mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dam/DAMInfoViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2005, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * DAMInfoViewer.java
2 26 Feb 07 jari 7  *
2 26 Feb 07 jari 8  */
2 26 Feb 07 jari 9
2 26 Feb 07 jari 10 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dam;
2 26 Feb 07 jari 11
2 26 Feb 07 jari 12 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 13 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.GridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 17
2 26 Feb 07 jari 18 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 19 import javax.swing.JLabel;
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JTextArea;
2 26 Feb 07 jari 22
2 26 Feb 07 jari 23 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.ViewerAdapter;
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25 public class DAMInfoViewer extends ViewerAdapter implements java.io.Serializable {
2 26 Feb 07 jari 26     
2 26 Feb 07 jari 27     private JComponent header;
2 26 Feb 07 jari 28     private JTextArea  content;
2 26 Feb 07 jari 29     private boolean clusterGenes;
2 26 Feb 07 jari 30     private int numClasses;
2 26 Feb 07 jari 31     private int numUsedGenes;
2 26 Feb 07 jari 32     private int numUnUsedGenes;
2 26 Feb 07 jari 33     private double alpha;
2 26 Feb 07 jari 34     private int algorithmSelection;
2 26 Feb 07 jari 35     private boolean isPDA;
2 26 Feb 07 jari 36     private boolean preSelectGenes;
2 26 Feb 07 jari 37     
2 26 Feb 07 jari 38     /**
2 26 Feb 07 jari 39      * Constructs a <code>KMCInfoViewer</code> with specified
2 26 Feb 07 jari 40      * clusters and number of genes.
2 26 Feb 07 jari 41      */
2 26 Feb 07 jari 42     public DAMInfoViewer(int[][] clusters, int genes, int numClasses, int numUsedGenes, int numUnUsedGenes, double alpha, int algorithmSelection, boolean isPDA, boolean preSelectGenes) {
2 26 Feb 07 jari 43         header  = createHeader();
2 26 Feb 07 jari 44         this.clusterGenes = true;
2 26 Feb 07 jari 45         this.numClasses = numClasses;
2 26 Feb 07 jari 46         this.numUsedGenes = numUsedGenes;
2 26 Feb 07 jari 47         this.numUnUsedGenes = numUnUsedGenes;
2 26 Feb 07 jari 48         this.alpha = alpha;
2 26 Feb 07 jari 49         this.algorithmSelection = algorithmSelection;
2 26 Feb 07 jari 50         this.isPDA = isPDA;
2 26 Feb 07 jari 51         this.preSelectGenes = preSelectGenes;
2 26 Feb 07 jari 52         content = createContent(clusters, genes);
2 26 Feb 07 jari 53         setMaxWidth(content, header);
2 26 Feb 07 jari 54     }
2 26 Feb 07 jari 55     public DAMInfoViewer(JTextArea content, JComponent header){
2 26 Feb 07 jari 56       this.content = content;
2 26 Feb 07 jari 57       this.header = header;
2 26 Feb 07 jari 58         setMaxWidth(content, header);
2 26 Feb 07 jari 59     }
2 26 Feb 07 jari 60     
2 26 Feb 07 jari 61     /**
2 26 Feb 07 jari 62      * Constructs a <code>KMCInfoViewer</code> with specified
2 26 Feb 07 jari 63      * clusters and number of genes.
2 26 Feb 07 jari 64      */
2 26 Feb 07 jari 65     public DAMInfoViewer(int[][] clusters, int genes, boolean clusterGenes, int numClasses, int numUsedGenes, int numUnUsedGenes, double alpha, int algorithmSelection, boolean isPDA, boolean preSelectedGenes) {
2 26 Feb 07 jari 66         header  = createHeader();
2 26 Feb 07 jari 67         this.clusterGenes = clusterGenes;
2 26 Feb 07 jari 68         this.numClasses = numClasses;
2 26 Feb 07 jari 69         this.numUsedGenes = numUsedGenes;
2 26 Feb 07 jari 70         this.numUnUsedGenes = numUnUsedGenes;
2 26 Feb 07 jari 71         this.alpha = alpha;
2 26 Feb 07 jari 72         this.algorithmSelection = algorithmSelection;
2 26 Feb 07 jari 73         this.isPDA = isPDA;
2 26 Feb 07 jari 74         this.preSelectGenes = preSelectedGenes;
2 26 Feb 07 jari 75         content = createContent(clusters, genes);
2 26 Feb 07 jari 76         setMaxWidth(content, header);
2 26 Feb 07 jari 77     }
2 26 Feb 07 jari 78     
2 26 Feb 07 jari 79     /**
2 26 Feb 07 jari 80      * Returns component to be inserted into the framework scroll pane.
