mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/bridge/BridgeInitDialog.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * Created on Sep 1, 2005
2 26 Feb 07 jari 3  */
2 26 Feb 07 jari 4 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.bridge;
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 import java.awt.BorderLayout;
2 26 Feb 07 jari 7 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 8 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 9 import java.awt.Font;
2 26 Feb 07 jari 10 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 11 import java.awt.Toolkit;
2 26 Feb 07 jari 12 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 13 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.event.ItemEvent;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.event.ItemListener;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.WindowEvent;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.util.StringTokenizer;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.BorderFactory;
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.Box;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.BoxLayout;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.ButtonGroup;
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.swing.JButton;
2 26 Feb 07 jari 25 import javax.swing.JCheckBox;
2 26 Feb 07 jari 26 import javax.swing.JComboBox;
2 26 Feb 07 jari 27 import javax.swing.JLabel;
2 26 Feb 07 jari 28 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 29 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 30 import javax.swing.JRadioButton;
2 26 Feb 07 jari 31 import javax.swing.JSpinner;
2 26 Feb 07 jari 32 import javax.swing.JTextArea;
2 26 Feb 07 jari 33 import javax.swing.JTextField;
2 26 Feb 07 jari 34 import javax.swing.SpinnerNumberModel;
2 26 Feb 07 jari 35 import javax.swing.SpringLayout;
2 26 Feb 07 jari 36 import javax.swing.border.Border;
2 26 Feb 07 jari 37 import javax.swing.border.TitledBorder;
2 26 Feb 07 jari 38
2 26 Feb 07 jari 39 import org.tigr.microarray.mev.TMEV;
2 26 Feb 07 jari 40 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 41 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.AlgorithmDialog;
2 26 Feb 07 jari 42 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.DialogListener;
2 26 Feb 07 jari 43 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.dialogHelpUtil.HelpWindow;
2 26 Feb 07 jari 44 import org.tigr.microarray.mev.r.RHyb;
2 26 Feb 07 jari 45 import org.tigr.microarray.mev.r.RHybSet;
2 26 Feb 07 jari 46 import org.tigr.microarray.mev.r.SpringUtilities;
2 26 Feb 07 jari 47
2 26 Feb 07 jari 48 /**
2 26 Feb 07 jari 49  * @author iVu
2 26 Feb 07 jari 50  */
2 26 Feb 07 jari 51 public class BridgeInitDialog extends AlgorithmDialog {
2 26 Feb 07 jari 52   private int result;
2 26 Feb 07 jari 53   private int dataType;
2 26 Feb 07 jari 54   private boolean connAdded = false;
2 26 Feb 07 jari 55   
2 26 Feb 07 jari 56   private AdvListener al;
2 26 Feb 07 jari 57   
2 26 Feb 07 jari 58   //private BridgeHyb[] bridgeHybs;
2 26 Feb 07 jari 59   private RHyb[] rHybs;
2 26 Feb 07 jari 60   
2 26 Feb 07 jari 61   //private Vector vCy3Radio;
2 26 Feb 07 jari 62   private Vector vRHyb;
2 26 Feb 07 jari 63   
2 26 Feb 07 jari 64   private JCheckBox advCheckBox;
2 26 Feb 07 jari 65   private JSpinner burnInSpinner;
2 26 Feb 07 jari 66   private JSpinner numIterSpinner;
2 26 Feb 07 jari 67   private JSpinner thresholdSpinner;
2 26 Feb 07 jari 68   private JLabel burnInLabel;
2 26 Feb 07 jari 69   private JLabel numIterLabel;
2 26 Feb 07 jari 70   private JLabel thresholdLabel;
2 26 Feb 07 jari 71   private JButton addConnButton;
2 26 Feb 07 jari 72   private JComboBox connCombo;
2 26 Feb 07 jari 73   private JTextField newConn;
2 26 Feb 07 jari 74   
2 26 Feb 07 jari 75   private JRadioButton ratioButton;
2 26 Feb 07 jari 76   private JRadioButton affyButton;
2 26 Feb 07 jari 77   
2 26 Feb 07 jari 78   private JLabel hybColLabel;
2 26 Feb 07 jari 79   private JLabel cy3Label;
2 26 Feb 07 jari 80   private JLabel cy5Label;
2 26 Feb 07 jari 81   
2 26 Feb 07 jari 82   private String yNum = "IntB";
2 26 Feb 07 jari 83   private String yDen = "IntA";
2 26 Feb 07 jari 84   
2 26 Feb 07 jari 85   public static String DEFAULT_ADD_TEXT = "Enter a new location";
2 26 Feb 07 jari 86   
2 26 Feb 07 jari 87   
2 26 Feb 07 jari 88   
2 26 Feb 07 jari 89   
2 26 Feb 07 jari 90   /**
2 26 Feb 07 jari 91    * @param parent
2 26 Feb 07 jari 92    * @param title
2 26 Feb 07 jari 93    * @param modal
2 26 Feb 07 jari 94    */
2 26 Feb 07 jari 95   public BridgeInitDialog( Frame parent, String[] hybNames, int dataTypeP ) {
