mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/gene_annotation_import_parameters.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>Gene Annotation Import Parameters</h1>
2 26 Feb 07 jari 4             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 <p> The <i>Append Gene Annotation</i> feature is used to append additional gene annotation
2 26 Feb 07 jari 7 from an MeV style annotation (.ann, or .dat) file.  The annotation file format is described
2 26 Feb 07 jari 8 in detail in the File Format Appendix of the MeV manual.  This dialog presents selection lists
2 26 Feb 07 jari 9 for two keys used to map annotation to genes.  The first key should be a primary identifier
2 26 Feb 07 jari 10 of genes in the loaded data.  This could be UID or some current annotation field.
2 26 Feb 07 jari 11 The other key represents a column from the annotation file to be used as a key identifier.
2 26 Feb 07 jari 12 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 13 These two keys are used to map or associate annotation from the file to the proper gene in the loaded
2 26 Feb 07 jari 14 data set.  It is not imperative that all loaded genes be present in the annoation file and it
2 26 Feb 07 jari 15 is possible that the annotation file could have many more indices than those found in the data set.
2 26 Feb 07 jari 16 Genes that are not found in the input annotation file will have empty annotation for the imported annotation fields.
2 26 Feb 07 jari 17 </p>
2 26 Feb 07 jari 18
2 26 Feb 07 jari 19 <h2>Gene Identifier</h2>
2 26 Feb 07 jari 20 This drop down list contains the gene annotation types currently loaded.  Use the drop down list
2 26 Feb 07 jari 21 to indicate the key to use to map genes to annotation.
2 26 Feb 07 jari 22
2 26 Feb 07 jari 23 <h2>Corresponding Gene Identifier from Input File</h2>
2 26 Feb 07 jari 24 This drop down list contains gene annotation fields from the input file.  Use the list to select
2 26 Feb 07 jari 25 a key to use to map annotation to genes.  Note that in order to append annotation the two selected
2 26 Feb 07 jari 26 keys should represent overlaping lists of annoation.  During the import these two keys are used to
2 26 Feb 07 jari 27 matche annotation to genes.
2 26 Feb 07 jari 28
2 26 Feb 07 jari 29 <h2>Fields to Append</h2>
2 26 Feb 07 jari 30 This lowest section of the dialog is used to select annotation fields to import.  By default, UID, R, and C,
2 26 Feb 07 jari 31 fields are not selected if present.  At least one field should be selected for import.
2 26 Feb 07 jari 32 <br>
2 26 Feb 07 jari 33         </basefont>
2 26 Feb 07 jari 34     </body>
2 26 Feb 07 jari 35 </html>
2 26 Feb 07 jari 36

Generated on Thu Jul 20 09:26:35 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)