mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/coa/COA2DViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2005, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * COA2DViewer.java
2 26 Feb 07 jari 7  *
2 26 Feb 07 jari 8  * Created on October 11, 2004, 3:24 PM
2 26 Feb 07 jari 9  */
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.coa;
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 import java.awt.BasicStroke;
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Component;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.FontMetrics;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.Graphics;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.Graphics2D;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.Rectangle;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 25 import java.awt.geom.Ellipse2D;
2 26 Feb 07 jari 26 import java.awt.image.BufferedImage;
2 26 Feb 07 jari 27 import java.beans.Expression;
2 26 Feb 07 jari 28 import java.text.DecimalFormat;
2 26 Feb 07 jari 29 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 30
2 26 Feb 07 jari 31 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 32 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 33 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 34 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 35 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 36 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 37 import javax.swing.event.MouseInputAdapter;
2 26 Feb 07 jari 38 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
2 26 Feb 07 jari 39
2 26 Feb 07 jari 40 import org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.Cluster;
2 26 Feb 07 jari 41 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 42 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 43 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDisplayMenu;
2 26 Feb 07 jari 44 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 45 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer;
2 26 Feb 07 jari 46 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.LeafInfo;
2 26 Feb 07 jari 47 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 48 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.GUIFactory;
2 26 Feb 07 jari 49 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 50
2 26 Feb 07 jari 51 /**
2 26 Feb 07 jari 52  *
2 26 Feb 07 jari 53  * @author  nbhagaba
2 26 Feb 07 jari 54  */
2 26 Feb 07 jari 55 public class COA2DViewer extends JPanel implements IViewer {
2 26 Feb 07 jari 56     
2 26 Feb 07 jari 57     private static final String SAVE_CMD    = "save-cmd";
2 26 Feb 07 jari 58     private static final String SAVE_GENE_CLUSTER_CMD    = "save-genes-cmd";
2 26 Feb 07 jari 59     private static final String SAVE_EXPT_CLUSTER_CMD    = "save-expts-cmd";
2 26 Feb 07 jari 60     private static final String SHOW_TEXT_CMD = "show-text-cmd";
2 26 Feb 07 jari 61     private static final String SHOW_TICK_LABELS_CMD = "show-tick-labels-cmd";    
2 26 Feb 07 jari 62     private static final String STORE_CLUSTER_CMD = "store-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 63     private static final String STORE_GENE_CLUSTER_CMD = "store-gene-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 64     private static final String STORE_EXPT_CLUSTER_CMD = "store-expt-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 65     private static final String LAUNCH_NEW_SESSION_CMD = "launch-new-session-cmd";
2 26 Feb 07 jari 66     private static final String LAUNCH_NEW_GENE_SESSION_CMD = "launch-new-gene-session-cmd";
2 26 Feb 07 jari 67     private static final String LAUNCH_NEW_EXPT_SESSION_CMD = "launch-new-expt-session-cmd";   
2 26 Feb 07 jari 68     private static final String DISPLAY_EXPT_NAMES_CMD = "display-expt-names-cmd";
2 26 Feb 07 jari 69     private static final String SHOW_LARGER_POINTS_CMD = "show-larger-points-cmd";
2 26 Feb 07 jari 70     
2 26 Feb 07 jari 71     private float[] yArray, xArray;     
2 26 Feb 07 jari 72     //int originX, originY;
2 26 Feb 07 jari 73     private int geneOrExpt, axis1, axis2;  
2 26 Feb 07 jari 74     private FloatMatrix UMatrix, geneUMatrix, exptUMatrix, scaledGeneUMatrix, scaledExptUMatrix;
2 26 Feb 07 jari 75     private Experiment experiment; 
2 26 Feb 07 jari 76     private IFramework framework;
2 26 Feb 07 jari 77     private Frame frame;
2 26 Feb 07 jari 78     private IData data; 
2 26 Feb 07 jari 79     private JPopupMenu popup; 
2 26 Feb 07 jari 80     private Ellipse2D.Double ellipse;
2 26 Feb 07 jari 81     private boolean displayExptNames, showLargePoints, showTickLabels;
2 26 Feb 07 jari 82     Rectangle currentRect = null;
2 26 Feb 07 jari 83     Rectangle rectToDraw = null;
2 26 Feb 07 jari 84     Rectangle previousRectDrawn = new Rectangle();    
2 26 Feb 07 jari 85     private int exptID = 0;
2 26 Feb 07 jari 86     
2 26 Feb 07 jari 87     /** Creates a new instance of COA2DViewer */
2 26 Feb 07 jari 88     public COA2DViewer(Experiment experiment, float[] xArray, float[] yArray, int geneOrExpt, int axis1, int axis2) {
2 26 Feb 07 jari 89        this.yArray = yArray;
2 26 Feb 07 jari 90         this.xArray = xArray;
2 26 Feb 07 jari 91         this.displayExptNames = false;
2 26 Feb 07 jari 92         this.showLargePoints = false;
2 26 Feb 07 jari 93         this.showTickLabels = true;        
2 26 Feb 07 jari 94         this.geneOrExpt = geneOrExpt;
2 26 Feb 07 jari 95         this.axis1 = axis1;
2 26 Feb 07 jari 96         this.axis2 = axis2;
2 26 Feb 07 jari 97         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 98         this.exptID = experiment.getId();
2 26 Feb 07 jari 99         this.ellipse = new Ellipse2D.Double();
2 26 Feb 07 jari 100         this.setBackground(Color.white);   
2 26 Feb 07 jari 101         
2 26 Feb 07 jari 102         popup = createJPopupMenu();        
2 26 Feb 07 jari 103         
2 26 Feb 07 jari 104         GraphListener graphListener = new GraphListener();
2 26 Feb 07 jari 105         addMouseListener(graphListener);
2 26 Feb 07 jari 106         addMouseMotionListener(graphListener);      
2 26 Feb 07 jari 107     }
2 26 Feb 07 jari 108     
2 26 Feb 07 jari 109     /** Creates a new instance of COA2DViewer */
2 26 Feb 07 jari 110     public COA2DViewer(Experiment experiment, FloatMatrix UMatrix, int geneOrExpt, int axis1, int axis2) {
2 26 Feb 07 jari 111         this.UMatrix = UMatrix;
2 26 Feb 07 jari 112         this.axis1 = axis1;
2 26 Feb 07 jari 113         this.axis2 = axis2;        
2 26 Feb 07 jari 114         this.xArray = getFloatArray(UMatrix, axis1);
2 26 Feb 07 jari 115         this.yArray = getFloatArray(UMatrix, axis2);
2 26 Feb 07 jari 116         this.displayExptNames = false;
2 26 Feb 07 jari 117         this.showLargePoints = false;
2 26 Feb 07 jari 118         this.showTickLabels = true;        
2 26 Feb 07 jari 119         this.geneOrExpt = geneOrExpt;
2 26 Feb 07 jari 120         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 121         this.exptID = experiment.getId();
2 26 Feb 07 jari 122         this.ellipse = new Ellipse2D.Double();
2 26 Feb 07 jari 123         this.setBackground(Color.white); 
2 26 Feb 07 jari 124         
2 26 Feb 07 jari 125         popup = createJPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 126         
2 26 Feb 07 jari 127         GraphListener graphListener = new GraphListener();
2 26 Feb 07 jari 128         addMouseListener(graphListener);
2 26 Feb 07 jari 129         addMouseMotionListener(graphListener);        
2 26 Feb 07 jari 130     }    
2 26 Feb 07 jari 131     
2 26 Feb 07 jari 132     public COA2DViewer(Experiment experiment, FloatMatrix geneUMatrix, FloatMatrix exptUMatrix, int geneOrExpt, int axis1, int axis2) {
2 26 Feb 07 jari 133         this.geneUMatrix = geneUMatrix;
2 26 Feb 07 jari 134         this.exptUMatrix = exptUMatrix;
2 26 Feb 07 jari 135         //scaleMatrices(geneUMatrix, exptUMatrix);
2 26 Feb 07 jari 136         scaledGeneUMatrix = (FloatMatrix)(geneUMatrix.clone());
2 26 Feb 07 jari 137         scaledExptUMatrix = (FloatMatrix)(exptUMatrix.clone());        
2 26 Feb 07 jari 138         this.UMatrix = combineMatrices(scaledGeneUMatrix, scaledExptUMatrix);
2 26 Feb 07 jari 139         this.axis1 = axis1;
2 26 Feb 07 jari 140         this.axis2 = axis2;        
2 26 Feb 07 jari 141         this.xArray = getFloatArray(UMatrix, axis1);
2 26 Feb 07 jari 142         this.yArray = getFloatArray(UMatrix, axis2);