2 26 Feb 07 jari 96     super( parent, "Bridge Initialization Dialog", true );
2 26 Feb 07 jari 97     this.setSize( 600, 600 );
2 26 Feb 07 jari 98     this.dataType = dataTypeP;
2 26 Feb 07 jari 99     
2 26 Feb 07 jari 100     //create the listener for this dialog and add it
2 26 Feb 07 jari 101     Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 102     super.addWindowListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 103     super.setActionListeners(listener);
2 26 Feb 07 jari 104     
2 26 Feb 07 jari 105     this.al = new AdvListener();
2 26 Feb 07 jari 106     
2 26 Feb 07 jari 107     //initialize variables
2 26 Feb 07 jari 108     this.vRHyb = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 109     this.rHybs = new RHyb[ hybNames.length ];
2 26 Feb 07 jari 110     
2 26 Feb 07 jari 111     //create the GUI
2 26 Feb 07 jari 112     JPanel mainPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 113     if( dataTypeP == IData.DATA_TYPE_TWO_INTENSITY ) {
2 26 Feb 07 jari 114       //System.out.println( "dataType = TWO_INTENSITY" );
2 26 Feb 07 jari 115       mainPanel.add( this.createDataTypePanel(), BorderLayout.NORTH );
2 26 Feb 07 jari 116     } else {
2 26 Feb 07 jari 117       //System.out.println( "dataType = Unknown" );
2 26 Feb 07 jari 118     }
2 26 Feb 07 jari 119     mainPanel.add( this.createHybPanel( hybNames, this.dataType ), BorderLayout.CENTER );
2 26 Feb 07 jari 120     mainPanel.add( this.createParamPanel(), BorderLayout.SOUTH );
2 26 Feb 07 jari 121     this.addContent( mainPanel );
2 26 Feb 07 jari 122   }//constructor
2 26 Feb 07 jari 123   
2 26 Feb 07 jari 124   
2 26 Feb 07 jari 125   private JPanel createDataTypePanel() {
2 26 Feb 07 jari 126     Font font11 = new Font( "Arial", Font.PLAIN, 11 );
2 26 Feb 07 jari 127     Font font = new Font( "Arial", Font.PLAIN, 12 );
2 26 Feb 07 jari 128     
2 26 Feb 07 jari 129     this.ratioButton = new JRadioButton( "2 Color Data" );
2 26 Feb 07 jari 130     this.affyButton = new JRadioButton( "Intensity Data" );
2 26 Feb 07 jari 131     this.ratioButton.setSelected( true );
2 26 Feb 07 jari 132     this.ratioButton.addActionListener( this.al );
2 26 Feb 07 jari 133     this.affyButton.addActionListener( this.al );
2 26 Feb 07 jari 134     
2 26 Feb 07 jari 135     ButtonGroup dataTypeGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 136     dataTypeGroup.add( this.ratioButton );
2 26 Feb 07 jari 137     dataTypeGroup.add( this.affyButton );
2 26 Feb 07 jari 138     
2 26 Feb 07 jari 139     JPanel returnPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 140     returnPanel.setLayout( new BoxLayout( returnPanel, BoxLayout.X_AXIS ) );
2 26 Feb 07 jari 141     returnPanel.add( Box.createRigidArea( new Dimension( 75, 50 ) ) );
2 26 Feb 07 jari 142     returnPanel.add( this.ratioButton );
2 26 Feb 07 jari 143     returnPanel.add( Box.createRigidArea( new Dimension( 75, 50 ) ) );
2 26 Feb 07 jari 144     returnPanel.add( this.affyButton );
2 26 Feb 07 jari 145     returnPanel.add( Box.createRigidArea( new Dimension( 75, 50 ) ) );
2 26 Feb 07 jari 146     returnPanel.setBorder( BorderFactory.createTitledBorder( "Data Type" ) );
2 26 Feb 07 jari 147     
2 26 Feb 07 jari 148     return returnPanel;
2 26 Feb 07 jari 149   }//createDataTypePanel()
2 26 Feb 07 jari 150   
2 26 Feb 07 jari 151   
2 26 Feb 07 jari 152   /**
2 26 Feb 07 jari 153    * This is the main content window of the dialog box
2 26 Feb 07 jari 154    * @return
2 26 Feb 07 jari 155    */
2 26 Feb 07 jari 156   private JPanel createParamPanel() {
2 26 Feb 07 jari 157     Font font11 = new Font( "Arial", Font.PLAIN, 11 );
2 26 Feb 07 jari 158     Font font = new Font( "Arial", Font.PLAIN, 12 );
2 26 Feb 07 jari 159     Dimension dSpinner = new Dimension( 70, 25 );
2 26 Feb 07 jari 160     Dimension dArea = new Dimension( 140, 80 );
2 26 Feb 07 jari 161     Dimension dCombo = new Dimension( 170, 25 );
2 26 Feb 07 jari 162     Dimension dSpace = new Dimension( 100, 5 );
2 26 Feb 07 jari 163     Dimension dButton = new Dimension( 60, 20 );
2 26 Feb 07 jari 164     Dimension dAddConn = new Dimension( 120, 20 );
2 26 Feb 07 jari 165     
2 26 Feb 07 jari 166     //create a JCheckBox allowing user to activate Adv Params
2 26 Feb 07 jari 167     this.advCheckBox = new JCheckBox( "Advanced Parameters" );
2 26 Feb 07 jari 168     this.advCheckBox.setFont( font11 );
2 26 Feb 07 jari 169     //AdvListener al = new AdvListener();
2 26 Feb 07 jari 170     this.advCheckBox.addActionListener( this.al );
2 26 Feb 07 jari 171     JPanel checkPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 172     checkPanel.add( this.advCheckBox );
2 26 Feb 07 jari 173     
2 26 Feb 07 jari 174     //create adv params
