mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dam/Content3D.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2005, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: Content3D.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.2 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/02/23 20:59:49 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: caliente $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dam;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.BorderLayout;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.Font;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.GraphicsConfiguration;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.image.BufferedImage;
2 26 Feb 07 jari 20
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.media.j3d.AmbientLight;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.media.j3d.Appearance;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.media.j3d.Background;
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.media.j3d.BoundingSphere;
2 26 Feb 07 jari 25 import javax.media.j3d.BranchGroup;
2 26 Feb 07 jari 26 import javax.media.j3d.Canvas3D;
2 26 Feb 07 jari 27 import javax.media.j3d.ColoringAttributes;
2 26 Feb 07 jari 28 import javax.media.j3d.Font3D;
2 26 Feb 07 jari 29 import javax.media.j3d.FontExtrusion;
2 26 Feb 07 jari 30 import javax.media.j3d.ImageComponent;
2 26 Feb 07 jari 31 import javax.media.j3d.ImageComponent2D;
2 26 Feb 07 jari 32 import javax.media.j3d.Light;
2 26 Feb 07 jari 33 import javax.media.j3d.LineAttributes;
2 26 Feb 07 jari 34 import javax.media.j3d.Material;
2 26 Feb 07 jari 35 import javax.media.j3d.PointArray;
2 26 Feb 07 jari 36 import javax.media.j3d.PointAttributes;
2 26 Feb 07 jari 37 import javax.media.j3d.PointLight;
2 26 Feb 07 jari 38 import javax.media.j3d.Screen3D;
2 26 Feb 07 jari 39 import javax.media.j3d.Shape3D;
2 26 Feb 07 jari 40 import javax.media.j3d.Text3D;
2 26 Feb 07 jari 41 import javax.media.j3d.Transform3D;
2 26 Feb 07 jari 42 import javax.media.j3d.TransformGroup;
2 26 Feb 07 jari 43 import javax.media.j3d.TransparencyAttributes;
2 26 Feb 07 jari 44 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 45 import javax.vecmath.Color3f;
2 26 Feb 07 jari 46 import javax.vecmath.Point3d;
2 26 Feb 07 jari 47 import javax.vecmath.Point3f;
2 26 Feb 07 jari 48 import javax.vecmath.Vector3d;
2 26 Feb 07 jari 49 import javax.vecmath.Vector3f;
2 26 Feb 07 jari 50
2 26 Feb 07 jari 51 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 52 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 53 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 54
2 26 Feb 07 jari 55 import com.sun.j3d.utils.geometry.Box;
2 26 Feb 07 jari 56 import com.sun.j3d.utils.geometry.Cone;
2 26 Feb 07 jari 57 import com.sun.j3d.utils.geometry.Cylinder;
2 26 Feb 07 jari 58 import com.sun.j3d.utils.geometry.Sphere;
2 26 Feb 07 jari 59 import com.sun.j3d.utils.picking.behaviors.PickRotateBehavior;
2 26 Feb 07 jari 60 import com.sun.j3d.utils.picking.behaviors.PickTranslateBehavior;
2 26 Feb 07 jari 61 import com.sun.j3d.utils.picking.behaviors.PickZoomBehavior;
2 26 Feb 07 jari 62 import com.sun.j3d.utils.universe.SimpleUniverse;
2 26 Feb 07 jari 63
2 26 Feb 07 jari 64 public class Content3D extends JPanel {
2 26 Feb 07 jari 65     
2 26 Feb 07 jari 66     private IData data;
2 26 Feb 07 jari 67     private int mode;
2 26 Feb 07 jari 68     private FloatMatrix U;
2 26 Feb 07 jari 69     private Experiment experiment;
2 26 Feb 07 jari 70     private SimpleUniverse universe;
2 26 Feb 07 jari 71     private Canvas3D onScreenCanvas;
2 26 Feb 07 jari 72     private Canvas3D offScreenCanvas;
2 26 Feb 07 jari 73     private BranchGroup scene;
2 26 Feb 07 jari 74     private TransformGroup spinGroup;
2 26 Feb 07 jari 75     private boolean whiteBackground = false;
2 26 Feb 07 jari 76     private boolean selection = false;
2 26 Feb 07 jari 77     private boolean selectionBox = false;
2 26 Feb 07 jari 78     private boolean showSpheres = false;
2 26 Feb 07 jari 79     private boolean showText = false;
2 26 Feb 07 jari 80     private boolean geneViewer = true;
2 26 Feb 07 jari 81     private float scaleAxisX = 3f;
2 26 Feb 07 jari 82     private float scaleAxisY = 3f;
2 26 Feb 07 jari 83     private float scaleAxisZ = 3f;
2 26 Feb 07 jari 84     private float boxSizeX = 5f;
2 26 Feb 07 jari 85     private float boxSizeY = 5f;
2 26 Feb 07 jari 86     private float boxSizeZ = 5f;
2 26 Feb 07 jari 87     private float boxPositionX = 0f;
2 26 Feb 07 jari 88     private float boxPositionY = 0f;
2 26 Feb 07 jari 89     private float boxPositionZ = 0f;
2 26 Feb 07 jari 90     private float pointSize = 1.0f;
2 26 Feb 07 jari 91     private float selectedPointSize = 1.0f;
2 26 Feb 07 jari 92     private Color3f blackColor = new Color3f(0f, 0f, 0f);
2 26 Feb 07 jari 93     // private Color3f whiteColor = new Color3f(0.8f, 0.8f, 0.8f);
2 26 Feb 07 jari 94     //private Color3f whiteColor = new Color3f(0.98f, 0.98f, 0.98f);
2 26 Feb 07 jari 95     private Color3f whiteColor = new Color3f(1f, 1f, 1f);    
2 26 Feb 07 jari 96     
2 26 Feb 07 jari 97     /**
2 26 Feb 07 jari 98      * Constructs a <code>Content3D</code> with specified mode,
2 26 Feb 07 jari 99      * U-matrix and an experiment data.
2 26 Feb 07 jari 100      *
2 26 Feb 07 jari 101      * @param mode the annotations drawing mode.
2 26 Feb 07 jari 102      * @param U the dam U-matrix.
2 26 Feb 07 jari 103      * @param experiment the experiment data.
2 26 Feb 07 jari 104      */
2 26 Feb 07 jari 105     public Content3D(int mode, FloatMatrix U, Experiment experiment) {
2 26 Feb 07 jari 106         this.mode = mode;
2 26 Feb 07 jari 107         this.U = U;
2 26 Feb 07 jari 108         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 109         initScales(U);
2 26 Feb 07 jari 110         setLayout(new BorderLayout());
2 26 Feb 07 jari 111         setPreferredSize(new Dimension(10, 10));
2 26 Feb 07 jari 112         GraphicsConfiguration config = SimpleUniverse.getPreferredConfiguration();
2 26 Feb 07 jari 113         this.onScreenCanvas = new Canvas3D(config);
2 26 Feb 07 jari 114         this.universe = new SimpleUniverse(onScreenCanvas);
2 26 Feb 07 jari 115         universe.getViewingPlatform().setNominalViewingTransform();
2 26 Feb 07 jari 116         
2 26 Feb 07 jari 117         offScreenCanvas = new Canvas3D(config, true);
2 26 Feb 07 jari 118         Screen3D sOn = onScreenCanvas.getScreen3D();
2 26 Feb 07 jari 119         Screen3D sOff = offScreenCanvas.getScreen3D();
2 26 Feb 07 jari 120         sOff.setSize(sOn.getSize());
2 26 Feb 07 jari 121         sOff.setPhysicalScreenWidth(sOn.getPhysicalScreenWidth());
2 26 Feb 07 jari 122         sOff.setPhysicalScreenHeight(sOn.getPhysicalScreenHeight());
2 26 Feb 07 jari 123         // attach the offscreen canvas to the view
2 26 Feb 07 jari 124         universe.getViewer().getView().addCanvas3D(offScreenCanvas);
2 26 Feb 07 jari 125         
2 26 Feb 07 jari 126         add(onScreenCanvas, BorderLayout.CENTER);
2 26 Feb 07 jari 127     }
2 26 Feb 07 jari 128     
2 26 Feb 07 jari 129     /**
2 26 Feb 07 jari 130      * Constructs a <code>Content3D</code> with specified mode,
2 26 Feb 07 jari 131      * U-matrix and an experiment data.
