mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/hcl_newick_output_parameters.html.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>Newick File Output</h1> <h2>Parameter Information</h2>
2 26 Feb 07 jari 4             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 5 <h2>Newick Format</h2>
2 26 Feb 07 jari 6 The Newick format file is a text based file format for representing tree
2 26 Feb 07 jari 7 hierarchies.  Nodes are represented by nested parentheses.
2 26 Feb 07 jari 8 A complete description of the format can be found on the web by
2 26 Feb 07 jari 9 searching on 'newick file format'.
2 26 Feb 07 jari 10 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 11 The following site provides a good description (1/7/2005):
2 26 Feb 07 jari 12 <br>
2 26 Feb 07 jari 13 http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newicktree.html
2 26 Feb 07 jari 14 <h2> Leaf Node Labels (Sample or Gene Labels) </h2>
2 26 Feb 07 jari 15 This drop down menu allows selection of the annotation type to use to label leaf
2 26 Feb 07 jari 16 nodes in the tree.  The keys listed correspond to the loaded annotation types
2 26 Feb 07 jari 17 for genes or samples.
2 26 Feb 07 jari 18 <br>
2 26 Feb 07 jari 19 <h2>Output File Selection</h2>
2 26 Feb 07 jari 20 The full path and file name can be entered in the text box in this area.  The Select
2 26 Feb 07 jari 21 Output File button provides a file browser and will update this field.
2 26 Feb 07 jari 22 <br>
2 26 Feb 07 jari 23         </basefont>
2 26 Feb 07 jari 24     </body>
2 26 Feb 07 jari 25 </html>
2 26 Feb 07 jari 26

Generated on Thu Jul 20 09:26:36 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)