2 26 Feb 07 jari 175     SpinnerNumberModel burnInModel = new SpinnerNumberModel( 1000, 1, 100000, 1 );
2 26 Feb 07 jari 176     SpinnerNumberModel numIterModel = new SpinnerNumberModel( 21000, 1, 100000, 1 );
2 26 Feb 07 jari 177     this.burnInSpinner = new JSpinner( burnInModel );
2 26 Feb 07 jari 178     this.numIterSpinner = new JSpinner( numIterModel );
2 26 Feb 07 jari 179     this.burnInSpinner.setPreferredSize( dSpinner );
2 26 Feb 07 jari 180     this.numIterSpinner.setPreferredSize( dSpinner );
2 26 Feb 07 jari 181     this.burnInSpinner.setMaximumSize( dSpinner );
2 26 Feb 07 jari 182     this.numIterSpinner.setMaximumSize( dSpinner );
2 26 Feb 07 jari 183     this.burnInLabel = new JLabel( "Burn In Period" );  //min.Iter
2 26 Feb 07 jari 184     this.numIterLabel = new JLabel( "# Iterations" );  //B
2 26 Feb 07 jari 185     this.burnInLabel.setFont( font11 );
2 26 Feb 07 jari 186     this.numIterLabel.setFont( font11 );
2 26 Feb 07 jari 187     
2 26 Feb 07 jari 188     SpinnerNumberModel threshModel = new SpinnerNumberModel( .5d, 0, 1000, .1d );
2 26 Feb 07 jari 189     this.thresholdSpinner = new JSpinner( threshModel );
2 26 Feb 07 jari 190     this.thresholdSpinner.setPreferredSize( dSpinner );
2 26 Feb 07 jari 191     this.thresholdSpinner.setMaximumSize( dSpinner );
2 26 Feb 07 jari 192     this.thresholdSpinner.setMinimumSize( dSpinner );
2 26 Feb 07 jari 193     this.thresholdLabel = new JLabel( "Post.P Threshold" );
2 26 Feb 07 jari 194     this.thresholdLabel.setFont( font11);
2 26 Feb 07 jari 195     
2 26 Feb 07 jari 196     //create connection pull down
2 26 Feb 07 jari 197     String[] connStrings = this.getConnString( TMEV.getRPath() );
2 26 Feb 07 jari 198     //String[] connStrings = { "a", "b", "c" };
2 26 Feb 07 jari 199     this.connCombo = new JComboBox( connStrings );
2 26 Feb 07 jari 200     this.connCombo.setPreferredSize( dCombo );
2 26 Feb 07 jari 201     
2 26 Feb 07 jari 202     this.newConn = new JTextField( BridgeInitDialog.DEFAULT_ADD_TEXT );
2 26 Feb 07 jari 203     this.newConn.setPreferredSize( dAddConn );
2 26 Feb 07 jari 204     this.newConn.setFont( font11 );
2 26 Feb 07 jari 205     this.addConnButton = new JButton( "Add" );
2 26 Feb 07 jari 206     this.addConnButton.addActionListener( al );
2 26 Feb 07 jari 207     this.addConnButton.setPreferredSize( dButton );
2 26 Feb 07 jari 208     this.addConnButton.setFont( font11 );
2 26 Feb 07 jari 209     JPanel addPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 210     addPanel.add( this.newConn );
2 26 Feb 07 jari 211     addPanel.add( this.addConnButton );
2 26 Feb 07 jari 212     
2 26 Feb 07 jari 213     //add to its own panel
2 26 Feb 07 jari 214     JPanel comboPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 215     BoxLayout box = new BoxLayout( comboPanel, BoxLayout.Y_AXIS ) ;
2 26 Feb 07 jari 216     comboPanel.setLayout( box );
2 26 Feb 07 jari 217     comboPanel.add( Box.createRigidArea( dSpace ) );
2 26 Feb 07 jari 218     comboPanel.add( addPanel );
2 26 Feb 07 jari 219     comboPanel.add( Box.createRigidArea( dSpace ) );
2 26 Feb 07 jari 220     comboPanel.add( this.connCombo );
2 26 Feb 07 jari 221     Border greyLine = BorderFactory.createLineBorder( Color.LIGHT_GRAY, 1 );
2 26 Feb 07 jari 222     TitledBorder border = BorderFactory.createTitledBorder( greyLine, 
2 26 Feb 07 jari 223         "Rserve Connection", TitledBorder.TOP, TitledBorder.CENTER, font11 );
2 26 Feb 07 jari 224     //
2 26 Feb 07 jari 225     comboPanel.setBorder( border );
2 26 Feb 07 jari 226     
2 26 Feb 07 jari 227     //disable as default
2 26 Feb 07 jari 228     this.burnInSpinner.setEnabled( false );
2 26 Feb 07 jari 229     this.numIterSpinner.setEnabled( false );
2 26 Feb 07 jari 230     this.thresholdSpinner.setEnabled( false );
2 26 Feb 07 jari 231     this.burnInLabel.setForeground( Color.GRAY );
2 26 Feb 07 jari 232     this.numIterLabel.setForeground( Color.GRAY );
2 26 Feb 07 jari 233     this.thresholdLabel.setForeground( Color.GRAY );
2 26 Feb 07 jari 234     
2 26 Feb 07 jari 235     JPanel paramPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 236     SpringLayout sl = new SpringLayout();
2 26 Feb 07 jari 237     paramPanel.setLayout( sl );
2 26 Feb 07 jari 238     paramPanel.add( this.burnInLabel );
2 26 Feb 07 jari 239     paramPanel.add( this.burnInSpinner );
2 26 Feb 07 jari 240     paramPanel.add( this.numIterLabel );
2 26 Feb 07 jari 241     paramPanel.add( this.numIterSpinner );
2 26 Feb 07 jari 242     paramPanel.add( this.thresholdLabel );
2 26 Feb 07 jari 243     paramPanel.add( this.thresholdSpinner );
2 26 Feb 07 jari 244     SpringUtilities.makeCompactGrid( paramPanel, 3, 2, 5, 5, 5, 5 );