2 26 Feb 07 jari 132      *
2 26 Feb 07 jari 133      * @param mode the annotations drawing mode.
2 26 Feb 07 jari 134      * @param U the dam U-matrix.
2 26 Feb 07 jari 135      * @param experiment the experiment data.
2 26 Feb 07 jari 136      */
2 26 Feb 07 jari 137     public Content3D(int mode, FloatMatrix U, Experiment experiment, boolean geneViewer) {
2 26 Feb 07 jari 138         this.mode = mode;
2 26 Feb 07 jari 139         this.U = U;
2 26 Feb 07 jari 140         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 141         this.geneViewer = geneViewer;
2 26 Feb 07 jari 142         initScales(U);
2 26 Feb 07 jari 143         setLayout(new BorderLayout());
2 26 Feb 07 jari 144         setPreferredSize(new Dimension(10, 10));
2 26 Feb 07 jari 145         GraphicsConfiguration config = SimpleUniverse.getPreferredConfiguration();
2 26 Feb 07 jari 146         this.onScreenCanvas = new Canvas3D(config);
2 26 Feb 07 jari 147         this.universe = new SimpleUniverse(onScreenCanvas);
2 26 Feb 07 jari 148         universe.getViewingPlatform().setNominalViewingTransform();
2 26 Feb 07 jari 149         
2 26 Feb 07 jari 150         offScreenCanvas = new Canvas3D(config, true);
2 26 Feb 07 jari 151         Screen3D sOn = onScreenCanvas.getScreen3D();
2 26 Feb 07 jari 152         Screen3D sOff = offScreenCanvas.getScreen3D();
2 26 Feb 07 jari 153         sOff.setSize(sOn.getSize());
2 26 Feb 07 jari 154         sOff.setPhysicalScreenWidth(sOn.getPhysicalScreenWidth());
2 26 Feb 07 jari 155         sOff.setPhysicalScreenHeight(sOn.getPhysicalScreenHeight());
2 26 Feb 07 jari 156         // attach the offscreen canvas to the view
2 26 Feb 07 jari 157         universe.getViewer().getView().addCanvas3D(offScreenCanvas);
2 26 Feb 07 jari 158         
2 26 Feb 07 jari 159         add(onScreenCanvas, BorderLayout.CENTER);
2 26 Feb 07 jari 160     }
2 26 Feb 07 jari 161     
2 26 Feb 07 jari 162     /**
2 26 Feb 07 jari 163      * Sets the content data.
2 26 Feb 07 jari 164      */
2 26 Feb 07 jari 165     public void setData(IData data) {
2 26 Feb 07 jari 166         this.data = data;
2 26 Feb 07 jari 167     }
2 26 Feb 07 jari 168     
2 26 Feb 07 jari 169     /**
2 26 Feb 07 jari 170      * Returns x coordinate of the selection box.
2 26 Feb 07 jari 171      */
2 26 Feb 07 jari 172     public float getPositionX() {
2 26 Feb 07 jari 173         return boxPositionX;
2 26 Feb 07 jari 174     }
2 26 Feb 07 jari 175     
2 26 Feb 07 jari 176     /**
2 26 Feb 07 jari 177      * Returns y coordinate of the selection box.
2 26 Feb 07 jari 178      */
2 26 Feb 07 jari 179     public float getPositionY() {
2 26 Feb 07 jari 180         return boxPositionY;
2 26 Feb 07 jari 181     }
2 26 Feb 07 jari 182     
2 26 Feb 07 jari 183     /**
2 26 Feb 07 jari 184      * Returns z coordinate of the selection box.
2 26 Feb 07 jari 185      */
2 26 Feb 07 jari 186     public float getPositionZ() {
2 26 Feb 07 jari 187         return boxPositionZ;
2 26 Feb 07 jari 188     }
2 26 Feb 07 jari 189     
2 26 Feb 07 jari 190     /**
2 26 Feb 07 jari 191      * Returns x size of the selection box.
2 26 Feb 07 jari 192      */
2 26 Feb 07 jari 193     public float getSizeX() {
2 26 Feb 07 jari 194         return boxSizeX;
2 26 Feb 07 jari 195     }
2 26 Feb 07 jari 196     
2 26 Feb 07 jari 197     /**
2 26 Feb 07 jari 198      * Returns y size of the selection box.
2 26 Feb 07 jari 199      */
2 26 Feb 07 jari 200     public float getSizeY() {
2 26 Feb 07 jari 201         return boxSizeY;
2 26 Feb 07 jari 202     }
2 26 Feb 07 jari 203     
2 26 Feb 07 jari 204     /**
2 26 Feb 07 jari 205      * Returns z size of the selection box.
2 26 Feb 07 jari 206      */
2 26 Feb 07 jari 207     public float getSizeZ() {
2 26 Feb 07 jari 208         return boxSizeZ;
2 26 Feb 07 jari 209     }
2 26 Feb 07 jari 210     
2 26 Feb 07 jari 211     /**
2 26 Feb 07 jari 212      * Sets the selection box position.
2 26 Feb 07 jari 213      */
2 26 Feb 07 jari 214     public void setBoxPosition(float dimX, float dimY, float dimZ) {
2 26 Feb 07 jari 215         boxPositionX = dimX;
2 26 Feb 07 jari 216         boxPositionY = dimY;
2 26 Feb 07 jari 217         boxPositionZ = dimZ;
2 26 Feb 07 jari 218     }
2 26 Feb 07 jari 219     
2 26 Feb 07 jari 220     /**
2 26 Feb 07 jari 221      * Sets the selection box size.
2 26 Feb 07 jari 222      */
2 26 Feb 07 jari 223     public void setBoxSize(float dimX, float dimY, float dimZ) {
2 26 Feb 07 jari 224         boxSizeX = dimX;
2 26 Feb 07 jari 225         boxSizeY = dimY;
2 26 Feb 07 jari 226         boxSizeZ = dimZ;
2 26 Feb 07 jari 227     }
2 26 Feb 07 jari 228     
2 26 Feb 07 jari 229     /**
2 26 Feb 07 jari 230      * Returns size of a selected point.
2 26 Feb 07 jari 231      */
2 26 Feb 07 jari 232     public float getSelectedPointSize() {
2 26 Feb 07 jari 233         return selectedPointSize;
2 26 Feb 07 jari 234     }
2 26 Feb 07 jari 235     
2 26 Feb 07 jari 236     /**
2 26 Feb 07 jari 237      * Sets size of a selected point.
2 26 Feb 07 jari 238      */
2 26 Feb 07 jari 239     public void setSelectedPointSize(float size) {
2 26 Feb 07 jari 240         selectedPointSize = size;
2 26 Feb 07 jari 241     }
2 26 Feb 07 jari 242     
2 26 Feb 07 jari 243     /**
2 26 Feb 07 jari 244      * Returns a point size.
2 26 Feb 07 jari 245      */
2 26 Feb 07 jari 246     public float getPointSize() {
2 26 Feb 07 jari 247         return pointSize;
2 26 Feb 07 jari 248     }
2 26 Feb 07 jari 249     
2 26 Feb 07 jari 250     /**
2 26 Feb 07 jari 251      * Returns a specified point size.
2 26 Feb 07 jari 252      */
2 26 Feb 07 jari 253     private float getPointSize(boolean selected) {
2 26 Feb 07 jari 254         return selected ? getSelectedPointSize() : getPointSize();
2 26 Feb 07 jari 255     }
2 26 Feb 07 jari 256     
2 26 Feb 07 jari 257     /**
2 26 Feb 07 jari 258      * Sets a point size.
2 26 Feb 07 jari 259      */
2 26 Feb 07 jari 260     public void setPointSize(float size) {
2 26 Feb 07 jari 261         pointSize = size;
2 26 Feb 07 jari 262     }
2 26 Feb 07 jari 263     
2 26 Feb 07 jari 264     /**
2 26 Feb 07 jari 265      * Returns a scale of the x axis.
2 26 Feb 07 jari 266      */
2 26 Feb 07 jari 267     public float getScaleAxisX() {
2 26 Feb 07 jari 268         return scaleAxisX;
2 26 Feb 07 jari 269     }
2 26 Feb 07 jari 270     
2 26 Feb 07 jari 271     /**
2 26 Feb 07 jari 272      * Returns a scale of the y axis.
