mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/cast_parameters.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>CAST: Cluster Affinity Search Technique</h1> <h2>Parameter Information</h2>
2 26 Feb 07 jari 4             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 <h2> Sample Selection </h2>
2 26 Feb 07 jari 7 The sample selection option indicates whether to cluster genes or experiments.
2 26 Feb 07 jari 8 <br>
2 26 Feb 07 jari 9 <h2> Distance Metric Selection </h2>
2 26 Feb 07 jari 10 This area allows the selection of the metric to be used to assess gene-to-gene
2 26 Feb 07 jari 11 or sample-to-sample distances.  The initial metric displayed (choosen) corresponds to the global
2 26 Feb 07 jari 12 setting in the Multiple Array Viewer's 'Metrics' menu.  Alterations to the
2 26 Feb 07 jari 13 chosen metric in this dialog will only alter the metric used for the current
2 26 Feb 07 jari 14 algorithm run.  The global setting in the main 'Metrics' menu will remain unchanged.
2 26 Feb 07 jari 15 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 16 An appendix in the MeV manual describes the distance metrics offered in MeV. 
2 26 Feb 07 jari 17 <br>
2 26 Feb 07 jari 18 <h2>Threshold</h2>
2 26 Feb 07 jari 19 The threshold parameter is a value ranging from 0.0 to 1.0 which is used as a
2 26 Feb 07 jari 20 cluster affinity threshold.  Each expression element will have an affinity for the current cluster being
2 26 Feb 07 jari 21 created based on it's relationship to the elements currently in the cluster.  If that affinity 
2 26 Feb 07 jari 22 is greater than the supplied threshold the gene is permitted to be a member of the cluster.
2 26 Feb 07 jari 23 <p>
2 26 Feb 07 jari 24 Note that thresholds near 1.0 are more stringent and tend to produce many clusters with
2 26 Feb 07 jari 25 rather low variability.  Conversely, using a lower threshold will produce fewer, more
2 26 Feb 07 jari 26 variable clusters.  A balance by trail-and-error should be found between these extremes.
2 26 Feb 07 jari 27 </p>
2 26 Feb 07 jari 28 <p>
2 26 Feb 07 jari 29 Note that in the algorithm expression elements are repeatedly tested for their affinity
2 26 Feb 07 jari 30 to the cluster being formed.  In that way elements can be added or subtracted based on
2 26 Feb 07 jari 31 the current cluster membership.
2 26 Feb 07 jari 32 <br>
2 26 Feb 07 jari 33 <h2> Hierarchical Clustering </h2>
2 26 Feb 07 jari 34 This check box selects whether to perform hierarchical clustering on the elements in each cluster
2 26 Feb 07 jari 35 created.
2 26 Feb 07 jari 36 <br>
2 26 Feb 07 jari 37
2 26 Feb 07 jari 38         </basefont>
2 26 Feb 07 jari 39     </body>
2 26 Feb 07 jari 40 </html>
2 26 Feb 07 jari 41

Generated on Thu Jul 20 09:26:29 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)