2 26 Feb 07 jari 245     
2 26 Feb 07 jari 246     JPanel leftPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 247     leftPanel.setLayout( new BorderLayout() );
2 26 Feb 07 jari 248     leftPanel.add( checkPanel, BorderLayout.NORTH );
2 26 Feb 07 jari 249     leftPanel.add( paramPanel, BorderLayout.CENTER );
2 26 Feb 07 jari 250     leftPanel.setBorder( BorderFactory.createLineBorder( Color.LIGHT_GRAY, 1 ) );
2 26 Feb 07 jari 251     
2 26 Feb 07 jari 252     JPanel labelPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 253     Color color = labelPanel.getBackground();
2 26 Feb 07 jari 254     JTextArea area = new JTextArea();
2 26 Feb 07 jari 255     area.setBackground( color );
2 26 Feb 07 jari 256     area.setForeground( Color.BLUE );
2 26 Feb 07 jari 257     area.setEditable( false );
2 26 Feb 07 jari 258     area.setPreferredSize( dArea );
2 26 Feb 07 jari 259     area.setFont( font );
2 26 Feb 07 jari 260     area.setText( "Now would be a good\ntime to start Rserve\n\nClick the info button\nfor help (lower left)" );
2 26 Feb 07 jari 261     labelPanel.add( area );
2 26 Feb 07 jari 262     
2 26 Feb 07 jari 263     JPanel returnPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 264     returnPanel.add( leftPanel );
2 26 Feb 07 jari 265     returnPanel.add( labelPanel );
2 26 Feb 07 jari 266     returnPanel.add( comboPanel );
2 26 Feb 07 jari 267     
2 26 Feb 07 jari 268     return returnPanel;
2 26 Feb 07 jari 269   }//createParamPanel()
2 26 Feb 07 jari 270   
2 26 Feb 07 jari 271   
2 26 Feb 07 jari 272   //need to list the hybs and let user label exp vs control
2 26 Feb 07 jari 273   private JPanel createHybPanel( String[] hybNames, int dataTypeP ) {
2 26 Feb 07 jari 274     //JPanel for listing the hybs and the radio buttons and check boxes
2 26 Feb 07 jari 275     JPanel listPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 276     BoxLayout hybBox = new BoxLayout( listPanel, BoxLayout.Y_AXIS );
2 26 Feb 07 jari 277     listPanel.setLayout( hybBox );
2 26 Feb 07 jari 278     
2 26 Feb 07 jari 279     Dimension dLabel = new Dimension( 330, 15 );
2 26 Feb 07 jari 280     Dimension dCheck = new Dimension( 50, 15 );
2 26 Feb 07 jari 281     Dimension dRow = new Dimension( 450, 25 );
2 26 Feb 07 jari 282     Font font = new Font( "Arial", Font.PLAIN, 11 );
2 26 Feb 07 jari 283     
2 26 Feb 07 jari 284     //JLabel spacer
2 26 Feb 07 jari 285     JLabel spacer = new JLabel( "" );
2 26 Feb 07 jari 286     spacer.setMinimumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 287     spacer.setMaximumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 288     spacer.setPreferredSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 289     
2 26 Feb 07 jari 290     //Column headers
2 26 Feb 07 jari 291     
2 26 Feb 07 jari 292     if( dataTypeP == IData.DATA_TYPE_AFFY_ABS ) {
2 26 Feb 07 jari 293       this.hybColLabel = new JLabel( "For each chip, denote whether it is Treated or Control" );
2 26 Feb 07 jari 294       this.cy3Label = new JLabel( "Treated" );
2 26 Feb 07 jari 295       this.cy5Label = new JLabel( "Control" );
2 26 Feb 07 jari 296       this.yNum = "IntB";
2 26 Feb 07 jari 297       this.yDen = "IntA";
2 26 Feb 07 jari 298     } else {
2 26 Feb 07 jari 299       this.hybColLabel = new JLabel( "For each slide, mark the Control Sample's dye color" );
2 26 Feb 07 jari 300       this.cy3Label = new JLabel( "Cy3" );
2 26 Feb 07 jari 301       this.cy5Label = new JLabel( "Cy5" );
2 26 Feb 07 jari 302       this.yNum = "Cy5";
2 26 Feb 07 jari 303       this.yDen = "Cy3";
2 26 Feb 07 jari 304     }
2 26 Feb 07 jari 305     this.hybColLabel.setFont( font );
2 26 Feb 07 jari 306     this.hybColLabel.setForeground( Color.DARK_GRAY );
2 26 Feb 07 jari 307     this.hybColLabel.setMinimumSize( dLabel );
2 26 Feb 07 jari 308     this.hybColLabel.setMaximumSize( dLabel );
2 26 Feb 07 jari 309     this.hybColLabel.setPreferredSize( dLabel );
2 26 Feb 07 jari 310     this.cy3Label.setFont( font );
2 26 Feb 07 jari 311     this.cy3Label.setForeground( Color.DARK_GRAY );
2 26 Feb 07 jari 312     this.cy3Label.setMinimumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 313     this.cy3Label.setMaximumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 314     this.cy3Label.setPreferredSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 315     this.cy5Label.setFont( font );
2 26 Feb 07 jari 316     this.cy5Label.setForeground( Color.DARK_GRAY );
2 26 Feb 07 jari 317     this.cy5Label.setMinimumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 318     this.cy5Label.setMaximumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 319     this.cy5Label.setPreferredSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 320     