2 26 Feb 07 jari 273      */
2 26 Feb 07 jari 274     public float getScaleAxisY() {
2 26 Feb 07 jari 275         return scaleAxisY;
2 26 Feb 07 jari 276     }
2 26 Feb 07 jari 277     
2 26 Feb 07 jari 278     /**
2 26 Feb 07 jari 279      * Returns a scale of the z axis.
2 26 Feb 07 jari 280      */
2 26 Feb 07 jari 281     public float getScaleAxisZ() {
2 26 Feb 07 jari 282         return scaleAxisZ;
2 26 Feb 07 jari 283     }
2 26 Feb 07 jari 284     
2 26 Feb 07 jari 285     /**
2 26 Feb 07 jari 286      * Sets scales.
2 26 Feb 07 jari 287      */
2 26 Feb 07 jari 288     public void setScale(float dimX, float dimY, float dimZ) {
2 26 Feb 07 jari 289         scaleAxisX = dimX;
2 26 Feb 07 jari 290         scaleAxisY = dimY;
2 26 Feb 07 jari 291         scaleAxisZ = dimZ;
2 26 Feb 07 jari 292     }
2 26 Feb 07 jari 293     
2 26 Feb 07 jari 294     /**
2 26 Feb 07 jari 295      * Sets white background attribute.
2 26 Feb 07 jari 296      */
2 26 Feb 07 jari 297     public void setWhiteBackround(boolean value) {
2 26 Feb 07 jari 298         whiteBackground = value;
2 26 Feb 07 jari 299     }
2 26 Feb 07 jari 300     
2 26 Feb 07 jari 301     /**
2 26 Feb 07 jari 302      * @return true, if background is white.
2 26 Feb 07 jari 303      */
2 26 Feb 07 jari 304     public boolean isWhiteBackground() {
2 26 Feb 07 jari 305         return whiteBackground;
2 26 Feb 07 jari 306     }
2 26 Feb 07 jari 307     
2 26 Feb 07 jari 308     /**
2 26 Feb 07 jari 309      * Sets the selection attribute.
2 26 Feb 07 jari 310      */
2 26 Feb 07 jari 311     public void setSelection(boolean value) {
2 26 Feb 07 jari 312         selection = value;
2 26 Feb 07 jari 313     }
2 26 Feb 07 jari 314     
2 26 Feb 07 jari 315     /**
2 26 Feb 07 jari 316      * Returns value of the selection attribute.
2 26 Feb 07 jari 317      */
2 26 Feb 07 jari 318     public boolean isSelection() {
2 26 Feb 07 jari 319         return selection;
2 26 Feb 07 jari 320     }
2 26 Feb 07 jari 321     
2 26 Feb 07 jari 322     /**
2 26 Feb 07 jari 323      * Sets the selection box attribute.
2 26 Feb 07 jari 324      */
2 26 Feb 07 jari 325     public void setSelectionBox(boolean value) {
2 26 Feb 07 jari 326         selectionBox = value;
2 26 Feb 07 jari 327     }
2 26 Feb 07 jari 328     
2 26 Feb 07 jari 329     /**
2 26 Feb 07 jari 330      * Returns value of the selection box attribute.
2 26 Feb 07 jari 331      */
2 26 Feb 07 jari 332     public boolean isSelectionBox() {
2 26 Feb 07 jari 333         return selectionBox;
2 26 Feb 07 jari 334     }
2 26 Feb 07 jari 335     
2 26 Feb 07 jari 336     /**
2 26 Feb 07 jari 337      * Sets the show spheres attribute.
2 26 Feb 07 jari 338      */
2 26 Feb 07 jari 339     public void setShowSpheres(boolean value) {
2 26 Feb 07 jari 340         showSpheres = value;
2 26 Feb 07 jari 341     }
2 26 Feb 07 jari 342     
2 26 Feb 07 jari 343     /**
2 26 Feb 07 jari 344      * Returns value of the show spheres attribute.
2 26 Feb 07 jari 345      */
2 26 Feb 07 jari 346     public boolean isShowSpheres() {
2 26 Feb 07 jari 347         return showSpheres;
2 26 Feb 07 jari 348     }
2 26 Feb 07 jari 349     
2 26 Feb 07 jari 350     /**
2 26 Feb 07 jari 351      * Sets the show text attribute.
2 26 Feb 07 jari 352      */
2 26 Feb 07 jari 353     public void setShowText(boolean value) {
2 26 Feb 07 jari 354         showText = value;
2 26 Feb 07 jari 355     }
2 26 Feb 07 jari 356     
2 26 Feb 07 jari 357     /**
2 26 Feb 07 jari 358      * Returns value of the show text attribute.
2 26 Feb 07 jari 359      */
2 26 Feb 07 jari 360     public boolean isShowText() {
2 26 Feb 07 jari 361         return showText;
2 26 Feb 07 jari 362     }
2 26 Feb 07 jari 363     
2 26 Feb 07 jari 364     /**
2 26 Feb 07 jari 365      * Returns the content image.
2 26 Feb 07 jari 366      */
2 26 Feb 07 jari 367     public BufferedImage createImage() {
2 26 Feb 07 jari 368 //        ImageComponent2D buffer = new ImageComponent2D(ImageComponent.FORMAT_RGB, (BufferedImage)this.createImage(onScreenCanvas.getWidth(), onScreenCanvas.getHeight()));
2 26 Feb 07 jari 369         ImageComponent2D buffer = new ImageComponent2D(ImageComponent.FORMAT_RGB, (BufferedImage)java.awt.GraphicsEnvironment.getLocalGraphicsEnvironment().getDefaultScreenDevice().getDefaultConfiguration().createCompatibleImage(onScreenCanvas.getWidth(), onScreenCanvas.getHeight()));
2 26 Feb 07 jari 370         offScreenCanvas.setOffScreenLocation(onScreenCanvas.getLocationOnScreen());
2 26 Feb 07 jari 371         offScreenCanvas.setOffScreenBuffer(buffer);
2 26 Feb 07 jari 372         offScreenCanvas.renderOffScreenBuffer();
2 26 Feb 07 jari 373         offScreenCanvas.waitForOffScreenRendering();
2 26 Feb 07 jari 374         BufferedImage offImage = offScreenCanvas.getOffScreenBuffer().getImage();
2 26 Feb 07 jari 375         BufferedImage image = new BufferedImage(offImage.getWidth(), offImage.getHeight(), BufferedImage.TYPE_3BYTE_BGR);
2 26 Feb 07 jari 376         //BufferedImage image = (BufferedImage)this.createImage(offImage.getWidth(), offImage.getHeight());
2 26 Feb 07 jari 377         //BufferedImage image = (BufferedImage)java.awt.GraphicsEnvironment.getLocalGraphicsEnvironment().getDefaultScreenDevice().getDefaultConfiguration().createCompatibleImage(offImage.getWidth(), offImage.getHeight());        
2 26 Feb 07 jari 378         image.setData(offImage.getData());
2 26 Feb 07 jari 379         return image;
2 26 Feb 07 jari 380     }
2 26 Feb 07 jari 381     
2 26 Feb 07 jari 382     /**
2 26 Feb 07 jari 383      * Resets spin coordinaties.
2 26 Feb 07 jari 384      */
2 26 Feb 07 jari 385     public void reset() {
2 26 Feb 07 jari 386         spinGroup.setTransform(new Transform3D());
2 26 Feb 07 jari 387     }
2 26 Feb 07 jari 388     
2 26 Feb 07 jari 389     /**
2 26 Feb 07 jari 390      * Updates the universe scene.
2 26 Feb 07 jari 391      */
2 26 Feb 07 jari 392     protected void updateScene() {
2 26 Feb 07 jari 393         Transform3D spinTransform = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 394         if (scene != null) {
2 26 Feb 07 jari 395             spinGroup.getTransform(spinTransform);
2 26 Feb 07 jari 396             scene.detach();
2 26 Feb 07 jari 397         }
2 26 Feb 07 jari 398         this.scene = createSceneGraph(onScreenCanvas, spinTransform);
2 26 Feb 07 jari 399         universe.addBranchGraph(scene);
2 26 Feb 07 jari 400     }
2 26 Feb 07 jari 401     
2 26 Feb 07 jari 402     /**
2 26 Feb 07 jari 403      * Sets scales according to U-matrix values.
