mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/lem_customization_parameters.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>LEM: Customization</h1><h2>Parameter Information</h2>
2 26 Feb 07 jari 4             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 5          
2 26 Feb 07 jari 6 Customization parameters are used to control scaling of arrows 
2 26 Feb 07 jari 7 that represent loci and the scaling of unsampled or intergenic
2 26 Feb 07 jari 8 regions.  These parameters can help constrain the length of an
2 26 Feb 07 jari 9 open (unsampled) regions or long loci.  
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 <h2>Locus Arrow Dimensions</h2>
2 26 Feb 07 jari 12 These options control the rendering of locus arrows.  <b><i>Use Fixed
2 26 Feb 07 jari 13 Arrow Length</i></b> indicates that all loci should appear to be of the
2 26 Feb 07 jari 14 same length as indicated by the text field.  The input units are pixels and
2 26 Feb 07 jari 15 at any point the <i>Preview</i> button can be hit to see the
2 26 Feb 07 jari 16 impact of the current settings.  Using fixed length arrows helps to
2 26 Feb 07 jari 17 constrain the size of the viewer and fit more loci into a viewable
2 26 Feb 07 jari 18 area.<br><br>
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 The <b><i>Use Scaled Arrow Length</i></b> option will scale arrows such 
2 26 Feb 07 jari 21 that each pixel corresponds
2 26 Feb 07 jari 22 to a given number of bases.  The <i>Scaling Factor</i> controls the scaling
2 26 Feb 07 jari 23 by applying a supplied factor in units of bases/pixel.  Decreasing
2 26 Feb 07 jari 24 this factor increases the length of the arrows and the resolution of sequence
2 26 Feb 07 jari 25 length differences by rendering fewer bases per pixel length.<br><br>
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27 The <i>Minimum</i> and <i>Maximum Scaled Arrow Length</i> parameters constrain 
2 26 Feb 07 jari 28 the redering
2 26 Feb 07 jari 29 so that very short sequences are rendered such that annotation can be
2 26 Feb 07 jari 30 read and very long sequences are not unreasonably long.  Regardless of the
2 26 Feb 07 jari 31 scaling, the 5' and 3' ends of the locus are always provided as
2 26 Feb 07 jari 32 annotation.
2 26 Feb 07 jari 33
2 26 Feb 07 jari 34 <h2>Intergenic or Unsampled Region Dimensions</h2>
2 26 Feb 07 jari 35 This option allows you to cotrol the length of unsampled areas of
2 26 Feb 07 jari 36 the chromosome.  Using a fixed length constrains all areas not covered
2 26 Feb 07 jari 37 by a sampled locus to be constrained to 1 pixel.  This compresses areas
2 26 Feb 07 jari 38 that might be quite long and uninformative if sampled loci are spread far appart.
2 26 Feb 07 jari 39 If the fixed length option is not selected there is a parameter to constrain
2 26 Feb 07 jari 40 the length of these areas to fall below a supplied limit.
2 26 Feb 07 jari 41
2 26 Feb 07 jari 42 <h2>Locus Replicate Rendering</h2>
2 26 Feb 07 jari 43 This option displays an arrow for each spot that corresponds to a given locus.
2 26 Feb 07 jari 44 If four spots map to a locus then one arrow is displayed for the mean expression
2 26 Feb 07 jari 45 and four arrows are shown to the right that correspond to the expression of
2 26 Feb 07 jari 46 each of the four spots.  If selected, arrow and unsampled regions are both
2 26 Feb 07 jari 47 moved to the fixed option to simplify rendering of the replicate arrows.
2 26 Feb 07 jari 48
2 26 Feb 07 jari 49 </basefont>
2 26 Feb 07 jari 50 </body>
2 26 Feb 07 jari 51 </html>

Generated on Thu Jul 20 09:26:41 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)