mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/cast/CASTGUI.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: CASTGUI.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.8 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2005/03/10 20:30:31 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: braistedj $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.cast;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.WindowEvent;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.util.Arrays;
2 26 Feb 07 jari 18
2 26 Feb 07 jari 19 import javax.swing.JFrame;
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
2 26 Feb 07 jari 22
2 26 Feb 07 jari 23 import org.tigr.microarray.mev.cluster.Cluster;
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.microarray.mev.cluster.Node;
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.NodeList;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.NodeValueList;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.Algorithm;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmData;
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmEvent;
2 26 Feb 07 jari 30 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmException;
2 26 Feb 07 jari 31 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmListener;
2 26 Feb 07 jari 32 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmParameters;
2 26 Feb 07 jari 33 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 34 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IClusterGUI;
2 26 Feb 07 jari 35 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 36 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDistanceMenu;
2 26 Feb 07 jari 37 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 38 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer;
2 26 Feb 07 jari 39 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.LeafInfo;
2 26 Feb 07 jari 40 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidUserObject;
2 26 Feb 07 jari 41 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ClusterTableViewer;
2 26 Feb 07 jari 42 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterTableViewer;
2 26 Feb 07 jari 43 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.DialogListener;
2 26 Feb 07 jari 44 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLGUI;
2 26 Feb 07 jari 45 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLInitDialog;
2 26 Feb 07 jari 46 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLTreeData;
2 26 Feb 07 jari 47 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLViewer;
2 26 Feb 07 jari 48 import org.tigr.microarray.mev.script.scriptGUI.IScriptGUI;
2 26 Feb 07 jari 49 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 50
2 26 Feb 07 jari 51
2 26 Feb 07 jari 52 public class CASTGUI implements IClusterGUI, IScriptGUI {
2 26 Feb 07 jari 53     
2 26 Feb 07 jari 54     private Algorithm algorithm;
2 26 Feb 07 jari 55     
2 26 Feb 07 jari 56     private Experiment experiment;
2 26 Feb 07 jari 57     private IData data;
2 26 Feb 07 jari 58     private int[][] clusters;
2 26 Feb 07 jari 59     private FloatMatrix means;
2 26 Feb 07 jari 60     private FloatMatrix variances;
2 26 Feb 07 jari 61     private boolean clusterGenes;
2 26 Feb 07 jari 62     private int k;
2 26 Feb 07 jari 63     
2 26 Feb 07 jari 64     /**
2 26 Feb 07 jari 65      * Default constructor.
2 26 Feb 07 jari 66      */
2 26 Feb 07 jari 67     public CASTGUI() {
2 26 Feb 07 jari 68     }
2 26 Feb 07 jari 69     
2 26 Feb 07 jari 70     /**
2 26 Feb 07 jari 71      * Initialize the algorithm's parameters and execute it.
2 26 Feb 07 jari 72      */
2 26 Feb 07 jari 73     public DefaultMutableTreeNode execute(IFramework framework) throws AlgorithmException {
2 26 Feb 07 jari 74         this.data = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 75         // the default values
2 26 Feb 07 jari 76         float threshold = 0.5f;
2 26 Feb 07 jari 77         boolean modal = true; //I SET MODAL TO TRUE TO CALL THE HJC DIALOG BOX, HOPE THIS IS OK
2 26 Feb 07 jari 78
2 26 Feb 07 jari 79         IDistanceMenu menu = framework.getDistanceMenu();
2 26 Feb 07 jari 80         
2 26 Feb 07 jari 81         int function = menu.getDistanceFunction();
2 26 Feb 07 jari 82         int usedFunction = Algorithm.EUCLIDEAN;
2 26 Feb 07 jari 83         
2 26 Feb 07 jari 84         if (function == Algorithm.DEFAULT) {
2 26 Feb 07 jari 85             function = Algorithm.EUCLIDEAN;
2 26 Feb 07 jari 86         }
2 26 Feb 07 jari 87             
2 26 Feb 07 jari 88         CASTInitDialog cast_dialog = new CASTInitDialog((JFrame) framework.getFrame(), modal, menu.getFunctionName(function), menu.isAbsoluteDistance());
2 26 Feb 07 jari 89         cast_dialog.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 90         
2 26 Feb 07 jari 91         if (! cast_dialog.isOkPressed()) return null;
2 26 Feb 07 jari 92         
2 26 Feb 07 jari 93         clusterGenes = cast_dialog.isClusterGenes();
2 26 Feb 07 jari 94         threshold = Float.parseFloat(cast_dialog.thresholdTextField.getText());
2 26 Feb 07 jari 95         boolean isHierarchicalTree = cast_dialog.isHCLSelected();
2 26 Feb 07 jari 96         // hcl init
2 26 Feb 07 jari 97         int hcl_method = 0;
2 26 Feb 07 jari 98         boolean hcl_samples = false;
2 26 Feb 07 jari 99         boolean hcl_genes = false;        
2 26 Feb 07 jari 100         int hcl_function = 4;
2 26 Feb 07 jari 101         boolean hcl_absolute = false;
2 26 Feb 07 jari 102         if (isHierarchicalTree) {