2 26 Feb 07 jari 321     JPanel titlePanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 322     titlePanel.add( hybColLabel );
2 26 Feb 07 jari 323     titlePanel.add( cy3Label );
2 26 Feb 07 jari 324     titlePanel.add( cy5Label );
2 26 Feb 07 jari 325     listPanel.add( titlePanel );
2 26 Feb 07 jari 326     
2 26 Feb 07 jari 327     int iHyb = hybNames.length;
2 26 Feb 07 jari 328     int iHalf = iHyb / 2;
2 26 Feb 07 jari 329     
2 26 Feb 07 jari 330     for( int h = 0; h < iHyb; h ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 331       //JLabel spacer
2 26 Feb 07 jari 332       JLabel spaceLabel = new JLabel( "" );
2 26 Feb 07 jari 333       spaceLabel.setMinimumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 334       spaceLabel.setMaximumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 335       spaceLabel.setPreferredSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 336       
2 26 Feb 07 jari 337       //display the hyb name and radio buttons so user can label them
2 26 Feb 07 jari 338       JLabel hybLabel = new JLabel( hybNames[ h ] );
2 26 Feb 07 jari 339       hybLabel.setMinimumSize( dLabel );
2 26 Feb 07 jari 340       hybLabel.setMaximumSize( dLabel );
2 26 Feb 07 jari 341       hybLabel.setPreferredSize( dLabel );
2 26 Feb 07 jari 342       
2 26 Feb 07 jari 343       JRadioButton cy3Button = new JRadioButton();
2 26 Feb 07 jari 344       JRadioButton cy5Button = new JRadioButton();
2 26 Feb 07 jari 345       cy3Button.setMinimumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 346       cy3Button.setMaximumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 347       cy3Button.setPreferredSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 348       cy5Button.setMinimumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 349       cy5Button.setMaximumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 350       cy5Button.setPreferredSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 351       
2 26 Feb 07 jari 352       //add them to a group so they are mutually exclusive
2 26 Feb 07 jari 353       ButtonGroup sampleGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 354       sampleGroup.add( cy3Button );
2 26 Feb 07 jari 355       sampleGroup.add( cy5Button );
2 26 Feb 07 jari 356       //
2 26 Feb 07 jari 357       //by default, split the hybs in half for ease
2 26 Feb 07 jari 358       if( h < iHalf ) {
2 26 Feb 07 jari 359         cy3Button.setSelected( false );
2 26 Feb 07 jari 360         cy5Button.setSelected( true );
2 26 Feb 07 jari 361       } else {
2 26 Feb 07 jari 362         cy3Button.setSelected( true );
2 26 Feb 07 jari 363         cy5Button.setSelected( false );
2 26 Feb 07 jari 364       }
2 26 Feb 07 jari 365       
2 26 Feb 07 jari 366       JPanel rowPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 367       rowPanel.add( hybLabel );
2 26 Feb 07 jari 368       rowPanel.add( cy3Button );
2 26 Feb 07 jari 369       rowPanel.add( cy5Button );
2 26 Feb 07 jari 370       rowPanel.setMaximumSize( dRow );
2 26 Feb 07 jari 371       rowPanel.setMinimumSize( dRow );
2 26 Feb 07 jari 372       rowPanel.setPreferredSize( dRow );
2 26 Feb 07 jari 373       
2 26 Feb 07 jari 374       //color every other row
2 26 Feb 07 jari 375       if( h % 2 == 0 ) {
2 26 Feb 07 jari 376         rowPanel.setBackground( Color.LIGHT_GRAY );
2 26 Feb 07 jari 377         cy3Button.setBackground( Color.LIGHT_GRAY );
2 26 Feb 07 jari 378         cy5Button.setBackground( Color.LIGHT_GRAY );
2 26 Feb 07 jari 379       }
2 26 Feb 07 jari 380       
2 26 Feb 07 jari 381       RHyb hyb;
2 26 Feb 07 jari 382       
2 26 Feb 07 jari 383       if( dataTypeP == IData.DATA_TYPE_AFFY_ABS ) {
2 26 Feb 07 jari 384         hyb = new RHyb( h, hybNames[ h ], cy3Button, 
2 26 Feb 07 jari 385             IData.DATA_TYPE_AFFY_ABS );
2 26 Feb 07 jari 386       } else {
2 26 Feb 07 jari 387         hyb = new RHyb( h, hybNames[ h ], cy3Button, 
2 26 Feb 07 jari 388             IData.DATA_TYPE_TWO_INTENSITY );
2 26 Feb 07 jari 389       }
2 26 Feb 07 jari 390       this.rHybs[ h ] = hyb;
2 26 Feb 07 jari 391       this.vRHyb.add( hyb );
2 26 Feb 07 jari 392       listPanel.add( rowPanel );
2 26 Feb 07 jari 393     }
2 26 Feb 07 jari 394
2 26 Feb 07 jari 395     listPanel.add( Box.createVerticalGlue() );
2 26 Feb 07 jari 396     listPanel.setBorder( BorderFactory.createLineBorder( Color.LIGHT_GRAY, 1 ) );
2 26 Feb 07 jari 397     return listPanel;
2 26 Feb 07 jari 398   }
2 26 Feb 07 jari 399   
2 26 Feb 07 jari 400   /**
2 26 Feb 07 jari 401    * Shows the dialog.
