mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dam/DAMInitDialog.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2005, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 *//* 
2 26 Feb 07 jari 5  * DAMInitDialog.java
2 26 Feb 07 jari 6  *
2 26 Feb 07 jari 7  */
2 26 Feb 07 jari 8
2 26 Feb 07 jari 9 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dam;
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 12 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 13 import java.awt.Font;
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.GridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.Toolkit;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.event.WindowAdapter;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.event.WindowEvent;
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.ButtonGroup;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JCheckBox;
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.swing.JLabel;
2 26 Feb 07 jari 25 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 26 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 27 import javax.swing.JRadioButton;
2 26 Feb 07 jari 28 import javax.swing.JTextField;
2 26 Feb 07 jari 29 import javax.swing.UIManager;
2 26 Feb 07 jari 30 import javax.swing.border.EtchedBorder;
2 26 Feb 07 jari 31 import javax.swing.border.TitledBorder;
2 26 Feb 07 jari 32
2 26 Feb 07 jari 33 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.AlgorithmDialog;
2 26 Feb 07 jari 34 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.DialogListener;
2 26 Feb 07 jari 35 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.SampleSelectionPanel;
2 26 Feb 07 jari 36 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.dialogHelpUtil.HelpWindow;
2 26 Feb 07 jari 37
2 26 Feb 07 jari 38 public class DAMInitDialog extends AlgorithmDialog {
2 26 Feb 07 jari 39     
2 26 Feb 07 jari 40     int result = JOptionPane.CANCEL_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 41
2 26 Feb 07 jari 42     boolean skipGeneScreeningStep = false;
2 26 Feb 07 jari 43     boolean skipCrossValidationStep = false; 
2 26 Feb 07 jari 44
2 26 Feb 07 jari 45     private SampleSelectionPanel sampleSelectionPanel;
2 26 Feb 07 jari 46     
2 26 Feb 07 jari 47     private JPanel assessPanel;
2 26 Feb 07 jari 48     private JPanel classPanel;
2 26 Feb 07 jari 49     private JPanel paramPanel;
2 26 Feb 07 jari 50     private JPanel processPanel;
2 26 Feb 07 jari 51     private JPanel assessSelectionPanel;
2 26 Feb 07 jari 52
2 26 Feb 07 jari 53     private JCheckBox geneScreenBox;
2 26 Feb 07 jari 54
2 26 Feb 07 jari 55     private JCheckBox validationCheckBox;
2 26 Feb 07 jari 56     private JRadioButton A0button;
2 26 Feb 07 jari 57     private JRadioButton A1button;
2 26 Feb 07 jari 58     private JRadioButton A2button;
2 26 Feb 07 jari 59    
2 26 Feb 07 jari 60     private JRadioButton PDAbutton;
2 26 Feb 07 jari 61     private JRadioButton QDAbutton;
2 26 Feb 07 jari 62
2 26 Feb 07 jari 63     private JTextField numClassesField;
2 26 Feb 07 jari 64     private JTextField kValueField;
2 26 Feb 07 jari 65     private JTextField alphaValueField;
2 26 Feb 07 jari 66     
2 26 Feb 07 jari 67     private ButtonGroup assessSelection;
2 26 Feb 07 jari 68     private ButtonGroup classSelection;
2 26 Feb 07 jari 69     
2 26 Feb 07 jari 70     private JLabel alphaValueLabel;
2 26 Feb 07 jari 71     
2 26 Feb 07 jari 72     private Listener listener;
2 26 Feb 07 jari 73     
2 26 Feb 07 jari 74     /** Creates new form SVMTrain_ClassifierSelectDialog */
2 26 Feb 07 jari 75     public DAMInitDialog(java.awt.Frame parent, boolean modal) {
2 26 Feb 07 jari 76         super(parent, "DAM Initialization" ,modal);
2 26 Feb 07 jari 77         listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 78                 
2 26 Feb 07 jari 79         initComponents();
2 26 Feb 07 jari 80         okButton.setText("Next");
2 26 Feb 07 jari 81         sampleSelectionPanel.setButtonText("Classify Genes", "Classify Experiments");
2 26 Feb 07 jari 82         sampleSelectionPanel.setClusterGenesSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 83         //sampleSelectionPanel.setClusterSamplesSelected(false);
