mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/ease_threshold_parameters.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>EASE Hierarchy Thresholds</h1>
2 26 Feb 07 jari 4             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 The GO term hierarchy viewer presents a color representing the p-value of
2 26 Feb 07 jari 7 each node based on EASE cluster analysis EASE Score or Fisher's Exact Test.  
2 26 Feb 07 jari 8 Note that in verbose rendering mode the actual p-value is displayed.  For quick
2 26 Feb 07 jari 9 assessment, two thresholds are set to bin the p-values of the nodes in the hierarchy.
2 26 Feb 07 jari 10 The current thresholds are displayed in the key in the header of the viewer.
2 26 Feb 07 jari 11 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 12 The Lower Threshold ranges from 0 to 1 and should be smaller than the Upper Threshold,
2 26 Feb 07 jari 13 thus indicating a higher or more stringent level of significance.  The Upper Threshold is
2 26 Feb 07 jari 14 set similarly but is constrained to be higher that the lower threshold.
2 26 Feb 07 jari 15 <br>
2 26 Feb 07 jari 16         </basefont>
2 26 Feb 07 jari 17     </body>
2 26 Feb 07 jari 18 </html>
2 26 Feb 07 jari 19

Generated on Thu Jul 20 09:26:33 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)