mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/iterativelog_parameters.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>Iterative Log Mean Centering Normalization</h1><h2>Parameter Information</h2>
2 26 Feb 07 jari 4             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 <h2>Standard Deviation</h2>
2 26 Feb 07 jari 7 Iterative Log Mean Centering Normalization requires only a standard deviation
2 26 Feb 07 jari 8 range to be selected. During each iteration the a mean log ratio and standard deviation is
2 26 Feb 07 jari 9 taken on a subset of the data which is initially the entire data set.  The calculated mean
2 26 Feb 07 jari 10 is used to correct the position to move the mean toward zero.
2 26 Feb 07 jari 11 At the end of each iteration, data elements within the indicated standard deviation range are
2 26 Feb 07 jari 12 selected to enter the next iteration and are used to calculate a current mean and standard deviation.
2 26 Feb 07 jari 13 Iterations stop when the mean converges to zero.
2 26 Feb 07 jari 14 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 15 Using small values for standard deviation will force the subset of data used for the
2 26 Feb 07 jari 16 next iteration to be a more aggressive cut of the data.
2 26 Feb 07 jari 17        </basefont>
2 26 Feb 07 jari 18     </body>
2 26 Feb 07 jari 19 </html>

Generated on Thu Jul 20 09:26:38 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)