mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/file_loader.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "sans-serif">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>File Loader </h1>
2 26 Feb 07 jari 4         <h2>Help Page</h2>
2 26 Feb 07 jari 5             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 6
2 26 Feb 07 jari 7 <h2> File Formats </h2>
2 26 Feb 07 jari 8 MeV supports the loading of several file formats.  For a complete
2 26 Feb 07 jari 9 description refer to the manual included in the documentation
2 26 Feb 07 jari 10 folder appendix 11.  Here's a brief overview of supported file types.
2 26 Feb 07 jari 11 <br>
2 26 Feb 07 jari 12 <h3>mev Format (Multiple Experiment Viewer Format)</h3>
2 26 Feb 07 jari 13 This format is a tab delimited text file format which allows a header
2 26 Feb 07 jari 14 for identification of columns and comments are preceded by the pound (#) sign.
2 26 Feb 07 jari 15 The first nine columns are a unique identifier, slide row, slide column,
2 26 Feb 07 jari 16 meta row, meta column, sub row, sub column, intensity 1, intensity 2.  The unique
2 26 Feb 07 jari 17 identifier is used to match up corresponding annotation which is supplied from
2 26 Feb 07 jari 18 annotation files which contain spot annotation for each element on the slide.
2 26 Feb 07 jari 19 <br>
2 26 Feb 07 jari 20 The annotation files, given a .ann extension are also tab delimited and
2 26 Feb 07 jari 21 have entries corresponding to the unique identifiers in the mev file.
2 26 Feb 07 jari 22 One or more annotation files may be loaded to provide several types of
2 26 Feb 07 jari 23 annotation.
2 26 Feb 07 jari 24 <br>
2 26 Feb 07 jari 25 <h3>Tab Delimited, Multiple Sample (TDMS) Format</h3>
2 26 Feb 07 jari 26 The TDMS format file encapsulates several hybridizations in one file.
2 26 Feb 07 jari 27 The first several columns are used for annotation and following the
2 26 Feb 07 jari 28 annotation the intensity data corresponds to one column of log<sub>2</sub>ratio(cy5/cy3)
2 26 Feb 07 jari 29 for each hybridization.  The format includes a header to identify the
2 26 Feb 07 jari 30 labels for the annotation as well as the labels for the individual hybridizations.
2 26 Feb 07 jari 31 <br>
2 26 Feb 07 jari 32 <h3>tav Format (TIGR Array Viewer Format)</h3>
2 26 Feb 07 jari 33 This is similar to the mev format but differs in that it does not permit
2 26 Feb 07 jari 34 a header row or comment rows and there is no unique ID column.  Each tav file contains
2 26 Feb 07 jari 35 annotation following the columns for intensity and other spot specific information. 
2 26 Feb 07 jari 36 <br>
2 26 Feb 07 jari 37 The loading of tav files depends on having selected a 'preference' file which is used
2 26 Feb 07 jari 38 to identify the type and number of annotation fields in the tav files.
2 26 Feb 07 jari 39 <br>
2 26 Feb 07 jari 40 <h3>Affymetrix File Format</h3>
2 26 Feb 07 jari 41 Affymetrix arrays use a single dye system.  The file description is detailed on
2 26 Feb 07 jari 42 the Affymetrix web site but includes a Affy probe identifier, an intensity 
2 26 Feb 07 jari 43 value, a detection flag to indicate whether or not a spot signal is present or absent,
2 26 Feb 07 jari 44 and a spot description.
2 26 Feb 07 jari 45 <br>
2 26 Feb 07 jari 46 <h3>Gene Pix File Format</h3>
2 26 Feb 07 jari 47 <br>
2 26 Feb 07 jari 48
2 26 Feb 07 jari 49 <h2>Loading Files</h2>
2 26 Feb 07 jari 50 Loading requires several basic steps that vary slightly depending on the file
2 26 Feb 07 jari 51 format chosen.  
