experiment == null) {
2 26 Feb 07 jari 144             throw new IllegalArgumentException("experiment == null");
2 26 Feb 07 jari 145         }
2 26 Feb 07 jari 146 //        this.data = data;
2 26 Feb 07 jari 147         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 148         this.clusters = clusters;  
2 26 Feb 07 jari 149         //this.fieldNames = data.getFieldNames();
2 26 Feb 07 jari 150         this.auxTitles = auxTitles;
2 26 Feb 07 jari 151         this.auxData = auxData;
2 26 Feb 07 jari 152         this.exptID = experiment.getId();
2 26 Feb 07 jari 153         
2 26 Feb 07 jari 154         this.sortedClusters = new int[clusters.length][];
2 26 Feb 07 jari 155         
2 26 Feb 07 jari 156         for (int i = 0; i < sortedClusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 157             sortedClusters[i] = new int[clusters[i].length];
2 26 Feb 07 jari 158         }
2 26 Feb 07 jari 159         
2 26 Feb 07 jari 160         for (int i = 0; i < sortedClusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 161             for (int j = 0; j < sortedClusters[i].length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 162                 sortedClusters[i][j] = clusters[i][j];
2 26 Feb 07 jari 163             }
2 26 Feb 07 jari 164         }
2 26 Feb 07 jari 165         
2 26 Feb 07 jari 166         this.clusterModel = new ExperimentClusterTableModel();
2 26 Feb 07 jari 167         this.clusterTable = new JTable(clusterModel);
2 26 Feb 07 jari 168         clusterTable.setDefaultRenderer(Color.class, new ColorRenderer(true));
2 26 Feb 07 jari 169         TableColumn column = null;
2 26 Feb 07 jari 170         for (int i = 0; i < clusterModel.getColumnCount(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 171             column = clusterTable.getColumnModel().getColumn(i);
2 26 Feb 07 jari 172             column.setMinWidth(30);
2 26 Feb 07 jari 173         } 
2 26 Feb 07 jari 174         
2 26 Feb 07 jari 175         this.sortedAscending = new boolean[clusters.length][clusterModel.getColumnCount()];
2 26 Feb 07 jari 176         for (int i = 0; i < sortedAscending.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 177             for (int j = 0; j < sortedAscending[i].length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 178                 sortedAscending[i][j] = false;
2 26 Feb 07 jari 179             }
2 26 Feb 07 jari 180         }
2 26 Feb 07 jari 181         addMouseListenerToHeaderInTable(clusterTable);
2 26 Feb 07 jari 182         header  = clusterTable.getTableHeader();        
2 26 Feb 07 jari 183         
2 26 Feb 07 jari 184         searchDialog = new ClusterTableSearchDialog(JOptionPane.getFrameForComponent(clusterTable), clusterTable, false);  
2 26 Feb 07 jari 185         setMaxWidth(getContentComponent(), getHeaderComponent());  
2 26 Feb 07 jari 186         
2 26 Feb 07 jari 187   Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 188   this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 189   //getContentComponent().addMouseListener(listener);  
2 26 Feb 07 jari 190         clusterTable.addMouseListener(listener);        
2 26 Feb 07 jari 191     }
2 26 Feb 07 jari 192     
2 26 Feb 07 jari 193     public ExperimentClusterTableViewer(Experiment experiment, int[][] clusters, IData data) {
2 26 Feb 07 jari 194         this(experiment, clusters, data, new String[0], new Object[0][0]);        
2 26 Feb 07 jari 195     }
2 26 Feb 07 jari 196     
2 26 Feb 07 jari 197    
2 26 Feb 07 jari 198     /** Returns a component to be inserted into scroll pane view port.
2 26 Feb 07 jari 199      */
2 26 Feb 07 jari 200     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 201         
2 26 Feb 07 jari 202         JPanel panel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 203         panel.setBackground(Color.gray);
2 26 Feb 07 jari 204         GridBagConstraints constraints = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 205         GridBagLayout gridbag = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 206         panel.setLayout(gridbag);
2 26 Feb 07 jari 207         constraints.fill = GridBagConstraints.HORIZONTAL;
2 26 Feb 07 jari 208         constraints.anchor = GridBagConstraints.NORTH;
2 26 Feb 07 jari 209         
2 26 Feb 07 jari 210         //clusterTable.addMouseListener(new Listener());
2 26 Feb 07 jari 211         
2 26 Feb 07 jari 212         buildConstraints(constraints, 0, 0, 1, 1, 100, 100);
2 26 Feb 07 jari 213         gridbag.setConstraints(clusterTable, constraints);
2 26 Feb 07 jari 214         
2 26 Feb 07 jari 215         panel.add(clusterTable);
2 26 Feb 07 jari 216         //panel.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 217         return panel;        
2 26 Feb 07 jari 218     }
2 26 Feb 07 jari 219     
2 26 Feb 07 jari 220     /** Returns the corner component corresponding to the indicated corner,
2 26 Feb 07 jari 221      * posibly null
2 26 Feb 07 jari 222      */
2 26 Feb 07 jari 223     public JComponent getCornerComponent(int cornerIndex) {
2 26 Feb 07 jari 224         return null;
2 26 Feb 07 jari 225     }
2 26 Feb 07 jari 226     
2 26 Feb 07 jari 227     
2 26 Feb 07 jari 228     /** Returns a component to be inserted into scroll pane header.
2 26 Feb 07 jari 229      */
2 26 Feb 07 jari 230     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 231         JPanel panel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 232         panel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 233         GridBagConstraints constraints = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 234         GridBagLayout gridbag = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 235         panel.setLayout(gridbag);
2 26 Feb 07 jari 236         constraints.fill = GridBagConstraints.HORIZONTAL;
2 26 Feb 07 jari 237         buildConstraints(constraints, 0, 0, 1, 1, 100, 100);
2 26 Feb 07 jari 238         gridbag.setConstraints(header, constraints);
2 26 Feb 07 jari 239         panel.add(header);
2 26 Feb 07 jari 240
2 26 Feb 07 jari 241         return panel;         
2 26 Feb 07 jari 242     }
2 26 Feb 07 jari 243     
2 26 Feb 07 jari 244     void buildConstraints(GridBagConstraints gbc, int gx, int gy,
2 26 Feb 07 jari 245     int gw, int gh, int wx, int wy) {
2 26 Feb 07 jari 246         
2 26 Feb 07 jari 247         gbc.gridx = gx;
2 26 Feb 07 jari 248         gbc.gridy = gy;
2 26 Feb 07 jari 249         gbc.gridwidth = gw;
2 26 Feb 07 jari 250         gbc.gridheight = gh;
2 26 Feb 07 jari 251         gbc.weightx = wx;
2 26 Feb 07 jari 252         gbc.weighty = wy;
2 26 Feb 07 jari 253     }    
2 26 Feb 07 jari 254     
2 26 Feb 07 jari 255     /** Invoked by the framework to save or to print viewer image.