2 26 Feb 07 jari 84         setActionListeners(listener);
2 26 Feb 07 jari 85        pack();
2 26 Feb 07 jari 86        setResizable(false);
2 26 Feb 07 jari 87     }
2 26 Feb 07 jari 88
2 26 Feb 07 jari 89     private void initComponents() {
2 26 Feb 07 jari 90         JPanel mainPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 91         mainPanel.setLayout(new java.awt.GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 92         mainPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 93         
2 26 Feb 07 jari 94         assessPanel = new JPanel(); 
2 26 Feb 07 jari 95         paramPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 96         assessSelectionPanel = new JPanel();        
2 26 Feb 07 jari 97
2 26 Feb 07 jari 98         A0button = new JRadioButton();
2 26 Feb 07 jari 99         A1button = new JRadioButton();
2 26 Feb 07 jari 100         A2button = new JRadioButton();    
2 26 Feb 07 jari 101 // NEW 06-16-2004
2 26 Feb 07 jari 102
2 26 Feb 07 jari 103         GridBagConstraints gbc1;
2 26 Feb 07 jari 104         
2 26 Feb 07 jari 105         setBackground(Color.lightGray);
2 26 Feb 07 jari 106         addWindowListener(new WindowAdapter() {
2 26 Feb 07 jari 107             public void windowClosing(WindowEvent evt) {
2 26 Feb 07 jari 108                 closeDialog(evt);
2 26 Feb 07 jari 109             }
2 26 Feb 07 jari 110         });
2 26 Feb 07 jari 111         
2 26 Feb 07 jari 112         sampleSelectionPanel = new SampleSelectionPanel(Color.white, UIManager.getColor("Label.foreground"),true,"Classification Selection");
2 26 Feb 07 jari 113         
2 26 Feb 07 jari 114         gbc1 = new java.awt.GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 115         gbc1.gridx = 0;
2 26 Feb 07 jari 116         gbc1.gridy = 0;
2 26 Feb 07 jari 117         gbc1.weightx = 1;
2 26 Feb 07 jari 118         gbc1.fill = java.awt.GridBagConstraints.HORIZONTAL;
2 26 Feb 07 jari 119         gbc1.insets = new java.awt.Insets(4, 0, 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 120         mainPanel.add(sampleSelectionPanel, gbc1);
2 26 Feb 07 jari 121         
2 26 Feb 07 jari 122 /*****/
2 26 Feb 07 jari 123         processPanel = new JPanel(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 124         processPanel.setBorder(new javax.swing.border.TitledBorder(new EtchedBorder(EtchedBorder.RAISED), "Data Screening", TitledBorder.DEFAULT_JUSTIFICATION, TitledBorder.DEFAULT_POSITION, new Font("Dialog", Font.BOLD, 12), Color.black));
2 26 Feb 07 jari 125         processPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 126         java.awt.GridBagConstraints gbc5;
2 26 Feb 07 jari 127
2 26 Feb 07 jari 128         
2 26 Feb 07 jari 129
2 26 Feb 07 jari 130         geneScreenBox = new JCheckBox("Enable Data Screening Step (ANOVA)", true);
2 26 Feb 07 jari 131         geneScreenBox.setHorizontalAlignment(JCheckBox.CENTER);
2 26 Feb 07 jari 132         geneScreenBox.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 133         geneScreenBox.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 134         geneScreenBox.setForeground(UIManager.getColor("Label.foreground"));
2 26 Feb 07 jari 135         geneScreenBox.setActionCommand("screen-data-command");
2 26 Feb 07 jari 136         geneScreenBox.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 137         gbc5 = new java.awt.GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 138   gbc5.gridx = 0;
2 26 Feb 07 jari 139   gbc5.gridy = 0;
2 26 Feb 07 jari 140   gbc5.insets = new java.awt.Insets(0, 0, 10, 0);
2 26 Feb 07 jari 141         gbc5.fill = GridBagConstraints.BOTH;   
2 26 Feb 07 jari 142   gbc5.gridwidth = 2;
2 26 Feb 07 jari 143         gbc5.weightx = 1.0;                 
2 26 Feb 07 jari 144       processPanel.add(geneScreenBox, gbc5);
2 26 Feb 07 jari 145         
2 26 Feb 07 jari 146         alphaValueLabel = new JLabel("Alpha Value");
2 26 Feb 07 jari 147         alphaValueLabel.setHorizontalAlignment(JLabel.RIGHT);        
2 26 Feb 07 jari 148         gbc5 = new java.awt.GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 149         gbc5.gridx = 0;
