mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/coa/COAContent3D.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2005, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * COAContent3D.java
2 26 Feb 07 jari 7  *
2 26 Feb 07 jari 8  * Created on September 21, 2004, 1:04 PM
2 26 Feb 07 jari 9  */
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.coa;
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 import java.awt.BorderLayout;
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Font;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.FontMetrics;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.GraphicsConfiguration;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.image.BufferedImage;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.media.j3d.AmbientLight;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.media.j3d.Appearance;
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.media.j3d.Background;
2 26 Feb 07 jari 25 import javax.media.j3d.BoundingSphere;
2 26 Feb 07 jari 26 import javax.media.j3d.BranchGroup;
2 26 Feb 07 jari 27 import javax.media.j3d.Canvas3D;
2 26 Feb 07 jari 28 import javax.media.j3d.ColoringAttributes;
2 26 Feb 07 jari 29 import javax.media.j3d.Font3D;
2 26 Feb 07 jari 30 import javax.media.j3d.FontExtrusion;
2 26 Feb 07 jari 31 import javax.media.j3d.ImageComponent;
2 26 Feb 07 jari 32 import javax.media.j3d.ImageComponent2D;
2 26 Feb 07 jari 33 import javax.media.j3d.Light;
2 26 Feb 07 jari 34 import javax.media.j3d.LineAttributes;
2 26 Feb 07 jari 35 import javax.media.j3d.Material;
2 26 Feb 07 jari 36 import javax.media.j3d.PointArray;
2 26 Feb 07 jari 37 import javax.media.j3d.PointAttributes;
2 26 Feb 07 jari 38 import javax.media.j3d.PointLight;
2 26 Feb 07 jari 39 import javax.media.j3d.Screen3D;
2 26 Feb 07 jari 40 import javax.media.j3d.Shape3D;
2 26 Feb 07 jari 41 import javax.media.j3d.Text3D;
2 26 Feb 07 jari 42 import javax.media.j3d.Transform3D;
2 26 Feb 07 jari 43 import javax.media.j3d.TransformGroup;
2 26 Feb 07 jari 44 import javax.media.j3d.TransparencyAttributes;
2 26 Feb 07 jari 45 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 46 import javax.vecmath.Color3f;
2 26 Feb 07 jari 47 import javax.vecmath.Point3d;
2 26 Feb 07 jari 48 import javax.vecmath.Point3f;
2 26 Feb 07 jari 49 import javax.vecmath.Vector3d;
2 26 Feb 07 jari 50 import javax.vecmath.Vector3f;
2 26 Feb 07 jari 51
2 26 Feb 07 jari 52 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 53 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 54 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.pca.OpenBehavior;
2 26 Feb 07 jari 55 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 56
2 26 Feb 07 jari 57 import com.sun.j3d.utils.geometry.Box;
2 26 Feb 07 jari 58 import com.sun.j3d.utils.geometry.Cone;
2 26 Feb 07 jari 59 import com.sun.j3d.utils.geometry.Cylinder;
2 26 Feb 07 jari 60 import com.sun.j3d.utils.geometry.Sphere;
2 26 Feb 07 jari 61 import com.sun.j3d.utils.picking.behaviors.PickRotateBehavior;
2 26 Feb 07 jari 62 import com.sun.j3d.utils.picking.behaviors.PickTranslateBehavior;
2 26 Feb 07 jari 63 import com.sun.j3d.utils.picking.behaviors.PickZoomBehavior;
2 26 Feb 07 jari 64 import com.sun.j3d.utils.universe.SimpleUniverse;
2 26 Feb 07 jari 65
2 26 Feb 07 jari 66
2 26 Feb 07 jari 67 /**
2 26 Feb 07 jari 68  *
2 26 Feb 07 jari 69  * @author  nbhagaba
2 26 Feb 07 jari 70  */
2 26 Feb 07 jari 71 public class COAContent3D extends JPanel {
2 26 Feb 07 jari 72     
2 26 Feb 07 jari 73     private IData data;
2 26 Feb 07 jari 74     private int geneOrExpt;
2 26 Feb 07 jari 75     private int xAxis, yAxis, zAxis;    
2 26 Feb 07 jari 76     private int geneLabelIndex;    
2 26 Feb 07 jari 77     private FloatMatrix U, geneUMatrix, exptUMatrix, scaledGeneUMatrix, scaledExptUMatrix;
2 26 Feb 07 jari 78     private Experiment experiment;
2 26 Feb 07 jari 79     private SimpleUniverse universe;
2 26 Feb 07 jari 80     private Canvas3D onScreenCanvas;
2 26 Feb 07 jari 81     private Canvas3D offScreenCanvas;
2 26 Feb 07 jari 82     private BranchGroup scene;
2 26 Feb 07 jari 83     private TransformGroup spinGroup;
2 26 Feb 07 jari 84     private boolean whiteBackground = false;
2 26 Feb 07 jari 85     private boolean selection = false;
2 26 Feb 07 jari 86     private boolean selectionBox = false;
2 26 Feb 07 jari 87     private boolean showSpheres = false;
2 26 Feb 07 jari 88     private boolean showText = false;
2 26 Feb 07 jari 89     private boolean showGeneTextFromBoth = false;
2 26 Feb 07 jari 90     private boolean showExptTextFromBoth = false;
2 26 Feb 07 jari 91     //private boolean geneViewer = true;
2 26 Feb 07 jari 92     private float scaleAxisX = 3f;
2 26 Feb 07 jari 93     private float scaleAxisY = 3f;
2 26 Feb 07 jari 94     private float scaleAxisZ = 3f;
2 26 Feb 07 jari 95     private float boxSizeX = 5f;
2 26 Feb 07 jari 96     private float boxSizeY = 5f;
2 26 Feb 07 jari 97     private float boxSizeZ = 5f;
2 26 Feb 07 jari 98     private float boxPositionX = 0f;
2 26 Feb 07 jari 99     private float boxPositionY = 0f;
2 26 Feb 07 jari 100     private float boxPositionZ = 0f;
2 26 Feb 07 jari 101     private float pointSize = 1.0f;
2 26 Feb 07 jari 102     private float selectedPointSize = 1.0f;
2 26 Feb 07 jari 103     private Color3f blackColor = new Color3f(0f, 0f, 0f);
2 26 Feb 07 jari 104     // private Color3f whiteColor = new Color3f(0.8f, 0.8f, 0.8f);
2 26 Feb 07 jari 105     //private Color3f whiteColor = new Color3f(0.98f, 0.98f, 0.98f);
2 26 Feb 07 jari 106     private Color3f whiteColor = new Color3f(1f, 1f, 1f);    
2 26 Feb 07 jari 107     
2 26 Feb 07 jari 108     /** Creates a new instance of COAContent3D */
2 26 Feb 07 jari 109     public COAContent3D(FloatMatrix U, Experiment experiment, int geneOrExpt) {
2 26 Feb 07 jari 110         this.geneOrExpt = geneOrExpt;
2 26 Feb 07 jari 111         this.U = U;
2 26 Feb 07 jari 112         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 113         initScales(U);
2 26 Feb 07 jari 114         setLayout(new BorderLayout());
2 26 Feb 07 jari 115         setPreferredSize(new Dimension(10, 10));
2 26 Feb 07 jari 116         GraphicsConfiguration config = SimpleUniverse.getPreferredConfiguration();
2 26 Feb 07 jari 117         this.onScreenCanvas = new Canvas3D(config);
2 26 Feb 07 jari 118         this.universe = new SimpleUniverse(onScreenCanvas);
2 26 Feb 07 jari 119         universe.getViewingPlatform().setNominalViewingTransform();
2 26 Feb 07 jari 120         
2 26 Feb 07 jari 121         boxSizeX = (float)(scaleAxisX/5f);
2 26 Feb 07 jari 122         boxSizeY = (float)(scaleAxisY/5f);
2 26 Feb 07 jari 123         boxSizeZ = (float)(scaleAxisZ/5f);
2 26 Feb 07 jari 124         
2 26 Feb 07 jari 125         offScreenCanvas = new Canvas3D(config, true);
2 26 Feb 07 jari 126         Screen3D sOn = onScreenCanvas.getScreen3D();
2 26 Feb 07 jari 127         Screen3D sOff = offScreenCanvas.getScreen3D();
2 26 Feb 07 jari 128         sOff.setSize(sOn.getSize());
2 26 Feb 07 jari 129         sOff.setPhysicalScreenWidth(sOn.getPhysicalScreenWidth());
2 26 Feb 07 jari 130         sOff.setPhysicalScreenHeight(sOn.getPhysicalScreenHeight());
2 26 Feb 07 jari 131         // attach the offscreen canvas to the view
2 26 Feb 07 jari 132         universe.getViewer().getView().addCanvas3D(offScreenCanvas);
2 26 Feb 07 jari 133         
2 26 Feb 07 jari 134         add(onScreenCanvas, BorderLayout.CENTER);        
2 26 Feb 07 jari 135     }
2 26 Feb 07 jari 136     
2 26 Feb 07 jari 137     public COAContent3D(FloatMatrix U, Experiment experiment, int geneOrExpt, int xAxis, int yAxis, int zAxis) {
2 26 Feb 07 jari 138         this.geneOrExpt = geneOrExpt;
2 26 Feb 07 jari 139         this.xAxis = xAxis;
2 26 Feb 07 jari 140         this.yAxis = yAxis;
2 26 Feb 07 jari 141         this.zAxis = zAxis;
2 26 Feb 07 jari 142         this.U = U;
2 26 Feb 07 jari 143         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 144         initScales(U);
2 26 Feb 07 jari 145         setLayout(new BorderLayout());
2 26 Feb 07 jari 146         setPreferredSize(new Dimension(10, 10));
2 26 Feb 07 jari 147         GraphicsConfiguration config = SimpleUniverse.getPreferredConfiguration();
2 26 Feb 07 jari 148         this.onScreenCanvas = new Canvas3D(config);
2 26 Feb 07 jari 149         this.universe = new SimpleUniverse(onScreenCanvas);
2 26 Feb 07 jari 150         universe.getViewingPlatform().setNominalViewingTransform();
2 26 Feb 07 jari 151         
2 26 Feb 07 jari 152         boxSizeX = (float)(scaleAxisX/5f);
2 26 Feb 07 jari 153         boxSizeY = (float)(scaleAxisY/5f);
2 26 Feb 07 jari 154         boxSizeZ = (float)(scaleAxisZ/5f);
2 26 Feb 07 jari 155         
2 26 Feb 07 jari 156         offScreenCanvas = new Canvas3D(config, true);
2 26 Feb 07 jari 157         Screen3D sOn = onScreenCanvas.getScreen3D();
2 26 Feb 07 jari 158         Screen3D sOff = offScreenCanvas.getScreen3D();
2 26 Feb 07 jari 159         sOff.setSize(sOn.getSize());
2 26 Feb 07 jari 160         sOff.setPhysicalScreenWidth(sOn.getPhysicalScreenWidth());
2 26 Feb 07 jari 161         sOff.setPhysicalScreenHeight(sOn.getPhysicalScreenHeight());
2 26 Feb 07 jari 162         // attach the offscreen canvas to the view
2 26 Feb 07 jari 163         universe.getViewer().getView().addCanvas3D(offScreenCanvas);
2 26 Feb 07 jari 164         
2 26 Feb 07 jari 165         add(onScreenCanvas, BorderLayout.CENTER);        
2 26 Feb 07 jari 166     }    
2 26 Feb 07 jari 167     
2 26 Feb 07 jari 168     /*
2 26 Feb 07 jari 169     public COAContent3D(FloatMatrix geneUMatrix, FloatMatrix exptUMatrix, Experiment experiment, int geneOrExpt) {
2 26 Feb 07 jari 170         this.geneOrExpt = geneOrExpt;
2 26 Feb 07 jari 171         this.geneUMatrix = geneUMatrix;
2 26 Feb 07 jari 172         this.exptUMatrix = exptUMatrix;
2 26 Feb 07 jari 173         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 174         scaleMatrices(geneUMatrix, exptUMatrix);
2 26 Feb 07 jari 175         combineMatrices(scaledGeneUMatrix, scaledExptUMatrix);
2 26 Feb 07 jari 176         initScales(scaledGeneUMatrix, scaledExptUMatrix);
2 26 Feb 07 jari 177         setLayout(new BorderLayout());
2 26 Feb 07 jari 178         setPreferredSize(new Dimension(10, 10));
2 26 Feb 07 jari 179         GraphicsConfiguration config = SimpleUniverse.getPreferredConfiguration();
2 26 Feb 07 jari 180         this.onScreenCanvas = new Canvas3D(config);
2 26 Feb 07 jari 181         this.universe = new SimpleUniverse(onScreenCanvas);
2 26 Feb 07 jari 182         universe.getViewingPlatform().setNominalViewingTransform();
2 26 Feb 07 jari 183         
2 26 Feb 07 jari 184         offScreenCanvas = new Canvas3D(config, true);
2 26 Feb 07 jari 185         Screen3D sOn = onScreenCanvas.getScreen3D();
2 26 Feb 07 jari 186         Screen3D sOff = offScreenCanvas.getScreen3D();
2 26 Feb 07 jari 187         sOff.setSize(sOn.getSize());
2 26 Feb 07 jari 188         sOff.setPhysicalScreenWidth(sOn.getPhysicalScreenWidth());
2 26 Feb 07 jari 189         sOff.setPhysicalScreenHeight(sOn.getPhysicalScreenHeight());
2 26 Feb 07 jari 190         // attach the offscreen canvas to the view
2 26 Feb 07 jari 191         universe.getViewer().getView().addCanvas3D(offScreenCanvas);
2 26 Feb 07 jari 192         
2 26 Feb 07 jari 193         add(onScreenCanvas, BorderLayout.CENTER);        
2 26 Feb 07 jari 194     }
2 26 Feb 07 jari 195      */
2 26 Feb 07 jari 196     
2 26 Feb 07 jari 197     public COAContent3D(FloatMatrix geneUMatrix, FloatMatrix exptUMatrix, Experiment experiment, int geneOrExpt) {
2 26 Feb 07 jari 198         this.geneUMatrix = geneUMatrix;
2 26 Feb 07 jari 199         this.exptUMatrix = exptUMatrix;        
2 26 Feb 07 jari 200         //scaleMatrices(geneUMatrix, exptUMatrix);
2 26 Feb 07 jari 201         scaledGeneUMatrix = (FloatMatrix)(geneUMatrix.clone());
2 26 Feb 07 jari 202         scaledExptUMatrix = (FloatMatrix)(exptUMatrix.clone());
2 26 Feb 07 jari 203         this.U = combineMatrices(scaledGeneUMatrix, scaledExptUMatrix);
2 26 Feb 07 jari 204         this.geneOrExpt = geneOrExpt;
2 26 Feb 07 jari 205         //this.U = U;
2 26 Feb 07 jari 206         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 207         initScales(U);
2 26 Feb 07 jari 208         setLayout(new BorderLayout());
2 26 Feb 07 jari 209         setPreferredSize(new Dimension(10, 10));
2 26 Feb 07 jari 210         GraphicsConfiguration config = SimpleUniverse.getPreferredConfiguration();
2 26 Feb 07 jari 211         this.onScreenCanvas = new Canvas3D(config);
2 26 Feb 07 jari 212         this.universe = new SimpleUniverse(onScreenCanvas);
2 26 Feb 07 jari 213         universe.getViewingPlatform().setNominalViewingTransform();
2 26 Feb 07 jari 214         
2 26 Feb 07 jari 215         boxSizeX = (float)(scaleAxisX/5f);
2 26 Feb 07 jari 216         boxSizeY = (float)(scaleAxisY/5f);
2 26 Feb 07 jari 217         boxSizeZ = (float)(scaleAxisZ/5f);        
2 26 Feb 07 jari 218         
2 26 Feb 07 jari 219         offScreenCanvas = new Canvas3D(config, true);
2 26 Feb 07 jari 220         Screen3D sOn = onScreenCanvas.getScreen3D();
2 26 Feb 07 jari 221         Screen3D sOff = offScreenCanvas.getScreen3D();
2 26 Feb 07 jari 222         sOff.setSize(sOn.getSize());
2 26 Feb 07 jari 223         sOff.setPhysicalScreenWidth(sOn.getPhysicalScreenWidth());
2 26 Feb 07 jari 224         sOff.setPhysicalScreenHeight(sOn.getPhysicalScreenHeight());
2 26 Feb 07 jari 225         // attach the offscreen canvas to the view
2 26 Feb 07 jari 226         universe.getViewer().getView().addCanvas3D(offScreenCanvas);
2 26 Feb 07 jari 227         
2 26 Feb 07 jari 228         add(onScreenCanvas, BorderLayout.CENTER);
2 26 Feb 07 jari 229     }
2 26 Feb 07 jari 230     
2 26 Feb 07 jari 231     public COAContent3D(FloatMatrix geneUMatrix, FloatMatrix exptUMatrix, Experiment experiment, int geneOrExpt, int xAxis, int yAxis, int zAxis) {
2 26 Feb 07 jari 232         this.geneUMatrix = geneUMatrix;
2 26 Feb 07 jari 233         this.exptUMatrix = exptUMatrix;        
2 26 Feb 07 jari 234         //scaleMatrices(geneUMatrix, exptUMatrix);
2 26 Feb 07 jari 235         scaledGeneUMatrix = (FloatMatrix)(geneUMatrix.clone());
2 26 Feb 07 jari 236         scaledExptUMatrix = (FloatMatrix)(exptUMatrix.clone());        
2 26 Feb 07 jari 237         this.U = combineMatrices(scaledGeneUMatrix, scaledExptUMatrix);
2 26 Feb 07 jari 238         this.geneOrExpt = geneOrExpt;
2 26 Feb 07 jari 239         this.xAxis = xAxis;
2 26 Feb 07 jari 240         this.yAxis = yAxis;
2 26 Feb 07 jari 241         this.zAxis = zAxis;
2 26 Feb 07 jari 242         //this.U = U;
2 26 Feb 07 jari 243         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 244         initScales(U);
2 26 Feb 07 jari 245         setLayout(new BorderLayout());
2 26 Feb 07 jari 246         setPreferredSize(new Dimension(10, 10));
2 26 Feb 07 jari 247         GraphicsConfiguration config = SimpleUniverse.getPreferredConfiguration();
2 26 Feb 07 jari 248         this.onScreenCanvas = new Canvas3D(config);
2 26 Feb 07 jari 249         this.universe = new SimpleUniverse(onScreenCanvas);
2 26 Feb 07 jari 250         universe.getViewingPlatform().setNominalViewingTransform();
2 26 Feb 07 jari 251         
2 26 Feb 07 jari 252         boxSizeX = (float)(scaleAxisX/5f);
2 26 Feb 07 jari 253         boxSizeY = (float)(scaleAxisY/5f);
2 26 Feb 07 jari 254         boxSizeZ = (float)(scaleAxisZ/5f);        
2 26 Feb 07 jari 255         
2 26 Feb 07 jari 256         offScreenCanvas = new Canvas3D(config, true);
2 26 Feb 07 jari 257         Screen3D sOn = onScreenCanvas.getScreen3D();
2 26 Feb 07 jari 258         Screen3D sOff = offScreenCanvas.getScreen3D();
2 26 Feb 07 jari 259         sOff.setSize(sOn.getSize());
2 26 Feb 07 jari 260         sOff.setPhysicalScreenWidth(sOn.getPhysicalScreenWidth());
2 26 Feb 07 jari 261         sOff.setPhysicalScreenHeight(sOn.getPhysicalScreenHeight());
2 26 Feb 07 jari 262         // attach the offscreen canvas to the view
2 26 Feb 07 jari 263         universe.getViewer().getView().addCanvas3D(offScreenCanvas);
2 26 Feb 07 jari 264         
2 26 Feb 07 jari 265         add(onScreenCanvas, BorderLayout.CENTER);
2 26 Feb 07 jari 266     } 
2 26 Feb 07 jari 267     
2 26 Feb 07 jari 268     /**
2 26 Feb 07 jari 269      * Sets the content data.
