mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/bridge/BridgeCentroidViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * Created on Mar 29, 2006
2 26 Feb 07 jari 3  */
2 26 Feb 07 jari 4 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.bridge;
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 7 import java.awt.Font;
2 26 Feb 07 jari 8 import java.awt.FontMetrics;
2 26 Feb 07 jari 9 import java.awt.Graphics;
2 26 Feb 07 jari 10 import java.awt.Graphics2D;
2 26 Feb 07 jari 11 import java.awt.Rectangle;
2 26 Feb 07 jari 12 import java.awt.RenderingHints;
2 26 Feb 07 jari 13 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.image.BufferedImage;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.beans.Expression;
2 26 Feb 07 jari 16
2 26 Feb 07 jari 17 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 18 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 19 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 import org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.Cluster;
2 26 Feb 07 jari 23 import org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.ClusterRepository;
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDisplayMenu;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer;
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidUserObject;
2 26 Feb 07 jari 30 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 31 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.GUIFactory;
2 26 Feb 07 jari 32
2 26 Feb 07 jari 33 /**
2 26 Feb 07 jari 34  * @author iVu
2 26 Feb 07 jari 35  */
2 26 Feb 07 jari 36 public class BridgeCentroidViewer extends JPanel implements IViewer, java.io.Serializable {
2 26 Feb 07 jari 37     public static final long serialVersionUID = 201040001L;    
2 26 Feb 07 jari 38     
2 26 Feb 07 jari 39     public static final Color DEF_CLUSTER_COLOR = Color.lightGray;
2 26 Feb 07 jari 40     protected static final Color bColor = new Color(0, 0, 128);
2 26 Feb 07 jari 41     
2 26 Feb 07 jari 42     //menu options
2 26 Feb 07 jari 43     protected JMenuItem setOverallMaxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 44     protected JMenuItem setClusterMaxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 45     protected static final String STORE_CLUSTER_CMD = "store-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 46     protected static final String SET_DEF_COLOR_CMD = "set-def-color-cmd";
2 26 Feb 07 jari 47     protected static final String SAVE_CLUSTER_CMD = "save-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 48     protected static final String SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD = "save-all-clusters-cmd";
2 26 Feb 07 jari 49     protected static final String SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD = "set-y-to-exp-max-cmd";
2 26 Feb 07 jari 50     protected static final String SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD = "set-y-to-cluster-max-cmd";
2 26 Feb 07 jari 51     protected static final String LAUNCH_NEW_SESSION_CMD = "launch-new-session-cmd";   
2 26 Feb 07 jari 52     protected static final String TOGGLE_REF_LINE_CMD = "toggle-ref-line-cmd";   
2 26 Feb 07 jari 53         
2 26 Feb 07 jari 54     protected Color centroidColor = Color.magenta;
2 26 Feb 07 jari 55     
2 26 Feb 07 jari 56     protected Experiment experiment;
2 26 Feb 07 jari 57     protected IFramework framework;
2 26 Feb 07 jari 58     protected IData data;
2 26 Feb 07 jari 59     protected int clusterIndex;
2 26 Feb 07 jari 60     protected int[][] clusters;
2 26 Feb 07 jari 61     protected float maxYValue;           //current max y range set for graph, from y = 0
2 26 Feb 07 jari 62     protected float maxClusterValue;     //max abs. value in current cluster
2 26 Feb 07 jari 63     protected float maxExperimentValue;  //max abs. value in all clusters
2 26 Feb 07 jari 64     protected boolean gradientToggle = true;
2 26 Feb 07 jari 65     
2 26 Feb 07 jari 66     protected int yRangeOption;
2 26 Feb 07 jari 67     public static int USE_EXPERIMENT_MAX = 0;
2 26 Feb 07 jari 68     public static int USE_CLUSTER_MAX = 1;
2 26 Feb 07 jari 69     
2 26 Feb 07 jari 70     protected boolean drawValues = true;
2 26 Feb 07 jari 71     protected boolean drawVariances = true;
2 26 Feb 07 jari 72     protected boolean drawCodes = true;
2 26 Feb 07 jari 73     private boolean drawMarks = true;
2 26 Feb 07 jari 74     protected boolean isAntiAliasing = false;
2 26 Feb 07 jari 75     protected boolean gradientColors;
2 26 Feb 07 jari 76     protected float[][] means;
2 26 Feb 07 jari 77     protected float[][] variances;
2 26 Feb 07 jari 78     protected float[][] codes;
2 26 Feb 07 jari 79     protected float minValue, maxValue, midValue = 0.0f;
2 26 Feb 07 jari 80     public static Color missingColor = new Color(128, 128, 128);
2 26 Feb 07 jari 81     public static BufferedImage posColorImage; // = createGradientImage(Color.black, Color.red);
2 26 Feb 07 jari 82     public static BufferedImage negColorImage; // = createGradientImage(Color.green, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 83     
2 26 Feb 07 jari 84     public boolean useDoubleGradient = true;
2 26 Feb 07 jari 85     
2 26 Feb 07 jari 86     protected boolean drawReferenceBlock = false;
2 26 Feb 07 jari 87     protected int xref = 0;
2 26 Feb 07 jari 88     protected int yref = 0;
2 26 Feb 07 jari 89     protected int currExpRefLine;
2 26 Feb 07 jari 90     protected boolean showRefLine = false;
2 26 Feb 07 jari 91     
2 26 Feb 07 jari 92     private String yAxisNumerator;
2 26 Feb 07 jari 93     private String yAxisDenominator;
2 26 Feb 07 jari 94     
2 26 Feb 07 jari 95     
2 26 Feb 07 jari 96     public BridgeCentroidViewer() { }
2 26 Feb 07 jari 97     /**
2 26 Feb 07 jari 98      * Constructs a <code>CentroidViewer</code> for specified
2 26 Feb 07 jari 99      * experiment and clusters.
2 26 Feb 07 jari 100      *
2 26 Feb 07 jari 101      * @param experiment the data of an experiment.
2 26 Feb 07 jari 102      * @param clusters the array of clusters.