2 26 Feb 07 jari 150         gbc5.gridy = 1;
2 26 Feb 07 jari 151         gbc5.fill = GridBagConstraints.BOTH;   
2 26 Feb 07 jari 152         gbc5.insets = new java.awt.Insets(0, 0, 10, 0);
2 26 Feb 07 jari 153         gbc5.weightx = 1.0;             
2 26 Feb 07 jari 154         processPanel.add(alphaValueLabel, gbc5);
2 26 Feb 07 jari 155         
2 26 Feb 07 jari 156         alphaValueField = new JTextField("0.05", 8);
2 26 Feb 07 jari 157         alphaValueField.setHorizontalAlignment(JLabel.LEFT);
2 26 Feb 07 jari 158         gbc5 = new java.awt.GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 159         gbc5.gridx = 1;
2 26 Feb 07 jari 160         gbc5.gridy = 1;   
2 26 Feb 07 jari 161         gbc5.insets = new java.awt.Insets(0, 0, 10, 40);
2 26 Feb 07 jari 162         gbc5.weightx = 1.0;             
2 26 Feb 07 jari 163         processPanel.add(alphaValueField, gbc5);
2 26 Feb 07 jari 164
2 26 Feb 07 jari 165         
2 26 Feb 07 jari 166         gbc1 = new java.awt.GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 167         gbc1.gridx = 0;
2 26 Feb 07 jari 168         gbc1.gridy = 1;
2 26 Feb 07 jari 169         gbc1.fill = GridBagConstraints.HORIZONTAL;
2 26 Feb 07 jari 170         mainPanel.add(processPanel, gbc1);
2 26 Feb 07 jari 171
2 26 Feb 07 jari 172 /****/
2 26 Feb 07 jari 173    
2 26 Feb 07 jari 174         classSelection = new ButtonGroup();        
2 26 Feb 07 jari 175         classPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 176         PDAbutton = new JRadioButton();
2 26 Feb 07 jari 177         QDAbutton = new JRadioButton();
2 26 Feb 07 jari 178         classPanel.setLayout(new java.awt.GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 179         java.awt.GridBagConstraints gbc3;
2 26 Feb 07 jari 180         
2 26 Feb 07 jari 181         classPanel.setBorder(new javax.swing.border.TitledBorder(new EtchedBorder(EtchedBorder.RAISED), "Classification Algorithm Selection", TitledBorder.DEFAULT_JUSTIFICATION, TitledBorder.DEFAULT_POSITION, new Font("Dialog", Font.BOLD, 12), Color.black));
2 26 Feb 07 jari 182         classPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 183         PDAbutton.setToolTipText("Polychotomous Discrimination Algorithm");
2 26 Feb 07 jari 184         PDAbutton.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 185         PDAbutton.setText("PDA");        
2 26 Feb 07 jari 186         PDAbutton.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 187         PDAbutton.setHorizontalAlignment(JRadioButton.CENTER);
2 26 Feb 07 jari 188         classSelection.add(PDAbutton);
2 26 Feb 07 jari 189         PDAbutton.setForeground(UIManager.getColor("Label.foreground"));
2 26 Feb 07 jari 190         PDAbutton.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 191
2 26 Feb 07 jari 192         gbc3 = new java.awt.GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 193         gbc3.gridx = 0;
2 26 Feb 07 jari 194         gbc3.gridy = 0;
2 26 Feb 07 jari 195         gbc3.fill = GridBagConstraints.BOTH;   
2 26 Feb 07 jari 196         gbc3.insets = new java.awt.Insets(10, 0, 10, 0);
2 26 Feb 07 jari 197         gbc3.weightx = 1.0;             
2 26 Feb 07 jari 198         classPanel.add(PDAbutton, gbc3);
2 26 Feb 07 jari 199         
2 26 Feb 07 jari 200         QDAbutton.setToolTipText("Quadratic Discriminant Analysis Algorithm");
2 26 Feb 07 jari 201         QDAbutton.setText("QDA");
2 26 Feb 07 jari 202         QDAbutton.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 203         QDAbutton.setForeground(UIManager.getColor("Label.foreground"));
2 26 Feb 07 jari 204         QDAbutton.setHorizontalAlignment(JRadioButton.CENTER);
2 26 Feb 07 jari 205         classSelection.add(QDAbutton);
2 26 Feb 07 jari 206         QDAbutton.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 207         gbc3 = new java.awt.GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 208         gbc3.gridx = 1;
2 26 Feb 07 jari 209         gbc3.gridy = 0;
2 26 Feb 07 jari 210         gbc3.fill = GridBagConstraints.BOTH;   
2 26 Feb 07 jari 211         gbc3.insets = new java.awt.Insets(10, 0, 10, 0);