2 26 Feb 07 jari 270      */
2 26 Feb 07 jari 271     public void setData(IData data) {
2 26 Feb 07 jari 272         this.data = data;
2 26 Feb 07 jari 273     }
2 26 Feb 07 jari 274     
2 26 Feb 07 jari 275     /**
2 26 Feb 07 jari 276      * Returns x coordinate of the selection box.
2 26 Feb 07 jari 277      */
2 26 Feb 07 jari 278     public float getPositionX() {
2 26 Feb 07 jari 279         return boxPositionX;
2 26 Feb 07 jari 280     }
2 26 Feb 07 jari 281     
2 26 Feb 07 jari 282     /**
2 26 Feb 07 jari 283      * Returns y coordinate of the selection box.
2 26 Feb 07 jari 284      */
2 26 Feb 07 jari 285     public float getPositionY() {
2 26 Feb 07 jari 286         return boxPositionY;
2 26 Feb 07 jari 287     }
2 26 Feb 07 jari 288     
2 26 Feb 07 jari 289     /**
2 26 Feb 07 jari 290      * Returns z coordinate of the selection box.
2 26 Feb 07 jari 291      */
2 26 Feb 07 jari 292     public float getPositionZ() {
2 26 Feb 07 jari 293         return boxPositionZ;
2 26 Feb 07 jari 294     }
2 26 Feb 07 jari 295     
2 26 Feb 07 jari 296     public void setGeneLabelIndex(int index){
2 26 Feb 07 jari 297         geneLabelIndex = index;
2 26 Feb 07 jari 298     }    
2 26 Feb 07 jari 299     
2 26 Feb 07 jari 300     /**
2 26 Feb 07 jari 301      * Returns x size of the selection box.
2 26 Feb 07 jari 302      */
2 26 Feb 07 jari 303     public float getSizeX() {
2 26 Feb 07 jari 304         return boxSizeX;
2 26 Feb 07 jari 305     }
2 26 Feb 07 jari 306     
2 26 Feb 07 jari 307     /**
2 26 Feb 07 jari 308      * Returns y size of the selection box.
2 26 Feb 07 jari 309      */
2 26 Feb 07 jari 310     public float getSizeY() {
2 26 Feb 07 jari 311         return boxSizeY;
2 26 Feb 07 jari 312     }
2 26 Feb 07 jari 313     
2 26 Feb 07 jari 314     /**
2 26 Feb 07 jari 315      * Returns z size of the selection box.
2 26 Feb 07 jari 316      */
2 26 Feb 07 jari 317     public float getSizeZ() {
2 26 Feb 07 jari 318         return boxSizeZ;
2 26 Feb 07 jari 319     }
2 26 Feb 07 jari 320     
2 26 Feb 07 jari 321     /**
2 26 Feb 07 jari 322      * Sets the selection box position.
2 26 Feb 07 jari 323      */
2 26 Feb 07 jari 324     public void setBoxPosition(float dimX, float dimY, float dimZ) {
2 26 Feb 07 jari 325         boxPositionX = dimX;
2 26 Feb 07 jari 326         boxPositionY = dimY;
2 26 Feb 07 jari 327         boxPositionZ = dimZ;
2 26 Feb 07 jari 328     }
2 26 Feb 07 jari 329     
2 26 Feb 07 jari 330     /**
2 26 Feb 07 jari 331      * Sets the selection box size.
2 26 Feb 07 jari 332      */
2 26 Feb 07 jari 333     public void setBoxSize(float dimX, float dimY, float dimZ) {
2 26 Feb 07 jari 334         boxSizeX = dimX;
2 26 Feb 07 jari 335         boxSizeY = dimY;
2 26 Feb 07 jari 336         boxSizeZ = dimZ;
2 26 Feb 07 jari 337     }
2 26 Feb 07 jari 338     
2 26 Feb 07 jari 339     /**
2 26 Feb 07 jari 340      * Returns size of a selected point.
2 26 Feb 07 jari 341      */
2 26 Feb 07 jari 342     public float getSelectedPointSize() {
2 26 Feb 07 jari 343         return selectedPointSize;
2 26 Feb 07 jari 344     }
2 26 Feb 07 jari 345     
2 26 Feb 07 jari 346     /**
2 26 Feb 07 jari 347      * Sets size of a selected point.
2 26 Feb 07 jari 348      */
2 26 Feb 07 jari 349     public void setSelectedPointSize(float size) {
2 26 Feb 07 jari 350         selectedPointSize = size;
2 26 Feb 07 jari 351     }
2 26 Feb 07 jari 352     
2 26 Feb 07 jari 353     /**
2 26 Feb 07 jari 354      * Returns a point size.
2 26 Feb 07 jari 355      */
2 26 Feb 07 jari 356     public float getPointSize() {
2 26 Feb 07 jari 357         return pointSize;
2 26 Feb 07 jari 358     }
2 26 Feb 07 jari 359     
2 26 Feb 07 jari 360     /**
2 26 Feb 07 jari 361      * Returns a specified point size.
2 26 Feb 07 jari 362      */
2 26 Feb 07 jari 363     private float getPointSize(boolean selected) {
2 26 Feb 07 jari 364         return selected ? getSelectedPointSize() : getPointSize();
2 26 Feb 07 jari 365     }
2 26 Feb 07 jari 366     
2 26 Feb 07 jari 367     /**
2 26 Feb 07 jari 368      * Sets a point size.
2 26 Feb 07 jari 369      */
2 26 Feb 07 jari 370     public void setPointSize(float size) {
2 26 Feb 07 jari 371         pointSize = size;
2 26 Feb 07 jari 372     }
2 26 Feb 07 jari 373     
2 26 Feb 07 jari 374     /**
2 26 Feb 07 jari 375      * Returns a scale of the x axis.
2 26 Feb 07 jari 376      */
2 26 Feb 07 jari 377     public float getScaleAxisX() {
2 26 Feb 07 jari 378         return scaleAxisX;
2 26 Feb 07 jari 379     }
2 26 Feb 07 jari 380     
2 26 Feb 07 jari 381     /**
2 26 Feb 07 jari 382      * Returns a scale of the y axis.
2 26 Feb 07 jari 383      */
2 26 Feb 07 jari 384     public float getScaleAxisY() {
2 26 Feb 07 jari 385         return scaleAxisY;
2 26 Feb 07 jari 386     }
2 26 Feb 07 jari 387     
2 26 Feb 07 jari 388     /**
2 26 Feb 07 jari 389      * Returns a scale of the z axis.
2 26 Feb 07 jari 390      */
2 26 Feb 07 jari 391     public float getScaleAxisZ() {
2 26 Feb 07 jari 392         return scaleAxisZ;
2 26 Feb 07 jari 393     }
2 26 Feb 07 jari 394     
2 26 Feb 07 jari 395     /**
2 26 Feb 07 jari 396      * Sets scales.
2 26 Feb 07 jari 397      */
2 26 Feb 07 jari 398     public void setScale(float dimX, float dimY, float dimZ) {
2 26 Feb 07 jari 399         scaleAxisX = dimX;
2 26 Feb 07 jari 400         scaleAxisY = dimY;
2 26 Feb 07 jari 401         scaleAxisZ = dimZ;
2 26 Feb 07 jari 402     }
2 26 Feb 07 jari 403     
2 26 Feb 07 jari 404     public float getMaxValue() {
2 26 Feb 07 jari 405         return Math.max(scaleAxisX, Math.max(scaleAxisY, scaleAxisZ));
2 26 Feb 07 jari 406     }
2 26 Feb 07 jari 407     
2 26 Feb 07 jari 408     /**
2 26 Feb 07 jari 409      * Sets white background attribute.
2 26 Feb 07 jari 410      */
2 26 Feb 07 jari 411     public void setWhiteBackround(boolean value) {
2 26 Feb 07 jari 412         whiteBackground = value;
2 26 Feb 07 jari 413     }
2 26 Feb 07 jari 414     
2 26 Feb 07 jari 415     /**
2 26 Feb 07 jari 416      * @return true, if background is white.
2 26 Feb 07 jari 417      */
2 26 Feb 07 jari 418     public boolean isWhiteBackground() {
2 26 Feb 07 jari 419         return whiteBackground;
2 26 Feb 07 jari 420     }
2 26 Feb 07 jari 421     
2 26 Feb 07 jari 422     /**
2 26 Feb 07 jari 423      * Sets the selection attribute.
2 26 Feb 07 jari 424      */
2 26 Feb 07 jari 425     public void setSelection(boolean value) {
2 26 Feb 07 jari 426         selection = value;
2 26 Feb 07 jari 427     }
2 26 Feb 07 jari 428     
2 26 Feb 07 jari 429     /**
2 26 Feb 07 jari 430      * Returns value of the selection attribute.
2 26 Feb 07 jari 431      */
2 26 Feb 07 jari 432     public boolean isSelection() {
2 26 Feb 07 jari 433         return selection;
2 26 Feb 07 jari 434     }
2 26 Feb 07 jari 435     
2 26 Feb 07 jari 436     /**
2 26 Feb 07 jari 437      * Sets the selection box attribute.
2 26 Feb 07 jari 438      */
2 26 Feb 07 jari 439     public void setSelectionBox(boolean value) {
2 26 Feb 07 jari 440         selectionBox = value;
2 26 Feb 07 jari 441     }
2 26 Feb 07 jari 442     
2 26 Feb 07 jari 443     /**
2 26 Feb 07 jari 444      * Returns value of the selection box attribute.
2 26 Feb 07 jari 445      */
2 26 Feb 07 jari 446     public boolean isSelectionBox() {
2 26 Feb 07 jari 447         return selectionBox;
2 26 Feb 07 jari 448     }
2 26 Feb 07 jari 449     
2 26 Feb 07 jari 450     /**
2 26 Feb 07 jari 451      * Sets the show spheres attribute.
2 26 Feb 07 jari 452      */
2 26 Feb 07 jari 453     public void setShowSpheres(boolean value) {
2 26 Feb 07 jari 454         showSpheres = value;
2 26 Feb 07 jari 455     }
2 26 Feb 07 jari 456     
2 26 Feb 07 jari 457     /**
2 26 Feb 07 jari 458      * Returns value of the show spheres attribute.
2 26 Feb 07 jari 459      */
2 26 Feb 07 jari 460     public boolean isShowSpheres() {
2 26 Feb 07 jari 461         return showSpheres;
2 26 Feb 07 jari 462     }
2 26 Feb 07 jari 463     
2 26 Feb 07 jari 464     /**
2 26 Feb 07 jari 465      * Sets the show text attribute.
2 26 Feb 07 jari 466      */
2 26 Feb 07 jari 467     public void setShowText(boolean value) {
2 26 Feb 07 jari 468         showText = value;
2 26 Feb 07 jari 469     }
2 26 Feb 07 jari 470     
2 26 Feb 07 jari 471     public void setShowGeneTextFromBoth(boolean value) {
2 26 Feb 07 jari 472         showGeneTextFromBoth = value;
2 26 Feb 07 jari 473     }    
2 26 Feb 07 jari 474     
2 26 Feb 07 jari 475     public void setShowExptTextFromBoth(boolean value) {
2 26 Feb 07 jari 476         showExptTextFromBoth = value;
2 26 Feb 07 jari 477     }    
2 26 Feb 07 jari 478     
2 26 Feb 07 jari 479     /**
2 26 Feb 07 jari 480      * Returns value of the show text attribute.
2 26 Feb 07 jari 481      */
2 26 Feb 07 jari 482     public boolean isShowText() {
2 26 Feb 07 jari 483         return showText;
2 26 Feb 07 jari 484     }
2 26 Feb 07 jari 485     
2 26 Feb 07 jari 486     public boolean isShowGeneTextFromBoth() {
2 26 Feb 07 jari 487         return showGeneTextFromBoth;
2 26 Feb 07 jari 488     }   
2 26 Feb 07 jari 489     
2 26 Feb 07 jari 490     public boolean isShowExptTextFromBoth() {
2 26 Feb 07 jari 491         return showExptTextFromBoth;
2 26 Feb 07 jari 492     }    
2 26 Feb 07 jari 493     
2 26 Feb 07 jari 494     /**
2 26 Feb 07 jari 495      * Returns the content image.
2 26 Feb 07 jari 496      */
2 26 Feb 07 jari 497     public BufferedImage createImage() {
2 26 Feb 07 jari 498 //        ImageComponent2D buffer = new ImageComponent2D(ImageComponent.FORMAT_RGB, (BufferedImage)this.createImage(onScreenCanvas.getWidth(), onScreenCanvas.getHeight()));
2 26 Feb 07 jari 499         ImageComponent2D buffer = new ImageComponent2D(ImageComponent.FORMAT_RGB, (BufferedImage)java.awt.GraphicsEnvironment.getLocalGraphicsEnvironment().getDefaultScreenDevice().getDefaultConfiguration().createCompatibleImage(onScreenCanvas.getWidth(), onScreenCanvas.getHeight()));
2 26 Feb 07 jari 500         offScreenCanvas.setOffScreenLocation(onScreenCanvas.getLocationOnScreen());
2 26 Feb 07 jari 501         offScreenCanvas.setOffScreenBuffer(buffer);
2 26 Feb 07 jari 502         offScreenCanvas.renderOffScreenBuffer();
2 26 Feb 07 jari 503         offScreenCanvas.waitForOffScreenRendering();
2 26 Feb 07 jari 504         BufferedImage offImage = offScreenCanvas.getOffScreenBuffer().getImage();
2 26 Feb 07 jari 505         BufferedImage image = new BufferedImage(offImage.getWidth(), offImage.getHeight(), BufferedImage.TYPE_3BYTE_BGR);
2 26 Feb 07 jari 506         //BufferedImage image = (BufferedImage)this.createImage(offImage.getWidth(), offImage.getHeight());
2 26 Feb 07 jari 507         //BufferedImage image = (BufferedImage)java.awt.GraphicsEnvironment.getLocalGraphicsEnvironment().getDefaultScreenDevice().getDefaultConfiguration().createCompatibleImage(offImage.getWidth(), offImage.getHeight());        
2 26 Feb 07 jari 508         image.setData(offImage.getData());
2 26 Feb 07 jari 509         return image;
2 26 Feb 07 jari 510     }
2 26 Feb 07 jari 511     
2 26 Feb 07 jari 512     /**
2 26 Feb 07 jari 513      * Resets spin coordinaties.
2 26 Feb 07 jari 514      */
2 26 Feb 07 jari 515     public void reset() {
2 26 Feb 07 jari 516         spinGroup.setTransform(new Transform3D());
2 26 Feb 07 jari 517     }
2 26 Feb 07 jari 518     
2 26 Feb 07 jari 519     /**
2 26 Feb 07 jari 520      * Updates the universe scene.
2 26 Feb 07 jari 521      */
2 26 Feb 07 jari 522     protected void updateScene() {
2 26 Feb 07 jari 523         Transform3D spinTransform = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 524         if (scene != null) {
2 26 Feb 07 jari 525             spinGroup.getTransform(spinTransform);
2 26 Feb 07 jari 526             scene.detach();
2 26 Feb 07 jari 527         }
2 26 Feb 07 jari 528         this.scene = createSceneGraph(onScreenCanvas, spinTransform);
2 26 Feb 07 jari 529         universe.addBranchGraph(scene);
2 26 Feb 07 jari 530     }
2 26 Feb 07 jari 531     
2 26 Feb 07 jari 532     /**
2 26 Feb 07 jari 533      * Sets scales according to U-matrix values.
