mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dam/DAMProcessInitDialog.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2005, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * DAMProcessInitDialog.java
2 26 Feb 07 jari 7  *
2 26 Feb 07 jari 8  */
2 26 Feb 07 jari 9
2 26 Feb 07 jari 10 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dam;
2 26 Feb 07 jari 11
2 26 Feb 07 jari 12 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 13 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Font;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.GridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.Toolkit;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.event.ItemEvent;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.event.ItemListener;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.event.WindowAdapter;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.event.WindowEvent;
2 26 Feb 07 jari 23
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.swing.ButtonGroup;
2 26 Feb 07 jari 25 import javax.swing.JCheckBox;
2 26 Feb 07 jari 26 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 27 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 28 import javax.swing.JRadioButton;
2 26 Feb 07 jari 29 import javax.swing.UIManager;
2 26 Feb 07 jari 30 import javax.swing.border.EtchedBorder;
2 26 Feb 07 jari 31 import javax.swing.border.TitledBorder;
2 26 Feb 07 jari 32
2 26 Feb 07 jari 33 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.AlgorithmDialog;
2 26 Feb 07 jari 34 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.DialogListener;
2 26 Feb 07 jari 35 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.SampleSelectionPanel;
2 26 Feb 07 jari 36 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.dialogHelpUtil.HelpWindow;
2 26 Feb 07 jari 37
2 26 Feb 07 jari 38 public class DAMProcessInitDialog extends AlgorithmDialog {
2 26 Feb 07 jari 39     
2 26 Feb 07 jari 40     int result = JOptionPane.CANCEL_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 41   boolean skipGeneScreeningStep = false;
2 26 Feb 07 jari 42   boolean skipCrossValidationStep = false;        
2 26 Feb 07 jari 43     private SampleSelectionPanel sampleSelectionPanel;
2 26 Feb 07 jari 44     
2 26 Feb 07 jari 45     private JPanel processPanel;
2 26 Feb 07 jari 46     private JPanel KPanel;
2 26 Feb 07 jari 47     private JRadioButton defKbutton;
2 26 Feb 07 jari 48     private JRadioButton calcKbutton;
2 26 Feb 07 jari 49     private JCheckBox skipGeneScreenBox;
2 26 Feb 07 jari 50     private JCheckBox skipCrossValBox;
2 26 Feb 07 jari 51     
2 26 Feb 07 jari 52     private ButtonGroup Kselection;
2 26 Feb 07 jari 53     
2 26 Feb 07 jari 54     
2 26 Feb 07 jari 55     /** Creates new form SVMTrain_ClassifierSelectDialog */
2 26 Feb 07 jari 56     public DAMProcessInitDialog(java.awt.Frame parent, boolean modal) {
2 26 Feb 07 jari 57         super(parent, "DAM Process Initialization" ,modal);
2 26 Feb 07 jari 58
2 26 Feb 07 jari 59         okButton.setText("Next");
2 26 Feb 07 jari 60
2 26 Feb 07 jari 61         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 62         initComponents(listener);        
2 26 Feb 07 jari 63         setActionListeners(listener);
2 26 Feb 07 jari 64          
2 26 Feb 07 jari 65        pack();
2 26 Feb 07 jari 66        setResizable(false);
2 26 Feb 07 jari 67     }
2 26 Feb 07 jari 68
2 26 Feb 07 jari 69     private void initComponents(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 70         JPanel mainPanel = new JPanel(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 71         mainPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 72          
2 26 Feb 07 jari 73         setBackground(Color.lightGray);
2 26 Feb 07 jari 74         addWindowListener(new WindowAdapter() {
2 26 Feb 07 jari 75             public void windowClosing(WindowEvent evt) {
