mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/bioconductor.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2 <h3>Bioconductor(using MAS5)File Format </h3>
2 26 Feb 07 jari 3 A Bioconductor (MAS5) expression file is a tab-delimited text file that contains Affymetric Gene chip ID and several columns of expression datum. 
2 26 Feb 07 jari 4 The header line contains all CEL file names you use in the Bioconductor calculation.
2 26 Feb 07 jari 5 <br>
2 26 Feb 07 jari 6 A sample expression file is displayed as following.<br>
2 26 Feb 07 jari 7 <table border=2 >
2 26 Feb 07 jari 8 <font size=3><tr><th><b></th><th><b>Sample1</th><th><b>Sample2</th><th><b>Sample3</th></tr></font>        
2 26 Feb 07 jari 9 <tr valign=top><td>gene1</td>
2 26 Feb 07 jari 10 <td>0.3</td>
2 26 Feb 07 jari 11 <td>0.02</td>
2 26 Feb 07 jari 12 <td>0.12</td>
2 26 Feb 07 jari 13 </tr></table>
2 26 Feb 07 jari 14 <br>
2 26 Feb 07 jari 15 A Bioconductor (MAS5) call file is a tab-delimited text file that contains Affymetric Gene chip ID and several columns of present/absent detection for corresponding expression file.
2 26 Feb 07 jari 16 <br>
2 26 Feb 07 jari 17 A sample call file is displayed as following.<br>
2 26 Feb 07 jari 18 <table border=2 >
2 26 Feb 07 jari 19 <font size=3><tr><th><b></th><th><b>Sample1</th><th><b>Sample2</th><th><b>Sample3</th></tr></font>        
2 26 Feb 07 jari 20 <tr valign=top><td>gene1</td>
2 26 Feb 07 jari 21 <td>p</td>
2 26 Feb 07 jari 22 <td>p</td>
2 26 Feb 07 jari 23 <td>a</td>
2 26 Feb 07 jari 24 </tr></table>
2 26 Feb 07 jari 25 <br>
2 26 Feb 07 jari 26 </html>

Generated on Thu Jul 20 09:26:28 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)