2 26 Feb 07 jari 143         this.displayExptNames = false;
2 26 Feb 07 jari 144         this.showLargePoints = false;
2 26 Feb 07 jari 145         this.showTickLabels = true;
2 26 Feb 07 jari 146         this.geneOrExpt = geneOrExpt;
2 26 Feb 07 jari 147         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 148         this.exptID = experiment.getId();
2 26 Feb 07 jari 149         this.ellipse = new Ellipse2D.Double();
2 26 Feb 07 jari 150         this.setBackground(Color.white);  
2 26 Feb 07 jari 151         
2 26 Feb 07 jari 152         popup = createJPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 153         
2 26 Feb 07 jari 154         GraphListener graphListener = new GraphListener();
2 26 Feb 07 jari 155         addMouseListener(graphListener);
2 26 Feb 07 jari 156         addMouseMotionListener(graphListener);        
2 26 Feb 07 jari 157     }
2 26 Feb 07 jari 158     /**
2 26 Feb 07 jari 159      * XMLEncoder/Decoder constructor
2 26 Feb 07 jari 160      * @param exptID
2 26 Feb 07 jari 161      * @param geneUMatrix
2 26 Feb 07 jari 162      * @param expUMatrix
2 26 Feb 07 jari 163      * @param xArray
2 26 Feb 07 jari 164      * @param yArray
2 26 Feb 07 jari 165      * @param geneOrExpt
2 26 Feb 07 jari 166      * @param axis1
2 26 Feb 07 jari 167      * @param axis2
2 26 Feb 07 jari 168      */
2 26 Feb 07 jari 169     public COA2DViewer(Experiment e, FloatMatrix geneUMatrix, FloatMatrix expUMatrix, float[] xArray, float[] yArray, Integer geneOrExpt, Integer axis1, Integer axis2) {
2 26 Feb 07 jari 170         this.xArray = xArray;
2 26 Feb 07 jari 171         this.yArray = yArray;
2 26 Feb 07 jari 172         this.axis1 = axis1.intValue();
2 26 Feb 07 jari 173         this.axis2 = axis2.intValue();        
2 26 Feb 07 jari 174         this.displayExptNames = false;
2 26 Feb 07 jari 175         this.showLargePoints = false;
2 26 Feb 07 jari 176         this.showTickLabels = true;
2 26 Feb 07 jari 177         this.geneOrExpt = geneOrExpt.intValue();
2 26 Feb 07 jari 178         if(geneUMatrix != null)
2 26 Feb 07 jari 179           this.geneUMatrix = geneUMatrix;
2 26 Feb 07 jari 180         if(expUMatrix != null)
2 26 Feb 07 jari 181           this.exptUMatrix = expUMatrix;
2 26 Feb 07 jari 182         if (this.geneOrExpt == COAGUI.BOTH) {
2 26 Feb 07 jari 183             scaledGeneUMatrix = (FloatMatrix)(geneUMatrix.clone());
2 26 Feb 07 jari 184             scaledExptUMatrix = (FloatMatrix)(exptUMatrix.clone());   
2 26 Feb 07 jari 185       }     
2 26 Feb 07 jari 186         this.ellipse = new Ellipse2D.Double();
2 26 Feb 07 jari 187         this.setBackground(Color.white);  
2 26 Feb 07 jari 188         
2 26 Feb 07 jari 189         popup = createJPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 190     
2 26 Feb 07 jari 191         GraphListener graphListener = new GraphListener();
2 26 Feb 07 jari 192         addMouseListener(graphListener);
2 26 Feb 07 jari 193         addMouseMotionListener(graphListener);     
2 26 Feb 07 jari 194         setExperiment(e);
2 26 Feb 07 jari 195     }
2 26 Feb 07 jari 196     /**
2 26 Feb 07 jari 197      * @inheritDoc
2 26 Feb 07 jari 198      */
2 26 Feb 07 jari 199     public Expression getExpression(){
2 26 Feb 07 jari 200       return new Expression(this, this.getClass(), "new", 
2 26 Feb 07 jari 201           new Object[]{this.experiment, geneUMatrix, exptUMatrix, xArray, yArray, new Integer(geneOrExpt), new Integer(axis1), new Integer(axis2)});
2 26 Feb 07 jari 202     }
2 26 Feb 07 jari 203     
2 26 Feb 07 jari 204   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 205    * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#setExperiment(org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment)
2 26 Feb 07 jari 206    */
2 26 Feb 07 jari 207   public void setExperiment(Experiment e) {
2 26 Feb 07 jari 208     this.experiment = e;
2 26 Feb 07 jari 209     this.exptID = experiment.getId();
2 26 Feb 07 jari 210   }
2 26 Feb 07 jari 211
2 26 Feb 07 jari 212     private void scaleMatrices(FloatMatrix U1, FloatMatrix U2) { //brings them both to the same scale for plotting
2 26 Feb 07 jari 213         float max1 = 0f;
2 26 Feb 07 jari 214         float max2 = 0f;
2 26 Feb 07 jari 215         final int rows1 = U1.getRowDimension();
2 26 Feb 07 jari 216         final int rows2 = U2.getRowDimension();
2 26 Feb 07 jari 217         for (int i = rows1; --i >= 0;) {
2 26 Feb 07 jari 218             max1 = Math.max(max1, Math.max(Math.max(Math.abs(U1.get(i, 0)), Math.abs(U1.get(i, 1))), Math.abs(U1.get(i, 2))));
2 26 Feb 07 jari 219         }
2 26 Feb 07 jari 220         for (int i = rows2; --i >= 0;) {
2 26 Feb 07 jari 221             max2 = Math.max(max2, Math.max(Math.max(Math.abs(U2.get(i, 0)), Math.abs(U2.get(i, 1))), Math.abs(U2.get(i, 2))));
2 26 Feb 07 jari 222         }  
2 26 Feb 07 jari 223         
2 26 Feb 07 jari 224         float max = Math.max(max1, max2);
2 26 Feb 07 jari 225         
2 26 Feb 07 jari 226         if (max1 == max2) {
2 26 Feb 07 jari 227             scaledGeneUMatrix = (FloatMatrix)(geneUMatrix.clone());
2 26 Feb 07 jari 228             scaledExptUMatrix = (FloatMatrix)(exptUMatrix.clone());
2 26 Feb 07 jari 229         } else if (max1 > max2) {
2 26 Feb 07 jari 230             scaledGeneUMatrix = (FloatMatrix)(geneUMatrix.clone());
2 26 Feb 07 jari 231             float scalingFactor = (float)(max1/max2);
2 26 Feb 07 jari 232             scaledExptUMatrix = exptUMatrix.times(scalingFactor);
2 26 Feb 07 jari 233         } else {
2 26 Feb 07 jari 234             scaledExptUMatrix = (FloatMatrix)(exptUMatrix.clone());
2 26 Feb 07 jari 235             float scalingFactor = (float)(max2/max1);
2 26 Feb 07 jari 236             scaledGeneUMatrix = geneUMatrix.times(scalingFactor);
2 26 Feb 07 jari 237         }
2 26 Feb 07 jari 238     }    
2 26 Feb 07 jari 239     
2 26 Feb 07 jari 240     private FloatMatrix combineMatrices(FloatMatrix U1, FloatMatrix U2) {
2 26 Feb 07 jari 241         FloatMatrix combinedMatrix = new FloatMatrix(U1.getRowDimension() + U2.getRowDimension(), U1.getColumnDimension());
2 26 Feb 07 jari 242         
2 26 Feb 07 jari 243         for (int i = 0; i < U1.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 244             for (int j = 0; j < U1.getColumnDimension(); j++) {
2 26 Feb 07 jari 245                 combinedMatrix.A[i][j] =U1.A[i][j];
2 26 Feb 07 jari 246             }
2 26 Feb 07 jari 247         }
2 26 Feb 07 jari 248         int counter = U1.getRowDimension();
2 26 Feb 07 jari 249         for (int i = 0; i < U2.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 250             for (int j = 0; j < U2.getColumnDimension(); j++) {
2 26 Feb 07 jari 251                 combinedMatrix.A[counter + i][j] = U2.A[i][j];
2 26 Feb 07 jari 252             }
2 26 Feb 07 jari 253         }
2 26 Feb 07 jari 254         return combinedMatrix; 
2 26 Feb 07 jari 255     }    
2 26 Feb 07 jari 256     
2 26 Feb 07 jari 257    private float[] getFloatArray(FloatMatrix matrix, int column) {
2 26 Feb 07 jari 258        float[] array = new float[matrix.getRowDimension()];
2 26 Feb 07 jari 259        for (int i = 0; i < array.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 260            array[i] = matrix.A[i][column];
2 26 Feb 07 jari 261        }
2 26 Feb 07 jari 262        return array;
2 26 Feb 07 jari 263    }    
2 26 Feb 07 jari 264     
2 26 Feb 07 jari 265     
2 26 Feb 07 jari 266     public void paint(Graphics g) {
2 26 Feb 07 jari 267         super.paint(g);
2 26 Feb 07 jari 268         Graphics2D g2D = (Graphics2D)g;
2 26 Feb 07 jari 269         int panelWidth = this.getWidth();
2 26 Feb 07 jari 270         int panelHeight = this.getHeight();
2 26 Feb 07 jari 271         int originX = (int)Math.round((double)(this.getWidth()/2));
2 26 Feb 07 jari 272         int originY = (int)Math.round((double)(this.getHeight()/2));
2 26 Feb 07 jari 273         double origMaxXValue = getMax(xArray);
2 26 Feb 07 jari 274         double origMaxYValue = getMax(yArray);
2 26 Feb 07 jari 275         double origMinXValue = getMin(xArray);
2 26 Feb 07 jari 276         double origMinYValue = getMin(yArray);
2 26 Feb 07 jari 277         
2 26 Feb 07 jari 278         double xScalingFactor = getXScalingFactor(origMaxXValue, origMinXValue); // relative to originX and originY
2 26 Feb 07 jari 279         double yScalingFactor = getYScalingFactor(origMaxYValue, origMinYValue); // relative to originX and originY   