2 26 Feb 07 jari 103                                                                                                                                         
2 26 Feb 07 jari 104             HCLInitDialog hcl_dialog = new HCLInitDialog(framework.getFrame(), menu.getFunctionName(cast_dialog.getDistanceMetric()), cast_dialog.isAbsoluteDistance(), true);
2 26 Feb 07 jari 105             if (hcl_dialog.showModal() != JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 106                 return null;
2 26 Feb 07 jari 107             }
2 26 Feb 07 jari 108             hcl_method = hcl_dialog.getMethod();
2 26 Feb 07 jari 109             hcl_samples = hcl_dialog.isClusterExperiments();
2 26 Feb 07 jari 110             hcl_genes = hcl_dialog.isClusterGenes();
2 26 Feb 07 jari 111             hcl_function = hcl_dialog.getDistanceMetric();
2 26 Feb 07 jari 112             hcl_absolute = hcl_dialog.getAbsoluteSelection();
2 26 Feb 07 jari 113         }
2 26 Feb 07 jari 114         
2 26 Feb 07 jari 115         
2 26 Feb 07 jari 116         this.experiment = framework.getData().getExperiment();
2 26 Feb 07 jari 117         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 118         try {
2 26 Feb 07 jari 119             algorithm = framework.getAlgorithmFactory().getAlgorithm("CAST");
2 26 Feb 07 jari 120             algorithm.addAlgorithmListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 121             
2 26 Feb 07 jari 122             int genes = experiment.getNumberOfGenes();
2 26 Feb 07 jari 123             
2 26 Feb 07 jari 124             AlgorithmData data = new AlgorithmData();
2 26 Feb 07 jari 125             FloatMatrix matrix = experiment.getMatrix();
2 26 Feb 07 jari 126             
2 26 Feb 07 jari 127             if(!clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 128                 matrix = matrix.transpose();
2 26 Feb 07 jari 129             
2 26 Feb 07 jari 130             data.addMatrix("experiment", matrix);
2 26 Feb 07 jari 131             data.addParam("cast-cluster-genes", String.valueOf(clusterGenes));
2 26 Feb 07 jari 132             data.addParam("distance-factor", String.valueOf(1.0f));
2 26 Feb 07 jari 133             data.addParam("threshold", String.valueOf(threshold));
2 26 Feb 07 jari 134             
2 26 Feb 07 jari 135             function = cast_dialog.getDistanceMetric();
2 26 Feb 07 jari 136             data.addParam("distance-absolute", String.valueOf(cast_dialog.isAbsoluteDistance()));
2 26 Feb 07 jari 137             data.addParam("distance-function", String.valueOf(function));
2 26 Feb 07 jari 138             // hcl parameters
2 26 Feb 07 jari 139             if (isHierarchicalTree) {
2 26 Feb 07 jari 140                 data.addParam("hierarchical-tree", String.valueOf(true));
2 26 Feb 07 jari 141                 data.addParam("method-linkage", String.valueOf(hcl_method));
2 26 Feb 07 jari 142                 data.addParam("calculate-genes", String.valueOf(hcl_genes));
2 26 Feb 07 jari 143                 data.addParam("calculate-experiments", String.valueOf(hcl_samples));
2 26 Feb 07 jari 144                 data.addParam("hcl-distance-function", String.valueOf(hcl_function));
2 26 Feb 07 jari 145                 data.addParam("hcl-distance-absolute", String.valueOf(hcl_absolute));
2 26 Feb 07 jari 146             }
2 26 Feb 07 jari 147             
2 26 Feb 07 jari 148             long start = System.currentTimeMillis();
2 26 Feb 07 jari 149             AlgorithmData result = algorithm.execute(data);
2 26 Feb 07 jari 150             long time = System.currentTimeMillis() - start;
2 26 Feb 07 jari 151             // getting the results
2 26 Feb 07 jari 152             Cluster result_cluster = result.getCluster("cluster");
2 26 Feb 07 jari 153             NodeList nodeList = result_cluster.getNodeList();
2 26 Feb 07 jari 154             
2 26 Feb 07 jari 155             AlgorithmParameters resultMap = result.getParams();
2 26 Feb 07 jari 156             k = resultMap.getInt("number-of-clusters"); // I USED THIS TO GET THE VALUE OF NUMBER-OF-CLUSTERS
2 26 Feb 07 jari 157             
2 26 Feb 07 jari 158             this.clusters = new int[k][];
2 26 Feb 07 jari 159             for (int i=0; i<k; i++) {
2 26 Feb 07 jari 160                 clusters[i] = nodeList.getNode(i).getFeaturesIndexes();
2 26 Feb 07 jari 161             }
2 26 Feb 07 jari 162             
2 26 Feb 07 jari 163             this.means = result.getMatrix("clusters_means");
2 26 Feb 07 jari 164             this.variances = result.getMatrix("clusters_variances");
2 26 Feb 07 jari 165             
2 26 Feb 07 jari 166             GeneralInfo info = new GeneralInfo();
2 26 Feb 07 jari 167             info.clusters = k;
2 26 Feb 07 jari 168             info.time = time;
2 26 Feb 07 jari 169             info.threshold = threshold;
2 26 Feb 07 jari 170             info.isAbsolute = menu.isAbsoluteDistance();
2 26 Feb 07 jari 171             
2 26 Feb 07 jari 172             
2 26 Feb 07 jari 173             if((function == Algorithm.DEFAULT)||(function == Algorithm.COSINE)
2 26 Feb 07 jari 174             ||(function == Algorithm.COVARIANCE)||(function == Algorithm.EUCLIDEAN)
2 26 Feb 07 jari 175             ||(function == Algorithm.DOTPRODUCT)||(function == Algorithm.MANHATTAN)
2 26 Feb 07 jari 176             ||(function == Algorithm.SPEARMANRANK)||(function == Algorithm.KENDALLSTAU)
2 26 Feb 07 jari 177             ||(function == Algorithm.MUTUALINFORMATION)){
2 26 Feb 07 jari 178                 // ONLY EUCLIDEAN OR PEARSON IS USED IN THE CALCULATION!!!!
