mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/experiment_label_editor.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>Experiment Sorter / Experiment Label Editor</h1><h2>Editor Information</h2>
2 26 Feb 07 jari 4             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 <h2> Overview </h2>
2 26 Feb 07 jari 7 The primary function of the Editor is to permit the modification of labels (attributes) associated with
2 26 Feb 07 jari 8 the loaded experiments.  Note that the first row in the table contains the default
2 26 Feb 07 jari 9 experiment name and that label can not be edited nor can it be deleted.  The second major function
2 26 Feb 07 jari 10 is to enable the order of loaded experiments to be rearranged.  Two menus are available 
2 26 Feb 07 jari 11 within the editor frame for performing editor actions.  The two menus contain the same menu options.
2 26 Feb 07 jari 12 One is in the main menu bar and the other is available using a right mouse click with the mouse cursor
2 26 Feb 07 jari 13 over a table cell.
2 26 Feb 07 jari 14 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 15 <h2>Experiment Reordering</h2>
2 26 Feb 07 jari 16 The order of the columns in the table can be altered by clicking on the column header and dragging the
2 26 Feb 07 jari 17 column to the desired location.  This action alone does not force the loaded data to be reordered.
2 26 Feb 07 jari 18 The table order can be imposed on the loaded data if the check box menu item is selected to
2 26 Feb 07 jari 19 <i>Enable Experiment Reordering</i>.  This ordering is imposed as soon as the dialog is dismissed.
2 26 Feb 07 jari 20 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 21 <b>Note:  If analyses have been run on the loaded data, the reordering option is disabled. This is done
2 26 Feb 07 jari 22 as a precaution against misrepresentation of prior results that may have relied on the original ordering.
2 26 Feb 07 jari 23 Typically the reordering of experiments should be done just after data loading to place associated
2 26 Feb 07 jari 24 experiments into an order that is reasonable based on study design.</b>
2 26 Feb 07 jari 25 <br>
2 26 Feb 07 jari 26 <h2>Experiment Label Editing</h2>
2 26 Feb 07 jari 27 <h3>Adding Experiment Labels</h3>
2 26 Feb 07 jari 28 The <i>Add New Experiment Label</i> menu item is used to create a new row in the table.  Note that the
2 26 Feb 07 jari 29 first cell in the new row is light yellow and is used to indicate a <i>Label Key</i>.  This
2 26 Feb 07 jari 30 key will be placed into the 'Experiment Label' menu in the 'Display' menu so that when selected
2 26 Feb 07 jari 31 this label type will be displayed for the loaded experiments.  Once a Label Key is entered a double
2 26 Feb 07 jari 32 click on the remaining cells will allow editing to add appropriate labels for each experiment.
2 26 Feb 07 jari 33 Reopening the editor will allow you to alter any label or label key visible in the table except for
2 26 Feb 07 jari 34 the default primary label and key (shown in gray). Any experiments for which labels would not apply
2 26 Feb 07 jari 35 can be left blank and will appear this way in displays where experiment labels are present.
2 26 Feb 07 jari 36
2 26 Feb 07 jari 37 <h3>Merging Experiment Labels</h3>
2 26 Feb 07 jari 38 Occasionally is is convenient to merge several attributes or labels to produce a more informative
2 26 Feb 07 jari 39 label for each experiment.  To merge labels start by selecting two or more rows using control click
2 26 Feb 07 jari 40 and then selecting the <i>Merge Selected Rows</i> menu item.  A small list will be presented
2 26 Feb 07 jari 41 that can be used to order the selected labels before actual merging.  Once this is accomplished
2 26 Feb 07 jari 42 a new row is inserted in the table to display the merged labels and the merged label key.
2 26 Feb 07 jari 43        </basefont>
2 26 Feb 07 jari 44     </body>
2 26 Feb 07 jari 45 </html>

Generated on Thu Jul 20 09:26:33 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)