2 26 Feb 07 jari 103      */
2 26 Feb 07 jari 104     public BridgeCentroidViewer(Experiment experiment, int[][] clusters, String yLabelNum, String yLabelDenom ) {
2 26 Feb 07 jari 105         this.yAxisNumerator = yLabelNum;
2 26 Feb 07 jari 106         this.yAxisDenominator = yLabelDenom;
2 26 Feb 07 jari 107       
2 26 Feb 07 jari 108       if (experiment == null) {
2 26 Feb 07 jari 109             throw new IllegalArgumentException("experiment == null");
2 26 Feb 07 jari 110         }
2 26 Feb 07 jari 111         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 112         this.clusters = clusters;
2 26 Feb 07 jari 113         setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 114         setFont(new Font("monospaced", Font.BOLD, 10));
2 26 Feb 07 jari 115        // this.setGradient(this.checkGradient());
2 26 Feb 07 jari 116         this.maxExperimentValue = experiment.getMaxAbsValue();
2 26 Feb 07 jari 117         this.yRangeOption = CentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX;
2 26 Feb 07 jari 118         this.addMouseMotionListener(new GraphListener());        
2 26 Feb 07 jari 119     }
2 26 Feb 07 jari 120     
2 26 Feb 07 jari 121     private void writeObject(java.io.ObjectOutputStream oos) throws java.io.IOException {
2 26 Feb 07 jari 122         oos.writeObject(experiment);
2 26 Feb 07 jari 123         oos.writeObject(clusters);
2 26 Feb 07 jari 124         oos.writeObject(centroidColor);
2 26 Feb 07 jari 125         oos.writeBoolean(gradientToggle);
2 26 Feb 07 jari 126         oos.writeInt(yRangeOption);
2 26 Feb 07 jari 127         oos.writeBoolean(drawValues);
2 26 Feb 07 jari 128         oos.writeBoolean(drawVariances);
2 26 Feb 07 jari 129         oos.writeBoolean(drawCodes);
2 26 Feb 07 jari 130         oos.writeBoolean(drawMarks);
2 26 Feb 07 jari 131         oos.writeBoolean(isAntiAliasing);
2 26 Feb 07 jari 132         oos.writeBoolean(gradientColors);
2 26 Feb 07 jari 133
2 26 Feb 07 jari 134         oos.writeObject(means);
2 26 Feb 07 jari 135         oos.writeObject(variances);
2 26 Feb 07 jari 136         if(codes != null){
2 26 Feb 07 jari 137             oos.writeBoolean(true);
2 26 Feb 07 jari 138             oos.writeObject(codes);
2 26 Feb 07 jari 139         } else {
2 26 Feb 07 jari 140             oos.writeBoolean(false);
2 26 Feb 07 jari 141         }
2 26 Feb 07 jari 142     }
2 26 Feb 07 jari 143     
2 26 Feb 07 jari 144     private void readObject(java.io.ObjectInputStream ois) throws java.io.IOException, ClassNotFoundException {
2 26 Feb 07 jari 145         this.experiment = (Experiment)ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 146         this.clusters = (int [][])ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 147         this.centroidColor = (Color)ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 148         this.gradientToggle = ois.readBoolean();
2 26 Feb 07 jari 149         this.yRangeOption = ois.readInt();
2 26 Feb 07 jari 150         this.drawValues = ois.readBoolean();
2 26 Feb 07 jari 151         this.drawVariances = ois.readBoolean();
2 26 Feb 07 jari 152         this.drawCodes = ois.readBoolean();
2 26 Feb 07 jari 153         this.drawMarks = ois.readBoolean();
2 26 Feb 07 jari 154         this.isAntiAliasing = ois.readBoolean();
2 26 Feb 07 jari 155         this.gradientColors = ois.readBoolean();
2 26 Feb 07 jari 156         this.means = (float [][])ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 157         this.variances = (float [][])ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 158         if(ois.readBoolean())
2 26 Feb 07 jari 159             this.codes = (float [][])ois.readObject();             
2 26 Feb 07 jari 160         setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 161         setFont(new Font("monospaced", Font.BOLD, 10));
2 26 Feb 07 jari 162         this.maxExperimentValue = experiment.getMaxAbsValue();
2 26 Feb 07 jari 163         this.yRangeOption = CentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX;
2 26 Feb 07 jari 164         this.addMouseMotionListener(new GraphListener());
2 26 Feb 07 jari 165     }
2 26 Feb 07 jari 166     
2 26 Feb 07 jari 167     /**
2 26 Feb 07 jari 168      * Sets means values.
2 26 Feb 07 jari 169      */
2 26 Feb 07 jari 170     public void setMeans(float[][] means) {
2 26 Feb 07 jari 171         this.means = means;
2 26 Feb 07 jari 172     }
2 26 Feb 07 jari 173     
2 26 Feb 07 jari 174     public void toggleGradient() {
2 26 Feb 07 jari 175         this.gradientToggle = !this.gradientToggle;
2 26 Feb 07 jari 176     }
2 26 Feb 07 jari 177     
2 26 Feb 07 jari 178     /**
2 26 Feb 07 jari 179      * Sets variances values.
2 26 Feb 07 jari 180      */
2 26 Feb 07 jari 181     public void setVariances(float[][] variances) {
2 26 Feb 07 jari 182         this.variances = variances;
2 26 Feb 07 jari 183     }
2 26 Feb 07 jari 184     
2 26 Feb 07 jari 185     /**
2 26 Feb 07 jari 186      * Sets codes.
2 26 Feb 07 jari 187      */
2 26 Feb 07 jari 188     public void setCodes(float[][] codes) {
2 26 Feb 07 jari 189         this.codes = codes;
2 26 Feb 07 jari 190     }
2 26 Feb 07 jari 191     
2 26 Feb 07 jari 192     /**
2 26 Feb 07 jari 193      * Sets the draw marks attribute.
2 26 Feb 07 jari 194      */
2 26 Feb 07 jari 195     public void setDrawMarks(boolean draw) {
2 26 Feb 07 jari 196         this.drawMarks = draw;
2 26 Feb 07 jari 197     }
2 26 Feb 07 jari 198     
2 26 Feb 07 jari 199     /**
2 26 Feb 07 jari 200      * Sets the draw variances attribute.
2 26 Feb 07 jari 201      */
2 26 Feb 07 jari 202     public void setDrawVariances(boolean draw) {
2 26 Feb 07 jari 203         this.drawVariances = draw;
2 26 Feb 07 jari 204     }
2 26 Feb 07 jari 205     
2 26 Feb 07 jari 206     /**
2 26 Feb 07 jari 207      * Sets the draw values attribute.
2 26 Feb 07 jari 208      */
2 26 Feb 07 jari 209     public void setDrawValues(boolean draw) {
2 26 Feb 07 jari 210         this.drawValues = draw;
2 26 Feb 07 jari 211     }
2 26 Feb 07 jari 212     
2 26 Feb 07 jari 213     /**
2 26 Feb 07 jari 214      * Sets the draw codes attribute.
2 26 Feb 07 jari 215      */
2 26 Feb 07 jari 216     public void setDrawCodes(boolean draw) {
2 26 Feb 07 jari 217         this.drawCodes = draw;
2 26 Feb 07 jari 218     }
2 26 Feb 07 jari 219     
2 26 Feb 07 jari 220     /**
2 26 Feb 07 jari 221      * Sets the anti-aliasing attribute.
2 26 Feb 07 jari 222      */
2 26 Feb 07 jari 223     public void setAntiAliasing(boolean value) {
2 26 Feb 07 jari 224         this.isAntiAliasing = value;
2 26 Feb 07 jari 225     }
2 26 Feb 07 jari 226     
2 26 Feb 07 jari 227     /**
2 26 Feb 07 jari 228      * Updates data, mode and some the viewer attributes.