2 26 Feb 07 jari 212         gbc3.weightx = 1.0;             
2 26 Feb 07 jari 213         classPanel.add(QDAbutton, gbc3);
2 26 Feb 07 jari 214
2 26 Feb 07 jari 215         gbc1 = new java.awt.GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 216         gbc1.gridx = 0;
2 26 Feb 07 jari 217         gbc1.gridy = 2;
2 26 Feb 07 jari 218         gbc1.fill = GridBagConstraints.HORIZONTAL;
2 26 Feb 07 jari 219         mainPanel.add(classPanel, gbc1);
2 26 Feb 07 jari 220       
2 26 Feb 07 jari 221 /******/
2 26 Feb 07 jari 222
2 26 Feb 07 jari 223         paramPanel.setLayout(new java.awt.GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 224         paramPanel.setBorder(new javax.swing.border.TitledBorder(new EtchedBorder(EtchedBorder.RAISED), "DAM Classification Parameters", TitledBorder.DEFAULT_JUSTIFICATION, TitledBorder.DEFAULT_POSITION, new Font("Dialog", Font.BOLD, 12), Color.black));
2 26 Feb 07 jari 225         paramPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 226         java.awt.GridBagConstraints gbc4;
2 26 Feb 07 jari 227
2 26 Feb 07 jari 228         JLabel numClassesLabel = new JLabel("Number of Classes");
2 26 Feb 07 jari 229         numClassesLabel.setHorizontalAlignment(JLabel.RIGHT);
2 26 Feb 07 jari 230         paramPanel.add(numClassesLabel);
2 26 Feb 07 jari 231         gbc4 = new java.awt.GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 232         gbc4.gridx = 0;
2 26 Feb 07 jari 233         gbc4.gridy = 0;
2 26 Feb 07 jari 234         gbc4.fill = GridBagConstraints.BOTH;   
2 26 Feb 07 jari 235         gbc4.insets = new java.awt.Insets(0, 0, 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 236         gbc4.weightx = 1.0;             
2 26 Feb 07 jari 237         paramPanel.add(numClassesLabel, gbc4);
2 26 Feb 07 jari 238         
2 26 Feb 07 jari 239         numClassesField = new JTextField("3", 8);
2 26 Feb 07 jari 240         paramPanel.add(numClassesField);      
2 26 Feb 07 jari 241         gbc4 = new java.awt.GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 242         gbc4.gridx = 1;
2 26 Feb 07 jari 243         gbc4.gridy = 0;
2 26 Feb 07 jari 244         gbc4.insets = new java.awt.Insets(0, 0, 0, 40);
2 26 Feb 07 jari 245         gbc4.weightx = 1.0;             
2 26 Feb 07 jari 246         paramPanel.add(numClassesField, gbc4);
2 26 Feb 07 jari 247
2 26 Feb 07 jari 248         JLabel kValueLabel = new JLabel("Number Of Components");
2 26 Feb 07 jari 249         kValueLabel.setHorizontalAlignment(JLabel.RIGHT);
2 26 Feb 07 jari 250         gbc4 = new java.awt.GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 251         gbc4.gridx = 0;
2 26 Feb 07 jari 252         gbc4.gridy = 1;
2 26 Feb 07 jari 253         gbc4.fill = GridBagConstraints.BOTH;   
2 26 Feb 07 jari 254         gbc4.insets = new java.awt.Insets(10, 0, 10, 0);
2 26 Feb 07 jari 255         gbc4.weightx = 1.0;             
2 26 Feb 07 jari 256         paramPanel.add(kValueLabel, gbc4);
2 26 Feb 07 jari 257         
2 26 Feb 07 jari 258         kValueField = new JTextField("3", 8);   
2 26 Feb 07 jari 259         kValueField.setHorizontalAlignment(JTextField.LEFT);
2 26 Feb 07 jari 260         gbc4 = new java.awt.GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 261         gbc4.gridx = 1;
2 26 Feb 07 jari 262         gbc4.gridy = 1;
2 26 Feb 07 jari 263         gbc4.insets = new java.awt.Insets(10, 0, 10, 40);
2 26 Feb 07 jari 264         gbc4.weightx = 1.0;             
2 26 Feb 07 jari 265         paramPanel.add(kValueField, gbc4);
2 26 Feb 07 jari 266
2 26 Feb 07 jari 267         gbc1 = new java.awt.GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 268         gbc1.gridx = 0;
2 26 Feb 07 jari 269         gbc1.gridy = 3;
2 26 Feb 07 jari 270         gbc1.fill = GridBagConstraints.HORIZONTAL;
2 26 Feb 07 jari 271         mainPanel.add(paramPanel, gbc1);
2 26 Feb 07 jari 272
2 26 Feb 07 jari 273 /*****/       
2 26 Feb 07 jari 274         assessSelection = new ButtonGroup();        
2 26 Feb 07 jari 275
2 26 Feb 07 jari 276         assessSelectionPanel.setLayout(new java.awt.GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 277         java.awt.GridBagConstraints gbc2;
