mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/gdm_color_range.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>GDM: Setting the Color Range</h1> <h2>Parameter Information</h2>
2 26 Feb 07 jari 4             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 5 This dialog controls the range over which distances will be differentially colored
2 26 Feb 07 jari 6 based on the color gradient selected.  e.g. if the range is black to red in color and
2 26 Feb 07 jari 7 the range limits are 0.1 (lower limit) to 0.5 (upper limit), all distances below 0.1
2 26 Feb 07 jari 8 will be represented by black, all distances above 0.5 will be represented by red,
2 26 Feb 07 jari 9 and distances within the range will be represented by a color corresponding to their
2 26 Feb 07 jari 10 position on the color gradient.  The distances outside of the defined range are
2 26 Feb 07 jari 11 said to be saturated (in terms of color representation).  The Dynamic Range Preview
2 26 Feb 07 jari 12 panel clearly represents the current limits applied to the matrix.
2 26 Feb 07 jari 13 <h2>Lower Limit</h2>
2 26 Feb 07 jari 14 The lower range limit defines the distance below which distances will be uniformly
2 26 Feb 07 jari 15 represented by the lower extreme color of the gradient.  This value must be in the
2 26 Feb 07 jari 16 range [0,1) and be less than the upper limit.
2 26 Feb 07 jari 17 <h2>Upper Limit</h2>
2 26 Feb 07 jari 18 The upper range limit defines the distance above which distances will be uniformly
2 26 Feb 07 jari 19 represented by the upper extreme color of the gradient.  This value must be in the
2 26 Feb 07 jari 20 range of (0,1] and be greater than the lower limit.
2 26 Feb 07 jari 21 <h2>% Saturation</h2>
2 26 Feb 07 jari 22 The percent saturation value represents the number of matrix elements which fall
2 26 Feb 07 jari 23 outside of the current range.  Note that this field is only updated upon hitting
2 26 Feb 07 jari 24 the 'Preview' button.
2 26 Feb 07 jari 25 <h2>Effective Range Preview</h2>
2 26 Feb 07 jari 26 This color gradient displays the current limits. (Initial values or entered values
2 26 Feb 07 jari 27 after hitting the 'preview' button.
2 26 Feb 07 jari 28 <h2>Button</h2>
2 26 Feb 07 jari 29 <h3>OK Button</h3>
2 26 Feb 07 jari 30 This button closes the dialog and applies the entered limits on the GDM.
2 26 Feb 07 jari 31 <h3>Cancel Button</h3>
2 26 Feb 07 jari 32 This button closes the dialog and restores the GDM to the state before the range dialog
2 26 Feb 07 jari 33 was opened.
2 26 Feb 07 jari 34 <h3>Reset Button</h3>
2 26 Feb 07 jari 35 This button sets the limit values to the initial limit values displayed upon opening
2 26 Feb 07 jari 36 the dialog.  The restored limits are then previewed on the GDM and in the Range Preview
2 26 Feb 07 jari 37 area of the dialog.
2 26 Feb 07 jari 38         </basefont>
2 26 Feb 07 jari 39     </body>
2 26 Feb 07 jari 40 </html>

Generated on Thu Jul 20 09:26:34 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)