mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/som_parameters.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>SOM: Self Organizing Maps</h1><h2>Parameter Information</h2>
2 26 Feb 07 jari 4             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 <h2>Basic Terminology</h2>
2 26 Feb 07 jari 7 Node: an SOM structure to which expression elements are associated to form clusters.
2 26 Feb 07 jari 8 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 9 SOM Vector: a vector of size n, associated with a node that represents the nodes location
2 26 Feb 07 jari 10 in the n dimensional space.  Each node has one SOM Vector.
2 26 Feb 07 jari 11 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 12 Training/Adaptation:  the process of repositioning the SOM Nodes by altering their associated
2 26 Feb 07 jari 13 SOM Vectors.  The adaptation process is a result of an expression element being associated
2 26 Feb 07 jari 14 with a node.  The new position is determined by the distance between the expression element
2 26 Feb 07 jari 15 and the SOM Vector, the Alpha value, and the neighborhood convention (see below).
2 26 Feb 07 jari 16 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 17 Topology: a two dimensional topology used to define how node-to-node distances are calculated.
2 26 Feb 07 jari 18 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 19 Note that a cluster is a collection of expression elements associated with a Node.
2 26 Feb 07 jari 20 <br>
2 26 Feb 07 jari 21            
2 26 Feb 07 jari 22 <h2>Sample Selection</h2>
2 26 Feb 07 jari 23 The sample selection option indicates whether to cluster genes or experiments.
2 26 Feb 07 jari 24 <br>
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26 <h2> Distance Metric Selection </h2>
2 26 Feb 07 jari 27 This area allows the selection of the metric to be used to assess gene-to-gene
2 26 Feb 07 jari 28 or sample-to-sample distances.  The initial metric displayed (choosen) corresponds to the global
2 26 Feb 07 jari 29 setting in the Multiple Array Viewer's 'Metrics' menu.  Alterations to the
2 26 Feb 07 jari 30 chosen metric in this dialog will only alter the metric used for the current
2 26 Feb 07 jari 31 algorithm run.  The global setting in the main 'Metrics' menu will remain unchanged.
2 26 Feb 07 jari 32 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 33 An appendix in the MeV manual describes the distance metrics offered in MeV. 
2 26 Feb 07 jari 34 <br>
2 26 Feb 07 jari 35
2 26 Feb 07 jari 36 <h2>Dimension X</h2>
2 26 Feb 07 jari 37 This positive integer value determines the X dimension of the resulting topology.
2 26 Feb 07 jari 38 <br>
2 26 Feb 07 jari 39
2 26 Feb 07 jari 40 <h2>Dimension Y</h2>
2 26 Feb 07 jari 41 This positive integer value determines the Y dimension of the resulting topology.
2 26 Feb 07 jari 42 Note that Dimension X times Dimension Y gives the number of clusters that will
2 26 Feb 07 jari 43 be produced.
2 26 Feb 07 jari 44 <br>
2 26 Feb 07 jari 45
2 26 Feb 07 jari 46 <h2>Iterations</h2>
2 26 Feb 07 jari 47 This positive integer value indicates the total number of times that the data set
2 26 Feb 07 jari 48 will be presented to the network (or Map, Graph).  Each expression element
2 26 Feb 07 jari 49 will be presented this number of times to train the Nodes.
2 26 Feb 07 jari 50 <br>
2 26 Feb 07 jari 51
2 26 Feb 07 jari 52 <h2>Alpha</h2>
2 26 Feb 07 jari 53 This value is used to scale the alteration of SOM vectors when a new expression
2 26 Feb 07 jari 54 vector is associated with a node.
2 26 Feb 07 jari 55 <br>
2 26 Feb 07 jari 56
2 26 Feb 07 jari 57
2 26 Feb 07 jari 58 <h2>Radius</h2>
2 26 Feb 07 jari 59 When using the bubble neighborhood parameter this float value is used to
2 26 Feb 07 jari 60 define the extent of the neighborhood.  If an SOM vector is within this
2 26 Feb 07 jari 61 distance from the winning node (the cluster to which an element has
2 26 Feb 07 jari 62 been assigned) then that Node (and SOM vector) is considered to be in the neighborhood
2 26 Feb 07 jari 63 and it's SOM vector is adapted.
2 26 Feb 07 jari 64 <br>
2 26 Feb 07 jari 65
2 26 Feb 07 jari 66 <h2>Initialization</h2>
2 26 Feb 07 jari 67 Random Genes or Random Experiments: Indicates that the initial SOM vectors will be selected
2 26 Feb 07 jari 68 at random as actual elements in the data.
2 26 Feb 07 jari 69 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 70 Random Vector: Indicates that the initial SOM vectors will be constructed as random vectors
2 26 Feb 07 jari 71 generated to reflect the magnitude of the data set.  These initial vectors are not actual
2 26 Feb 07 jari 72 expression vectors in the data set.
2 26 Feb 07 jari 73 <br>
2 26 Feb 07 jari 74
2 26 Feb 07 jari 75 <h2>Neighborhood</h2>
2 26 Feb 07 jari 76 The neighborhood options indicate the conventions (formulas) used to update (adapt) an SOM vector
2 26 Feb 07 jari 77 once an expression vector has been added into a Node's neighborhood.
2 26 Feb 07 jari 78 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 79 Bubble: This option uses the provided radius (see above) to determine which surrounding
2 26 Feb 07 jari 80 SOM nodes are in the neighborhood and therefore are candidates for adaptation.
2 26 Feb 07 jari 81 When this option is selected the Alpha parameter for scaling the adaptation is used directly
2 26 Feb 07 jari 82 as provided from the user.
2 26 Feb 07 jari 83 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 84 Gaussian: This option forces all SOM vectors in the network to be adapted regardless of proximity to the
2 26 Feb 07 jari 85 winning node.  In this case the Alpha parameter is scaled based on the distance between
2 26 Feb 07 jari 86 the SOM vector to be adapted and the winning node's SOM vector.
2 26 Feb 07 jari 87 <br>
2 26 Feb 07 jari 88
2 26 Feb 07 jari 89 <h2>Topology</h2>
2 26 Feb 07 jari 90 Indicates whether the topology should be rectangular or hexagonal.  If rectangular topology is selected
2 26 Feb 07 jari 91 the node-to-node distance is determined as Euclidean distance within the two dimensional
2 26 Feb 07 jari 92 x-y grid.  If hexagonal distance is used an appropriate formula is used to determine the distance
2 26 Feb 07 jari 93 given the coordinates of the two nodes.
2 26 Feb 07 jari 94 <br>
2 26 Feb 07 jari 95
2 26 Feb 07 jari 96 <h2> Hierarchical Clustering </h2>
2 26 Feb 07 jari 97 This check box selects whether to perform hierarchical clustering on the elements in each cluster
2 26 Feb 07 jari 98 created.
2 26 Feb 07 jari 99
2 26 Feb 07 jari 100
2 26 Feb 07 jari 101
2 26 Feb 07 jari 102         </basefont>
2 26 Feb 07 jari 103     </body>
2 26 Feb 07 jari 104 </html>

Generated on Thu Jul 20 09:26:50 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)