mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/kmc_parameters.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>KMC: K-Means/K-Medians</h1> <h2> Parameter Information</h2>
2 26 Feb 07 jari 4             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 <h2> Sample Selection </h2>
2 26 Feb 07 jari 7 The sample selection option indicates whether to cluster genes or experiments.
2 26 Feb 07 jari 8 <br>
2 26 Feb 07 jari 9
2 26 Feb 07 jari 10 <h2> Distance Metric Selection </h2>
2 26 Feb 07 jari 11 This area allows the selection of the metric to be used to assess gene-to-gene
2 26 Feb 07 jari 12 or sample-to-sample distances.  The initial metric displayed (choosen) corresponds to the global
2 26 Feb 07 jari 13 setting in the Multiple Array Viewer's 'Metrics' menu.  Alterations to the
2 26 Feb 07 jari 14 chosen metric in this dialog will only alter the metric used for the current
2 26 Feb 07 jari 15 algorithm run.  The global setting in the main 'Metrics' menu will remain unchanged.
2 26 Feb 07 jari 16 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 17 Euclidean Distance and Pearson Correllation tend to be the most frequently used options.  
2 26 Feb 07 jari 18 An appendix in the MeV manual describes the distance metrics offered in MeV. 
2 26 Feb 07 jari 19 <br>
2 26 Feb 07 jari 20
2 26 Feb 07 jari 21 <h2>Means/Medians option</h2>
2 26 Feb 07 jari 22 The Means or Medians option indicates whether each cluster's centroid vector
2 26 Feb 07 jari 23 should be calculated a mean or a median of the member expression patterns.
2 26 Feb 07 jari 24 <br>
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26 <h2> Number of Clusters </h2>
2 26 Feb 07 jari 27 This positive integer value indicates the number of clusters to be created.
2 26 Feb 07 jari 28 Note that FOM can be used to estimate an appropriate value.
2 26 Feb 07 jari 29 <br>
2 26 Feb 07 jari 30
2 26 Feb 07 jari 31 <h2> Number of Iterations </h2>
2 26 Feb 07 jari 32 This positive integer value is the maximum number of times that all the elements in the data set
2 26 Feb 07 jari 33 will be tested for cluster fit.  On each iteration each element
2 26 Feb 07 jari 34 is associated with the cluster with the closest mean (or median).
2 26 Feb 07 jari 35 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 36 Note that the algorithm will terminate when either no elements
2 26 Feb 07 jari 37 require migration (reassignment) to new clusters or when the maximum number of
2 26 Feb 07 jari 38 iterations has been reached.
2 26 Feb 07 jari 39 <br>
2 26 Feb 07 jari 40
2 26 Feb 07 jari 41 <h2> Hierarchical Clustering </h2>
2 26 Feb 07 jari 42 This check box selects whether to perform hierarchical clustering on the elements in each cluster
2 26 Feb 07 jari 43 created.
2 26 Feb 07 jari 44 <br>
2 26 Feb 07 jari 45         </basefont>
2 26 Feb 07 jari 46     </body>
2 26 Feb 07 jari 47 </html>

Generated on Thu Jul 20 09:26:38 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)