2 26 Feb 07 jari 534      */
2 26 Feb 07 jari 535     private void initScales(FloatMatrix U) {
2 26 Feb 07 jari 536         float max = 0f;
2 26 Feb 07 jari 537         final int rows = U.getRowDimension();
2 26 Feb 07 jari 538         for (int i = rows; --i >= 0;) {
2 26 Feb 07 jari 539             //max = Math.max(max, Math.max(Math.max(Math.abs(U.get(i, 0)), Math.abs(U.get(i, 1))), Math.abs(U.get(i, 2))));
2 26 Feb 07 jari 540             max = Math.max(max, Math.max(Math.max(Math.abs(U.get(i, xAxis)), Math.abs(U.get(i, yAxis))), Math.abs(U.get(i, zAxis))));
2 26 Feb 07 jari 541         }
2 26 Feb 07 jari 542         setScale(max, max, max);
2 26 Feb 07 jari 543     }
2 26 Feb 07 jari 544     
2 26 Feb 07 jari 545     private FloatMatrix combineMatrices(FloatMatrix U1, FloatMatrix U2) {
2 26 Feb 07 jari 546         FloatMatrix combinedMatrix = new FloatMatrix(U1.getRowDimension() + U2.getRowDimension(), U1.getColumnDimension());
2 26 Feb 07 jari 547         
2 26 Feb 07 jari 548         for (int i = 0; i < U1.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 549             for (int j = 0; j < U1.getColumnDimension(); j++) {
2 26 Feb 07 jari 550                 combinedMatrix.A[i][j] =U1.A[i][j];
2 26 Feb 07 jari 551             }
2 26 Feb 07 jari 552         }
2 26 Feb 07 jari 553         int counter = U1.getRowDimension();
2 26 Feb 07 jari 554         for (int i = 0; i < U2.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 555             for (int j = 0; j < U2.getColumnDimension(); j++) {
2 26 Feb 07 jari 556                 combinedMatrix.A[counter + i][j] = U2.A[i][j];
2 26 Feb 07 jari 557             }
2 26 Feb 07 jari 558         }
2 26 Feb 07 jari 559         return combinedMatrix; 
2 26 Feb 07 jari 560     }
2 26 Feb 07 jari 561     
2 26 Feb 07 jari 562     private void scaleMatrices(FloatMatrix U1, FloatMatrix U2) { //brings them both to the same scale for plotting
2 26 Feb 07 jari 563         float max1 = 0f;
2 26 Feb 07 jari 564         float max2 = 0f;
2 26 Feb 07 jari 565         final int rows1 = U1.getRowDimension();
2 26 Feb 07 jari 566         final int rows2 = U2.getRowDimension();
2 26 Feb 07 jari 567         for (int i = rows1; --i >= 0;) {
2 26 Feb 07 jari 568             //max1 = Math.max(max1, Math.max(Math.max(Math.abs(U1.get(i, 0)), Math.abs(U1.get(i, 1))), Math.abs(U1.get(i, 2))));
2 26 Feb 07 jari 569             max1 = Math.max(max1, Math.max(Math.max(Math.abs(U1.get(i, xAxis)), Math.abs(U1.get(i, yAxis))), Math.abs(U1.get(i, zAxis))));
2 26 Feb 07 jari 570         }
2 26 Feb 07 jari 571         for (int i = rows2; --i >= 0;) {
2 26 Feb 07 jari 572             //max2 = Math.max(max2, Math.max(Math.max(Math.abs(U2.get(i, 0)), Math.abs(U2.get(i, 1))), Math.abs(U2.get(i, 2))));
2 26 Feb 07 jari 573             max1 = Math.max(max1, Math.max(Math.max(Math.abs(U1.get(i, xAxis)), Math.abs(U1.get(i, yAxis))), Math.abs(U1.get(i, zAxis))));
2 26 Feb 07 jari 574         }  
2 26 Feb 07 jari 575         
2 26 Feb 07 jari 576         float max = Math.max(max1, max2);
2 26 Feb 07 jari 577         
2 26 Feb 07 jari 578         if (max1 == max2) {
2 26 Feb 07 jari 579             scaledGeneUMatrix = (FloatMatrix)(geneUMatrix.clone());
2 26 Feb 07 jari 580             scaledExptUMatrix = (FloatMatrix)(exptUMatrix.clone());
2 26 Feb 07 jari 581         } else if (max1 > max2) {
2 26 Feb 07 jari 582             scaledGeneUMatrix = (FloatMatrix)(geneUMatrix.clone());
2 26 Feb 07 jari 583             float scalingFactor = (float)(max1/max2);
2 26 Feb 07 jari 584             scaledExptUMatrix = exptUMatrix.times(scalingFactor);
2 26 Feb 07 jari 585         } else {
2 26 Feb 07 jari 586             scaledExptUMatrix = (FloatMatrix)(exptUMatrix.clone());
2 26 Feb 07 jari 587             float scalingFactor = (float)(max2/max1);
2 26 Feb 07 jari 588             scaledGeneUMatrix = geneUMatrix.times(scalingFactor);
2 26 Feb 07 jari 589         }
2 26 Feb 07 jari 590     }
2 26 Feb 07 jari 591     
2 26 Feb 07 jari 592     private void initScales(FloatMatrix U1, FloatMatrix U2) {
2 26 Feb 07 jari 593         float max1 = 0f;
2 26 Feb 07 jari 594         float max2 = 0f;
2 26 Feb 07 jari 595         final int rows1 = U1.getRowDimension();
2 26 Feb 07 jari 596         final int rows2 = U2.getRowDimension();
2 26 Feb 07 jari 597         for (int i = rows1; --i >= 0;) {
2 26 Feb 07 jari 598             //max1 = Math.max(max1, Math.max(Math.max(Math.abs(U1.get(i, 0)), Math.abs(U1.get(i, 1))), Math.abs(U1.get(i, 2))));
2 26 Feb 07 jari 599             max1 = Math.max(max1, Math.max(Math.max(Math.abs(U1.get(i, xAxis)), Math.abs(U1.get(i, yAxis))), Math.abs(U1.get(i, zAxis))));
2 26 Feb 07 jari 600         }
2 26 Feb 07 jari 601         for (int i = rows2; --i >= 0;) {
2 26 Feb 07 jari 602             //max2 = Math.max(max2, Math.max(Math.max(Math.abs(U2.get(i, 0)), Math.abs(U2.get(i, 1))), Math.abs(U2.get(i, 2))));
2 26 Feb 07 jari 603             max2 = Math.max(max2, Math.max(Math.max(Math.abs(U2.get(i, xAxis)), Math.abs(U2.get(i, yAxis))), Math.abs(U2.get(i, zAxis))));
2 26 Feb 07 jari 604         }  
2 26 Feb 07 jari 605         
2 26 Feb 07 jari 606         float max = Math.max(max1, max2);
2 26 Feb 07 jari 607         setScale(max, max, max);        
2 26 Feb 07 jari 608     }
2 26 Feb 07 jari 609     
2 26 Feb 07 jari 610     /**
2 26 Feb 07 jari 611      * Creates a branch group with specified canvas.
2 26 Feb 07 jari 612      */
2 26 Feb 07 jari 613     private BranchGroup createSceneGraph(Canvas3D canvas) {
2 26 Feb 07 jari 614         return createSceneGraph(canvas, null);
2 26 Feb 07 jari 615     }
2 26 Feb 07 jari 616     
2 26 Feb 07 jari 617     /**
2 26 Feb 07 jari 618      * Creates a branch group with specified canvas and transformation object.
2 26 Feb 07 jari 619      */
2 26 Feb 07 jari 620     private BranchGroup createSceneGraph(Canvas3D canvas, Transform3D spinTransform) {
2 26 Feb 07 jari 621         BranchGroup objRoot = new BranchGroup();
2 26 Feb 07 jari 622         objRoot.setCapability(BranchGroup.ALLOW_DETACH);
2 26 Feb 07 jari 623         BoundingSphere bounds = new BoundingSphere(new Point3d(0.0,0.0,0.0), 100.0);
2 26 Feb 07 jari 624         
2 26 Feb 07 jari 625         this.spinGroup = createCoordinateSystem(bounds);
2 26 Feb 07 jari 626         if (spinTransform != null) {
2 26 Feb 07 jari 627             spinGroup.setTransform(spinTransform);
2 26 Feb 07 jari 628         }
2 26 Feb 07 jari 629         TransformGroup objScale = createScaleTransformGroup(bounds);
2 26 Feb 07 jari 630         objScale.addChild(spinGroup);
2 26 Feb 07 jari 631         objRoot.addChild(objScale);
2 26 Feb 07 jari 632         
2 26 Feb 07 jari 633         PickRotateBehavior rotateBehavior = new PickRotateBehavior(objRoot, canvas, bounds);
2 26 Feb 07 jari 634         objRoot.addChild(rotateBehavior);
2 26 Feb 07 jari 635         PickZoomBehavior zoomBehavior = new PickZoomBehavior(objRoot, canvas, bounds);
2 26 Feb 07 jari 636         objRoot.addChild(zoomBehavior);
2 26 Feb 07 jari 637         PickTranslateBehavior translateBehavior = new PickTranslateBehavior(objRoot, canvas, bounds);
2 26 Feb 07 jari 638         objRoot.addChild(translateBehavior);
2 26 Feb 07 jari 639         
2 26 Feb 07 jari 640         objRoot.compile();
2 26 Feb 07 jari 641         return objRoot;
2 26 Feb 07 jari 642     }
2 26 Feb 07 jari 643     
2 26 Feb 07 jari 644     /**
2 26 Feb 07 jari 645      * Creates a scale transform group.
2 26 Feb 07 jari 646      */
2 26 Feb 07 jari 647     private TransformGroup createScaleTransformGroup(BoundingSphere bounds) {
2 26 Feb 07 jari 648         Transform3D t = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 649         t.setScale(0.22);
2 26 Feb 07 jari 650         TransformGroup scale = new TransformGroup(t);
2 26 Feb 07 jari 651         
2 26 Feb 07 jari 652         Color3f bgColor = isWhiteBackground() ? whiteColor : blackColor;
2 26 Feb 07 jari 653         Background bg = new Background(bgColor);
2 26 Feb 07 jari 654         bg.setApplicationBounds(bounds);
2 26 Feb 07 jari 655         scale.addChild(bg);
2 26 Feb 07 jari 656         
2 26 Feb 07 jari 657         scale.addChild(createAmbientLight(bounds));
2 26 Feb 07 jari 658         scale.addChild(createLight(bounds, new Vector3d(0.0, 0.0, 3.0)));
2 26 Feb 07 jari 659         scale.addChild(createLight(bounds, new Vector3d(0.0, 0.0, 10.0)));
2 26 Feb 07 jari 660         return scale;
2 26 Feb 07 jari 661     }
2 26 Feb 07 jari 662     
2 26 Feb 07 jari 663     /**
2 26 Feb 07 jari 664      * Creates a coordinate system transform group.
2 26 Feb 07 jari 665      */
2 26 Feb 07 jari 666     private TransformGroup createCoordinateSystem(BoundingSphere bounds) {
2 26 Feb 07 jari 667         TransformGroup group = new TransformGroup();
2 26 Feb 07 jari 668         group.setCapability(TransformGroup.ALLOW_TRANSFORM_WRITE);
2 26 Feb 07 jari 669         group.setCapability(TransformGroup.ALLOW_TRANSFORM_READ);
2 26 Feb 07 jari 670         group.setCapability(TransformGroup.ENABLE_PICK_REPORTING);
2 26 Feb 07 jari 671         // add axises
2 26 Feb 07 jari 672         group.addChild(createXAxis());
2 26 Feb 07 jari 673         group.addChild(createYAxis());
2 26 Feb 07 jari 674         group.addChild(createZAxis());
2 26 Feb 07 jari 675         
2 26 Feb 07 jari 676         if (isShowSpheres()) {
2 26 Feb 07 jari 677             // add spheres
2 26 Feb 07 jari 678             group.addChild(createSpheres());
2 26 Feb 07 jari 679         } else {
2 26 Feb 07 jari 680             // add selected and not selected points
2 26 Feb 07 jari 681             if (getPointSize() > 0) {
2 26 Feb 07 jari 682                 Shape3D[] pointShapes = createUsualPoints();
2 26 Feb 07 jari 683                 if (pointShapes != null) {
2 26 Feb 07 jari 684                     for (int i=0; i<pointShapes.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 685                         group.addChild(pointShapes[i]);
2 26 Feb 07 jari 686                     }
2 26 Feb 07 jari 687                 }
2 26 Feb 07 jari 688                 if ((geneOrExpt == COAGUI.GENES) || (geneOrExpt == COAGUI.EXPTS)) {
2 26 Feb 07 jari 689                     Shape3D points = createSelectedPoints();
2 26 Feb 07 jari 690                     if (points != null) {
2 26 Feb 07 jari 691                         group.addChild(points);
2 26 Feb 07 jari 692                     }
2 26 Feb 07 jari 693                 } else {
2 26 Feb 07 jari 694                     Shape3D[] points = createSelectedPointsFromBoth();
2 26 Feb 07 jari 695                     if (points != null) {
2 26 Feb 07 jari 696                         for (int i = 0; i < points.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 697                             group.addChild(points[i]);
2 26 Feb 07 jari 698                         }
2 26 Feb 07 jari 699                     }
2 26 Feb 07 jari 700                 }
2 26 Feb 07 jari 701             }
2 26 Feb 07 jari 702         }
2 26 Feb 07 jari 703         if (isSelectionBox()) {
2 26 Feb 07 jari 704             group.addChild(createSelectionBox());
2 26 Feb 07 jari 705         }
2 26 Feb 07 jari 706         if (geneOrExpt == COAGUI.BOTH) {
2 26 Feb 07 jari 707             if (isShowGeneTextFromBoth()) {
2 26 Feb 07 jari 708                 group.addChild(createGeneTextFromBoth());
2 26 Feb 07 jari 709             }  
2 26 Feb 07 jari 710             if (isShowExptTextFromBoth()) {
2 26 Feb 07 jari 711                 group.addChild(createSampleTextFromBoth());
2 26 Feb 07 jari 712             }            
2 26 Feb 07 jari 713         } else {
2 26 Feb 07 jari 714             if (isShowText()) {
2 26 Feb 07 jari 715                 group.addChild(createText());
2 26 Feb 07 jari 716             }
2 26 Feb 07 jari 717         }
2 26 Feb 07 jari 718         OpenBehavior openObject = new OpenBehavior(group);
2 26 Feb 07 jari 719         openObject.setSchedulingBounds(bounds);
2 26 Feb 07 jari 720         group.addChild(openObject);
2 26 Feb 07 jari 721         return group;
2 26 Feb 07 jari 722     }
2 26 Feb 07 jari 723
2 26 Feb 07 jari 724     
2 26 Feb 07 jari 725     /**
2 26 Feb 07 jari 726      * Creates a light transform group.
2 26 Feb 07 jari 727      */
2 26 Feb 07 jari 728     private TransformGroup createLight(BoundingSphere bounds, Vector3d vector) {
2 26 Feb 07 jari 729         Transform3D t = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 730         t.set(vector);
2 26 Feb 07 jari 731         TransformGroup lightGroup = new TransformGroup(t);
2 26 Feb 07 jari 732         lightGroup.setCapability(TransformGroup.ALLOW_TRANSFORM_WRITE);
2 26 Feb 07 jari 733         lightGroup.setCapability(TransformGroup.ALLOW_TRANSFORM_READ);
2 26 Feb 07 jari 734         lightGroup.setCapability(TransformGroup.ENABLE_PICK_REPORTING);
2 26 Feb 07 jari 735         
2 26 Feb 07 jari 736         ColoringAttributes attr = new ColoringAttributes();
2 26 Feb 07 jari 737         Color3f color = new Color3f(1.0f, 1.0f, 1.0f);
2 26 Feb 07 jari 738         attr.setColor(color);
2 26 Feb 07 jari 739         Appearance appearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 740         appearance.setColoringAttributes(attr);
2 26 Feb 07 jari 741         lightGroup.addChild(new Sphere(0.01f, Sphere.GENERATE_NORMALS, 15, appearance));
2 26 Feb 07 jari 742         Light light = new PointLight(color, new Point3f(0.0f, 0.0f, 0.0f), new Point3f(1.0f, 0.0f, 0.0f));
2 26 Feb 07 jari 743         light.setInfluencingBounds(bounds);
2 26 Feb 07 jari 744         lightGroup.addChild(light);
2 26 Feb 07 jari 745         return lightGroup;
2 26 Feb 07 jari 746     }
2 26 Feb 07 jari 747     
2 26 Feb 07 jari 748     
2 26 Feb 07 jari 749     /**
2 26 Feb 07 jari 750      * Creates an ambient light.
2 26 Feb 07 jari 751      */
2 26 Feb 07 jari 752     private AmbientLight createAmbientLight(BoundingSphere bounds) {
2 26 Feb 07 jari 753         AmbientLight light = new AmbientLight(new Color3f(0.2f, 0.2f, 0.2f));
2 26 Feb 07 jari 754         light.setInfluencingBounds(bounds);
2 26 Feb 07 jari 755         return light;
2 26 Feb 07 jari 756     }
2 26 Feb 07 jari 757     
2 26 Feb 07 jari 758     /**
2 26 Feb 07 jari 759      * Creates a cone shape.
2 26 Feb 07 jari 760      */
2 26 Feb 07 jari 761     private Cone createCone() {
2 26 Feb 07 jari 762         return new Cone(0.05f, 0.2f);
2 26 Feb 07 jari 763     }
2 26 Feb 07 jari 764     
2 26 Feb 07 jari 765     /**
2 26 Feb 07 jari 766      * Creates a cylinder shape with specified color.
2 26 Feb 07 jari 767      */
2 26 Feb 07 jari 768     private Cylinder createCylinder(Color3f color) {
2 26 Feb 07 jari 769         Material material = new Material(color, blackColor, color, whiteColor, 100f);
2 26 Feb 07 jari 770         if (isWhiteBackground()) {
2 26 Feb 07 jari 771             material.setEmissiveColor(new Color3f(0.0f, 0.0f, 1.0f));
2 26 Feb 07 jari 772         }
2 26 Feb 07 jari 773         Appearance appearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 774         appearance.setLineAttributes(new LineAttributes(10, LineAttributes.PATTERN_SOLID, true));
2 26 Feb 07 jari 775         appearance.setMaterial(material);
2 26 Feb 07 jari 776         return new Cylinder(0.025f, 6f, appearance);
2 26 Feb 07 jari 777     }
2 26 Feb 07 jari 778     
2 26 Feb 07 jari 779     /**
2 26 Feb 07 jari 780      * Creates a selection box transform group.
2 26 Feb 07 jari 781      */
2 26 Feb 07 jari 782     private TransformGroup createSelectionBox() {
2 26 Feb 07 jari 783         Material material = new Material(new Color3f(0.5f, 0.5f, 0.5f), blackColor, new Color3f(0.5f, 0.5f, 0.5f), blackColor, 100.0f);
2 26 Feb 07 jari 784         material.setLightingEnable(true);
2 26 Feb 07 jari 785         Appearance appearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 786         TransparencyAttributes ta = new TransparencyAttributes();
2 26 Feb 07 jari 787         ta.setTransparency(0.5f);
2 26 Feb 07 jari 788         ta.setTransparencyMode(TransparencyAttributes.BLENDED);
2 26 Feb 07 jari 789         appearance.setTransparencyAttributes(ta);
2 26 Feb 07 jari 790         appearance.setMaterial(material);
2 26 Feb 07 jari 791         Transform3D transform = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 792         float factorX = 3f/scaleAxisX;
2 26 Feb 07 jari 793         float factorY = 3f/scaleAxisY;
2 26 Feb 07 jari 794         float factorZ = 3f/scaleAxisZ;
2 26 Feb 07 jari 795         Vector3f vector = new Vector3f(boxPositionX*factorX, boxPositionY*factorY, boxPositionZ*factorZ);
2 26 Feb 07 jari 796         transform.set(vector);
2 26 Feb 07 jari 797         TransformGroup selectionBox = new TransformGroup(transform);
2 26 Feb 07 jari 798         selectionBox.addChild(new Box(boxSizeX*factorX/2f, boxSizeY*factorY/2f, boxSizeZ*factorZ/2f, appearance));
2 26 Feb 07 jari 799         return selectionBox;
2 26 Feb 07 jari 800     }
2 26 Feb 07 jari 801     
2 26 Feb 07 jari 802     /**
2 26 Feb 07 jari 803      * Checkes if specified point is selected.
