mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/lem_parameters.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>LEM: Linear Expression Map</h1><h2>Parameter Information</h2>
2 26 Feb 07 jari 4             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 These initialization parameters are used to direct MeV to information about the
2 26 Feb 07 jari 7 nature of the arrayed spots and the sampled genome.  The parameters that are 
2 26 Feb 07 jari 8 selected in this dialog will determine the Linear Expression Map that is produced.
2 26 Feb 07 jari 9 Incorrect selections will produce maps that are not correct.  If a map looks
2 26 Feb 07 jari 10 unusual you can check the entered parameters in the <i>LEM Mapping Summary</i>
2 26 Feb 07 jari 11 node on the result tree.
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 <h2>Locus Identifier Selection</h2>
2 26 Feb 07 jari 14 This menu provides a list all spot annotation fields in MeV. 
2 26 Feb 07 jari 15 Select the annotation field that should be used to map each spot
2 26 Feb 07 jari 16 to an associated locus.
2 26 Feb 07 jari 17
2 26 Feb 07 jari 18 <h2>Coordinate Data Selections</h2>
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 <b><i>Use Coordinate File</i></b><br>
2 26 Feb 07 jari 21 This option, when selected, indicates that chromosome location and
2 26 Feb 07 jari 22 coordinate information will come from an auxilliary file.  The format of this
2 26 Feb 07 jari 23 file is shown in the manual section for LEM.  The coordinate file is a text
2 26 Feb 07 jari 24 tab delimited format file that contains no header and 3 or 4 columns.
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26 <br><center> &#60 locus_id &#62 [chromosome_id] &#60 5'_end &#62 &#60 3'_end &#62 </center><br>
2 26 Feb 07 jari 27
2 26 Feb 07 jari 28 The second column, chromosome_id is only needed if the organisim under
2 26 Feb 07 jari 29 study has multple chromosomes.<br><br>
2 26 Feb 07 jari 30
2 26 Feb 07 jari 31 <b><i>Multiple Chromosomes</i></b><br>
2 26 Feb 07 jari 32 If selected, this option indicates that there are spots from loci on 
2 26 Feb 07 jari 33 multiple chromosomes on the array.  When selected the information to map
2 26 Feb 07 jari 34 loci to chromosomes is expected to be in the input file or within an
2 26 Feb 07 jari 35 annoation field if the coordinate file is not used.  If not using a file one
2 26 Feb 07 jari 36 should indicate which field of spot annotation corresponds to chromosomal
2 26 Feb 07 jari 37 membership information. (mapping spots to chromosomes)<br><br>
2 26 Feb 07 jari 38
2 26 Feb 07 jari 39 <b><i>Coordinate Information</i></b><br>
2 26 Feb 07 jari 40 If not using a coordinate file, these menus are used to
2 26 Feb 07 jari 41 select annotation fields that indicate 5' and 3' ends of the locus.<br>
2 26 Feb 07 jari 42
2 26 Feb 07 jari 43 </basefont>
2 26 Feb 07 jari 44 </body>
2 26 Feb 07 jari 45 </html>

Generated on Thu Jul 20 09:26:41 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)