2 26 Feb 07 jari 280         
2 26 Feb 07 jari 281         //draw axes
2 26 Feb 07 jari 282         g2D.setStroke(new BasicStroke(2.0f));
2 26 Feb 07 jari 283         g2D.drawLine(0, (int)Math.round((double)(this.getHeight()/2)), this.getWidth(), (int)Math.round((double)(this.getHeight()/2)));
2 26 Feb 07 jari 284         g2D.drawLine((int)Math.round((double)(this.getWidth()/2)), 0, (int)Math.round((double)(this.getWidth()/2)), this.getHeight());  
2 26 Feb 07 jari 285         
2 26 Feb 07 jari 286         double[] xIntervalArray = new double[6];
2 26 Feb 07 jari 287         double[] yIntervalArray = new double[6];
2 26 Feb 07 jari 288         
2 26 Feb 07 jari 289         double xIncrement = 0.0d;
2 26 Feb 07 jari 290         double yIncrement = 0.0d;
2 26 Feb 07 jari 291         
2 26 Feb 07 jari 292         if (Math.abs(origMaxXValue) > Math.abs(origMinXValue)) {
2 26 Feb 07 jari 293             xIncrement = Math.abs((double)(origMaxXValue/5.0d));
2 26 Feb 07 jari 294         } else {
2 26 Feb 07 jari 295             xIncrement = Math.abs((double)(origMinXValue/5.0d));
2 26 Feb 07 jari 296         }
2 26 Feb 07 jari 297         
2 26 Feb 07 jari 298         if (Math.abs(origMaxYValue) > Math.abs(origMinYValue)) {
2 26 Feb 07 jari 299             yIncrement = Math.abs((double)(origMaxYValue/5.0d));
2 26 Feb 07 jari 300         } else {
2 26 Feb 07 jari 301             yIncrement = Math.abs((double)(origMinYValue/5.0d));
2 26 Feb 07 jari 302         }    
2 26 Feb 07 jari 303         
2 26 Feb 07 jari 304         double xCounter = 0.0d;
2 26 Feb 07 jari 305         double yCounter = 0.0d;
2 26 Feb 07 jari 306         for (int i = 0; i < xIntervalArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 307             xIntervalArray[i] = xCounter;
2 26 Feb 07 jari 308             xCounter = xCounter + xIncrement;
2 26 Feb 07 jari 309             yIntervalArray[i] = yCounter;
2 26 Feb 07 jari 310             yCounter = yCounter + yIncrement;
2 26 Feb 07 jari 311         }
2 26 Feb 07 jari 312         
2 26 Feb 07 jari 313         if (this.showTickLabels) {
2 26 Feb 07 jari 314             //draw x tick marks
2 26 Feb 07 jari 315             
2 26 Feb 07 jari 316             for (int i = 1; i < xIntervalArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 317                 g2D.drawLine((int)Math.round(xIntervalArray[i]*xScalingFactor) +this.getWidth()/2, this.getHeight()/2 - 5, (int)Math.round(xIntervalArray[i]*xScalingFactor) +this.getWidth()/2, this.getHeight()/2 + 5);
2 26 Feb 07 jari 318             }
2 26 Feb 07 jari 319             
2 26 Feb 07 jari 320             for (int i = 1; i < xIntervalArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 321                 g2D.drawLine(this.getWidth()/2 - (int)Math.round(xIntervalArray[i]*xScalingFactor), this.getHeight()/2 - 5, this.getWidth()/2 - (int)Math.round(xIntervalArray[i]*xScalingFactor), this.getHeight()/2 + 5);
2 26 Feb 07 jari 322             }
2 26 Feb 07 jari 323             
2 26 Feb 07 jari 324             //draw y tick marks
2 26 Feb 07 jari 325             for (int i = 1; i < yIntervalArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 326                 g2D.drawLine(this.getWidth()/2 - 5, this.getHeight()/2 + (int)Math.round(yIntervalArray[i]*yScalingFactor), this.getWidth()/2 + 5, this.getHeight()/2 + (int)Math.round(yIntervalArray[i]*yScalingFactor));
2 26 Feb 07 jari 327             }
2 26 Feb 07 jari 328             
2 26 Feb 07 jari 329             for (int i = 1; i < yIntervalArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 330                 g2D.drawLine(this.getWidth()/2 - 5, this.getHeight()/2 - (int)Math.round(yIntervalArray[i]*yScalingFactor), this.getWidth()/2 + 5, this.getHeight()/2 - (int)Math.round(yIntervalArray[i]*yScalingFactor));
2 26 Feb 07 jari 331             }
2 26 Feb 07 jari 332             
2 26 Feb 07 jari 333             g2D.setStroke(new BasicStroke(2.0f));
2 26 Feb 07 jari 334             g2D.setColor(Color.black);
2 26 Feb 07 jari 335             
2 26 Feb 07 jari 336             DecimalFormat nf = new DecimalFormat();
2 26 Feb 07 jari 337             //nf.setMaximumFractionDigits(2);
2 26 Feb 07 jari 338             
2 26 Feb 07 jari 339             //tick labels
2 26 Feb 07 jari 340             for (int i = 1; i < xIntervalArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 341                 double stringWidth = (g2D.getFontMetrics()).stringWidth(nf.format(xIntervalArray[i]));
2 26 Feb 07 jari 342                 g2D.drawString(nf.format((double)xIntervalArray[i]), (int)Math.round(xIntervalArray[i]*xScalingFactor) +this.getWidth()/2 - (int)Math.round(0.5d*stringWidth), this.getHeight()/2 + 20);
2 26 Feb 07 jari 343             }
2 26 Feb 07 jari 344             
2 26 Feb 07 jari 345             for (int i = 1; i < xIntervalArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 346                 double stringWidth = (g2D.getFontMetrics()).stringWidth("-" + nf.format(xIntervalArray[i]));
2 26 Feb 07 jari 347                 g2D.drawString("-" + nf.format((double)xIntervalArray[i]), this.getWidth()/2 - (int)Math.round(xIntervalArray[i]*xScalingFactor) - (int)Math.round(0.5d*stringWidth), this.getHeight()/2 + 20);
2 26 Feb 07 jari 348             }
2 26 Feb 07 jari 349             
2 26 Feb 07 jari 350             for (int i = 1; i < yIntervalArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 351                 g2D.drawString(nf.format((double)yIntervalArray[i]), this.getWidth()/2 + 10, this.getHeight()/2 - (int)Math.round(yIntervalArray[i]*yScalingFactor) );
2 26 Feb 07 jari 352             }
2 26 Feb 07 jari 353             
2 26 Feb 07 jari 354             for (int i = 1; i < yIntervalArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 355                 g2D.drawString("-" + nf.format((double)yIntervalArray[i]), this.getWidth()/2 + 10, this.getHeight()/2 + (int)Math.round(yIntervalArray[i]*yScalingFactor) );
2 26 Feb 07 jari 356             }
2 26 Feb 07 jari 357         }
2 26 Feb 07 jari 358         //Color[] pointColor = new Color[xArray.length];
2 26 Feb 07 jari 359         
2 26 Feb 07 jari 360         if ((geneOrExpt == COAGUI.GENES) || (geneOrExpt == COAGUI.EXPTS)) {
2 26 Feb 07 jari 361             /*
2 26 Feb 07 jari 362             for (int i = 0; i < pointColor.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 363                 pointColor[i] = Color.black; //just for now, will add cluster colors later
2 26 Feb 07 jari 364             }
2 26 Feb 07 jari 365              */
2 26 Feb 07 jari 366             //draw data points
2 26 Feb 07 jari 367             for (int i = 0; i < xArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 368                 Color currPointColor = Color.black;
2 26 Feb 07 jari 369                 if (geneOrExpt == COAGUI.GENES) {
2 26 Feb 07 jari 370                     currPointColor = this.data.getProbeColor(this.experiment.getGeneIndexMappedToData(i));
2 26 Feb 07 jari 371                     if (currPointColor == null) currPointColor = Color.black;
2 26 Feb 07 jari 372                 } else if (geneOrExpt == COAGUI.EXPTS) {
2 26 Feb 07 jari 373                     currPointColor = this.data.getExperimentColor(i);
2 26 Feb 07 jari 374                     if (currPointColor == null) currPointColor = Color.black;
2 26 Feb 07 jari 375                 }
2 26 Feb 07 jari 376                 g2D.setColor(currPointColor);
2 26 Feb 07 jari 377                 if (showLargePoints) {
2 26 Feb 07 jari 378                     drawRectPoint(g2D, xArray[i], yArray[i], getXScalingFactor(origMaxXValue, origMinXValue), getYScalingFactor(origMaxYValue, origMinYValue), 8);
2 26 Feb 07 jari 379                 } else {
2 26 Feb 07 jari 380                     drawPoint(g2D, xArray[i], yArray[i], getXScalingFactor(origMaxXValue, origMinXValue), getYScalingFactor(origMaxYValue, origMinYValue), 5);
2 26 Feb 07 jari 381                 }
2 26 Feb 07 jari 382                 g2D.setColor(Color.black);
2 26 Feb 07 jari 383                 //g2D.drawOval((midX + expectedXArray[i]),
2 26 Feb 07 jari 384             }
2 26 Feb 07 jari 385             g2D.drawString( "X axis = " + (axis1 + 1) + ", Y axis = " + (axis2 + 1), this.getWidth()/2 + 25, this.getHeight() - 25);
2 26 Feb 07 jari 386             
2 26 Feb 07 jari 387         } else { // if (geneOrExpt == COAGUI.BOTH)
2 26 Feb 07 jari 388             /*