2 26 Feb 07 jari 804      */
2 26 Feb 07 jari 805     private boolean isPointSelected(float x, float y, float z) {
2 26 Feb 07 jari 806         float X1 = boxPositionX-boxSizeX/2f;
2 26 Feb 07 jari 807         float X2 = boxPositionX+boxSizeX/2f;
2 26 Feb 07 jari 808         float Y1 = boxPositionY-boxSizeY/2f;
2 26 Feb 07 jari 809         float Y2 = boxPositionY+boxSizeY/2f;
2 26 Feb 07 jari 810         float Z1 = boxPositionZ-boxSizeZ/2f;
2 26 Feb 07 jari 811         float Z2 = boxPositionZ+boxSizeZ/2f;
2 26 Feb 07 jari 812         return x>=X1 && x<=X2 && y>=Y1 && y<=Y2 && z>=Z1 && z<=Z2;
2 26 Feb 07 jari 813     }
2 26 Feb 07 jari 814     
2 26 Feb 07 jari 815     /**
2 26 Feb 07 jari 816      * Returns an array of selected genes.
2 26 Feb 07 jari 817      */
2 26 Feb 07 jari 818     protected int[] getSelectedGenes() {
2 26 Feb 07 jari 819         int[] genes = new int[getPointsCount(true)];
2 26 Feb 07 jari 820         int pos = 0;
2 26 Feb 07 jari 821         for (int i=0; i<U.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 822             //if (isPointSelected(U.get(i,0), U.get(i,1), U.get(i,2))) {
2 26 Feb 07 jari 823             if (isPointSelected(U.get(i,xAxis), U.get(i,yAxis), U.get(i,zAxis))) {
2 26 Feb 07 jari 824                 if (geneOrExpt == COAGUI.GENES) {
2 26 Feb 07 jari 825                     genes[pos] = experiment.getGeneIndexMappedToData(i);
2 26 Feb 07 jari 826                 } else if (geneOrExpt == COAGUI.EXPTS) {                    
2 26 Feb 07 jari 827                     genes[pos] = experiment.getSampleIndex(i);
2 26 Feb 07 jari 828                 }
2 26 Feb 07 jari 829                 pos++;
2 26 Feb 07 jari 830             }
2 26 Feb 07 jari 831         }
2 26 Feb 07 jari 832         return genes;
2 26 Feb 07 jari 833     }
2 26 Feb 07 jari 834     
2 26 Feb 07 jari 835     protected int[] getSelectedGenesFromBoth() {
2 26 Feb 07 jari 836         Vector selectedPointsVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 837         for (int i = 0; i < geneUMatrix.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 838             //if (isPointSelected(U.get(i,0), U.get(i,1), U.get(i,2))) {
2 26 Feb 07 jari 839             if (isPointSelected(U.get(i,xAxis), U.get(i,yAxis), U.get(i,zAxis))) {
2 26 Feb 07 jari 840                 selectedPointsVector.add(new Integer(experiment.getGeneIndexMappedToData(i)));
2 26 Feb 07 jari 841             }
2 26 Feb 07 jari 842         }
2 26 Feb 07 jari 843         
2 26 Feb 07 jari 844         int[] selPoints = new int[selectedPointsVector.size()];
2 26 Feb 07 jari 845         for (int i = 0; i < selectedPointsVector.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 846             selPoints[i] = ((Integer)(selectedPointsVector.get(i))).intValue();
2 26 Feb 07 jari 847         }
2 26 Feb 07 jari 848         return selPoints;
2 26 Feb 07 jari 849     }
2 26 Feb 07 jari 850     
2 26 Feb 07 jari 851     protected int[] getSelectedExptsFromBoth() {
2 26 Feb 07 jari 852         Vector selectedPointsVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 853         for (int i = geneUMatrix.getRowDimension(); i < U.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 854             //if (isPointSelected(U.get(i,0), U.get(i,1), U.get(i,2))) {
2 26 Feb 07 jari 855             if (isPointSelected(U.get(i,xAxis), U.get(i,yAxis), U.get(i,zAxis))) {
2 26 Feb 07 jari 856                 selectedPointsVector.add(new Integer(experiment.getSampleIndex(i - geneUMatrix.getRowDimension())));
2 26 Feb 07 jari 857             }
2 26 Feb 07 jari 858         }
2 26 Feb 07 jari 859         
2 26 Feb 07 jari 860         int[] selPoints = new int[selectedPointsVector.size()];
2 26 Feb 07 jari 861         for (int i = 0; i < selectedPointsVector.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 862             selPoints[i] = ((Integer)(selectedPointsVector.get(i))).intValue();
2 26 Feb 07 jari 863         }
2 26 Feb 07 jari 864         return selPoints;        
2 26 Feb 07 jari 865     }
2 26 Feb 07 jari 866     
2 26 Feb 07 jari 867     /**
2 26 Feb 07 jari 868      * @param selected true if we need number of the selected points.
2 26 Feb 07 jari 869      */
2 26 Feb 07 jari 870     private int getPointsCount(boolean selected) {
2 26 Feb 07 jari 871         int count = 0;
2 26 Feb 07 jari 872         int selCount = 0;
2 26 Feb 07 jari 873         for (int i=0; i<U.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 874             //if (isPointSelected(U.get(i,0), U.get(i,1), U.get(i,2))) {
2 26 Feb 07 jari 875             if (isPointSelected(U.get(i,xAxis), U.get(i,yAxis), U.get(i,zAxis))) {
2 26 Feb 07 jari 876                 selCount++;
2 26 Feb 07 jari 877             } else {
2 26 Feb 07 jari 878                 count++;
2 26 Feb 07 jari 879             }
2 26 Feb 07 jari 880         }
2 26 Feb 07 jari 881         return selected ? selCount : count;
2 26 Feb 07 jari 882     }
2 26 Feb 07 jari 883     
2 26 Feb 07 jari 884     /**
2 26 Feb 07 jari 885      * Returns number of unselected points.
2 26 Feb 07 jari 886      */
2 26 Feb 07 jari 887     private int getUsualPointsCount() {
2 26 Feb 07 jari 888         if (isSelection()) {
2 26 Feb 07 jari 889             return getPointsCount(false);
2 26 Feb 07 jari 890         }
2 26 Feb 07 jari 891         return U.getRowDimension();
2 26 Feb 07 jari 892     }
2 26 Feb 07 jari 893     
2 26 Feb 07 jari 894     /**
2 26 Feb 07 jari 895      * Creates a 3D shape which is set of selected points.
2 26 Feb 07 jari 896      */
2 26 Feb 07 jari 897     private Shape3D createSelectedPoints() {
2 26 Feb 07 jari 898         if (!isSelection()) {
2 26 Feb 07 jari 899             return null;
2 26 Feb 07 jari 900         }
2 26 Feb 07 jari 901         int count = getPointsCount(true);
2 26 Feb 07 jari 902         if (count < 1) {
2 26 Feb 07 jari 903             return null;
2 26 Feb 07 jari 904         }
2 26 Feb 07 jari 905         Color3f color = new Color3f(1.0f, 0.3f, 1.0f);
2 26 Feb 07 jari 906         Material material = new Material(color, color, color, color, 100.0f);
2 26 Feb 07 jari 907         material.setLightingEnable(true);
2 26 Feb 07 jari 908         Appearance appearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 909         appearance.setPointAttributes(new PointAttributes(getSelectedPointSize(), false));
2 26 Feb 07 jari 910         appearance.setMaterial(material);
2 26 Feb 07 jari 911         
2 26 Feb 07 jari 912         PointArray points = new PointArray(count, PointArray.COORDINATES | PointArray.COLOR_3 | PointArray.NORMALS);
2 26 Feb 07 jari 913         
2 26 Feb 07 jari 914         float factorX = 3f/scaleAxisX;
2 26 Feb 07 jari 915         float factorY = 3f/scaleAxisY;
2 26 Feb 07 jari 916         float factorZ = 3f/scaleAxisZ;
2 26 Feb 07 jari 917         
2 26 Feb 07 jari 918         float x, y, z;
2 26 Feb 07 jari 919         int index = 0;
2 26 Feb 07 jari 920         for (int i=0; i<U.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 921             //x = U.get(i,0);
2 26 Feb 07 jari 922             //y = U.get(i,1);
2 26 Feb 07 jari 923             //z = U.get(i,2);
2 26 Feb 07 jari 924             x = U.get(i,xAxis);
2 26 Feb 07 jari 925             y = U.get(i,yAxis);
2 26 Feb 07 jari 926             z = U.get(i,zAxis);
2 26 Feb 07 jari 927             if (isPointSelected(x, y, z)) {
2 26 Feb 07 jari 928                 points.setCoordinate(index, new Point3f(x*factorX, y*factorY, z*factorZ));
2 26 Feb 07 jari 929                 index++;
2 26 Feb 07 jari 930             }
2 26 Feb 07 jari 931         }
2 26 Feb 07 jari 932         Shape3D pointsShape = new Shape3D();
2 26 Feb 07 jari 933         pointsShape.setAppearance(appearance);
2 26 Feb 07 jari 934         pointsShape.setGeometry(points);
2 26 Feb 07 jari 935         return pointsShape;
2 26 Feb 07 jari 936     }
2 26 Feb 07 jari 937     
2 26 Feb 07 jari 938     private Shape3D[] createSelectedPointsFromBoth() {
2 26 Feb 07 jari 939         if (!isSelection()) {
2 26 Feb 07 jari 940             return null;
2 26 Feb 07 jari 941         }
2 26 Feb 07 jari 942         int count = getPointsCount(true);
2 26 Feb 07 jari 943         if (count < 1) {
2 26 Feb 07 jari 944             return null;
2 26 Feb 07 jari 945         }        
2 26 Feb 07 jari 946         Shape3D[] selectedPoints = new Shape3D[2];
2 26 Feb 07 jari 947         boolean drawGenes = true;
2 26 Feb 07 jari 948         if (drawGenes) {
2 26 Feb 07 jari 949             Color3f color = new Color3f(1.0f, 0.3f, 1.0f);
2 26 Feb 07 jari 950             Material material = new Material(color, color, color, color, 100.0f);
2 26 Feb 07 jari 951             material.setLightingEnable(true);
2 26 Feb 07 jari 952             Appearance appearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 953             appearance.setPointAttributes(new PointAttributes(getSelectedPointSize(), false));
2 26 Feb 07 jari 954             appearance.setMaterial(material);
2 26 Feb 07 jari 955             
2 26 Feb 07 jari 956             PointArray points = new PointArray(count, PointArray.COORDINATES | PointArray.COLOR_3 | PointArray.NORMALS);
2 26 Feb 07 jari 957             
2 26 Feb 07 jari 958             float factorX = 3f/scaleAxisX;
2 26 Feb 07 jari 959             float factorY = 3f/scaleAxisY;
2 26 Feb 07 jari 960             float factorZ = 3f/scaleAxisZ;
2 26 Feb 07 jari 961             
2 26 Feb 07 jari 962             float x, y, z;
2 26 Feb 07 jari 963             int index = 0;
2 26 Feb 07 jari 964             for (int i=0; i<geneUMatrix.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 965                 //x = U.get(i,0);
2 26 Feb 07 jari 966                 //y = U.get(i,1);
2 26 Feb 07 jari 967                 //z = U.get(i,2);
2 26 Feb 07 jari 968                 x = U.get(i,xAxis);
2 26 Feb 07 jari 969                 y = U.get(i,yAxis);
2 26 Feb 07 jari 970                 z = U.get(i,zAxis);                
2 26 Feb 07 jari 971                 if (isPointSelected(x, y, z)) {
2 26 Feb 07 jari 972                     points.setCoordinate(index, new Point3f(x*factorX, y*factorY, z*factorZ));
2 26 Feb 07 jari 973                     index++;
2 26 Feb 07 jari 974                 }
2 26 Feb 07 jari 975             }
2 26 Feb 07 jari 976             Shape3D pointsShape = new Shape3D();
2 26 Feb 07 jari 977             pointsShape.setAppearance(appearance);
2 26 Feb 07 jari 978             pointsShape.setGeometry(points);    
2 26 Feb 07 jari 979             selectedPoints[0] = pointsShape;
2 26 Feb 07 jari 980         }
2 26 Feb 07 jari 981         
2 26 Feb 07 jari 982         drawGenes = false;
2 26 Feb 07 jari 983         
2 26 Feb 07 jari 984         if (!drawGenes) {
2 26 Feb 07 jari 985             Color3f color = new Color3f(1.0f, 0.3f, 1.0f);
2 26 Feb 07 jari 986             Material material = new Material(color, color, color, color, 100.0f);
2 26 Feb 07 jari 987             material.setLightingEnable(true);
2 26 Feb 07 jari 988             Appearance appearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 989             float exptSelectedPointSize = getSelectedPointSize();
2 26 Feb 07 jari 990             if (exptSelectedPointSize < 5.0f) exptSelectedPointSize = 5.0f;
2 26 Feb 07 jari 991             appearance.setPointAttributes(new PointAttributes(exptSelectedPointSize, false));
2 26 Feb 07 jari 992             appearance.setMaterial(material);
2 26 Feb 07 jari 993             
2 26 Feb 07 jari 994             PointArray points = new PointArray(count, PointArray.COORDINATES | PointArray.COLOR_3 | PointArray.NORMALS);
2 26 Feb 07 jari 995             
2 26 Feb 07 jari 996             float factorX = 3f/scaleAxisX;
2 26 Feb 07 jari 997             float factorY = 3f/scaleAxisY;
2 26 Feb 07 jari 998             float factorZ = 3f/scaleAxisZ;
2 26 Feb 07 jari 999             
2 26 Feb 07 jari 1000             float x, y, z;
2 26 Feb 07 jari 1001             int index = 0;
2 26 Feb 07 jari 1002             for (int i=geneUMatrix.getRowDimension(); i<U.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1003                 //x = U.get(i,0);
2 26 Feb 07 jari 1004                 //y = U.get(i,1);
2 26 Feb 07 jari 1005                 //z = U.get(i,2);
2 26 Feb 07 jari 1006                 x = U.get(i,xAxis);
2 26 Feb 07 jari 1007                 y = U.get(i,yAxis);
2 26 Feb 07 jari 1008                 z = U.get(i,zAxis);                
2 26 Feb 07 jari 1009                 if (isPointSelected(x, y, z)) {
2 26 Feb 07 jari 1010                     points.setCoordinate(index, new Point3f(x*factorX, y*factorY, z*factorZ));
2 26 Feb 07 jari 1011                     index++;
2 26 Feb 07 jari 1012                 }
2 26 Feb 07 jari 1013             }
2 26 Feb 07 jari 1014             Shape3D pointsShape = new Shape3D();
2 26 Feb 07 jari 1015             pointsShape.setAppearance(appearance);
2 26 Feb 07 jari 1016             pointsShape.setGeometry(points);    
2 26 Feb 07 jari 1017             selectedPoints[1] = pointsShape;            
2 26 Feb 07 jari 1018         }
2 26 Feb 07 jari 1019         
2 26 Feb 07 jari 1020         return selectedPoints; 
2 26 Feb 07 jari 1021     }
2 26 Feb 07 jari 1022     
2 26 Feb 07 jari 1023     /**
2 26 Feb 07 jari 1024      * Creates a point appearance with specified color.
2 26 Feb 07 jari 1025      */
2 26 Feb 07 jari 1026     private Appearance createPointAppearance(Color3f color) {
2 26 Feb 07 jari 1027         Material material = new Material(color, color, color, color, 100.0f);
2 26 Feb 07 jari 1028         material.setLightingEnable(true);
2 26 Feb 07 jari 1029         Appearance appearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 1030         appearance.setPointAttributes(new PointAttributes(getPointSize(), false));
2 26 Feb 07 jari 1031         appearance.setMaterial(material);
2 26 Feb 07 jari 1032         return appearance;
2 26 Feb 07 jari 1033     }
2 26 Feb 07 jari 1034     
2 26 Feb 07 jari 1035     /**
2 26 Feb 07 jari 1036      * Creates a point appearance with specified colorand point size.
2 26 Feb 07 jari 1037      */
2 26 Feb 07 jari 1038     private Appearance createPointAppearance(Color3f color, float pSize) {
2 26 Feb 07 jari 1039         Material material = new Material(color, color, color, color, 100.0f);
2 26 Feb 07 jari 1040         material.setLightingEnable(true);
2 26 Feb 07 jari 1041         Appearance appearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 1042         appearance.setPointAttributes(new PointAttributes(pSize, false));
2 26 Feb 07 jari 1043         appearance.setMaterial(material);
2 26 Feb 07 jari 1044         return appearance;
2 26 Feb 07 jari 1045     }
2 26 Feb 07 jari 1046     
2 26 Feb 07 jari 1047 /** Creates an array of 3D shapes which are sets of not selected points.