2 26 Feb 07 jari 179                 usedFunction = Algorithm.EUCLIDEAN;
2 26 Feb 07 jari 180             }
2 26 Feb 07 jari 181             else if((function == Algorithm.PEARSON)||(function == Algorithm.PEARSONUNCENTERED)
2 26 Feb 07 jari 182             ||(function == Algorithm.PEARSONSQARED)) {
2 26 Feb 07 jari 183                 
2 26 Feb 07 jari 184                 usedFunction = Algorithm.PEARSON;
2 26 Feb 07 jari 185                 
2 26 Feb 07 jari 186             }
2 26 Feb 07 jari 187             info.function = menu.getFunctionName(usedFunction);
2 26 Feb 07 jari 188             info.hcl = isHierarchicalTree;
2 26 Feb 07 jari 189             info.hcl_genes = hcl_genes;
2 26 Feb 07 jari 190             info.hcl_samples = hcl_samples;
2 26 Feb 07 jari 191             info.hcl_method = hcl_method;
2 26 Feb 07 jari 192             return createResultTree(result_cluster, info);
2 26 Feb 07 jari 193             
2 26 Feb 07 jari 194         } finally {
2 26 Feb 07 jari 195             if (algorithm != null) {
2 26 Feb 07 jari 196                 algorithm.removeAlgorithmListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 197             }
2 26 Feb 07 jari 198             
2 26 Feb 07 jari 199             
2 26 Feb 07 jari 200         }
2 26 Feb 07 jari 201     }
2 26 Feb 07 jari 202     
2 26 Feb 07 jari 203     
2 26 Feb 07 jari 204         /*
2 26 Feb 07 jari 205          * Scripting methods
2 26 Feb 07 jari 206          */
2 26 Feb 07 jari 207     
2 26 Feb 07 jari 208     public AlgorithmData getScriptParameters(IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 209         this.data = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 210         // the default values
2 26 Feb 07 jari 211         float threshold = 0.5f;
2 26 Feb 07 jari 212         boolean modal = true; //I SET MODAL TO TRUE TO CALL THE HJC DIALOG BOX, HOPE THIS IS OK
2 26 Feb 07 jari 213
2 26 Feb 07 jari 214         IDistanceMenu menu = framework.getDistanceMenu();
2 26 Feb 07 jari 215         
2 26 Feb 07 jari 216         int function = menu.getDistanceFunction();
2 26 Feb 07 jari 217         int usedFunction = Algorithm.EUCLIDEAN;
2 26 Feb 07 jari 218         
2 26 Feb 07 jari 219         if (function == Algorithm.DEFAULT) {
2 26 Feb 07 jari 220             function = Algorithm.EUCLIDEAN;
2 26 Feb 07 jari 221         }
2 26 Feb 07 jari 222             
2 26 Feb 07 jari 223         CASTInitDialog cast_dialog = new CASTInitDialog((JFrame) framework.getFrame(), modal, menu.getFunctionName(function), menu.isAbsoluteDistance());
2 26 Feb 07 jari 224  
2 26 Feb 07 jari 225         cast_dialog.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 226         
2 26 Feb 07 jari 227         if (! cast_dialog.isOkPressed()) return null;
2 26 Feb 07 jari 228         
2 26 Feb 07 jari 229         clusterGenes = cast_dialog.isClusterGenes();
2 26 Feb 07 jari 230         threshold = Float.parseFloat(cast_dialog.thresholdTextField.getText());
2 26 Feb 07 jari 231         boolean isHierarchicalTree = cast_dialog.isHCLSelected();
2 26 Feb 07 jari 232         // hcl init
2 26 Feb 07 jari 233         int hcl_method = 0;
2 26 Feb 07 jari 234         boolean hcl_samples = false;
2 26 Feb 07 jari 235         boolean hcl_genes = false;
2 26 Feb 07 jari 236         int hcl_function = 4;
2 26 Feb 07 jari 237         boolean hcl_absolute = false;
2 26 Feb 07 jari 238         if (isHierarchicalTree) {
2 26 Feb 07 jari 239                                                                                                                                         
2 26 Feb 07 jari 240             HCLInitDialog hcl_dialog = new HCLInitDialog(framework.getFrame(), menu.getFunctionName(cast_dialog.getDistanceMetric()), cast_dialog.isAbsoluteDistance(), true);
2 26 Feb 07 jari 241             if (hcl_dialog.showModal() != JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 242                 return null;
2 26 Feb 07 jari 243             }
2 26 Feb 07 jari 244             hcl_method = hcl_dialog.getMethod();
2 26 Feb 07 jari 245             hcl_samples = hcl_dialog.isClusterExperiments();
2 26 Feb 07 jari 246             hcl_genes = hcl_dialog.isClusterGenes();
2 26 Feb 07 jari 247             hcl_function = hcl_dialog.getDistanceMetric();
2 26 Feb 07 jari 248             hcl_absolute = hcl_dialog.getAbsoluteSelection();
2 26 Feb 07 jari 249         }
2 26 Feb 07 jari 250         
2 26 Feb 07 jari 251         AlgorithmData data = new AlgorithmData();
2 26 Feb 07 jari 252         data.addParam("cast-cluster-genes", String.valueOf(clusterGenes));
2 26 Feb 07 jari 253         data.addParam("distance-factor", String.valueOf(1.0f));
2 26 Feb 07 jari 254         data.addParam("threshold", String.valueOf(threshold));
2 26 Feb 07 jari 255  
2 26 Feb 07 jari 256         function = cast_dialog.getDistanceMetric();
2 26 Feb 07 jari 257         data.addParam("distance-absolute", String.valueOf(cast_dialog.isAbsoluteDistance()));
2 26 Feb 07 jari 258         data.addParam("distance-function", String.valueOf(function));
2 26 Feb 07 jari 259
2 26 Feb 07 jari 260         // hcl parameters
2 26 Feb 07 jari 261         if (isHierarchicalTree) {
2 26 Feb 07 jari 262             data.addParam("hierarchical-tree", String.valueOf(true));
2 26 Feb 07 jari 263             data.addParam("method-linkage", String.valueOf(hcl_method));
2 26 Feb 07 jari 264             data.addParam("calculate-genes", String.valueOf(hcl_genes));