2 26 Feb 07 jari 389             for (int i = 0; i < geneUMatrix.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 390                 pointColor[i] = Color.black; //just for now, will add cluster colors later
2 26 Feb 07 jari 391             }    
2 26 Feb 07 jari 392             for (int i = geneUMatrix.getRowDimension(); i < pointColor.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 393                 pointColor[i] = Color.gray;
2 26 Feb 07 jari 394             }
2 26 Feb 07 jari 395              */
2 26 Feb 07 jari 396             //draw data points
2 26 Feb 07 jari 397             Color currPointColor = Color.black;
2 26 Feb 07 jari 398             for (int i = 0; i < geneUMatrix.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 399                  currPointColor = this.data.getProbeColor(this.experiment.getGeneIndexMappedToData(i));
2 26 Feb 07 jari 400                  if (currPointColor == null) currPointColor = Color.gray;
2 26 Feb 07 jari 401                 g2D.setColor(currPointColor);
2 26 Feb 07 jari 402                 drawPoint(g2D, xArray[i], yArray[i], getXScalingFactor(origMaxXValue, origMinXValue), getYScalingFactor(origMaxYValue, origMinYValue), 5);
2 26 Feb 07 jari 403                 g2D.setColor(Color.gray);
2 26 Feb 07 jari 404                 //g2D.drawOval((midX + expectedXArray[i]),
2 26 Feb 07 jari 405             }  
2 26 Feb 07 jari 406             //g2D.setColor(Color.lightGray);
2 26 Feb 07 jari 407             for (int i = geneUMatrix.getRowDimension(); i < xArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 408                 currPointColor = this.data.getExperimentColor(i - geneUMatrix.getRowDimension());
2 26 Feb 07 jari 409                 if (currPointColor == null) currPointColor = Color.black;
2 26 Feb 07 jari 410                 g2D.setColor(currPointColor);
2 26 Feb 07 jari 411                 drawRectPoint(g2D, xArray[i], yArray[i], getXScalingFactor(origMaxXValue, origMinXValue), getYScalingFactor(origMaxYValue, origMinYValue), 8);
2 26 Feb 07 jari 412                 g2D.setColor(Color.black);                
2 26 Feb 07 jari 413             }
2 26 Feb 07 jari 414             g2D.setColor(Color.black);
2 26 Feb 07 jari 415             g2D.drawString( "X axis = " + (axis1 + 1) + ", Y axis = " + (axis2 + 1), this.getWidth()/2 + 25, this.getHeight() - 25);            
2 26 Feb 07 jari 416         }
2 26 Feb 07 jari 417         
2 26 Feb 07 jari 418         // display expt names
2 26 Feb 07 jari 419         
2 26 Feb 07 jari 420         if (this.geneOrExpt == COAGUI.EXPTS) {
2 26 Feb 07 jari 421             if (this.displayExptNames) {
2 26 Feb 07 jari 422                 FontMetrics fmet = g2D.getFontMetrics(g2D.getFont());
2 26 Feb 07 jari 423                 double ascent = (double)(fmet.getAscent());
2 26 Feb 07 jari 424                 double advance = (double)(fmet.getMaxAdvance());
2 26 Feb 07 jari 425                 for (int i = 0; i < xArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 426                     double currCoords[] = getCoords(xArray[i], yArray[i]);
2 26 Feb 07 jari 427                     String currName = data.getSampleName(i);
2 26 Feb 07 jari 428                     double stringWidth = (double)(fmet.stringWidth(currName));
2 26 Feb 07 jari 429                     if ((currCoords[0] + 0.5d*advance + stringWidth) > (double)(this.getWidth())) {
2 26 Feb 07 jari 430                         g2D.drawString(currName, (float)(currCoords[0] - stringWidth - 0.25d*advance), (float)(currCoords[1] + 0.5d*ascent));
2 26 Feb 07 jari 431                     }
2 26 Feb 07 jari 432                     else {
2 26 Feb 07 jari 433                         g2D.drawString(currName, (float)(currCoords[0] + 0.5d*advance), (float)(currCoords[1] + 0.5d*ascent));
2 26 Feb 07 jari 434                     }                    
2 26 Feb 07 jari 435                     //g2D.drawString(currName, (float)(currCoords[0] + 0.5d*advance), (float)(currCoords[1] + 0.5d*ascent));
2 26 Feb 07 jari 436                 }
2 26 Feb 07 jari 437             }
2 26 Feb 07 jari 438         }
2 26 Feb 07 jari 439         
2 26 Feb 07 jari 440         if (this.geneOrExpt == COAGUI.BOTH) {
2 26 Feb 07 jari 441             if (this.displayExptNames) {
2 26 Feb 07 jari 442                 FontMetrics fmet = g2D.getFontMetrics(g2D.getFont());
2 26 Feb 07 jari 443                 double ascent = (double)(fmet.getAscent());
2 26 Feb 07 jari 444                 double advance = (double)(fmet.getMaxAdvance());
2 26 Feb 07 jari 445                 for (int i = geneUMatrix.getRowDimension(); i < xArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 446                     double currCoords[] = getCoords(xArray[i], yArray[i]);
2 26 Feb 07 jari 447                     String currName = data.getSampleName(i - geneUMatrix.getRowDimension());
2 26 Feb 07 jari 448                     double stringWidth = (double)(fmet.stringWidth(currName));
2 26 Feb 07 jari 449                     if ((currCoords[0] + 0.5d*advance + stringWidth) > (double)(this.getWidth())) {
2 26 Feb 07 jari 450                         g2D.drawString(currName, (float)(currCoords[0] - stringWidth - 0.25d*advance), (float)(currCoords[1] + 0.5d*ascent));
2 26 Feb 07 jari 451                     }
2 26 Feb 07 jari 452                     else {
2 26 Feb 07 jari 453                         g2D.drawString(currName, (float)(currCoords[0] + 0.5d*advance), (float)(currCoords[1] + 0.5d*ascent));
2 26 Feb 07 jari 454                     }
2 26 Feb 07 jari 455                 }
2 26 Feb 07 jari 456             }
2 26 Feb 07 jari 457         }        
2 26 Feb 07 jari 458         
2 26 Feb 07 jari 459         if (currentRect != null) {
2 26 Feb 07 jari 460             g2D.setXORMode(Color.white);//Color of line varies
2 26 Feb 07 jari 461                                            //depending on image colors
2 26 Feb 07 jari 462             g2D.draw(ellipse);
2 26 Feb 07 jari 463         }
2 26 Feb 07 jari 464     }
2 26 Feb 07 jari 465     
2 26 Feb 07 jari 466     private void drawPoint(Graphics2D g2D, double xValue, double yValue, double xScale, double yScale, int diameter) {
2 26 Feb 07 jari 467         int xRaw = (int)Math.round(xValue*xScale);
2 26 Feb 07 jari 468         int yRaw = (int)Math.round(yValue*yScale);
2 26 Feb 07 jari 469         //System.out.println("xValue = " + xValue + " , yValue = " + yValue + ", xRaw = " + xRaw + ", yRaw  = " + yRaw);
2 26 Feb 07 jari 470         
2 26 Feb 07 jari 471         int xCoord = (int)Math.round((double)(this.getWidth()/2)) + xRaw;
2 26 Feb 07 jari 472         int yCoord = (int)Math.round((double)(this.getHeight()/2)) - yRaw;
2 26 Feb 07 jari 473         
2 26 Feb 07 jari 474         g2D.fillOval(xCoord, yCoord, diameter, diameter);   
2 26 Feb 07 jari 475     } 
2 26 Feb 07 jari 476     
2 26 Feb 07 jari 477     private void drawRectPoint(Graphics2D g2D, double xValue, double yValue, double xScale, double yScale, int dim) {
2 26 Feb 07 jari 478         int xRaw = (int)Math.round(xValue*xScale);
2 26 Feb 07 jari 479         int yRaw = (int)Math.round(yValue*yScale);
2 26 Feb 07 jari 480         //System.out.println("xValue = " + xValue + " , yValue = " + yValue + ", xRaw = " + xRaw + ", yRaw  = " + yRaw);
2 26 Feb 07 jari 481         
2 26 Feb 07 jari 482         int xCoord = (int)Math.round((double)(this.getWidth()/2)) + xRaw;
2 26 Feb 07 jari 483         int yCoord = (int)Math.round((double)(this.getHeight()/2)) - yRaw;
2 26 Feb 07 jari 484         
2 26 Feb 07 jari 485         g2D.fillRect(xCoord, yCoord, dim, dim);
2 26 Feb 07 jari 486     }
2 26 Feb 07 jari 487     
2 26 Feb 07 jari 488     private double getMax(float[] array) {
2 26 Feb 07 jari 489         float max = Float.NEGATIVE_INFINITY;
2 26 Feb 07 jari 490         for (int i = 0; i < array.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 491             if (max < array[i]) {
2 26 Feb 07 jari 492                 max = array[i];
2 26 Feb 07 jari 493             }
2 26 Feb 07 jari 494         }
2 26 Feb 07 jari 495         return (double)max;
2 26 Feb 07 jari 496     }
2 26 Feb 07 jari 497     
2 26 Feb 07 jari 498     private double getMin(float[] array) {
2 26 Feb 07 jari 499         float min = Float.POSITIVE_INFINITY;
2 26 Feb 07 jari 500         for (int i = 0; i < array.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 501             if (min > array[i]) {
2 26 Feb 07 jari 502                 min = array[i];
