mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/cast/CASTInitDialog.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: CASTInitDialog.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.4 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2005/03/10 20:30:31 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: braistedj $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.cast;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Font;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.Toolkit;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 22
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.BorderFactory;
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.swing.JFrame;
2 26 Feb 07 jari 25 import javax.swing.JLabel;
2 26 Feb 07 jari 26 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 27 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 28 import javax.swing.JTextField;
2 26 Feb 07 jari 29 import javax.swing.UIManager;
2 26 Feb 07 jari 30 import javax.swing.border.EtchedBorder;
2 26 Feb 07 jari 31 import javax.swing.border.TitledBorder;
2 26 Feb 07 jari 32
2 26 Feb 07 jari 33 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.AlgorithmDialog;
2 26 Feb 07 jari 34 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.DistanceMetricPanel;
2 26 Feb 07 jari 35 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.HCLSelectionPanel;
2 26 Feb 07 jari 36 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.SampleSelectionPanel;
2 26 Feb 07 jari 37 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.dialogHelpUtil.HelpWindow;
2 26 Feb 07 jari 38 import org.tigr.util.awt.GBA;
2 26 Feb 07 jari 39
2 26 Feb 07 jari 40 public class CASTInitDialog extends AlgorithmDialog{
2 26 Feb 07 jari 41     
2 26 Feb 07 jari 42     protected GBA gba;
2 26 Feb 07 jari 43     protected EventListener eventListener;
2 26 Feb 07 jari 44      
2 26 Feb 07 jari 45     protected SampleSelectionPanel sampleSelectionPanel;
2 26 Feb 07 jari 46     protected HCLSelectionPanel hclOpsPanel;
2 26 Feb 07 jari 47     
2 26 Feb 07 jari 48     protected JPanel thresholdPanel;
2 26 Feb 07 jari 49     protected JLabel thresholdLabel;
2 26 Feb 07 jari 50     public JTextField thresholdTextField;
2 26 Feb 07 jari 51     
2 26 Feb 07 jari 52     private DistanceMetricPanel metricPanel;
2 26 Feb 07 jari 53     
2 26 Feb 07 jari 54     protected JPanel mainPanel;
2 26 Feb 07 jari 55     
2 26 Feb 07 jari 56     private boolean okPressed = false;
2 26 Feb 07 jari 57     
2 26 Feb 07 jari 58     public CASTInitDialog(JFrame parent, boolean modal, String globalMetricName, boolean globalAbsoluteValue) {
2 26 Feb 07 jari 59         super(parent, "CAST: Cluster Affinity Search Technique", modal);        
2 26 Feb 07 jari 60         initialize(globalMetricName, globalAbsoluteValue);
2 26 Feb 07 jari 61     }
2 26 Feb 07 jari 62     
2 26 Feb 07 jari 63     
2 26 Feb 07 jari 64     
2 26 Feb 07 jari 65     protected void initialize(String globalMetricName, boolean globalAbsoluteValue) {
2 26 Feb 07 jari 66         gba = new GBA();
2 26 Feb 07 jari 67         eventListener = new EventListener();
2 26 Feb 07 jari 68         sampleSelectionPanel = new SampleSelectionPanel(Color.white, UIManager.getColor("Label.foreground"),true,"Sample Selection");
2 26 Feb 07 jari 69     
2 26 Feb 07 jari 70         metricPanel = new DistanceMetricPanel(globalMetricName, globalAbsoluteValue, "Euclidean Distance", "CAST", true, true);
2 26 Feb 07 jari 71  
2 26 Feb 07 jari 72         thresholdLabel = new JLabel("Threshold");
2 26 Feb 07 jari 73         thresholdTextField = new JTextField(10);
2 26 Feb 07 jari 74         thresholdTextField.setText("0.8");
