mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dam/DAMCentroidsViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2005, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * DAMCentroidsViewer.java
2 26 Feb 07 jari 7  *
2 26 Feb 07 jari 8  */
2 26 Feb 07 jari 9
2 26 Feb 07 jari 10 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dam;
2 26 Feb 07 jari 11
2 26 Feb 07 jari 12 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 13 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 17
2 26 Feb 07 jari 18 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 19 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 23 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidsViewer;
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.GUIFactory;
2 26 Feb 07 jari 27
2 26 Feb 07 jari 28 public class DAMCentroidsViewer extends CentroidsViewer {
2 26 Feb 07 jari 29     
2 26 Feb 07 jari 30     private static final String SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD = "save-all-clusters-cmd";
2 26 Feb 07 jari 31     private static final String SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD = "set-y-to-exp-max-cmd";
2 26 Feb 07 jari 32     private static final String SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD = "set-y-to-cluster-max-cmd";
2 26 Feb 07 jari 33     
2 26 Feb 07 jari 34     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 35     private JMenuItem setOverallMaxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 36     private JMenuItem setClusterMaxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 37     
2 26 Feb 07 jari 38     /** Creates a new instance of DAMCentroidsViewer */
2 26 Feb 07 jari 39     public DAMCentroidsViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 40         super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 41         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 42         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 43         getContentComponent().addMouseListener(listener);    
2 26 Feb 07 jari 44         
2 26 Feb 07 jari 45     }
2 26 Feb 07 jari 46   /**
2 26 Feb 07 jari 47    * @inheritDoc
2 26 Feb 07 jari 48    */
2 26 Feb 07 jari 49   public DAMCentroidsViewer(CentroidViewer cv) {
2 26 Feb 07 jari 50     super(cv);
2 26 Feb 07 jari 51         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 52         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 53         getContentComponent().addMouseListener(listener);   
2 26 Feb 07 jari 54   }
2 26 Feb 07 jari 55     /**
2 26 Feb 07 jari 56      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 57      */
2 26 Feb 07 jari 58     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 59         JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 60         addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 61         return popup;
2 26 Feb 07 jari 62     }   
2 26 Feb 07 jari 63     
2 26 Feb 07 jari 64     /**
2 26 Feb 07 jari 65      * Adds the viewer specific menu items.
2 26 Feb 07 jari 66      */
2 26 Feb 07 jari 67     private void addMenuItems(JPopupMenu menu, Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 68         JMenuItem menuItem;
2 26 Feb 07 jari 69         menuItem = new JMenuItem("Save all clusters", GUIFactory.getIcon("save16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 70         menuItem.setActionCommand(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 71         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 72         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 73         
2 26 Feb 07 jari 74         setOverallMaxMenuItem = new JMenuItem("Set Y to overall max...", GUIFactory.getIcon("Y_range_expand.gif"));
2 26 Feb 07 jari 75         setOverallMaxMenuItem.setActionCommand(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD);
2 26 Feb 07 jari 76         setOverallMaxMenuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 77         setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 78         menu.add(setOverallMaxMenuItem);
2 26 Feb 07 jari 79         
2 26 Feb 07 jari 80         setClusterMaxMenuItem = new JMenuItem("Set Y to cluster max...", GUIFactory.getIcon("Y_range_expand.gif"));
2 26 Feb 07 jari 81         setClusterMaxMenuItem.setActionCommand(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD);
2 26 Feb 07 jari 82         setClusterMaxMenuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 83         menu.add(setClusterMaxMenuItem);
2 26 Feb 07 jari 84     }  
2 26 Feb 07 jari 85     
2 26 Feb 07 jari 86     /**
2 26 Feb 07 jari 87      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 88      */
2 26 Feb 07 jari 89     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 90         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 91         try {
2 26 Feb 07 jari 92             ExperimentUtil.saveExperiment(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 93         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 94             JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 95             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 96         }
2 26 Feb 07 jari 97     }
2 26 Feb 07 jari 98     
2 26 Feb 07 jari 99     /**
2 26 Feb 07 jari 100      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 101      */
2 26 Feb 07 jari 102     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 103         
2 26 Feb 07 jari 104         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 105             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 106             if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 107                 onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 108             } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 109                 setAllYRanges(CentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX);
2 26 Feb 07 jari 110                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 111                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 112                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 113             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 114                 setAllYRanges(CentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX);
2 26 Feb 07 jari 115                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 116                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 117                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 118             }
2 26 Feb 07 jari 119         }
2 26 Feb 07 jari 120         
2 26 Feb 07 jari 121         private void setAllYRanges(int yRangeOption){
2 26 Feb 07 jari 122             int numClusters = getClusters().length;
2 26 Feb 07 jari 123             for(int i = 0; i < numClusters; i++){
2 26 Feb 07 jari 124                 centroidViewer.setClusterIndex(i);
2 26 Feb 07 jari 125                 centroidViewer.setYRangeOption(yRangeOption);
2 26 Feb 07 jari 126             }
2 26 Feb 07 jari 127         }
2 26 Feb 07 jari 128         
2 26 Feb 07 jari 129         public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 130             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 131         }
2 26 Feb 07 jari 132         
2 26 Feb 07 jari 133         public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 134             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 135         }
2 26 Feb 07 jari 136         
2 26 Feb 07 jari 137         private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 138             if (!e.isPopupTrigger()) {
2 26 Feb 07 jari 139                 return;
2 26 Feb 07 jari 140             }
2 26 Feb 07 jari 141             popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 142         }
2 26 Feb 07 jari 143     }    
2 26 Feb 07 jari 144     
2 26 Feb 07 jari 145 } 

Generated on Thu Jul 20 09:26:19 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)