2 26 Feb 07 jari 503             }
2 26 Feb 07 jari 504         }
2 26 Feb 07 jari 505         return (double)min;
2 26 Feb 07 jari 506     }    
2 26 Feb 07 jari 507     
2 26 Feb 07 jari 508     private double getXScalingFactor(double maxValue, double minValue) {
2 26 Feb 07 jari 509         double largest = 1;
2 26 Feb 07 jari 510         if ((maxValue > 0)&&(minValue > 0)) {
2 26 Feb 07 jari 511             largest = maxValue;
2 26 Feb 07 jari 512         } else if ((maxValue > 0)&&(minValue < 0)) {
2 26 Feb 07 jari 513             if (maxValue > Math.abs(minValue)) {
2 26 Feb 07 jari 514                 largest = maxValue;
2 26 Feb 07 jari 515             } else {
2 26 Feb 07 jari 516                 largest = Math.abs(minValue);
2 26 Feb 07 jari 517             }
2 26 Feb 07 jari 518         } else if (maxValue <= 0) {
2 26 Feb 07 jari 519             largest = Math.abs(minValue);
2 26 Feb 07 jari 520         } else if (minValue == 0) {
2 26 Feb 07 jari 521             largest = maxValue;
2 26 Feb 07 jari 522         }
2 26 Feb 07 jari 523         
2 26 Feb 07 jari 524         double scalingFactor =0;
2 26 Feb 07 jari 525         scalingFactor = (this.getWidth()/2 - 50)/largest;       
2 26 Feb 07 jari 526         return scalingFactor;
2 26 Feb 07 jari 527     }   
2 26 Feb 07 jari 528     
2 26 Feb 07 jari 529     private double getYScalingFactor(double maxValue, double minValue) {
2 26 Feb 07 jari 530         double largest = 1;
2 26 Feb 07 jari 531         if ((maxValue > 0)&&(minValue > 0)) {
2 26 Feb 07 jari 532             largest = maxValue;
2 26 Feb 07 jari 533         } else if ((maxValue > 0)&&(minValue < 0)) {
2 26 Feb 07 jari 534             if (maxValue > Math.abs(minValue)) {
2 26 Feb 07 jari 535                 largest = maxValue;
2 26 Feb 07 jari 536             } else {
2 26 Feb 07 jari 537                 largest = Math.abs(minValue);
2 26 Feb 07 jari 538             }
2 26 Feb 07 jari 539         } else if (maxValue <= 0) {
2 26 Feb 07 jari 540             largest = Math.abs(minValue);
2 26 Feb 07 jari 541         } else if (minValue == 0) {
2 26 Feb 07 jari 542             largest = maxValue;
2 26 Feb 07 jari 543         }
2 26 Feb 07 jari 544         
2 26 Feb 07 jari 545         double scalingFactor = 0;
2 26 Feb 07 jari 546         scalingFactor = (this.getHeight()/2 - 50)/largest;
2 26 Feb 07 jari 547         return scalingFactor;
2 26 Feb 07 jari 548     }    
2 26 Feb 07 jari 549     
2 26 Feb 07 jari 550     /** Returns the viewer's clusters or null
2 26 Feb 07 jari 551      */
2 26 Feb 07 jari 552     public int[][] getClusters() {
2 26 Feb 07 jari 553         return null;
2 26 Feb 07 jari 554     }
2 26 Feb 07 jari 555     
2 26 Feb 07 jari 556     public int[] getSelectedPoints() {
2 26 Feb 07 jari 557         Vector selPointsVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 558         for (int i = 0; i < UMatrix.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 559             double[] currCoords = getCoords(xArray[i], yArray[i]);
2 26 Feb 07 jari 560             if (ellipse.contains(currCoords[0], currCoords[1])) {
2 26 Feb 07 jari 561                 if (geneOrExpt == COAGUI.GENES) {
2 26 Feb 07 jari 562                     selPointsVector.add(new Integer(experiment.getGeneIndexMappedToData(i)));
2 26 Feb 07 jari 563                 } else if (geneOrExpt == COAGUI.EXPTS) {
2 26 Feb 07 jari 564                     selPointsVector.add(new Integer(experiment.getSampleIndex(i)));
2 26 Feb 07 jari 565                 }
2 26 Feb 07 jari 566             }
2 26 Feb 07 jari 567         }
2 26 Feb 07 jari 568         
2 26 Feb 07 jari 569         int[] selPoints = new int[selPointsVector.size()];
2 26 Feb 07 jari 570         for (int i = 0; i < selPoints.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 571             selPoints[i] = ((Integer)(selPointsVector.get(i))).intValue();
2 26 Feb 07 jari 572         }
2 26 Feb 07 jari 573         
2 26 Feb 07 jari 574         return selPoints;
2 26 Feb 07 jari 575     }
2 26 Feb 07 jari 576     
2 26 Feb 07 jari 577     public int[] getSelectedGenesFromBoth() {
2 26 Feb 07 jari 578         Vector selPointsVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 579         for (int i = 0; i < geneUMatrix.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 580             double[] currCoords = getCoords(xArray[i], yArray[i]);
2 26 Feb 07 jari 581             if (ellipse.contains(currCoords[0], currCoords[1])) {
2 26 Feb 07 jari 582                 selPointsVector.add(new Integer(experiment.getGeneIndexMappedToData(i)));
2 26 Feb 07 jari 583             }
2 26 Feb 07 jari 584         }
2 26 Feb 07 jari 585         
2 26 Feb 07 jari 586         int[] selPoints = new int[selPointsVector.size()];
2 26 Feb 07 jari 587         for (int i = 0; i < selPoints.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 588             selPoints[i] = ((Integer)(selPointsVector.get(i))).intValue();
2 26 Feb 07 jari 589         }
2 26 Feb 07 jari 590         
2 26 Feb 07 jari 591         return selPoints;        
2 26 Feb 07 jari 592     }
2 26 Feb 07 jari 593     
2 26 Feb 07 jari 594     public int[] getSelectedExptsFromBoth() {
2 26 Feb 07 jari 595         Vector selPointsVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 596         for (int i = geneUMatrix.getRowDimension(); i < UMatrix.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 597             double[] currCoords = getCoords(xArray[i], yArray[i]);
2 26 Feb 07 jari 598             if (ellipse.contains(currCoords[0], currCoords[1])) {
2 26 Feb 07 jari 599                 selPointsVector.add(new Integer(experiment.getSampleIndex(i - geneUMatrix.getRowDimension())));
2 26 Feb 07 jari 600             }
2 26 Feb 07 jari 601         }
2 26 Feb 07 jari 602         
2 26 Feb 07 jari 603         int[] selPoints = new int[selPointsVector.size()];
2 26 Feb 07 jari 604         for (int i = 0; i < selPoints.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 605             selPoints[i] = ((Integer)(selPointsVector.get(i))).intValue();
2 26 Feb 07 jari 606         }
2 26 Feb 07 jari 607         
2 26 Feb 07 jari 608         return selPoints;        
2 26 Feb 07 jari 609     }    
2 26 Feb 07 jari 610     
2 26 Feb 07 jari 611     private double[] getCoords(double xValue, double yValue) {
2 26 Feb 07 jari 612         double origMaxXValue = getMax(xArray);
2 26 Feb 07 jari 613         double origMaxYValue = getMax(yArray);
2 26 Feb 07 jari 614         double origMinXValue = getMin(xArray);
2 26 Feb 07 jari 615         double origMinYValue = getMin(yArray);
2 26 Feb 07 jari 616         
2 26 Feb 07 jari 617         double xScalingFactor = getXScalingFactor(origMaxXValue, origMinXValue); // relative to originX and originY
2 26 Feb 07 jari 618         double yScalingFactor = getYScalingFactor(origMaxYValue, origMinYValue); // relative to originX and originY  
2 26 Feb 07 jari 619         
2 26 Feb 07 jari 620         double xRaw = Math.round(xValue*xScalingFactor);
2 26 Feb 07 jari 621         double yRaw= Math.round(yValue*yScalingFactor);
2 26 Feb 07 jari 622         
2 26 Feb 07 jari 623         double xCoord = Math.round((double)(this.getWidth()/2)) + xRaw;
2 26 Feb 07 jari 624         double yCoord = Math.round((double)(this.getHeight()/2)) - yRaw;      
2 26 Feb 07 jari 625         
2 26 Feb 07 jari 626        double[] coords = {xCoord, yCoord};
2 26 Feb 07 jari 627        return coords;
2 26 Feb 07 jari 628     }
2 26 Feb 07 jari 629     
2 26 Feb 07 jari 630     /** Returns a component to be inserted into scroll pane view port.
2 26 Feb 07 jari 631      */
2 26 Feb 07 jari 632     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 633         return this;
2 26 Feb 07 jari 634     }
2 26 Feb 07 jari 635     
2 26 Feb 07 jari 636     /** Returns the corner component corresponding to the indicated corner,
2 26 Feb 07 jari 637      * posibly null
2 26 Feb 07 jari 638      */
2 26 Feb 07 jari 639     public JComponent getCornerComponent(int cornerIndex) {
2 26 Feb 07 jari 640         return null;
2 26 Feb 07 jari 641     }
2 26 Feb 07 jari 642     
2 26 Feb 07 jari 643     /**  Returns the viewer's experiment or null
2 26 Feb 07 jari 644      */
2 26 Feb 07 jari 645     public Experiment getExperiment() {
2 26 Feb 07 jari 646         return experiment;
2 26 Feb 07 jari 647     }
2 26 Feb 07 jari 648     
2 26 Feb 07 jari 649     /** Returns a component to be inserted into scroll pane header.