2 26 Feb 07 jari 81      */
2 26 Feb 07 jari 82     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 83         return content;
2 26 Feb 07 jari 84     }
2 26 Feb 07 jari 85     
2 26 Feb 07 jari 86     /**
2 26 Feb 07 jari 87      * Returns the viewer header.
2 26 Feb 07 jari 88      */
2 26 Feb 07 jari 89     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 90         return header;
2 26 Feb 07 jari 91     }
2 26 Feb 07 jari 92     
2 26 Feb 07 jari 93     /**
2 26 Feb 07 jari 94      * Creates the viewer header.
2 26 Feb 07 jari 95      */
2 26 Feb 07 jari 96     private JComponent createHeader() {
2 26 Feb 07 jari 97         JPanel panel = new JPanel(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 98         panel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 99         GridBagConstraints gbc = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 100         gbc.fill = GridBagConstraints.HORIZONTAL;
2 26 Feb 07 jari 101         gbc.insets = new Insets(10, 0, 10, 0);
2 26 Feb 07 jari 102         panel.add(new JLabel("<html><body bgcolor='#FFFFFF'><font face='serif' size='5' color='#000080'><b>Cluster Information</b></font></body></html>"), gbc);
2 26 Feb 07 jari 103         return panel;
2 26 Feb 07 jari 104     }
2 26 Feb 07 jari 105     
2 26 Feb 07 jari 106     /**
2 26 Feb 07 jari 107      * Creates the viewer content component.
2 26 Feb 07 jari 108      */
2 26 Feb 07 jari 109     private JTextArea createContent(int[][] clusters, int genes) {
2 26 Feb 07 jari 110         JTextArea area = new JTextArea(clusters.length*3, 20);
2 26 Feb 07 jari 111         area.setEditable(false);
2 26 Feb 07 jari 112         area.setMargin(new Insets(0, 10, 0, 0));
2 26 Feb 07 jari 113         StringBuffer sb = new StringBuffer(clusters.length*3*10);
2 26 Feb 07 jari 114         int numberOfGenes = numUsedGenes + numUnUsedGenes;
2 26 Feb 07 jari 115         
2 26 Feb 07 jari 116         if(clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 117             for (int counter = 2*numClasses; counter < 3*numClasses; counter++) {
2 26 Feb 07 jari 118                 sb.append("Class "+(counter+1 - 2*numClasses));
2 26 Feb 07 jari 119                 sb.append("\t");
2 26 Feb 07 jari 120                 sb.append("# of Genes in Class: "+clusters[counter].length);
2 26 Feb 07 jari 121                 sb.append("\n\t");
2 26 Feb 07 jari 122                 sb.append("% of Genes in Class: "+Math.round((float)clusters[counter].length/(float)genes*100f)+"%");
2 26 Feb 07 jari 123                 sb.append("\n\n");
2 26 Feb 07 jari 124             }
2 26 Feb 07 jari 125             if (preSelectGenes) {
2 26 Feb 07 jari 126                 sb.append("alpha value =" + alpha);
2 26 Feb 07 jari 127                 
2 26 Feb 07 jari 128                 sb.append("\n\n");
2 26 Feb 07 jari 129                 sb.append("# of Experiments: " + numberOfGenes);
2 26 Feb 07 jari 130                 sb.append("\n");
2 26 Feb 07 jari 131                 sb.append("# of Selected Experiments: " + numUsedGenes);
2 26 Feb 07 jari 132                 sb.append("\n");
2 26 Feb 07 jari 133                 sb.append("# of Experiments not Selected: " + numUnUsedGenes);
2 26 Feb 07 jari 134                 sb.append("\n");
2 26 Feb 07 jari 135             } else {
2 26 Feb 07 jari 136                 sb.append("No Experiment Screening Applied");
2 26 Feb 07 jari 137             }
2 26 Feb 07 jari 138             
2 26 Feb 07 jari 139         }
2 26 Feb 07 jari 140         else{
2 26 Feb 07 jari 141             for (int counter = 2*numClasses; counter < 3*numClasses; counter++) {
2 26 Feb 07 jari 142                 sb.append("Class "+(counter+1 - 2*numClasses));