2 26 Feb 07 jari 75         thresholdPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 76         thresholdPanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 77         thresholdPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 78         thresholdPanel.setBorder(BorderFactory.createTitledBorder(BorderFactory.createEtchedBorder(EtchedBorder.LOWERED), "Threshold Parameter", TitledBorder.DEFAULT_JUSTIFICATION, TitledBorder.DEFAULT_POSITION, new Font("Dialog", Font.BOLD,12), Color.black));
2 26 Feb 07 jari 79         gba.add(thresholdPanel, thresholdLabel, 0, 0, 1, 1, 0, 0, GBA.NONE, GBA.C, new Insets(5, 5, 10, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 80         gba.add(thresholdPanel, thresholdTextField, 1, 0, 1, 1, 0, 0, GBA.H, GBA.C, new Insets(5, 5, 10, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 81         
2 26 Feb 07 jari 82         hclOpsPanel = new HCLSelectionPanel();
2 26 Feb 07 jari 83         
2 26 Feb 07 jari 84         mainPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 85         mainPanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 86         mainPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 87         gba.add(mainPanel, sampleSelectionPanel, 0, 0, 1, 1, 1, 1, GBA.H, GBA.C, new Insets(0, 0, 0, 0), 0, 0);        
2 26 Feb 07 jari 88         gba.add(mainPanel, metricPanel, 0, 1, 1, 1, 1, 1, GBA.H, GBA.C, new Insets(0, 0, 0, 0), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 89         
2 26 Feb 07 jari 90         gba.add(mainPanel, thresholdPanel, 0, 2, 1, 1, 1, 1, GBA.H, GBA.C, new Insets(0, 0, 0, 0), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 91         gba.add(mainPanel, hclOpsPanel, 0, 3, 1, 1, 1, 1, GBA.H, GBA.C, new Insets(0, 0, 0, 0), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 92         
2 26 Feb 07 jari 93         this.setResizable(false);
2 26 Feb 07 jari 94         
2 26 Feb 07 jari 95         setActionListeners(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 96         addContent(mainPanel);
2 26 Feb 07 jari 97         setSize(420, 290);
2 26 Feb 07 jari 98         pack();
2 26 Feb 07 jari 99     }
2 26 Feb 07 jari 100     
2 26 Feb 07 jari 101     public void setVisible(boolean visible) {
2 26 Feb 07 jari 102         
2 26 Feb 07 jari 103         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
2 26 Feb 07 jari 104         setLocation((screenSize.width - getSize().width)/2, (screenSize.height - getSize().height)/2);
2 26 Feb 07 jari 105         
2 26 Feb 07 jari 106         super.setVisible(visible);
2 26 Feb 07 jari 107         
2 26 Feb 07 jari 108         if (visible) {
2 26 Feb 07 jari 109             okButton.requestFocus();
2 26 Feb 07 jari 110         }
2 26 Feb 07 jari 111     }
2 26 Feb 07 jari 112     
2 26 Feb 07 jari 113     public boolean isOkPressed() {return this.okPressed;}
2 26 Feb 07 jari 114     
2 26 Feb 07 jari 115     public boolean isClusterGenes(){
2 26 Feb 07 jari 116         return sampleSelectionPanel.isClusterGenesSelected();
2 26 Feb 07 jari 117     }
2 26 Feb 07 jari 118     
2 26 Feb 07 jari 119     public boolean isHCLSelected(){
2 26 Feb 07 jari 120         return hclOpsPanel.isHCLSelected();
2 26 Feb 07 jari 121     }
2 26 Feb 07 jari 122     
2 26 Feb 07 jari 123     /**
2 26 Feb 07 jari 124      * Returns the currently selected metric
2 26 Feb 07 jari 125      */
2 26 Feb 07 jari 126     public int getDistanceMetric() {
2 26 Feb 07 jari 127         return metricPanel.getMetricIndex();
2 26 Feb 07 jari 128     }
2 26 Feb 07 jari 129     
2 26 Feb 07 jari 130     /**
2 26 Feb 07 jari 131      *  Returns true if the absolute checkbox is selected, else false
2 26 Feb 07 jari 132      */
2 26 Feb 07 jari 133     public boolean isAbsoluteDistance() {
2 26 Feb 07 jari 134         return metricPanel.getAbsoluteSelection();
