mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/ease_parameters.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>EASE: Annotation Over-representation Analysis</h1> <h2>Parameter Information</h2>
2 26 Feb 07 jari 4             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6
2 26 Feb 07 jari 7 <h2>File Updates and Configuration</h2>
2 26 Feb 07 jari 8 <h3>Select EASE File System</h3>
2 26 Feb 07 jari 9 This button enables the selection of a local directory to be used as the source for annotation
2 26 Feb 07 jari 10 files for EASE analysis.  Multiple file systems can be present to support a variety of array
2 26 Feb 07 jari 11 types.  Selection of a file system directs file choosers to that area, however, file selections
2 26 Feb 07 jari 12 may be made outside of selected base file system if appropriate.  Note that the selected directory
2 26 Feb 07 jari 13 should be the directory that contains the "Data" directory.  In MeV's default data dircetory this
2 26 Feb 07 jari 14 would be the 'ease' directory.
2 26 Feb 07 jari 15
2 26 Feb 07 jari 16 <h3>Update EASE File System</h3>
2 26 Feb 07 jari 17 This button allows the download of EASE annotation file systems for a selected species and clone set.
2 26 Feb 07 jari 18 A selection dialog will allow species selection from a variety of plant and animal species.
2 26 Feb 07 jari 19 A list of many commercially available arrays for the selected species is also presented for selection. 
2 26 Feb 07 jari 20 After species and array selection, a dialog will be presented to select a directory as the
2 26 Feb 07 jari 21 destination directory for the EASE file system.  Zip files will then be downloaded and automatically
2 26 Feb 07 jari 22 extracted into the destination directory.  The new base directory will be labeled with
2 26 Feb 07 jari 23 "ease_" and the selected array name.  This new file system can be selected as the default system
2 26 Feb 07 jari 24 (Please see the "Select EASE File System" option above.).
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26 <h2>Mode Selection</h2>
2 26 Feb 07 jari 27 <h3>Cluster Analysis</h3> 
2 26 Feb 07 jari 28 This mode performs annotation analysis on a selected subset (sample list or cluster) of the
2 26 Feb 07 jari 29 full data set loaded in MeV.  The output is a list of biological 'themes' represented in
2 26 Feb 07 jari 30 the cluster and a statistic reporting the probability that a particular theme is over represented in
2 26 Feb 07 jari 31 the cluster relative to it's representation in the entire data set.  The resulting table will
2 26 Feb 07 jari 32 initially be sorted by this statistic.
2 26 Feb 07 jari 33
2 26 Feb 07 jari 34 <h3>Annotation Survey</h3>
2 26 Feb 07 jari 35 The survey mode simply produces a list of biological themes that are represented in the data currently loaded
2 26 Feb 07 jari 36 in the viewer from which Ease is launched.  Note that this could be a subset of the total slide data.
2 26 Feb 07 jari 37 If you want to survey all annotation on the slide you have to use a viewer with all of the slide's data
2 26 Feb 07 jari 38 loaded.  The initial ordering of the output table is based on the prevalence of a theme in the data set (hit count).
2 26 Feb 07 jari 39 This mode can be used to cluster genes based on biological themes.  The clusters can then be
2 26 Feb 07 jari 40 stored and marked (colored) for tracking during cluster analysis.