2 26 Feb 07 jari 265             data.addParam("calculate-experiments", String.valueOf(hcl_samples));
2 26 Feb 07 jari 266             data.addParam("hcl-distance-function", String.valueOf(hcl_function));
2 26 Feb 07 jari 267             data.addParam("hcl-distance-absolute", String.valueOf(hcl_absolute));
2 26 Feb 07 jari 268         }
2 26 Feb 07 jari 269         //script control parameters
2 26 Feb 07 jari 270         
2 26 Feb 07 jari 271         // alg name
2 26 Feb 07 jari 272         data.addParam("name", "CAST");
2 26 Feb 07 jari 273         
2 26 Feb 07 jari 274         // alg type
2 26 Feb 07 jari 275         if(clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 276             data.addParam("alg-type", "cluster-genes");
2 26 Feb 07 jari 277         else
2 26 Feb 07 jari 278             data.addParam("alg-type", "cluster-experiments");
2 26 Feb 07 jari 279             
2 26 Feb 07 jari 280         // output class
2 26 Feb 07 jari 281         if(clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 282             data.addParam("output-class", "multi-gene-cluster-output");
2 26 Feb 07 jari 283         else
2 26 Feb 07 jari 284             data.addParam("output-class", "multi-experiment-cluster-output");
2 26 Feb 07 jari 285         
2 26 Feb 07 jari 286         //output nodes
2 26 Feb 07 jari 287         String [] outputNodes = new String[1];
2 26 Feb 07 jari 288         outputNodes[0] = "Multi-cluster";
2 26 Feb 07 jari 289         data.addStringArray("output-nodes", outputNodes);
2 26 Feb 07 jari 290         
2 26 Feb 07 jari 291         return data;
2 26 Feb 07 jari 292     }
2 26 Feb 07 jari 293     
2 26 Feb 07 jari 294     
2 26 Feb 07 jari 295     public DefaultMutableTreeNode executeScript(IFramework framework, AlgorithmData algData, Experiment experiment) throws AlgorithmException {
2 26 Feb 07 jari 296         
2 26 Feb 07 jari 297         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 298         this.data = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 299         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 300         try {
2 26 Feb 07 jari 301             algorithm = framework.getAlgorithmFactory().getAlgorithm("CAST");
2 26 Feb 07 jari 302             algorithm.addAlgorithmListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 303             
2 26 Feb 07 jari 304             FloatMatrix matrix = experiment.getMatrix();
2 26 Feb 07 jari 305             
2 26 Feb 07 jari 306             if(!algData.getParams().getBoolean("cast-cluster-genes")) {
2 26 Feb 07 jari 307                 this.clusterGenes = false;
2 26 Feb 07 jari 308                 matrix = matrix.transpose();
2 26 Feb 07 jari 309             } else {
2 26 Feb 07 jari 310                 this.clusterGenes = true;
2 26 Feb 07 jari 311             }
2 26 Feb 07 jari 312             
2 26 Feb 07 jari 313             algData.addMatrix("experiment", matrix);
2 26 Feb 07 jari 314             
2 26 Feb 07 jari 315             long start = System.currentTimeMillis();
2 26 Feb 07 jari 316             AlgorithmData result = algorithm.execute(algData);
2 26 Feb 07 jari 317             long time = System.currentTimeMillis() - start;
2 26 Feb 07 jari 318             // getting the results
2 26 Feb 07 jari 319             Cluster result_cluster = result.getCluster("cluster");
2 26 Feb 07 jari 320             NodeList nodeList = result_cluster.getNodeList();
2 26 Feb 07 jari 321             
2 26 Feb 07 jari 322             AlgorithmParameters resultMap = result.getParams();
2 26 Feb 07 jari 323             k = resultMap.getInt("number-of-clusters"); // I USED THIS TO GET THE VALUE OF NUMBER-OF-CLUSTERS
2 26 Feb 07 jari 324             
2 26 Feb 07 jari 325             this.clusters = new int[k][];
2 26 Feb 07 jari 326             for (int i=0; i<k; i++) {
2 26 Feb 07 jari 327                 clusters[i] = nodeList.getNode(i).getFeaturesIndexes();
2 26 Feb 07 jari 328             }
2 26 Feb 07 jari 329             
2 26 Feb 07 jari 330             this.means = result.getMatrix("clusters_means");
2 26 Feb 07 jari 331             this.variances = result.getMatrix("clusters_variances");
2 26 Feb 07 jari 332             
2 26 Feb 07 jari 333             AlgorithmParameters params = algData.getParams();
2 26 Feb 07 jari 334             int function = params.getInt("distance-function");
2 26 Feb 07 jari 335             
2 26 Feb 07 jari 336             GeneralInfo info = new GeneralInfo();
2 26 Feb 07 jari 337             info.clusters = k;
2 26 Feb 07 jari 338             info.time = time;
2 26 Feb 07 jari 339             info.threshold = params.getFloat("threshold");
2 26 Feb 07 jari 340             info.isAbsolute = params.getBoolean("distance-absolute");
2 26 Feb 07 jari 341             int usedFunction = Algorithm.EUCLIDEAN;
2 26 Feb 07 jari 342             if((function == Algorithm.DEFAULT)||(function == Algorithm.COSINE)
2 26 Feb 07 jari 343             ||(function == Algorithm.COVARIANCE)||(function == Algorithm.EUCLIDEAN)
2 26 Feb 07 jari 344             ||(function == Algorithm.DOTPRODUCT)||(function == Algorithm.MANHATTAN)
2 26 Feb 07 jari 345             ||(function == Algorithm.SPEARMANRANK)||(function == Algorithm.KENDALLSTAU)
2 26 Feb 07 jari 346             ||(function == Algorithm.MUTUALINFORMATION)){
2 26 Feb 07 jari 347                 // ONLY EUCLIDEAN OR PEARSON IS USED IN THE CALCULATION!!!!