2 26 Feb 07 jari 278         
2 26 Feb 07 jari 279         assessSelectionPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 280
2 26 Feb 07 jari 281 // NEW 06-16-2004
2 26 Feb 07 jari 282
2 26 Feb 07 jari 283    /*     A3button.setToolTipText("Initial Classification");
2 26 Feb 07 jari 284         A3button.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 285         A3button.setText("Initial Classification");
2 26 Feb 07 jari 286         A3button.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 287         assessSelection.add(A3button);
2 26 Feb 07 jari 288         A3button.setForeground(UIManager.getColor("Label.foreground"));
2 26 Feb 07 jari 289         A3button.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 290         gbc2 = new java.awt.GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 291         gbc2.gridx = 0;
2 26 Feb 07 jari 292         gbc2.gridy = 1;
2 26 Feb 07 jari 293         gbc2.fill = GridBagConstraints.BOTH;   
2 26 Feb 07 jari 294         gbc2.insets = new java.awt.Insets(0, 40, 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 295   gbc2.gridwidth = 1;
2 26 Feb 07 jari 296   gbc2.gridheight = 1;
2 26 Feb 07 jari 297         gbc2.weightx = 1.0;     
2 26 Feb 07 jari 298     */    
2 26 Feb 07 jari 299         
2 26 Feb 07 jari 300         validationCheckBox = new JCheckBox("Enable Validation", false);
2 26 Feb 07 jari 301         validationCheckBox.setOpaque(true);
2 26 Feb 07 jari 302         validationCheckBox.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 303         validationCheckBox.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 304         validationCheckBox.setHorizontalAlignment(JCheckBox.CENTER);
2 26 Feb 07 jari 305         validationCheckBox.setActionCommand("validation-command");
2 26 Feb 07 jari 306         validationCheckBox.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 307         assessSelectionPanel.add(validationCheckBox, new GridBagConstraints(0,0,3,1, 1, 1, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(5,0,5,0), 0, 0));
2 26 Feb 07 jari 308         
2 26 Feb 07 jari 309         
2 26 Feb 07 jari 310         
2 26 Feb 07 jari 311       //  assessSelectionPanel.add(A3button, gbc2);
2 26 Feb 07 jari 312
2 26 Feb 07 jari 313         A0button.setToolTipText("A0 Assessment Algorithm");
2 26 Feb 07 jari 314         A0button.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 315         A0button.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 316         A0button.setText("A0");
2 26 Feb 07 jari 317         A0button.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 318         assessSelection.add(A0button);
2 26 Feb 07 jari 319         A0button.setForeground(UIManager.getColor("Label.foreground"));
2 26 Feb 07 jari 320         A0button.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 321         gbc2 = new java.awt.GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 322         gbc2.gridx = 0;
2 26 Feb 07 jari 323         gbc2.gridy = 1;
2 26 Feb 07 jari 324         gbc2.fill = GridBagConstraints.BOTH;   
2 26 Feb 07 jari 325         gbc2.insets = new java.awt.Insets(0, 40, 10, 0);
2 26 Feb 07 jari 326   gbc2.gridwidth = 1;
2 26 Feb 07 jari 327   gbc2.gridheight = 1;
2 26 Feb 07 jari 328         gbc2.weightx = 1.0;     
2 26 Feb 07 jari 329         
2 26 Feb 07 jari 330         assessSelectionPanel.add(A0button, gbc2);
2 26 Feb 07 jari 331         
2 26 Feb 07 jari 332         A1button.setToolTipText("A1 Assessment Algorithm");
2 26 Feb 07 jari 333         A1button.setText("A1");
2 26 Feb 07 jari 334         A1button.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 335         A1button.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 336         assessSelection.add(A1button);
2 26 Feb 07 jari 337         A1button.setForeground(UIManager.getColor("Label.foreground"));
2 26 Feb 07 jari 338         A1button.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 339         gbc2 = new java.awt.GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 340         gbc2.gridx = 1;
2 26 Feb 07 jari 341         gbc2.gridy = 1;
2 26 Feb 07 jari 342         gbc2.fill = GridBagConstraints.BOTH;   