2 26 Feb 07 jari 76                 closeDialog(evt);
2 26 Feb 07 jari 77             }
2 26 Feb 07 jari 78         });
2 26 Feb 07 jari 79         
2 26 Feb 07 jari 80        
2 26 Feb 07 jari 81         processPanel = new JPanel(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 82         processPanel.setBorder(new javax.swing.border.TitledBorder(new EtchedBorder(EtchedBorder.RAISED), "DAM Process Selection", TitledBorder.DEFAULT_JUSTIFICATION, TitledBorder.DEFAULT_POSITION, new Font("Dialog", Font.BOLD, 12), Color.black));
2 26 Feb 07 jari 83         processPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 84         
2 26 Feb 07 jari 85         skipGeneScreenBox = new JCheckBox("Skip Gene Screening step (ANOVA)");
2 26 Feb 07 jari 86         skipGeneScreenBox.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 87         skipGeneScreenBox.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 88         skipGeneScreenBox.setForeground(UIManager.getColor("Label.foreground"));
2 26 Feb 07 jari 89         skipGeneScreenBox.addItemListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 90   
2 26 Feb 07 jari 91         GridBagConstraints gbc1 = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 92   gbc1.gridx = 0;
2 26 Feb 07 jari 93   gbc1.gridy = 0;
2 26 Feb 07 jari 94   gbc1.weightx = 1;
2 26 Feb 07 jari 95   gbc1.fill = GridBagConstraints.HORIZONTAL;
2 26 Feb 07 jari 96   gbc1.insets = new java.awt.Insets(0, 60, 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 97         gbc1.fill = GridBagConstraints.BOTH;   
2 26 Feb 07 jari 98         gbc1.weightx = 1.0;                 
2 26 Feb 07 jari 99       processPanel.add(skipGeneScreenBox, gbc1);
2 26 Feb 07 jari 100           
2 26 Feb 07 jari 101         skipCrossValBox = new JCheckBox("Skip Cross Validation step (LOOCV)");
2 26 Feb 07 jari 102         skipCrossValBox.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 103         skipCrossValBox.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 104         skipCrossValBox.setForeground(UIManager.getColor("Label.foreground"));
2 26 Feb 07 jari 105         skipCrossValBox.addItemListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 106
2 26 Feb 07 jari 107   gbc1 = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 108   gbc1.gridx = 0;
2 26 Feb 07 jari 109   gbc1.gridy = 1;
2 26 Feb 07 jari 110   gbc1.weightx = 1;
2 26 Feb 07 jari 111         gbc1.fill = GridBagConstraints.BOTH;   
2 26 Feb 07 jari 112   gbc1.insets = new java.awt.Insets(0, 60, 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 113         gbc1.weightx = 1.0;             
2 26 Feb 07 jari 114   processPanel.add(skipCrossValBox, gbc1);
2 26 Feb 07 jari 115         
2 26 Feb 07 jari 116         KPanel = new JPanel(new GridBagLayout()); 
2 26 Feb 07 jari 117         KPanel.setBorder(new javax.swing.border.TitledBorder(new EtchedBorder(EtchedBorder.RAISED), "Determining K value", TitledBorder.DEFAULT_JUSTIFICATION, TitledBorder.DEFAULT_POSITION, new Font("Dialog", Font.BOLD, 12), Color.black));
2 26 Feb 07 jari 118         KPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 119
2 26 Feb 07 jari 120         Kselection = new ButtonGroup();                
2 26 Feb 07 jari 121         defKbutton = new JRadioButton();
2 26 Feb 07 jari 122         calcKbutton = new JRadioButton();
2 26 Feb 07 jari 123
2 26 Feb 07 jari 124         defKbutton.setToolTipText("Use default K = 3");
2 26 Feb 07 jari 125         defKbutton.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 126         defKbutton.setText("Default");
2 26 Feb 07 jari 127         defKbutton.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 128         defKbutton.setForeground(UIManager.getColor("Label.foreground"));
2 26 Feb 07 jari 129         Kselection.add(defKbutton);