2 26 Feb 07 jari 256      */
2 26 Feb 07 jari 257     public BufferedImage getImage() {
2 26 Feb 07 jari 258         return null;
2 26 Feb 07 jari 259     }
2 26 Feb 07 jari 260     
2 26 Feb 07 jari 261     /** Returns a component to be inserted into the scroll pane row header
2 26 Feb 07 jari 262      */
2 26 Feb 07 jari 263     public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 264         return null;
2 26 Feb 07 jari 265     }
2 26 Feb 07 jari 266     
2 26 Feb 07 jari 267     /** Invoked when the framework is going to be closed.
2 26 Feb 07 jari 268      */
2 26 Feb 07 jari 269     public void onClosed() {
2 26 Feb 07 jari 270     }
2 26 Feb 07 jari 271     
2 26 Feb 07 jari 272     /** Invoked by the framework when data is changed,
2 26 Feb 07 jari 273      * if this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 274      * @see IData
2 26 Feb 07 jari 275      */
2 26 Feb 07 jari 276     public void onDataChanged(IData data) {
2 26 Feb 07 jari 277         this.data = data;
2 26 Feb 07 jari 278     }
2 26 Feb 07 jari 279     
2 26 Feb 07 jari 280     /** Invoked by the framework when this viewer was deselected.
2 26 Feb 07 jari 281      */
2 26 Feb 07 jari 282     public void onDeselected() {
2 26 Feb 07 jari 283     }
2 26 Feb 07 jari 284     
2 26 Feb 07 jari 285     /** Invoked by the framework when display menu is changed,
2 26 Feb 07 jari 286      * if this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 287      * @see IDisplayMenu
2 26 Feb 07 jari 288      */
2 26 Feb 07 jari 289     public void onMenuChanged(IDisplayMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 290     }
2 26 Feb 07 jari 291     
2 26 Feb 07 jari 292     /** Invoked by the framework when this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 293      */
2 26 Feb 07 jari 294     public void onSelected(IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 295         this.framework = framework;
2 26 Feb 07 jari 296         this.data = framework.getData();        
2 26 Feb 07 jari 297         IDisplayMenu menu = framework.getDisplayMenu();
2 26 Feb 07 jari 298         Integer userObject = (Integer)framework.getUserObject();        
2 26 Feb 07 jari 299         setClusterIndex(userObject == null ? 0 : userObject.intValue());  
2 26 Feb 07 jari 300         clusterTable.clearSelection();        
2 26 Feb 07 jari 301     }
2 26 Feb 07 jari 302     
2 26 Feb 07 jari 303     /**
2 26 Feb 07 jari 304      * Sets cluster index to be displayed.
2 26 Feb 07 jari 305      */
2 26 Feb 07 jari 306
2 26 Feb 07 jari 307     public void setClusterIndex(int clusterIndex) {
2 26 Feb 07 jari 308         this.clusterIndex = clusterIndex;
2 26 Feb 07 jari 309     }
2 26 Feb 07 jari 310
2 26 Feb 07 jari 311     /**
2 26 Feb 07 jari 312      * Returns index of current cluster.
2 26 Feb 07 jari 313      */
2 26 Feb 07 jari 314
2 26 Feb 07 jari 315     public int getClusterIndex() {
2 26 Feb 07 jari 316         return clusterIndex;
2 26 Feb 07 jari 317     }    
2 26 Feb 07 jari 318
2 26 Feb 07 jari 319     /**
2 26 Feb 07 jari 320      * Returns indices of current cluster.
2 26 Feb 07 jari 321      */
2 26 Feb 07 jari 322     public int[] getCluster() {
2 26 Feb 07 jari 323         return clusters[this.clusterIndex];
2 26 Feb 07 jari 324     }
2 26 Feb 07 jari 325     
2 26 Feb 07 jari 326     /**
2 26 Feb 07 jari 327      * Returns all the clusters.
2 26 Feb 07 jari 328      */
2 26 Feb 07 jari 329     public int[][] getClusters() {
2 26 Feb 07 jari 330         return clusters;
2 26 Feb 07 jari 331     }
2 26 Feb 07 jari 332     
2 26 Feb 07 jari 333     public int[] getSortedCluster() {
2 26 Feb 07 jari 334         return sortedClusters[this.clusterIndex];
2 26 Feb 07 jari 335     }   
2 26 Feb 07 jari 336     
2 26 Feb 07 jari 337     /**
2 26 Feb 07 jari 338      * Returns index of a gene in the current cluster.
2 26 Feb 07 jari 339      */
2 26 Feb 07 jari 340     protected int getProbe(int row) {
2 26 Feb 07 jari 341         return this.experiment.getGeneIndexMappedToData(row);
2 26 Feb 07 jari 342     }    
2 26 Feb 07 jari 343     
2 26 Feb 07 jari 344     /**
2 26 Feb 07 jari 345      * Returns wrapped experiment.
2 26 Feb 07 jari 346      */
2 26 Feb 07 jari 347
2 26 Feb 07 jari 348     public Experiment getExperiment() {
2 26 Feb 07 jari 349         return experiment;
2 26 Feb 07 jari 350     }
2 26 Feb 07 jari 351     
2 26 Feb 07 jari 352     /**
2 26 Feb 07 jari 353      * Returns the data.