2 26 Feb 07 jari 1048  */
2 26 Feb 07 jari 1049 private Shape3D[] createUsualPoints() {
2 26 Feb 07 jari 1050     Shape3D[] pointShapes = new Shape3D[1];
2 26 Feb 07 jari 1051     Shape3D[] genePointShapes = new Shape3D[1];
2 26 Feb 07 jari 1052     Shape3D[] exptPointShapes = new Shape3D[1];
2 26 Feb 07 jari 1053     
2 26 Feb 07 jari 1054     if ((geneOrExpt == COAGUI.GENES) || (geneOrExpt == COAGUI.EXPTS)) {
2 26 Feb 07 jari 1055         
2 26 Feb 07 jari 1056         int count = getUsualPointsCount();
2 26 Feb 07 jari 1057         if (count < 1) {
2 26 Feb 07 jari 1058             return null;
2 26 Feb 07 jari 1059         }
2 26 Feb 07 jari 1060         
2 26 Feb 07 jari 1061         int uncoloredCount;
2 26 Feb 07 jari 1062         
2 26 Feb 07 jari 1063         if (geneOrExpt == COAGUI.GENES) {
2 26 Feb 07 jari 1064             uncoloredCount = data.getColoredProbesCount(-1);
2 26 Feb 07 jari 1065         } else {
2 26 Feb 07 jari 1066             uncoloredCount = data.getColoredExperimentsCount(-1);
2 26 Feb 07 jari 1067         }
2 26 Feb 07 jari 1068         
2 26 Feb 07 jari 1069         int delta = uncoloredCount == 0 ? 0 : 1;
2 26 Feb 07 jari 1070         
2 26 Feb 07 jari 1071         Color[] colors = new Color[1];
2 26 Feb 07 jari 1072         if(geneOrExpt == COAGUI.GENES)
2 26 Feb 07 jari 1073             colors = data.getColors(); // get colored gene clusters
2 26 Feb 07 jari 1074         else if (geneOrExpt == COAGUI.EXPTS)
2 26 Feb 07 jari 1075             colors = data.getExperimentColors();
2 26 Feb 07 jari 1076         
2 26 Feb 07 jari 1077         PointArray[] pointArrays = new PointArray[colors.length+delta];
2 26 Feb 07 jari 1078         Appearance[] appearances = new Appearance[colors.length+delta];
2 26 Feb 07 jari 1079         int[] counters = new int[colors.length+delta];
2 26 Feb 07 jari 1080         Color3f color;
2 26 Feb 07 jari 1081         
2 26 Feb 07 jari 1082         // not published probes
2 26 Feb 07 jari 1083         if (uncoloredCount > 0) {
2 26 Feb 07 jari 1084             appearances[0] = createPointAppearance(isWhiteBackground() ? blackColor : whiteColor);
2 26 Feb 07 jari 1085             pointArrays[0] = new PointArray(uncoloredCount, PointArray.COORDINATES | PointArray.COLOR_3 | PointArray.NORMALS);
2 26 Feb 07 jari 1086             counters[0]    = 0;
2 26 Feb 07 jari 1087         }
2 26 Feb 07 jari 1088         if(geneOrExpt == COAGUI.GENES){
2 26 Feb 07 jari 1089             // published ones
2 26 Feb 07 jari 1090             for (int i=0; i<colors.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1091                 color = new Color3f(colors[i]);
2 26 Feb 07 jari 1092                 appearances[i+delta] = createPointAppearance(color);
2 26 Feb 07 jari 1093                 pointArrays[i+delta] = new PointArray(data.getColoredProbesCount(i), PointArray.COORDINATES | PointArray.COLOR_3 | PointArray.NORMALS);
2 26 Feb 07 jari 1094                 counters[i+delta]    = 0;
2 26 Feb 07 jari 1095             }
2 26 Feb 07 jari 1096         } else if (geneOrExpt == COAGUI.EXPTS){ //Experiment Viewer
2 26 Feb 07 jari 1097             for (int i=0; i<colors.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1098                 color = new Color3f(colors[i]);
2 26 Feb 07 jari 1099                 appearances[i+delta] = createPointAppearance(color);
2 26 Feb 07 jari 1100                 pointArrays[i+delta] = new PointArray(data.getColoredExperimentsCount(i), PointArray.COORDINATES | PointArray.COLOR_3 | PointArray.NORMALS);
2 26 Feb 07 jari 1101                 counters[i+delta]    = 0;
2 26 Feb 07 jari 1102             }
2 26 Feb 07 jari 1103         }
2 26 Feb 07 jari 1104         
2 26 Feb 07 jari 1105         float factorX = 3f/scaleAxisX;
2 26 Feb 07 jari 1106         float factorY = 3f/scaleAxisY;
2 26 Feb 07 jari 1107         float factorZ = 3f/scaleAxisZ;
2 26 Feb 07 jari 1108         float x, y, z;
2 26 Feb 07 jari 1109         int index = 0;
2 26 Feb 07 jari 1110         for (int i=0; i<U.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1111             //x = U.get(i,0);
2 26 Feb 07 jari 1112             //y = U.get(i,1);
2 26 Feb 07 jari 1113             //z = U.get(i,2);
2 26 Feb 07 jari 1114             x = U.get(i,xAxis);
2 26 Feb 07 jari 1115             y = U.get(i,yAxis);
2 26 Feb 07 jari 1116             z = U.get(i,zAxis);            
2 26 Feb 07 jari 1117             if (!isSelection() || !isPointSelected(x, y, z)) {
2 26 Feb 07 jari 1118                 if(geneOrExpt == COAGUI.GENES)
2 26 Feb 07 jari 1119                     index = data.getProbeColorIndex(experiment.getGeneIndexMappedToData(i))+delta;
2 26 Feb 07 jari 1120                 else if (geneOrExpt == COAGUI.EXPTS)
2 26 Feb 07 jari 1121                     index = data.getExperimentColorIndex(i)+delta;
2 26 Feb 07 jari 1122                 
2 26 Feb 07 jari 1123                 pointArrays[index].setCoordinate(counters[index], new Point3f(x*factorX, y*factorY, z*factorZ));
2 26 Feb 07 jari 1124                 counters[index]++;
2 26 Feb 07 jari 1125             }
2 26 Feb 07 jari 1126         }
2 26 Feb 07 jari 1127         
2 26 Feb 07 jari 1128         pointShapes = new Shape3D[pointArrays.length];
2 26 Feb 07 jari 1129         for (int i=0; i<pointShapes.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1130             pointShapes[i] = new Shape3D();
2 26 Feb 07 jari 1131             pointShapes[i].setAppearance(appearances[i]);
2 26 Feb 07 jari 1132             pointShapes[i].setGeometry(pointArrays[i]);
2 26 Feb 07 jari 1133         }
2 26 Feb 07 jari 1134         
2 26 Feb 07 jari 1135     } else { // if (geneOrExpt == COAGUI.BOTH)
2 26 Feb 07 jari 1136         int count = getUsualPointsCount();
2 26 Feb 07 jari 1137         if (count < 1) {
2 26 Feb 07 jari 1138             return null;
2 26 Feb 07 jari 1139         }
2 26 Feb 07 jari 1140         
2 26 Feb 07 jari 1141         boolean createGenePoints = true;
2 26 Feb 07 jari 1142         
2 26 Feb 07 jari 1143         if (createGenePoints) {
2 26 Feb 07 jari 1144             int geneUncoloredCount = data.getColoredProbesCount(-1);
2 26 Feb 07 jari 1145             int geneDelta = geneUncoloredCount == 0 ? 0 : 1;
2 26 Feb 07 jari 1146             
2 26 Feb 07 jari 1147             Color[] geneColors = data.getColors();
2 26 Feb 07 jari 1148             
2 26 Feb 07 jari 1149             PointArray[] genePointArrays = new PointArray[geneColors.length+geneDelta];
2 26 Feb 07 jari 1150             Appearance[] geneAppearances = new Appearance[geneColors.length+geneDelta];
2 26 Feb 07 jari 1151             int[] geneCounters = new int[geneColors.length+geneDelta];
2 26 Feb 07 jari 1152             Color3f geneColor;
2 26 Feb 07 jari 1153             
2 26 Feb 07 jari 1154             if (geneUncoloredCount > 0) {
2 26 Feb 07 jari 1155                 geneAppearances[0] = createPointAppearance(isWhiteBackground() ? blackColor : whiteColor);
2 26 Feb 07 jari 1156                 genePointArrays[0] = new PointArray(geneUncoloredCount, PointArray.COORDINATES | PointArray.COLOR_3 | PointArray.NORMALS);
2 26 Feb 07 jari 1157                 geneCounters[0]    = 0;
2 26 Feb 07 jari 1158             }
2 26 Feb 07 jari 1159             
2 26 Feb 07 jari 1160             for (int i=0; i<geneColors.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1161                 geneColor = new Color3f(geneColors[i]);
2 26 Feb 07 jari 1162                 geneAppearances[i+geneDelta] = createPointAppearance(geneColor);                 
2 26 Feb 07 jari 1163                 genePointArrays[i+geneDelta] = new PointArray(data.getColoredProbesCount(i), PointArray.COORDINATES | PointArray.COLOR_3 | PointArray.NORMALS);
2 26 Feb 07 jari 1164                 geneCounters[i+geneDelta]    = 0;
2 26 Feb 07 jari 1165             }   
2 26 Feb 07 jari 1166             
2 26 Feb 07 jari 1167             float factorX = 3f/scaleAxisX;
2 26 Feb 07 jari 1168             float factorY = 3f/scaleAxisY;
2 26 Feb 07 jari 1169             float factorZ = 3f/scaleAxisZ;
2 26 Feb 07 jari 1170             float x, y, z;
2 26 Feb 07 jari 1171             int index = 0;
2 26 Feb 07 jari 1172             
2 26 Feb 07 jari 1173             for (int i=0; i<scaledGeneUMatrix.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1174                 //x = scaledGeneUMatrix.get(i,0);
2 26 Feb 07 jari 1175                 //y = scaledGeneUMatrix.get(i,1);
2 26 Feb 07 jari 1176                 //z = scaledGeneUMatrix.get(i,2);
2 26 Feb 07 jari 1177                 x = scaledGeneUMatrix.get(i,xAxis);
2 26 Feb 07 jari 1178                 y = scaledGeneUMatrix.get(i,yAxis);
2 26 Feb 07 jari 1179                 z = scaledGeneUMatrix.get(i,zAxis);                
2 26 Feb 07 jari 1180                 if (!isSelection() || !isPointSelected(x, y, z)) {
2 26 Feb 07 jari 1181                     //if(geneOrExpt == COAGUI.GENES)
2 26 Feb 07 jari 1182                     index = data.getProbeColorIndex(experiment.getGeneIndexMappedToData(i))+geneDelta;
2 26 Feb 07 jari 1183                     //else if (geneOrExpt == COAGUI.EXPTS)
2 26 Feb 07 jari 1184                     //index = data.getExperimentColorIndex(i)+delta;
2 26 Feb 07 jari 1185                     
2 26 Feb 07 jari 1186                     genePointArrays[index].setCoordinate(geneCounters[index], new Point3f(x*factorX, y*factorY, z*factorZ));
2 26 Feb 07 jari 1187                     geneCounters[index]++;
2 26 Feb 07 jari 1188                 }
2 26 Feb 07 jari 1189             }     
2 26 Feb 07 jari 1190             
2 26 Feb 07 jari 1191             genePointShapes = new Shape3D[genePointArrays.length];
2 26 Feb 07 jari 1192             for (int i=0; i<genePointShapes.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1193                 genePointShapes[i] = new Shape3D();
2 26 Feb 07 jari 1194                 genePointShapes[i].setAppearance(geneAppearances[i]);
2 26 Feb 07 jari 1195                 genePointShapes[i].setGeometry(genePointArrays[i]);
2 26 Feb 07 jari 1196             }
2 26 Feb 07 jari 1197
2 26 Feb 07 jari 1198         } // end if (createGenePoints)
2 26 Feb 07 jari 1199         
2 26 Feb 07 jari 1200         createGenePoints = false;
2 26 Feb 07 jari 1201         
2 26 Feb 07 jari 1202         if (!createGenePoints) { // i.e., create expt points
2 26 Feb 07 jari 1203             int exptUncoloredCount = data.getColoredExperimentsCount(-1);
2 26 Feb 07 jari 1204             int exptDelta = exptUncoloredCount == 0 ? 0 : 1;            
2 26 Feb 07 jari 1205             
2 26 Feb 07 jari 1206             Color[] exptColors = data.getExperimentColors();
2 26 Feb 07 jari 1207             
2 26 Feb 07 jari 1208             PointArray[] exptPointArrays = new PointArray[exptColors.length+ exptDelta];
2 26 Feb 07 jari 1209             Appearance[] exptAppearances = new Appearance[exptColors.length+ exptDelta];
2 26 Feb 07 jari 1210             int[] exptCounters = new int[exptColors.length+ exptDelta];
2 26 Feb 07 jari 1211             Color3f exptColor;  
2 26 Feb 07 jari 1212             
2 26 Feb 07 jari 1213             // not published probes
2 26 Feb 07 jari 1214             if (exptUncoloredCount > 0) {
2 26 Feb 07 jari 1215                 if (getPointSize() < 10.0f) {
2 26 Feb 07 jari 1216                     exptAppearances[0] = createPointAppearance(isWhiteBackground() ? blackColor : whiteColor, 10.0f);
2 26 Feb 07 jari 1217                 } else {
2 26 Feb 07 jari 1218                     exptAppearances[0] = createPointAppearance(isWhiteBackground() ? blackColor : whiteColor);
2 26 Feb 07 jari 1219                 }
2 26 Feb 07 jari 1220                 exptPointArrays[0] = new PointArray(exptUncoloredCount, PointArray.COORDINATES | PointArray.COLOR_3 | PointArray.NORMALS);
2 26 Feb 07 jari 1221                 exptCounters[0]    = 0;
2 26 Feb 07 jari 1222             }    
2 26 Feb 07 jari 1223             
2 26 Feb 07 jari 1224             for (int i=0; i<exptColors.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1225                 exptColor = new Color3f(exptColors[i]);
2 26 Feb 07 jari 1226                 if (getPointSize() < 10.0f) {
2 26 Feb 07 jari 1227                     exptAppearances[i+exptDelta] = createPointAppearance(exptColor, 10.0f);
2 26 Feb 07 jari 1228                 } else {
2 26 Feb 07 jari 1229                     exptAppearances[i+exptDelta] = createPointAppearance(exptColor);
2 26 Feb 07 jari 1230                 }
2 26 Feb 07 jari 1231                 exptPointArrays[i+exptDelta] = new PointArray(data.getColoredExperimentsCount(i), PointArray.COORDINATES | PointArray.COLOR_3 | PointArray.NORMALS);
2 26 Feb 07 jari 1232                 exptCounters[i+exptDelta]    = 0;
2 26 Feb 07 jari 1233             }         
2 26 Feb 07 jari 1234             
2 26 Feb 07 jari 1235             float factorX = 3f/scaleAxisX;
2 26 Feb 07 jari 1236             float factorY = 3f/scaleAxisY;
2 26 Feb 07 jari 1237             float factorZ = 3f/scaleAxisZ;
2 26 Feb 07 jari 1238             float x, y, z;
2 26 Feb 07 jari 1239             int index = 0;
2 26 Feb 07 jari 1240             
2 26 Feb 07 jari 1241             for (int i=0; i<scaledExptUMatrix.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1242                 //x = scaledExptUMatrix.get(i,0);
2 26 Feb 07 jari 1243                 //y = scaledExptUMatrix.get(i,1);
2 26 Feb 07 jari 1244                 //z = scaledExptUMatrix.get(i,2);
2 26 Feb 07 jari 1245                 x = scaledExptUMatrix.get(i,xAxis);
2 26 Feb 07 jari 1246                 y = scaledExptUMatrix.get(i,yAxis);
2 26 Feb 07 jari 1247                 z = scaledExptUMatrix.get(i,zAxis);                
2 26 Feb 07 jari 1248                 if (!isSelection() || !isPointSelected(x, y, z)) {
2 26 Feb 07 jari 1249                     //if(geneOrExpt == COAGUI.GENES)
2 26 Feb 07 jari 1250                     //index = data.getProbeColorIndex(experiment.getGeneIndexMappedToData(i))+delta;
2 26 Feb 07 jari 1251                     // else if (geneOrExpt == COAGUI.EXPTS)
2 26 Feb 07 jari 1252                     index = data.getExperimentColorIndex(i)+exptDelta;
2 26 Feb 07 jari 1253                     
2 26 Feb 07 jari 1254                     exptPointArrays[index].setCoordinate(exptCounters[index], new Point3f(x*factorX, y*factorY, z*factorZ));
2 26 Feb 07 jari 1255                     exptCounters[index]++;
2 26 Feb 07 jari 1256                 }
2 26 Feb 07 jari 1257             }     
2 26 Feb 07 jari 1258             
2 26 Feb 07 jari 1259             exptPointShapes = new Shape3D[exptPointArrays.length];
2 26 Feb 07 jari 1260             for (int i=0; i<exptPointShapes.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1261                 exptPointShapes[i] = new Shape3D();
2 26 Feb 07 jari 1262                 exptPointShapes[i].setAppearance(exptAppearances[i]);
2 26 Feb 07 jari 1263                 exptPointShapes[i].setGeometry(exptPointArrays[i]);
2 26 Feb 07 jari 1264             }          
2 26 Feb 07 jari 1265
2 26 Feb 07 jari 1266         } // end if (!createGenePoints)
2 26 Feb 07 jari 1267         
2 26 Feb 07 jari 1268         pointShapes = new Shape3D[genePointShapes.length + exptPointShapes.length];
2 26 Feb 07 jari 1269         for (int i = 0; i < genePointShapes.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1270             pointShapes[i] = genePointShapes[i];
2 26 Feb 07 jari 1271         }
2 26 Feb 07 jari 1272         for (int i = 0; i < exptPointShapes.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1273             pointShapes[genePointShapes.length + i] = exptPointShapes[i];
2 26 Feb 07 jari 1274         }
2 26 Feb 07 jari 1275         
2 26 Feb 07 jari 1276     } // end if (geneOrExpt == COAGUI.BOTH)
2 26 Feb 07 jari 1277     
2 26 Feb 07 jari 1278     return pointShapes;
2 26 Feb 07 jari 1279 }    
2 26 Feb 07 jari 1280     
2 26 Feb 07 jari 1281     /**
2 26 Feb 07 jari 1282      * Creates an array of 3D shapes which are sets of not selected points.