2 26 Feb 07 jari 229      */
2 26 Feb 07 jari 230     public void onSelected(IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 231         this.framework = framework;
2 26 Feb 07 jari 232         setData(framework.getData());
2 26 Feb 07 jari 233         setAntiAliasing(framework.getDisplayMenu().isAntiAliasing());
2 26 Feb 07 jari 234         Object userObject = framework.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 235         if (userObject instanceof CentroidUserObject) {
2 26 Feb 07 jari 236             setClusterIndex(((CentroidUserObject)userObject).getClusterIndex());
2 26 Feb 07 jari 237             setMode(((CentroidUserObject)userObject).getMode());
2 26 Feb 07 jari 238         } else {
2 26 Feb 07 jari 239             //  setClusterIndex(((Integer)userObject).intValue());
2 26 Feb 07 jari 240             setMode(((Integer)userObject).intValue());
2 26 Feb 07 jari 241         }
2 26 Feb 07 jari 242         updateValues(getCluster());
2 26 Feb 07 jari 243         this.maxValue = framework.getDisplayMenu().getMaxRatioScale();
2 26 Feb 07 jari 244         this.minValue = framework.getDisplayMenu().getMinRatioScale();
2 26 Feb 07 jari 245         this.midValue = framework.getDisplayMenu().getMidRatioValue();
2 26 Feb 07 jari 246         CentroidViewer.posColorImage = framework.getDisplayMenu().getPositiveGradientImage();
2 26 Feb 07 jari 247         CentroidViewer.negColorImage = framework.getDisplayMenu().getNegativeGradientImage();
2 26 Feb 07 jari 248         useDoubleGradient = framework.getDisplayMenu().getUseDoubleGradient();
2 26 Feb 07 jari 249         this.setGradient(framework.getDisplayMenu().getColorGradientState());
2 26 Feb 07 jari 250         // repaint put in in case onSelected called by refreshCurrentViewer() method
2 26 Feb 07 jari 251         repaint();
2 26 Feb 07 jari 252     }
2 26 Feb 07 jari 253     
2 26 Feb 07 jari 254     /**
2 26 Feb 07 jari 255      * Determines whether any clusters are set
2 26 Feb 07 jari 256      */
2 26 Feb 07 jari 257     public boolean checkGradient() {
2 26 Feb 07 jari 258         boolean temp = true;
2 26 Feb 07 jari 259         for (int i = 0; i<clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 260             for (int j = 0; j<clusters[i].length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 261                 try {
2 26 Feb 07 jari 262                     if (this.data.getProbeColor(this.experiment.getGeneIndexMappedToData(clusters[i][j])) != null) {
2 26 Feb 07 jari 263                         temp = false;
2 26 Feb 07 jari 264                     }
2 26 Feb 07 jari 265                 } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 266                 }
2 26 Feb 07 jari 267             }
2 26 Feb 07 jari 268         }
2 26 Feb 07 jari 269         return temp;
2 26 Feb 07 jari 270     }
2 26 Feb 07 jari 271     
2 26 Feb 07 jari 272     
2 26 Feb 07 jari 273     public void setGradient(boolean g) {
2 26 Feb 07 jari 274         this.gradientColors = g;
2 26 Feb 07 jari 275         this.gradientToggle = g;
2 26 Feb 07 jari 276     }
2 26 Feb 07 jari 277     
2 26 Feb 07 jari 278     /**
2 26 Feb 07 jari 279      * Calculates color for passed value.
2 26 Feb 07 jari 280      */
2 26 Feb 07 jari 281     private Color getColor(float value) {
2 26 Feb 07 jari 282         if (Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 283             return missingColor;
2 26 Feb 07 jari 284         }
2 26 Feb 07 jari 285         
2 26 Feb 07 jari 286         float maximum;
2 26 Feb 07 jari 287         int colorIndex, rgb;
2 26 Feb 07 jari 288         
2 26 Feb 07 jari 289         if(useDoubleGradient) {
2 26 Feb 07 jari 290           maximum = value < midValue ? this.minValue : this.maxValue;
2 26 Feb 07 jari 291       colorIndex = (int) (255 * (value-midValue) / (maximum - midValue));
2 26 Feb 07 jari 292       colorIndex = colorIndex > 255 ? 255 : colorIndex;
2 26 Feb 07 jari 293       rgb = value < midValue ? negColorImage.getRGB(255 - colorIndex, 0)
2 26 Feb 07 jari 294           : posColorImage.getRGB(colorIndex, 0);
2 26 Feb 07 jari 295         } else {
2 26 Feb 07 jari 296           float span = this.maxValue - this.minValue;
2 26 Feb 07 jari 297           if(value <= minValue)
2 26 Feb 07 jari 298             colorIndex = 0;
2 26 Feb 07 jari 299           else if(value >= maxValue)
2 26 Feb 07 jari 300             colorIndex = 255;
2 26 Feb 07 jari 301           else
2 26 Feb 07 jari 302             colorIndex = (int)(((value - this.minValue)/span) * 255);
2 26 Feb 07 jari 303            
2 26 Feb 07 jari 304           rgb = posColorImage.getRGB(colorIndex,0);
2 26 Feb 07 jari 305         }
2 26 Feb 07 jari 306         return new Color(rgb);
2 26 Feb 07 jari 307     }
2 26 Feb 07 jari 308     
2 26 Feb 07 jari 309     
2 26 Feb 07 jari 310     /**
2 26 Feb 07 jari 311      * Sets data.
2 26 Feb 07 jari 312      */
2 26 Feb 07 jari 313     public void setData(IData data) {
2 26 Feb 07 jari 314         this.data = data;
2 26 Feb 07 jari 315     }
2 26 Feb 07 jari 316     
2 26 Feb 07 jari 317     /**
2 26 Feb 07 jari 318      * Sets a cluster index.
2 26 Feb 07 jari 319      */
2 26 Feb 07 jari 320     public void setClusterIndex(int clusterIndex) {
2 26 Feb 07 jari 321         this.clusterIndex = clusterIndex;
2 26 Feb 07 jari 322         updateValues(getCluster());
2 26 Feb 07 jari 323     }
2 26 Feb 07 jari 324     
2 26 Feb 07 jari 325     /**
2 26 Feb 07 jari 326      * Returns a current cluster.
2 26 Feb 07 jari 327      */
2 26 Feb 07 jari 328     public int[] getCluster() {
2 26 Feb 07 jari 329         return this.clusters[this.clusterIndex];
2 26 Feb 07 jari 330     }
2 26 Feb 07 jari 331     
2 26 Feb 07 jari 332     /**
2 26 Feb 07 jari 333      * Returns all clusters.
