mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/diversity_ranking_cluster_sel_dialog.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>Diversity Ranking Cluster Selection</h1>
2 26 Feb 07 jari 4             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 Diversity Ranking cluster selection is an algorithm used to rank a set of clusters
2 26 Feb 07 jari 7 based on diversity and then select candidate clusters meeting supplied criteria.
2 26 Feb 07 jari 8 This process will tend to find clusters that meet a minimum size and have relatively
2 26 Feb 07 jari 9 lower variability between the expression vectors contained in the cluster.  This process 
2 26 Feb 07 jari 10 will find the least variable clusters but there is no means to know if the clusters 
2 26 Feb 07 jari 11 found will have interesting expression changes over the set of observations.
2 26 Feb 07 jari 12 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 13 Note: See Centroid Variability or Entropy Ranking cluster selection for methods that try
2 26 Feb 07 jari 14 to select clusters that have maximal centroid variance over the observations.  In some cases
2 26 Feb 07 jari 15 it might be advisable to try several selection methods on an input set of clusters.
2 26 Feb 07 jari 16
2 26 Feb 07 jari 17 <h1>Parameters</h1>
2 26 Feb 07 jari 18 <h2>Desired Number of Clusters</h2>
2 26 Feb 07 jari 19 This parameter indicates the number of clusters that should be selected from the input set.  
2 26 Feb 07 jari 20 If during execution it turns out that the number of input clusters is smaller than the 
2 26 Feb 07 jari 21 number of clusters desired, then all input clusters are returned as the result.
2 26 Feb 07 jari 22
2 26 Feb 07 jari 23 <h2>Minimum Cluster Population (# of elements)</h2>
2 26 Feb 07 jari 24 The minimum cluster size describes the minimum number of genes or experiments that should
2 26 Feb 07 jari 25 be in the cluster.  In some cases clusters may have low variability but are only composed of
2 26 Feb 07 jari 26 a couple of elements.
2 26 Feb 07 jari 27
2 26 Feb 07 jari 28 <h2>Rank Clusters on Centroid Based Diversity</h2>
2 26 Feb 07 jari 29 Centroid based diversity is the mean distance between a each element in the cluster and the 
2 26 Feb 07 jari 30 cluster's centroid (mean expression pattern for the cluster).   (Distance metric is determined
2 26 Feb 07 jari 31 by the current global metric defined in the 'Distance' menu. Euclidean is the default metric.)
2 26 Feb 07 jari 32
2 26 Feb 07 jari 33 <h2>Rank Clusters on Intra-gene Based Diversity</h2>
2 26 Feb 07 jari 34 Intra-gene based diversity is the mean distance between each element in the cluster to
2 26 Feb 07 jari 35 every other gene in the cluster.  (Distance metric is determined
2 26 Feb 07 jari 36 by the current global metric defined in the 'Distance' menu. Euclidean is the default metric.)
2 26 Feb 07 jari 37 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 38         </basefont>
2 26 Feb 07 jari 39     </body>
2 26 Feb 07 jari 40 </html>

Generated on Thu Jul 20 09:26:32 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)