2 26 Feb 07 jari 135     }
2 26 Feb 07 jari 136     
2 26 Feb 07 jari 137     public void resetControls(){
2 26 Feb 07 jari 138         sampleSelectionPanel.setClusterGenesSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 139         hclOpsPanel.setHCLSelected(false);
2 26 Feb 07 jari 140         thresholdTextField.setText("0.8");
2 26 Feb 07 jari 141         metricPanel.reset();
2 26 Feb 07 jari 142     }
2 26 Feb 07 jari 143     
2 26 Feb 07 jari 144     protected class EventListener implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 145         public void actionPerformed(ActionEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 146             String command = event.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 147             if (command.equals("ok-command")) {
2 26 Feb 07 jari 148                 okPressed = true;
2 26 Feb 07 jari 149                 float val;
2 26 Feb 07 jari 150                 try{
2 26 Feb 07 jari 151                     val = Float.parseFloat(thresholdTextField.getText());
2 26 Feb 07 jari 152                 } catch (NumberFormatException e){
2 26 Feb 07 jari 153                     JOptionPane.showMessageDialog(CASTInitDialog.this, "Number format error.", "Number Format Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 154                     thresholdTextField.requestFocus();
2 26 Feb 07 jari 155                     thresholdTextField.selectAll();
2 26 Feb 07 jari 156                     return;
2 26 Feb 07 jari 157                 }
2 26 Feb 07 jari 158                 if(val <= 0 || val > 1){
2 26 Feb 07 jari 159                     JOptionPane.showMessageDialog(CASTInitDialog.this, "Threshold must be > 0 and <= 1.0", "Input Value Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 160                     thresholdTextField.requestFocus();
2 26 Feb 07 jari 161                     thresholdTextField.selectAll();
2 26 Feb 07 jari 162                     return;
2 26 Feb 07 jari 163                 }
2 26 Feb 07 jari 164                 dispose();
2 26 Feb 07 jari 165             } else if (command.equals("cancel-command")){
2 26 Feb 07 jari 166                 dispose();
2 26 Feb 07 jari 167             } else if (command.equals("reset-command")){
2 26 Feb 07 jari 168                 resetControls();
2 26 Feb 07 jari 169             } else if (command.equals("info-command")){
2 26 Feb 07 jari 170                 HelpWindow helpWindow = new HelpWindow(CASTInitDialog.this, "CAST Initialization Dialog");
2 26 Feb 07 jari 171                 if(helpWindow.getWindowContent()){
2 26 Feb 07 jari 172                     helpWindow.setSize(450, 600);
2 26 Feb 07 jari 173                     helpWindow.setLocation();
2 26 Feb 07 jari 174                     helpWindow.show();
2 26 Feb 07 jari 175                 }
2 26 Feb 07 jari 176                 else{
2 26 Feb 07 jari 177                     helpWindow.dispose();
2 26 Feb 07 jari 178                 }
2 26 Feb 07 jari 179             }
2 26 Feb 07 jari 180         }
2 26 Feb 07 jari 181     }
2 26 Feb 07 jari 182     
2 26 Feb 07 jari 183     
2 26 Feb 07 jari 184     
2 26 Feb 07 jari 185     public static void main(String [] args){
2 26 Feb 07 jari 186         CASTInitDialog d = new CASTInitDialog(new JFrame(), true, "Euclidean Distance", false);
2 26 Feb 07 jari 187         d.show();
2 26 Feb 07 jari 188         System.exit(0);
2 26 Feb 07 jari 189     }
2 26 Feb 07 jari 190     
2 26 Feb 07 jari 191     protected void disposeDialog() {
2 26 Feb 07 jari 192         setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 193         dispose();
2 26 Feb 07 jari 194     }
2 26 Feb 07 jari 195     
2 26 Feb 07 jari 196 }

Generated on Thu Jul 20 09:26:12 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)