mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dam/DAMExperimentCentroidViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2005, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * DAMExperimentCentriodViewer.java
2 26 Feb 07 jari 7  *
2 26 Feb 07 jari 8  */
2 26 Feb 07 jari 9
2 26 Feb 07 jari 10 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dam;
2 26 Feb 07 jari 11
2 26 Feb 07 jari 12 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 13 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 17
2 26 Feb 07 jari 18 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 19 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 20
2 26 Feb 07 jari 21 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 22 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterCentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 23 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25 public class DAMExperimentCentroidViewer extends ExperimentClusterCentroidViewer {
2 26 Feb 07 jari 26     
2 26 Feb 07 jari 27     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 28     
2 26 Feb 07 jari 29     /**
2 26 Feb 07 jari 30      * Construct a <code>KMCCentroidViewer</code> with specified experiment
2 26 Feb 07 jari 31      * and clusters.
2 26 Feb 07 jari 32      */
2 26 Feb 07 jari 33     public DAMExperimentCentroidViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 34   super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 35   Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 36   this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 37   getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 38     }
2 26 Feb 07 jari 39     
2 26 Feb 07 jari 40     /**
2 26 Feb 07 jari 41      * @inheritDoc
2 26 Feb 07 jari 42      */
2 26 Feb 07 jari 43     public DAMExperimentCentroidViewer(Experiment experiment, int[][] clusters, Integer clusterIndex, float[][] means, float[][] variances, float[][] codes){
2 26 Feb 07 jari 44       super(experiment, clusters, clusterIndex, means, variances, codes);
2 26 Feb 07 jari 45       Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 46       this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 47       getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 48     }
2 26 Feb 07 jari 49     
2 26 Feb 07 jari 50     /**
2 26 Feb 07 jari 51      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 52      */
2 26 Feb 07 jari 53     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 54   JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 55   addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 56   return popup;
2 26 Feb 07 jari 57     }
2 26 Feb 07 jari 58     
2 26 Feb 07 jari 59     
2 26 Feb 07 jari 60     /**
2 26 Feb 07 jari 61      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 62      */
2 26 Feb 07 jari 63     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 64   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 65   try {
2 26 Feb 07 jari 66       ExperimentUtil.saveAllExperimentClusters(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 67   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 68       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 69       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 70   }
2 26 Feb 07 jari 71     }
2 26 Feb 07 jari 72     
2 26 Feb 07 jari 73     /**
2 26 Feb 07 jari 74      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 75      */
2 26 Feb 07 jari 76     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 77   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 78   try {
2 26 Feb 07 jari 79       ExperimentUtil.saveExperimentCluster(frame, getExperiment(), getData(), getCluster());
2 26 Feb 07 jari 80   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 81       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 82       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 83   }
2 26 Feb 07 jari 84     }
2 26 Feb 07 jari 85     
2 26 Feb 07 jari 86     
2 26 Feb 07 jari 87     /**
2 26 Feb 07 jari 88      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 89      */
2 26 Feb 07 jari 90     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 91   setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 92     }
2 26 Feb 07 jari 93     
2 26 Feb 07 jari 94     /**
2 26 Feb 07 jari 95      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 96      */
2 26 Feb 07 jari 97     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 98   
2 26 Feb 07 jari 99   public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 100       String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 101       if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 102     onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 103       } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 104     onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 105       } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 106     storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 107       } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 108     onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 109       } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 110                 yRangeOption = ExperimentClusterCentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX;
2 26 Feb 07 jari 111                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 112                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 113                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 114             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 115                 yRangeOption = ExperimentClusterCentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX;
2 26 Feb 07 jari 116                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 117                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 118                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 119             } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 120                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 121             }
2 26 Feb 07 jari 122             
2 26 Feb 07 jari 123   }
2 26 Feb 07 jari 124   
2 26 Feb 07 jari 125   public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 126       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 127   }
2 26 Feb 07 jari 128   
2 26 Feb 07 jari 129   public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 130       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 131   }
2 26 Feb 07 jari 132   
2 26 Feb 07 jari 133   private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 134       if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 135     return;
2 26 Feb 07 jari 136       }
2 26 Feb 07 jari 137       popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 138   }
2 26 Feb 07 jari 139     }
2 26 Feb 07 jari 140     
2 26 Feb 07 jari 141 }
2 26 Feb 07 jari 142
2 26 Feb 07 jari 143

Generated on Thu Jul 20 09:26:20 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)