2 26 Feb 07 jari 334      */
2 26 Feb 07 jari 335     public int[][] getClusters() {
2 26 Feb 07 jari 336         return clusters;
2 26 Feb 07 jari 337     }
2 26 Feb 07 jari 338     
2 26 Feb 07 jari 339     /**
2 26 Feb 07 jari 340      * Returns index of a gene in the current cluster.
2 26 Feb 07 jari 341      */
2 26 Feb 07 jari 342     protected int getProbe(int row) {
2 26 Feb 07 jari 343         return this.clusters[this.clusterIndex][row];
2 26 Feb 07 jari 344     }
2 26 Feb 07 jari 345     
2 26 Feb 07 jari 346     /**
2 26 Feb 07 jari 347      * Sets the viewer mode.
2 26 Feb 07 jari 348      */
2 26 Feb 07 jari 349     public void setMode(int mode) {
2 26 Feb 07 jari 350         switch (mode) {
2 26 Feb 07 jari 351             case CentroidUserObject.VARIANCES_MODE:
2 26 Feb 07 jari 352                 setDrawVariances(true);
2 26 Feb 07 jari 353                 setDrawValues(false);
2 26 Feb 07 jari 354                 break;
2 26 Feb 07 jari 355             case CentroidUserObject.VALUES_MODE:
2 26 Feb 07 jari 356                 setDrawVariances(false);
2 26 Feb 07 jari 357                 setDrawValues(true);
2 26 Feb 07 jari 358                 break;
2 26 Feb 07 jari 359         }
2 26 Feb 07 jari 360     }
2 26 Feb 07 jari 361     
2 26 Feb 07 jari 362     /**
2 26 Feb 07 jari 363      * Updates max value.
2 26 Feb 07 jari 364      */
2 26 Feb 07 jari 365     private void updateValues(int[] cluster) {
2 26 Feb 07 jari 366         this.maxClusterValue = calculateMaxValue(cluster);
2 26 Feb 07 jari 367     }
2 26 Feb 07 jari 368     
2 26 Feb 07 jari 369     /**
2 26 Feb 07 jari 370      * Sets public color for the current cluster.
2 26 Feb 07 jari 371      */
2 26 Feb 07 jari 372     public void setClusterColor(Color color) {
2 26 Feb 07 jari 373         if(color ==null){  //indicates removal of cluster
2 26 Feb 07 jari 374             framework.removeCluster(getArrayMappedToData(), experiment, ClusterRepository.GENE_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 375         }
2 26 Feb 07 jari 376     }
2 26 Feb 07 jari 377     
2 26 Feb 07 jari 378     /**
2 26 Feb 07 jari 379      *  Sets cluster color
2 26 Feb 07 jari 380      */
2 26 Feb 07 jari 381     public void storeCluster(){
2 26 Feb 07 jari 382         framework.storeCluster(getArrayMappedToData(), experiment, ClusterRepository.GENE_CLUSTER);       
2 26 Feb 07 jari 383         onDataChanged(this.data);
2 26 Feb 07 jari 384     }
2 26 Feb 07 jari 385     
2 26 Feb 07 jari 386     /**
2 26 Feb 07 jari 387      * Launches a new <code>MultipleExperimentViewer</code> containing the current cluster
2 26 Feb 07 jari 388      */
2 26 Feb 07 jari 389     public void launchNewSession(){
2 26 Feb 07 jari 390         framework.launchNewMAV(getArrayMappedToData(), this.experiment, "Multiple Experiment Viewer - Cluster Viewer", Cluster.GENE_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 391     }
2 26 Feb 07 jari 392     
2 26 Feb 07 jari 393     
2 26 Feb 07 jari 394     private int [] getArrayMappedToData(){
2 26 Feb 07 jari 395         int [] clusterIndices = getCluster();
2 26 Feb 07 jari 396         if(clusterIndices == null || clusterIndices.length < 1)
2 26 Feb 07 jari 397             return clusterIndices;
2 26 Feb 07 jari 398         
2 26 Feb 07 jari 399         int [] dataIndices = new int [clusterIndices.length];
2 26 Feb 07 jari 400         for(int i = 0; i < clusterIndices.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 401             dataIndices[i] = this.experiment.getGeneIndexMappedToData(clusterIndices[i]);
2 26 Feb 07 jari 402         }
2 26 Feb 07 jari 403         return dataIndices;
2 26 Feb 07 jari 404     }
2 26 Feb 07 jari 405     
2 26 Feb 07 jari 406     
2 26 Feb 07 jari 407     /**
2 26 Feb 07 jari 408      * Sets Y range scaling option
2 26 Feb 07 jari 409      */
2 26 Feb 07 jari 410     public void setYRangeOption(int option){
2 26 Feb 07 jari 411         if(option != CentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX && option != CentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX)
2 26 Feb 07 jari 412             this.yRangeOption = USE_EXPERIMENT_MAX;
2 26 Feb 07 jari 413         else
2 26 Feb 07 jari 414             yRangeOption = option;
2 26 Feb 07 jari 415     }
2 26 Feb 07 jari 416     
2 26 Feb 07 jari 417     
2 26 Feb 07 jari 418     /**
2 26 Feb 07 jari 419      * Returns the experiment data (ratio values).
2 26 Feb 07 jari 420      */
2 26 Feb 07 jari 421     public Experiment getExperiment() {
2 26 Feb 07 jari 422         return experiment;
2 26 Feb 07 jari 423     }
2 26 Feb 07 jari 424     
2 26 Feb 07 jari 425     /**
2 26 Feb 07 jari 426      * Returns data values.
2 26 Feb 07 jari 427      */
2 26 Feb 07 jari 428     public IData getData() {
2 26 Feb 07 jari 429         return data;
2 26 Feb 07 jari 430     }
2 26 Feb 07 jari 431     
2 26 Feb 07 jari 432     /**
2 26 Feb 07 jari 433      * Returns component to be displayed in the framework scroll pane.
2 26 Feb 07 jari 434      */
2 26 Feb 07 jari 435     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 436         return this;
2 26 Feb 07 jari 437     }
2 26 Feb 07 jari 438     
2 26 Feb 07 jari 439     /**
2 26 Feb 07 jari 440      * Paints chart into specified graphics.
2 26 Feb 07 jari 441      */
2 26 Feb 07 jari 442     public void paint(Graphics g) {
2 26 Feb 07 jari 443         FontMetrics metrics = g.getFontMetrics();
2 26 Feb 07 jari 444         Rectangle rect = new Rectangle(40, 20, getWidth()-80, getHeight() - 40 - getNamesWidth(metrics));
2 26 Feb 07 jari 445         paint((Graphics2D)g, rect, true);
2 26 Feb 07 jari 446     }
2 26 Feb 07 jari 447     
2 26 Feb 07 jari 448     public void subPaint(Graphics2D g, Rectangle rect, boolean drawMarks) {
2 26 Feb 07 jari 449         super.paint(g);
2 26 Feb 07 jari 450     }
2 26 Feb 07 jari 451     
2 26 Feb 07 jari 452     /**
2 26 Feb 07 jari 453      * Paints chart into specified graphics and with specified bounds.