2 26 Feb 07 jari 348                 usedFunction = Algorithm.EUCLIDEAN;
2 26 Feb 07 jari 349             }
2 26 Feb 07 jari 350             else if((function == Algorithm.PEARSON)||(function == Algorithm.PEARSONUNCENTERED)
2 26 Feb 07 jari 351             ||(function == Algorithm.PEARSONSQARED)) {
2 26 Feb 07 jari 352                 
2 26 Feb 07 jari 353                 usedFunction = Algorithm.PEARSON;
2 26 Feb 07 jari 354             }
2 26 Feb 07 jari 355             
2 26 Feb 07 jari 356             info.function = framework.getDistanceMenu().getFunctionName(usedFunction);
2 26 Feb 07 jari 357             
2 26 Feb 07 jari 358             info.hcl = params.getBoolean("hierarchical-tree");
2 26 Feb 07 jari 359             info.hcl_genes = params.getBoolean("calculate-genes");
2 26 Feb 07 jari 360             info.hcl_samples = params.getBoolean("calculate-samples");
2 26 Feb 07 jari 361             if(info.hcl)
2 26 Feb 07 jari 362                 info.hcl_method = params.getInt("method-linkage");
2 26 Feb 07 jari 363             else
2 26 Feb 07 jari 364                 info.hcl_method = 0;
2 26 Feb 07 jari 365             
2 26 Feb 07 jari 366             return createResultTree(result_cluster, info);
2 26 Feb 07 jari 367             
2 26 Feb 07 jari 368         } finally {
2 26 Feb 07 jari 369             if (algorithm != null) {
2 26 Feb 07 jari 370                 algorithm.removeAlgorithmListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 371             }
2 26 Feb 07 jari 372         }
2 26 Feb 07 jari 373     }
2 26 Feb 07 jari 374     
2 26 Feb 07 jari 375     
2 26 Feb 07 jari 376     /**
2 26 Feb 07 jari 377      * Returns a hcl tree data from the specified cluster node.
2 26 Feb 07 jari 378      */
2 26 Feb 07 jari 379     private HCLTreeData getResult(Node clusterNode, int pos) {
2 26 Feb 07 jari 380         HCLTreeData data = new HCLTreeData();
2 26 Feb 07 jari 381         NodeValueList valueList = clusterNode.getValues();
2 26 Feb 07 jari 382         data.child_1_array = (int[])valueList.getNodeValue(pos).value;
2 26 Feb 07 jari 383         data.child_2_array = (int[])valueList.getNodeValue(pos+1).value;
2 26 Feb 07 jari 384         data.node_order = (int[])valueList.getNodeValue(pos+2).value;
2 26 Feb 07 jari 385         data.height = (float[])valueList.getNodeValue(pos+3).value;
2 26 Feb 07 jari 386         return data;
2 26 Feb 07 jari 387     }
2 26 Feb 07 jari 388     /**
2 26 Feb 07 jari 389      * Creates a result tree to be inserted into the framework analysis node.
2 26 Feb 07 jari 390      */
2 26 Feb 07 jari 391     private DefaultMutableTreeNode createResultTree(Cluster result_cluster, GeneralInfo info) {
2 26 Feb 07 jari 392         DefaultMutableTreeNode root;
2 26 Feb 07 jari 393         if(this.clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 394             root = new DefaultMutableTreeNode("CAST - genes");
2 26 Feb 07 jari 395         else
2 26 Feb 07 jari 396             root = new DefaultMutableTreeNode("CAST - samples");
2 26 Feb 07 jari 397         addResultNodes(root, result_cluster, info);
2 26 Feb 07 jari 398         return root;
2 26 Feb 07 jari 399     }
2 26 Feb 07 jari 400     
2 26 Feb 07 jari 401     /**
2 26 Feb 07 jari 402      * Adds result nodes into the tree root.
