mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/fom_parameters.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>FOM: Figure of Merit</h1> <h2>Parameter Information</h2>
2 26 Feb 07 jari 4             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 <h2> Sample Selection </h2>
2 26 Feb 07 jari 7 The sample selection option indicates whether to cluster genes or experiments.
2 26 Feb 07 jari 8 <br>
2 26 Feb 07 jari 9
2 26 Feb 07 jari 10 <h2>FOM Iteration Selection</h2>
2 26 Feb 07 jari 11 The FOM module can be run several times to get average FOM values.  This feature
2 26 Feb 07 jari 12 is useful for KMC FOM runs since each KMC run gives possibly unique results
2 26 Feb 07 jari 13 due to the random nature of KMC intialization.  If this parameter is greater
2 26 Feb 07 jari 14 than one the FOM graph will reflect the mean FOM values with SD bars.
2 26 Feb 07 jari 15 <br>
2 26 Feb 07 jari 16
2 26 Feb 07 jari 17 <h2>Algorithm Selection Tabs</h2>
2 26 Feb 07 jari 18 The Figure of Merit is, in concept, a measure of fit of
2 26 Feb 07 jari 19 the expression patterns for the clusters produced by a particular
2 26 Feb 07 jari 20 algorithm.  MeV's FOM implementation provides FOM results for
2 26 Feb 07 jari 21 running the KMC and CAST clustering algorithms.  Each algorithm
2 26 Feb 07 jari 22 is initialized by selecting either the K-Means/K-Medians tab
2 26 Feb 07 jari 23 or the CAST tab.
2 26 Feb 07 jari 24 <br>
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26 <h2>KMC Parameters</h2>
2 26 Feb 07 jari 27 <h3>Means/Medians Option</h3>
2 26 Feb 07 jari 28 The Means or Medians option indicates whether each cluster's centroid vector
2 26 Feb 07 jari 29 should be calculated as a mean or as a median of the member expression patterns.
2 26 Feb 07 jari 30
2 26 Feb 07 jari 31 <h3> Maximum Number of Clusters </h3>
2 26 Feb 07 jari 32 This positive integer value indicates the maximum number of clusters to be created.
2 26 Feb 07 jari 33 For instance, if the entered value is 10 then KMC is run 10 times to produce 1,2,3..,10
2 26 Feb 07 jari 34 clusters.  An FOM value is returned for each run.
2 26 Feb 07 jari 35
2 26 Feb 07 jari 36 <h3> Maximum Number of Iterations </h3>
2 26 Feb 07 jari 37 This positive integer value is the maximum number of times that all the elements in the data set
2 26 Feb 07 jari 38 will be tested for cluster fit within a single KMC run.  On each iteration each element
2 26 Feb 07 jari 39 is associated with the cluster with the closest mean (or median).
2 26 Feb 07 jari 40 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 41 Note that a KMC run will terminate when either no elements
2 26 Feb 07 jari 42 require migration (reassignment) to new clusters or when the maximum number of
2 26 Feb 07 jari 43 iterations has been reached.
2 26 Feb 07 jari 44 <br>
2 26 Feb 07 jari 45 <h2>CAST Parameters </h2>
2 26 Feb 07 jari 46 <h3>Threshold Interval</h3>
2 26 Feb 07 jari 47 *For FOM an interval is used to perform a series of CAST runs in which the Affinity Threshold
2 26 Feb 07 jari 48 is incremented from 0.0 by the interval indicated.  The default of 0.1 is often a good value
2 26 Feb 07 jari 49 since it provides 11 CAST results from 0.0 to 1.0 incremented by 0.1.
2 26 Feb 07 jari 50 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 51 The threshold parameter is a value ranging from 0.0 to 1.0 which is used as a
2 26 Feb 07 jari 52 cluster affinity threshold.  Each expression element will have an affinity for the current cluster being
2 26 Feb 07 jari 53 created based on it's relationship to the elements currently in the cluster.  If that affinity 
2 26 Feb 07 jari 54 is greater than the supplied threshold the gene is permitted to be a member of the cluster.
2 26 Feb 07 jari 55 <br> 
2 26 Feb 07 jari 56         </basefont>
2 26 Feb 07 jari 57     </body>
2 26 Feb 07 jari 58 </html>

Generated on Thu Jul 20 09:26:34 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)