2 26 Feb 07 jari 354      */
2 26 Feb 07 jari 355     public IData getData() {
2 26 Feb 07 jari 356         return data;
2 26 Feb 07 jari 357     }   
2 26 Feb 07 jari 358     
2 26 Feb 07 jari 359     class ExperimentClusterTableModel extends AbstractTableModel {
2 26 Feb 07 jari 360         String[] columnNames;
2 26 Feb 07 jari 361         
2 26 Feb 07 jari 362         public ExperimentClusterTableModel() {
2 26 Feb 07 jari 363             columnNames = new String[2 + auxTitles.length];
2 26 Feb 07 jari 364             //int counter;
2 26 Feb 07 jari 365             columnNames[0] = "Stored Color";
2 26 Feb 07 jari 366             columnNames[1] = "Sample Name";
2 26 Feb 07 jari 367             for (int i = 2; i < columnNames.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 368                 columnNames[i] = auxTitles[i - 2];
2 26 Feb 07 jari 369             }
2 26 Feb 07 jari 370         }
2 26 Feb 07 jari 371         
2 26 Feb 07 jari 372         public int getColumnCount() {
2 26 Feb 07 jari 373             return columnNames.length;
2 26 Feb 07 jari 374         }
2 26 Feb 07 jari 375         
2 26 Feb 07 jari 376         public int getRowCount() {
2 26 Feb 07 jari 377             return getCluster().length;
2 26 Feb 07 jari 378         }
2 26 Feb 07 jari 379         
2 26 Feb 07 jari 380         public String getColumnName(int col) {
2 26 Feb 07 jari 381             return columnNames[col];            
2 26 Feb 07 jari 382         }        
2 26 Feb 07 jari 383         
2 26 Feb 07 jari 384         public Object getValueAt(int row, int col) {
2 26 Feb 07 jari 385             if (col == 0) {
2 26 Feb 07 jari 386                 return data.getExperimentColor(getSortedCluster()[row]) == null? Color.white : data.getExperimentColor(getSortedCluster()[row]);
2 26 Feb 07 jari 387             } else if (col == 1) {
2 26 Feb 07 jari 388                 return data.getFullSampleName(experiment.getSampleIndex(getSortedCluster()[row]));
2 26 Feb 07 jari 389             } else {
2 26 Feb 07 jari 390                 return String.valueOf(auxData[getSortedCluster()[row]][col - 2]);
2 26 Feb 07 jari 391             }
2 26 Feb 07 jari 392         }
2 26 Feb 07 jari 393         
2 26 Feb 07 jari 394        public Class getColumnClass(int c) {
2 26 Feb 07 jari 395             return getValueAt(0, c).getClass();
2 26 Feb 07 jari 396         }        
2 26 Feb 07 jari 397     }
2 26 Feb 07 jari 398     
2 26 Feb 07 jari 399     
2 26 Feb 07 jari 400     private int[] reverse(int[] arr) {
2 26 Feb 07 jari 401         int[] revArr = new int[arr.length];
2 26 Feb 07 jari 402         int  revCount = 0;
2 26 Feb 07 jari 403         int count = arr.length - 1;
2 26 Feb 07 jari 404         for (int i=0; i < arr.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 405             revArr[revCount] = arr[count];
2 26 Feb 07 jari 406             revCount++;
2 26 Feb 07 jari 407             count--;
2 26 Feb 07 jari 408         }
2 26 Feb 07 jari 409         return revArr;
2 26 Feb 07 jari 410     }    
2 26 Feb 07 jari 411     
2 26 Feb 07 jari 412     public void addMouseListenerToHeaderInTable(JTable table) {
2 26 Feb 07 jari 413         //final TableSorter sorter = this;
2 26 Feb 07 jari 414         final JTable tableView = table;
2 26 Feb 07 jari 415         tableView.setColumnSelectionAllowed(false);
2 26 Feb 07 jari 416         MouseAdapter listMouseListener = new MouseAdapter() {
2 26 Feb 07 jari 417             public void mouseClicked(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 418                 TableColumnModel columnModel = tableView.getColumnModel();
2 26 Feb 07 jari 419                 int viewColumn = columnModel.getColumnIndexAtX(e.getX());
2 26 Feb 07 jari 420                 int column = tableView.convertColumnIndexToModel(viewColumn);
2 26 Feb 07 jari 421                 if (e.getClickCount() == 1 && column != -1) {
2 26 Feb 07 jari 422                     int shiftPressed = e.getModifiers()&InputEvent.SHIFT_MASK;
2 26 Feb 07 jari 423                     int controlPressed = e.getModifiers()&InputEvent.CTRL_MASK;
2 26 Feb 07 jari 424                     boolean originalOrder = (controlPressed != 0);
2 26 Feb 07 jari 425                     sortByColumn(column, !(sortedAscending[getClusterIndex()][column]), originalOrder);
2 26 Feb 07 jari 426                     sortedAscending[getClusterIndex()][column] = !(sortedAscending[getClusterIndex()][column]);
2 26 Feb 07 jari 427                     if (originalOrder) {
2 26 Feb 07 jari 428                         for (int i = 0; i < clusterModel.getColumnCount(); i++)
2 26 Feb 07 jari 429                         sortedAscending[getClusterIndex()][i] = false;
2 26 Feb 07 jari 430                     }               
2 26 Feb 07 jari 431                 }
2 26 Feb 07 jari 432                 //tableView.repaint();
2 26 Feb 07 jari 433             }
2 26 Feb 07 jari 434         };
2 26 Feb 07 jari 435         JTableHeader th = tableView.getTableHeader();
2 26 Feb 07 jari 436         //tableView.repaint();
2 26 Feb 07 jari 437         th.addMouseListener(listMouseListener);
2 26 Feb 07 jari 438     }    
2 26 Feb 07 jari 439     
2 26 Feb 07 jari 440     public void sortByColumn(int column, boolean ascending, boolean originalOrder) {
2 26 Feb 07 jari 441         if (originalOrder) {
2 26 Feb 07 jari 442             for (int i = 0; i < getSortedCluster().length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 443                 sortedClusters[this.clusterIndex][i] = getCluster()[i];
2 26 Feb 07 jari 444             }
2 26 Feb 07 jari 445             
2 26 Feb 07 jari 446             clusterTable.repaint();
2 26 Feb 07 jari 447             clusterTable.clearSelection();
2 26 Feb 07 jari 448             return;            
2 26 Feb 07 jari 449         }     
2 26 Feb 07 jari 450         
2 26 Feb 07 jari 451         int[] sortedIndices = new int[getCluster().length];
2 26 Feb 07 jari 452         if (column == 0) {
2 26 Feb 07 jari 453             double[] origArray = new double[getCluster().length];  
2 26 Feb 07 jari 454             for (int i = 0; i < origArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 455                 Color currColor = data.getExperimentColor(getCluster()[i]) == null? Color.white : data.getExperimentColor(getCluster()[i]);
2 26 Feb 07 jari 456                 origArray[i] = (double)(currColor.getRGB());            
2 26 Feb 07 jari 457             }
2 26 Feb 07 jari 458             QSort sortArray = new QSort(origArray);
2 26 Feb 07 jari 459             int[] sortedPrimaryIndices = sortArray.getOrigIndx();
2 26 Feb 07 jari 460             for (int i = 0; i < sortedPrimaryIndices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 461                 sortedIndices[i] = getCluster()[sortedPrimaryIndices[i]];
2 26 Feb 07 jari 462             }  
2 26 Feb 07 jari 463             
2 26 Feb 07 jari 464         } else if (column == 1) {