2 26 Feb 07 jari 403      */
2 26 Feb 07 jari 404     private void addResultNodes(DefaultMutableTreeNode root, Cluster result_cluster, GeneralInfo info) {
2 26 Feb 07 jari 405         addExpressionImages(root);
2 26 Feb 07 jari 406         addHierarchicalTrees(root, result_cluster, info);
2 26 Feb 07 jari 407         addCentroidViews(root);
2 26 Feb 07 jari 408         addTableViews(root);
2 26 Feb 07 jari 409         addClusterInfo(root);
2 26 Feb 07 jari 410         addGeneralInfo(root, info);
2 26 Feb 07 jari 411     }
2 26 Feb 07 jari 412     
2 26 Feb 07 jari 413     private void addTableViews(DefaultMutableTreeNode root) {
2 26 Feb 07 jari 414         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("Table views");
2 26 Feb 07 jari 415         IViewer tabViewer;
2 26 Feb 07 jari 416         if(clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 417             tabViewer= new ClusterTableViewer(this.experiment, this.clusters, this.data);
2 26 Feb 07 jari 418         else
2 26 Feb 07 jari 419             tabViewer= new ExperimentClusterTableViewer(this.experiment, this.clusters, this.data);
2 26 Feb 07 jari 420         //return; // placeholder for ExptClusterTableViewer
2 26 Feb 07 jari 421         //expViewer = new CASTExperimentClusterViewer(this.experiment, this.clusters);
2 26 Feb 07 jari 422         
2 26 Feb 07 jari 423         for (int i=0; i<this.clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 424             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), tabViewer, new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 425         }
2 26 Feb 07 jari 426         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 427     }
2 26 Feb 07 jari 428     
2 26 Feb 07 jari 429     /**
2 26 Feb 07 jari 430      * Adds nodes to display clusters data.
2 26 Feb 07 jari 431      */
2 26 Feb 07 jari 432     private void addExpressionImages(DefaultMutableTreeNode root) {
2 26 Feb 07 jari 433         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("Expression Images");
2 26 Feb 07 jari 434         IViewer expViewer;
2 26 Feb 07 jari 435         if(clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 436             expViewer= new CASTExperimentViewer(this.experiment, this.clusters);
2 26 Feb 07 jari 437         else
2 26 Feb 07 jari 438             expViewer = new CASTExperimentClusterViewer(this.experiment, this.clusters);
2 26 Feb 07 jari 439         
2 26 Feb 07 jari 440         for (int i=0; i<this.clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 441             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), expViewer, new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 442         }
2 26 Feb 07 jari 443         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 444     }
2 26 Feb 07 jari 445     
2 26 Feb 07 jari 446     /**
2 26 Feb 07 jari 447      * Adds nodes to display hierarchical trees.
2 26 Feb 07 jari 448      */
2 26 Feb 07 jari 449     private void addHierarchicalTrees(DefaultMutableTreeNode root, Cluster result_cluster, GeneralInfo info) {
2 26 Feb 07 jari 450         if (!info.hcl) {
2 26 Feb 07 jari 451             return;
2 26 Feb 07 jari 452         }
2 26 Feb 07 jari 453         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("Hierarchical Trees");
2 26 Feb 07 jari 454         NodeList nodeList = result_cluster.getNodeList();
2 26 Feb 07 jari 455         int [][] clusters = null;
2 26 Feb 07 jari 456         
2 26 Feb 07 jari 457         if(!this.clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 458             clusters = new int[k][];
2 26 Feb 07 jari 459             for (int i=0; i<k; i++) {
2 26 Feb 07 jari 460                 clusters[i] = nodeList.getNode(i).getFeaturesIndexes();
2 26 Feb 07 jari 461             }
2 26 Feb 07 jari 462             if(info.hcl_samples)
2 26 Feb 07 jari 463                 clusters = getOrderedIndices(nodeList, clusters, info.hcl_genes);
2 26 Feb 07 jari 464         }
2 26 Feb 07 jari 465         for (int i=0; i<nodeList.getSize(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 466             if(this.clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 467                 node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), createHCLViewer(nodeList.getNode(i), info, null))));
2 26 Feb 07 jari 468             else
2 26 Feb 07 jari 469                 node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), createHCLViewer(nodeList.getNode(i), info, clusters), new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 470         }
2 26 Feb 07 jari 471         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 472     }
2 26 Feb 07 jari 473     
2 26 Feb 07 jari 474     
2 26 Feb 07 jari 475     /**
2 26 Feb 07 jari 476      * Creates an <code>HCLViewer</code>.
2 26 Feb 07 jari 477      */
2 26 Feb 07 jari 478     private IViewer createHCLViewer(Node clusterNode, GeneralInfo info, int [][] sampleClusters) {
2 26 Feb 07 jari 479         HCLTreeData genes_result = info.hcl_genes ? getResult(clusterNode, 0) : null;
2 26 Feb 07 jari 480         HCLTreeData samples_result = info.hcl_samples ? getResult(clusterNode, info.hcl_genes ? 4 : 0) : null;
2 26 Feb 07 jari 481         if(this.clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 482             return new HCLViewer(this.experiment, clusterNode.getFeaturesIndexes(), genes_result, samples_result);
2 26 Feb 07 jari 483         else
2 26 Feb 07 jari 484             return new HCLViewer(this.experiment, clusterNode.getFeaturesIndexes(), genes_result, samples_result, sampleClusters, true);
2 26 Feb 07 jari 485     }
2 26 Feb 07 jari 486     
2 26 Feb 07 jari 487     /**
2 26 Feb 07 jari 488      * Adds node with cluster information.
