mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/kms_parameters.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>KMS: K-Means/K-Medians Support</h1><h2>Parameter Information</h2>
2 26 Feb 07 jari 4             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 <h2> Sample Selection </h2>
2 26 Feb 07 jari 7 The sample selection option indicates whether to cluster genes or experiments.
2 26 Feb 07 jari 8 <br>
2 26 Feb 07 jari 9
2 26 Feb 07 jari 10 <h2> Distance Metric Selection </h2>
2 26 Feb 07 jari 11 This area allows the selection of the metric to be used to assess gene-to-gene
2 26 Feb 07 jari 12 or sample-to-sample distances.  The initial metric displayed (choosen) corresponds to the global
2 26 Feb 07 jari 13 setting in the Multiple Array Viewer's 'Metrics' menu.  Alterations to the
2 26 Feb 07 jari 14 chosen metric in this dialog will only alter the metric used for the current
2 26 Feb 07 jari 15 algorithm run.  The global setting in the main 'Metrics' menu will remain unchanged.
2 26 Feb 07 jari 16 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 17 An appendix in the MeV manual describes the distance metrics offered in MeV. 
2 26 Feb 07 jari 18 <br>
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 <h2>Means/Medians option</h2>
2 26 Feb 07 jari 21 The Means or Medians option indicates whether each cluster's centroid vector
2 26 Feb 07 jari 22 should be calculated a mean or a median of the member expression patterns.
2 26 Feb 07 jari 23 <br>
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25 <h2>Number of k-means/k-medians runs</h2>
2 26 Feb 07 jari 26 This integer value indicates how many times KMC should be run.
2 26 Feb 07 jari 27 <br>
2 26 Feb 07 jari 28
2 26 Feb 07 jari 29 <h2>Threshold % of occurrence in same cluster</h2>
2 26 Feb 07 jari 30 This parameter indicates the minimum percentage of times that two elements
2 26 Feb 07 jari 31 should cluster together in order consider the two elements in a cluster.
2 26 Feb 07 jari 32 For instance, if 10 KMC runs were run, and the percentage was 80% then a pair of
2 26 Feb 07 jari 33 expression elements found together at least 8 times would be considered
2 26 Feb 07 jari 34 to pass a criteria to be included in a cluster.
2 26 Feb 07 jari 35 <br>
2 26 Feb 07 jari 36
2 26 Feb 07 jari 37 <h2> Number of Clusters (K)</h2>
2 26 Feb 07 jari 38 This positive integer value indicates the number of clusters to be created during
2 26 Feb 07 jari 39 each KMC run.  Note that for K-Means support the final number may turn out to
2 26 Feb 07 jari 40 be slightly smaller or larger than this entered value depending on the nature
2 26 Feb 07 jari 41 of the input data and the appropriate selection of K (number of clusters to create).
2 26 Feb 07 jari 42 Note that FOM can be used to estimate an appropriate value for K.
2 26 Feb 07 jari 43 <br>
2 26 Feb 07 jari 44
2 26 Feb 07 jari 45 <h2> Number of Iterations </h2>
2 26 Feb 07 jari 46 This positive integer value is the maximum number of times that all the elements in the data set
2 26 Feb 07 jari 47 will be tested for cluster fit.  On each iteration each element
2 26 Feb 07 jari 48 is associated with the cluster with the closest mean (or median).
2 26 Feb 07 jari 49 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 50 Note that a KMC run will terminate when either no elements
2 26 Feb 07 jari 51 require migration (reassignment) to new clusters or when the maximum number of
2 26 Feb 07 jari 52 iterations has been reached.
2 26 Feb 07 jari 53 <br>
2 26 Feb 07 jari 54
2 26 Feb 07 jari 55 <h2> Hierarchical Clustering </h2>
2 26 Feb 07 jari 56 This check box selects whether to perform hierarchical clustering on the elements in each cluster
2 26 Feb 07 jari 57 created.
2 26 Feb 07 jari 58 <br>
2 26 Feb 07 jari 59
2 26 Feb 07 jari 60         </basefont>
2 26 Feb 07 jari 61     </body>
2 26 Feb 07 jari 62 </html>

Generated on Thu Jul 20 09:26:39 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)