mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/linreg_parameters.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>Iterative Linear Regression Normalization</h1><h2>Parameter Information</h2>
2 26 Feb 07 jari 4             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 <h2>Normalization Mode</h2>
2 26 Feb 07 jari 7 There are two possible normalization modes available. 
2 26 Feb 07 jari 8 <h3>Block mode</h3> 
2 26 Feb 07 jari 9 Block mode selects to traverse the
2 26 Feb 07 jari 10 data block by block and performs the normalization within each block.
2 26 Feb 07 jari 11 Using this mode data variation between blocks is ignored.
2 26 Feb 07 jari 12 <h3>Global Mode</h3>
2 26 Feb 07 jari 13 Using this mode all data enters into one global normalization.  In this
2 26 Feb 07 jari 14 mode the normalization of all data points is influenced by all other data points
2 26 Feb 07 jari 15 regardless of block membership.
2 26 Feb 07 jari 16 <br>
2 26 Feb 07 jari 17 <h2>Standard Deviation Range</h2>
2 26 Feb 07 jari 18 On each iteration a linear regression is calculated for log(Cy5) vs. log(Cy3) based on
2 26 Feb 07 jari 19 a subset of the data.  Initially this subset is the entire data set.
2 26 Feb 07 jari 20 On each iteration points which fall outside the number of standard deviations indicated 
2 26 Feb 07 jari 21 from the regression line are omitted for the next iteration.  On each subsequent
2 26 Feb 07 jari 22 iteration the R<sup>2</sup> is taken until it converges and for each iteration the data set 
2 26 Feb 07 jari 23 for this regression is reduced by selecting only points which fall within the provided 
2 26 Feb 07 jari 24 standard deviation range.
2 26 Feb 07 jari 25        </basefont>
2 26 Feb 07 jari 26     </body>
2 26 Feb 07 jari 27 </html>

Generated on Thu Jul 20 09:26:41 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)