mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/gsh_parameters.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "sans-serif">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>GSH: Gene Shaving </h1>
2 26 Feb 07 jari 4         <h2>Parameter Information</h2>
2 26 Feb 07 jari 5             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 6
2 26 Feb 07 jari 7 <h2> Sample Selection </h2>
2 26 Feb 07 jari 8 The sample selection option indicates whether to cluster genes or experiments.
2 26 Feb 07 jari 9 <br>
2 26 Feb 07 jari 10 <h2>Number of Clusters</h2>
2 26 Feb 07 jari 11 This integer value indicates the number of clusters to produce.  Note that in
2 26 Feb 07 jari 12 the GSH algorithm the clusters do not necessarily represent disjoint sets. Some
2 26 Feb 07 jari 13 elements may be represented in more than one cluster while other elements may not
2 26 Feb 07 jari 14 be represented at all.
2 26 Feb 07 jari 15 <br>
2 26 Feb 07 jari 16 <h2>Number of Permuted Matrices</h2>
2 26 Feb 07 jari 17 This integer value indicates the number of permuted matrices used to generate an average R<sup>2</sup> (measure 
2 26 Feb 07 jari 18 of cluster variance) used to generate the gap statistic.
2 26 Feb 07 jari 19 <br>
2 26 Feb 07 jari 20 <h2>Number of Permutations/Matrix</h2>
2 26 Feb 07 jari 21 This integer value represents the number of alterations to each permuted matrix produced
2 26 Feb 07 jari 22 to generate the gap statistic.
2 26 Feb 07 jari 23 <br>
2 26 Feb 07 jari 24 <h2> Hierarchical Clustering </h2>
2 26 Feb 07 jari 25 This check box selects whether to perform hierarchical clustering on the elements in each cluster
2 26 Feb 07 jari 26 created.
2 26 Feb 07 jari 27 <br>
2 26 Feb 07 jari 28         </basefont>
2 26 Feb 07 jari 29     </body>
2 26 Feb 07 jari 30 </html>

Generated on Thu Jul 20 09:26:35 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)