2 26 Feb 07 jari 465             SortableField[] sortFields = new SortableField[getCluster().length];    
2 26 Feb 07 jari 466             for (int i = 0; i < sortFields.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 467                 int currIndex = getCluster()[i];
2 26 Feb 07 jari 468                 //String currField = data.getElementAttribute(experiment.getGeneIndexMappedToData(getCluster()[i]), column - 1);
2 26 Feb 07 jari 469                 String currField = data.getFullSampleName(experiment.getSampleIndex(getCluster()[i]));
2 26 Feb 07 jari 470                 sortFields[i] = new SortableField(currIndex, currField);
2 26 Feb 07 jari 471             }     
2 26 Feb 07 jari 472             
2 26 Feb 07 jari 473             Arrays.sort(sortFields);            
2 26 Feb 07 jari 474             for (int i = 0; i < sortFields.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 475                 sortedIndices[i] = sortFields[i].getIndex(); 
2 26 Feb 07 jari 476             }
2 26 Feb 07 jari 477             
2 26 Feb 07 jari 478         } else {
2 26 Feb 07 jari 479             int obType = getObjectType(auxData[0][column - 2]); 
2 26 Feb 07 jari 480             if ((obType == ExperimentUtil.DOUBLE_TYPE) || (obType == ExperimentUtil.FLOAT_TYPE) || (obType == ExperimentUtil.INTEGER_TYPE)) {
2 26 Feb 07 jari 481                 double[] origArray = new double[getCluster().length];
2 26 Feb 07 jari 482                 for (int i = 0; i < origArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 483                     if (obType == ExperimentUtil.DOUBLE_TYPE) {
2 26 Feb 07 jari 484                         origArray[i] = ((Double)(auxData[getCluster()[i]][column - 2])).doubleValue();
2 26 Feb 07 jari 485                     } else if (obType == ExperimentUtil.FLOAT_TYPE) {
2 26 Feb 07 jari 486                         origArray[i] = ((Float)(auxData[getCluster()[i]][column - 2])).doubleValue();
2 26 Feb 07 jari 487                     } else if (obType == ExperimentUtil.INTEGER_TYPE) {
2 26 Feb 07 jari 488                         origArray[i] = ((Integer)(auxData[getCluster()[i]][column - 2])).doubleValue();
2 26 Feb 07 jari 489                     }
2 26 Feb 07 jari 490                 }
2 26 Feb 07 jari 491                 QSort sortArray = new QSort(origArray);
2 26 Feb 07 jari 492                 int[] sortedPrimaryIndices = sortArray.getOrigIndx();
2 26 Feb 07 jari 493                 for (int i = 0; i < sortedPrimaryIndices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 494                     sortedIndices[i] = getCluster()[sortedPrimaryIndices[i]];
2 26 Feb 07 jari 495                 }
2 26 Feb 07 jari 496             } else if (obType == ExperimentUtil.BOOLEAN_TYPE) {
2 26 Feb 07 jari 497                 SortableField[] sortFields = new SortableField[getCluster().length];
2 26 Feb 07 jari 498                 for (int i = 0; i < sortFields.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 499                     int currIndex = getCluster()[i];
2 26 Feb 07 jari 500                     String currField = ((Boolean)(auxData[getCluster()[i]][column - 2])).toString();
2 26 Feb 07 jari 501                     sortFields[i] = new SortableField(currIndex, currField);
2 26 Feb 07 jari 502                 }  
2 26 Feb 07 jari 503                 
2 26 Feb 07 jari 504                 Arrays.sort(sortFields);
2 26 Feb 07 jari 505                 for (int i = 0; i < sortFields.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 506                     sortedIndices[i] = sortFields[i].getIndex();
2 26 Feb 07 jari 507                 }
2 26 Feb 07 jari 508                 
2 26 Feb 07 jari 509             } else if  (obType == ExperimentUtil.STRING_TYPE) {
2 26 Feb 07 jari 510                 SortableField[] sortFields = new SortableField[getCluster().length];
2 26 Feb 07 jari 511                 for (int i = 0; i < sortFields.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 512                     int currIndex = getCluster()[i];
2 26 Feb 07 jari 513                     String currField = (String)(auxData[getCluster()[i]][column - 2]);
2 26 Feb 07 jari 514                     sortFields[i] = new SortableField(currIndex, currField);
2 26 Feb 07 jari 515                 }
2 26 Feb 07 jari 516                 
2 26 Feb 07 jari 517                 Arrays.sort(sortFields);
2 26 Feb 07 jari 518                 for (int i = 0; i < sortFields.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 519                     sortedIndices[i] = sortFields[i].getIndex();
2 26 Feb 07 jari 520                 }                 
2 26 Feb 07 jari 521             }           
2 26 Feb 07 jari 522         }   
2 26 Feb 07 jari 523         
2 26 Feb 07 jari 524         if (!ascending) {
2 26 Feb 07 jari 525             sortedIndices = reverse(sortedIndices);
2 26 Feb 07 jari 526         }
2 26 Feb 07 jari 527         
2 26 Feb 07 jari 528         for (int i = 0; i < getSortedCluster().length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 529             sortedClusters[this.clusterIndex][i] = sortedIndices[i];
2 26 Feb 07 jari 530         }
2 26 Feb 07 jari 531         clusterTable.repaint();
2 26 Feb 07 jari 532         clusterTable.removeRowSelectionInterval(0, clusterTable.getRowCount() - 1);        
2 26 Feb 07 jari 533     }
2 26 Feb 07 jari 534     
2 26 Feb 07 jari 535     
2 26 Feb 07 jari 536     private class SortableField implements Comparable {
2 26 Feb 07 jari 537         private String field;
2 26 Feb 07 jari 538         private int index;
2 26 Feb 07 jari 539         
2 26 Feb 07 jari 540         SortableField(int index, String field) {
2 26 Feb 07 jari 541             this.index = index;
2 26 Feb 07 jari 542             this.field = field;
2 26 Feb 07 jari 543             //System.out.println("SortableField[" + index + "][" + column + "]: index = " + index + ", field = " + field);
2 26 Feb 07 jari 544         }
2 26 Feb 07 jari 545         
2 26 Feb 07 jari 546         public int compareTo(Object other) {
2 26 Feb 07 jari 547             SortableField otherField = (SortableField)other;
2 26 Feb 07 jari 548             return this.field.compareTo(otherField.getField());
2 26 Feb 07 jari 549         }
2 26 Feb 07 jari 550         
2 26 Feb 07 jari 551         public int getIndex() {
2 26 Feb 07 jari 552             return this.index;
2 26 Feb 07 jari 553         }
2 26 Feb 07 jari 554         public String getField() {
2 26 Feb 07 jari 555             return this.field;
2 26 Feb 07 jari 556         }
2 26 Feb 07 jari 557     }    
2 26 Feb 07 jari 558     
2 26 Feb 07 jari 559     
2 26 Feb 07 jari 560     private static int[] getTypes (Object[][] objData) {
2 26 Feb 07 jari 561         int[] types = new int[objData[0].length];
2 26 Feb 07 jari 562         for (int i = 0; i < types.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 563             types[i] = getObjectType(objData[0][i]);
2 26 Feb 07 jari 564             //Object 