2 26 Feb 07 jari 454      */
2 26 Feb 07 jari 455     public void paint(Graphics2D g, Rectangle rect, boolean drawMarks) {
2 26 Feb 07 jari 456         super.paint(g);
2 26 Feb 07 jari 457         if (isAntiAliasing) {
2 26 Feb 07 jari 458             g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF);
2 26 Feb 07 jari 459             g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON);
2 26 Feb 07 jari 460         }
2 26 Feb 07 jari 461         
2 26 Feb 07 jari 462         final int left = rect.x;
2 26 Feb 07 jari 463         final int top = rect.y;
2 26 Feb 07 jari 464         final int width  = rect.width;
2 26 Feb 07 jari 465         final int height = rect.height;
2 26 Feb 07 jari 466         
2 26 Feb 07 jari 467         if (width < 5 || height < 5) {
2 26 Feb 07 jari 468             return;
2 26 Feb 07 jari 469         }
2 26 Feb 07 jari 470   //      if (gradientToggle) {
2 26 Feb 07 jari 471   //          setGradient(checkGradient());
2 26 Feb 07 jari 472   //      } else {
2 26 Feb 07 jari 473   //          setGradient(false);
2 26 Feb 07 jari 474    //     }
2 26 Feb 07 jari 475         final int zeroValue = top + (int)Math.round(height/2f);
2 26 Feb 07 jari 476         final int numberOfSamples  = experiment.getNumberOfSamples();
2 26 Feb 07 jari 477         
2 26 Feb 07 jari 478         //do this outside paint once menu is set up
2 26 Feb 07 jari 479         if(this.yRangeOption == CentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX)
2 26 Feb 07 jari 480             maxYValue = this.maxExperimentValue;
2 26 Feb 07 jari 481         else if(this.yRangeOption == CentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX)
2 26 Feb 07 jari 482             maxYValue = this.maxClusterValue;
2 26 Feb 07 jari 483         
2 26 Feb 07 jari 484         if (maxYValue == 0.0f) {
2 26 Feb 07 jari 485             maxYValue = 1.0f;
2 26 Feb 07 jari 486         }
2 26 Feb 07 jari 487         
2 26 Feb 07 jari 488         final float factor = height/(2f*maxYValue);
2 26 Feb 07 jari 489         final float stepX  = width/(float)(numberOfSamples-1);
2 26 Feb 07 jari 490         final int   stepsY = (int)maxYValue+1;
2 26 Feb 07 jari 491         if (this.drawVariances) {
2 26 Feb 07 jari 492             // draw variances
2 26 Feb 07 jari 493             g.setColor(bColor);
2 26 Feb 07 jari 494             for (int i=0; i<numberOfSamples; i++) {
2 26 Feb 07 jari 495                 if(Float.isNaN(this.means[this.clusterIndex][i]) || Float.isNaN(this.variances[this.clusterIndex][i]) || (this.variances[this.clusterIndex][i] < 0.0f)) {
2 26 Feb 07 jari 496                     continue;
2 26 Feb 07 jari 497                 }
2 26 Feb 07 jari 498                 g.drawLine(left+(int)Math.round(i*stepX)  , zeroValue - (int)Math.round((this.means[this.clusterIndex][i]-this.variances[this.clusterIndex][i])*factor),
2 26 Feb 07 jari 499                 left+(int)Math.round(i*stepX)  , zeroValue - (int)Math.round((this.means[this.clusterIndex][i]+this.variances[this.clusterIndex][i])*factor));
2 26 Feb 07 jari 500                 g.drawLine(left+(int)Math.round(i*stepX)-3, zeroValue - (int)Math.round((this.means[this.clusterIndex][i]-this.variances[this.clusterIndex][i])*factor),
2 26 Feb 07 jari 501                 left+(int)Math.round(i*stepX)+3, zeroValue - (int)Math.round((this.means[this.clusterIndex][i]-this.variances[this.clusterIndex][i])*factor));
2 26 Feb 07 jari 502                 g.drawLine(left+(int)Math.round(i*stepX)-3, zeroValue - (int)Math.round((this.means[this.clusterIndex][i]+this.variances[this.clusterIndex][i])*factor),
2 26 Feb 07 jari 503                 left+(int)Math.round(i*stepX)+3, zeroValue - (int)Math.round((this.means[this.clusterIndex][i]+this.variances[this.clusterIndex][i])*factor));
2 26 Feb 07 jari 504             }
2 26 Feb 07 jari 505         }
2 26 Feb 07 jari 506         if (this.drawValues) {
2 26 Feb 07 jari 507             // draw values
2 26 Feb 07 jari 508             boolean coloredClusters = false;
2 26 Feb 07 jari 509             float fValue, sValue, yInterval, lineHeight;
2 26 Feb 07 jari 510             Color color = null;
2 26 Feb 07 jari 511             float maxLineHeight = (maxExperimentValue*factor) / 20;  //maxExperimentValue is an expression value - not a coordinate length
2 26 Feb 07 jari 512             int R=0, G=0, B = 0, intervalNumber;
2 26 Feb 07 jari 513             
2 26 Feb 07 jari 514             for (int sample=0; sample<numberOfSamples-1; sample++) {
2 26 Feb 07 jari 515                 for (int probe=0; probe<getCluster().length; probe++) {
2 26 Feb 07 jari 516                     fValue = this.experiment.get(getProbe(probe), sample);
2 26 Feb 07 jari 517                     sValue = this.experiment.get(getProbe(probe), sample+1);
2 26 Feb 07 jari 518                     if (Float.isNaN(fValue) || Float.isNaN(sValue)) {
2 26 Feb 07 jari 519                         continue;
2 26 Feb 07 jari 520                     }
2 26 Feb 07 jari 521                     if(!gradientColors) {
2 26 Feb 07 jari 522                         color = this.data.getProbeColor(this.experiment.getGeneIndexMappedToData(getProbe(probe)));
2 26 Feb 07 jari 523                         color = color == null ? DEF_CLUSTER_COLOR : color;
2 26 Feb 07 jari 524                         g.setColor(color);
2 26 Feb 07 jari 525                         g.drawLine(left+(int)Math.round(sample*stepX), zeroValue - (int)Math.round(fValue*factor),
2 26 Feb 07 jari 526                         left+(int)Math.round((sample+1)*stepX), zeroValue - (int)Math.round(sValue*factor));
2 26 Feb 07 jari 527                     } else {