2 26 Feb 07 jari 489      */
2 26 Feb 07 jari 490     private void addClusterInfo(DefaultMutableTreeNode root) {
2 26 Feb 07 jari 491         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("Cluster Information");
2 26 Feb 07 jari 492         if(this.clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 493             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Genes in Clusters (#,%)", new CASTInfoViewer(this.clusters, this.experiment.getNumberOfGenes()))));
2 26 Feb 07 jari 494         else
2 26 Feb 07 jari 495             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Samples in Clusters (#,%)", new CASTInfoViewer(this.clusters, this.experiment.getNumberOfSamples(), false))));
2 26 Feb 07 jari 496         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 497     }
2 26 Feb 07 jari 498     
2 26 Feb 07 jari 499     /**
2 26 Feb 07 jari 500      * Adds nodes to display centroid charts.
2 26 Feb 07 jari 501      */
2 26 Feb 07 jari 502     private void addCentroidViews(DefaultMutableTreeNode root) {
2 26 Feb 07 jari 503         DefaultMutableTreeNode centroidNode = new DefaultMutableTreeNode("Centroid Graphs");
2 26 Feb 07 jari 504         DefaultMutableTreeNode expressionNode = new DefaultMutableTreeNode("Expression Graphs");
2 26 Feb 07 jari 505         
2 26 Feb 07 jari 506         CASTCentroidViewer centroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 507         CASTExperimentCentroidViewer expCentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 508         if(clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 509             centroidViewer = new CASTCentroidViewer(this.experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 510             centroidViewer.setMeans(this.means.A);
2 26 Feb 07 jari 511             centroidViewer.setVariances(this.variances.A);
2 26 Feb 07 jari 512             for (int i=0; i<this.clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 513                 centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), centroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 514                 expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), centroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 515             }
2 26 Feb 07 jari 516             
2 26 Feb 07 jari 517             CASTCentroidsViewer centroidsViewer = new CASTCentroidsViewer(this.experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 518             centroidsViewer.setMeans(this.means.A);
2 26 Feb 07 jari 519             centroidsViewer.setVariances(this.variances.A);
2 26 Feb 07 jari 520             
2 26 Feb 07 jari 521             centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", centroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 522             expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", centroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 523             
2 26 Feb 07 jari 524         }
2 26 Feb 07 jari 525         else{
2 26 Feb 07 jari 526             expCentroidViewer = new CASTExperimentCentroidViewer(this.experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 527             
2 26 Feb 07 jari 528             expCentroidViewer.setMeans(this.means.A);
2 26 Feb 07 jari 529             expCentroidViewer.setVariances(this.variances.A);
2 26 Feb 07 jari 530             for (int i=0; i<this.clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 531                 centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), expCentroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 532                 expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), expCentroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 533             }
2 26 Feb 07 jari 534             CASTExperimentCentroidsViewer expCentroidsViewer = new CASTExperimentCentroidsViewer(this.experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 535             expCentroidsViewer.setMeans(this.means.A);
2 26 Feb 07 jari 536             expCentroidsViewer.setVariances(this.variances.A);
2 26 Feb 07 jari 537             
2 26 Feb 07 jari 538             centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", expCentroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 539             expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", expCentroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 540             
2 26 Feb 07 jari 541             
2 26 Feb 07 jari 542         }
2 26 Feb 07 jari 543         root.add(centroidNode);
2 26 Feb 07 jari 544         root.add(expressionNode);
2 26 Feb 07 jari 545     }
2 26 Feb 07 jari 546     
2 26 Feb 07 jari 547     
2 26 Feb 07 jari 548     /**
2 26 Feb 07 jari 549      * Adds node with general iformation.