2 26 Feb 07 jari 565         }
2 26 Feb 07 jari 566         return types;
2 26 Feb 07 jari 567     }
2 26 Feb 07 jari 568     
2 26 Feb 07 jari 569     private static int getObjectType(Object obj) {
2 26 Feb 07 jari 570         int obType = -1;
2 26 Feb 07 jari 571         if (obj instanceof Boolean) {
2 26 Feb 07 jari 572             return ExperimentUtil.BOOLEAN_TYPE;
2 26 Feb 07 jari 573         } else if (obj instanceof Double) {
2 26 Feb 07 jari 574             return ExperimentUtil.DOUBLE_TYPE;
2 26 Feb 07 jari 575         } else if (obj instanceof Float) {
2 26 Feb 07 jari 576             return ExperimentUtil.FLOAT_TYPE;
2 26 Feb 07 jari 577         } else if (obj instanceof Integer) {
2 26 Feb 07 jari 578             return ExperimentUtil.INTEGER_TYPE;
2 26 Feb 07 jari 579         } else if (obj instanceof String) {
2 26 Feb 07 jari 580             return ExperimentUtil.STRING_TYPE;
2 26 Feb 07 jari 581         } else {
2 26 Feb 07 jari 582             return obType;
2 26 Feb 07 jari 583         }
2 26 Feb 07 jari 584     }  
2 26 Feb 07 jari 585     
2 26 Feb 07 jari 586     private void searchTable(){
2 26 Feb 07 jari 587         
2 26 Feb 07 jari 588         searchDialog.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 589         searchDialog.toFront();
2 26 Feb 07 jari 590         //searchDialog.requestFocus();
2 26 Feb 07 jari 591         searchDialog.setLocation(clusterTable.getLocation().x + 100, clusterTable.getLocation().y +100);
2 26 Feb 07 jari 592         
2 26 Feb 07 jari 593     }    
2 26 Feb 07 jari 594
2 26 Feb 07 jari 595     /**
2 26 Feb 07 jari 596      * Synchronize content and header sizes.
2 26 Feb 07 jari 597      */
2 26 Feb 07 jari 598     private void setMaxWidth(JComponent content, JComponent header) {
2 26 Feb 07 jari 599         int c_width = content.getPreferredSize().width;
2 26 Feb 07 jari 600         int h_width = header.getPreferredSize().width;
2 26 Feb 07 jari 601         if (c_width > h_width) {
2 26 Feb 07 jari 602             header.setPreferredSize(new Dimension(c_width, header.getPreferredSize().height));
2 26 Feb 07 jari 603         } else {
2 26 Feb 07 jari 604             content.setPreferredSize(new Dimension(h_width, content.getPreferredSize().height));
2 26 Feb 07 jari 605         }
2 26 Feb 07 jari 606     } 
2 26 Feb 07 jari 607     
2 26 Feb 07 jari 608     /**
2 26 Feb 07 jari 609      * Sets public color for the current cluster.
2 26 Feb 07 jari 610      */
2 26 Feb 07 jari 611     
2 26 Feb 07 jari 612     /*
2 26 Feb 07 jari 613     public void setClusterColor(Color color) {
2 26 Feb 07 jari 614         if(color ==null){  //indicates removal of cluster
2 26 Feb 07 jari 615             framework.removeCluster(getCluster(), experiment, ClusterRepository.EXPERIMENT_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 616         }
2 26 Feb 07 jari 617     }
2 26 Feb 07 jari 618      */
2 26 Feb 07 jari 619     
2 26 Feb 07 jari 620     /**
2 26 Feb 07 jari 621      * Sets public color for the current cluster.
2 26 Feb 07 jari 622      */
2 26 Feb 07 jari 623
2 26 Feb 07 jari 624     public void setClusterColor(Color color) {
2 26 Feb 07 jari 625         if(color ==null){  //indicates removal of cluster
2 26 Feb 07 jari 626             //framework.removeCluster(getArrayMappedToData(), experiment, ClusterRepository.GENE_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 627             boolean success = framework.removeSubCluster(getArrayMappedToSelectedIndices(), experiment, ClusterRepository.EXPERIMENT_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 628             if (!success) {
2 26 Feb 07 jari 629                 JOptionPane.showMessageDialog(null, "Cluster not deleted! Selected rows must exactly correspond to a cluster created in the current algorithm run", "Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 630             }
2 26 Feb 07 jari 631         }
2 26 Feb 07 jari 632     }    
2 26 Feb 07 jari 633     
2 26 Feb 07 jari 634     /**
2 26 Feb 07 jari 635      *  Sets cluster color
2 26 Feb 07 jari 636      */
2 26 Feb 07 jari 637     public void storeCluster(){
2 26 Feb 07 jari 638         framework.storeCluster(getCluster(), experiment, ClusterRepository.EXPERIMENT_CLUSTER);       
2 26 Feb 07 jari 639         onDataChanged(this.data);
2 26 Feb 07 jari 640     }
2 26 Feb 07 jari 641     
2 26 Feb 07 jari 642     public void storeSelectedRowsAsCluster() {
2 26 Feb 07 jari 643         if (getArrayMappedToSelectedIndices().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 644             JOptionPane.showMessageDialog(null, "No rows selected! Cluster will not be saved", "Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 645         } else {
2 26 Feb 07 jari 646             framework.storeSubCluster(getArrayMappedToSelectedIndices(), experiment, ClusterRepository.EXPERIMENT_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 647             onDataChanged(this.data);
2 26 Feb 07 jari 648         }
2 26 Feb 07 jari 649     }    
2 26 Feb 07 jari 650     
2 26 Feb 07 jari 651     /**
2 26 Feb 07 jari 652      * Launches a new <code>MultipleExperimentViewer</code> containing the current cluster
2 26 Feb 07 jari 653      */
2 26 Feb 07 jari 654     public void launchNewSession(){
2 26 Feb 07 jari 655         framework.launchNewMAV(getCluster(), this.experiment, "Multiple Experiment Viewer - Cluster Viewer", Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 656     }
2 26 Feb 07 jari 657     
2 26 Feb 07 jari 658     public void launchNewSessionWithSelectedRows() {
2 26 Feb 07 jari 659         framework.launchNewMAV(getArrayMappedToSelectedIndices(), this.experiment, "Multiple Experiment Viewer - Cluster Viewer", Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER);        
2 26 Feb 07 jari 660     }    
2 26 Feb 07 jari 661     
2 26 Feb 07 jari 662     public void sortInOrigOrder() {
2 26 Feb 07 jari 663         for (int i = 0; i < getSortedCluster().length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 664             sortedClusters[this.clusterIndex][i] = getCluster()[i];
2 26 Feb 07 jari 665         }
2 26 Feb 07 jari 666         
2 26 Feb 07 jari 667         clusterTable.repaint();  
2 26 Feb 07 jari 668         clusterTable.clearSelection();
2 26 Feb 07 jari 669         for (int i = 0; i < clusterModel.getColumnCount(); i++)
2 26 Feb 07 jari 670             sortedAscending[getClusterIndex()][i] = false;        
2 26 Feb 07 jari 671     }    
2 26 Feb 07 jari 672     
2 26 Feb 07 jari 673     /*
2 26 Feb 07 jari 674     private int [] getArrayMappedToData(){
2 26 Feb 07 jari 675         int [] clusterIndices = getCluster();
2 26 Feb 07 jari 676         if( clusterIndices == null || clusterIndices.length < 1)
2 26 Feb 07 jari 677             return clusterIndices;
2 26 Feb 07 jari 678         
2 26 Feb 07 jari 679         int [] dataIndices = new int [clusterIndices.length];
