mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/qtc_parameters.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>QTC: QT_Cluster</h1><h2>Parameter Information</h2>
2 26 Feb 07 jari 4             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 <h2> Sample Selection </h2>
2 26 Feb 07 jari 7 The sample selection option indicates whether to cluster genes or experiments.
2 26 Feb 07 jari 8 <br>
2 26 Feb 07 jari 9
2 26 Feb 07 jari 10 <h2> Distance Metric Selection </h2>
2 26 Feb 07 jari 11 This area allows the selection of the metric to be used to assess gene-to-gene
2 26 Feb 07 jari 12 or sample-to-sample distances.  The initial metric displayed (choosen) corresponds to the global
2 26 Feb 07 jari 13 setting in the Multiple Array Viewer's 'Metrics' menu.  Alterations to the
2 26 Feb 07 jari 14 chosen metric in this dialog will only alter the metric used for the current
2 26 Feb 07 jari 15 algorithm run.  The global setting in the main 'Metrics' menu will remain unchanged.
2 26 Feb 07 jari 16 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 17 An appendix in the MeV manual describes the distance metrics offered in MeV. 
2 26 Feb 07 jari 18 <br>
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 <h2>Maximum Cluster Diameter</h2>
2 26 Feb 07 jari 21 Cluster Diameter is related to the overall variability between the member elements
2 26 Feb 07 jari 22 within a cluster.  Maximum Cluster Diameter is a constraint on that variance such that all
2 26 Feb 07 jari 23 formed clusters must have a diameter (variability) smaller that the entered maximum.
2 26 Feb 07 jari 24 Increasing the maximum diameter tends to make larger and more variable clusters and
2 26 Feb 07 jari 25 decreasing the maximum diameter tends to produce smaller less variable clusters.
2 26 Feb 07 jari 26 <br>
2 26 Feb 07 jari 27
2 26 Feb 07 jari 28 <h2>Minimum Cluster Population</h2>
2 26 Feb 07 jari 29 The minimum number of elements required to be present in order to 
2 26 Feb 07 jari 30 form a cluster.  For instance a Minimum Cluster Population of 10
2 26 Feb 07 jari 31 insures that all formed clusters will have at least 10 members.
2 26 Feb 07 jari 32 <br>
2 26 Feb 07 jari 33
2 26 Feb 07 jari 34 <h2> Hierarchical Clustering </h2>
2 26 Feb 07 jari 35 This check box selects whether to perform hierarchical clustering on the elements in each cluster
2 26 Feb 07 jari 36 created.
2 26 Feb 07 jari 37 <br>
2 26 Feb 07 jari 38
2 26 Feb 07 jari 39         </basefont>
2 26 Feb 07 jari 40     </body>
2 26 Feb 07 jari 41 </html>

Generated on Thu Jul 20 09:26:44 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)