2 26 Feb 07 jari 650      */
2 26 Feb 07 jari 651     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 652         return null;
2 26 Feb 07 jari 653     }
2 26 Feb 07 jari 654     
2 26 Feb 07 jari 655     /** Invoked by the framework to save or to print viewer image.
2 26 Feb 07 jari 656      */
2 26 Feb 07 jari 657     public BufferedImage getImage() {
2 26 Feb 07 jari 658         return null;
2 26 Feb 07 jari 659     }
2 26 Feb 07 jari 660     
2 26 Feb 07 jari 661     /** Returns a component to be inserted into the scroll pane row header
2 26 Feb 07 jari 662      */
2 26 Feb 07 jari 663     public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 664         return null;
2 26 Feb 07 jari 665     }
2 26 Feb 07 jari 666     
2 26 Feb 07 jari 667     /** Returns int value indicating viewer type
2 26 Feb 07 jari 668      * Cluster.GENE_CLUSTER, Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER, or -1 for both or unspecified
2 26 Feb 07 jari 669      */
2 26 Feb 07 jari 670     public int getViewerType() {
2 26 Feb 07 jari 671         return -1;
2 26 Feb 07 jari 672     }    
2 26 Feb 07 jari 673     
2 26 Feb 07 jari 674     /** Invoked when the framework is going to be closed.
2 26 Feb 07 jari 675      */
2 26 Feb 07 jari 676     public void onClosed() {
2 26 Feb 07 jari 677     }
2 26 Feb 07 jari 678     
2 26 Feb 07 jari 679     /** Invoked by the framework when data is changed,
2 26 Feb 07 jari 680      * if this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 681      * @see IData
2 26 Feb 07 jari 682      */
2 26 Feb 07 jari 683     public void onDataChanged(IData data) {
2 26 Feb 07 jari 684         setData(data);        
2 26 Feb 07 jari 685     }
2 26 Feb 07 jari 686     
2 26 Feb 07 jari 687     /** Invoked by the framework when this viewer was deselected.
2 26 Feb 07 jari 688      */
2 26 Feb 07 jari 689     public void onDeselected() {
2 26 Feb 07 jari 690     }
2 26 Feb 07 jari 691     
2 26 Feb 07 jari 692     /** Invoked by the framework when display menu is changed,
2 26 Feb 07 jari 693      * if this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 694      * @see IDisplayMenu
2 26 Feb 07 jari 695      */
2 26 Feb 07 jari 696     public void onMenuChanged(IDisplayMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 697     }
2 26 Feb 07 jari 698     
2 26 Feb 07 jari 699     /** Invoked by the framework when this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 700      */
2 26 Feb 07 jari 701     public void onSelected(IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 702         this.framework = framework;
2 26 Feb 07 jari 703         this.frame = framework.getFrame();
2 26 Feb 07 jari 704         setData(framework.getData());   
2 26 Feb 07 jari 705         
2 26 Feb 07 jari 706         //In case it is viewed after serialization
2 26 Feb 07 jari 707         if(popup == null){
2 26 Feb 07 jari 708             popup = createJPopupMenu(); 
2 26 Feb 07 jari 709             DefaultMutableTreeNode node = framework.getCurrentNode();
2 26 Feb 07 jari 710             if(node != null){
2 26 Feb 07 jari 711                 if(node.getUserObject() instanceof LeafInfo){
2 26 Feb 07 jari 712                     LeafInfo leafInfo = (LeafInfo) node.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 713                     leafInfo.setPopupMenu(this.popup);
2 26 Feb 07 jari 714                 }
2 26 Feb 07 jari 715             }
2 26 Feb 07 jari 716         }         
2 26 Feb 07 jari 717     }
2 26 Feb 07 jari 718     
2 26 Feb 07 jari 719     public void setData(IData data) {
2 26 Feb 07 jari 720         this.data = data;
2 26 Feb 07 jari 721     }    
2 26 Feb 07 jari 722     
2 26 Feb 07 jari 723     private class GraphListener extends MouseInputAdapter {
2 26 Feb 07 jari 724        
2 26 Feb 07 jari 725         public void mousePressed(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 726             int x = e.getX();
2 26 Feb 07 jari 727             int y = e.getY();
2 26 Feb 07 jari 728             currentRect = new Rectangle(x, y, 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 729             updateDrawableRect(getWidth(), getHeight());
2 26 Feb 07 jari 730             repaint();
2 26 Feb 07 jari 731             onShowSelection();
2 26 Feb 07 jari 732         }
2 26 Feb 07 jari 733         
2 26 Feb 07 jari 734         public void mouseDragged(MouseEvent e) {                        
2 26 Feb 07 jari 735             updateSize(e);
2 26 Feb 07 jari 736         }   
2 26 Feb 07 jari 737         
2 26 Feb 07 jari 738         public void mouseReleased(MouseEvent e) {                       
2 26 Feb 07 jari 739             updateSize(e);
2 26 Feb 07 jari 740         }
2 26 Feb 07 jari 741         
2 26 Feb 07 jari 742         void updateSize(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 743             int x = e.getX();
2 26 Feb 07 jari 744             int y = e.getY();
2 26 Feb 07 jari 745             currentRect.setSize(x - currentRect.x,
2 26 Feb 07 jari 746             y - currentRect.y);
2 26 Feb 07 jari 747             updateDrawableRect(getWidth(), getHeight());
2 26 Feb 07 jari 748             Rectangle totalRepaint = rectToDraw.union(previousRectDrawn); 
2 26 Feb 07 jari 749             ellipse.setFrame(totalRepaint.getX(), totalRepaint.getY(), totalRepaint.getWidth(), totalRepaint.getHeight());
2 26 Feb 07 jari 750             COA2DViewer.this.repaint();
2 26 Feb 07 jari 751             onShowSelection();
2 26 Feb 07 jari 752             //repaint(totalRepaint.x, totalRepaint.y,
2 26 Feb 07 jari 753             //totalRepaint.width, totalRepaint.height);
2 26 Feb 07 jari 754         }   
2 26 Feb 07 jari 755         
2 26 Feb 07 jari 756         private void updateDrawableRect(int compWidth, int compHeight) {
2 26 Feb 07 jari 757             int x = currentRect.x;
2 26 Feb 07 jari 758             int y = currentRect.y;
2 26 Feb 07 jari 759             int width = currentRect.width;
2 26 Feb 07 jari 760             int height = currentRect.height;
2 26 Feb 07 jari 761     
2 26 Feb 07 jari 762             //Make the width and height positive, if necessary.
2 26 Feb 07 jari 763             if (width < 0) {
2 26 Feb 07 jari 764                 width = 0 - width;
2 26 Feb 07 jari 765                 x = x - width + 1; 
2 26 Feb 07 jari 766                 if (x < 0) {
2 26 Feb 07 jari 767                     width += x; 
2 26 Feb 07 jari 768                     x = 0;
2 26 Feb 07 jari 769                 }
2 26 Feb 07 jari 770             }
2 26 Feb 07 jari 771             if (height < 0) {
2 26 Feb 07 jari 772                 height = 0 - height;
2 26 Feb 07 jari 773                 y = y - height + 1; 
2 26 Feb 07 jari 774                 if (y < 0) {
2 26 Feb 07 jari 775                     height += y; 
2 26 Feb 07 jari 776                     y = 0;
2 26 Feb 07 jari 777                 }
2 26 Feb 07 jari 778             }
2 26 Feb 07 jari 779     
2 26 Feb 07 jari 780             //The rectangle shouldn't extend past the drawing area.
2 26 Feb 07 jari 781             if ((x + width) > compWidth) {
2 26 Feb 07 jari 782                 width = compWidth - x;
2 26 Feb 07 jari 783             }
2 26 Feb 07 jari 784             if ((y + height) > compHeight) {
2 26 Feb 07 jari 785                 height = compHeight - y;
2 26 Feb 07 jari 786             }
2 26 Feb 07 jari 787           
2 26 Feb 07 jari 788             //Update rectToDraw after saving old value.
2 26 Feb 07 jari 789             if (rectToDraw != null) {
2 26 Feb 07 jari 790                 previousRectDrawn.setBounds(
2 26 Feb 07 jari 791                             rectToDraw.x, rectToDraw.y, 
2 26 Feb 07 jari 792                             rectToDraw.width, rectToDraw.height);
2 26 Feb 07 jari 793                 rectToDraw.setBounds(x, y, width, height);
2 26 Feb 07 jari 794             } else {
2 26 Feb 07 jari 795                 rectToDraw = new Rectangle(x, y, width, height);
2 26 Feb 07 jari 796             }
2 26 Feb 07 jari 797         }        
2 26 Feb 07 jari 798         
2 26 Feb 07 jari 799     }
2 26 Feb 07 jari 800     
2 26 Feb 07 jari 801     
2 26 Feb 07 jari 802     /**
2 26 Feb 07 jari 803      * Returns the viewer popup menu.
2 26 Feb 07 jari 804      */
2 26 Feb 07 jari 805     public JPopupMenu getJPopupMenu() {
2 26 Feb 07 jari 806         return popup;
2 26 Feb 07 jari 807     }
2 26 Feb 07 jari 808     
2 26 Feb 07 jari 809     /**
2 26 Feb 07 jari 810      * Creates the viewer popup menu.
2 26 Feb 07 jari 811      */
2 26 Feb 07 jari 812     private JPopupMenu createJPopupMenu() {
2 26 Feb 07 jari 813         JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 814         addMenuItems(popup);
2 26 Feb 07 jari 815         return popup;
2 26 Feb 07 jari 816     }  
2 26 Feb 07 jari 817     
2 26 Feb 07 jari 818    
2 26 Feb 07 jari 819     /**
2 26 Feb 07 jari 820      * Adds the viewer specific menu items.