2 26 Feb 07 jari 143                 sb.append("\t");
2 26 Feb 07 jari 144                 sb.append("# of Experiments in Class: "+clusters[counter].length);
2 26 Feb 07 jari 145                 sb.append("\n\t");
2 26 Feb 07 jari 146                 sb.append("% of Experiments in Class: "+Math.round((float)clusters[counter].length/(float)genes*100f)+"%");
2 26 Feb 07 jari 147                 sb.append("\n\n");
2 26 Feb 07 jari 148             }
2 26 Feb 07 jari 149             if (preSelectGenes) {
2 26 Feb 07 jari 150                 sb.append("alpha value =" + alpha);
2 26 Feb 07 jari 151                 
2 26 Feb 07 jari 152                 sb.append("\n\n");
2 26 Feb 07 jari 153                 sb.append("# of Genes: " + numberOfGenes);
2 26 Feb 07 jari 154                 sb.append("\n");
2 26 Feb 07 jari 155                 sb.append("# of Selected Genes: " + numUsedGenes);
2 26 Feb 07 jari 156                 sb.append("\n");
2 26 Feb 07 jari 157                 sb.append("# of Genes not Selected: " + numUnUsedGenes);
2 26 Feb 07 jari 158                 sb.append("\n");
2 26 Feb 07 jari 159             } else {
2 26 Feb 07 jari 160                 sb.append("No Gene Screening Applied");
2 26 Feb 07 jari 161             }
2 26 Feb 07 jari 162         }
2 26 Feb 07 jari 163         
2 26 Feb 07 jari 164         sb.append("\n");
2 26 Feb 07 jari 165         
2 26 Feb 07 jari 166         switch (algorithmSelection) {
2 26 Feb 07 jari 167             case 0:
2 26 Feb 07 jari 168                 sb.append("Classification Algorithm: A0");
2 26 Feb 07 jari 169                 break;
2 26 Feb 07 jari 170             case 1:
2 26 Feb 07 jari 171                 sb.append("Classification Algorithm: A1");
2 26 Feb 07 jari 172                 break;
2 26 Feb 07 jari 173             case 2:
2 26 Feb 07 jari 174                 sb.append("Classification Algorithm: A2");
2 26 Feb 07 jari 175                 break;
2 26 Feb 07 jari 176             case 3:
2 26 Feb 07 jari 177                 sb.append("Classification Algorithm: Initial Classification");
2 26 Feb 07 jari 178                 break;
2 26 Feb 07 jari 179             default:
2 26 Feb 07 jari 180                 break;
2 26 Feb 07 jari 181         }
2 26 Feb 07 jari 182         sb.append("\n");
2 26 Feb 07 jari 183         sb.append("\n");
2 26 Feb 07 jari 184         if (isPDA) {
2 26 Feb 07 jari 185             sb.append("Classification Method: PDA");
2 26 Feb 07 jari 186         } else {
2 26 Feb 07 jari 187             sb.append("Classification Method: QDA");
2 26 Feb 07 jari 188         }
2 26 Feb 07 jari 189         sb.append("\n\n");
2 26 Feb 07 jari 190         area.setText(sb.toString());
2 26 Feb 07 jari 191         area.setCaretPosition(0);
2 26 Feb 07 jari 192         return area;
2 26 Feb 07 jari 193     }
2 26 Feb 07 jari 194     
2 26 Feb 07 jari 195     /**
2 26 Feb 07 jari 196      * Synchronize content and header sizes.
2 26 Feb 07 jari 197      */
2 26 Feb 07 jari 198     private void setMaxWidth(JComponent content, JComponent header) {
2 26 Feb 07 jari 199         int c_width = content.getPreferredSize().width;
2 26 Feb 07 jari 200         int h_width = header.getPreferredSize().width;
2 26 Feb 07 jari 201         if (c_width > h_width) {
2 26 Feb 07 jari 202             header.setPreferredSize(new Dimension(c_width, header.getPreferredSize().height));
2 26 Feb 07 jari 203         } else {
2 26 Feb 07 jari 204             content.setPreferredSize(new Dimension(h_width, content.getPreferredSize().height));
2 26 Feb 07 jari 205         }
2 26 Feb 07 jari 206     }
2 26 Feb 07 jari 207 }
2 26 Feb 07 jari 208

Generated on Thu Jul 20 09:26:22 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)