2 26 Feb 07 jari 680         for(int i = 0; i < clusterIndices.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 681             dataIndices[i] = this.experiment.getGeneIndexMappedToData(clusterIndices[i]);
2 26 Feb 07 jari 682         }
2 26 Feb 07 jari 683         return dataIndices;
2 26 Feb 07 jari 684     }
2 26 Feb 07 jari 685      */    
2 26 Feb 07 jari 686     
2 26 Feb 07 jari 687     private int[] getArrayMappedToSelectedIndices() {
2 26 Feb 07 jari 688         int[] selectedRows = clusterTable.getSelectedRows();
2 26 Feb 07 jari 689         if ((selectedRows == null) || (selectedRows.length == 0)) {
2 26 Feb 07 jari 690             return new int[0];
2 26 Feb 07 jari 691         }
2 26 Feb 07 jari 692         
2 26 Feb 07 jari 693         int[] dataIndices = new int[selectedRows.length];        
2 26 Feb 07 jari 694         for (int i = 0; i < dataIndices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 695             dataIndices[i] = getSortedCluster()[selectedRows[i]];
2 26 Feb 07 jari 696         }
2 26 Feb 07 jari 697         return dataIndices;
2 26 Feb 07 jari 698     }    
2 26 Feb 07 jari 699     
2 26 Feb 07 jari 700     /**
2 26 Feb 07 jari 701      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 702      */
2 26 Feb 07 jari 703     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 704   JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 705   addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 706   return popup;
2 26 Feb 07 jari 707     }    
2 26 Feb 07 jari 708     
2 26 Feb 07 jari 709     protected void addMenuItems(JPopupMenu menu, ActionListener listener) {
2 26 Feb 07 jari 710         JMenuItem menuItem;
2 26 Feb 07 jari 711         menuItem = new JMenuItem("Store entire cluster", GUIFactory.getIcon("new16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 712         menuItem.setActionCommand(STORE_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 713         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 714         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 715         
2 26 Feb 07 jari 716         //menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 717         
2 26 Feb 07 jari 718         menuItem = new JMenuItem("Store selected rows as cluster", GUIFactory.getIcon("new16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 719         menuItem.setActionCommand(STORE_SELECTED_ROWS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 720         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 721         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 722         
2 26 Feb 07 jari 723         menuItem = new JMenuItem("Delete cluster composed of selected rows", GUIFactory.getIcon("delete16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 724         menuItem.setActionCommand(SET_DEF_COLOR_CMD);
2 26 Feb 07 jari 725         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 726         menu.add(menuItem);        
2 26 Feb 07 jari 727         
2 26 Feb 07 jari 728         menu.addSeparator();        
2 26 Feb 07 jari 729         
2 26 Feb 07 jari 730         menuItem = new JMenuItem("Launch new session with entire cluster", GUIFactory.getIcon("launch_new_mav.gif"));
2 26 Feb 07 jari 731         menuItem.setActionCommand(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD);
2 26 Feb 07 jari 732         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 733         menu.add(menuItem);       
2 26 Feb 07 jari 734         
2 26 Feb 07 jari 735         //menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 736         
2 26 Feb 07 jari 737         menuItem = new JMenuItem("Launch new session with selected rows", GUIFactory.getIcon("launch_new_mav.gif"));
2 26 Feb 07 jari 738         menuItem.setActionCommand(LAUNCH_NEW_SESSION_WITH_SEL_ROWS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 739         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 740         menu.add(menuItem);       
2 26 Feb 07 jari 741         
2 26 Feb 07 jari 742         //menu.addSeparator();        
2 26 Feb 07 jari 743         
2 26 Feb 07 jari 744         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 745         
2 26 Feb 07 jari 746         
2 26 Feb 07 jari 747         menuItem = new JMenuItem("Save cluster...", GUIFactory.getIcon("save16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 748         menuItem.setActionCommand(SAVE_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 749         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 750         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 751         
2 26 Feb 07 jari 752         menuItem = new JMenuItem("Save all clusters...", GUIFactory.getIcon("save16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 753         menuItem.setActionCommand(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 754         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 755         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 756         
2 26 Feb 07 jari 757         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 758         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 759         
2 26 Feb 07 jari 760         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 761         
2 26 Feb 07 jari 762         menuItem = new JMenuItem("Search...", GUIFactory.getIcon("ClusterInformationResult.gif"));
2 26 Feb 07 jari 763         menuItem.setActionCommand(SEARCH_CMD);
2 26 Feb 07 jari 764         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 765         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 766         
2 26 Feb 07 jari 767         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 768         menu.add(menuItem);  
2 26 Feb 07 jari 769         
2 26 Feb 07 jari 770         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 771         
2 26 Feb 07 jari 772         menuItem = new JMenuItem("Select all rows...", GUIFactory.getIcon("TableViewerResult.gif"));
2 26 Feb 07 jari 773         menuItem.setActionCommand(SELECT_ALL_CMD);
2 26 Feb 07 jari 774         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 775         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 776         
2 26 Feb 07 jari 777         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 778         menu.add(menuItem);        
2 26 Feb 07 jari 779         
2 26 Feb 07 jari 780         menuItem = new JMenuItem("Clear all selections...", GUIFactory.getIcon("TableViewerResult.gif"));
2 26 Feb 07 jari 781         menuItem.setActionCommand(CLEAR_ALL_CMD);
2 26 Feb 07 jari 782         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 783         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 784         
2 26 Feb 07 jari 785         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 786         menu.add(menuItem);      
2 26 Feb 07 jari 787         
2 26 Feb 07 jari 788         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 789         