2 26 Feb 07 jari 528                         lineHeight = (sValue - fValue)*factor;
2 26 Feb 07 jari 529                         if (Math.abs(lineHeight) > maxLineHeight) {
2 26 Feb 07 jari 530                             intervalNumber = Math.abs((int)(lineHeight / maxLineHeight));
2 26 Feb 07 jari 531                         } else {
2 26 Feb 07 jari 532                             intervalNumber = 1;
2 26 Feb 07 jari 533                         }
2 26 Feb 07 jari 534                         yInterval = lineHeight/intervalNumber;
2 26 Feb 07 jari 535                         for(int i=0; i<intervalNumber; i++) {
2 26 Feb 07 jari 536                             g.setColor(getColor(fValue + (float)(i)*yInterval/factor));
2 26 Feb 07 jari 537                             g.drawLine(left+(int)Math.round(sample*stepX + ((float)i/intervalNumber)*stepX), zeroValue - (int)Math.round(fValue*factor + (float)i*yInterval),
2 26 Feb 07 jari 538                             left+(int)Math.round((sample)*stepX + (((float)i+1)/intervalNumber)*stepX), zeroValue - (int)Math.round(fValue*factor + ((float)i+1)*yInterval));
2 26 Feb 07 jari 539                         }
2 26 Feb 07 jari 540                     }
2 26 Feb 07 jari 541                 }
2 26 Feb 07 jari 542             }
2 26 Feb 07 jari 543         }
2 26 Feb 07 jari 544         if (this.drawCodes && this.codes != null && clusters[clusterIndex].length > 0) {
2 26 Feb 07 jari 545             g.setColor(Color.blue);
2 26 Feb 07 jari 546             for (int i=0; i<numberOfSamples-1; i++) {
2 26 Feb 07 jari 547                 g.drawLine(left+(int)Math.round(i*stepX), zeroValue-(int)Math.round(this.codes[this.clusterIndex][i]*factor), left+(int)Math.round((i+1)*stepX), zeroValue-(int)Math.round(this.codes[this.clusterIndex][i+1]*factor));
2 26 Feb 07 jari 548             }
2 26 Feb 07 jari 549         }
2 26 Feb 07 jari 550         
2 26 Feb 07 jari 551         // draw zero line
2 26 Feb 07 jari 552         g.setColor(Color.black);
2 26 Feb 07 jari 553         g.drawLine(left, zeroValue, left+width, zeroValue);
2 26 Feb 07 jari 554         // draw magenta line
2 26 Feb 07 jari 555         if (getCluster() != null && getCluster().length > 0) {
2 26 Feb 07 jari 556             g.setColor(centroidColor);
2 26 Feb 07 jari 557             for (int i=0; i<numberOfSamples-1; i++) {
2 26 Feb 07 jari 558                 if (Float.isNaN(this.means[this.clusterIndex][i]) || Float.isNaN(this.means[this.clusterIndex][i+1])) {
2 26 Feb 07 jari 559                     continue;
2 26 Feb 07 jari 560                 }
2 26 Feb 07 jari 561                 g.drawLine(left+(int)Math.round(i*stepX), zeroValue-(int)Math.round(this.means[this.clusterIndex][i]*factor), left+(int)Math.round((i+1)*stepX), zeroValue-(int)Math.round(this.means[this.clusterIndex][i+1]*factor));
2 26 Feb 07 jari 562             }
2 26 Feb 07 jari 563         }
2 26 Feb 07 jari 564         // draw rectangle
2 26 Feb 07 jari 565         g.setColor(Color.black);
2 26 Feb 07 jari 566         g.drawRect(left, top, width, height);
2 26 Feb 07 jari 567         // draw X items
2 26 Feb 07 jari 568         for (int i=1; i<numberOfSamples-1; i++) {
2 26 Feb 07 jari 569             g.drawLine(left+(int)Math.round(i*stepX), top+height-5, left+(int)Math.round(i*stepX), top+height);
2 26 Feb 07 jari 570             g.drawLine(left+(int)Math.round(i*stepX), top, left+(int)Math.round(i*stepX), top+5);
2 26 Feb 07 jari 571         }
2 26 Feb 07 jari 572         //draw Y items
2 26 Feb 07 jari 573         for (int i=1; i<stepsY; i++) {
2 26 Feb 07 jari 574             g.drawLine(left, zeroValue-(int)Math.round(i*factor), left+5, zeroValue-(int)Math.round(i*factor));
2 26 Feb 07 jari 575             g.drawLine(left, zeroValue+(int)Math.round(i*factor), left+5, zeroValue+(int)Math.round(i*factor));
2 26 Feb 07 jari 576         }
2 26 Feb 07 jari 577         
2 26 Feb 07 jari 578         
2 26 Feb 07 jari 579         //label Y-Axis, added for clarity for bridge output
2 26 Feb 07 jari 580         g.drawString( this.yAxisNumerator, left - 27, zeroValue - 3 );
2 26 Feb 07 jari 581         g.drawLine( ( left - 30 ), zeroValue, ( left - 5 ), zeroValue );
2 26 Feb 07 jari 582         g.drawString( this.yAxisDenominator, left - 27, zeroValue + 10 );
2 26 Feb 07 jari 583         
2 26 Feb 07 jari 584         
2 26 Feb 07 jari 585         // draw genes info
2 26 Feb 07 jari 586         g.setColor(bColor);
2 26 Feb 07 jari 587         if (drawMarks) {
2 26 Feb 07 jari 588             FontMetrics metrics = g.getFontMetrics();
2 26 Feb 07 jari 589             String str;
2 26 Feb 07 jari 590             int strWidth;
2 26 Feb 07 jari 591             //draw Y digits
2 26 Feb 07 jari 592             for (int i=1; i<stepsY; i++) {
2 26 Feb 07 jari 593                 str = String.valueOf(i);
2 26 Feb 07 jari 594                 strWidth = metrics.stringWidth(str);
2 26 Feb 07 jari 595                 g.drawString(str, left-10-strWidth, zeroValue+5-(int)Math.round(i*factor));
2 26 Feb 07 jari 596                 str = String.valueOf(-i);
2 26 Feb 07 jari 597                 strWidth = metrics.stringWidth(str);
2 26 Feb 07 jari 598                 g.drawString(str, left-10-strWidth, zeroValue+5+(int)Math.round(i*factor));
2 26 Feb 07 jari 599             }
2 26 Feb 07 jari 600             // draw X samples names
2 26 Feb 07 jari 601             g.rotate(-Math.PI/2.0);
2 26 Feb 07 jari 602             final int max_name_width = getNamesWidth(metrics);
2 26 Feb 07 jari 603             for (int i=0; i<numberOfSamples; i++) {
2 26 Feb 07 jari 604                 g.drawString(data.getSampleName(experiment.getSampleIndex(i)), -height-top-10-max_name_width, left+(int)Math.round(i*stepX)+3);
