mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/script_algorithm_selection.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>Script Algorithm Selection</h1>
2 26 Feb 07 jari 4             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 This dialog is used to select algorithms during script construction.
2 26 Feb 07 jari 7 During selection the text fields in the Selection Preview panel will
2 26 Feb 07 jari 8 change to indicate the current selection. <br><br>
2 26 Feb 07 jari 9
2 26 Feb 07 jari 10 There are three basic classes of algorithms from which to choose.
2 26 Feb 07 jari 11
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 <h2>Analysis Algorithms</h2>
2 26 Feb 07 jari 14 These algorithms include gene and experiment clustering algorithms, 
2 26 Feb 07 jari 15 classification algorithms, statistical algorithms, and data visualizations.
2 26 Feb 07 jari 16 <br>
2 26 Feb 07 jari 17
2 26 Feb 07 jari 18 <h2>Adjustment Algorithms</h2>
2 26 Feb 07 jari 19 The Adjustment algorithms are those algorithms found in the Adjustment
2 26 Feb 07 jari 20 menu of the Multiple Array Viewer interface and include the Affymetrix™
2 26 Feb 07 jari 21 based filters if Affymetrix ™ data is currently loaded.  The Adjustment 
2 26 Feb 07 jari 22 algorithms either filter the data based on some criteria or are used to 
2 26 Feb 07 jari 23 perform a mathematical transformation of the data.  These filtering or
2 26 Feb 07 jari 24 transformation options are typically run before cluster analysis.
2 26 Feb 07 jari 25 <br>
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27 <h2>Cluster Selection Algorithms</h2>
2 26 Feb 07 jari 28 The cluster selection algorithms are specific to scripting in MeV.  
2 26 Feb 07 jari 29 Automatic Cluster Selection allows the user to provide criteria for 
2 26 Feb 07 jari 30 evaluating cluster results where clusters have no intrinsic identity 
2 26 Feb 07 jari 31 such as “significant genes”.  Once the set of input clusters are
2 26 Feb 07 jari 32 characterized, the clusters can be ranked based on criteria such
2 26 Feb 07 jari 33 as cluster diversity or centroid variance.
2 26 Feb 07 jari 34 <br>
2 26 Feb 07 jari 35         </basefont>
2 26 Feb 07 jari 36     </body>
2 26 Feb 07 jari 37 </html>

Generated on Thu Jul 20 09:26:47 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)