2 26 Feb 07 jari 1283      */
2 26 Feb 07 jari 1284     private Shape3D[] createUsualPointsOld() {
2 26 Feb 07 jari 1285         int count = getUsualPointsCount();
2 26 Feb 07 jari 1286         //System.out.println("count = " + count);
2 26 Feb 07 jari 1287         if (count < 1) {
2 26 Feb 07 jari 1288             return null;
2 26 Feb 07 jari 1289         }
2 26 Feb 07 jari 1290         //int uncoloredCount = data.getColoredProbesCount(-1);
2 26 Feb 07 jari 1291         int uncoloredCount;
2 26 Feb 07 jari 1292         if (geneOrExpt == COAGUI.GENES) {
2 26 Feb 07 jari 1293             uncoloredCount = data.getColoredProbesCount(-1);
2 26 Feb 07 jari 1294         } else if (geneOrExpt == COAGUI.EXPTS) {
2 26 Feb 07 jari 1295             uncoloredCount = data.getColoredExperimentsCount(-1);
2 26 Feb 07 jari 1296         } else {
2 26 Feb 07 jari 1297             uncoloredCount = data.getColoredProbesCount(-1) + data.getColoredExperimentsCount(-1);
2 26 Feb 07 jari 1298         }
2 26 Feb 07 jari 1299         System.out.println("unColoredCount = " + uncoloredCount);
2 26 Feb 07 jari 1300         int delta = uncoloredCount == 0 ? 0 : 1;
2 26 Feb 07 jari 1301         int geneDelta = data.getColoredProbesCount(-1) == 0 ? 0 : 1;
2 26 Feb 07 jari 1302         int exptDelta = data.getColoredExperimentsCount(-1) == 0 ? 0 : 1;
2 26 Feb 07 jari 1303         //System.out.println("delta = " + delta);
2 26 Feb 07 jari 1304         
2 26 Feb 07 jari 1305         Color[] colors = new Color[1];
2 26 Feb 07 jari 1306         Color[] geneColors = new Color[1];
2 26 Feb 07 jari 1307         Color[] exptColors = new Color[1];
2 26 Feb 07 jari 1308         int[] bothColorCounts = new int[1];
2 26 Feb 07 jari 1309         if(geneOrExpt == COAGUI.GENES)
2 26 Feb 07 jari 1310             colors = data.getColors(); // get colored gene clusters
2 26 Feb 07 jari 1311         else if (geneOrExpt == COAGUI.EXPTS)
2 26 Feb 07 jari 1312             colors = data.getExperimentColors();
2 26 Feb 07 jari 1313         else if (geneOrExpt == COAGUI.BOTH) {
2 26 Feb 07 jari 1314             geneColors = data.getColors();
2 26 Feb 07 jari 1315             exptColors = data.getExperimentColors();
2 26 Feb 07 jari 1316              
2 26 Feb 07 jari 1317             System.out.println("geneColors.length = " + geneColors.length + ", exptColors.length = " + exptColors.length + ", colors.length = " + colors.length + ", bothColorCounts.length = " + bothColorCounts.length);
2 26 Feb 07 jari 1318             
2 26 Feb 07 jari 1319             colors = new Color[geneColors.length + exptColors.length];
2 26 Feb 07 jari 1320             for (int i = 0; i < geneColors.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1321                 colors[i] = geneColors[i];
2 26 Feb 07 jari 1322             }
2 26 Feb 07 jari 1323             for (int i = 0; i < exptColors.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1324                 colors[geneColors.length + i] = exptColors[i];
2 26 Feb 07 jari 1325             }
2 26 Feb 07 jari 1326              
2 26 Feb 07 jari 1327             
2 26 Feb 07 jari 1328         }
2 26 Feb 07 jari 1329        
2 26 Feb 07 jari 1330         PointArray[] pointArrays = new PointArray[colors.length+delta];
2 26 Feb 07 jari 1331         Appearance[] appearances = new Appearance[colors.length+delta];
2 26 Feb 07 jari 1332         int[] counters = new int[colors.length+delta];
2 26 Feb 07 jari 1333         int[] exptCounters = new int[colors.length + delta];
2 26 Feb 07 jari 1334         
2 26 Feb 07 jari 1335         if (geneOrExpt == COAGUI.BOTH) {
2 26 Feb 07 jari 1336             pointArrays = new PointArray[colors.length+geneDelta + exptDelta];
2 26 Feb 07 jari 1337             appearances = new Appearance[colors.length+ geneDelta + exptDelta];
2 26 Feb 07 jari 1338             counters = new int[colors.length+ geneDelta + exptDelta];
2 26 Feb 07 jari 1339             exptCounters = new int[colors.length + geneDelta + exptDelta];
2 26 Feb 07 jari 1340         }
2 26 Feb 07 jari 1341         
2 26 Feb 07 jari 1342         Color3f color;
2 26 Feb 07 jari 1343         
2 26 Feb 07 jari 1344         if ((geneOrExpt == COAGUI.GENES) || (geneOrExpt == COAGUI.EXPTS)) {
2 26 Feb 07 jari 1345         // not published probes
2 26 Feb 07 jari 1346             if (uncoloredCount > 0) {
2 26 Feb 07 jari 1347                 appearances[0] = createPointAppearance(isWhiteBackground() ? blackColor : whiteColor);
2 26 Feb 07 jari 1348                 pointArrays[0] = new PointArray(uncoloredCount, PointArray.COORDINATES | PointArray.COLOR_3 | PointArray.NORMALS);
2 26 Feb 07 jari 1349                 counters[0]    = 0;
2 26 Feb 07 jari 1350                 exptCounters[0] = 0;
2 26 Feb 07 jari 1351             }
2 26 Feb 07 jari 1352         } else {
2 26 Feb 07 jari 1353             if (data.getColoredProbesCount(-1) > 0) {
2 26 Feb 07 jari 1354                 appearances[0] = createPointAppearance(isWhiteBackground() ? blackColor : whiteColor);
2 26 Feb 07 jari 1355                 pointArrays[0] = new PointArray(data.getColoredProbesCount(-1), PointArray.COORDINATES | PointArray.COLOR_3 | PointArray.NORMALS);
2 26 Feb 07 jari 1356                 counters[0]    = 0;
2 26 Feb 07 jari 1357                 exptCounters[0] = 0;                
2 26 Feb 07 jari 1358             }
2 26 Feb 07 jari 1359             if (data.getColoredExperimentsCount(-1) > 0) {
2 26 Feb 07 jari 1360                 appearances[geneColors.length + geneDelta] = createPointAppearance(isWhiteBackground() ? blackColor : whiteColor);
2 26 Feb 07 jari 1361                 pointArrays[geneColors.length + geneDelta] = new PointArray(data.getColoredExperimentsCount(-1), PointArray.COORDINATES | PointArray.COLOR_3 | PointArray.NORMALS);
2 26 Feb 07 jari 1362                 counters[geneColors.length + geneDelta]    = 0;
2 26 Feb 07 jari 1363                 exptCounters[geneColors.length + geneDelta] = 0;                  
2 26 Feb 07 jari 1364             }
2 26 Feb 07 jari 1365         }
2 26 Feb 07 jari 1366         if(geneOrExpt == COAGUI.GENES){
2 26 Feb 07 jari 1367             // published ones
2 26 Feb 07 jari 1368             for (int i=0; i<colors.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1369                 color = new Color3f(colors[i]);
2 26 Feb 07 jari 1370                 appearances[i+delta] = createPointAppearance(color);
2 26 Feb 07 jari 1371                 pointArrays[i+delta] = new PointArray(data.getColoredProbesCount(i), PointArray.COORDINATES | PointArray.COLOR_3 | PointArray.NORMALS);
2 26 Feb 07 jari 1372                 counters[i+delta]    = 0;
2 26 Feb 07 jari 1373             }
2 26 Feb 07 jari 1374         } else if (geneOrExpt == COAGUI.EXPTS) { //Experiment Viewer
2 26 Feb 07 jari 1375             for (int i=0; i<colors.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1376                 color = new Color3f(colors[i]);
2 26 Feb 07 jari 1377                 appearances[i+delta] = createPointAppearance(color);
2 26 Feb 07 jari 1378                 pointArrays[i+delta] = new PointArray(data.getColoredExperimentsCount(i), PointArray.COORDINATES | PointArray.COLOR_3 | PointArray.NORMALS);
2 26 Feb 07 jari 1379                 counters[i+delta]    = 0;
2 26 Feb 07 jari 1380             }
2 26 Feb 07 jari 1381         } else if (geneOrExpt == COAGUI.BOTH) {
2 26 Feb 07 jari 1382             System.out.println("colors.length = " + colors.length);
2 26 Feb 07 jari 1383             
2 26 Feb 07 jari 1384             for (int i=0; i<geneColors.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1385                 color = new Color3f(colors[i]);
2 26 Feb 07 jari 1386                 appearances[i+geneDelta] = createPointAppearance(color);
2 26 Feb 07 jari 1387                 pointArrays[i+geneDelta] = new PointArray(data.getColoredProbesCount(i), PointArray.COORDINATES | PointArray.COLOR_3 | PointArray.NORMALS);
2 26 Feb 07 jari 1388                 counters[i+geneDelta]    = 0;
2 26 Feb 07 jari 1389             }    
2 26 Feb 07 jari 1390             for (int i=0; i<exptColors.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1391                 color = new Color3f(colors[geneColors.length + i]);
2 26 Feb 07 jari 1392                 appearances[geneColors.length + geneDelta + i + exptDelta] = createPointAppearance(color);
2 26 Feb 07 jari 1393                 pointArrays[geneColors.length + geneDelta + i + exptDelta] = new PointArray(data.getColoredExperimentsCount(i), PointArray.COORDINATES | PointArray.COLOR_3 | PointArray.NORMALS);
2 26 Feb 07 jari 1394                 counters[geneColors.length + geneDelta + i + exptDelta]    = 0;
2 26 Feb 07 jari 1395                 exptCounters[geneColors.length + geneDelta + i + exptDelta] = 0;
2 26 Feb 07 jari 1396                 //exptCounters[geneColors.length + geneDelta + i + exptDelta] = 0;
2 26 Feb 07 jari 1397             }           
2 26 Feb 07 jari 1398         }
2 26 Feb 07 jari 1399         
2 26 Feb 07 jari 1400         float factorX = 3f/scaleAxisX;
2 26 Feb 07 jari 1401         float factorY = 3f/scaleAxisY;
2 26 Feb 07 jari 1402         float factorZ = 3f/scaleAxisZ;
2 26 Feb 07 jari 1403         float x, y, z;       
2 26 Feb 07 jari 1404         int index = 0;
2 26 Feb 07 jari 1405         //int exptIndex = 0;
2 26 Feb 07 jari 1406         
2 26 Feb 07 jari 1407         System.out.println("U.getRowDimension() = " + U.getRowDimension());
2 26 Feb 07 jari 1408         
2 26 Feb 07 jari 1409         for (int i=0; i<U.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1410             //x = U.get(i,0);
2 26 Feb 07 jari 1411             //y = U.get(i,1);
2 26 Feb 07 jari 1412             //z = U.get(i,2);
2 26 Feb 07 jari 1413             x = U.get(i,xAxis);
2 26 Feb 07 jari 1414             y = U.get(i,yAxis);
2 26 Feb 07 jari 1415             z = U.get(i,zAxis);            
2 26 Feb 07 jari 1416             if (!isSelection() || !isPointSelected(x, y, z)) {
2 26 Feb 07 jari 1417                 if(geneOrExpt == COAGUI.GENES) {
2 26 Feb 07 jari 1418                     index = data.getProbeColorIndex(experiment.getGeneIndexMappedToData(i))+delta;
2 26 Feb 07 jari 1419                     System.out.println("i = " + i+ ", index = " + index + ", counters[index] = " + counters[index]);
2 26 Feb 07 jari 1420                     pointArrays[index].setCoordinate(counters[index], new Point3f(x*factorX, y*factorY, z*factorZ));
2 26 Feb 07 jari 1421                     counters[index]++;
2 26 Feb 07 jari 1422                 }
2 26 Feb 07 jari 1423                 else if (geneOrExpt == COAGUI.EXPTS) {
2 26 Feb 07 jari 1424                     index = data.getExperimentColorIndex(i)+delta;
2 26 Feb 07 jari 1425                     System.out.println("i = " + i+ ", index = " + index + ", counters[index] = " + counters[index]);
2 26 Feb 07 jari 1426                     pointArrays[index].setCoordinate(counters[index], new Point3f(x*factorX, y*factorY, z*factorZ));
2 26 Feb 07 jari 1427                     counters[index]++;
2 26 Feb 07 jari 1428                 }
2 26 Feb 07 jari 1429                 else if (geneOrExpt == COAGUI.BOTH) {
2 26 Feb 07 jari 1430                     if (i < geneUMatrix.getRowDimension()) {
2 26 Feb 07 jari 1431                        index = data.getProbeColorIndex(experiment.getGeneIndexMappedToData(i))+ geneDelta;
2 26 Feb 07 jari 1432                        System.out.println("i < geneUMatrix.getRowDimension(): i = " + i+ ", index = " + index + ", counters[index] = " + counters[index]);
2 26 Feb 07 jari 1433                        pointArrays[index].setCoordinate(counters[index], new Point3f(x*factorX, y*factorY, z*factorZ));
2 26 Feb 07 jari 1434                        counters[index]++;
2 26 Feb 07 jari 1435                     }
2 26 Feb 07 jari 1436                     else {
2 26 Feb 07 jari 1437                         //index = geneColors.length + data.getExperimentColorIndex(i - geneUMatrix.getRowDimension())+delta;
2 26 Feb 07 jari 1438                         //System.out.println("data.getExperimentColorIndex(i - geneUMatrix.getRowDimension()) = " + data.getExperimentColorIndex(i - geneUMatrix.getRowDimension()));
2 26 Feb 07 jari 1439                         //System.out.println("geneDelta = " + geneDelta + ", exptDelta = " + exptDelta);
2 26 Feb 07 jari 1440                         int initExptIndex = data.getExperimentColorIndex(i - geneUMatrix.getRowDimension()) + exptDelta;
2 26 Feb 07 jari 1441                         if (initExptIndex == 0){
2 26 Feb 07 jari 1442                             index = 0;
2 26 Feb 07 jari 1443                         } else {
2 26 Feb 07 jari 1444                             index = data.getExperimentColorIndex(i - geneUMatrix.getRowDimension()) + exptDelta + (data.getColors()).length;
2 26 Feb 07 jari 1445                         }
2 26 Feb 07 jari 1446                         System.out.println("i >= geneUMatrix.getRowDimension(): i = " + i+ ", index = " + index + ", exptCounters[index] = " + exptCounters[index]);
2 26 Feb 07 jari 1447                         pointArrays[index].setCoordinate(exptCounters[index], new Point3f(x*factorX, y*factorY, z*factorZ));
2 26 Feb 07 jari 1448                         exptCounters[index]++;                     
2 26 Feb 07 jari 1449                         //pointArrays[geneColors.length+ index].setCoordinate(counters[geneColors.length + index], new Point3f(x*factorX, y*factorY, z*factorZ));
2 26 Feb 07 jari 1450                         //counters[geneColors.length + index]++;
2 26 Feb 07 jari 1451                     }
2 26 Feb 07 jari 1452                 }
2 26 Feb 07 jari 1453                 //System.out.println("counters.length = " + counters.length);
2 26 Feb 07 jari 1454                 //System.out.println("i = " + i+ ", index = " + index + ", counters[index] = " + counters[index]);
2 26 Feb 07 jari 1455                 //pointArrays[index].setCoordinate(counters[index], new Point3f(x*factorX, y*factorY, z*factorZ));
2 26 Feb 07 jari 1456                 //counters[index]++;
2 26 Feb 07 jari 1457             }
2 26 Feb 07 jari 1458         }
2 26 Feb 07 jari 1459    
2 26 Feb 07 jari 1460         Shape3D[] pointShapes = new Shape3D[pointArrays.length];
2 26 Feb 07 jari 1461
2 26 Feb 07 jari 1462         for (int i=0; i<pointShapes.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1463             pointShapes[i] = new Shape3D();
2 26 Feb 07 jari 1464             pointShapes[i].setAppearance(appearances[i]);
2 26 Feb 07 jari 1465             pointShapes[i].setGeometry(pointArrays[i]);
2 26 Feb 07 jari 1466         }
2 26 Feb 07 jari 1467
2 26 Feb 07 jari 1468         
2 26 Feb 07 jari 1469         System.out.println("Reached end of createUsualPoints");
2 26 Feb 07 jari 1470         return pointShapes;
2 26 Feb 07 jari 1471     }
2 26 Feb 07 jari 1472     
2 26 Feb 07 jari 1473     /**
2 26 Feb 07 jari 1474      * Creates a point appearance with specified color.
2 26 Feb 07 jari 1475      */
2 26 Feb 07 jari 1476     private Appearance createSphereAppearance(Color3f color) {
2 26 Feb 07 jari 1477         Material material = new Material(color, this.blackColor, color, this.whiteColor, 100.0f);
2 26 Feb 07 jari 1478         material.setLightingEnable(true);
2 26 Feb 07 jari 1479         Appearance appearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 1480         appearance.setMaterial(material);
2 26 Feb 07 jari 1481         return appearance;
2 26 Feb 07 jari 1482     }
2 26 Feb 07 jari 1483     
2 26 Feb 07 jari 1484     /**
2 26 Feb 07 jari 1485      * Creates a spheres transform group.