2 26 Feb 07 jari 130         defKbutton.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 131         GridBagConstraints gbc2 = new java.awt.GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 132         gbc2.gridx = 0;
2 26 Feb 07 jari 133         gbc2.gridy = 0;
2 26 Feb 07 jari 134         gbc2.fill = GridBagConstraints.BOTH;   
2 26 Feb 07 jari 135   gbc2.insets = new java.awt.Insets(0, 40, 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 136         gbc2.weightx = 1.0;                     
2 26 Feb 07 jari 137         KPanel.add(defKbutton, gbc2);
2 26 Feb 07 jari 138
2 26 Feb 07 jari 139         calcKbutton.setToolTipText("Calculate optimum K from loaded data");
2 26 Feb 07 jari 140         calcKbutton.setText("Calculate");
2 26 Feb 07 jari 141         calcKbutton.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 142         calcKbutton.setForeground(UIManager.getColor("Label.foreground"));
2 26 Feb 07 jari 143         Kselection.add(calcKbutton);
2 26 Feb 07 jari 144         calcKbutton.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 145         gbc2 = new java.awt.GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 146         gbc2.gridx = 1;
2 26 Feb 07 jari 147         gbc2.gridy = 0;
2 26 Feb 07 jari 148         gbc2.fill = GridBagConstraints.BOTH;   
2 26 Feb 07 jari 149   gbc2.insets = new java.awt.Insets(0, 40, 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 150         gbc2.weightx = 1.0;                     
2 26 Feb 07 jari 151         KPanel.add(calcKbutton, gbc2);
2 26 Feb 07 jari 152   
2 26 Feb 07 jari 153         GridBagConstraints gbc3 = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 154   gbc3.gridx = 0;
2 26 Feb 07 jari 155   gbc3.gridy = 0;
2 26 Feb 07 jari 156   gbc3.weightx = 1;
2 26 Feb 07 jari 157   gbc3.fill = GridBagConstraints.HORIZONTAL;
2 26 Feb 07 jari 158   gbc3.insets = new java.awt.Insets(4, 0, 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 159
2 26 Feb 07 jari 160   mainPanel.add(processPanel, gbc3);
2 26 Feb 07 jari 161       
2 26 Feb 07 jari 162         gbc3 = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 163   gbc3.gridx = 0;
2 26 Feb 07 jari 164   gbc3.gridy = 1;
2 26 Feb 07 jari 165   gbc3.weightx = 1;
2 26 Feb 07 jari 166   gbc3.fill = GridBagConstraints.HORIZONTAL;
2 26 Feb 07 jari 167   gbc3.insets = new java.awt.Insets(4, 0, 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 168
2 26 Feb 07 jari 169   mainPanel.add(KPanel, gbc3);
2 26 Feb 07 jari 170
2 26 Feb 07 jari 171         addContent(mainPanel);
2 26 Feb 07 jari 172     }
2 26 Feb 07 jari 173     
2 26 Feb 07 jari 174     /** Closes the dialog */
2 26 Feb 07 jari 175     private void closeDialog(WindowEvent evt) {
2 26 Feb 07 jari 176         setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 177         dispose();
2 26 Feb 07 jari 178     }
2 26 Feb 07 jari 179     
2 26 Feb 07 jari 180     
2 26 Feb 07 jari 181     public int showModal() {
2 26 Feb 07 jari 182         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
2 26 Feb 07 jari 183         setLocation((screenSize.width - getSize().width)/2, (screenSize.height - getSize().height)/2);
2 26 Feb 07 jari 184         show();
2 26 Feb 07 jari 185         return result;
2 26 Feb 07 jari 186     }
2 26 Feb 07 jari 187     
2 26 Feb 07 jari 188     
2 26 Feb 07 jari 189     
2 26 Feb 07 jari 190     /**
2 26 Feb 07 jari 191      * @param args the command line arguments
2 26 Feb 07 jari 192      */
2 26 Feb 07 jari 193     public static void main(String args[]) {
2 26 Feb 07 jari 194         new DAMProcessInitDialog(new javax.swing.JFrame(), true).show();
2 26 Feb 07 jari 195         System.exit(0);
2 26 Feb 07 jari 196     }
2 26 Feb 07 jari 197      
2 26 Feb 07 jari 198     
2 26 Feb 07 jari 199     public boolean getSkipGeneSelectionValue() {
2 26 Feb 07 jari 200         return skipGeneScreenBox.isSelected();
2 26 Feb 07 jari 201     }
2 26 Feb 07 jari 202     