2 26 Feb 07 jari 790         menuItem = new JMenuItem("Sort table in original experiment order...", GUIFactory.getIcon("TableViewerResult.gif"));
2 26 Feb 07 jari 791         menuItem.setActionCommand(SORT_ORIG_ORDER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 792         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 793         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 794         
2 26 Feb 07 jari 795         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 796         menu.add(menuItem);           
2 26 Feb 07 jari 797         
2 26 Feb 07 jari 798     }    
2 26 Feb 07 jari 799     
2 26 Feb 07 jari 800     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 801         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(clusterTable);
2 26 Feb 07 jari 802         try {
2 26 Feb 07 jari 803             if (auxTitles.length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 804                 //ExperimentUtil.saveExperiment(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 805                 ExperimentUtil.saveAllExperimentClusters(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 806             } else {
2 26 Feb 07 jari 807                 ExperimentUtil.saveAllExperimentClustersWithAux(frame, this.getExperiment(), this.getData(), this.getClusters(), auxTitles, auxData);  
2 26 Feb 07 jari 808             }
2 26 Feb 07 jari 809             //getContentComponent().repaint();
2 26 Feb 07 jari 810   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 811       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 812       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 813   }        
2 26 Feb 07 jari 814     }
2 26 Feb 07 jari 815     
2 26 Feb 07 jari 816     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 817         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(clusterTable);       
2 26 Feb 07 jari 818         try {
2 26 Feb 07 jari 819             if (auxTitles.length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 820                 ExperimentUtil.saveExperimentCluster(frame, getExperiment(), getData(), getCluster());
2 26 Feb 07 jari 821             } else {
2 26 Feb 07 jari 822                 ExperimentUtil.saveExperimentClusterWithAux(frame, this.getExperiment(), this.getData(), this.getCluster(), auxTitles, auxData); 
2 26 Feb 07 jari 823             }
2 26 Feb 07 jari 824         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 825       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 826       e.printStackTrace();            
2 26 Feb 07 jari 827         }        
2 26 Feb 07 jari 828     }
2 26 Feb 07 jari 829     
2 26 Feb 07 jari 830     /**
2 26 Feb 07 jari 831      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 832      */
2 26 Feb 07 jari 833     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 834   setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 835     }    
2 26 Feb 07 jari 836     /*
2 26 Feb 07 jari 837     private static int[][] defSamplesOrder(int size) {
2 26 Feb 07 jari 838         int[][] order = new int[1][size];
2 26 Feb 07 jari 839         for (int i=0; i<order[0].length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 840             order[0][i] = i;
2 26 Feb 07 jari 841         }
2 26 Feb 07 jari 842         return order;
2 26 Feb 07 jari 843     } 
2 26 Feb 07 jari 844      */  
2 26 Feb 07 jari 845     
2 26 Feb 07 jari 846     /**
2 26 Feb 07 jari 847      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 848      */
2 26 Feb 07 jari 849     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 850   
2 26 Feb 07 jari 851   public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 852       String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 853       if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 854     onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 855                 //getContentComponent().validate();
2 26 Feb 07 jari 856       } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 857     onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 858                 //getContentComponent().validate();
2 26 Feb 07 jari 859       } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 860     storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 861       } else if (command.equals(STORE_SELECTED_ROWS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 862                 storeSelectedRowsAsCluster();
2 26 Feb 07 jari 863             } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 864     onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 865       }  else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 866                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 867             }  else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_WITH_SEL_ROWS_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 868                 launchNewSessionWithSelectedRows();
2 26 Feb 07 jari 869             }  else if (command.equals(SEARCH_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 870                 searchTable();
2 26 Feb 07 jari 871             } else if (command.equals(CLEAR_ALL_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 872                 clusterTable.clearSelection();
2 26 Feb 07 jari 873             } else if (command.equals(SELECT_ALL_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 874                 clusterTable.selectAll();
2 26 Feb 07 jari 875             } else if (command.equals(SORT_ORIG_ORDER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 876                 sortInOrigOrder();
2 26 Feb 07 jari 877             }
2 26 Feb 07 jari 878   }
2 26 Feb 07 jari 879      
2 26 Feb 07 jari 880   public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 881       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 882   }
2 26 Feb 07 jari 883   
2 26 Feb 07 jari 884   public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 885       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 886   }
2 26 Feb 07 jari 887   
2 26 Feb 07 jari 888   private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 889       if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 890     return;
2 26 Feb 07 jari 891       }
2 26 Feb 07 jari 892       popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 893   }
2 26 Feb 07 jari 894     }  
2 26 Feb 07 jari 895     
2 26 Feb 07 jari 896     public class ColorRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer {
2 26 Feb 07 jari 897         Border unselectedBorder = null;
2 26 Feb 07 jari 898         Border selectedBorder = null;
2 26 Feb 07 jari 899         boolean isBordered = true;
2 26 Feb 07 jari 900         
2 26 Feb 07 jari 901         public ColorRenderer(boolean isBordered) {
2 26 Feb 07 jari 902             this.isBordered = isBordered;
2 26 Feb 07 jari 903             setOpaque(true); //MUST do this for background to show up.