2 26 Feb 07 jari 1486      */
2 26 Feb 07 jari 1487     private TransformGroup createSpheres() {
2 26 Feb 07 jari 1488         TransformGroup spheres = new TransformGroup();
2 26 Feb 07 jari 1489         
2 26 Feb 07 jari 1490         float factorX = 3f/scaleAxisX;
2 26 Feb 07 jari 1491         float factorY = 3f/scaleAxisY;
2 26 Feb 07 jari 1492         float factorZ = 3f/scaleAxisZ;
2 26 Feb 07 jari 1493         
2 26 Feb 07 jari 1494         // usual material
2 26 Feb 07 jari 1495         Color3f uColor = isWhiteBackground() ? blackColor : whiteColor;
2 26 Feb 07 jari 1496         Appearance uAppearance = createSphereAppearance(uColor);
2 26 Feb 07 jari 1497         
2 26 Feb 07 jari 1498         // selected material
2 26 Feb 07 jari 1499         Color3f sColor = isSelection() ? new Color3f(1.0f, 0.3f, 1.0f) : uColor;
2 26 Feb 07 jari 1500         Appearance sAppearance = createSphereAppearance(sColor);
2 26 Feb 07 jari 1501         
2 26 Feb 07 jari 1502         Transform3D transform;
2 26 Feb 07 jari 1503         Vector3d vector3d;
2 26 Feb 07 jari 1504         TransformGroup sphere;
2 26 Feb 07 jari 1505         boolean selected;
2 26 Feb 07 jari 1506         float x, y, z;
2 26 Feb 07 jari 1507         
2 26 Feb 07 jari 1508         for (int i=0; i<U.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1509             //x = U.get(i,0);
2 26 Feb 07 jari 1510             //y = U.get(i,1);
2 26 Feb 07 jari 1511             //z = U.get(i,2);
2 26 Feb 07 jari 1512             x = U.get(i,xAxis);
2 26 Feb 07 jari 1513             y = U.get(i,yAxis);
2 26 Feb 07 jari 1514             z = U.get(i,zAxis);            
2 26 Feb 07 jari 1515             transform  = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 1516             vector3d = new Vector3d(x*factorX, y*factorY, z*factorZ);
2 26 Feb 07 jari 1517             transform.set(vector3d);
2 26 Feb 07 jari 1518             sphere = new TransformGroup(transform);
2 26 Feb 07 jari 1519             selected = (isSelection() && isPointSelected(x, y, z));
2 26 Feb 07 jari 1520             if (geneOrExpt == COAGUI.GENES){
2 26 Feb 07 jari 1521                 if (data.getProbeColor(experiment.getGeneIndexMappedToData(i)) == null) {
2 26 Feb 07 jari 1522                     sphere.addChild(new Sphere(getPointSize(selected)/20f, (selected ? sAppearance : uAppearance)));
2 26 Feb 07 jari 1523                 } else {
2 26 Feb 07 jari 1524                     sphere.addChild(new Sphere(getPointSize(selected)/20f, (selected ? sAppearance : createSphereAppearance(new Color3f(data.getProbeColor(experiment.getGeneIndexMappedToData(i)))))));
2 26 Feb 07 jari 1525                 }
2 26 Feb 07 jari 1526             }
2 26 Feb 07 jari 1527             else if (geneOrExpt == COAGUI.EXPTS) {
2 26 Feb 07 jari 1528                 if (data.getExperimentColor(i) == null) {
2 26 Feb 07 jari 1529                     sphere.addChild(new Sphere(getPointSize(selected)/20f, (selected ? sAppearance : uAppearance)));
2 26 Feb 07 jari 1530                 } else {
2 26 Feb 07 jari 1531                     sphere.addChild(new Sphere(getPointSize(selected)/20f, (selected ? sAppearance : createSphereAppearance(new Color3f(data.getExperimentColor(i))))));
2 26 Feb 07 jari 1532                 }
2 26 Feb 07 jari 1533             } else if (geneOrExpt == COAGUI.BOTH) {
2 26 Feb 07 jari 1534                 if (i < geneUMatrix.getRowDimension()) {
2 26 Feb 07 jari 1535                     if (data.getProbeColor(experiment.getGeneIndexMappedToData(i)) == null) {
2 26 Feb 07 jari 1536                         sphere.addChild(new Sphere(getPointSize(selected)/20f, (selected ? sAppearance : uAppearance)));
2 26 Feb 07 jari 1537                     } else {
2 26 Feb 07 jari 1538                         sphere.addChild(new Sphere(getPointSize(selected)/20f, (selected ? sAppearance : createSphereAppearance(new Color3f(data.getProbeColor(experiment.getGeneIndexMappedToData(i)))))));
2 26 Feb 07 jari 1539                     }  
2 26 Feb 07 jari 1540                     
2 26 Feb 07 jari 1541                 } else {
2 26 Feb 07 jari 1542                     if (data.getExperimentColor(i - geneUMatrix.getRowDimension()) == null) {
2 26 Feb 07 jari 1543                         sphere.addChild(new Sphere((float)(2f*getPointSize(selected)/20f), (selected ? sAppearance : uAppearance)));
2 26 Feb 07 jari 1544                     } else {
2 26 Feb 07 jari 1545                         sphere.addChild(new Sphere((float)(2f*getPointSize(selected)/20f), (selected ? sAppearance : createSphereAppearance(new Color3f(data.getExperimentColor(i - geneUMatrix.getRowDimension()))))));
2 26 Feb 07 jari 1546                     }                    
2 26 Feb 07 jari 1547                 }
2 26 Feb 07 jari 1548             }
2 26 Feb 07 jari 1549             spheres.addChild(sphere);
2 26 Feb 07 jari 1550         }
2 26 Feb 07 jari 1551         return spheres;
2 26 Feb 07 jari 1552     }
2 26 Feb 07 jari 1553        
2 26 Feb 07 jari 1554     
2 26 Feb 07 jari 1555
2 26 Feb 07 jari 1556     /**
2 26 Feb 07 jari 1557      * Creates a text transform group.
2 26 Feb 07 jari 1558      */
2 26 Feb 07 jari 1559     private TransformGroup createText() {
2 26 Feb 07 jari 1560         TransformGroup textGroup = new TransformGroup();
2 26 Feb 07 jari 1561         
2 26 Feb 07 jari 1562         float factorX = 3f/scaleAxisX;
2 26 Feb 07 jari 1563         float factorY = 3f/scaleAxisY;
2 26 Feb 07 jari 1564         float factorZ = 3f/scaleAxisZ;
2 26 Feb 07 jari 1565         
2 26 Feb 07 jari 1566         //Font3D font = new Font3D(new Font("TestFont", Font.BOLD, 1), new FontExtrusion());
2 26 Feb 07 jari 1567         Font3D font = new Font3D(new Font("TestFont", Font.BOLD, (int)(Math.round(getPointSize(false)))), new FontExtrusion());
2 26 Feb 07 jari 1568         Font origFont = font.getFont();
2 26 Feb 07 jari 1569         
2 26 Feb 07 jari 1570         FontMetrics fMet = onScreenCanvas.getFontMetrics(origFont);
2 26 Feb 07 jari 1571         int ascent = fMet.getAscent();
2 26 Feb 07 jari 1572         
2 26 Feb 07 jari 1573         Color3f color3f;
2 26 Feb 07 jari 1574         if(!this.whiteBackground)
2 26 Feb 07 jari 1575             color3f = new Color3f(1.0f, 1.0f, 1.0f);
2 26 Feb 07 jari 1576         else
2 26 Feb 07 jari 1577             color3f = new Color3f(0.0f, 0.0f, 0.0f);
2 26 Feb 07 jari 1578         
2 26 Feb 07 jari 1579         Material material;
2 26 Feb 07 jari 1580         if(!this.whiteBackground)
2 26 Feb 07 jari 1581             material = new Material(color3f, whiteColor, color3f, whiteColor, 100f);
2 26 Feb 07 jari 1582         else
2 26 Feb 07 jari 1583             material = new Material(color3f, blackColor, color3f, blackColor, 100f);
2 26 Feb 07 jari 1584         
2 26 Feb 07 jari 1585         material.setLightingEnable(true);
2 26 Feb 07 jari 1586         //material.setLightingEnable(false);
2 26 Feb 07 jari 1587         Appearance appearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 1588         appearance.setMaterial(material);
2 26 Feb 07 jari 1589         
2 26 Feb 07 jari 1590         Transform3D fontTransform = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 1591         fontTransform.setScale(0.1);
2 26 Feb 07 jari 1592         
2 26 Feb 07 jari 1593         TransformGroup tempGroup;
2 26 Feb 07 jari 1594         Text3D text3d;
2 26 Feb 07 jari 1595         Shape3D shape3d;
2 26 Feb 07 jari 1596         String text;
2 26 Feb 07 jari 1597         float x, y, z;
2 26 Feb 07 jari 1598         for (int i=0; i<U.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1599             //x = U.get(i,0);
2 26 Feb 07 jari 1600             //y = U.get(i,1);
2 26 Feb 07 jari 1601             //z = U.get(i,2);
2 26 Feb 07 jari 1602             x = U.get(i,xAxis);
2 26 Feb 07 jari 1603             y = U.get(i,yAxis);
2 26 Feb 07 jari 1604             z = U.get(i,zAxis);            
2 26 Feb 07 jari 1605             tempGroup = new TransformGroup(fontTransform);
2 26 Feb 07 jari 1606             text = "";
2 26 Feb 07 jari 1607             if (geneOrExpt == COAGUI.GENES) {
2 26 Feb 07 jari 1608                 //text = data.getUniqueId(i)
2 26 Feb 07 jari 1609                 text = data.getElementAttribute(experiment.getGeneIndexMappedToData(i), geneLabelIndex);
2 26 Feb 07 jari 1610             } else if (geneOrExpt == COAGUI.EXPTS) {
2 26 Feb 07 jari 1611                 text = data.getSampleName(experiment.getSampleIndex(i));
2 26 Feb 07 jari 1612             } else if (geneOrExpt == COAGUI.BOTH) {
2 26 Feb 07 jari 1613                 if (i < geneUMatrix.getRowDimension()) {
2 26 Feb 07 jari 1614                     text = data.getElementAttribute(experiment.getGeneIndexMappedToData(i), geneLabelIndex);
2 26 Feb 07 jari 1615                 } else {
2 26 Feb 07 jari 1616                     text = data.getSampleName(experiment.getSampleIndex(i - geneUMatrix.getRowDimension()));
2 26 Feb 07 jari 1617                 }
2 26 Feb 07 jari 1618             }
2 26 Feb 07 jari 1619             //text = (mode == 1) ? data.getUniqueId(i) : data.getSampleName(experiment.getSampleIndex(i));
2 26 Feb 07 jari 1620             //text3d = new Text3D(font, text, new Point3f(x*factorX*10f+getPointSize(isPointSelected(x, y, z)), (y-0.035f)*factorY*10f, z*factorZ*10f));
2 26 Feb 07 jari 1621             text3d = new Text3D(font, text, new Point3f(x*factorX*10f+getPointSize(isPointSelected(x, y, z)), (float)(y*factorY*10f - (float)ascent/2f), z*factorZ*10f));
2 26 Feb 07 jari 1622             shape3d = new Shape3D();
2 26 Feb 07 jari 1623             shape3d.setGeometry(text3d);
2 26 Feb 07 jari 1624             shape3d.setAppearance(appearance);
2 26 Feb 07 jari 1625             tempGroup.addChild(shape3d);
2 26 Feb 07 jari 1626             textGroup.addChild(tempGroup);
2 26 Feb 07 jari 1627         }
2 26 Feb 07 jari 1628         return textGroup;
2 26 Feb 07 jari 1629     }
2 26 Feb 07 jari 1630     /*
2 26 Feb 07 jari 1631     private TransformGroup createGeneTextFromBoth() {
2 26 Feb 07 jari 1632         TransformGroup textGroup = new TransformGroup();
2 26 Feb 07 jari 1633         
2 26 Feb 07 jari 1634         float factorX = 3f/scaleAxisX;
2 26 Feb 07 jari 1635         float factorY = 3f/scaleAxisY;
2 26 Feb 07 jari 1636         float factorZ = 3f/scaleAxisZ;
2 26 Feb 07 jari 1637         
2 26 Feb 07 jari 1638         //Font3D font = new Font3D(new Font("TestFont", Font.BOLD, 1), new FontExtrusion());
2 26 Feb 07 jari 1639         Font3D font = new Font3D(new Font("TestFont", Font.BOLD, (int)(Math.round(getPointSize(false)))), new FontExtrusion());
2 26 Feb 07 jari 1640         Font origFont = font.getFont();
2 26 Feb 07 jari 1641         
2 26 Feb 07 jari 1642         FontMetrics fMet = onScreenCanvas.getFontMetrics(origFont);
2 26 Feb 07 jari 1643         int ascent = fMet.getAscent();
2 26 Feb 07 jari 1644         
2 26 Feb 07 jari 1645         Color3f color3f;
2 26 Feb 07 jari 1646         if(!this.whiteBackground)
2 26 Feb 07 jari 1647             color3f = new Color3f(1.0f, 1.0f, 1.0f);
2 26 Feb 07 jari 1648         else
2 26 Feb 07 jari 1649             color3f = new Color3f(0.0f, 0.0f, 0.0f);
2 26 Feb 07 jari 1650         
2 26 Feb 07 jari 1651         Material material;
2 26 Feb 07 jari 1652         if(!this.whiteBackground)
2 26 Feb 07 jari 1653             material = new Material(color3f, whiteColor, color3f, whiteColor, 100f);
2 26 Feb 07 jari 1654         else
2 26 Feb 07 jari 1655             material = new Material(color3f, blackColor, color3f, blackColor, 100f);
2 26 Feb 07 jari 1656         
2 26 Feb 07 jari 1657         material.setLightingEnable(true);
2 26 Feb 07 jari 1658         //material.setLightingEnable(false);
2 26 Feb 07 jari 1659         Appearance appearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 1660         appearance.setMaterial(material);
2 26 Feb 07 jari 1661         
2 26 Feb 07 jari 1662         Transform3D fontTransform = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 1663         fontTransform.setScale(0.1);
2 26 Feb 07 jari 1664         
2 26 Feb 07 jari 1665         TransformGroup tempGroup;
2 26 Feb 07 jari 1666         Text3D text3d;
2 26 Feb 07 jari 1667         Shape3D shape3d;
2 26 Feb 07 jari 1668         String text;
2 26 Feb 07 jari 1669         float x, y, z;
2 26 Feb 07 jari 1670         for (int i=0; i<U.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1671             //x = U.get(i,0);
2 26 Feb 07 jari 1672             //y = U.get(i,1);
2 26 Feb 07 jari 1673             //z = U.get(i,2);
2 26 Feb 07 jari 1674             x = U.get(i,xAxis);
2 26 Feb 07 jari 1675             y = U.get(i,yAxis);
2 26 Feb 07 jari 1676             z = U.get(i,zAxis);            
2 26 Feb 07 jari 1677             tempGroup = new TransformGroup(fontTransform);
2 26 Feb 07 jari 1678             text = "";
2 26 Feb 07 jari 1679             if (geneOrExpt == COAGUI.BOTH) {
2 26 Feb 07 jari 1680                 if (i < geneUMatrix.getRowDimension()) {
2 26 Feb 07 jari 1681                     text = data.getElementAttribute(experiment.getGeneIndexMappedToData(i), geneLabelIndex);
2 26 Feb 07 jari 1682                 } else {
2 26 Feb 07 jari 1683                     text = "";
2 26 Feb 07 jari 1684                 }
2 26 Feb 07 jari 1685             }
2 26 Feb 07 jari 1686             //text = (mode == 1) ? data.getUniqueId(i) : data.getSampleName(experiment.getSampleIndex(i));
2 26 Feb 07 jari 1687             //text3d = new Text3D(font, text, new Point3f(x*factorX*10f+getPointSize(isPointSelected(x, y, z)), (y-0.035f)*factorY*10f, z*factorZ*10f));
2 26 Feb 07 jari 1688             text3d = new Text3D(font, text, new Point3f(x*factorX*10f+getPointSize(isPointSelected(x, y, z)), (float)(y*factorY*10f - (float)ascent/2f), z*factorZ*10f));
2 26 Feb 07 jari 1689             shape3d = new Shape3D();
2 26 Feb 07 jari 1690             shape3d.setGeometry(text3d);
2 26 Feb 07 jari 1691             shape3d.setAppearance(appearance);
2 26 Feb 07 jari 1692             tempGroup.addChild(shape3d);
2 26 Feb 07 jari 1693             textGroup.addChild(tempGroup);
2 26 Feb 07 jari 1694         }
2 26 Feb 07 jari 1695         return textGroup;        
2 26 Feb 07 jari 1696     }
2 26 Feb 07 jari 1697      */
2 26 Feb 07 jari 1698     
2 26 Feb 07 jari 1699     /*
2 26 Feb 07 jari 1700     private TransformGroup createSampleTextFromBoth() {
2 26 Feb 07 jari 1701         TransformGroup textGroup = new TransformGroup();
2 26 Feb 07 jari 1702         
2 26 Feb 07 jari 1703         float factorX = 3f/scaleAxisX;
2 26 Feb 07 jari 1704         float factorY = 3f/scaleAxisY;
2 26 Feb 07 jari 1705         float factorZ = 3f/scaleAxisZ;
2 26 Feb 07 jari 1706         
2 26 Feb 07 jari 1707         //Font3D font = new Font3D(new Font("TestFont", Font.BOLD, 1), new FontExtrusion());
2 26 Feb 07 jari 1708         Font3D font = new Font3D(new Font("TestFont", Font.BOLD, (int)(Math.round(getPointSize(false)))), new FontExtrusion());
2 26 Feb 07 jari 1709         Font origFont = font.getFont();
2 26 Feb 07 jari 1710         
2 26 Feb 07 jari 1711         FontMetrics fMet = onScreenCanvas.getFontMetrics(origFont);
2 26 Feb 07 jari 1712         int ascent = fMet.getAscent();
2 26 Feb 07 jari 1713         
2 26 Feb 07 jari 1714         Color3f color3f;
2 26 Feb 07 jari 1715         if(!this.whiteBackground)
2 26 Feb 07 jari 1716             color3f = new Color3f(1.0f, 1.0f, 1.0f);
2 26 Feb 07 jari 1717         else
2 26 Feb 07 jari 1718             color3f = new Color3f(0.0f, 0.0f, 0.0f);
2 26 Feb 07 jari 1719         
2 26 Feb 07 jari 1720         Material material;
2 26 Feb 07 jari 1721         if(!this.whiteBackground)
2 26 Feb 07 jari 1722             material = new Material(color3f, whiteColor, color3f, whiteColor, 100f);
2 26 Feb 07 jari 1723         else
2 26 Feb 07 jari 1724             material = new Material(color3f, blackColor, color3f, blackColor, 100f);
2 26 Feb 07 jari 1725         
2 26 Feb 07 jari 1726         material.setLightingEnable(true);
2 26 Feb 07 jari 1727         //material.setLightingEnable(false);
2 26 Feb 07 jari 1728         Appearance appearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 1729         appearance.setMaterial(material);
2 26 Feb 07 jari 1730         
2 26 Feb 07 jari 1731         Transform3D fontTransform = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 1732         fontTransform.setScale(0.1);
2 26 Feb 07 jari 1733         
2 26 Feb 07 jari 1734         TransformGroup tempGroup;
2 26 Feb 07 jari 1735         Text3D text3d;
2 26 Feb 07 jari 1736         Shape3D shape3d;
2 26 Feb 07 jari 1737         String text;
2 26 Feb 07 jari 1738         float x, y, z;
2 26 Feb 07 jari 1739         for (int i=0; i<U.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1740             //x = U.get(i,0);
2 26 Feb 07 jari 1741             //y = U.get(i,1);