2 26 Feb 07 jari 52 <br>
2 26 Feb 07 jari 53 1.) Select a file format.<br>
2 26 Feb 07 jari 54 2.) Select a directory using the file navigation tree in the left window
2 26 Feb 07 jari 55 until the selected files are reached.<br>
2 26 Feb 07 jari 56 3.) Select the data file or files.<br>
2 26 Feb 07 jari 57 <h3>mev Format</h3>
2 26 Feb 07 jari 58 For mev format you will select several data files in the available files list
2 26 Feb 07 jari 59 and use the add button to move them into the selected file list box.  The same
2 26 Feb 07 jari 60 process is used to select one or more annotation files.  Once these files are selected
2 26 Feb 07 jari 61 hit the OK button to load the files.<br>
2 26 Feb 07 jari 62 <h3>Tab Delimited, Multiple Sample (TDMS) Format</h3>
2 26 Feb 07 jari 63 For TDMS format you will select a path to the data file and once a file
2 26 Feb 07 jari 64 is selected a table will display the first few rows of the file.  Select the
2 26 Feb 07 jari 65 first log ratio of the first, left most, hybridization in the table.  This will
2 26 Feb 07 jari 66 identify the upper left limit of the log ratio data.  Columns to the left contain
2 26 Feb 07 jari 67 annotation while columns above contain header information.  Once the proper cell
2 26 Feb 07 jari 68 has been selected the annotation field names should appear in a window near the bottom
2 26 Feb 07 jari 69 of the form.  Select OK to load.<br>
2 26 Feb 07 jari 70 <br>
2 26 Feb 07 jari 71 <h3>tav Format</h3>
2 26 Feb 07 jari 72 For tav Format there are several means to load the files.  The most common is to
2 26 Feb 07 jari 73 use a preference file to indicate annotation fields in the file.  See the manual
2 26 Feb 07 jari 74 for a full description of the tav format and the use of preference files.
2 26 Feb 07 jari 75 Navigate through the tree to select the tav files then use the file browser button
2 26 Feb 07 jari 76 to select an associated preference file.<br>
2 26 Feb 07 jari 77 <h3>Affymetrix Format</h3>
2 26 Feb 07 jari 78 There are four modes to loading Affymetrix files. <br>
2 26 Feb 07 jari 79 1.) The absolute selection simply loads
2 26 Feb 07 jari 80 the single intensity value into one channel and sets the other channel to 1.0.
2 26 Feb 07 jari 81 This will require the user to scale the expression image, set ratio scale, to
2 26 Feb 07 jari 82 increase the dynamic range of the image to compensate for the absolute intensities.
2 26 Feb 07 jari 83 <br>
2 26 Feb 07 jari 84 2.) The mean and median modes are related.  For each spot the intensity is averaged
2 26 Feb 07 jari 85 or the median is taken across the hybridizations (files).  This average value is used as a reference to
2 26 Feb 07 jari 86 scale the intensities corresponding the that spot.  Each spot gets assigned one intensity
2 26 Feb 07 jari 87 to the spots true intensity and the other intensity is set to the mean or median
2 26 Feb 07 jari 88 intensity.  The calculated log2(r) is taken where <br>
2 26 Feb 07 jari 89 <br>
2 26 Feb 07 jari 90 r = (spot intensity)/(ave. intensity) <br>
2 26 Feb 07 jari 91 <br>
2 26 Feb 07 jari 92 3.) The reference loading mode allows the user to select a file to represent
2 26 Feb 07 jari 93 a reference against which the other files are compared. <br><br>
2 26 Feb 07 jari 94 log<sub>2</sub>(spot intensity/ref. intensity)<br>
2 26 Feb 07 jari 95 <br>
2 26 Feb 07 jari 96 <br>
2 26 Feb 07 jari 97 Please refer to the manual for more details and information regarding file formats
2 26 Feb 07 jari 98 and loading data.
2 26 Feb 07 jari 99 <br>
2 26 Feb 07 jari 100         </basefont>
2 26 Feb 07 jari 101     </body>
2 26 Feb 07 jari 102 </html>

Generated on Thu Jul 20 09:26:34 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)