mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/hcl_parameters.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>HCL: Hierarchical Clustering</h1><h2>Parameter Information</h2>
2 26 Feb 07 jari 4             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 <h2> Tree Selection </h2>
2 26 Feb 07 jari 7 These checkboxes are used to indicate whether to construct trees for
2 26 Feb 07 jari 8 genes, samples, or both.
2 26 Feb 07 jari 9 <br>
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 <h2> Distance Metric Selection </h2>
2 26 Feb 07 jari 12 This area allows the selection of the metric to be used to assess gene-to-gene
2 26 Feb 07 jari 13 or sample-to-sample distances.  The initial metric displayed (choosen) corresponds to the global
2 26 Feb 07 jari 14 setting in the Multiple Array Viewer's 'Metrics' menu.  Alterations to the
2 26 Feb 07 jari 15 chosen metric in this dialog will only alter the metric used for the current
2 26 Feb 07 jari 16 algorithm run.  The global setting in the main 'Metrics' menu will remain unchanged.
2 26 Feb 07 jari 17 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 18 Euclidean Distance and Pearson Correllation tend to be the most frequently used options.  
2 26 Feb 07 jari 19 An appendix in the MeV manual describes the distance metrics offered in MeV. 
2 26 Feb 07 jari 20 <br>
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 <h2> Linkage Method Selection </h2>
2 26 Feb 07 jari 23 This parameter is used to indicate the convention
2 26 Feb 07 jari 24 used for determining cluster-to-cluster distances
2 26 Feb 07 jari 25 when constructing the hierarchical tree.  Just as distance metrics define
2 26 Feb 07 jari 26 gene-to-gene or sample-to-sample distances the Linkage methods
2 26 Feb 07 jari 27 are employed to determine cluster-to-cluster distances.
2 26 Feb 07 jari 28 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 29 Single Linkage: The distances are measured between
2 26 Feb 07 jari 30 each member of one cluster each member of the other
2 26 Feb 07 jari 31 cluster.  The minimum of these distances is considered
2 26 Feb 07 jari 32 the cluster-to-cluster distance.
2 26 Feb 07 jari 33 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 34 Average Linkage: The average distance of each member of
2 26 Feb 07 jari 35 one cluster to each member of the other cluster is used
2 26 Feb 07 jari 36 as a measure of cluster-to-cluster distance.
2 26 Feb 07 jari 37 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 38 Complete Linkage: The distances are measured between
2 26 Feb 07 jari 39 each member of one cluster each member of the other
2 26 Feb 07 jari 40 cluster.  The maximum of these distances is considered
2 26 Feb 07 jari 41 the cluster-to-cluster distance.
2 26 Feb 07 jari 42 <br>
2 26 Feb 07 jari 43
2 26 Feb 07 jari 44        </basefont>
2 26 Feb 07 jari 45     </body>
2 26 Feb 07 jari 46 </html>

Generated on Thu Jul 20 09:26:37 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)