2 26 Feb 07 jari 821      */
2 26 Feb 07 jari 822     private void addMenuItems(JPopupMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 823         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 824         JMenuItem menuItem;
2 26 Feb 07 jari 825         
2 26 Feb 07 jari 826         if (this.geneOrExpt == COAGUI.BOTH) {
2 26 Feb 07 jari 827             menuItem = new JMenuItem("Store gene cluster...", GUIFactory.getIcon("new16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 828             menuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 829             menuItem.setActionCommand(STORE_GENE_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 830             menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 831             menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 832             
2 26 Feb 07 jari 833             menuItem = new JMenuItem("Launch new session with selected genes", GUIFactory.getIcon("launch_new_mav.gif"));
2 26 Feb 07 jari 834             menuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 835             menuItem.setActionCommand(LAUNCH_NEW_GENE_SESSION_CMD);
2 26 Feb 07 jari 836             menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 837             menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 838             
2 26 Feb 07 jari 839             menuItem = new JMenuItem("Save gene cluster...", GUIFactory.getIcon("save16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 840             menuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 841             menuItem.setActionCommand(SAVE_GENE_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 842             menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 843             menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 844             menu.addSeparator(); 
2 26 Feb 07 jari 845             
2 26 Feb 07 jari 846             menuItem = new JMenuItem("Store sample cluster...", GUIFactory.getIcon("new16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 847             menuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 848             menuItem.setActionCommand(STORE_EXPT_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 849             menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 850             menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 851             
2 26 Feb 07 jari 852             menuItem = new JMenuItem("Launch new session with selected samples", GUIFactory.getIcon("launch_new_mav.gif"));
2 26 Feb 07 jari 853             menuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 854             menuItem.setActionCommand(LAUNCH_NEW_EXPT_SESSION_CMD);
2 26 Feb 07 jari 855             menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 856             menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 857             
2 26 Feb 07 jari 858             menuItem = new JMenuItem("Save sample cluster...", GUIFactory.getIcon("save16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 859             menuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 860             menuItem.setActionCommand(SAVE_EXPT_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 861             menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 862             menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 863             //menu.addSeparator();            
2 26 Feb 07 jari 864         }
2 26 Feb 07 jari 865         else {
2 26 Feb 07 jari 866             menuItem = new JMenuItem("Store cluster...", GUIFactory.getIcon("new16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 867             menuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 868             menuItem.setActionCommand(STORE_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 869             menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 870             menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 871             
2 26 Feb 07 jari 872             menuItem = new JMenuItem("Launch new session", GUIFactory.getIcon("launch_new_mav.gif"));
2 26 Feb 07 jari 873             menuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 874             menuItem.setActionCommand(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD);
2 26 Feb 07 jari 875             menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 876             menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 877             
2 26 Feb 07 jari 878             menuItem = new JMenuItem("Save cluster...", GUIFactory.getIcon("save16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 879             menuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 880             menuItem.setActionCommand(SAVE_CMD);
2 26 Feb 07 jari 881             menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 882             menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 883             //menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 884         }   
2 26 Feb 07 jari 885         if ((this.geneOrExpt == COAGUI.EXPTS)|| (this.geneOrExpt == COAGUI.BOTH)) {
2 26 Feb 07 jari 886             menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 887             menuItem = new JCheckBoxMenuItem("Show sample names");
2 26 Feb 07 jari 888             menuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 889             menuItem.setActionCommand(DISPLAY_EXPT_NAMES_CMD);
2 26 Feb 07 jari 890             menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 891             menu.add(menuItem);          
2 26 Feb 07 jari 892         }
2 26 Feb 07 jari 893         
2 26 Feb 07 jari 894         if ((this.geneOrExpt == COAGUI.EXPTS)|| (this.geneOrExpt == COAGUI.GENES)) {
2 26 Feb 07 jari 895             menuItem = new JCheckBoxMenuItem("Larger point size");
2 26 Feb 07 jari 896             menuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 897             menuItem.setActionCommand(SHOW_LARGER_POINTS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 898             menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 899             menu.add(menuItem);              
2 26 Feb 07 jari 900         }
2 26 Feb 07 jari 901         
2 26 Feb 07 jari 902         menuItem = new JCheckBoxMenuItem("Show tick marks and labels");
2 26 Feb 07 jari 903         menuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 904         menuItem.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 905         menuItem.setActionCommand(SHOW_TICK_LABELS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 906         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 907         menu.add(menuItem);        
2 26 Feb 07 jari 908     }   
2 26 Feb 07 jari 909     
2 26 Feb 07 jari 910     /**
2 26 Feb 07 jari 911      * Returns a menu item by specified action command.
2 26 Feb 07 jari 912      */
2 26 Feb 07 jari 913     private JMenuItem getJMenuItem(String command) {
2 26 Feb 07 jari 914         JMenuItem item;
2 26 Feb 07 jari 915         Component[] components = popup.getComponents();
2 26 Feb 07 jari 916         for (int i=0; i<components.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 917             if (components[i] instanceof JMenuItem) {
2 26 Feb 07 jari 918                 if (((JMenuItem)components[i]).getActionCommand().equals(command))
2 26 Feb 07 jari 919                     return(JMenuItem)components[i];
2 26 Feb 07 jari 920             }
2 26 Feb 07 jari 921         }
2 26 Feb 07 jari 922         return null;
2 26 Feb 07 jari 923     }    
2 26 Feb 07 jari 924     
2 26 Feb 07 jari 925     /**
2 26 Feb 07 jari 926      * Sets a menu item state.
2 26 Feb 07 jari 927      */
2 26 Feb 07 jari 928     private void setEnableMenuItem(String command, boolean enable) {
2 26 Feb 07 jari 929         JMenuItem item = getJMenuItem(command);
2 26 Feb 07 jari 930         if (item == null) {
2 26 Feb 07 jari 931             return;
2 26 Feb 07 jari 932         }
2 26 Feb 07 jari 933         item.setEnabled(enable);
2 26 Feb 07 jari 934     }    
2 26 Feb 07 jari 935     
2 26 Feb 07 jari 936    /**
2 26 Feb 07 jari 937      * Saves selected genes.
2 26 Feb 07 jari 938      */
2 26 Feb 07 jari 939     private void onSave() {
2 26 Feb 07 jari 940         try {
2 26 Feb 07 jari 941             if(geneOrExpt == COAGUI.GENES)
2 26 Feb 07 jari 942                 ExperimentUtil.saveExperiment(frame, experiment, data, getSelectedPoints());
2 26 Feb 07 jari 943             else if (geneOrExpt == COAGUI.EXPTS)
2 26 Feb 07 jari 944                 ExperimentUtil.saveExperimentCluster(frame, experiment, data, getSelectedPoints());
2 26 Feb 07 jari 945         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 946             JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save matrix!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 947             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 948         }
2 26 Feb 07 jari 949     }
2 26 Feb 07 jari 950     
2 26 Feb 07 jari 951     private void onSaveGenesFromBoth() {
2 26 Feb 07 jari 952         try {
2 26 Feb 07 jari 953             ExperimentUtil.saveExperiment(frame, experiment, data, getSelectedGenesFromBoth());            
2 26 Feb 07 jari 954         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 955             JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save matrix!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 956             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 957         }
2 26 Feb 07 jari 958     }    
2 26 Feb 07 jari 959     
2 26 Feb 07 jari 960     private void onSaveExptsFromBoth() {
2 26 Feb 07 jari 961         try {
2 26 Feb 07 jari 962             ExperimentUtil.saveExperimentCluster(frame, experiment, data, getSelectedExptsFromBoth());            
2 26 Feb 07 jari 963         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 964             JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save matrix!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 965             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 966         }
2 26 Feb 07 jari 967     }    
2 26 Feb 07 jari 968     
2 26 Feb 07 jari 969     /**
2 26 Feb 07 jari 970      * Stores the selected cluster
2 26 Feb 07 jari 971      */
2 26 Feb 07 jari 972     private void storeCluster(){
2 26 Feb 07 jari 973         if(geneOrExpt == COAGUI.GENES)
2 26 Feb 07 jari 974             framework.storeSubCluster(getSelectedPoints(), experiment, Cluster.GENE_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 975         else if (geneOrExpt == COAGUI.EXPTS)
2 26 Feb 07 jari 976             framework.storeSubCluster(getSelectedPoints(), experiment, Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 977         //content.setSelection(false);
2 26 Feb 07 jari 978         //onHideSelection(); 
2 26 Feb 07 jari 979         this.onDataChanged(this.data);
2 26 Feb 07 jari 980         this.repaint();
2 26 Feb 07 jari 981         //content.updateScene();        
2 26 Feb 07 jari 982     }
2 26 Feb 07 jari 983     
2 26 Feb 07 jari 984     private void storeGeneClusterFromBoth() {
2 26 Feb 07 jari 985         framework.storeSubCluster(getSelectedGenesFromBoth(), experiment, Cluster.GENE_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 986         //content.setSelection(false);
2 26 Feb 07 jari 987         //onHideSelection(); 
2 26 Feb 07 jari 988         this.onDataChanged(this.data);
2 26 Feb 07 jari 989         this.repaint();
2 26 Feb 07 jari 990         //content.updateScene();        
2 26 Feb 07 jari 991     }  
2 26 Feb 07 jari 992     
2 26 Feb 07 jari 993     private void storeExptClusterFromBoth() {
2 26 Feb 07 jari 994         framework.storeSubCluster(getSelectedExptsFromBoth(), experiment, Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER);     
2 26 Feb 07 jari 995         //content.setSelection(false);
2 26 Feb 07 jari 996         //onHideSelection(); 
2 26 Feb 07 jari 997         this.onDataChanged(this.data);
2 26 Feb 07 jari 998         this.repaint();
2 26 Feb 07 jari 999         //content.updateScene();        
2 26 Feb 07 jari 1000     }    
2 26 Feb 07 jari 1001     
2 26 Feb 07 jari 1002     /**
2 26 Feb 07 jari 1003      * Launches a new MultipleArrayViewer using selected elements
2 26 Feb 07 jari 1004      */
2 26 Feb 07 jari 1005     private void launchNewSession(){
2 26 Feb 07 jari 1006         if(geneOrExpt == COAGUI.GENES)
2 26 Feb 07 jari 1007             framework.launchNewMAV(getSelectedPoints(), this.experiment, "Multiple Experiment Viewer - Cluster Viewer", Cluster.GENE_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 1008         else if (geneOrExpt == COAGUI.EXPTS)
2 26 Feb 07 jari 1009             framework.launchNewMAV(getSelectedPoints(), this.experiment, "Multiple Experiment Viewer - Cluster Viewer", Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER);        
2 26 Feb 07 jari 1010     }
2 26 Feb 07 jari 1011     
2 26 Feb 07 jari 1012     private void launchNewGeneSessionFromBoth() {
2 26 Feb 07 jari 1013         framework.launchNewMAV(getSelectedGenesFromBoth(), this.experiment, "Multiple Experiment Viewer - Cluster Viewer", Cluster.GENE_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 1014     }
2 26 Feb 07 jari 1015     
2 26 Feb 07 jari 1016     private void launchNewExptSessionFromBoth() {
2 26 Feb 07 jari 1017        framework.launchNewMAV(getSelectedExptsFromBoth(), this.experiment, "Multiple Experiment Viewer - Cluster Viewer", Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER); 
2 26 Feb 07 jari 1018     }    
2 26 Feb 07 jari 1019     
2 26 Feb 07 jari 1020     /**
2 26 Feb 07 jari 1021      * Handles the selection box state.