2 26 Feb 07 jari 343         gbc2.insets = new java.awt.Insets(0, 30, 10, 0);
2 26 Feb 07 jari 344   gbc2.gridwidth = 1;
2 26 Feb 07 jari 345   gbc2.gridheight = 1;
2 26 Feb 07 jari 346         gbc2.weightx = 1.0;     
2 26 Feb 07 jari 347         
2 26 Feb 07 jari 348         assessSelectionPanel.add(A1button, gbc2);
2 26 Feb 07 jari 349         
2 26 Feb 07 jari 350         A2button.setToolTipText("A2 Assessment Algorithm");
2 26 Feb 07 jari 351         A2button.setText("A2");
2 26 Feb 07 jari 352         A2button.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 353         A2button.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 354         assessSelection.add(A2button);
2 26 Feb 07 jari 355         A2button.setForeground(UIManager.getColor("Label.foreground"));
2 26 Feb 07 jari 356         A2button.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 357         gbc2 = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 358         gbc2.gridx = 2;
2 26 Feb 07 jari 359         gbc2.gridy = 1;
2 26 Feb 07 jari 360         gbc2.fill = GridBagConstraints.BOTH;   
2 26 Feb 07 jari 361         gbc2.insets = new java.awt.Insets(0, 30, 10, 0);
2 26 Feb 07 jari 362   gbc2.gridwidth = 1;
2 26 Feb 07 jari 363   gbc2.gridheight = 1;
2 26 Feb 07 jari 364         gbc2.weightx = 1.0;             
2 26 Feb 07 jari 365
2 26 Feb 07 jari 366         assessSelectionPanel.add(A2button, gbc2);
2 26 Feb 07 jari 367
2 26 Feb 07 jari 368
2 26 Feb 07 jari 369         assessPanel.setLayout(new java.awt.GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 370         java.awt.GridBagConstraints gbc6;
2 26 Feb 07 jari 371
2 26 Feb 07 jari 372         assessPanel.setBorder(new javax.swing.border.TitledBorder(new EtchedBorder(EtchedBorder.RAISED), "Validation Selection", TitledBorder.DEFAULT_JUSTIFICATION, TitledBorder.DEFAULT_POSITION, new Font("Dialog", Font.BOLD, 12), Color.black));
2 26 Feb 07 jari 373         assessPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 374
2 26 Feb 07 jari 375         assessSelectionPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 376         assessSelectionPanel.setForeground(UIManager.getColor("Label.foreground"));
2 26 Feb 07 jari 377         gbc6 = new java.awt.GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 378         gbc6.gridx = 0;
2 26 Feb 07 jari 379         gbc6.gridy = 0;
2 26 Feb 07 jari 380         gbc6.fill = GridBagConstraints.BOTH;   
2 26 Feb 07 jari 381         gbc6.weightx = 1.0;     
2 26 Feb 07 jari 382         
2 26 Feb 07 jari 383         assessPanel.add(assessSelectionPanel, gbc6);
2 26 Feb 07 jari 384
2 26 Feb 07 jari 385 /*
2 26 Feb 07 jari 386         skipCrossValBox = new JCheckBox("Skip Cross Validation step (LOOCV)");
2 26 Feb 07 jari 387         skipCrossValBox.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 388         skipCrossValBox.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 389         skipCrossValBox.setForeground(UIManager.getColor("Label.foreground"));
2 26 Feb 07 jari 390         skipCrossValBox.setHorizontalAlignment(javax.swing.SwingConstants.LEFT);
2 26 Feb 07 jari 391
2 26 Feb 07 jari 392   gbc6 = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 393   gbc6.gridx = 0;
2 26 Feb 07 jari 394   gbc6.gridy = 1;
2 26 Feb 07 jari 395         gbc6.fill = GridBagConstraints.BOTH;   
2 26 Feb 07 jari 396   gbc6.insets = new java.awt.Insets(0, 40, 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 397         gbc6.weightx = 1.0;             
2 26 Feb 07 jari 398   assessPanel.add(skipCrossValBox, gbc6);
2 26 Feb 07 jari 399 */
2 26 Feb 07 jari 400
2 26 Feb 07 jari 401         gbc1 = new java.awt.GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 402         gbc1.gridx = 0;
2 26 Feb 07 jari 403         gbc1.gridy = 4;
2 26 Feb 07 jari 404         gbc1.fill = GridBagConstraints.HORIZONTAL;
2 26 Feb 07 jari 405         mainPanel.add(assessPanel, gbc1);
2 26 Feb 07 jari 406
2 26 Feb 07 jari 407         addContent(mainPanel);
2 26 Feb 07 jari 408     }
2 26 Feb 07 jari 409     
2 26 Feb 07 jari 410     /** Closes the dialog */
2 26 Feb 07 jari 411     private void closeDialog(WindowEvent evt) {