2 26 Feb 07 jari 404      */
2 26 Feb 07 jari 405     private void initScales(FloatMatrix U) {
2 26 Feb 07 jari 406         float max = 0f;
2 26 Feb 07 jari 407         final int rows = U.getRowDimension();
2 26 Feb 07 jari 408         for (int i = rows; --i >= 0;) {
2 26 Feb 07 jari 409             max = Math.max(max, Math.max(Math.max(Math.abs(U.get(i, 0)), Math.abs(U.get(i, 1))), Math.abs(U.get(i, 2))));
2 26 Feb 07 jari 410         }
2 26 Feb 07 jari 411         setScale(max, max, max);
2 26 Feb 07 jari 412     }
2 26 Feb 07 jari 413     
2 26 Feb 07 jari 414     /**
2 26 Feb 07 jari 415      * Creates a branch group with specified canvas.
2 26 Feb 07 jari 416      */
2 26 Feb 07 jari 417     private BranchGroup createSceneGraph(Canvas3D canvas) {
2 26 Feb 07 jari 418         return createSceneGraph(canvas, null);
2 26 Feb 07 jari 419     }
2 26 Feb 07 jari 420     
2 26 Feb 07 jari 421     /**
2 26 Feb 07 jari 422      * Creates a branch group with specified canvas and transformation object.
2 26 Feb 07 jari 423      */
2 26 Feb 07 jari 424     private BranchGroup createSceneGraph(Canvas3D canvas, Transform3D spinTransform) {
2 26 Feb 07 jari 425         BranchGroup objRoot = new BranchGroup();
2 26 Feb 07 jari 426         objRoot.setCapability(BranchGroup.ALLOW_DETACH);
2 26 Feb 07 jari 427         BoundingSphere bounds = new BoundingSphere(new Point3d(0.0,0.0,0.0), 100.0);
2 26 Feb 07 jari 428         
2 26 Feb 07 jari 429         this.spinGroup = createCoordinateSystem(bounds);
2 26 Feb 07 jari 430         if (spinTransform != null) {
2 26 Feb 07 jari 431             spinGroup.setTransform(spinTransform);
2 26 Feb 07 jari 432         }
2 26 Feb 07 jari 433         TransformGroup objScale = createScaleTransformGroup(bounds);
2 26 Feb 07 jari 434         objScale.addChild(spinGroup);
2 26 Feb 07 jari 435         objRoot.addChild(objScale);
2 26 Feb 07 jari 436         
2 26 Feb 07 jari 437         PickRotateBehavior rotateBehavior = new PickRotateBehavior(objRoot, canvas, bounds);
2 26 Feb 07 jari 438         objRoot.addChild(rotateBehavior);
2 26 Feb 07 jari 439         PickZoomBehavior zoomBehavior = new PickZoomBehavior(objRoot, canvas, bounds);
2 26 Feb 07 jari 440         objRoot.addChild(zoomBehavior);
2 26 Feb 07 jari 441         PickTranslateBehavior translateBehavior = new PickTranslateBehavior(objRoot, canvas, bounds);
2 26 Feb 07 jari 442         objRoot.addChild(translateBehavior);
2 26 Feb 07 jari 443         
2 26 Feb 07 jari 444         objRoot.compile();
2 26 Feb 07 jari 445         return objRoot;
2 26 Feb 07 jari 446     }
2 26 Feb 07 jari 447     
2 26 Feb 07 jari 448     /**
2 26 Feb 07 jari 449      * Creates a scale transform group.
2 26 Feb 07 jari 450      */
2 26 Feb 07 jari 451     private TransformGroup createScaleTransformGroup(BoundingSphere bounds) {
2 26 Feb 07 jari 452         Transform3D t = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 453         t.setScale(0.22);
2 26 Feb 07 jari 454         TransformGroup scale = new TransformGroup(t);
2 26 Feb 07 jari 455         
2 26 Feb 07 jari 456         Color3f bgColor = isWhiteBackground() ? whiteColor : blackColor;
2 26 Feb 07 jari 457         Background bg = new Background(bgColor);
2 26 Feb 07 jari 458         bg.setApplicationBounds(bounds);
2 26 Feb 07 jari 459         scale.addChild(bg);
2 26 Feb 07 jari 460         
2 26 Feb 07 jari 461         scale.addChild(createAmbientLight(bounds));
2 26 Feb 07 jari 462         scale.addChild(createLight(bounds, new Vector3d(0.0, 0.0, 3.0)));
2 26 Feb 07 jari 463         scale.addChild(createLight(bounds, new Vector3d(0.0, 0.0, 10.0)));
2 26 Feb 07 jari 464         return scale;
2 26 Feb 07 jari 465     }
2 26 Feb 07 jari 466     
2 26 Feb 07 jari 467     /**
2 26 Feb 07 jari 468      * Creates a coordinate system transform group.
2 26 Feb 07 jari 469      */
2 26 Feb 07 jari 470     private TransformGroup createCoordinateSystem(BoundingSphere bounds) {
2 26 Feb 07 jari 471         TransformGroup group = new TransformGroup();
2 26 Feb 07 jari 472         group.setCapability(TransformGroup.ALLOW_TRANSFORM_WRITE);
2 26 Feb 07 jari 473         group.setCapability(TransformGroup.ALLOW_TRANSFORM_READ);
2 26 Feb 07 jari 474         group.setCapability(TransformGroup.ENABLE_PICK_REPORTING);
2 26 Feb 07 jari 475         // add axises
2 26 Feb 07 jari 476         group.addChild(createXAxis());
2 26 Feb 07 jari 477         group.addChild(createYAxis());
2 26 Feb 07 jari 478         group.addChild(createZAxis());
2 26 Feb 07 jari 479         
2 26 Feb 07 jari 480         if (isShowSpheres()) {
2 26 Feb 07 jari 481             // add spheres
2 26 Feb 07 jari 482             group.addChild(createSpheres());
2 26 Feb 07 jari 483         } else {
2 26 Feb 07 jari 484             // add selected and not selected points
2 26 Feb 07 jari 485             if (getPointSize() > 0) {
2 26 Feb 07 jari 486                 Shape3D[] pointShapes = createUsualPoints();
2 26 Feb 07 jari 487                 if (pointShapes != null) {
2 26 Feb 07 jari 488                     for (int i=0; i<pointShapes.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 489                         group.addChild(pointShapes[i]);
2 26 Feb 07 jari 490                     }
2 26 Feb 07 jari 491                 }
2 26 Feb 07 jari 492                 Shape3D points = createSelectedPoints();
2 26 Feb 07 jari 493                 if (points != null) {
2 26 Feb 07 jari 494                     group.addChild(points);
2 26 Feb 07 jari 495                 }
2 26 Feb 07 jari 496             }
2 26 Feb 07 jari 497         }
2 26 Feb 07 jari 498         if (isSelectionBox()) {
2 26 Feb 07 jari 499             group.addChild(createSelectionBox());
2 26 Feb 07 jari 500         }
2 26 Feb 07 jari 501         if (isShowText()) {
2 26 Feb 07 jari 502             group.addChild(createText());
2 26 Feb 07 jari 503         }
2 26 Feb 07 jari 504         OpenBehavior openObject = new OpenBehavior(group);
2 26 Feb 07 jari 505         openObject.setSchedulingBounds(bounds);
2 26 Feb 07 jari 506         group.addChild(openObject);
2 26 Feb 07 jari 507         return group;
2 26 Feb 07 jari 508     }
2 26 Feb 07 jari 509
2 26 Feb 07 jari 510     
2 26 Feb 07 jari 511     /**
2 26 Feb 07 jari 512      * Creates a light transform group.