2 26 Feb 07 jari 41 <br>
2 26 Feb 07 jari 42
2 26 Feb 07 jari 43 <h2>Parameter Pages</h2>
2 26 Feb 07 jari 44 Several parameter input pages are available:
2 26 Feb 07 jari 45 <hr>
2 26 Feb 07 jari 46 <br>
2 26 Feb 07 jari 47 <h2>Population and Cluster Selection</h2>
2 26 Feb 07 jari 48 This section permits selection of a cluster for analysis and defines the population to which the
2 26 Feb 07 jari 49 cluster should be compared.  The population selection panel, on top, allows the user to specify whether the
2 26 Feb 07 jari 50 population set of gene indices should be loaded from a file or if the population set should be
2 26 Feb 07 jari 51 taken as all indices loaded in the current Multiple Experiment Viewer.  Note that if the current
2 26 Feb 07 jari 52 viewer does not contain all population indices it is important to use the default option of a
2 26 Feb 07 jari 53 population file.<br><br>
2 26 Feb 07 jari 54 A population file is a list of indices representing the indices from which the cluster
2 26 Feb 07 jari 55 was segregated by statistical or other means.  The file format consists of a column of indices with
2 26 Feb 07 jari 56 one index per line.  The population often represents a set of indices representing each element 
2 26 Feb 07 jari 57 on the array, however, there are circumstances where one might wish to disregard particular 
2 26 Feb 07 jari 58 spots such as internal controls.
2 26 Feb 07 jari 59 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 60 The cluster panel, below the population panel, displays gene clusters currently stored in MeV's cluster repository.  
2 26 Feb 07 jari 61 If no clusters have been saved then a blank browser page or empty table will be displayed and the Cluster Analysis mode option will be
2 26 Feb 07 jari 62 disabled.  Selecting a row in the cluster table will display the cluster in the expression graph area
2 26 Feb 07 jari 63 of the browser.  EASE cluster analysis will operate on the selected cluster..
2 26 Feb 07 jari 64 <br>
2 26 Feb 07 jari 65 <br>
2 26 Feb 07 jari 66 <h2>Annotation Parameters Page</h2>
2 26 Feb 07 jari 67 This page has three major parts described below.
2 26 Feb 07 jari 68 <h3>MeV Annotation Key</h3>
2 26 Feb 07 jari 69 This area contains a drop down list which contains a list of available annotation types which can be
2 26 Feb 07 jari 70 used identify genes.  Generally it's best to use an index or accession which 'uniquely' identifies
2 26 Feb 07 jari 71 the spotted material.
2 26 Feb 07 jari 72 <h3>Annotation Conversion File</h3>
2 26 Feb 07 jari 73 This optional file provides the mapping from your annotation key (above) to the index used to map to
2 26 Feb 07 jari 74 biological themes (GO terms, KEGG pathways, etc.).  If your annotation key type is the one used in the
2 26 Feb 07 jari 75 linking file (below) then this conversion (mapping) is not needed.
2 26 Feb 07 jari 76 <h3>Gene Annotation / Gene Ontology Linking Files</h3>
2 26 Feb 07 jari 77 This section allows one to specify one or more annotation files.  These files contain gene indices
2 26 Feb 07 jari 78 paired with biological themes such as go terms.   
2 26 Feb 07 jari 79 <h3><i>File Selection Scenario</h3>
2 26 Feb 07 jari 80 One possible example of the file linking structure could be:<br>
2 26 Feb 07 jari 81 <b>[GenBank#]-->[GenBank#]:[locus_link_id]-->[locus_link_id]:[go_term]</b><br>
2 26 Feb 07 jari 82 This shows the progression from 'Annotation Key', to conversion file (converting GenBank# to locus_link_id),
2 26 Feb 07 jari 83 to final linking with GO terms.  Keep in mind that although shown with a single arrow, in general
2 26 Feb 07 jari 84 one gene index will map to many GO terms (or other biological theme or pathway categories).</i>
2 26 Feb 07 jari 85 <br>
2 26 Feb 07 jari 86 <br>
2 26 Feb 07 jari 87 <h2>Statistical Parameters Page</h2>
2 26 Feb 07 jari 88 Several sections on this page are used to specify reported statistical and result trimming parameters.
