mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/sam_parameters.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>SAM: Significance Analysis of Microarrays</h1> <h2>Parameter Information</h2>
2 26 Feb 07 jari 4             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 5 <h2> SAM Models </h2>
2 26 Feb 07 jari 6 Several experimental design models can be processed by SAM to provide results
2 26 Feb 07 jari 7 based on the selected design.  Each design is represented as a tab
2 26 Feb 07 jari 8 in the SAM initialization dialog. Comprehensive coverage of the use of SAM
2 26 Feb 07 jari 9 and analysis of various experimental designs are covered in the TMeV manual
2 26 Feb 07 jari 10 and the reference list found in the 'references' selection of the 'help' menu of the
2 26 Feb 07 jari 11 main TMeV tool bar.
2 26 Feb 07 jari 12 <h3>Two-class unpaired</h3>
2 26 Feb 07 jari 13 This model provides selection buttons to indicate which experiments should be
2 26 Feb 07 jari 14 in group A, group B, or Neither group.  Options exist (buttons below group selection
2 26 Feb 07 jari 15 controls) to save a grouping scheme, load a grouping scheme, or reset the grouping.
2 26 Feb 07 jari 16 <h3>Two-class paired</h3>
2 26 Feb 07 jari 17 This model provides selection buttons to indicate which experiments should be
2 26 Feb 07 jari 18 paired. Experiments which are paired are considered to be related observations,
2 26 Feb 07 jari 19 for instance, samples from a particular subject before and after drug treatment. 
2 26 Feb 07 jari 20 Each experiment can be paired with only one other experiment.  Once a pairing has been
2 26 Feb 07 jari 21 made the pair is put into the pairings list and selection of the two experiments
2 26 Feb 07 jari 22 is disabled.  Pairings may be removed from the pairing list and reassigned.
2 26 Feb 07 jari 23 Options exist (buttons below group selection
2 26 Feb 07 jari 24 controls) to save a pairing scheme, load a pairing scheme, or reset the pairings.
2 26 Feb 07 jari 25 <h3>Multi-class</h3>
2 26 Feb 07 jari 26 This model requires one to initially specify an number of classes (>2).
2 26 Feb 07 jari 27 Once that is done selection buttons allow the assignment of experiments
2 26 Feb 07 jari 28 to the appropriate classes.  Groupings can be saved, loaded, and reset using the
2 26 Feb 07 jari 29 buttons below the group selection controls.
2 26 Feb 07 jari 30 <h3>Censored survival</h3>
2 26 Feb 07 jari 31 The selection controls for this model allow the inclusion or exclusion of particular experiments using
2 26 Feb 07 jari 32 the check boxes to the left of the experiment names.  For those experiments included
2 26 Feb 07 jari 33 a corresponding time and a state is selected (Censored, or Dead).
2 26 Feb 07 jari 34 <br>
2 26 Feb 07 jari 35 <h2>Number of Permutations</h2>
2 26 Feb 07 jari 36 This integer number indicates the number of times each vector should be permuted
2 26 Feb 07 jari 37 and have a d-statistic computed.
2 26 Feb 07 jari 38 <br>
2 26 Feb 07 jari 39 <h2>Imputation Engine</h2>
2 26 Feb 07 jari 40 SAM handles missing data by constructing or imputing
2 26 Feb 07 jari 41 missing values using one of two available methods.
2 26 Feb 07 jari 42 <h3>K-nearest neighbor imputer</h3>
2 26 Feb 07 jari 43 This option imputes a value based on the k nearest neighbors (using Euclidean distance)
2 26 Feb 07 jari 44 to the vector which is missing the value.  The k nearest neighbors are selected 
2 26 Feb 07 jari 45 such that each should have a value for the missing vector element.
2 26 Feb 07 jari 46 <h3>Row average imputer</h3>
2 26 Feb 07 jari 47 This option imputes by taking the mean of the other elements in the vector which
2 26 Feb 07 jari 48 is missing the value.
2 26 Feb 07 jari 49 <br>
2 26 Feb 07 jari 50 <h2>Hierarchical Clustering</h2>
2 26 Feb 07 jari 51 This check box selects whether to perform hierarchical clustering on the elements in each cluster
2 26 Feb 07 jari 52 created.
2 26 Feb 07 jari 53         </basefont>
2 26 Feb 07 jari 54     </body>
2 26 Feb 07 jari 55 </html>
2 26 Feb 07 jari 56

Generated on Thu Jul 20 09:26:47 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)