mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/centroid_entropy_variance_sel_dialog.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>Centroid Variance or Entropy Cluster Selection</h1>
2 26 Feb 07 jari 4             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 The cluster centroid is the mean expression vector of a cluster.  Often the centroid is used
2 26 Feb 07 jari 7 to characterize changes in gene expression for a set of elements in a cluster.
2 26 Feb 07 jari 8 Centroid Entropy or Variance Ranking cluster selection is an algorithm used to rank a 
2 26 Feb 07 jari 9 set of clusters based on Centroid variability and then select candidate clusters meeting 
2 26 Feb 07 jari 10 supplied criteria.
2 26 Feb 07 jari 11 This process will tend to find clusters that meet a minimum size and have relatively
2 26 Feb 07 jari 12 higher centroid variability over the expression measurements.  The selected clusters will tend
2 26 Feb 07 jari 13 to have centroids that vary greatly over the measurements.  Be certain to understand how
2 26 Feb 07 jari 14 using <i>Centroid Variance</i> versus using <i>Centroid Entropy</i> will affect the outcome. 
2 26 Feb 07 jari 15
2 26 Feb 07 jari 16 <h1>Parameters</h1>
2 26 Feb 07 jari 17 <h2>Desired Number of Clusters</h2>
2 26 Feb 07 jari 18 This parameter indicates the number of clusters that should be selected from the input set.  
2 26 Feb 07 jari 19 If during execution it turns out that the number of input clusters is smaller than the 
2 26 Feb 07 jari 20 number of clusters desired, then all input clusters are returned as the result.
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 <h2>Minimum Cluster Population (# of elements)</h2>
2 26 Feb 07 jari 23 The minimum cluster size describes the minimum number of genes or experiments that should
2 26 Feb 07 jari 24 be in the cluster.  In some cases clusters may have low variability but are only composed of
2 26 Feb 07 jari 25 a couple of elements.
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27 <h2>Rank Clusters on Centroid Variance</h2>
2 26 Feb 07 jari 28 This measure takes the sum of squared errors for the centroid vector where the elements are the
2 26 Feb 07 jari 29 centroid values and each is compared to the centroid's mean value.
2 26 Feb 07 jari 30
2 26 Feb 07 jari 31 <h2>Rank Clusters on Centroid Entropy</h2>
2 26 Feb 07 jari 32 Centroid entropy is a measure of the dispersion of centroid values over the observed range of
2 26 Feb 07 jari 33 centroid values.  In this case, the high entropy centroids would have values that are widely dispersed
2 26 Feb 07 jari 34 between the extremes of the centroid.  Note that the range of centroid values could be rather
2 26 Feb 07 jari 35 narrow for a centroid of high entropy where the values are evenly dispersed.  This measure therefore
2 26 Feb 07 jari 36 may select centroids that don't have large expression variability in terms of range of values and
2 26 Feb 07 jari 37 hence appear rather flat across measurements.
2 26 Feb 07 jari 38 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 39         </basefont>
2 26 Feb 07 jari 40     </body>
2 26 Feb 07 jari 41 </html>

Generated on Thu Jul 20 09:26:30 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)