2 26 Feb 07 jari 203     public boolean getSkipLOOCVValue() {
2 26 Feb 07 jari 204         return skipCrossValBox.isSelected();
2 26 Feb 07 jari 205     }
2 26 Feb 07 jari 206     
2 26 Feb 07 jari 207     private class Listener extends DialogListener implements ItemListener {
2 26 Feb 07 jari 208         
2 26 Feb 07 jari 209         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 210             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 211             if (command.equals("ok-command")) {
2 26 Feb 07 jari 212     result = JOptionPane.OK_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 213                 dispose();
2 26 Feb 07 jari 214             } else if (command.equals("cancel-command")) {
2 26 Feb 07 jari 215                 result = JOptionPane.CANCEL_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 216                 dispose();
2 26 Feb 07 jari 217             } else if (command.equals("reset-command")){
2 26 Feb 07 jari 218                  skipGeneScreeningStep = false;                 
2 26 Feb 07 jari 219                  skipCrossValidationStep = false;                                 
2 26 Feb 07 jari 220                 skipGeneScreenBox.setSelected(false);  
2 26 Feb 07 jari 221                 skipCrossValBox.setSelected(false);                 
2 26 Feb 07 jari 222             defKbutton.setSelected(true);                
2 26 Feb 07 jari 223             } else if (command.equals("info-command")){
2 26 Feb 07 jari 224                HelpWindow hw = new HelpWindow(DAMProcessInitDialog.this, "DAM Process Initialization Dialog");
2 26 Feb 07 jari 225                 if(hw.getWindowContent()){
2 26 Feb 07 jari 226                     hw.setSize(450,650);
2 26 Feb 07 jari 227                     hw.setLocation();
2 26 Feb 07 jari 228                     hw.show();
2 26 Feb 07 jari 229                 }
2 26 Feb 07 jari 230                 else {
2 26 Feb 07 jari 231                     hw.setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 232                     hw.dispose();
2 26 Feb 07 jari 233                 }   
2 26 Feb 07 jari 234             }
2 26 Feb 07 jari 235             
2 26 Feb 07 jari 236         }
2 26 Feb 07 jari 237         
2 26 Feb 07 jari 238         public void itemStateChanged(ItemEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 239
2 26 Feb 07 jari 240             Object source = e.getItemSelectable();
2 26 Feb 07 jari 241
2 26 Feb 07 jari 242             if (source == skipGeneScreenBox) {
2 26 Feb 07 jari 243                 if (skipGeneScreenBox.isSelected()) {                  
2 26 Feb 07 jari 244                   skipGeneScreeningStep = true;
2 26 Feb 07 jari 245                 } else {
2 26 Feb 07 jari 246                    skipGeneScreeningStep = false;                 
2 26 Feb 07 jari 247                 }
2 26 Feb 07 jari 248             } else if (source == skipCrossValBox) {
2 26 Feb 07 jari 249                 if (skipCrossValBox.isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 250        skipCrossValidationStep = true;                 
2 26 Feb 07 jari 251                 } else {
2 26 Feb 07 jari 252       skipCrossValidationStep = false;                  
2 26 Feb 07 jari 253                 }
2 26 Feb 07 jari 254             }
2 26 Feb 07 jari 255         }
2 26 Feb 07 jari 256        
2 26 Feb 07 jari 257         
2 26 Feb 07 jari 258         public void windowClosing(WindowEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 259             result = JOptionPane.CLOSED_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 260             dispose();
2 26 Feb 07 jari 261         }
2 26 Feb 07 jari 262         
2 26 Feb 07 jari 263     }
2 26 Feb 07 jari 264     
2 26 Feb 07 jari 265 }
2 26 Feb 07 jari 266

Generated on Thu Jul 20 09:26:23 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)