mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/knnc_parameters3.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
2 26 Feb 07 jari 2
2 26 Feb 07 jari 3 <HTML>
2 26 Feb 07 jari 4   <BODY bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 5     <h1>KNNC: K-Nearest Neighbors Validation</H1><H2>Parameter Information</H2>
2 26 Feb 07 jari 6         <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 7 This option will validate the training set using leave-one-out cross validation, without classifying the unknowns.
2 26 Feb 07 jari 8 <br>
2 26 Feb 07 jari 9 In the following description "vector" refers to a given gene or experiment, depending on what is being classified. 
2 26 Feb 07 jari 10 An element of a vector is one of the expression values that consitutes that vector. For a gene vector, its elements would 
2 26 Feb 07 jari 11 consist of the expression values for that gene across all experiments, while for an experiment vector, its elements would
2 26 Feb 07 jari 12 consist of all the gene expression values for that experiment.
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 <H2>Classify genes or experiments</H2>
2 26 Feb 07 jari 15 Self-explanatory
2 26 Feb 07 jari 16 <BR>  
2 26 Feb 07 jari 17 <h2>Correlation filter</H2>
2 26 Feb 07 jari 18 The correlation filter is used to filter out those vectors of the set to be classified, that are not significantly 
2 26 Feb 07 jari 19 correlated with at least one member of the training set. The significance of correlation is determined by the 
2 26 Feb 07 jari 20 p-value, which is calculated by a permutation test in which each vector is permuted a user-specified number of times.
2 26 Feb 07 jari 21 <br>
2 26 Feb 07 jari 22 <h2>KNN Classification parameters</H2>
2 26 Feb 07 jari 23 This is where the user specifies the expected number of classes (which is also the number of classes present 
2 26 Feb 07 jari 24 in the training set). The number of neighbors is the number of vectors from the training set that are chosen as 
2 26 Feb 07 jari 25 neighbors to a given vector. Euclidean distance is used to determine the neighborhood. Let’s say we want to 
2 26 Feb 07 jari 26 classify a gene g. Gene g is assigned to the class that is most frequently represented among its k nearest 
2 26 Feb 07 jari 27 neighbors from the training set (where k is specified by the user). In case of a tie, gene g remains unassigned.
2 26 Feb 07 jari 28 <br>
2 26 Feb 07 jari 29 <h2>Create / import training set</H2>
2 26 Feb 07 jari 30 If the user chooses to import a previously created training set, on hitting the “Next” button a file chooser is 
2 26 Feb 07 jari 31 displayed from which the training file can be chosen. If an appropriate file is chosen, the KNN classification editor 
2 26 Feb 07 jari 32 displayed with the class assignments from the file. If the option to create a new training set from data is chosen, 
2 26 Feb 07 jari 33 on hitting the “Next” button the classification editor is directly displayed with all vectors set to neutral.
2 26 Feb 07 jari 34 <br>
2 26 Feb 07 jari 35 <h2>Hierarchical Clustering</H2>
2 26 Feb 07 jari 36 This checkbox selects whether to perform hierarchical clustering on the elements in each cluster created.
2 26 Feb 07 jari 37 <br>
2 26 Feb 07 jari 38         </basefont>  
2 26 Feb 07 jari 39   </BODY>
2 26 Feb 07 jari 40 </HTML>

Generated on Thu Jul 20 09:26:40 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)