2 26 Feb 07 jari 89 <h2>Reported Statistic</h2>
2 26 Feb 07 jari 90 <h3>Fisher's Exact Probability</h3>
2 26 Feb 07 jari 91 The Fisher's Exact Probability reports the probability that a biological theme is
2 26 Feb 07 jari 92 over-represented in the cluster of interest relative to the representation of that theme in the
2 26 Feb 07 jari 93 total gene population. For example, suppose that one has a gene
2 26 Feb 07 jari 94 list of 50 genes from a population of 10,000 genes.  Now suppose that 10 of the 50 genes were related to
2 26 Feb 07 jari 95 pathway "A" but only 13 genes in the total population were associated with pathway "A".  This scenario
2 26 Feb 07 jari 96 would yield a low probability that the observed number of hits (occurrences of pathway "A") within the small 
2 26 Feb 07 jari 97 sample could be due to chance alone.  This statistic is based on the hypergeometric distribution and has
2 26 Feb 07 jari 98 benefits over chi-square in that it is appropriate for finite populations.  The reference sited for EASE
2 26 Feb 07 jari 99 describes this statistic at length.
2 26 Feb 07 jari 100 <h3>EASE Score</h3>
2 26 Feb 07 jari 101 The EASE Score reported is essentially a jackknifed Fisher's Exact Probability which is arrived at
2 26 Feb 07 jari 102 by calculation of the Fisher's Exact where one occurrence (list hit for a term) has been removed.
2 26 Feb 07 jari 103 <h2>Multiplicity Corrections</h2>
2 26 Feb 07 jari 104 Several p-value corrections can be applied to help correct for the chance of arriving at a significant
2 26 Feb 07 jari 105 result when performing multiple tests.
2 26 Feb 07 jari 106 <h3>Bonferroni Correction</h3>
2 26 Feb 07 jari 107 This correction simply multiplies the statistic by the number of results generated.  This is the most
2 26 Feb 07 jari 108 stringent correction of the three options.
2 26 Feb 07 jari 109 <h3>Bonferroni Step Down Correction</h3>
2 26 Feb 07 jari 110 This modified Bonferroni correction ranks the results by the statistic in ascending order.  Each
2 26 Feb 07 jari 111 value is multiplied by (n-rank) where n is the number of results.  In the case of a tie, where two
2 26 Feb 07 jari 112 results have the same probability the rank is kept constant until the next element occurs having
2 26 Feb 07 jari 113 a higher probability value.  The rank is then adjusted for the number of tied elements where rank was constant.
2 26 Feb 07 jari 114 <h3>Sidak Method</h3>
2 26 Feb 07 jari 115 This correction uses the following formula where v' is the corrected value and k is the rank of the result
2 26 Feb 07 jari 116 in terms of original statistic value.  In this case ties in rank are handled as described in the step down Bonferroni correction.
2 26 Feb 07 jari 117 <br>
2 26 Feb 07 jari 118 v' = 1-(1-v)<sup>k</sup>
2 26 Feb 07 jari 119
2 26 Feb 07 jari 120 <h3>Resampling Probability Analysis</h3>
2 26 Feb 07 jari 121 The resampling option performs a number of analysis iterations in which random
2 26 Feb 07 jari 122 gene lists of the original cluster size are selected from the population without replacement.
2 26 Feb 07 jari 123 The end result reported for a particular term is the probability of obtaining the determined 
2 26 Feb 07 jari 124 significance level by chance.
2 26 Feb 07 jari 125
2 26 Feb 07 jari 126 <h2>Trim Parameters</h2>
2 26 Feb 07 jari 127 The trim parameters can be applied to filter analysis results based on the number of hits
2 26 Feb 07 jari 128 or the fraction of genes in the cluster that are represented by an annotation term.  Sometimes
2 26 Feb 07 jari 129 a term can be found significant but does not represent a large segment of the cluster of interest.
2 26 Feb 07 jari 130 These options can be applied to be certain that a minimum number of genes in the cluster fall under
2 26 Feb 07 jari 131 that particular annotation class.  This feature should be used with caution so that biological
2 26 Feb 07 jari 132 themes represented by very few genes are not excluded. 
2 26 Feb 07 jari 133         </basefont>
2 26 Feb 07 jari 134     </body>
2 26 Feb 07 jari 135 </html>

Generated on Thu Jul 20 09:26:32 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)