2 26 Feb 07 jari 412         setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 413         dispose();
2 26 Feb 07 jari 414     }
2 26 Feb 07 jari 415     
2 26 Feb 07 jari 416     /**
2 26 Feb 07 jari 417      * Returns true if gene DAM's are to be evaluated
2 26 Feb 07 jari 418      */
2 26 Feb 07 jari 419     public boolean isEvaluateGenesSelected(){
2 26 Feb 07 jari 420         return sampleSelectionPanel.isClusterGenesSelected();
2 26 Feb 07 jari 421     }
2 26 Feb 07 jari 422     
2 26 Feb 07 jari 423     /**
2 26 Feb 07 jari 424      *  Returns a constant indicating which SVM process to run
2 26 Feb 07 jari 425      *  Train and classify, train only, classify only
2 26 Feb 07 jari 426      */
2 26 Feb 07 jari 427     public int getAssessmentSelection(){
2 26 Feb 07 jari 428         //if validation is not selected return A3 indicating only initial classification
2 26 Feb 07 jari 429         if(!this.validationCheckBox.isSelected())
2 26 Feb 07 jari 430             return DAMGUI.A3;
2 26 Feb 07 jari 431         
2 26 Feb 07 jari 432         if(this.A2button.isSelected())
2 26 Feb 07 jari 433             return DAMGUI.A2;
2 26 Feb 07 jari 434         else if(this.A1button.isSelected())
2 26 Feb 07 jari 435             return DAMGUI.A1;
2 26 Feb 07 jari 436         else  if (this.A0button.isSelected())
2 26 Feb 07 jari 437             return DAMGUI.A0;
2 26 Feb 07 jari 438         else 
2 26 Feb 07 jari 439             return DAMGUI.A3;
2 26 Feb 07 jari 440     }
2 26 Feb 07 jari 441
2 26 Feb 07 jari 442
2 26 Feb 07 jari 443     /**
2 26 Feb 07 jari 444      */
2 26 Feb 07 jari 445     public boolean isPDASelected(){
2 26 Feb 07 jari 446         if (this.PDAbutton.isSelected()) 
2 26 Feb 07 jari 447              return true;
2 26 Feb 07 jari 448         else 
2 26 Feb 07 jari 449              return false;
2 26 Feb 07 jari 450     }
2 26 Feb 07 jari 451     
2 26 Feb 07 jari 452     public int getNumClasses() {
2 26 Feb 07 jari 453         String s = numClassesField.getText();
2 26 Feb 07 jari 454         return Integer.parseInt(s);
2 26 Feb 07 jari 455     }
2 26 Feb 07 jari 456    
2 26 Feb 07 jari 457     public int getKValue() {
2 26 Feb 07 jari 458         String s = kValueField.getText();
2 26 Feb 07 jari 459         return Integer.parseInt(s);
2 26 Feb 07 jari 460     }
2 26 Feb 07 jari 461    
2 26 Feb 07 jari 462     public double getAlphaValue() {
2 26 Feb 07 jari 463         String s = alphaValueField.getText();
2 26 Feb 07 jari 464         return Double.parseDouble(s);
2 26 Feb 07 jari 465     }
2 26 Feb 07 jari 466    
2 26 Feb 07 jari 467
2 26 Feb 07 jari 468     /**
2 26 Feb 07 jari 469      * Returns boolean selection for calculating HCL on SVM results
2 26 Feb 07 jari 470      */
2 26 Feb 07 jari 471      /*
2 26 Feb 07 jari 472     public boolean getHCLSelection(){
2 26 Feb 07 jari 473         return hclOpsPanel.isHCLSelected();
2 26 Feb 07 jari 474     }
2 26 Feb 07 jari 475     */
2 26 Feb 07 jari 476     
2 26 Feb 07 jari 477     public int showModal() {
2 26 Feb 07 jari 478         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
2 26 Feb 07 jari 479         setLocation((screenSize.width - getSize().width)/2, (screenSize.height - getSize().height)/2);
2 26 Feb 07 jari 480         show();
2 26 Feb 07 jari 481         return result;
2 26 Feb 07 jari 482     }
2 26 Feb 07 jari 483     
2 26 Feb 07 jari 484     
2 26 Feb 07 jari 485     
2 26 Feb 07 jari 486      public void resetControls(){
2 26 Feb 07 jari 487         geneScreenBox.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 488         this.alphaValueLabel.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 489         this.alphaValueField.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 490
2 26 Feb 07 jari 491         sampleSelectionPanel.setClusterGenesSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 492         validationCheckBox.setSelected(false);
2 26 Feb 07 jari 493         A0button.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 494         A1button.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 495         A2button.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 496         
