mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dam/DAMCentroidViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2005, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * DAMCentroidViewer.java
2 26 Feb 07 jari 7  *
2 26 Feb 07 jari 8  */
2 26 Feb 07 jari 9
2 26 Feb 07 jari 10 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dam;
2 26 Feb 07 jari 11
2 26 Feb 07 jari 12 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 13 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 17
2 26 Feb 07 jari 18 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 19 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 20
2 26 Feb 07 jari 21 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 22 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 23 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25 public class DAMCentroidViewer extends CentroidViewer {
2 26 Feb 07 jari 26     
2 26 Feb 07 jari 27     private JPopupMenu popup;    
2 26 Feb 07 jari 28     
2 26 Feb 07 jari 29     /** Creates a new instance of DAMCentroidViewer */
2 26 Feb 07 jari 30     public DAMCentroidViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 31   super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 32   Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 33   this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 34   getContentComponent().addMouseListener(listener);        
2 26 Feb 07 jari 35     }
2 26 Feb 07 jari 36     /**
2 26 Feb 07 jari 37      * @inheritDoc
2 26 Feb 07 jari 38      */
2 26 Feb 07 jari 39     public DAMCentroidViewer(Experiment e, int[][] clusters, float[][] variances, float[][] means, float[][] codes) {
2 26 Feb 07 jari 40       super(e, clusters, variances, means, codes);
2 26 Feb 07 jari 41       Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 42       this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 43       getContentComponent().addMouseListener(listener);   
2 26 Feb 07 jari 44     }
2 26 Feb 07 jari 45     
2 26 Feb 07 jari 46     
2 26 Feb 07 jari 47     
2 26 Feb 07 jari 48     /**
2 26 Feb 07 jari 49      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 50      */
2 26 Feb 07 jari 51     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 52   JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 53   addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 54   return popup;
2 26 Feb 07 jari 55     }   
2 26 Feb 07 jari 56     
2 26 Feb 07 jari 57     /**
2 26 Feb 07 jari 58      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 59      */
2 26 Feb 07 jari 60     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 61   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 62   try {
2 26 Feb 07 jari 63       ExperimentUtil.saveExperiment(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 64   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 65       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 66       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 67   }
2 26 Feb 07 jari 68     }    
2 26 Feb 07 jari 69
2 26 Feb 07 jari 70     /**
2 26 Feb 07 jari 71      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 72      */
2 26 Feb 07 jari 73     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 74   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 75   try {
2 26 Feb 07 jari 76       ExperimentUtil.saveExperiment(frame, getExperiment(), getData(), getCluster());
2 26 Feb 07 jari 77   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 78       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 79       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 80   }
2 26 Feb 07 jari 81     }   
2 26 Feb 07 jari 82     
2 26 Feb 07 jari 83     /**
2 26 Feb 07 jari 84      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 85      */
2 26 Feb 07 jari 86     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 87   setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 88     }  
2 26 Feb 07 jari 89     
2 26 Feb 07 jari 90     /**
2 26 Feb 07 jari 91      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 92      */
2 26 Feb 07 jari 93     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 94   
2 26 Feb 07 jari 95   public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 96       String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 97       if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 98     onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 99       } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 100     onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 101       } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 102     storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 103       } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 104     onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 105       } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 106                 yRangeOption = CentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX;
2 26 Feb 07 jari 107                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 108                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 109                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 110             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 111                 yRangeOption = CentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX;
2 26 Feb 07 jari 112                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 113                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 114                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 115             } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 116                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 117             } else if(command.equals(TOGGLE_REF_LINE_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 118                 showRefLine = !showRefLine;
2 26 Feb 07 jari 119                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 120             }
2 26 Feb 07 jari 121             
2 26 Feb 07 jari 122   }
2 26 Feb 07 jari 123   
2 26 Feb 07 jari 124   public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 125       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 126   }
2 26 Feb 07 jari 127   
2 26 Feb 07 jari 128   public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 129       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 130   }
2 26 Feb 07 jari 131   
2 26 Feb 07 jari 132   private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 133       if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 134     return;
2 26 Feb 07 jari 135       }
2 26 Feb 07 jari 136       popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 137   }
2 26 Feb 07 jari 138     }    
2 26 Feb 07 jari 139     
2 26 Feb 07 jari 140 }

Generated on Thu Jul 20 09:26:18 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)