2 26 Feb 07 jari 1742             //z = U.get(i,2);
2 26 Feb 07 jari 1743             x = U.get(i,xAxis);
2 26 Feb 07 jari 1744             y = U.get(i,yAxis);
2 26 Feb 07 jari 1745             z = U.get(i,zAxis);            
2 26 Feb 07 jari 1746             tempGroup = new TransformGroup(fontTransform);
2 26 Feb 07 jari 1747             text = "";
2 26 Feb 07 jari 1748             if (geneOrExpt == COAGUI.BOTH) {
2 26 Feb 07 jari 1749                 if (i < geneUMatrix.getRowDimension()) {
2 26 Feb 07 jari 1750                     text = "";
2 26 Feb 07 jari 1751                 } else {
2 26 Feb 07 jari 1752                     text = data.getSampleName(experiment.getSampleIndex(i - geneUMatrix.getRowDimension()));
2 26 Feb 07 jari 1753                 }
2 26 Feb 07 jari 1754             }
2 26 Feb 07 jari 1755             //text = (mode == 1) ? data.getUniqueId(i) : data.getSampleName(experiment.getSampleIndex(i));
2 26 Feb 07 jari 1756             //text3d = new Text3D(font, text, new Point3f(x*factorX*10f+getPointSize(isPointSelected(x, y, z)), (y-0.035f)*factorY*10f, z*factorZ*10f));
2 26 Feb 07 jari 1757             text3d = new Text3D(font, text, new Point3f(x*factorX*10f+getPointSize(isPointSelected(x, y, z)), (float)(y*factorY*10f - (float)ascent/2f), z*factorZ*10f));
2 26 Feb 07 jari 1758             shape3d = new Shape3D();
2 26 Feb 07 jari 1759             shape3d.setGeometry(text3d);
2 26 Feb 07 jari 1760             shape3d.setAppearance(appearance);
2 26 Feb 07 jari 1761             tempGroup.addChild(shape3d);
2 26 Feb 07 jari 1762             textGroup.addChild(tempGroup);
2 26 Feb 07 jari 1763         }
2 26 Feb 07 jari 1764         return textGroup;        
2 26 Feb 07 jari 1765     }
2 26 Feb 07 jari 1766     */
2 26 Feb 07 jari 1767     
2 26 Feb 07 jari 1768     private TransformGroup createGeneTextFromBoth() {
2 26 Feb 07 jari 1769         TransformGroup textGroup = new TransformGroup();
2 26 Feb 07 jari 1770         
2 26 Feb 07 jari 1771         float factorX = 3f/scaleAxisX;
2 26 Feb 07 jari 1772         float factorY = 3f/scaleAxisY;
2 26 Feb 07 jari 1773         float factorZ = 3f/scaleAxisZ;
2 26 Feb 07 jari 1774         
2 26 Feb 07 jari 1775         //Font3D font = new Font3D(new Font("TestFont", Font.BOLD, 1), new FontExtrusion());
2 26 Feb 07 jari 1776         Font3D font = new Font3D(new Font("TestFont", Font.BOLD, (int)(Math.round(getPointSize(false)))), new FontExtrusion());
2 26 Feb 07 jari 1777         Font origFont = font.getFont();
2 26 Feb 07 jari 1778         
2 26 Feb 07 jari 1779         FontMetrics fMet = onScreenCanvas.getFontMetrics(origFont);
2 26 Feb 07 jari 1780         int ascent = fMet.getAscent();
2 26 Feb 07 jari 1781         
2 26 Feb 07 jari 1782         Color3f color3f;
2 26 Feb 07 jari 1783         if(!this.whiteBackground)
2 26 Feb 07 jari 1784             color3f = new Color3f(1.0f, 1.0f, 1.0f);
2 26 Feb 07 jari 1785         else
2 26 Feb 07 jari 1786             color3f = new Color3f(0.0f, 0.0f, 0.0f);
2 26 Feb 07 jari 1787         
2 26 Feb 07 jari 1788         Material material;
2 26 Feb 07 jari 1789         if(!this.whiteBackground)
2 26 Feb 07 jari 1790             material = new Material(color3f, whiteColor, color3f, whiteColor, 100f);
2 26 Feb 07 jari 1791         else
2 26 Feb 07 jari 1792             material = new Material(color3f, blackColor, color3f, blackColor, 100f);
2 26 Feb 07 jari 1793         
2 26 Feb 07 jari 1794         material.setLightingEnable(true);
2 26 Feb 07 jari 1795         //material.setLightingEnable(false);
2 26 Feb 07 jari 1796         Appearance appearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 1797         appearance.setMaterial(material);
2 26 Feb 07 jari 1798         
2 26 Feb 07 jari 1799         Transform3D fontTransform = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 1800         fontTransform.setScale(0.1);
2 26 Feb 07 jari 1801         
2 26 Feb 07 jari 1802         TransformGroup tempGroup;
2 26 Feb 07 jari 1803         Text3D text3d;
2 26 Feb 07 jari 1804         Shape3D shape3d;
2 26 Feb 07 jari 1805         String text;
2 26 Feb 07 jari 1806         float x, y, z;
2 26 Feb 07 jari 1807         for (int i=0; i<geneUMatrix.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1808             //x = U.get(i,0);
2 26 Feb 07 jari 1809             //y = U.get(i,1);
2 26 Feb 07 jari 1810             //z = U.get(i,2);
2 26 Feb 07 jari 1811             x = U.get(i,xAxis);
2 26 Feb 07 jari 1812             y = U.get(i,yAxis);
2 26 Feb 07 jari 1813             z = U.get(i,zAxis);            
2 26 Feb 07 jari 1814             tempGroup = new TransformGroup(fontTransform);
2 26 Feb 07 jari 1815             text = "";
2 26 Feb 07 jari 1816             if (geneOrExpt == COAGUI.BOTH) {                
2 26 Feb 07 jari 1817                 text = data.getElementAttribute(experiment.getGeneIndexMappedToData(i), geneLabelIndex);
2 26 Feb 07 jari 1818             }
2 26 Feb 07 jari 1819             //text = (mode == 1) ? data.getUniqueId(i) : data.getSampleName(experiment.getSampleIndex(i));
2 26 Feb 07 jari 1820             //text3d = new Text3D(font, text, new Point3f(x*factorX*10f+getPointSize(isPointSelected(x, y, z)), (y-0.035f)*factorY*10f, z*factorZ*10f));
2 26 Feb 07 jari 1821             text3d = new Text3D(font, text, new Point3f(x*factorX*10f+getPointSize(isPointSelected(x, y, z)), (float)(y*factorY*10f - (float)ascent/2f), z*factorZ*10f));
2 26 Feb 07 jari 1822             shape3d = new Shape3D();
2 26 Feb 07 jari 1823             shape3d.setGeometry(text3d);
2 26 Feb 07 jari 1824             shape3d.setAppearance(appearance);
2 26 Feb 07 jari 1825             tempGroup.addChild(shape3d);
2 26 Feb 07 jari 1826             textGroup.addChild(tempGroup);
2 26 Feb 07 jari 1827         }
2 26 Feb 07 jari 1828         return textGroup;        
2 26 Feb 07 jari 1829     }    
2 26 Feb 07 jari 1830     
2 26 Feb 07 jari 1831     private TransformGroup createSampleTextFromBoth() {
2 26 Feb 07 jari 1832         TransformGroup textGroup = new TransformGroup();
2 26 Feb 07 jari 1833         
2 26 Feb 07 jari 1834         float factorX = 3f/scaleAxisX;
2 26 Feb 07 jari 1835         float factorY = 3f/scaleAxisY;
2 26 Feb 07 jari 1836         float factorZ = 3f/scaleAxisZ;
2 26 Feb 07 jari 1837         
2 26 Feb 07 jari 1838         //Font3D font = new Font3D(new Font("TestFont", Font.BOLD, 1), new FontExtrusion());
2 26 Feb 07 jari 1839         Font3D font = new Font3D(new Font("TestFont", Font.BOLD, (int)(Math.round(getPointSize(false)))), new FontExtrusion());
2 26 Feb 07 jari 1840         Font origFont = font.getFont();
2 26 Feb 07 jari 1841         
2 26 Feb 07 jari 1842         FontMetrics fMet = onScreenCanvas.getFontMetrics(origFont);
2 26 Feb 07 jari 1843         int ascent = fMet.getAscent();
2 26 Feb 07 jari 1844         
2 26 Feb 07 jari 1845         Color3f color3f;
2 26 Feb 07 jari 1846         if(!this.whiteBackground)
2 26 Feb 07 jari 1847             color3f = new Color3f(1.0f, 1.0f, 1.0f);
2 26 Feb 07 jari 1848         else
2 26 Feb 07 jari 1849             color3f = new Color3f(0.0f, 0.0f, 0.0f);
2 26 Feb 07 jari 1850         
2 26 Feb 07 jari 1851         Material material;
2 26 Feb 07 jari 1852         if(!this.whiteBackground)
2 26 Feb 07 jari 1853             material = new Material(color3f, whiteColor, color3f, whiteColor, 100f);
2 26 Feb 07 jari 1854         else
2 26 Feb 07 jari 1855             material = new Material(color3f, blackColor, color3f, blackColor, 100f);
2 26 Feb 07 jari 1856         
2 26 Feb 07 jari 1857         material.setLightingEnable(true);
2 26 Feb 07 jari 1858         //material.setLightingEnable(false);
2 26 Feb 07 jari 1859         Appearance appearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 1860         appearance.setMaterial(material);
2 26 Feb 07 jari 1861         
2 26 Feb 07 jari 1862         Transform3D fontTransform = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 1863         fontTransform.setScale(0.1);
2 26 Feb 07 jari 1864         
2 26 Feb 07 jari 1865         TransformGroup tempGroup;
2 26 Feb 07 jari 1866         Text3D text3d;
2 26 Feb 07 jari 1867         Shape3D shape3d;
2 26 Feb 07 jari 1868         String text;
2 26 Feb 07 jari 1869         float x, y, z;
2 26 Feb 07 jari 1870         for (int i=geneUMatrix.getRowDimension(); i<U.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1871             //x = U.get(i,0);
2 26 Feb 07 jari 1872             //y = U.get(i,1);
2 26 Feb 07 jari 1873             //z = U.get(i,2);
2 26 Feb 07 jari 1874             x = U.get(i,xAxis);
2 26 Feb 07 jari 1875             y = U.get(i,yAxis);
2 26 Feb 07 jari 1876             z = U.get(i,zAxis);            
2 26 Feb 07 jari 1877             tempGroup = new TransformGroup(fontTransform);
2 26 Feb 07 jari 1878             text = "";
2 26 Feb 07 jari 1879             if (geneOrExpt == COAGUI.BOTH) { 
2 26 Feb 07 jari 1880                 text = data.getSampleName(experiment.getSampleIndex(i - geneUMatrix.getRowDimension()));                
2 26 Feb 07 jari 1881             }
2 26 Feb 07 jari 1882             //text = (mode == 1) ? data.getUniqueId(i) : data.getSampleName(experiment.getSampleIndex(i));
2 26 Feb 07 jari 1883             //text3d = new Text3D(font, text, new Point3f(x*factorX*10f+getPointSize(isPointSelected(x, y, z)), (y-0.035f)*factorY*10f, z*factorZ*10f));
2 26 Feb 07 jari 1884             text3d = new Text3D(font, text, new Point3f(x*factorX*10f+getPointSize(isPointSelected(x, y, z)), (float)(y*factorY*10f - (float)ascent/2f), z*factorZ*10f));
2 26 Feb 07 jari 1885             shape3d = new Shape3D();
2 26 Feb 07 jari 1886             shape3d.setGeometry(text3d);
2 26 Feb 07 jari 1887             shape3d.setAppearance(appearance);
2 26 Feb 07 jari 1888             tempGroup.addChild(shape3d);
2 26 Feb 07 jari 1889             textGroup.addChild(tempGroup);
2 26 Feb 07 jari 1890         }
2 26 Feb 07 jari 1891         return textGroup;        
2 26 Feb 07 jari 1892     }    
2 26 Feb 07 jari 1893     
2 26 Feb 07 jari 1894     /**
2 26 Feb 07 jari 1895      * Creates 3D shape for specified string.
2 26 Feb 07 jari 1896      */
2 26 Feb 07 jari 1897     private Shape3D createTextShape3D(String text) {
2 26 Feb 07 jari 1898         Font3D axisFont = new Font3D(new Font("TestFont", Font.BOLD, 1), new FontExtrusion());
2 26 Feb 07 jari 1899         Text3D text3D = new Text3D(axisFont, text);
2 26 Feb 07 jari 1900         Shape3D shape = new Shape3D();
2 26 Feb 07 jari 1901         shape.setGeometry(text3D);
2 26 Feb 07 jari 1902         Color3f color3f;
2 26 Feb 07 jari 1903         Material axisFontMaterial;
2 26 Feb 07 jari 1904         if(!whiteBackground){
2 26 Feb 07 jari 1905             color3f = new Color3f(0.5f, 0.5f, 0.5f);
2 26 Feb 07 jari 1906             axisFontMaterial = new Material(color3f, blackColor, color3f, whiteColor, 100f);
2 26 Feb 07 jari 1907         }
2 26 Feb 07 jari 1908         else{
2 26 Feb 07 jari 1909             color3f = new Color3f(0.0f, 0.0f, 0.0f);
2 26 Feb 07 jari 1910             axisFontMaterial = new Material(color3f, blackColor, color3f, blackColor, 100f);
2 26 Feb 07 jari 1911         }
2 26 Feb 07 jari 1912         axisFontMaterial.setLightingEnable(true);
2 26 Feb 07 jari 1913         Appearance axisFontAppearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 1914         axisFontAppearance.setMaterial(axisFontMaterial);
2 26 Feb 07 jari 1915         shape.setAppearance(axisFontAppearance);
2 26 Feb 07 jari 1916         return shape;
2 26 Feb 07 jari 1917     }
2 26 Feb 07 jari 1918     
2 26 Feb 07 jari 1919     /**
2 26 Feb 07 jari 1920      * Creates x-axis transform group.
2 26 Feb 07 jari 1921      */
2 26 Feb 07 jari 1922     private TransformGroup createXAxis() {
2 26 Feb 07 jari 1923         Transform3D axisTrans = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 1924         axisTrans.rotZ(-Math.PI/2.0d);
2 26 Feb 07 jari 1925         Transform3D fontTrans = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 1926         fontTrans.rotZ(Math.PI/2.0d);
2 26 Feb 07 jari 1927         
2 26 Feb 07 jari 1928         if(!whiteBackground)
2 26 Feb 07 jari 1929             return createAxis("" + (xAxis + 1), new Color3f(0.5f, 0.5f, 0.5f), axisTrans, fontTrans);
2 26 Feb 07 jari 1930         else
2 26 Feb 07 jari 1931             return createAxis("" + (xAxis + 1), new Color3f(0.0f, 0.0f, 0.0f), axisTrans, fontTrans);
2 26 Feb 07 jari 1932     }
2 26 Feb 07 jari 1933     
2 26 Feb 07 jari 1934     /**
2 26 Feb 07 jari 1935      * Creates y-axis transform group.
2 26 Feb 07 jari 1936      */
2 26 Feb 07 jari 1937     private TransformGroup createYAxis() {
2 26 Feb 07 jari 1938         
2 26 Feb 07 jari 1939         if(!whiteBackground)
2 26 Feb 07 jari 1940             return createAxis("" + (yAxis + 1), new Color3f(0.3f, 0.3f, 1f), null, null);
2 26 Feb 07 jari 1941         else
2 26 Feb 07 jari 1942             return createAxis("" + (yAxis + 1), new Color3f(0.0f, 0.0f, 0.0f), null, null);
2 26 Feb 07 jari 1943     }
2 26 Feb 07 jari 1944     
2 26 Feb 07 jari 1945     /**
2 26 Feb 07 jari 1946      * Creates z-axis transform group.
2 26 Feb 07 jari 1947      */
2 26 Feb 07 jari 1948     private TransformGroup createZAxis() {
2 26 Feb 07 jari 1949         Transform3D axisTrans = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 1950         axisTrans.rotX(-Math.PI/2.0d);
2 26 Feb 07 jari 1951         Transform3D zTrans = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 1952         zTrans.rotY(Math.PI/2.0d);
2 26 Feb 07 jari 1953         axisTrans.mul(zTrans);
2 26 Feb 07 jari 1954         Transform3D fontTrans = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 1955         fontTrans.rotZ(Math.PI/2.0d);
2 26 Feb 07 jari 1956         if(!whiteBackground)
2 26 Feb 07 jari 1957             return createAxis("" + (zAxis + 1), new Color3f(1f, 0.3f, 1f), axisTrans, fontTrans);
2 26 Feb 07 jari 1958         else
2 26 Feb 07 jari 1959             return createAxis("" + (zAxis + 1), new Color3f(0.0f, 0.0f, 0.0f), axisTrans, fontTrans);
2 26 Feb 07 jari 1960     }
2 26 Feb 07 jari 1961     
2 26 Feb 07 jari 1962     /**
2 26 Feb 07 jari 1963      * Creates an axis transform group.
2 26 Feb 07 jari 1964      */
2 26 Feb 07 jari 1965     private TransformGroup createAxis(String name, Color3f color, Transform3D axisTrans, Transform3D fontTrans) {
2 26 Feb 07 jari 1966         TransformGroup axis = new TransformGroup();
2 26 Feb 07 jari 1967         if (axisTrans != null) {
2 26 Feb 07 jari 1968             axis.setTransform(axisTrans);
2 26 Feb 07 jari 1969         }
2 26 Feb 07 jari 1970         axis.addChild(createCylinder(color));
2 26 Feb 07 jari 1971         // Axis Positive End
2 26 Feb 07 jari 1972         Transform3D posTransform = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 1973         posTransform.set(new Vector3d(0.0, 3.1, 0.0));
2 26 Feb 07 jari 1974         TransformGroup posEnd = new TransformGroup(posTransform);
2 26 Feb 07 jari 1975         posEnd.addChild(createCone());
2 26 Feb 07 jari 1976         // Axis Negative End
2 26 Feb 07 jari 1977         Transform3D negTransform = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 1978         negTransform.set(new Vector3d(0.0, -3.1, 0.0));
2 26 Feb 07 jari 1979         Transform3D rotate180X = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 1980         rotate180X.rotX(Math.PI);
2 26 Feb 07 jari 1981         negTransform.mul(rotate180X);
2 26 Feb 07 jari 1982         TransformGroup negEnd = new TransformGroup(negTransform);
2 26 Feb 07 jari 1983         negEnd.addChild(createCone());
2 26 Feb 07 jari 1984         // Font
2 26 Feb 07 jari 1985         Transform3D fontTransform = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 1986         fontTransform.set(0.22, new Vector3d(0.25, 2.75, -0.0125));
2 26 Feb 07 jari 1987         TransformGroup fontGroup = new TransformGroup(fontTransform);
2 26 Feb 07 jari 1988         
2 26 Feb 07 jari 1989         TransformGroup rotFontGroup = new TransformGroup();
2 26 Feb 07 jari 1990         if (fontTrans != null) {
2 26 Feb 07 jari 1991             rotFontGroup.setTransform(fontTrans);
2 26 Feb 07 jari 1992         }
2 26 Feb 07 jari 1993         
2 26 Feb 07 jari 1994         Shape3D shape3D = createTextShape3D(name);
2 26 Feb 07 jari 1995         rotFontGroup.addChild(shape3D);
2 26 Feb 07 jari 1996         
2 26 Feb 07 jari 1997         fontGroup.addChild(rotFontGroup);
2 26 Feb 07 jari 1998         
2 26 Feb 07 jari 1999         axis.addChild(fontGroup);
2 26 Feb 07 jari 2000         axis.addChild(posEnd);
2 26 Feb 07 jari 2001         axis.addChild(negEnd);
2 26 Feb 07 jari 2002         return axis;
2 26 Feb 07 jari 2003     }    
2 26 Feb 07 jari 2004     
2 26 Feb 07 jari 2005 }

Generated on Thu Jul 20 09:26:14 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)