2 26 Feb 07 jari 513      */
2 26 Feb 07 jari 514     private TransformGroup createLight(BoundingSphere bounds, Vector3d vector) {
2 26 Feb 07 jari 515         Transform3D t = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 516         t.set(vector);
2 26 Feb 07 jari 517         TransformGroup lightGroup = new TransformGroup(t);
2 26 Feb 07 jari 518         lightGroup.setCapability(TransformGroup.ALLOW_TRANSFORM_WRITE);
2 26 Feb 07 jari 519         lightGroup.setCapability(TransformGroup.ALLOW_TRANSFORM_READ);
2 26 Feb 07 jari 520         lightGroup.setCapability(TransformGroup.ENABLE_PICK_REPORTING);
2 26 Feb 07 jari 521         
2 26 Feb 07 jari 522         ColoringAttributes attr = new ColoringAttributes();
2 26 Feb 07 jari 523         Color3f color = new Color3f(1.0f, 1.0f, 1.0f);
2 26 Feb 07 jari 524         attr.setColor(color);
2 26 Feb 07 jari 525         Appearance appearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 526         appearance.setColoringAttributes(attr);
2 26 Feb 07 jari 527         lightGroup.addChild(new Sphere(0.01f, Sphere.GENERATE_NORMALS, 15, appearance));
2 26 Feb 07 jari 528         Light light = new PointLight(color, new Point3f(0.0f, 0.0f, 0.0f), new Point3f(1.0f, 0.0f, 0.0f));
2 26 Feb 07 jari 529         light.setInfluencingBounds(bounds);
2 26 Feb 07 jari 530         lightGroup.addChild(light);
2 26 Feb 07 jari 531         return lightGroup;
2 26 Feb 07 jari 532     }
2 26 Feb 07 jari 533     
2 26 Feb 07 jari 534     
2 26 Feb 07 jari 535     /**
2 26 Feb 07 jari 536      * Creates an ambient light.
2 26 Feb 07 jari 537      */
2 26 Feb 07 jari 538     private AmbientLight createAmbientLight(BoundingSphere bounds) {
2 26 Feb 07 jari 539         AmbientLight light = new AmbientLight(new Color3f(0.2f, 0.2f, 0.2f));
2 26 Feb 07 jari 540         light.setInfluencingBounds(bounds);
2 26 Feb 07 jari 541         return light;
2 26 Feb 07 jari 542     }
2 26 Feb 07 jari 543     
2 26 Feb 07 jari 544     /**
2 26 Feb 07 jari 545      * Creates a cone shape.
2 26 Feb 07 jari 546      */
2 26 Feb 07 jari 547     private Cone createCone() {
2 26 Feb 07 jari 548         return new Cone(0.05f, 0.2f);
2 26 Feb 07 jari 549     }
2 26 Feb 07 jari 550     
2 26 Feb 07 jari 551     /**
2 26 Feb 07 jari 552      * Creates a cylinder shape with specified color.
2 26 Feb 07 jari 553      */
2 26 Feb 07 jari 554     private Cylinder createCylinder(Color3f color) {
2 26 Feb 07 jari 555         Material material = new Material(color, blackColor, color, whiteColor, 100f);
2 26 Feb 07 jari 556         if (isWhiteBackground()) {
2 26 Feb 07 jari 557             material.setEmissiveColor(new Color3f(0.0f, 0.0f, 1.0f));
2 26 Feb 07 jari 558         }
2 26 Feb 07 jari 559         Appearance appearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 560         appearance.setLineAttributes(new LineAttributes(10, LineAttributes.PATTERN_SOLID, true));
2 26 Feb 07 jari 561         appearance.setMaterial(material);
2 26 Feb 07 jari 562         return new Cylinder(0.025f, 6f, appearance);
2 26 Feb 07 jari 563     }
2 26 Feb 07 jari 564     
2 26 Feb 07 jari 565     /**
2 26 Feb 07 jari 566      * Creates a selection box transform group.
2 26 Feb 07 jari 567      */
2 26 Feb 07 jari 568     private TransformGroup createSelectionBox() {
2 26 Feb 07 jari 569         Material material = new Material(new Color3f(0.5f, 0.5f, 0.5f), blackColor, new Color3f(0.5f, 0.5f, 0.5f), blackColor, 100.0f);
2 26 Feb 07 jari 570         material.setLightingEnable(true);
2 26 Feb 07 jari 571         Appearance appearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 572         TransparencyAttributes ta = new TransparencyAttributes();
2 26 Feb 07 jari 573         ta.setTransparency(0.5f);
2 26 Feb 07 jari 574         ta.setTransparencyMode(TransparencyAttributes.BLENDED);
2 26 Feb 07 jari 575         appearance.setTransparencyAttributes(ta);
2 26 Feb 07 jari 576         appearance.setMaterial(material);
2 26 Feb 07 jari 577         Transform3D transform = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 578         float factorX = 3f/scaleAxisX;
2 26 Feb 07 jari 579         float factorY = 3f/scaleAxisY;
2 26 Feb 07 jari 580         float factorZ = 3f/scaleAxisZ;
2 26 Feb 07 jari 581         Vector3f vector = new Vector3f(boxPositionX*factorX, boxPositionY*factorY, boxPositionZ*factorZ);
2 26 Feb 07 jari 582         transform.set(vector);
2 26 Feb 07 jari 583         TransformGroup selectionBox = new TransformGroup(transform);
2 26 Feb 07 jari 584         selectionBox.addChild(new Box(boxSizeX*factorX/2f, boxSizeY*factorY/2f, boxSizeZ*factorZ/2f, appearance));
2 26 Feb 07 jari 585         return selectionBox;
2 26 Feb 07 jari 586     }
2 26 Feb 07 jari 587     
2 26 Feb 07 jari 588     /**
2 26 Feb 07 jari 589      * Checkes if specified point is selected.
2 26 Feb 07 jari 590      */
2 26 Feb 07 jari 591     private boolean isPointSelected(float x, float y, float z) {
2 26 Feb 07 jari 592         float X1 = boxPositionX-boxSizeX/2f;
2 26 Feb 07 jari 593         float X2 = boxPositionX+boxSizeX/2f;
2 26 Feb 07 jari 594         float Y1 = boxPositionY-boxSizeY/2f;
2 26 Feb 07 jari 595         float Y2 = boxPositionY+boxSizeY/2f;
2 26 Feb 07 jari 596         float Z1 = boxPositionZ-boxSizeZ/2f;
2 26 Feb 07 jari 597         float Z2 = boxPositionZ+boxSizeZ/2f;
2 26 Feb 07 jari 598         return x>=X1 && x<=X2 && y>=Y1 && y<=Y2 && z>=Z1 && z<=Z2;
2 26 Feb 07 jari 599     }
2 26 Feb 07 jari 600     
2 26 Feb 07 jari 601     /**
2 26 Feb 07 jari 602      * Returns an array of selected genes.
2 26 Feb 07 jari 603      */
2 26 Feb 07 jari 604     protected int[] getSelectedGenes() {
2 26 Feb 07 jari 605         int[] genes = new int[getPointsCount(true)];
2 26 Feb 07 jari 606         int pos = 0;
2 26 Feb 07 jari 607         for (int i=0; i<U.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 608             if (isPointSelected(U.get(i,0), U.get(i,1), U.get(i,2))) {
2 26 Feb 07 jari 609                 genes[pos] = experiment.getGeneIndexMappedToData(i);
2 26 Feb 07 jari 610                 pos++;
2 26 Feb 07 jari 611             }
2 26 Feb 07 jari 612         }
2 26 Feb 07 jari 613         return genes;
2 26 Feb 07 jari 614     }
2 26 Feb 07 jari 615     
2 26 Feb 07 jari 616     /**
2 26 Feb 07 jari 617      * @param selected true if we need number of the selected points.
2 26 Feb 07 jari 618      */
2 26 Feb 07 jari 619     private int getPointsCount(boolean selected) {
2 26 Feb 07 jari 620         int count = 0;
2 26 Feb 07 jari 621         int selCount = 0;
2 26 Feb 07 jari 622         for (int i=0; i<U.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 623             if (isPointSelected(U.get(i,0), U.get(i,1), U.get(i,2))) {
2 26 Feb 07 jari 624                 selCount++;
2 26 Feb 07 jari 625             } else {
2 26 Feb 07 jari 626                 count++;
2 26 Feb 07 jari 627             }
2 26 Feb 07 jari 628         }
2 26 Feb 07 jari 629         return selected ? selCount : count;
2 26 Feb 07 jari 630     }
2 26 Feb 07 jari 631     
2 26 Feb 07 jari 632     /**
2 26 Feb 07 jari 633      * Returns number of unselected points.
2 26 Feb 07 jari 634      */
2 26 Feb 07 jari 635     private int getUsualPointsCount() {
2 26 Feb 07 jari 636         if (isSelection()) {
2 26 Feb 07 jari 637             return getPointsCount(false);
2 26 Feb 07 jari 638         }
2 26 Feb 07 jari 639         return U.getRowDimension();
2 26 Feb 07 jari 640     }
2 26 Feb 07 jari 641     
2 26 Feb 07 jari 642     /**
2 26 Feb 07 jari 643      * Creates a 3D shape which is set of selected points.