2 26 Feb 07 jari 402    */
2 26 Feb 07 jari 403   public int showModal() {
2 26 Feb 07 jari 404     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
2 26 Feb 07 jari 405     setLocation((screenSize.width - getSize().width)/2, (screenSize.height - getSize().height)/2);
2 26 Feb 07 jari 406     show();
2 26 Feb 07 jari 407     return result;
2 26 Feb 07 jari 408   }//end showModal()
2 26 Feb 07 jari 409   
2 26 Feb 07 jari 410   
2 26 Feb 07 jari 411   /**
2 26 Feb 07 jari 412    * 
2 26 Feb 07 jari 413    * @param message
2 26 Feb 07 jari 414    */
2 26 Feb 07 jari 415   public void error( String message ) {
2 26 Feb 07 jari 416     JOptionPane.showMessageDialog( this, message, "Input Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
2 26 Feb 07 jari 417   }//end error()
2 26 Feb 07 jari 418   
2 26 Feb 07 jari 419   
2 26 Feb 07 jari 420   /**
2 26 Feb 07 jari 421    * 
2 26 Feb 07 jari 422    * @author iVu
2 26 Feb 07 jari 423    */
2 26 Feb 07 jari 424   private class AdvListener implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 425     public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 426       Object source = e.getSource();
2 26 Feb 07 jari 427       
2 26 Feb 07 jari 428       if( source == advCheckBox ) {
2 26 Feb 07 jari 429         onAdvancedClicked();
2 26 Feb 07 jari 430       }
2 26 Feb 07 jari 431       if( source == addConnButton ) {
2 26 Feb 07 jari 432         String s = ( String ) newConn.getText().trim();
2 26 Feb 07 jari 433         if( s.equals( BridgeInitDialog.DEFAULT_ADD_TEXT ) ) {
2 26 Feb 07 jari 434           //do nothing
2 26 Feb 07 jari 435         } else if( s.equals( "" ) ) {
2 26 Feb 07 jari 436           //do nothing
2 26 Feb 07 jari 437         } else {
2 26 Feb 07 jari 438           int itemKount = connCombo.getItemCount();
2 26 Feb 07 jari 439           boolean alreadyThere = false;
2 26 Feb 07 jari 440           for( int i = 0; i < itemKount; i ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 441             String item = ( String ) connCombo.getItemAt( i );
2 26 Feb 07 jari 442             if( s.equals( item ) ) {
2 26 Feb 07 jari 443               alreadyThere = true;
2 26 Feb 07 jari 444               break;
2 26 Feb 07 jari 445             }
2 26 Feb 07 jari 446           }
2 26 Feb 07 jari 447           if( ! alreadyThere ) {
2 26 Feb 07 jari 448             connAdded = true;
2 26 Feb 07 jari 449             connCombo.insertItemAt( s, 0 );
2 26 Feb 07 jari 450             connCombo.setSelectedIndex( 0 );
2 26 Feb 07 jari 451           }
2 26 Feb 07 jari 452         }
2 26 Feb 07 jari 453       }
2 26 Feb 07 jari 454       if( source == ratioButton ) {
2 26 Feb 07 jari 455         onDataTypeSelected();
2 26 Feb 07 jari 456       }
2 26 Feb 07 jari 457       if( source == affyButton ) {
2 26 Feb 07 jari 458         onDataTypeSelected();
2 26 Feb 07 jari 459       }
2 26 Feb 07 jari 460     }//end actionPerformed()
2 26 Feb 07 jari 461   }//end class
2 26 Feb 07 jari 462   
2 26 Feb 07 jari 463   
2 26 Feb 07 jari 464   private void onDataTypeSelected() {
2 26 Feb 07 jari 465     //user selected either ratio or intensity data, refresh display
2 26 Feb 07 jari 466     if( this.affyButton.isSelected() ) {
2 26 Feb 07 jari 467       //affy data
2 26 Feb 07 jari 468       hybColLabel.setText( "For each chip, denote whether it is Treated or Control" );
2 26 Feb 07 jari 469       cy3Label.setText( "Treated" );
2 26 Feb 07 jari 470       cy5Label.setText( "Control" );
2 26 Feb 07 jari 471       this.repaint();
2 26 Feb 07 jari 472       
2 26 Feb 07 jari 473       //set the y axis labels accordingly
