mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/set_ratio_scale_parameters.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>Color Scale Limits Dialog</h1><h2>Information</h2>
2 26 Feb 07 jari 4             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 <h2> Gradient Style </h2>
2 26 Feb 07 jari 7 The gradient style controls are used to select to use either
2 26 Feb 07 jari 8 a double gradient such as green-black-red or a single gradient
2 26 Feb 07 jari 9 such as black-red.  The double gradient is most often used for
2 26 Feb 07 jari 10 two dye array systems in which the values are log<sub>2</sub>
2 26 Feb 07 jari 11 ratios. In this case the mid-point is kept at 0.0 so that
2 26 Feb 07 jari 12 spots where the two channels have equal expression (log<sub>2</sub>(A/B) = 0) are
2 26 Feb 07 jari 13 depicted as black and spots where the expression is unequal will
2 26 Feb 07 jari 14 tend to be colored more toward the extremes.  The double gradient
2 26 Feb 07 jari 15 might also be useful for single dye systems where a reference
2 26 Feb 07 jari 16 or median value is used to generate a log<sub>2</sub>(I/Ref).
2 26 Feb 07 jari 17 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 18 The single gradient option is useful for single channel data
2 26 Feb 07 jari 19 where data falls over a continuum and there is no clear rationale
2 26 Feb 07 jari 20 to separate the data into two distinct color regions.
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 <h2> Color Range Selection </h2>
2 26 Feb 07 jari 23 This section of the dialog is used to indicate the limits for the
2 26 Feb 07 jari 24 color scale and an optional "mid-point" value.  The single gradient mode
2 26 Feb 07 jari 25 only requires endpoints while the double gradient mode provides
2 26 Feb 07 jari 26 for selection of a mid-point value.  For two dye systems the mid-point
2 26 Feb 07 jari 27 should generally be left at zero so that spots with equal expression
2 26 Feb 07 jari 28 in the two channels are displayed as black.  
2 26 Feb 07 jari 29 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 30 Values that exceed the limits that are set will be displayed as the
2 26 Feb 07 jari 31 saturated endpoint color.  The range of the data is given in parentheses
2 26 Feb 07 jari 32 next to the limit input boxes to assist in initial limit selections.
2 26 Feb 07 jari 33 The <i>Update Limits</i> button in this panel will apply the current
2 26 Feb 07 jari 34 limits to the display in MeV and will update the 
2 26 Feb 07 jari 35 <i>Color Saturation Statistics</i> panel and <i>Gradient and Limits Preview</i> panel.
2 26 Feb 07 jari 36
2 26 Feb 07 jari 37 <h2> Color Saturation Statistics </h2>
2 26 Feb 07 jari 38 This section of the dialog reports the number of elements that are 
2 26 Feb 07 jari 39 beyond the limits defined by the color scale.  These off-scale 
2 26 Feb 07 jari 40 elements are displayed as the endpoint color of gradient closest
2 26 Feb 07 jari 41 to the element's value.  The statistics are calculted using all 
2 26 Feb 07 jari 42 spots that are not missing values and have not been filtered out of
2 26 Feb 07 jari 43 the main data set by an applied filter.
2 26 Feb 07 jari 44
2 26 Feb 07 jari 45 <h2> Limits and Gradient Preview </h2>
2 26 Feb 07 jari 46 This panel presents the current gradient style and the selected range limits.
2 26 Feb 07 jari 47 <br>
2 26 Feb 07 jari 48        </basefont>
2 26 Feb 07 jari 49     </body>
2 26 Feb 07 jari 50 </html>

Generated on Thu Jul 20 09:26:50 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)