2 26 Feb 07 jari 605             }
2 26 Feb 07 jari 606             g.rotate(Math.PI/2.0);
2 26 Feb 07 jari 607         }
2 26 Feb 07 jari 608         if (getCluster() != null && getCluster().length > 0 && this.drawVariances) {
2 26 Feb 07 jari 609             // draw points
2 26 Feb 07 jari 610             g.setColor(bColor);
2 26 Feb 07 jari 611             for (int i=0; i<numberOfSamples; i++) {
2 26 Feb 07 jari 612                 if (Float.isNaN(this.means[this.clusterIndex][i])) {
2 26 Feb 07 jari 613                     continue;
2 26 Feb 07 jari 614                 }
2 26 Feb 07 jari 615                 g.fillOval(left+(int)Math.round(i*stepX)-3, zeroValue-(int)Math.round(this.means[this.clusterIndex][i]*factor)-3, 6, 6);
2 26 Feb 07 jari 616             }
2 26 Feb 07 jari 617         }
2 26 Feb 07 jari 618         if(this.showRefLine && this.drawReferenceBlock){          
2 26 Feb 07 jari 619            java.awt.Composite initComposite = g.getComposite();
2 26 Feb 07 jari 620            g.setComposite(java.awt.AlphaComposite.getInstance(java.awt.AlphaComposite.SRC_OVER, 0.3f));
2 26 Feb 07 jari 621            g.setColor(Color.yellow);
2 26 Feb 07 jari 622            g.fillRect(xref-3, 20, 7, height); 
2 26 Feb 07 jari 623            g.setComposite(initComposite);
2 26 Feb 07 jari 624            g.setColor(Color.blue);
2 26 Feb 07 jari 625            g.drawLine(xref, 20, xref, height+20);
2 26 Feb 07 jari 626            framework.setStatusText("Sample= "+data.getSampleName(experiment.getSampleIndex(currExpRefLine))+",   mean = "+ this.means[this.clusterIndex][currExpRefLine]+",   sd = "+ this.variances[this.clusterIndex][currExpRefLine]);
2 26 Feb 07 jari 627         }
2 26 Feb 07 jari 628         g.setColor(bColor);
2 26 Feb 07 jari 629         if (getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 630             g.drawString("No Genes", left+10, top+20);
2 26 Feb 07 jari 631         } else {
2 26 Feb 07 jari 632             g.drawString(getCluster().length+" Genes", left+10, top+20);
2 26 Feb 07 jari 633         }
2 26 Feb 07 jari 634     }
2 26 Feb 07 jari 635     
2 26 Feb 07 jari 636     /**
2 26 Feb 07 jari 637      * @return null
2 26 Feb 07 jari 638      */
2 26 Feb 07 jari 639     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 640         return null;
2 26 Feb 07 jari 641     }
2 26 Feb 07 jari 642     
2 26 Feb 07 jari 643     /**
2 26 Feb 07 jari 644      * Updates the viewer data.
2 26 Feb 07 jari 645      */
2 26 Feb 07 jari 646     public void onDataChanged(IData data) {
2 26 Feb 07 jari 647         setData(data);
2 26 Feb 07 jari 648     }
2 26 Feb 07 jari 649     
2 26 Feb 07 jari 650     /**
2 26 Feb 07 jari 651      * Updates some viewer attributes.
2 26 Feb 07 jari 652      */
2 26 Feb 07 jari 653     public void onMenuChanged(IDisplayMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 654         setAntiAliasing(menu.isAntiAliasing());
2 26 Feb 07 jari 655         this.maxValue = menu.getMaxRatioScale();
2 26 Feb 07 jari 656         this.minValue = menu.getMinRatioScale();
2 26 Feb 07 jari 657         this.midValue = menu.getMidRatioValue();
2 26 Feb 07 jari 658         CentroidViewer.posColorImage = menu.getPositiveGradientImage();
2 26 Feb 07 jari 659         CentroidViewer.negColorImage = menu.getNegativeGradientImage();
2 26 Feb 07 jari 660         this.setGradient(menu.getColorGradientState());
2 26 Feb 07 jari 661         useDoubleGradient = menu.getUseDoubleGradient();
2 26 Feb 07 jari 662         repaint();
2 26 Feb 07 jari 663     }
2 26 Feb 07 jari 664     
2 26 Feb 07 jari 665     public void onDeselected() {}
2 26 Feb 07 jari 666     public void onClosed() {}
2 26 Feb 07 jari 667     
2 26 Feb 07 jari 668     /**
2 26 Feb 07 jari 669      * @return null
2 26 Feb 07 jari 670      */
2 26 Feb 07 jari 671     public BufferedImage getImage() {
2 26 Feb 07 jari 672         return null;
2 26 Feb 07 jari 673     }
2 26 Feb 07 jari 674     
2 26 Feb 07 jari 675     /**
2 26 Feb 07 jari 676      * Calculate experiment max value for scale purpose.
2 26 Feb 07 jari 677      */
2 26 Feb 07 jari 678     private float calculateMaxValue(int[] probes) {
2 26 Feb 07 jari 679         float max = 0f;
2 26 Feb 07 jari 680         float value;
2 26 Feb 07 jari 681         final int samples = experiment.getNumberOfSamples();
2 26 Feb 07 jari 682         for (int sample=0; sample<samples; sample++) {
2 26 Feb 07 jari 683             for (int probe=0; probe<probes.length; probe++) {
2 26 Feb 07 jari 684                 value = experiment.get(probes[probe], sample);
2 26 Feb 07 jari 685                 if (!Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 686                     max = Math.max(max, Math.abs(value));
2 26 Feb 07 jari 687                 }
2 26 Feb 07 jari 688             }
2 26 Feb 07 jari 689         }
2 26 Feb 07 jari 690         return max;
2 26 Feb 07 jari 691     }
2 26 Feb 07 jari 692     
2 26 Feb 07 jari 693     /**
2 26 Feb 07 jari 694      * Returns max width of experiment names.
2 26 Feb 07 jari 695      */
2 26 Feb 07 jari 696     protected int getNamesWidth(FontMetrics metrics) {
2 26 Feb 07 jari 697         int maxWidth = 0;
2 26 Feb 07 jari 698         for (int i=0; i<experiment.getNumberOfSamples(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 699             maxWidth = Math.max(maxWidth, metrics.stringWidth(data.getSampleName(experiment.getSampleIndex(i))));
2 26 Feb 07 jari 700         }
2 26 Feb 07 jari 701         return maxWidth;
2 26 Feb 07 jari 702     }
2 26 Feb 07 jari 703     
2 26 Feb 07 jari 704         /**
2 26 Feb 07 jari 705      * Adds viewer specific menu items.