2 26 Feb 07 jari 550      */
2 26 Feb 07 jari 551     private void addGeneralInfo(DefaultMutableTreeNode root, GeneralInfo info) {
2 26 Feb 07 jari 552         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("General Information");
2 26 Feb 07 jari 553         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Clusters: "+String.valueOf(info.clusters)));
2 26 Feb 07 jari 554         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Threshold: "+String.valueOf(info.threshold)));
2 26 Feb 07 jari 555         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Absolute distance: "+String.valueOf(info.isAbsolute)));
2 26 Feb 07 jari 556         node.add(new DefaultMutableTreeNode("HCL: "+info.getMethodName()));
2 26 Feb 07 jari 557         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Time: "+String.valueOf(info.time)+" ms"));
2 26 Feb 07 jari 558         node.add(new DefaultMutableTreeNode(info.function));
2 26 Feb 07 jari 559         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 560     }
2 26 Feb 07 jari 561     
2 26 Feb 07 jari 562     /***************************************************************************************
2 26 Feb 07 jari 563      * Code to order sample clustering results based on HCL runs.  sampleClusters contain an array
2 26 Feb 07 jari 564      * of sample indices for each experiment cluster.  Note that these indicies are ordered in
2 26 Feb 07 jari 565      * an order which matches HCL input matrix sample order so that HCL results (node-order) can
2 26 Feb 07 jari 566      * be used to order leaf indices to match HCL samples results
2 26 Feb 07 jari 567      */
2 26 Feb 07 jari 568     private int [][] getOrderedIndices(NodeList nodeList, int [][] sampleClusters, boolean calcGeneHCL){
2 26 Feb 07 jari 569         HCLTreeData result;
2 26 Feb 07 jari 570         for(int i = 0; i < sampleClusters.length ; i++){
2 26 Feb 07 jari 571             if(sampleClusters[i].length > 0){
2 26 Feb 07 jari 572                 result = getResult(nodeList.getNode(i), calcGeneHCL ? 4 : 0);  //get sample Result
2 26 Feb 07 jari 573                 sampleClusters[i] = getSampleOrder(result, sampleClusters[i]);
2 26 Feb 07 jari 574             }
2 26 Feb 07 jari 575         }
2 26 Feb 07 jari 576         return sampleClusters;
2 26 Feb 07 jari 577     }
2 26 Feb 07 jari 578     
2 26 Feb 07 jari 579     private int[] getSampleOrder(HCLTreeData result, int[] indices) {
2 26 Feb 07 jari 580         return getLeafOrder(result.node_order, result.child_1_array, result.child_2_array, indices);
2 26 Feb 07 jari 581     }
2 26 Feb 07 jari 582     
2 26 Feb 07 jari 583     private int[] getLeafOrder(int[] nodeOrder, int[] child1, int[] child2, int[] indices) {
2 26 Feb 07 jari 584         int[] leafOrder = new int[nodeOrder.length];
2 26 Feb 07 jari 585         Arrays.fill(leafOrder, -1);
2 26 Feb 07 jari 586         fillLeafOrder(leafOrder, child1, child2, 0, child1.length-2, indices);
2 26 Feb 07 jari 587         return leafOrder;
2 26 Feb 07 jari 588     }
2 26 Feb 07 jari 589     
2 26 Feb 07 jari 590     private int fillLeafOrder(int[] leafOrder, int[] child1, int[] child2, int pos, int index, int[] indices) {
2 26 Feb 07 jari 591         if (child1[index] != -1) {
2 26 Feb 07 jari 592             pos = fillLeafOrder(leafOrder, child1, child2, pos, child1[index], indices);
2 26 Feb 07 jari 593         }
2 26 Feb 07 jari 594         if (child2[index] != -1) {
2 26 Feb 07 jari 595             pos = fillLeafOrder(leafOrder, child1, child2, pos, child2[index], indices);
2 26 Feb 07 jari 596         } else {
2 26 Feb 07 jari 597             leafOrder[pos] = indices == null ? index : indices[index];
2 26 Feb 07 jari 598             pos++;
2 26 Feb 07 jari 599         }
2 26 Feb 07 jari 600         return pos;
2 26 Feb 07 jari 601     }
2 26 Feb 07 jari 602     
2 26 Feb 07 jari 603     /****************************************************************************************
2 26 Feb 07 jari 604      * End of Sample Cluster index ordering code
2 26 Feb 07 jari 605      */
2 26 Feb 07 jari 606     
2 26 Feb 07 jari 607     
2 26 Feb 07 jari 608     
2 26 Feb 07 jari 609     /**
2 26 Feb 07 jari 610      * The class to listen to progress, monitor and algorithms events.
2 26 Feb 07 jari 611      */
2 26 Feb 07 jari 612     private class Listener extends DialogListener implements AlgorithmListener {
2 26 Feb 07 jari 613         
2 26 Feb 07 jari 614         public void valueChanged(AlgorithmEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 615             
2 26 Feb 07 jari 616         }
2 26 Feb 07 jari 617         
2 26 Feb 07 jari 618         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 619             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 620             if (command.equals("cancel-command")) {
2 26 Feb 07 jari 621                 algorithm.abort();
2 26 Feb 07 jari 622                 cleanUp();
2 26 Feb 07 jari 623             }
2 26 Feb 07 jari 624         }
2 26 Feb 07 jari 625         
2 26 Feb 07 jari 626         public void windowClosing(WindowEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 627             algorithm.abort();
2 26 Feb 07 jari 628             cleanUp();
2 26 Feb 07 jari 629         }
2 26 Feb 07 jari 630         
2 26 Feb 07 jari 631         public void cleanUp() {
2 26 Feb 07 jari 632         }
2 26 Feb 07 jari 633     }
2 26 Feb 07 jari 634     
2 26 Feb 07 jari 635     // the general info structure
2 26 Feb 07 jari 636     private class GeneralInfo {
2 26 Feb 07 jari 637         public int clusters;
2 26 Feb 07 jari 638         //public boolean converged;
2 26 Feb 07 jari 639         //public int iterations;
2 26 Feb 07 jari 640         public long time;
2 26 Feb 07 jari 641         public float threshold;
2 26 Feb 07 jari 642         public boolean isAbsolute;
2 26 Feb 07 jari 643         public String function;
2 26 Feb 07 jari 644         
2 26 Feb 07 jari 645         private boolean hcl;
2 26 Feb 07 jari 646         private int hcl_method;
2 26 Feb 07 jari 647         private boolean hcl_genes;
2 26 Feb 07 jari 648         private boolean hcl_samples;
2 26 Feb 07 jari 649         
2 26 Feb 07 jari 650         public String getMethodName() {
2 26 Feb 07 jari 651             return hcl ? HCLGUI.GeneralInfo.getMethodName(hcl_method) : "no linkage";
2 26 Feb 07 jari 652         }
2 26 Feb 07 jari 653         
2 26 Feb 07 jari 654     }
2 26 Feb 07 jari 655 }

Generated on Thu Jul 20 09:26:12 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)