mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/percent_cutoff_parameters.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>Data Adjustment: Percentage Cutoff</h1><h2>Parameter Information</h2>
2 26 Feb 07 jari 4             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 <h2>Overview of Percentage Cutoff</h2>
2 26 Feb 07 jari 7 The Percentage Cutoff data adjustment acts as a filter to remove genes
2 26 Feb 07 jari 8 that have fewer than some percentage of valid values for the experiments under
2 26 Feb 07 jari 9 study.  It is common in microarray expression analysis to have some missing data, 
2 26 Feb 07 jari 10 however, if a particular gene has fewer than some percentage of it's values then the
2 26 Feb 07 jari 11 gene can not be reliably compared to other genes.  
2 26 Feb 07 jari 12 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 13 This filtering method permits the
2 26 Feb 07 jari 14 you to select a criteria such that any gene having fewer good values than the supplied 
2 26 Feb 07 jari 15 percentage will be removed from analyis runs.  The history log will report the number 
2 26 Feb 07 jari 16 of genes that are remaining after the cuttof is applied using the "use percent cutoff"
2 26 Feb 07 jari 17 menu option to enforce the cutoff.
2 26 Feb 07 jari 18 <br>
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 <h2>Cutoff Parameter</h2>
2 26 Feb 07 jari 21 This value, ranging from 0.0% to 100.0%, represents the percentage of valid
2 26 Feb 07 jari 22 values that a gene is required to have in order to be allowed into analysis
2 26 Feb 07 jari 23 algorithms.  (e.g. 10 experiments loaded, cutoff criteria is 75%, if a gene
2 26 Feb 07 jari 24 has only 6 valid values (60%) then that gene is not a candidate for analysis
2 26 Feb 07 jari 25 while a gene having 8 valid values (80%) would be accepted.)
2 26 Feb 07 jari 26 <br>
2 26 Feb 07 jari 27         </basefont>
2 26 Feb 07 jari 28     </body>
2 26 Feb 07 jari 29 </html>

Generated on Thu Jul 20 09:26:44 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)