mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/ptm_parameters.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>PTM: Pavlidis Template Matching</h1><h2>Parameter Information</h2>
2 26 Feb 07 jari 4             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 <h2>Template Selection Tabs</h2>
2 26 Feb 07 jari 7 The five tabbed panels at the top of the dialog select to view candidate templates
2 26 Feb 07 jari 8 from various sources.
2 26 Feb 07 jari 9 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 10 The Gene Template tab provides a list of genes in the data set and their expression
2 26 Feb 07 jari 11 profile graphs. Selection of elements in the list display the expression pattern for
2 26 Feb 07 jari 12 that gene.
2 26 Feb 07 jari 13 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 14 The Gene Cluster Template tab provides a list and view of templates which are the
2 26 Feb 07 jari 15 mean values of stored (colored) clusters.
2 26 Feb 07 jari 16 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 17 The Experiment Template, and Experiment Cluster Template tabs provide the same
2 26 Feb 07 jari 18 functionality but use experiment templates.
2 26 Feb 07 jari 19 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 20 The Saved Template tab provides an interface for loading gene and
2 26 Feb 07 jari 21 experiment templates.  Templates loaded from files will populate a list from
2 26 Feb 07 jari 22 which a template may be selected.
2 26 Feb 07 jari 23 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 24 A button in each of these areas is used to select the displayed template for
2 26 Feb 07 jari 25 matching.
2 26 Feb 07 jari 26 <br>
2 26 Feb 07 jari 27
2 26 Feb 07 jari 28 <h2>Threshold Parameters</h2>
2 26 Feb 07 jari 29 <h3>Use Absolute R</h3>
2 26 Feb 07 jari 30 Using this option will select expression patterns that are either positively
2 26 Feb 07 jari 31 or negatively correlated with the template.
2 26 Feb 07 jari 32 <h3>Use Threshold R</h3>
2 26 Feb 07 jari 33 This option will indicate that the threshold value for determining a match is
2 26 Feb 07 jari 34 the R value between the expression vector and the template.
2 26 Feb 07 jari 35 <h3>Use Threshold p-Value</h3>
2 26 Feb 07 jari 36 This option will indicate that the threshold value for determining a match is
2 26 Feb 07 jari 37 the p value on R between the expression vector and the template.
2 26 Feb 07 jari 38 <h3>Threshold Input Value</h3>
2 26 Feb 07 jari 39 This is either a supplied value for R or a p-value ranging from 0.0 to 1.0.
2 26 Feb 07 jari 40 R values closer to 1.0 are more stringent.  p-values closer to 0 are more stringent.
2 26 Feb 07 jari 41 <br>
2 26 Feb 07 jari 42 <h2>Save Template</h2>
2 26 Feb 07 jari 43 This button launches a file browser to allow the user to save the current template
2 26 Feb 07 jari 44 to a tab delimited text file.  These files can be loaded from the Saved Template tab
2 26 Feb 07 jari 45 interface.
2 26 Feb 07 jari 46 <br>
2 26 Feb 07 jari 47 <h2> Hierarchical Clustering </h2>
2 26 Feb 07 jari 48 This check box selects whether to perform hierarchical clustering on the elements in the
2 26 Feb 07 jari 49 resulting matched and unmatched element sets.
2 26 Feb 07 jari 50 <br>
2 26 Feb 07 jari 51         </basefont>
2 26 Feb 07 jari 52     </body>
2 26 Feb 07 jari 53 </html>

Generated on Thu Jul 20 09:26:44 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)