2 26 Feb 07 jari 1022      */
2 26 Feb 07 jari 1023     private void onShowSelection() {
2 26 Feb 07 jari 1024         if ((geneOrExpt == COAGUI.GENES) || (geneOrExpt == COAGUI.EXPTS)) {
2 26 Feb 07 jari 1025             JMenuItem saveClusterItem = getJMenuItem(SAVE_CMD);
2 26 Feb 07 jari 1026             JMenuItem storeClusterItem = getJMenuItem(STORE_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 1027             JMenuItem launchNewItem = getJMenuItem(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD);
2 26 Feb 07 jari 1028             if (!ellipse.isEmpty()) {
2 26 Feb 07 jari 1029                 //content.setSelection(true);
2 26 Feb 07 jari 1030                 //content.setSelectionBox(!hideBoxItem.isSelected());
2 26 Feb 07 jari 1031                 //selectionAreaItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 1032                 saveClusterItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 1033                 //hideBoxItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 1034                 storeClusterItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 1035                 launchNewItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 1036             } else {
2 26 Feb 07 jari 1037                 //content.setSelection(false);
2 26 Feb 07 jari 1038                 //content.setSelectionBox(false);
2 26 Feb 07 jari 1039                 //selectionAreaItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 1040                 saveClusterItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 1041                 //hideBoxItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 1042                 storeClusterItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 1043                 launchNewItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 1044             }
2 26 Feb 07 jari 1045         } else {
2 26 Feb 07 jari 1046             JMenuItem saveGeneClusterItem = getJMenuItem(SAVE_GENE_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 1047             JMenuItem storeGeneClusterItem = getJMenuItem(STORE_GENE_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 1048             JMenuItem launchNewGeneItem = getJMenuItem(LAUNCH_NEW_GENE_SESSION_CMD);
2 26 Feb 07 jari 1049             JMenuItem saveExptClusterItem = getJMenuItem(SAVE_EXPT_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 1050             JMenuItem storeExptClusterItem = getJMenuItem(STORE_EXPT_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 1051             JMenuItem launchNewExptItem = getJMenuItem(LAUNCH_NEW_EXPT_SESSION_CMD);
2 26 Feb 07 jari 1052             if (!ellipse.isEmpty()) {
2 26 Feb 07 jari 1053                 //content.setSelection(true);
2 26 Feb 07 jari 1054                 //content.setSelectionBox(!hideBoxItem.isSelected());
2 26 Feb 07 jari 1055                 //selectionAreaItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 1056                 saveGeneClusterItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 1057                 saveExptClusterItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 1058                 //hideBoxItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 1059                 storeGeneClusterItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 1060                 storeExptClusterItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 1061                 launchNewGeneItem.setEnabled(true);  
2 26 Feb 07 jari 1062                 launchNewExptItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 1063             } else {
2 26 Feb 07 jari 1064                 //content.setSelection(false);
2 26 Feb 07 jari 1065                 //content.setSelectionBox(false);
2 26 Feb 07 jari 1066                 //selectionAreaItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 1067                 saveGeneClusterItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 1068                 saveExptClusterItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 1069                 //hideBoxItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 1070                 storeGeneClusterItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 1071                 storeExptClusterItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 1072                 launchNewGeneItem.setEnabled(false);  
2 26 Feb 07 jari 1073                 launchNewExptItem.setEnabled(false);                
2 26 Feb 07 jari 1074             }
2 26 Feb 07 jari 1075         }
2 26 Feb 07 jari 1076         //content.updateScene();
2 26 Feb 07 jari 1077     }  
2 26 Feb 07 jari 1078     
2 26 Feb 07 jari 1079     private void showExptNames() {
2 26 Feb 07 jari 1080         displayExptNames  = !(displayExptNames);
2 26 Feb 07 jari 1081         this.repaint();
2 26 Feb 07 jari 1082     }
2 26 Feb 07 jari 1083     
2 26 Feb 07 jari 1084     private void displayLargePoints() {
2 26 Feb 07 jari 1085         showLargePoints = !(showLargePoints);
2 26 Feb 07 jari 1086         this.repaint();
2 26 Feb 07 jari 1087     }
2 26 Feb 07 jari 1088     
2 26 Feb 07 jari 1089     private void displayTickLabels() {
2 26 Feb 07 jari 1090         showTickLabels = !(showTickLabels);
2 26 Feb 07 jari 1091         this.repaint();
2 26 Feb 07 jari 1092     }    
2 26 Feb 07 jari 1093     
2 26 Feb 07 jari 1094     /**
2 26 Feb 07 jari 1095      * The listener to listen to menu items events.
2 26 Feb 07 jari 1096      */
2 26 Feb 07 jari 1097     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 1098         public void actionPerformed(ActionEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 1099             String command = event.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 1100             if (command.equals(SAVE_GENE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1101                 onSaveGenesFromBoth();
2 26 Feb 07 jari 1102             } else if (command.equals(SAVE_EXPT_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1103                 onSaveExptsFromBoth();
2 26 Feb 07 jari 1104             } else if (command.equals(SAVE_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1105                 onSave();
2 26 Feb 07 jari 1106             } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 1107                 storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 1108             } else if (command.equals(STORE_GENE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1109                 storeGeneClusterFromBoth();
2 26 Feb 07 jari 1110             } else if (command.equals(STORE_EXPT_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1111                 storeExptClusterFromBoth();
2 26 Feb 07 jari 1112             } else if (command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 1113                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 1114             } else if (command.equals(LAUNCH_NEW_GENE_SESSION_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1115                 launchNewGeneSessionFromBoth();
2 26 Feb 07 jari 1116             } else if (command.equals(LAUNCH_NEW_EXPT_SESSION_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1117                 launchNewExptSessionFromBoth();
2 26 Feb 07 jari 1118             } else if (command.equals(DISPLAY_EXPT_NAMES_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1119                 showExptNames();
2 26 Feb 07 jari 1120             } else if (command.equals(SHOW_LARGER_POINTS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1121                 displayLargePoints();
2 26 Feb 07 jari 1122             } else if (command.equals(SHOW_TICK_LABELS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1123                 displayTickLabels();
2 26 Feb 07 jari 1124             }
2 26 Feb 07 jari 1125         }        
2 26 Feb 07 jari 1126     }    
2 26 Feb 07 jari 1127     
2 26 Feb 07 jari 1128
2 26 Feb 07 jari 1129
2 26 Feb 07 jari 1130   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 1131    * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#getExperimentID()
2 26 Feb 07 jari 1132    */
2 26 Feb 07 jari 1133   public int getExperimentID() {
2 26 Feb 07 jari 1134     return exptID;
2 26 Feb 07 jari 1135   }
2 26 Feb 07 jari 1136
2 26 Feb 07 jari 1137   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 1138    * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#setExperimentID(int)
2 26 Feb 07 jari 1139    */
2 26 Feb 07 jari 1140   public void setExperimentID(int id) {
2 26 Feb 07 jari 1141     this.exptID = id;
2 26 Feb 07 jari 1142   }    
2 26 Feb 07 jari 1143     
2 26 Feb 07 jari 1144 }

Generated on Thu Jul 20 09:26:13 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)