2 26 Feb 07 jari 644      */
2 26 Feb 07 jari 645     private Shape3D createSelectedPoints() {
2 26 Feb 07 jari 646         if (!isSelection()) {
2 26 Feb 07 jari 647             return null;
2 26 Feb 07 jari 648         }
2 26 Feb 07 jari 649         int count = getPointsCount(true);
2 26 Feb 07 jari 650         if (count < 1) {
2 26 Feb 07 jari 651             return null;
2 26 Feb 07 jari 652         }
2 26 Feb 07 jari 653         Color3f color = new Color3f(1.0f, 0.3f, 1.0f);
2 26 Feb 07 jari 654         Material material = new Material(color, color, color, color, 100.0f);
2 26 Feb 07 jari 655         material.setLightingEnable(true);
2 26 Feb 07 jari 656         Appearance appearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 657         appearance.setPointAttributes(new PointAttributes(getSelectedPointSize(), false));
2 26 Feb 07 jari 658         appearance.setMaterial(material);
2 26 Feb 07 jari 659         
2 26 Feb 07 jari 660         PointArray points = new PointArray(count, PointArray.COORDINATES | PointArray.COLOR_3 | PointArray.NORMALS);
2 26 Feb 07 jari 661         
2 26 Feb 07 jari 662         float factorX = 3f/scaleAxisX;
2 26 Feb 07 jari 663         float factorY = 3f/scaleAxisY;
2 26 Feb 07 jari 664         float factorZ = 3f/scaleAxisZ;
2 26 Feb 07 jari 665         
2 26 Feb 07 jari 666         float x, y, z;
2 26 Feb 07 jari 667         int index = 0;
2 26 Feb 07 jari 668         for (int i=0; i<U.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 669             x = U.get(i,0);
2 26 Feb 07 jari 670             y = U.get(i,1);
2 26 Feb 07 jari 671             z = U.get(i,2);
2 26 Feb 07 jari 672             if (isPointSelected(x, y, z)) {
2 26 Feb 07 jari 673                 points.setCoordinate(index, new Point3f(x*factorX, y*factorY, z*factorZ));
2 26 Feb 07 jari 674                 index++;
2 26 Feb 07 jari 675             }
2 26 Feb 07 jari 676         }
2 26 Feb 07 jari 677         Shape3D pointsShape = new Shape3D();
2 26 Feb 07 jari 678         pointsShape.setAppearance(appearance);
2 26 Feb 07 jari 679         pointsShape.setGeometry(points);
2 26 Feb 07 jari 680         return pointsShape;
2 26 Feb 07 jari 681     }
2 26 Feb 07 jari 682     
2 26 Feb 07 jari 683     /**
2 26 Feb 07 jari 684      * Creates a point appearance with specified color.
2 26 Feb 07 jari 685      */
2 26 Feb 07 jari 686     private Appearance createPointAppearance(Color3f color) {
2 26 Feb 07 jari 687         Material material = new Material(color, color, color, color, 100.0f);
2 26 Feb 07 jari 688         material.setLightingEnable(true);
2 26 Feb 07 jari 689         Appearance appearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 690         appearance.setPointAttributes(new PointAttributes(getPointSize(), false));
2 26 Feb 07 jari 691         appearance.setMaterial(material);
2 26 Feb 07 jari 692         return appearance;
2 26 Feb 07 jari 693     }
2 26 Feb 07 jari 694     
2 26 Feb 07 jari 695     /**
2 26 Feb 07 jari 696      * Creates an array of 3D shapes which are sets of not selected points.
2 26 Feb 07 jari 697      */
2 26 Feb 07 jari 698     private Shape3D[] createUsualPoints() {
2 26 Feb 07 jari 699         int count = getUsualPointsCount();
2 26 Feb 07 jari 700         if (count < 1) {
2 26 Feb 07 jari 701             return null;
2 26 Feb 07 jari 702         }
2 26 Feb 07 jari 703         int uncoloredCount = data.getColoredProbesCount(-1);
2 26 Feb 07 jari 704
2 26 Feb 07 jari 705         int delta = uncoloredCount == 0 ? 0 : 1;
2 26 Feb 07 jari 706         
2 26 Feb 07 jari 707         Color[] colors;
2 26 Feb 07 jari 708         if(geneViewer)
2 26 Feb 07 jari 709             colors = data.getColors(); // get colored gene clusters
2 26 Feb 07 jari 710         else
2 26 Feb 07 jari 711             colors = data.getExperimentColors();
2 26 Feb 07 jari 712
2 26 Feb 07 jari 713         PointArray[] pointArrays = new PointArray[colors.length+delta];
2 26 Feb 07 jari 714         Appearance[] appearances = new Appearance[colors.length+delta];
2 26 Feb 07 jari 715         int[] counters = new int[colors.length+delta];
2 26 Feb 07 jari 716         Color3f color;
2 26 Feb 07 jari 717         
2 26 Feb 07 jari 718         // not published probes
2 26 Feb 07 jari 719         if (uncoloredCount > 0) {
2 26 Feb 07 jari 720             appearances[0] = createPointAppearance(isWhiteBackground() ? blackColor : whiteColor);
2 26 Feb 07 jari 721             pointArrays[0] = new PointArray(uncoloredCount, PointArray.COORDINATES | PointArray.COLOR_3 | PointArray.NORMALS);
2 26 Feb 07 jari 722             counters[0]    = 0;
2 26 Feb 07 jari 723         }
2 26 Feb 07 jari 724         if(geneViewer){
2 26 Feb 07 jari 725             // published ones
2 26 Feb 07 jari 726             for (int i=0; i<colors.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 727                 color = new Color3f(colors[i]);
2 26 Feb 07 jari 728                 appearances[i+delta] = createPointAppearance(color);
2 26 Feb 07 jari 729                 pointArrays[i+delta] = new PointArray(data.getColoredProbesCount(i), PointArray.COORDINATES | PointArray.COLOR_3 | PointArray.NORMALS);
2 26 Feb 07 jari 730                 counters[i+delta]    = 0;
2 26 Feb 07 jari 731             }
2 26 Feb 07 jari 732         } else{ //Experiment Viewer
2 26 Feb 07 jari 733             for (int i=0; i<colors.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 734                 color = new Color3f(colors[i]);
2 26 Feb 07 jari 735                 appearances[i+delta] = createPointAppearance(color);
2 26 Feb 07 jari 736                 pointArrays[i+delta] = new PointArray(data.getColoredExperimentsCount(i), PointArray.COORDINATES | PointArray.COLOR_3 | PointArray.NORMALS);
2 26 Feb 07 jari 737                 counters[i+delta]    = 0;
2 26 Feb 07 jari 738             }
2 26 Feb 07 jari 739         }
2 26 Feb 07 jari 740         
2 26 Feb 07 jari 741         float factorX = 3f/scaleAxisX;
2 26 Feb 07 jari 742         float factorY = 3f/scaleAxisY;
2 26 Feb 07 jari 743         float factorZ = 3f/scaleAxisZ;
2 26 Feb 07 jari 744         float x, y, z;
2 26 Feb 07 jari 745         int index = 0;
2 26 Feb 07 jari 746         for (int i=0; i<U.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 747             x = U.get(i,0);
2 26 Feb 07 jari 748             y = U.get(i,1);
2 26 Feb 07 jari 749             z = U.get(i,2);
2 26 Feb 07 jari 750             if (!isSelection() || !isPointSelected(x, y, z)) {
2 26 Feb 07 jari 751                 if(geneViewer)
2 26 Feb 07 jari 752                     index = data.getProbeColorIndex(experiment.getGeneIndexMappedToData(i))+delta;
2 26 Feb 07 jari 753                 else
2 26 Feb 07 jari 754                     index = data.getExperimentColorIndex(i)+delta;
2 26 Feb 07 jari 755
2 26 Feb 07 jari 756                 pointArrays[index].setCoordinate(counters[index], new Point3f(x*factorX, y*factorY, z*factorZ));
2 26 Feb 07 jari 757                 counters[index]++;
2 26 Feb 07 jari 758             }
2 26 Feb 07 jari 759         }
2 26 Feb 07 jari 760    
2 26 Feb 07 jari 761         Shape3D[] pointShapes = new Shape3D[pointArrays.length];
2 26 Feb 07 jari 762         for (int i=0; i<pointShapes.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 763             pointShapes[i] = new Shape3D();
2 26 Feb 07 jari 764             pointShapes[i].setAppearance(appearances[i]);
2 26 Feb 07 jari 765             pointShapes[i].setGeometry(pointArrays[i]);
2 26 Feb 07 jari 766         }
2 26 Feb 07 jari 767         return pointShapes;
2 26 Feb 07 jari 768     }
2 26 Feb 07 jari 769     
2 26 Feb 07 jari 770     /**
2 26 Feb 07 jari 771      * Creates a point appearance with specified color.
