mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/rama_parameters1.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC">
2 26 Feb 07 jari 3       <basefont face = "Arial" padding=10>
2 26 Feb 07 jari 4     <h1>RAMA - Robust Analysis of Microarray</h1> 
2 26 Feb 07 jari 5         <h1>Rama Initialization Dialog</h1>
2 26 Feb 07 jari 6         <hr size = 1>
2 26 Feb 07 jari 7         
2 26 Feb 07 jari 8         <h2>Rama</h2>
2 26 Feb 07 jari 9         Rama is an intensity normalization algorithm based on hierarchical Bayesian modeling.  
2 26 Feb 07 jari 10         Rama has been designed to work with raw intensities ( Affymetrix or 2 color ), especially in 
2 26 Feb 07 jari 11         dye-swap experimental designs.  It estimates intensities and as such requires there to be at 
2 26 Feb 07 jari 12         least 2 data points for each color label.
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14     <h2> Experiment Labeling </h2>
2 26 Feb 07 jari 15     Each slide (experiment or hyb) loaded into MeV is listed here.  You must tell Rama how you've 
2 26 Feb 07 jari 16     labeled your samples.
2 26 Feb 07 jari 17     <br><br>
2 26 Feb 07 jari 18     If you've loaded 2 color data, you are asked to indicate which color ( Cy3 or Cy5 ) dye was 
2 26 Feb 07 jari 19     used on your control samples. It is assumed that the other was used for the treated sample 
2 26 Feb 07 jari 20     on that slide.  Rama will infer from the labeling whether or not your experiment was dye-swapped 
2 26 Feb 07 jari 21     based on your input here.  Keep in mind that Rama requires at least 2 of any color data.
2 26 Feb 07 jari 22     <br><br>
2 26 Feb 07 jari 23     
2 26 Feb 07 jari 24     <h2>Advanced Parameters</h2>
2 26 Feb 07 jari 25     # Iterations ( B ) - the number of iterations used by Rama
2 26 Feb 07 jari 26     <br><br>
2 26 Feb 07 jari 27     Burn In Period ( num.iter ) - the length of the burn-in period in the MCMC algorithm.  This 
2 26 Feb 07 jari 28     should be less than # Iterations ( B )
2 26 Feb 07 jari 29     <br><br>
2 26 Feb 07 jari 30     
2 26 Feb 07 jari 31     <h2>Rserve</h2>
2 26 Feb 07 jari 32     This implementation has been built allow the user to connect to any Rserve daemon.  Upon 
2 26 Feb 07 jari 33     load, the pull down menu is populated with the connection strings from the config file 
2 26 Feb 07 jari 34     ( config/tmev.cfg ).  The user can add a new connection string here if desired.  
2 26 Feb 07 jari 35     <br><br>
2 26 Feb 07 jari 36     The format is: ipaddress:port.
2 26 Feb 07 jari 37     <br><br>
2 26 Feb 07 jari 38     For example, if the server running Rserve is at IP address 192.168.0.1 and 
2 26 Feb 07 jari 39     Rserve is running on its default port ( 6311 ), the connection string would be 192.168.0.1:6311.  
2 26 Feb 07 jari 40     The user can type that into the text field, click add, make sure it is selected in the pull down 
2 26 Feb 07 jari 41     menu and then run RAMA.  If the connection was made without any errors, the new connection 
2 26 Feb 07 jari 42     string will be added automatically to the config file.  Of course, the user always has the option 
2 26 Feb 07 jari 43     of manually adding/editing the connection strings in the config file.
2 26 Feb 07 jari 44     
2 26 Feb 07 jari 45         </basefont>
2 26 Feb 07 jari 46     </body>
2 26 Feb 07 jari 47 </html>

Generated on Thu Jul 20 09:26:45 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)