2 26 Feb 07 jari 474       this.yNum = "IntB";
2 26 Feb 07 jari 475       this.yDen = "IntA";
2 26 Feb 07 jari 476     } else {
2 26 Feb 07 jari 477       //ratio data
2 26 Feb 07 jari 478       hybColLabel.setText( "For each slide, mark the Control Sample's dye color" );
2 26 Feb 07 jari 479       cy3Label.setText( "Cy3" );
2 26 Feb 07 jari 480       cy5Label.setText( "Cy5" );
2 26 Feb 07 jari 481       this.repaint();
2 26 Feb 07 jari 482       
2 26 Feb 07 jari 483       this.yNum = "Cy5";
2 26 Feb 07 jari 484       this.yDen = "Cy3";
2 26 Feb 07 jari 485     }
2 26 Feb 07 jari 486     /*
2 26 Feb 07 jari 487     if( dataTypeP == IData.DATA_TYPE_AFFY_ABS ) {
2 26 Feb 07 jari 488       this.hybColLabel = new JLabel( "For each chip, denote whether it is Treated or Control" );
2 26 Feb 07 jari 489       this.cy3Label = new JLabel( "Treated" );
2 26 Feb 07 jari 490       this.cy5Label = new JLabel( "Control" );
2 26 Feb 07 jari 491     } else {
2 26 Feb 07 jari 492       this.hybColLabel = new JLabel( "For each slide, mark Control Sample's dye color" );
2 26 Feb 07 jari 493       this.cy3Label = new JLabel( "Cy3" );
2 26 Feb 07 jari 494       this.cy5Label = new JLabel( "Cy5" );
2 26 Feb 07 jari 495     }*/
2 26 Feb 07 jari 496   }//onDataTypeSelected()
2 26 Feb 07 jari 497   
2 26 Feb 07 jari 498   
2 26 Feb 07 jari 499   /**
2 26 Feb 07 jari 500    * Enable or Disable the advanced parameters
2 26 Feb 07 jari 501    *
2 26 Feb 07 jari 502    */
2 26 Feb 07 jari 503   private void onAdvancedClicked() {
2 26 Feb 07 jari 504     if( this.advCheckBox.isSelected() ) {
2 26 Feb 07 jari 505       this.burnInSpinner.setEnabled( true );
2 26 Feb 07 jari 506       this.numIterSpinner.setEnabled( true );
2 26 Feb 07 jari 507       this.thresholdSpinner.setEnabled( true );
2 26 Feb 07 jari 508       this.burnInLabel.setForeground( Color.BLACK );
2 26 Feb 07 jari 509       this.numIterLabel.setForeground( Color.BLACK );
2 26 Feb 07 jari 510       this.thresholdLabel.setForeground( Color.BLACK );
2 26 Feb 07 jari 511     } else {
2 26 Feb 07 jari 512       this.burnInSpinner.setEnabled( false );
2 26 Feb 07 jari 513       this.numIterSpinner.setEnabled( false );
2 26 Feb 07 jari 514       this.thresholdSpinner.setEnabled( false );
2 26 Feb 07 jari 515       this.burnInLabel.setForeground( Color.LIGHT_GRAY );
2 26 Feb 07 jari 516       this.numIterLabel.setForeground( Color.LIGHT_GRAY );
2 26 Feb 07 jari 517       this.thresholdLabel.setForeground( Color.LIGHT_GRAY );
2 26 Feb 07 jari 518     }
2 26 Feb 07 jari 519   }//onAdvancedClicked()
2 26 Feb 07 jari 520   
2 26 Feb 07 jari 521   
2 26 Feb 07 jari 522   /**
2 26 Feb 07 jari 523    * Splits semicolon separated strings into String[]
2 26 Feb 07 jari 524    * @param rPath
2 26 Feb 07 jari 525    * @return
2 26 Feb 07 jari 526    */
2 26 Feb 07 jari 527   private String[] getConnString( String rPath ) {
2 26 Feb 07 jari 528     String[] toReturn;
2 26 Feb 07 jari 529     
2 26 Feb 07 jari 530     StringTokenizer st = new StringTokenizer( rPath, ";" );
2 26 Feb 07 jari 531     int tokenKount = st.countTokens();
2 26 Feb 07 jari 532     toReturn = new String[ tokenKount ];
2 26 Feb 07 jari 533     for( int i = 0; i < tokenKount; i ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 534       String token = st.nextToken();
2 26 Feb 07 jari 535       toReturn[ i ] = token;
2 26 Feb 07 jari 536     }
2 26 Feb 07 jari 537     
2 26 Feb 07 jari 538     return toReturn;
2 26 Feb 07 jari 539   }//getConnString
2 26 Feb 07 jari 540   
2 26 Feb 07 jari 541     
2 26 Feb 07 jari 542   /**
2 26 Feb 07 jari 543    * The class to listen to the dialog and check boxes items events.
