mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/rn_parameters.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>RN: Relevance Networks</h1><h2>Parameter Information</h2>
2 26 Feb 07 jari 4             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 <h2> Sample Selection </h2>
2 26 Feb 07 jari 7 The sample selection option indicates whether to cluster genes or experiments.
2 26 Feb 07 jari 8 <br>
2 26 Feb 07 jari 9
2 26 Feb 07 jari 10 <h2>Use Permutation Test</h2>
2 26 Feb 07 jari 11 This check box is used to indicate that the minimum threshold R^2 value should be
2 26 Feb 07 jari 12 selected based on a distribution constructed from element to element R^2 values
2 26 Feb 07 jari 13 derived following permutation of the expression vectors.
2 26 Feb 07 jari 14 <br>
2 26 Feb 07 jari 15
2 26 Feb 07 jari 16 <h2>Min Threshold</h2> 
2 26 Feb 07 jari 17 This value ranging from 0 to 1.0 indicates
2 26 Feb 07 jari 18 the smallest R^2 possible between two elements to permit a link between the
2 26 Feb 07 jari 19 elements in a subnet.
2 26 Feb 07 jari 20 <br>
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 <h2>Max Threshold</h2> 
2 26 Feb 07 jari 23 This value ranging from 0 to 1.0 indicates
2 26 Feb 07 jari 24 the greatest R^2 possible between two elements to permit a link between the
2 26 Feb 07 jari 25 elements in a subnet.
2 26 Feb 07 jari 26 <br>
2 26 Feb 07 jari 27
2 26 Feb 07 jari 28 <h2>Use Filter</h2> 
2 26 Feb 07 jari 29 This option allows the user to filter out elements with little dynamic change thus
2 26 Feb 07 jari 30 removing flat or uninteresting elements.  
2 26 Feb 07 jari 31 A measure of entropy is used to rank the elements.  The percentage value
2 26 Feb 07 jari 32 entered (1 to 100) indicates what percentage of the elements to retain
2 26 Feb 07 jari 33 for the construction of the network.  A value of 25 will retain the 25%
2 26 Feb 07 jari 34 of elements having the greatest entropy.
2 26 Feb 07 jari 35 <br>
2 26 Feb 07 jari 36
2 26 Feb 07 jari 37         </basefont>
2 26 Feb 07 jari 38     </body>
2 26 Feb 07 jari 39 </html>
2 26 Feb 07 jari 40

Generated on Thu Jul 20 09:26:46 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)