2 26 Feb 07 jari 904         }
2 26 Feb 07 jari 905         
2 26 Feb 07 jari 906         public Component getTableCellRendererComponent(JTable table, Object color, boolean isSelected, boolean hasFocus, int row, int column) {
2 26 Feb 07 jari 907             Color newColor = (Color)color;
2 26 Feb 07 jari 908             setBackground(newColor);
2 26 Feb 07 jari 909             if (isBordered) {
2 26 Feb 07 jari 910                 if (isSelected) {
2 26 Feb 07 jari 911                     if (selectedBorder == null) {
2 26 Feb 07 jari 912                         selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2,5,2,5,
2 26 Feb 07 jari 913                         table.getSelectionBackground());
2 26 Feb 07 jari 914                     }
2 26 Feb 07 jari 915                     setBorder(selectedBorder);
2 26 Feb 07 jari 916                 } else {
2 26 Feb 07 jari 917                     if (unselectedBorder == null) {
2 26 Feb 07 jari 918                         unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2,5,2,5,
2 26 Feb 07 jari 919                         table.getBackground());
2 26 Feb 07 jari 920                     }
2 26 Feb 07 jari 921                     setBorder(unselectedBorder);
2 26 Feb 07 jari 922                 }
2 26 Feb 07 jari 923             }          
2 26 Feb 07 jari 924             //setToolTipText(...); //Discussed in the following section
2 26 Feb 07 jari 925             return this;
2 26 Feb 07 jari 926         }
2 26 Feb 07 jari 927     }    
2 26 Feb 07 jari 928     
2 26 Feb 07 jari 929     private void writeObject(java.io.ObjectOutputStream oos) throws java.io.IOException {
2 26 Feb 07 jari 930         oos.writeObject(experiment);
2 26 Feb 07 jari 931         oos.writeObject(clusters);
2 26 Feb 07 jari 932         oos.writeObject(header);
2 26 Feb 07 jari 933         oos.writeObject(popup);
2 26 Feb 07 jari 934         
2 26 Feb 07 jari 935         //oos.writeObject(framework);
2 26 Feb 07 jari 936         //oos.writeObject(data);
2 26 Feb 07 jari 937         oos.writeInt(clusterIndex);
2 26 Feb 07 jari 938         oos.writeObject(sortedClusters);
2 26 Feb 07 jari 939         //oos.writeObject(samplesOrder);
2 26 Feb 07 jari 940         oos.writeObject(auxTitles);
2 26 Feb 07 jari 941         //oos.writeObject(fieldNames);
2 26 Feb 07 jari 942         oos.writeObject(auxData);
2 26 Feb 07 jari 943         //oos.writeObject(origData);
2 26 Feb 07 jari 944         oos.writeObject(sortedAscending);
2 26 Feb 07 jari 945         oos.writeObject(clusterTable);
2 26 Feb 07 jari 946         oos.writeObject(clusterModel);
2 26 Feb 07 jari 947         oos.writeObject(searchDialog);
2 26 Feb 07 jari 948     }    
2 26 Feb 07 jari 949     
2 26 Feb 07 jari 950     private void readObject(java.io.ObjectInputStream ois) throws java.io.IOException, ClassNotFoundException {
2 26 Feb 07 jari 951         this.experiment = (Experiment)ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 952         this.clusters = (int [][])ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 953         this.header = (JComponent)ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 954         this.popup = (JPopupMenu)ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 955         
2 26 Feb 07 jari 956         //this.framework = (IFramework)ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 957         //this.data = (IData)ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 958         this.clusterIndex = ois.readInt();
2 26 Feb 07 jari 959         this.sortedClusters = (int[][])ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 960         //this.samplesOrder = (int[])ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 961         this.auxTitles = (String[])ois.readObject();        
2 26 Feb 07 jari 962         //this.fieldNames = (String[])ois.readObject(); // need to serilaize this?
2 26 Feb 07 jari 963         this.auxData = (Object[][])ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 964         //this.origData = 
2 26 Feb 07 jari 965         this.sortedAscending = (boolean[][])ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 966         this.clusterTable = (JTable)ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 967         this.clusterModel = (ExperimentClusterTableModel)ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 968         this.searchDialog = (ClusterTableSearchDialog)ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 969         
2 26 Feb 07 jari 970         //this.fieldNames = data.getFieldNames();
2 26 Feb 07 jari 971         
2 26 Feb 07 jari 972         clusterTable.setDefaultRenderer(Color.class, new ColorRenderer(true));
2 26 Feb 07 jari 973         TableColumn column = null;
2 26 Feb 07 jari 974         for (int i = 0; i < clusterModel.getColumnCount(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 975             column = clusterTable.getColumnModel().getColumn(i);
2 26 Feb 07 jari 976             column.setMinWidth(30);
2 26 Feb 07 jari 977         } 
2 26 Feb 07 jari 978         
2 26 Feb 07 jari 979         this.sortedAscending = new boolean[clusters.length][clusterModel.getColumnCount()];
2 26 Feb 07 jari 980         for (int i = 0; i < sortedAscending.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 981             for (int j = 0; j < sortedAscending[i].length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 982                 sortedAscending[i][j] = false;
2 26 Feb 07 jari 983             }
2 26 Feb 07 jari 984         }
2 26 Feb 07 jari 985         addMouseListenerToHeaderInTable(clusterTable);
2 26 Feb 07 jari 986         header  = clusterTable.getTableHeader();        
2 26 Feb 07 jari 987         
2 26 Feb 07 jari 988         searchDialog = new ClusterTableSearchDialog(JOptionPane.getFrameForComponent(clusterTable), clusterTable, false);  
2 26 Feb 07 jari 989         setMaxWidth(getContentComponent(), getHeaderComponent());  
2 26 Feb 07 jari 990         
2 26 Feb 07 jari 991   Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 992   this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 993   //getContentComponent().addMouseListener(listener);  
2 26 Feb 07 jari 994         clusterTable.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 995     }    
2 26 Feb 07 jari 996     
2 26 Feb 07 jari 997     /** Returns int value indicating viewer type
2 26 Feb 07 jari 998      * Cluster.GENE_CLUSTER, Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER, or -1 for both or unspecified
2 26 Feb 07 jari 999      */
2 26 Feb 07 jari 1000     public int getViewerType() {
2 26 Feb 07 jari 1001         return Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER;
2 26 Feb 07 jari 1002     }
2 26 Feb 07 jari 1003     
2 26 Feb 07 jari 1004   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 1005    * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#setExperiment(org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment)
2 26 Feb 07 jari 1006    */
2 26 Feb 07 jari 1007   public void setExperiment(Experiment e) {
2 26 Feb 07 jari 1008     this.experiment = e;
2 26 Feb 07 jari 1009   }
2 26 Feb 07 jari 1010
2 26 Feb 07 jari 1011   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 1012    * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#getExperimentID()
2 26 Feb 07 jari 1013    */
2 26 Feb 07 jari 1014   public int getExperimentID() {
2 26 Feb 07 jari 1015     return exptID;
2 26 Feb 07 jari 1016   }
2 26 Feb 07 jari 1017
2 26 Feb 07 jari 1018   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 1019    * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#setExperimentID(int)
2 26 Feb 07 jari 1020    */
2 26 Feb 07 jari 1021   public void setExperimentID(int id) {
2 26 Feb 07 jari 1022     this.exptID = id;
2 26 Feb 07 jari 1023   }
2 26 Feb 07 jari 1024     
2 26 Feb 07 jari 1025 }

Generated on Thu Jul 20 09:26:01 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)