2 26 Feb 07 jari 772      */
2 26 Feb 07 jari 773     private Appearance createSphereAppearance(Color3f color) {
2 26 Feb 07 jari 774         Material material = new Material(color, this.blackColor, color, this.whiteColor, 100.0f);
2 26 Feb 07 jari 775         material.setLightingEnable(true);
2 26 Feb 07 jari 776         Appearance appearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 777         appearance.setMaterial(material);
2 26 Feb 07 jari 778         return appearance;
2 26 Feb 07 jari 779     }
2 26 Feb 07 jari 780     
2 26 Feb 07 jari 781     /**
2 26 Feb 07 jari 782      * Creates a spheres transform group.
2 26 Feb 07 jari 783      */
2 26 Feb 07 jari 784     private TransformGroup createSpheres() {
2 26 Feb 07 jari 785         TransformGroup spheres = new TransformGroup();
2 26 Feb 07 jari 786         
2 26 Feb 07 jari 787         float factorX = 3f/scaleAxisX;
2 26 Feb 07 jari 788         float factorY = 3f/scaleAxisY;
2 26 Feb 07 jari 789         float factorZ = 3f/scaleAxisZ;
2 26 Feb 07 jari 790         
2 26 Feb 07 jari 791         // usual material
2 26 Feb 07 jari 792         Color3f uColor = isWhiteBackground() ? blackColor : whiteColor;
2 26 Feb 07 jari 793         Appearance uAppearance = createSphereAppearance(uColor);
2 26 Feb 07 jari 794         
2 26 Feb 07 jari 795         // selected material
2 26 Feb 07 jari 796         Color3f sColor = isSelection() ? new Color3f(1.0f, 0.3f, 1.0f) : uColor;
2 26 Feb 07 jari 797         Appearance sAppearance = createSphereAppearance(sColor);
2 26 Feb 07 jari 798         
2 26 Feb 07 jari 799         Transform3D transform;
2 26 Feb 07 jari 800         Vector3d vector3d;
2 26 Feb 07 jari 801         TransformGroup sphere;
2 26 Feb 07 jari 802         boolean selected;
2 26 Feb 07 jari 803         float x, y, z;
2 26 Feb 07 jari 804         
2 26 Feb 07 jari 805         for (int i=0; i<U.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 806             x = U.get(i,0);
2 26 Feb 07 jari 807             y = U.get(i,1);
2 26 Feb 07 jari 808             z = U.get(i,2);
2 26 Feb 07 jari 809             transform  = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 810             vector3d = new Vector3d(x*factorX, y*factorY, z*factorZ);
2 26 Feb 07 jari 811             transform.set(vector3d);
2 26 Feb 07 jari 812             sphere = new TransformGroup(transform);
2 26 Feb 07 jari 813             selected = (isSelection() && isPointSelected(x, y, z));
2 26 Feb 07 jari 814             if(geneViewer){
2 26 Feb 07 jari 815                 if (data.getProbeColor(experiment.getGeneIndexMappedToData(i)) == null) {
2 26 Feb 07 jari 816                     sphere.addChild(new Sphere(getPointSize(selected)/20f, (selected ? sAppearance : uAppearance)));
2 26 Feb 07 jari 817                 } else {
2 26 Feb 07 jari 818                     sphere.addChild(new Sphere(getPointSize(selected)/20f, (selected ? sAppearance : createSphereAppearance(new Color3f(data.getProbeColor(experiment.getGeneIndexMappedToData(i)))))));
2 26 Feb 07 jari 819                 }
2 26 Feb 07 jari 820             }
2 26 Feb 07 jari 821             else{
2 26 Feb 07 jari 822                 if (data.getExperimentColor(i) == null) {
2 26 Feb 07 jari 823                     sphere.addChild(new Sphere(getPointSize(selected)/20f, (selected ? sAppearance : uAppearance)));
2 26 Feb 07 jari 824                 } else {
2 26 Feb 07 jari 825                     sphere.addChild(new Sphere(getPointSize(selected)/20f, (selected ? sAppearance : createSphereAppearance(new Color3f(data.getExperimentColor(i))))));
2 26 Feb 07 jari 826                 }
2 26 Feb 07 jari 827             }
2 26 Feb 07 jari 828             spheres.addChild(sphere);
2 26 Feb 07 jari 829         }
2 26 Feb 07 jari 830         return spheres;
2 26 Feb 07 jari 831     }
2 26 Feb 07 jari 832        
2 26 Feb 07 jari 833     
2 26 Feb 07 jari 834
2 26 Feb 07 jari 835     /**
2 26 Feb 07 jari 836      * Creates a text transform group.
2 26 Feb 07 jari 837      */
2 26 Feb 07 jari 838     private TransformGroup createText() {
2 26 Feb 07 jari 839         TransformGroup textGroup = new TransformGroup();
2 26 Feb 07 jari 840         
2 26 Feb 07 jari 841         float factorX = 3f/scaleAxisX;
2 26 Feb 07 jari 842         float factorY = 3f/scaleAxisY;
2 26 Feb 07 jari 843         float factorZ = 3f/scaleAxisZ;
2 26 Feb 07 jari 844         
2 26 Feb 07 jari 845         //Font3D font = new Font3D(new Font("TestFont", Font.BOLD, 1), new FontExtrusion());
2 26 Feb 07 jari 846         Font3D font = new Font3D(new Font("TestFont", Font.BOLD, (int)(Math.round(getPointSize(false)))), new FontExtrusion());
2 26 Feb 07 jari 847         Color3f color3f;
2 26 Feb 07 jari 848         if(!this.whiteBackground)
2 26 Feb 07 jari 849             color3f = new Color3f(1.0f, 1.0f, 1.0f);
2 26 Feb 07 jari 850         else
2 26 Feb 07 jari 851             color3f = new Color3f(0.0f, 0.0f, 0.0f);
2 26 Feb 07 jari 852         
2 26 Feb 07 jari 853         Material material;
2 26 Feb 07 jari 854         if(!this.whiteBackground)
2 26 Feb 07 jari 855             material = new Material(color3f, whiteColor, color3f, whiteColor, 100f);
2 26 Feb 07 jari 856         else
2 26 Feb 07 jari 857             material = new Material(color3f, blackColor, color3f, blackColor, 100f);
2 26 Feb 07 jari 858         
2 26 Feb 07 jari 859         material.setLightingEnable(true);
2 26 Feb 07 jari 860         //material.setLightingEnable(false);
2 26 Feb 07 jari 861         Appearance appearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 862         appearance.setMaterial(material);
2 26 Feb 07 jari 863         
2 26 Feb 07 jari 864         Transform3D fontTransform = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 865         fontTransform.setScale(0.1);
2 26 Feb 07 jari 866         
2 26 Feb 07 jari 867         TransformGroup tempGroup;
2 26 Feb 07 jari 868         Text3D text3d;
2 26 Feb 07 jari 869         Shape3D shape3d;
2 26 Feb 07 jari 870         String text;
2 26 Feb 07 jari 871         float x, y, z;
2 26 Feb 07 jari 872         for (int i=0; i<U.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 873             x = U.get(i,0);
2 26 Feb 07 jari 874             y = U.get(i,1);
2 26 Feb 07 jari 875             z = U.get(i,2);
2 26 Feb 07 jari 876             tempGroup = new TransformGroup(fontTransform);
2 26 Feb 07 jari 877             text = (mode == 1) ? data.getUniqueId(i) : data.getSampleName(experiment.getSampleIndex(i));
2 26 Feb 07 jari 878             text3d = new Text3D(font, text, new Point3f(x*factorX*10f+getPointSize(isPointSelected(x, y, z)), (y-0.035f)*factorY*10f, z*factorZ*10f));
2 26 Feb 07 jari 879             shape3d = new Shape3D();
2 26 Feb 07 jari 880             shape3d.setGeometry(text3d);
2 26 Feb 07 jari 881             shape3d.setAppearance(appearance);
2 26 Feb 07 jari 882             tempGroup.addChild(shape3d);
2 26 Feb 07 jari 883             textGroup.addChild(tempGroup);
2 26 Feb 07 jari 884         }
2 26 Feb 07 jari 885         return textGroup;
2 26 Feb 07 jari 886     }
2 26 Feb 07 jari 887     
2 26 Feb 07 jari 888     /**
2 26 Feb 07 jari 889      * Creates 3D shape for specified string.