2 26 Feb 07 jari 706      */
2 26 Feb 07 jari 707     protected void addMenuItems(JPopupMenu menu, ActionListener listener) {
2 26 Feb 07 jari 708         JMenuItem menuItem;
2 26 Feb 07 jari 709         menuItem = new JMenuItem("Store cluster", GUIFactory.getIcon("new16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 710         menuItem.setActionCommand(STORE_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 711         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 712         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 713         
2 26 Feb 07 jari 714         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 715         
2 26 Feb 07 jari 716         menuItem = new JMenuItem("Launch new session", GUIFactory.getIcon("launch_new_mav.gif"));
2 26 Feb 07 jari 717         menuItem.setActionCommand(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD);
2 26 Feb 07 jari 718         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 719         menu.add(menuItem);       
2 26 Feb 07 jari 720         
2 26 Feb 07 jari 721         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 722         
2 26 Feb 07 jari 723         menuItem = new JMenuItem("Delete public cluster", GUIFactory.getIcon("delete16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 724         menuItem.setActionCommand(SET_DEF_COLOR_CMD);
2 26 Feb 07 jari 725         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 726         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 727         
2 26 Feb 07 jari 728         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 729         
2 26 Feb 07 jari 730         menuItem = new JMenuItem("Save cluster...", GUIFactory.getIcon("save16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 731         menuItem.setActionCommand(SAVE_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 732         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 733         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 734         
2 26 Feb 07 jari 735         menuItem = new JMenuItem("Save all clusters...", GUIFactory.getIcon("save16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 736         menuItem.setActionCommand(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 737         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 738         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 739         
2 26 Feb 07 jari 740         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 741         
2 26 Feb 07 jari 742         setOverallMaxMenuItem = new JMenuItem("Set Y to overall max...", GUIFactory.getIcon("Y_range_expand.gif"));
2 26 Feb 07 jari 743         setOverallMaxMenuItem.setActionCommand(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD);
2 26 Feb 07 jari 744         setOverallMaxMenuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 745         setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 746         menu.add(setOverallMaxMenuItem);
2 26 Feb 07 jari 747         
2 26 Feb 07 jari 748         setClusterMaxMenuItem = new JMenuItem("Set Y to cluster max...", GUIFactory.getIcon("Y_range_expand.gif"));
2 26 Feb 07 jari 749         setClusterMaxMenuItem.setActionCommand(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD);
2 26 Feb 07 jari 750         setClusterMaxMenuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 751         menu.add(setClusterMaxMenuItem);
2 26 Feb 07 jari 752         
2 26 Feb 07 jari 753         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 754
2 26 Feb 07 jari 755         menuItem = new JMenuItem("Toggle reference line...");
2 26 Feb 07 jari 756         menuItem.setActionCommand(TOGGLE_REF_LINE_CMD);
2 26 Feb 07 jari 757         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 758         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 759         
2 26 Feb 07 jari 760     }
2 26 Feb 07 jari 761     
2 26 Feb 07 jari 762     /** Returns a component to be inserted into the scroll pane row header
2 26 Feb 07 jari 763      */
2 26 Feb 07 jari 764     public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 765         return null;
2 26 Feb 07 jari 766     }    
2 26 Feb 07 jari 767     
2 26 Feb 07 jari 768     /** Returns the corner component corresponding to the indicated corner,
2 26 Feb 07 jari 769      * posibly null
2 26 Feb 07 jari 770      */
2 26 Feb 07 jari 771     public JComponent getCornerComponent(int cornerIndex) {
2 26 Feb 07 jari 772         return null;
2 26 Feb 07 jari 773     }
2 26 Feb 07 jari 774     
2 26 Feb 07 jari 775     /** Returns int value indicating viewer type
2 26 Feb 07 jari 776      * Cluster.GENE_CLUSTER, Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER, or -1 for both or unspecified
2 26 Feb 07 jari 777      */
2 26 Feb 07 jari 778     public int getViewerType() {
2 26 Feb 07 jari 779         return Cluster.GENE_CLUSTER;
2 26 Feb 07 jari 780     }
2 26 Feb 07 jari 781     
2 26 Feb 07 jari 782     /**
2 26 Feb 07 jari 783      * Handles mouse event in viewer
2 26 Feb 07 jari 784      */
2 26 Feb 07 jari 785     public class GraphListener extends java.awt.event.MouseAdapter implements java.awt.event.MouseMotionListener{
2 26 Feb 07 jari 786         int x = 0, y = 0;
2 26 Feb 07 jari 787         
2 26 Feb 07 jari 788         public void mouseDragged(java.awt.event.MouseEvent mouseEvent) {
2 26 Feb 07 jari 789             
2 26 Feb 07 jari 790         }
2 26 Feb 07 jari 791         
2 26 Feb 07 jari 792         public void mouseMoved(java.awt.event.MouseEvent me) {
2 26 Feb 07 jari 793             if(!showRefLine){
2 26 Feb 07 jari 794                 framework.setStatusText("TIGR MultiExperiment Viewer");
2 26 Feb 07 jari 795                 return;
2 26 Feb 07 jari 796             }
2 26 Feb 07 jari 797             int newX = me.getX();            
2 26 Feb 07 jari 798             int newY = me.getY();
2 26 Feb 07 jari 799             
2 26 Feb 07 jari 800             int numberOfSamples  = experiment.getNumberOfSamples();
2 26 Feb 07 jari 801             if(newX < 40 || newX > getWidth()- 40 || numberOfSamples <= 1){
2 26 Feb 07 jari 802                 drawReferenceBlock = false;
2 26 Feb 07 jari 803                 framework.setStatusText("TIGR MultiExperiment Viewer");
2 26 Feb 07 jari 804                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 805                 return;
2 26 Feb 07 jari 806             }
2 26 Feb 07 jari 807             drawReferenceBlock = true;           
2 26 Feb 07 jari 808             currExpRefLine = Math.round((numberOfSamples - 1) * ((newX-40f)/(getWidth()-80f)));
2 26 Feb 07 jari 809             xref = newX;
2 26 Feb 07 jari 810             yref = newY;
2 26 Feb 07 jari 811             repaint();        
2 26 Feb 07 jari 812         }
2 26 Feb 07 jari 813     }
2 26 Feb 07 jari 814
2 26 Feb 07 jari 815   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 816    * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#setExperiment(org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment)
2 26 Feb 07 jari 817    */
2 26 Feb 07 jari 818   public void setExperiment(Experiment e) {}
2 26 Feb 07 jari 819   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 820    * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#getExperimentID()
2 26 Feb 07 jari 821    */
2 26 Feb 07 jari 822   public int getExperimentID() {
2 26 Feb 07 jari 823     return 0;
2 26 Feb 07 jari 824   }
2 26 Feb 07 jari 825   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 826    * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#setExperimentID(int)
2 26 Feb 07 jari 827    */
2 26 Feb 07 jari 828   public void setExperimentID(int id) {}
2 26 Feb 07 jari 829   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 830    * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#getExpression()
2 26 Feb 07 jari 831    */
2 26 Feb 07 jari 832   public Expression getExpression() {
2 26 Feb 07 jari 833     return null;
2 26 Feb 07 jari 834   } 
2 26 Feb 07 jari 835 }

Generated on Thu Jul 20 09:26:05 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)