2 26 Feb 07 jari 544    */
2 26 Feb 07 jari 545   private class Listener extends DialogListener implements ItemListener {
2 26 Feb 07 jari 546         
2 26 Feb 07 jari 547     public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 548       String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 549       if (command.equals("ok-command")) {
2 26 Feb 07 jari 550         //if( verifyHybs() ) {
2 26 Feb 07 jari 551           result = JOptionPane.OK_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 552           dispose();
2 26 Feb 07 jari 553         //}
2 26 Feb 07 jari 554       } else if (command.equals("cancel-command")) {
2 26 Feb 07 jari 555         result = JOptionPane.CANCEL_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 556         dispose();
2 26 Feb 07 jari 557       } else if (command.equals("reset-command")) {
2 26 Feb 07 jari 558         //resetControls();
2 26 Feb 07 jari 559         result = JOptionPane.CANCEL_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 560         return;
2 26 Feb 07 jari 561       } else if (command.equals("info-command")) {
2 26 Feb 07 jari 562         HelpWindow hw = new HelpWindow(BridgeInitDialog.this, "Bridge Initialization Dialog");
2 26 Feb 07 jari 563         result = JOptionPane.CANCEL_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 564         if(hw.getWindowContent()){
2 26 Feb 07 jari 565           hw.setSize(450,600);
2 26 Feb 07 jari 566           hw.setLocation();
2 26 Feb 07 jari 567           hw.show();
2 26 Feb 07 jari 568           return;
2 26 Feb 07 jari 569         } else {
2 26 Feb 07 jari 570           hw.setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 571           hw.dispose();
2 26 Feb 07 jari 572           return;
2 26 Feb 07 jari 573         }
2 26 Feb 07 jari 574       }
2 26 Feb 07 jari 575     }//end actionPerformed()
2 26 Feb 07 jari 576         
2 26 Feb 07 jari 577     public void itemStateChanged(ItemEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 578       //okButton.setEnabled(genes_box.isSelected() || cluster_box.isSelected());
2 26 Feb 07 jari 579     }
2 26 Feb 07 jari 580         
2 26 Feb 07 jari 581     public void windowClosing(WindowEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 582       result = JOptionPane.CLOSED_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 583       dispose();
2 26 Feb 07 jari 584     }
2 26 Feb 07 jari 585   }//end internal Listener class
2 26 Feb 07 jari 586   
2 26 Feb 07 jari 587   
2 26 Feb 07 jari 588   public int getBurnIn() {
2 26 Feb 07 jari 589     SpinnerNumberModel model = ( SpinnerNumberModel ) this.burnInSpinner.getModel();
2 26 Feb 07 jari 590     return model.getNumber().intValue();
2 26 Feb 07 jari 591   }
2 26 Feb 07 jari 592   public int getNumIter() {
2 26 Feb 07 jari 593     SpinnerNumberModel model = ( SpinnerNumberModel ) this.numIterSpinner.getModel();
2 26 Feb 07 jari 594     return model.getNumber().intValue();
2 26 Feb 07 jari 595   }
2 26 Feb 07 jari 596   public double getThreshold() {
2 26 Feb 07 jari 597     SpinnerNumberModel model = ( SpinnerNumberModel ) this.thresholdSpinner.getModel();
2 26 Feb 07 jari 598     return model.getNumber().doubleValue();
2 26 Feb 07 jari 599   }
2 26 Feb 07 jari 600   public RHybSet getBridgeHybSet() {
2 26 Feb 07 jari 601     return new RHybSet( this.vRHyb );
2 26 Feb 07 jari 602   }
2 26 Feb 07 jari 603   public String getSelectedConnString() {
2 26 Feb 07 jari 604     return ( String ) this.connCombo.getSelectedItem();
2 26 Feb 07 jari 605   }
2 26 Feb 07 jari 606   public String getRPathToWrite() {
2 26 Feb 07 jari 607     StringBuffer sb = new StringBuffer();
2 26 Feb 07 jari 608     for( int i = 0; i < this.connCombo.getItemCount(); i ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 609       String s = ( String ) this.connCombo.getItemAt( i );
2 26 Feb 07 jari 610       if( i > 0 ) {
2 26 Feb 07 jari 611         sb.append( ";" );
2 26 Feb 07 jari 612       }
2 26 Feb 07 jari 613       sb.append( s );
2 26 Feb 07 jari 614     }
2 26 Feb 07 jari 615     return sb.toString();
2 26 Feb 07 jari 616   }
2 26 Feb 07 jari 617   public boolean connAdded() {
2 26 Feb 07 jari 618     return this.connAdded;
2 26 Feb 07 jari 619   }
2 26 Feb 07 jari 620   public String getYNum() {
2 26 Feb 07 jari 621     return this.yNum;
2 26 Feb 07 jari 622   }
2 26 Feb 07 jari 623   public String getYDen() {
2 26 Feb 07 jari 624     return this.yDen;
2 26 Feb 07 jari 625   }
2 26 Feb 07 jari 626   
2 26 Feb 07 jari 627   
2 26 Feb 07 jari 628   //  test harness
2 26 Feb 07 jari 629   public static void main(String [] args) {
2 26 Feb 07 jari 630     System.out.println( "RamaInitDialog invoked by main" );
2 26 Feb 07 jari 631     
2 26 Feb 07 jari 632     String[] names = new String[ 8 ];
2 26 Feb 07 jari 633     names[ 0 ] = "one";
2 26 Feb 07 jari 634     names[ 1 ] = "two";
2 26 Feb 07 jari 635     names[ 2 ] = "three";
2 26 Feb 07 jari 636     names[ 3 ] = "four";
2 26 Feb 07 jari 637     names[ 4 ] = "five";
2 26 Feb 07 jari 638     names[ 5 ] = "six";
2 26 Feb 07 jari 639     names[ 6 ] = "seven";
2 26 Feb 07 jari 640     names[ 7 ] = "eight";
2 26 Feb 07 jari 641     
2 26 Feb 07 jari 642     //BridgeInitDialog uid = new BridgeInitDialog( new Frame(), names, IData.DATA_TYPE_AFFY_ABS );
2 26 Feb 07 jari 643     BridgeInitDialog uid = new BridgeInitDialog( new Frame(), names, IData.DATA_TYPE_TWO_INTENSITY );
2 26 Feb 07 jari 644     uid.showModal();
2 26 Feb 07 jari 645   }//end main
2 26 Feb 07 jari 646   
2 26 Feb 07 jari 647   
2 26 Feb 07 jari 648   //
2 26 Feb 07 jari 649 }//end class

Generated on Thu Jul 20 09:26:08 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)