2 26 Feb 07 jari 497         PDAbutton.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 498         numClassesField.setText("3");
2 26 Feb 07 jari 499         kValueField.setText("3");
2 26 Feb 07 jari 500         alphaValueField.setText("0.05");
2 26 Feb 07 jari 501         skipGeneScreeningStep = false;                 
2 26 Feb 07 jari 502         skipCrossValidationStep = false;                                 
2 26 Feb 07 jari 503         geneScreenBox.setSelected(true);  
2 26 Feb 07 jari 504           
2 26 Feb 07 jari 505     }
2 26 Feb 07 jari 506    
2 26 Feb 07 jari 507     /**
2 26 Feb 07 jari 508      * @param args the command line arguments
2 26 Feb 07 jari 509      */
2 26 Feb 07 jari 510     public static void main(String args[]) {
2 26 Feb 07 jari 511         new DAMInitDialog(new javax.swing.JFrame(), true).show();
2 26 Feb 07 jari 512         System.exit(0);
2 26 Feb 07 jari 513     }
2 26 Feb 07 jari 514     
2 26 Feb 07 jari 515       
2 26 Feb 07 jari 516     public boolean getSkipGeneSelectionValue() {
2 26 Feb 07 jari 517         return !geneScreenBox.isSelected();
2 26 Feb 07 jari 518     }
2 26 Feb 07 jari 519     
2 26 Feb 07 jari 520 /*
2 26 Feb 07 jari 521     public boolean getSkipLOOCVValue() {
2 26 Feb 07 jari 522         return skipCrossValBox.isSelected();
2 26 Feb 07 jari 523     }
2 26 Feb 07 jari 524 */
2 26 Feb 07 jari 525     
2 26 Feb 07 jari 526     private class Listener extends DialogListener {
2 26 Feb 07 jari 527         
2 26 Feb 07 jari 528         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 529             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 530             if (command.equals("ok-command")) {
2 26 Feb 07 jari 531                     result = JOptionPane.OK_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 532                 dispose();
2 26 Feb 07 jari 533             } else if (command.equals("cancel-command")) {
2 26 Feb 07 jari 534                 result = JOptionPane.CANCEL_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 535                 dispose();
2 26 Feb 07 jari 536             } else if (command.equals("reset-command")){
2 26 Feb 07 jari 537                 resetControls(); 
2 26 Feb 07 jari 538             } else if (command.equals("screen-data-command")) {
2 26 Feb 07 jari 539                 alphaValueField.setEnabled(geneScreenBox.isSelected());
2 26 Feb 07 jari 540                 alphaValueLabel.setEnabled(geneScreenBox.isSelected());
2 26 Feb 07 jari 541             } else if (command.equals("validation-command")) {
2 26 Feb 07 jari 542                 A0button.setEnabled(validationCheckBox.isSelected());
2 26 Feb 07 jari 543                 A1button.setEnabled(validationCheckBox.isSelected());
2 26 Feb 07 jari 544                 A2button.setEnabled(validationCheckBox.isSelected());
2 26 Feb 07 jari 545             } else if (command.equals("info-command")){
2 26 Feb 07 jari 546                HelpWindow hw = new HelpWindow(DAMInitDialog.this, "DAM Initialization Dialog");
2 26 Feb 07 jari 547                 if(hw.getWindowContent()){
2 26 Feb 07 jari 548                     hw.setSize(450,650);
2 26 Feb 07 jari 549                     hw.setLocation();
2 26 Feb 07 jari 550                     hw.show();
2 26 Feb 07 jari 551                 }
2 26 Feb 07 jari 552                 else {
2 26 Feb 07 jari 553                     hw.setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 554                     hw.dispose();
2 26 Feb 07 jari 555                 }   
2 26 Feb 07 jari 556             }
2 26 Feb 07 jari 557             
2 26 Feb 07 jari 558         }
2 26 Feb 07 jari 559         
2 26 Feb 07 jari 560         public void windowClosing(WindowEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 561             result = JOptionPane.CLOSED_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 562             dispose();
2 26 Feb 07 jari 563         }
2 26 Feb 07 jari 564         
2 26 Feb 07 jari 565     }
2 26 Feb 07 jari 566     
2 26 Feb 07 jari 567 }
2 26 Feb 07 jari 568

Generated on Thu Jul 20 09:26:22 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)