2 26 Feb 07 jari 890      */
2 26 Feb 07 jari 891     private Shape3D createTextShape3D(String text) {
2 26 Feb 07 jari 892         Font3D axisFont = new Font3D(new Font("TestFont", Font.BOLD, 1), new FontExtrusion());
2 26 Feb 07 jari 893         Text3D text3D = new Text3D(axisFont, text);
2 26 Feb 07 jari 894         Shape3D shape = new Shape3D();
2 26 Feb 07 jari 895         shape.setGeometry(text3D);
2 26 Feb 07 jari 896         Color3f color3f;
2 26 Feb 07 jari 897         Material axisFontMaterial;
2 26 Feb 07 jari 898         if(!whiteBackground){
2 26 Feb 07 jari 899             color3f = new Color3f(0.5f, 0.5f, 0.5f);
2 26 Feb 07 jari 900             axisFontMaterial = new Material(color3f, blackColor, color3f, whiteColor, 100f);
2 26 Feb 07 jari 901         }
2 26 Feb 07 jari 902         else{
2 26 Feb 07 jari 903             color3f = new Color3f(0.0f, 0.0f, 0.0f);
2 26 Feb 07 jari 904             axisFontMaterial = new Material(color3f, blackColor, color3f, blackColor, 100f);
2 26 Feb 07 jari 905         }
2 26 Feb 07 jari 906         axisFontMaterial.setLightingEnable(true);
2 26 Feb 07 jari 907         Appearance axisFontAppearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 908         axisFontAppearance.setMaterial(axisFontMaterial);
2 26 Feb 07 jari 909         shape.setAppearance(axisFontAppearance);
2 26 Feb 07 jari 910         return shape;
2 26 Feb 07 jari 911     }
2 26 Feb 07 jari 912     
2 26 Feb 07 jari 913     /**
2 26 Feb 07 jari 914      * Creates x-axis transform group.
2 26 Feb 07 jari 915      */
2 26 Feb 07 jari 916     private TransformGroup createXAxis() {
2 26 Feb 07 jari 917         Transform3D axisTrans = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 918         axisTrans.rotZ(-Math.PI/2.0d);
2 26 Feb 07 jari 919         Transform3D fontTrans = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 920         fontTrans.rotZ(Math.PI/2.0d);
2 26 Feb 07 jari 921         
2 26 Feb 07 jari 922         if(!whiteBackground)
2 26 Feb 07 jari 923             return createAxis("X", new Color3f(0.5f, 0.5f, 0.5f), axisTrans, fontTrans);
2 26 Feb 07 jari 924         else
2 26 Feb 07 jari 925             return createAxis("X", new Color3f(0.0f, 0.0f, 0.0f), axisTrans, fontTrans);
2 26 Feb 07 jari 926     }
2 26 Feb 07 jari 927     
2 26 Feb 07 jari 928     /**
2 26 Feb 07 jari 929      * Creates y-axis transform group.
2 26 Feb 07 jari 930      */
2 26 Feb 07 jari 931     private TransformGroup createYAxis() {
2 26 Feb 07 jari 932         
2 26 Feb 07 jari 933         if(!whiteBackground)
2 26 Feb 07 jari 934             return createAxis("Y", new Color3f(0.3f, 0.3f, 1f), null, null);
2 26 Feb 07 jari 935         else
2 26 Feb 07 jari 936             return createAxis("Y", new Color3f(0.0f, 0.0f, 0.0f), null, null);
2 26 Feb 07 jari 937     }
2 26 Feb 07 jari 938     
2 26 Feb 07 jari 939     /**
2 26 Feb 07 jari 940      * Creates z-axis transform group.
2 26 Feb 07 jari 941      */
2 26 Feb 07 jari 942     private TransformGroup createZAxis() {
2 26 Feb 07 jari 943         Transform3D axisTrans = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 944         axisTrans.rotX(-Math.PI/2.0d);
2 26 Feb 07 jari 945         Transform3D zTrans = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 946         zTrans.rotY(Math.PI/2.0d);
2 26 Feb 07 jari 947         axisTrans.mul(zTrans);
2 26 Feb 07 jari 948         Transform3D fontTrans = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 949         fontTrans.rotZ(Math.PI/2.0d);
2 26 Feb 07 jari 950         if(!whiteBackground)
2 26 Feb 07 jari 951             return createAxis("Z", new Color3f(1f, 0.3f, 1f), axisTrans, fontTrans);
2 26 Feb 07 jari 952         else
2 26 Feb 07 jari 953             return createAxis("Z", new Color3f(0.0f, 0.0f, 0.0f), axisTrans, fontTrans);
2 26 Feb 07 jari 954     }
2 26 Feb 07 jari 955     
2 26 Feb 07 jari 956     /**
2 26 Feb 07 jari 957      * Creates an axis transform group.
2 26 Feb 07 jari 958      */
2 26 Feb 07 jari 959     private TransformGroup createAxis(String name, Color3f color, Transform3D axisTrans, Transform3D fontTrans) {
2 26 Feb 07 jari 960         TransformGroup axis = new TransformGroup();
2 26 Feb 07 jari 961         if (axisTrans != null) {
2 26 Feb 07 jari 962             axis.setTransform(axisTrans);
2 26 Feb 07 jari 963         }
2 26 Feb 07 jari 964         axis.addChild(createCylinder(color));
2 26 Feb 07 jari 965         // Axis Positive End
2 26 Feb 07 jari 966         Transform3D posTransform = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 967         posTransform.set(new Vector3d(0.0, 3.1, 0.0));
2 26 Feb 07 jari 968         TransformGroup posEnd = new TransformGroup(posTransform);
2 26 Feb 07 jari 969         posEnd.addChild(createCone());
2 26 Feb 07 jari 970         // Axis Negative End
2 26 Feb 07 jari 971         Transform3D negTransform = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 972         negTransform.set(new Vector3d(0.0, -3.1, 0.0));
2 26 Feb 07 jari 973         Transform3D rotate180X = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 974         rotate180X.rotX(Math.PI);
2 26 Feb 07 jari 975         negTransform.mul(rotate180X);
2 26 Feb 07 jari 976         TransformGroup negEnd = new TransformGroup(negTransform);
2 26 Feb 07 jari 977         negEnd.addChild(createCone());
2 26 Feb 07 jari 978         // Font
2 26 Feb 07 jari 979         Transform3D fontTransform = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 980         fontTransform.set(0.22, new Vector3d(0.25, 2.75, -0.0125));
2 26 Feb 07 jari 981         TransformGroup fontGroup = new TransformGroup(fontTransform);
2 26 Feb 07 jari 982         
2 26 Feb 07 jari 983         TransformGroup rotFontGroup = new TransformGroup();
2 26 Feb 07 jari 984         if (fontTrans != null) {
2 26 Feb 07 jari 985             rotFontGroup.setTransform(fontTrans);
2 26 Feb 07 jari 986         }
2 26 Feb 07 jari 987         
2 26 Feb 07 jari 988         Shape3D shape3D = createTextShape3D(name);
2 26 Feb 07 jari 989         rotFontGroup.addChild(shape3D);
2 26 Feb 07 jari 990         
2 26 Feb 07 jari 991         fontGroup.addChild(rotFontGroup);
2 26 Feb 07 jari 992         
2 26 Feb 07 jari 993         axis.addChild(fontGroup);
2 26 Feb 07 jari 994         axis.addChild(posEnd);
2 26 Feb 07 jari 995         axis.addChild(negEnd);
2 26 Feb 07 jari 996         return axis;
2 26 Feb 07 jari 997     }
2 26 Feb 07 jari 998 }

Generated on Thu Jul 20 09:26:18 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)